Identifisering og validering av gener involvert i mage tumorigenesis

identifisering og validering av gener involvert i mage tumorigenesis
Abstract
Bakgrunn
Magekreft er en av de vanligste kreftformene sett i Sør-India. Dessverre mer enn 90% er avanserte etter når de rapporterer til en tertiær senter i landet. Det er et presserende behov for å karakterisere disse kreftformene, og prøve å identifisere potensielle biomarkører og nye terapeutiske mål.
Materiale og metode
Vi brukte 24 mage kreft, 20 Koblede normale (PN) og 5 tilsynelatende normale mage vev oppnådd fra pasienter med ikke-mage kreft (tilsynelatende normal - AN) for microarray studien fulgt av validering av de viktige gener (n = 63) ved relativ kvantifisering ved hjelp Taqman Low Density Array real Time PCR. Vi brukte en spesiallaget Quantibody protein array å validere uttrykk av 15 proteiner i mage vev (4 AN, 9 PN og 9 mage kreftformer). Det samme matrise formatet ble brukt til å studere plasmanivåene av disse proteinene i 58 pasienter med mage kreft og 18 fra pasienter med normal /ikke-maligne mage forhold
. Resultater
Sytten gener (ASPN, CCL15 /MIP-1δ , MMP3, SPON2, PRSS2, CCI3, TMEPAI /PMEPAI, SIX3, MFNG, SOSTDC1, SGNE1, SST, IGHA1, AKR1B10, FCGBP, ATP4B, NCAPH2) ble vist å være uttrykt forskjellig mellom svulster og sammenkoblede normal, for det første tid. EpCAM (p = 0,0001), IL8 (p = 0,0003), CCl4 /MIP-1β (p = 0,0026), CCL20 /MIP-3α (p = 0,039) og TIMP1 (p = 0,0017) vev-protein-nivåer var signifikant forskjellig (Mann Whitney U-test) mellom tumorene versus AN & PN. I tillegg median plasmanivået av IL8, CXCL9 /MIG, CCI3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, PDGFR-B og TIMP1 proteiner var signifikant forskjellig mellom de ikke-maligne gruppen og magekreft gruppen. Den post-kirurgiske nivåer av EpCAM, IGFBP3, IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCI3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, SPP1 /OPN og PDGFR-B viste en jevn nedgang i alle prøvene undersøkt.
Konklusjoner
Vår studie har identifisert flere gener forskjellig uttrykt i mage kreft, noen for første gang. Noen av disse har blitt bekreftet på proteinnivået, så vel.
Noen av disse proteinene må vurderes nærmere for sine potensielle som diagnostiske biomarkører i mage kreft, og noen kan være nyttig som oppfølgings markører i magekreft.
Innledning Magekreft er en av de vanligste kreftformene sett i sør-India, rangert 2 nd blant menn og 5 th blant kvinner i Chennai Metropolitan området [1]. Av de pasienter til tertiær institusjon, er mer enn 90% avansert på presentasjon og kun palliativ ledelse er gjennomførbart i disse pasientene [2]. I 2005 og 2006 ble totalt 1239 magekreftpasienter sett ved instituttet, hvorav 211 pasienter hadde tidligere blitt behandlet andre steder. Blant de behandlingsnaive pasienter (n = 1028), ble 61% lokalt avansert og 39% var med fjernmetastaser. I lys av de avanserte egenskapene til sykdommen og på grunn av nedsatt allmenntilstand, bare 91 pasienter kom opp for kirurgi med hensikt å kurere. Dette understreker problemet med mangel på tidlig deteksjon for magekreft i India.
I Japan, som har en høy forekomst av magekreft, er photofluorography screening gjøres som et screeningprogram for befolkningen, noe som resulterer i tidlig påvisning av lesjoner, viss begrenset til mukosa bare [3]. En slik prosedyre er usannsynlig å være løsningen i et stort land som India. I lys av de subtile symptomer som fordøyelsesbesvær, gradvis vekttap som generelt ignoreres, de fleste pasienter har med langt fremskreden sykdom. Det er derfor viktig å utvikle pålitelige screeningtester som kan hjelpe til tidlig oppdagelse av sykdommen. Serum baserte tester for pepsinogen og H. pylori antistoff har ikke fått bred aksept og har ikke vært ansett for screening individer av National Cancer Center, Tokyo, Japan [3]. Den diagnostiske test bør fortrinnsvis blod eller urinprøve basert og må være konkret.
