Identifikacija i validacija gena uključenih u želučanom tumorigenesis

identifikacija i vrednovanje gena uključenih u želučanoj tumorigenezi pregled apstraktne pregled pozadine
raka želuca je jedan od najčešćih oblika raka vidjeti u južnoj Indiji. Nažalost više od 90% su napredovale od vremena oni prijavljuju tercijarnog centra u zemlji. Postoji hitna potreba da se okarakterizirati karcinoma i pokušati identificirati potencijalne biomarkera i nove terapijske ciljeve.
Materijali i metode pregled smo koristili 24 želučanog raka, 20 Upareni normalna (PN) i 5 naizgled normalna želučanog tkiva dobiveni od bolesnika s ne-želučanog karcinoma (očigledno normalno - an) za proučavanje microarray slijedi vrednovanje značajnih gena (n = 63) po relativnoj kvantifikaciju pomoću Taqman niske gustoće Array real Time PCR. Zatim smo koristili po mjeri Quantibody proteina polje za provjeru izražaj 15 proteina u želučanog tkiva (4 AN, 9 PN i 9 želučani rak). Isti niz format koristi za proučavanje plazmatske razine ovih proteina u 58 bolesnika s želučanim karcinoma i 18 od bolesnika s normalnim /nemalignih želučane uvjete. Pregled rezultata pregled sedamnaest gena (ASPN, CCL15 /MIP-1δ , MMP3, SPON2, PRSS2, CCI3, TMEPAI /PMEPAI, SIX3, MFNG, SOSTDC1, SGNE1, SST, IGHA1, AKR1B10, FCGBP, ATP4B, NCAPH2) prikazana su se različito izražena između tumora i upareni normalno, po prvi vrijeme. EpCAM (p = 0,0001), IL8 (p = 0.0003), CCl4 /MIP-1β (p = 0,0026), CCL20 /MIP-3α (p = 0,039) i TIMP1 (p = 0,0017) razina proteina tkiva bile značajno različite (Mann Whitney U test) između tumora prema jednom & PN. Osim toga, medijan razine u plazmi IL8, CXCL9 /MIG, CCI3 /MIP-1 a, CCL20 /MIP-3a, PDGFR-B i TIMP1 proteina bile značajno različite između ne-maligne skupine i želuca skupine raka. U post-kirurške razine EpCAM, IGFBP3, IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCI3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, SPP1 /OPN i PDGFR-B utvrđena ista pad u svi uzorci proučavati.
Zaključci
Naša studija je identificirala nekoliko gena različito izražena u želučanim raka, neke po prvi put. Neki od njih su potvrđeni na razini proteina, kao dobro. Neki od tih proteina morat će se vrednovati i dalje za svoje potencijalne kao dijagnostički biomarkera u želučanim raka, a neke mogu biti korisni kao follow-up biljega u karcinomu želuca. Pregled Uvod pregled, Rak želuca je jedan od najčešćih oblika raka vidjeti u Južna Indija, zauzela 2 nd među ljudima i 5 og među ženama u Chennai gradskog područja [1]. Od bolesnika koji su tercijarne ustanove, više od 90% su napredni u prezentaciji i samo palijativne upravljanje je moguće u tih bolesnika [2]. U 2005. i 2006. godini, ukupno 1239 bolesnika s rakom želuca viđeni su u Institutu, od kojih je 211 pacijenata je prethodno tretirani negdje drugdje. Među liječen bolesnika (n = 1028), 61% su lokalno napredovao, a 39% su bili s udaljenim metastazama. S obzirom na naprednoj prirodi bolesti i zbog lošeg stanja performansi, samo 91 pacijenata došao na operaciju s namjerom da se liječe. To ističe problem nedostatka ranog otkrivanja oboljelih od karcinoma želuca u Indiji. Netlogu u Japanu, koji ima visoku učestalost raka želuca, photofluorography screening je učinio kao screening programa za stanovništvo, što je rezultiralo u ranom otkrivanju oštećenja, neki ograničeni na sluznicu samo [3]. Takav postupak je vjerojatno da će biti rješenje u velikoj zemlji poput Indije. S obzirom na suptilnih simptoma, kao što su probavne smetnje, postupno mršavljenje koji se u pravilu ignoriraju, većina pacijenata prisutni u uznapredovanom stadiju bolesti. Stoga je neophodno razviti pouzdane testove probira koji mogu pomoći u ranom otkrivanju bolesti. testovi temeljeni seruma za Pepsinogen i H. pylori protutijela nisu stekli široko su prihvaćeni i nisu uzeti u obzir za prikazivanje pojedince National Cancer Center, Tokio, Japan [3]. Dijagnostički test bi trebao biti po mogućnosti u krvi ili urina uzorak temeljen i treba biti specifični.
