Identifiering och validering av gener som är involverade i gastric tumörbildning

Identifiering och validering av gener som är involverade i gastric tumörbildning Bild Sammanfattning
Bakgrund
Gastric cancer är en av de vanligaste cancerformerna ses i södra Indien. Tyvärr mer än 90% fram när de rapporterar till en tertiär centrum i landet. Det finns ett akut behov av att karakterisera dessa cancerformer och försöka identifiera potentiella biomarkörer och nya terapeutiska mål.
Material och metoder
Vi använde 24 gastric cancer, 20 Parade normala (PN) och 5 till synes normala mag vävnaderna från patienter med icke-gastric cancer (Tydligen normal - AN) för microarray studie följt av validering av de betydande gener (n = 63) av relativ kvantifiering med hjälp av Taqman Low Density Array Real Time PCR. Vi använde sedan en skräddarsydd Quantibody protein array för att validera uttryck av 15 proteiner i mag vävnader (4 AN, 9 PN och 9 gastric cancer). Samma array format användes för att studera plasmanivåerna av dessa proteiner i 58 patienter med magcancer och 18 från patienter med normal /icke-maligna gastric förhållanden.
Resultat
Sjutton gener (ASPN, CCL15 /MIP-1δ , MMP3, SPON2, PRSS2, CCL3, TMEPAI /PMEPAI, SIX3, MFNG, SOSTDC1, SGNE1, SST, IGHA1, AKR1B10, FCGBP, ATP4B, NCAPH2) visade sig vara differentiellt uttryckta mellan tumörerna och parade normal, för första tid. EpCAM (p = 0,0001), IL8 (p = 0,0003), CCI4 /MIP-1β (p = 0,0026), CCL20 /MIP-3α (p = 0,039) och TIMP1 (p = 0,0017) vävnadsproteinnivåer var signifikant (Mann Whitney U-test) mellan tumörer kontra en & PN. Dessutom var medianplasmanivåer av IL8, CXCL9 /MIG, CCL3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, PDGFR-B och TIMP1 proteiner signifikant skillnad mellan icke-maligna grupp och magcancer gruppen. De post-kirurgiska nivåer av EpCAM, IGFBP3, IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCL3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, SPP1 /OPN och PDGFR-B visade en enhetlig minskning av alla prover studerades.
slutsatser
Vår studie har identifierat flera gener differentiellt uttryckta i gastric cancer, några för första gången. Några av dessa har bekräftats på proteinnivå, liksom. Några av dessa proteiner kommer att behöva utvärderas ytterligare för deras potentiella som diagnostiska biomarkörer i gastric cancer och vissa kan vara användbar som uppföljnings markörer i magcancer.
Introduktion
Gastric cancer är en av de vanligaste cancersjukdomarna ses i södra Indien, rankad 2 nd bland män och 5 th bland kvinnor i Chennai huvudstadsregionen [1]. Av de patienter som till högskola, är mer än 90% fram till presentation och endast palliativ ledning är möjlig i dessa patienter [2]. Under 2005 och 2006 har totalt 1239 patienter med ventrikelcancer ses vid institutet, varav 211 patienter hade tidigare behandlats på annat håll. Bland behandlingsnaiva patienter (n = 1028), var 61% lokalt avancerad och 39% var med fjärrmetastaser. Med tanke på den avancerade typ av sjukdomen och på grund av dåligt allmäntillstånd, endast 91 patienter kom upp för operation med avsikt att bota. Detta belyser problemet med bristen på tidig upptäckt för magcancer i Indien.
I Japan, som har en hög förekomst av magcancer är photofluorography screening görs som ett screeningprogram för befolkningen, vilket resulterar i tidig upptäckt av lesioner, några begränsade till slemhinnan endast [3]. Ett sådant förfarande är osannolikt att vara lösningen i ett stort land som Indien. Med tanke på de subtila symtom som matsmältningsbesvär, gradvis viktminskning som i allmänhet ignoreras, de flesta patienter närvarande med avancerad sjukdom. Det är därför viktigt att utveckla tillförlitliga screeningtest som kan hjälpa i tidig upptäckt av sjukdomen. Serum baserade test för Pepsinogen och H. pylori antikroppar har inte vunnit bred acceptans och har inte övervägts för screening individer av National Cancer Center, Tokyo, Japan [3]. Det diagnostiska testet bör företrädesvis blod eller urinprovet baserad och måste vara specifik.
Bland de viktigaste riskfaktorerna för magcancer, spelar kost en viktig roll. Konsumtionen av saltad mat (fisk och kött) och tobak är förknippade med en ökad risk [4-6]. Kronisk atrofisk gastrit och intestinala metaplasi har ansetts vara premaligna förändringar i magslemhinnan. Tobaksrökning, H. pylori, är kost med högt innehåll av salt, nitriter och nitrater, och lågt intag av frukt och grönsaker kända riskfaktorer för kronisk atrofisk gastrit [7]. Den södra indiska diet består traditionellt av hög kyliga innehåll och friterad mat, med oljan som används för stekning genomgå flera cykler av användning innan den kasseras och därmed innehåller en hög halt av cancerframkallande [5, 8, 9].