Blant de viktigste risikofaktorene for magekreft, spiller kosthold en viktig rolle. Forbruk av saltet mat (fisk og kjøtt) og tobakk er forbundet med en økt risiko [4-6]. Kronisk atrofisk gastritt og intestinal metaplasi er blitt betraktet som pre-maligne forandringer i mageslimhinnen. Tobakksrøyking, H. pylori, er dietter med høyt innhold av salt, nitritt og nitrat, og lavt inntak av frukt og grønnsaker kjente risikofaktorer for kronisk atrofisk gastritt [7]. Den indiske diett består tradisjonelt av høy kjølig innhold og fritert mat, med oljen som brukes til steking gjennomgår flere sykluser av bruk før de kastes og dermed inneholder et høyt innhold av kreftfremkallende [5, 8, 9].
Gastric kreft er overveiende adenokarsinomer og kan være av tre undertyper - Tarm, Diffuse og Mixed [10]. Intestinal type magekreft er vanligvis sett i den distale del av magen, har forstadier til kreft stadier og består av sammenhengende kreftcellene danner kjertel som strukturer [11]. De fleste av de intestinale typer er vel til moderat differensierte (WHO klassifisering). Den Diffus typen består av enkeltkreftceller infiltrere og sprer seg langt utover sine makroskopiske grenser. De er vanligvis dårlig differensiert til udifferensierte [12]. I Chennai, distale svulster er mer vanlig enn proksimale kreft.
Genuttrykk studier i ulike kreftformer har bidratt i å identifisere gener som er involvert i prosessen med å tumorigenesis [13]. Microarray studier som sammenligner de genuttrykk forskjellene mellom normal mage og magekreft [14], mellom unge og eldre magekreft pasientenes svulster [15], mellom primærtumor og metastatiske lesjoner [16] har blitt rapportert. Vår studie sammen genuttrykket mellom tilsynelatende normale mage vev oppnådd fra pasienter med ikke-mage kreft (tilsynelatende normal - AN), mage vevsprøver godt unna svulsten og bekreftet av frosne delen ikke å ha kreftceller (paret normal - PN) og mage kreft (Svulster - T). Dette er den første studien som ser inn i genuttrykksmønster av mage kreft i sør indiske pasienter og validere noen av disse genene på proteinnivå for sitt potensial som biomarkører for magekreft.
Materiale og metode
Fem AN prøver (2 fra pasienter med hypopharyngeal kreft, en fra øvre spiserørs plateepitelkarsinom, en fra peri-ampullary karsinom, en fra kreft i bukspyttkjertelen) fra pasienter som gjennomgikk mage reseksjon som en del av deres primære operasjonen ble inkludert i studien. I tillegg ble 24 mage kreft og 20 PN inkludert i studien. Alle pasientene gitt sitt samtykke til undersøkelsen, som ble godkjent av Institutional etiske komiteen.
Den operative prøvene ble umiddelbart behandlet og seksjoner ble tatt for frosne delen. Tumorprøver med mer enn 70% kreftceller; PN og prøver med ingen bevis for kreftceller og tilsynelatende normal morfologi ble inkludert i studien.
I tillegg ble blodprøver fra personer som gjennomgår oesophagogastroduodenoscopy (OGDscopy) for dyspeptiske symptomer og for å utelukke noen øvre mage-tarmkanalen patologi. Av dette 58 ble funnet å være gastrisk kreft, 6 ble funnet å ha godartet patologi i magen (gastritt, godartet ulcer), og 12 hadde en normal OGDscopy rapport. I 8 mage kreftpasienter som gjennomgikk radikal kirurgi, ble postoperativ blodprøve også samlet inn mellom dag 7 og dag 15 unntatt to pasienter der prøven ble samlet inn ved tidspunktet for sin første oppfølging etter operasjonen (dager 55 og 64) .