Među glavnim čimbenicima rizika za rak želuca, prehrana igra važnu ulogu. Potrošnja slanih jela (ribe i mesa) i duhan su povezane s povećanim rizikom [4-6]. Kronični atrofični gastritis i intestinalne metaplazije su smatrati premalignih promjena na sluznici želuca. Duhan za pušenje, H. pylori, prehrana s visokim sadržajem soli, nitrita i nitrata, te nizak unos voća i povrća su poznati čimbenici rizika za kronični atrofični gastritis [7]. Na jugu Indijski prehrana tradicionalno se sastoji od visokog prohladno sadržaja i duboko pržena hrana, a ulje se koristi za prženje prolazi kroz nekoliko ciklusa korištenja prije bacanja, a time i sadrži visok sadržaj kancerogenih tvari [5, 8, 9].
Želučanog raka su pretežno adenokarcinoma i može biti od tri pod-vrste - intestinalni, difuzna i mješovita [10]. Tip raka želuca crijeva obično se vidi u distalnom dijelu trbuha, ima prekancerozne faze te se sastoji od kohezivne stanice raka formiranje žlijezda poput strukture [11]. Većina crijevnih vrste su dobro do umjereno diferencirani (WHO klasifikacija). Vrsta Difuzna sastoji od pojedinačnih stanica raka infiltriraju i širenje daleko izvan svojih makroskopskih granica. Oni su obično slabo razlikuju se nediferencirane [12]. U Chennai, distalne tumori češći od proksimalnih raka. Pregled, Gene Expression studije na različite oblike raka su pomogli u identificiranju gena koji su uključeni u proces tumorigenezi [13]. Microarray studije usporedbu ekspresije gena razlike između normalne želuca i rakom želuca [14], između mlađih i starijih pacijenata s rakom želuca 'tumorima [15], između primarnog tumora i metastatskih lezija [16] su izvijestili. Naša studija uspoređuje ekspresiju gena između naizgled normalnog želučanog tkiva dobivenog od bolesnika s ne-želučanog karcinoma (očigledno normalno - AN), uzorcima želučane tkiva i daleko od tumora i potvrđenih od smrznute odlomku se da tumorske stanice (uparen normalno - PN) i želučanih tumora (tumori - T). Ovo je prvo istraživanje pogledati u genske ekspresije uzorcima želučane raka u Južnoj Indian bolesnika i provjeriti neke od tih gena na razini proteina za njihov potencijal kao biomarkera za rak želuca.
Materijali i metode
pet AN uzoraka (2 bolesnika s Hypopharyngeal raka, 1 od gornjeg jednjaka karcinom pločastih stanica, 1 iz peri-ampullary karcinoma, 1 od raka gušterače) od pacijenata koji su se podvrgnuli želucu resekcija kao dio svoje primarne operacije bilo je uključeno u studiju. Osim toga, 24 karcinome želuca i 20 PN uključeni su u studiju. Svi pacijenti pod uvjetom da njihova informirani pristanak za studij, koji je odobren od strane institucionalnog Etičko povjerenstvo.
Operativne Uzorci su odmah obraditi i sekcije su uzeti za smrznute dijelu. Uzorci Tumorski s više od 70% stanica raka; PN i uzorci bez dokaza tumorskih stanica i naizgled normalne morfologije su uključeni u studiju.