Gastric cancer är övervägande adenokarcinom och kan vara av tre undertyper - Tarm, diffus och blandade [10]. Tarm typ av magcancer brukar ses i den distala delen av magen, har precancerous steg och består av sammanhållna cancerceller bildar körteln liknande strukturer [11]. De flesta av de intestinala typer är väl till måttligt differentierad (WHO-klassificering). Den diffusa typen består av enskilda cancerceller infiltrerar och sprider sig långt utanför dess makroskopiska gränser. De är oftast dåligt differentierade till odifferentierade [12]. I Chennai, distala tumörer är vanligare än proximala cancer.
Genuttryck studier i olika cancerformer har bidragit till att identifiera gener som är involverade i processen för tumörbildning [13]. Microarray studier som jämför de genuttryck skillnaderna mellan normal mage och magcancer [14], mellan unga och äldre magcancer patienters tumörer [15], mellan primärtumör och metastaser [16] har rapporterats. Vår studie jämför genuttryck mellan till synes normala mag vävnaderna från patienter med icke-gastric cancer (Tydligen normal - AN), gastriska vävnadsprover långt bort från tumören och bekräftas av fryst avsnitt inte ha tumörceller (Kopplade normal - PN) och gastric cancer (Tumörer - T). Detta är den första studien att undersöka genuttryck mönster av magcancer i söder indiska patienter och validera en del av dessa gener på proteinnivå för sin potential som biomarkörer för magcancer.
Material och metoder
Fem AN prover (2 från patienter med hypofarynxcancer cancer, en från övre esofagala skivepitelcancer, en från peri-ampullary carcinoma, en från pankreascancer) från patienter som genomgick magen resektion som en del av sin primäroperation ingick i studien. Dessutom har 24 gastric cancer och 20 PN ingår i studien. Samtliga patienter om deras samtycke för studien, som godkändes av Institutional etiska kommitté. Sälja The operativa prover omedelbart bearbetas och sektioner togs för fryst avsnitt. Tumör prover med mer än 70% cancerceller; PN och AN prover med inga tecken på tumörceller och till synes normal morfologi ingick i studien.
Dessutom togs blodprover från individer som genomgår oesophagogastroduodenoscopy (OGDscopy) för dyspeptiska symptom och att utesluta någon övre mag-tarmkanalen patologi. Av detta har 58 visat sig vara gastric cancer, 6 befanns ha godartad patologi i magen (gastrit, godartade magsår) och 12 hade en normal OGDscopy rapport. I 8 magcancer patienter som genomgick radikal kirurgi, var postoperativ blodprov också samlats mellan dag 7 och dag 15 utom två patienter där provet samlades in i samband med deras första uppföljningen efter operationen (dag 55 och 64) .
RNA-extraktion
RNA extraherades från vävnadsproverna med användning av RNeasy RNA-extraktion kit (Qiagen, Gmbh, Hilden, Kat nr: 74106) enligt tillverkarens instruktioner. Kvaliteten hos RNA som används för mikro array analys kontrollerades med användning av Bioanalyzer och prover med en RNA Integrity Number (RIN) av 7 eller mer ingick i studien. RNA kvantifierades med användning av Nanodrop ™ ND1000 (Nanodrop Technologies, USA) spektrofotometer.
Detektering av H pylori
Analys för H pylori i gastriska vävnadsprover utfördes med användning av PCR såsom beskrivits tidigare [17]. PCR-primrar utformade för att amplifiera S2-regionen av Vac En gen i H pylori-genomet användes för detektion. Reaktionen förstärker en amplikon på cirka 194 bp längd
microarray experiment
1 mikrogram av totalt RNA från tumören /PN /AN prov och universell RNA (Strata, Cat nr: 740.000 till 41). Var omvänd transkription med hjälp av Array skript vid 42 ° C under 2 timmar för erhållande av cDNA med användning av amino allyl MessageAmp II aRNA amplifieringskit (Ambion, Austin, Tx; Cat nr: AM1797). CDNA förstärktes, märkt, hybridiserad och diabilder skannas som beskrivits tidigare [18]

• Samband mellan HER-2 /neu (erbB-2) expressionsnivån och terapeutiska effekten av kombinationsbehandling med Herceptin och cytostatika i magcancer cell lines
• Fas I-studie av neoadjuvant kemoradioterapi med S-1 plus varannan vecka cisplatin för avancerade gastric patienter med lymfkörtelmetastaser cancer: -KOGC04-