RNA ekstraksjon
RNA ble ekstrahert fra vevsprøver ved hjelp av RNeasy RNA ekstraksjon kit (Qiagen, Gmbh, Hilden, Cat nr: 74106) i henhold til produsentens anvisninger. Kvaliteten av RNA anvendes for mikro rekke analyse ble kontrollert ved hjelp av Bioanalyzer og prøver med en RNA integritet nummer (RIN) på 7 eller mer ble inkludert i studien. RNA ble kvantifisert ved hjelp av Nanodrop ™ ND1000 (Nanodrop Technologies, USA) spektrofotometer
. Påvisning av H pylori
Analyse for H pylori i mage vevsprøver ble utført ved hjelp av PCR som tidligere beskrevet [17]. PCR-primere laget for å forsterke S2 ​​region av Vac A-genet i genomet H pylori ble anvendt for deteksjon. Reaksjonen forsterker et fragment på ca. 194 bp lengde
microarray eksperiment
1 mikrogram total RNA fra svulsten /PN /AN prøve og universell RNA (Stratagene, Cat no: 740000-41). Ble revers transkribert ved hjelp av Array skriptet ved 42 ° C i 2 timer for å oppnå cDNA med amino Allyl MessageAmp II Arna forsterkersett (Ambion, Austin, TX, Cat no: AM1797). CDNA ble forsterket, merket, hybridiserte og lysbilder skannes som beskrevet tidligere [18]
alle rådatafiler har blitt sendt til GEO med en tildelt GEO sjonsnummer -.. GSE17154
Mikromatrise dataanalyse
forgrunn og bakgrunn Median intensitet for Cy3 og Cy5, ble importert til BRB-ArrayTools programvare [19] med importveiviseren funksjon. Bakgrunn korreksjon ble ikke gjort. Global normalisering ble anvendt for å median sentrum logg-grad på hver matrise for å korrigere for forskjeller i merking intensiteter av Cy3 Cy5 og fargestoffer. Dataene ble analysert ved bruk av Class sammenligning Modul [20] i BRB-ArrayTools programvare.
Class Sammenligning i BRB-Array Tools
Vi identifiserte gener som var forskjellig uttrykt blant de 3 klasser (tumor /PN /AN) bruker Class Sammenligning modulen. Univariate F-test ble anvendt, og genene ble ansett statistisk signifikant når p-verdien var deres < 0,001. I tillegg ble pålagt en to fold forskjell mellom de ulike klassene
Kvantitativ Real time PCR
sanntid validering av genuttrykk ble gjort ved hjelp av TLDA real time PCR (Applied Biosystems, Foster City, CA, Cat no.: 4342261). Tre eksemplarer cDNA mal prøver ble forsterket og analysert på ABI Prism 7900HT sekvens deteksjonssystem (Applied Biosystems, Foster City, CA) som beskrevet tidligere [18].
Den rådata fra Prism 7900HT sekvens detection system ble importert til Microsoft Excel programvare for statistisk analyse av dataene. Blant de endogene referanse gener inkludert på Array (18S ribosomalt genet, ACTB), ble ACTB valgt etter å visualisere den globale Ct verdifordeling, for å normalisere dataene. I tillegg HSPE1 som hadde vært inkludert basert på differensialuttrykk sett på Microarray, ble funnet å ha minimal variasjon og følgelig ble inkludert som en ytterligere endogen kontroll. De TLDA analysene ble kjørt på LabIndia Instruments Pvt Ltd laboratoriene ved Gurgaon, New Delhi.
AN prøver ble brukt som kalibratorer og de relative kvantiteringsstandarder verdiene ble beregnet for alle genene og prøvene.
Gene ontologi analyse
genene ble funnet å bli uttrykt forskjellig i tumorer og sammenkoblet normaler 'basert på mikroarray data ble importert til Fatigo modul av Babelomics [21] og analysert med hensyn på overrepresentasjon av GO betingelser i forhold til resten av genomet, ved hjelp Fishers eksakte test for 2 × 2 krysstabeller. Den p-verdi ble satt til < 0,05.