Osim toga, uzorci krvi prikupljeni su od pojedinaca prolazi oesophagogastroduodenoscopy (OGDscopy) za dispeptičkih simptoma i kako bi se isključila bilo gornji patologija probavnog trakta. Od toga 58 je utvrđeno da su karcinome želuca, 6 nađeno da imaju benignu patologija u želucu (gastritis, čir benigni) i 12 imaju normalnu OGDscopy izvještaj. U 8 bolesnika s rakom želuca koji su se podvrgnuli radikalnu operaciju, postoperativni uzorak krvi je također prikupljeni između 7. dana i 15. dana, osim dva bolesnika kod kojih je uzorak prikupljeni u vrijeme svog prvog praćenja nakon završetka operacije (dana 55 i 64) . pregled ekstrakcija RNA pregled RNA je ekstrahirana iz uzoraka tkiva uporabom RNeasy RNA ekstrakciju (Qiagen, GmbH, Hilden, Mačka br: 74106) prema uputama proizvođača. Kvaliteta RNA koja je korištena za micro-array analizu je provjerena pomoću Bioanalyzer i uzorke s RNA integritet broj (RIN) 7 ili više su uključeni u studiju. RNA se kvantificira koristeći NanoDrop ™ ND1000 (NanoDrop Technologies, USA) spektrofotometra. Pregled Otkrivanje H pylori
analize za H pylori u uzorcima tkiva želuca provedena je pomoću PCR kao što je prethodno opisano [17]. PCR primera dizajniranih da povećaju S2 regiju Vac gen H pylori genom korištene su za detekciju. Reakcija pojačava se produkt amplifikacije od približno 194 bp duljine
mikropolja eksperiment pregled 1 ug ukupne RNA iz tumora /PN /uzorak podvrgnut i univerzalna RNA (Stratagene, Mačka br: 740,000-41). Se reverzno transkribira uz pomoć Array skripta na 42 ° C tijekom 2 sata da se dobije cDNK pomoću amino alil MessageAmp II Arna Amplification kit (Ambion, Austin, TX, Cat No: AM1797). CDNA je pojačan, označen, hibridizirani, slajdove skenira kao što je opisano ranije [18]
Sve sirove podatke datoteke su dostavljeni GEO s određenom pristupnim brojem GEO -.. GSE17154
analizu Microarray podataka
prednji plan i pozadinu Medijan intenziteta za Cy3 i Cy5, izrađivani su u BRB-ArrayTools software [19] koristeći funkciju čarobnjak za uvoz. Korekcija Pozadina nije učinjeno. Globalna normalizacija koristi za srednju centru log omjera na svakom polju kako bi se prilagodila razlika u označavanju intenziteta Cy3 i Cy5 boja. Podaci su analizirani pomoću usporedbe klase modula [20] u softveru BRB-ArrayTools.
Class usporedbu u BRB-niz alata za pregled smo identificirali gene koji su različito izražene među 3 razreda (tumor /PN /AN) pomoću klase Usporedba modula. Jednosmjerna F-test je korišten i geni su smatrane statistički značajna ako je njihova vrijednost p je < 0.001. Osim toga bilo je potrebno dva puta razlika između različitih klasa pregled Kvantitativna PCR u realnom vremenu pregled, u stvarnom vremenu validacija ekspresije gena je učinjeno pomoću TLDA PCR u realnom vremenu (Applied Biosystems, Foster City, CA, kat br.: 4.342.261). Tri primjerka cDNA predloška uzorci su pojačani i analizirani na sustavu ABI Prism 7900HT detekciju sekvenci (tnom City, CA) kako je opisano ranije [18].
Sirovih podataka iz sustava za detekciju sekvenci Prism 7900HT se uvesti u Microsoft Excel softver za statističku analizu podataka. Među endogenih referentnih gena uključenih u Array (18S ribosomskc gena; ACTB), ACTB je izabran nakon vizualizirati globalnu distribuciju Ct vrijednost za normalizaciju podataka. Osim toga, HSPE1 koja je uključena na temelju diferencijalne ekspresije vidi na mikropolja, nađeno je da imaju minimalan varijacije i stoga je uključena kao dodatni endogenoj kontroli. U TLDA Testovi su provođeni na LabIndia instrumenti PVT LTD laboratorijima Gurgaon, New Delhi.
Uzorci AN su korišteni kao kalibratora i relativne vrijednosti kvantifikacije izračunate su za sve gene i uzoraka. Pregled, Gene Ontologija Analiza
geni se nalaze se različito izražena u tumorima i upareni normala na osnovi podataka microarray su uvezeni u Fatigo modula Babelomics [21] i analiziraju više od zastupljenost pojmova GO u odnosu na ostatak genoma pomoću Fisherov egzaktni test za 2 × 2 kontingencijskih tablica. P vrijednost je postavljena na < 0.05.
Priprema tkiva proteinske lizati i prikupljanje plazme pregled Protein lysates za analizu pomoću polja antitijela dobiveni su od 60-80 mg uzoraka smrznutih želučanog tkiva. Uzorci tkiva su stavljene u prisustvu tekućeg dušika pomoću mužara i tučka. Usitnjeno tkivo je ponovno suspendiran u puferu za lizu tkiva (Tris, pH 7,5 HCl, 150 mM natrijev klorid, 1% natrijevog deoksikolata, 1% NP40). Prije upotrebe pufera je dopunjen s kompletnim mini ™ koktel inhibitora proteaze (Roche Diagnostics GmbH, Njemačka). Proteinski lizati su podvrgnuti sonikaciji koristeći Vibra stanice ™ (Sonics Inc., USA) sonikatora. Lizati očišćeni su centrifugiranjem i kvantificiraju pomoću Coomassie Plus Bradford test ™ reagensa (Pierce Inc., USA) prema protokolu proizvođača. Kvaliteta proteina analizirana je rješavanje 50 ug lizata na 10% natrij dodecil sulfata (SDS poliakrilamid gel), a samim vizualizirati bojenjem pomoću boje Coomassie plavo. Pregled Plazma se dobila iz 5 ml krvi prikupljene u nazočnosti 200 ul 10% etilen diamin tetra octene kiseline (EDTA). Plazma je izdvojena iz uzoraka krvi centrifugira na 3000 g i pohranjeni na -80 ° C u alikvot pregled antitijela polja pregled Prilagođena polja antitijela Quantibody ™ array (Kataloški broj: QAA-cust). Na temelju multipleks ELISA sustava za kvantitativno mjerenje više proteina kupljene od ray Biotech, Inc., SAD se koristi za proučavanje razine ekspresije proteina u želučanim tkiva i uzorcima plazme [22, 23]. Sljedeći geni (CXCL5 /ENA-78, CXCL8 /IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCI3 /MIP-1α, CCL15 /MIP-1δ, EpCAM, MMP3, SPP1 /OPN, TIMP1, adipsina /CFD, CCl4 /MIP-1β, CCL20 /MIP-3α, PDGFR-B i IGFBP-3), nađeno je da prekomjerna ekspresija u želučanim raka u odnosu na PN a (s izuzetkom CFD /adipsina koje prekomjerno u PN odnosu na želučane karcinoma i AN) ispitivani su za svoje proteinskih razina u tumoru, što odgovara PN te u tkivima. Pored toga, razina u plazmi ovih proteina kod bolesnika koji su bili podvrgnuti OGDscopy procijenjene su korištenjem iste array format (58 pacijenata rak želuca, 6 s benignom želuca ili duodenalni ulkus ili gastritis i 12 sa normalnom OGDscopy izvješća). U 8 pacijenata s rakom želuca koji su bili podvrgnuti operaciji radikal, prije i postoperativna uzorci su skupljeni i analizirani.
Test je izveden kako je opisano u uputama proizvođača. Ukratko, u slučaju lizata tkiva 100 ug proteina lizat je priređen razrjeđivanjem Lizat tkiva matična otopina pomoću uzorkom razrjeđivača puferu koji je opskrbio proizvođač, do konačne koncentracije od 1 mg /ml. 100 ul razrijeđenog lizata se inkubira u polja komori tijekom 2 sata. U slučaju uzoraka plazme, plazma se razrijedi s puferom za razrjeđivanje uzorka isporučuje s kompletom u omjeru 1: 1. 100 ul razrijeđenog uzorka plazme se inkubira u polja komori tijekom 2 sata. Za svaki eksperiment s poljem, standarda isporučenog zajedno s garniturom svježe pripravljeni su kako je opisano u protokolu proizvođača i uključeni zajedno s kontrolnim uzorkom razrjeđivača pufera (negativna kontrola) koji nisu imali standarda ili uzoraka. Nizovi postupi se kako je opisano u uputama proizvođača. Snimci su skenirani na 5 μ rezoluciji i PMT 70 pomoću Pro Scan Array ™ (Perkin Elmer Inc., USA). Na tim postavkama skenera signali iz najvišeg standardne koncentracije nije doći do zasićenja. Podaci su analizirani pomoću Quantibody Q-Analyzer, niz specifičnih, Microsoft Excel na temelju programa, koji je isporučen sa custom polja. Pregled, Statistička analiza pregled medijan i raspon za vrijednosti plazme izračunate su korištenjem Microsoft Excel ™ prostirati softver (Microsoft, Inc.,). Mann Whitney U testom (http:... //Fakultet vassar edu /Lowry /utest html) se koristi za proučavanje značaj medijan vrijednosti plazme i dvosmjernih test je korišten za dobivanje p vrijednost. | Rezultati
kliničko-patološki detalje svih pacijenata, čiji uzorci su korišteni za analizu microarray i njihovim uzorcima tumora, dani su u dodatne datoteke 1. i 2. kliničko-patološka detalji pacijenata iz koga uzorci krvi dobiveni su za procjenu razine u plazmi citokina /kemokina /faktora rasta nalazi se u dodatne datotečne 3. pregled od 24 pacijenata čiji tumor uzorci su korišteni za microarray studiji, 16 su u dobi od preko 45 godina starosti i 8 su bili 45 godina ili manje; 18 su bili muškarci i 6 bile su ženke; 5 su tumori koji nastaju u području kardija 2 iz tijela i 17 iz antruma. Sva dvadeset četiri tumori bili adenokarcinom s jednom od njih je slabo diferencirani adenokarcinom s područja neuro-endokrini značajke. Među adenokarcinoma, crijeva podtip bila najčešća (n = 16), dok je difuzni podtip je kod 5 i miješa se u 2. stupanj III tumora prevladava (n = 20), bez Grade I tumora u seriji. Sedamnaest od 24 bili čvor pozitivan i 4 je imao udaljenih metastaza na prezentaciji.