Utarbeidelse av Tissue proteinlysatene og innkreving av Plasma
Protein lysates for analyse ved hjelp av antistoff arrays var forberedt 60-80 mg av frosne mage vevsprøver. Vevsprøvene ble malt i nærvær av flytende nitrogen ved hjelp av morter og pistill. Det pulveriserte vev ble re-suspendert i vev lyseringsbuffer (Tris. HCL pH 7,5, 150 mM natriumklorid, 1% natriumdeoksykolat, 1% NP40). Før bruk, ble lysebuffer supplert med Komplett mini ™ proteasehemmer cocktail (Roche Diagnostics GMBH, Tyskland). Proteinlysatene ble utsatt for lydbehandling hjelp Vibra celle ™ (Sonics Inc., USA) ultralyd. Lysatene ble klarert av sentrifugering og kvantifisert ved hjelp av Coomassie Plus-Bradford assay ™ reagens (Pierce Inc., USA) som per produsentens protokoll. Kvaliteten av proteinene ble analysert ved å løse 50 ug av løsningen på 10% natriumdodecylsulfat polyakrylamid (SDS) geler og deretter synliggjort ved farging ved hjelp av Coomassie-blått.
Plasma ble oppnådd fra 5 ml blod som er samlet i nærvær av 200 ul av 10% etylendiamin tetra eddiksyre (EDTA). Plasma isolert fra blodprøvene ble sentrifugert ved 3000 g og lagret ved -80 ° C i porsjoner Antistoff Arrays
Custom antistoff arrays Quantibody ™ Array (Katalognummer: QAA-cust). Basert på en multiplex ELISA system for kvantitativ måling av flere proteiner som er kjøpt fra Ray Biotech, Inc., USA ble brukt til å studere protein ekspresjonsnivåer i gastrisk vev og plasmaprøver [22, 23]. Følgende gener (CXCL5 /ENA-78, CXCL8 /IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCI3 /MIP-1α, CCL15 /MIP-1δ, EpCAM, MMP3, SPP1 /OPN, TIMP1, Adipsin /CFD, CCI4 /MIP-1β, CCL20 /MIP-3α, PDGFR-B og IGFBP-3) funnet å være overuttrykt i gastriske cancere i forhold til PN og AN (med unntak av CFD /Adipsin som ble overuttrykt i PN forhold til mage kreft og AN) ble studert for deres protein nivåer i svulsten, tilsvar PN og i en vev. I tillegg ble plasmanivået av disse proteinene hos pasienter som hadde gjennomgått OGDscopy estimert ved hjelp av samme matrise format (58 mage kreftpasienter, 6 med benign mage eller duodenalsår eller gastritt og 12 med normal OGDscopy rapporten). I 8 magekreftpasienter som hadde gjennomgått radikal kirurgi, pre- og postoperativ prøver ble samlet inn og analysert.
Analysen ble utført som beskrevet av produsentens protokoll. I korthet, i tilfelle av vev lysatene 100 ug av protein lysatet ble fremstilt ved fortynning av lysatet vev stamløsningen ved å bruke prøve fortynning buffer levert av produsenten til en sluttkonsentrasjon på 1 mg /ml. 100 ul av den fortynnede Lysatet ble inkubert i matrisen kammeret i 2 timer. I tilfelle av plasmaprøvene, ble plasma fortynnet med prøvebuffer fortynningsmiddel som leveres med settet i et forhold på 1: 1. 100 ul av den fortynnede plasmaprøven ble inkubert i matrisen kammeret i 2 timer. For hver rekke forsøk ble standard levert sammen med settet ferskt fremstilt som beskrevet av produsentens protokoll og inkludert sammen med en prøve fortynning buffer kontroll (negativ kontroll), som heller ikke hadde standard eller prøver. Matriser ble behandlet som beskrevet av produsentens protokoll. Skinnene ble skannet på 5 μ oppløsning og en PMT av 70 bruker Pro Scan Array ™ (Perkin Elmer Inc., USA). På disse skannerinnstillinger signalene fra den høyeste standard konsentrasjonen ikke nådde metning. Dataene ble analysert ved hjelp av Quantibody Q-Analyzer, en rekke spesifikke, Microsoft Excel-basert program, som leveres med tilpassede arrays.