Na temelju usporedbe analize klase (p-vrijednost = 0,001 i 2 puta razlika), imali smo 61 gena izraženo u raka, 66 u paru normalno i 61 s ap vrijednost < 1e-07 u naizgled normalan (dodatne datoteke 4). Koristili smo Taqman Relativna kvantifikacije RT-PCR za validaciju neke od gena identificiranih analizom microarray. ACTB je izabrana kao endogeni kontrole, što je osim na 18S kontrole prisutni u TLDA karticu.
Svi 49 uzoraka radio u TLDA testu, ali 2 gena, C11orf42 i IGLL1 nije radio. HSPE koje je utvrđeno da imaju različite izraz u uzorku u našoj microarray analize nisu pokazivali nikakve razlike u razinama, u ispitivanju TLDA a uvršten je kao dodatni endogenog kontrolom. Normalizacija je učinjeno pomoću ACTB i HSPE kao endogene kontrole. Od 63 gena izabranih, bez endogenih kontrole (ACTB i HSPE) i dva gena koji nisu radili, imali smo 59 gene za daljnju analizu.
Tri od gena (REG4, CLDN18, MXRA5) je bio uključen za validacija njihovog potencijala kao prognostički biljeg za neuspjeh. Međutim, u intervalu između vremena da analiza mikropostrojima je završen i analizu RQ-RT-PCR je učinjeno (oko 3 mjeseca) učinjeni su pacijenti koji su se pogoršalo i stoga geni nisu bili uzeti u obzir za daljnju analizu, kao prognostički biljezi. Međutim, oni su bili uključeni procijeniti da li su različito izražena između PN i tumora.
Popis gena koji su identificirani biti različito izražena u želučanim raka dani su u tablici 1 i tablici 2. Tablica 1 sadrži gene utvrđenim biti različito izražena u rakom želuca, po prvi put i tablici 2 navedeni su gene koji su poznati da su povezani s rakom želuca, a naći iu našoj studiji. (Dodatni Files 5 i 6 pružiti informacije o tim genima i odgovarajućim referencama). Postoje četiri različite obrasce ekspresije gena - Pattern 1 - izraženo u PN i tumora; Uzorak 2 - izraženo u PN, ali regulirani u tumorima; Uzorak 3 - minimalne promjene u PN, ali izraženo u tumora i Pattern 4 - minimalne promjene u PN, ali regulirani u tumora (Slika 1) .table 1 Geni izvijestila da se različito izražena po prvi put u rak želuca [Reference i detalji u dodatne datoteke 4] pregled SNO
GENE SIMBOL
ranijim koracima prijavljen u
POSLA
1
CCL15 /MIP5 /MIP-1D /LKN1 pregled NSCLC pregled [SF 5-R1] pregled 2 pregled ASPN
rak dojke pregled [SF 5-R2] pregled 3
MMP3 pregled, rak debelog crijeva pregled [SF 5-R3] pregled 4
SPON2 pregled pluća, jajnika, karcinom prostate pregled [SF 5-R4] pregled [SF 5-R5]
[SF 5-R6] pregled 5
PRSS22 pregled jajnika pregled [SF 5-R7] pregled 6 pregled CCI3 /MIP 1a pregled, oralni SCC pregled [SF 5-R8 ] pregled, 7 pregled TMEPAI /PMEPAI pregled neuro-endokrini tumori
[SF 5-R9] pregled, 8
SIX3 pregled 9
MFNG pregled regulirani u rak vrata maternice
[SF 5-R10]
10 pregled SGNE1 /SCG5 pregled endokrinih tumora
11 pregled SOSTDC1
regulirani na rak bubrega
[SF 5-R11]
12
SST
regulirani u jednjaka adenokarcinoma pregled [SF 5-R12] pregled 13 pregled IGHA1 pregled 14 pregled AKR1B10 pregled Povećana u Barrett-a epitela pregled [SF 5-R13]
15 pregled FCGBP pregled Down regulirana u debelom crijevu ca pregled [SF 5-R14] pregled 16 pregled ATP4B pregled 17 pregled NCAPH2 pregled Tablica 2 gena koji se uključe u rak želuca tumorigenezi identificirati u ovoj studiji [Reference i detalji u dodatne datotečne 5] pregled e nema
pregled GENE SIMBOL

gore ili dolje UREDITI pregled
POSLA
1 pregled CTSB pregled up-regulirana posebno u kardija tumours
[SF6-R1]
2
SPARC/Osteonectin
Up-regulated
[SF6-R2]
3
COL1A1
Up-regulated
[SF5-R3]
4
COL1A2
Up-regulated
[SF5-R3]
5
COL4A1/Arresten
Up-regulated
[SF5-R4]
6
CXCL1/GRO1/MGSA
Up-regulated
[SF5-R5]
7
SPP1/osteopontin
Up-regulated
[SF5-R6]
8
CXCL9/MIG
Up-regulated
[SF5-R7]
9
IL8/CXCL8
Up-regulated
[SF5-R8]
10
TIMP1
Up-regulated
[SF5-R9]
11
LUM/SLRR2D/LDC
Up-regulated
[SF5-R10]
12
CXCL5/ENA78
Up-regulated
[SF5-R11]
13
CXCL10/INP10/IP10
Up-regulated
[SF5-R4]
14
CEACAM6
Up-regulated
[SF5-R12]
15
REGIV
Up-regulated
[SF5-R13]
16
S100A10/ANX2L/CAL1L
Up-regulated
[SF5-R14]
17
SERPINH1/HSP47/CBP1
Up-regulated
[SF5-R15]
18
CDH3
Up-regulated
[SF5-R16
19
TACSTD1/EPCAM/CD326
Up-regulated
[SF5-R17]
20
IFITM1/LEU13
Up-regulated
[SF5-R18]
21
CTHRC1
Up-regulated
[SF5-R19]
22
SULF1
Up-regulated
[SF5-R20]
23
RNASE1
Down-regulated
[SF5-R21]
24
PGC
Down-regulated
[SF5-R22]
25
PGA5
Down-regulated
[SF5-R22]
26
GIF
Down-regulated
[SF5-R23]
27
LTF
Down-regulated
[SF5-R24]
28
TFF1
Down-regulated
[SF5-R25]
29
CLDN18
Down-regulated
[SF5-R26]
30
CFD/Adipsin
Secreted želuca ca stanici lines
[SF5-R27]
31
GHRL/Obestatin
Down-regulated
[SF5-R28]
32
LIPF
Down-regulated
[SF5-R29]
33
ANXA10
Down-regulated
[SF5-R30]
Slika 1 vrijednosti RQ uparenih normale (PN) (n = 20) i Tumorski (n = 24), koristeći naizgled normalan (n) (n = 5) kalibratora. Fold promjena u odnosu na naizgled normale. Pregled smo zatim nastavila potvrditi ekspresije proteina za neke od gena u (N = 4), PN (n = 9) i tumora (n = 9). Koristili smo Quantibody polje, koja se temelji na načelu sendvič ELISA za određivanje razine proteina od 15 kemokina i faktora rasta [22, 23]. Vrijednosti medijana i raspona razina dane su u tablici 3. CFD /adipsina Medijan nivoa Utvrđeno je da su niži u tumorima u odnosu na razine u PN i (p = 0,0324), dok CXCL5 /ENA78, CCL20 /MIP- 3α, IGFBP3, SPP1 /OPN i TIMP1 su povećani u PN i tumora u odnosu prema, s višim razinama vidio u tumorima. Za razliku od toga, EpCAM, IL8, CXCL10 /IP10, CCI3 /MIP-1α, CCl4 /MIP-1β, CCL15 /MIP-1δ, PDGFR-B su uglavnom povišene u tumorima u odnosu na i PN. EpCAM (p = 0,0001), IL8 (p = 0.0003), MIP-1β (p = 0,0026), MIP-3α (p = 0,039) i TIMP1 (p = 0,0017) u serumu su značajno različite (Mann Whitney U test) između tumora prema jednom & PN. Osim toga, EpCAM (p = 0,0004), IL8 (p = 0,0015) i MIP-1β (p = 0,0061) su značajno povišene u tumorima u odnosu na odgovarajuće PN.Table 3 medijan vrijednosti citokina i kemokina u PN i tumora lysates pregled pregled

PN pregled
PN
tumora
tUMORA
pregled medijalnom u pg /ml
Raspon u pg /ml
medijan u pg /ml
Raspon u pg /ml
medijan u pg /ml
Raspon u pg /ml
CFD /adipsina
27.295,0 pregled 22097,9-31759,9 pregled 27.162,9 pregled 19515,1-38224,3 pregled 13.021,0 * pregled 9441,5-36873,1 pregled CXCL5 /ENA-78 pregled 283,8 pregled 39,3-4206,1 pregled 2922,7 pregled 84,9-31628,7 pregled 3978,0 pregled 723,9-40669,6 pregled EpCAM pregled 1466,0 pregled 905,7-2266,6 pregled 2243,5 pregled 915-8885,8 pregled 18.717,6 *** /## #
8966.1 - 34.529 pregled IGFBP-3 pregled 3149,8 pregled 124,0 - 17.530,2 pregled 12.286,0 pregled 134,6-34036,3 pregled 17.662,7 pregled 196,9-55671,5 pregled IL-8 /CXCL8 pregled 22.1 pregled 0-62,3 pregled 53,1 pregled 27,4 - 190,6 pregled 1.240,4 *** /### pregled 93,1-3660,7 pregled CXCL10 /IP-10 pregled 20.4 pregled 1,4-146,1 pregled 147,0 pregled 0,8-3940,9 pregled 384,4 pregled 0,7-1643,1 pregled CXCL9 /MIG
369,5
0 - 8569,7 pregled 4336,1 pregled 1077.2 - 19.396,6 pregled 7540,3 pregled 727,7-73975,9 pregled CCI3 /MIP-1α pregled 0.0 pregled 0-187,4 pregled 203,6 pregled 0-1177,2 pregled 359,0 pregled 0-3231,5 pregled CCl4 /MIP-1β pregled 49,5 pregled 0-261,8 pregled 94.3 pregled 0 - 335.8
578.6 ** /# pregled 28,7-1185,2 pregled CCL15 /MIP-1δ pregled 86,0 pregled 54-157,3 pregled 169,3 pregled 51,7 - 748,9 pregled 374,3 pregled 63,4-2825,4 pregled CCL20 /MIP-3α pregled 859,3 pregled 76,1-1784,8
3049,6 pregled 893-16262,9 pregled 4773,4 * pregled 1014,4-13280,7 pregled MMP-3 pregled 269,0 pregled 0 - 648,6 pregled 143,9 pregled 0 - 353,1
0.0
0-2908,2 pregled SPP1 /OPN
447,0 pregled 9,1-896,3 pregled 2054,0 pregled 193,6-3183,7 pregled 1407,1 pregled 12,6-5819,2 pregled PDGF RB
222.3 pregled 174,3 do 521,4 pregled 295,3 pregled 184,9-1079,3 pregled 578,6 pregled 123,7-1516,8 pregled TIMP-1 pregled 9676,2 pregled 4373,3-17133,2 pregled 27.022,2 17.028,3 pregled - 194.387,8 139.365,6 pregled ** pregled 48146,4-367203,2 pregled AN - Očigledno normalno; PN - U paru normalan
p vrijednost značajno za + PN u odnosu tumora - pregled * - < 0,05; ** - ≪ 0.005; *** - ≪ 0,0005 Mann Whitney U testom
p vrijednost od značaja za PN u odnosu tumora - pregled # - < 0,01; ## - ≪ 0.005; ### - ≪ 0.0005 Mann Whitney U testa
plazmi citokina /kemokina /faktori rasta 15 procijenjene su korištenjem Quantibody polje. 18 nemalignih slučajeva (12, bez abnormalnosti detektiran pomoću OGDscopy i 6 benigni patologije u želucu) se clubbed zajedno i medijan vrijednosti su uspoređene između tumora i ne-malignih grupe. Mann Whitney U test je proveden za procjenu statističke značajnosti (dva kraka test). IL8, razina CXCL9 /MIG, CCI3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3a, PDGFR-B i TIMP1 plazmi bila značajno različita između ne-malignih skupine i rak želuca skupine (Tablica 4). SPP1 /OPN razini također su bili veći u bolesnika s karcinomom želuca u odnosu na ne-maligne skupine, ali je bio granično značajna (p = 0,05). U post-kirurške razine EpCAM, IGFBP3, IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCI3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, SPP1 /OPN i PDGFR-B utvrđena ista pad svih 8 uzoraka ispitivanih. Za razliku TIMP1, CCL15 /MIP-1δ i CFD /adipsina razina zapravo povećao u post-operativnom razdoblju u većini uzoraka (slika 2) .table 4 medijan vrijednosti citokina i kemokina u plazmi od ne-malignih bolesnika u odnosu na plazmu od bolesnici s želuca karcinomi pregled pregled, medijan za ne-maligne (n = 18) (u pg /ml)
raspon (u pg /ml)
medijan za tumore (n = 58) (u pg /ml)
raspon (u pg /ml)
CFD /adipsina
71.520,0 pregled 58000,8-77527,9 pregled 69.236,4 pregled 27926,9-95255,7 pregled CXCL5 /ENA-78 pregled 1100,6 pregled 0-7203,2 pregled 1702,8 pregled 0-11588,5 pregled EpCAM
1789.8
0 - 13.627,3 pregled 3527,1 pregled 0-35009,2 pregled IGFBP-3 pregled 119.467,1 pregled 20164,6-174.498 pregled 110.395,1 pregled 0-979359,6 pregled IL-8 /CXCL8 pregled 22.5 pregled 0-69,9 pregled 48.9 * pregled 0-396,3 pregled CXCL10 /IP-10 pregled 670,2 pregled 0-3328,9 pregled 931,1
0-5158,9 pregled CXCL9 /MIG
6069,2 pregled 0-18739,7 pregled 7561,8 * pregled 505-6 - 86.999 pregled CCI3 /MIP-1 a
1464.8
0 - 10.602,2 pregled 2335,1 * pregled 0-32199 pregled CCl4 /MIP-1β pregled 43,0 pregled 0-440,1 pregled 127,9 pregled 0-2138,5 pregled CCL15 /MIP-1δ
6628,8 pregled 1237,8-13178,1 pregled 5577,9 pregled 696,3-11054,4 pregled CCL20 /MIP-3α pregled 139,9 pregled 0-1994,1 pregled 654,6 # pregled 0-12013,1 Netlogu MMP-3 pregled 10.966,2 pregled 3891,2-38928,9 pregled 13.680,1 pregled 1358,7-80588,8 pregled SPP1 /OPN
4621,5 pregled, 0 - 20518.1
8680.5
0 - 110373.2
PDGF RB
1391,5 pregled, 0 - 5461.8 pregled 2300,5 * pregled 0-34754,4 pregled TIMP-1 pregled 31.048,9 pregled 15603.8 - 220729.6 pregled 98.054,6 # pregled 6252.5 - 463.941 pregled # - vrijednost p < 0.01; * - P vrijednost < 0,05 Mann Whitney U test pregled slici 2 pre (1), i post-operativno (2) razina u plazmi citokina /kemokina /faktora rasta u želučanom tumora (n = 8). Razine u plazmi mjerene su pomoću Quantibody niz, koji se koristi princip sendvič ELISA u multipleksne formatu. Podaci za procjenu razine nalaze se u odjeljku Metode.
Plazmatske razine citokina /kemokina /faktorima rasta onda su u korelaciji s kliničko-patološka obilježja. 28 pacijenata oboljelih od raka želuca 58 je kroz potencijalno ljekovito radikalna kirurgija (R0 resekcija) i 6 bolesnika je učinjena samo R1 resekcija. Ovi 34 patološke primjerci bili dostupni za patološka korelacija (PT, Pn, pStage, perinodal raširenih, limfna embolije, vaskularne embolija), dok je analiza preživljavanja je učinjeno na 28 pacijenata koji su bili podvrgnuti se R0 resekcija. Deset bolesnika je učinjena palijativne kirurške zahvate, a 13 pacijenata je odbio operaciju ili su nesposobni za bilo kojeg razloga osim suportivna skrb intervencije. Jedan pacijent imao nediferencirani karcinom, koji na dodatnim imunohistokemijskim studijama je utvrđeno da je primarni limfom želuca, difuzni limfom velikih B-stanica tip. razina u plazmi za MMP3 gdje veći kod muškaraca u usporedbi sa ženkama (medijan vrijednost 16772,1 pg /ml vs. 8512.5 pg /ml) (p vrijednost = 0,011);

• Korelacija između HER-2 /neu (erbB-2) razina ekspresije i terapeutski učinak kombiniranog tretmana Herceptinom i kemoterapijska sredstva u želučanom staničnim linijama raka
• Faza učim od neoadjuvant kemoradioterapiji sa S-1 plus dvotjednom cisplatina za pacijenata s uznapredovalim rakom želuca s limfnih čvorova metastaze: -KOGC04-