Statistisk analyse
median og utvalg for plasma verdiene ble beregnet ved hjelp av Microsoft Excel ™ regneark programvare (Microsoft, Inc.,). Mann Whitney U-test (http:... //Fakultet Vassar edu /lowry /uTest html) ble benyttet for å studere betydningen av medianverdiene av plasmaet og to halet test ble anvendt for oppnåelse av p verdi. Search Results
den klinisk-patologisk detaljer om alle pasienter, hvis prøvene ble brukt for microarray analyse og deres tumorprøver er gitt i annen fil 1 og 2. de klinisk-patologisk detaljer av pasienter fra hvem blodprøver ble oppnådd for estimering av plasmanivået av cytokiner /chemokiner /vekstfaktorer er gitt i annen fil 3.
av de 24 pasientene som har svulst prøver ble brukt for microarray studie, 16 var i alderen mer enn 45 år og 8 var 45 år eller mindre; 18 var menn og seks var kvinner; 5 var tumorer som oppstår i området ved cardia, to fra kroppen og 17 fra antrum. Alle de tjuefire svulster var adenokarsinomer med en av dem er dårlig differensiert adenokarsinom med områder med nevro-endokrine funksjoner. Blant de adenokarsinomer, Intestinal subtype var den mest vanlige (n = 16), mens diffuse subtype ble sett på fem og blandet i 2. klasse III svulster dominerte (n = 20), uten Grade I svulster i vår serie. Sytten av 24 var lymfeknutepositiv og 4 hadde fjernmetastaser på presentasjonen.
Basert på Class sammenligning analyse (p-verdi = 0,001 og to ganger forskjell), hadde vi 61 gener overuttrykt i kreft, 66 i paret normal og 61 med ap verdien av < 1e-07 i tilsynelatende normal (Tilleggs Fil 4). Vi brukte Taqman Relativ kvantifisering RT-PCR for validering av noen av de gener som er identifisert ved den mikromatriseanalyse. ACTB ble valgt som en endogen kontroll, som var i tillegg til 18S styre tilstede i TLDA kortet.
Alle de 49 prøvene arbeidet i TLDA analyse, men som 2-genene, C11orf42 og IGLL1 ikke hadde virket. HSPE som hadde blitt funnet å ha differensial uttrykk i prøvene i vår microarray analyse viste ingen variasjon i nivåene, i TLDA analysen og ble inkludert som en ekstra endogen kontroll. Normalisering ble gjort ved hjelp ACTB og HSPE som endogene kontroller. Av de 63 genene valgt, unntatt de endogene kontrollene (ACTB og HSPE) og de to gener som ikke hadde jobbet, hadde vi 59 gener for videre analyse.
Tre av genene (REG4, CLDN18, MXRA5) hadde vært inkludert for validering av sitt potensial som prognostisk markør for svikt. Men i intervallet mellom tiden at microarray analyse ble gjennomført og RQ-RT-PCR-analyse ble gjort (ca. 3 måneder) var det flere pasienter som enten fikk tilbakefall og dermed genene ikke ble vurdert for videre analyse som prognostiske markører. Imidlertid ble de tatt med for å vurdere hvorvidt de ble uttrykt forskjellig mellom PN og tumorer.
Liste av gener som ble identifisert til å bli uttrykt forskjellig i mage kreft er gitt i Tabell 1 og Tabell 2. Tabell 1 viser de gener som er identifisert til å være forskjellig uttrykt i magekreft for første gang, og tabell 2 viser de gener som er kjent for å være assosiert med magekreft, og finnes også i vårt studium. (Tilleggsfiler 5 og 6 gir informasjon om disse genene og tilhørende referanser). Det er fire forskjellige mønstre av genekspresjon - Pattern 1 - overexpressed i PN og i svulster; Mønster 2 - overexpressed i PN men nedregulert i tumorer; Mønster 3 - minimal endring i PN men overexpressed i svulster og M.4 - minimal endring i PN men nedregulert i svulster (figur 1) .table 1 Gener rapportert å være forskjellig uttrykt for første gang i magekreft [Referanser og detaljer i Tilleggs File 4]
SNO
GENE SYMBOL
oppregulering rapportert i
REFERANSE
en
CCL15 /MIP5 /MIP-1d /LKN1
NSCLC product: [SF5-R1]
2
ASPN
brystkreft product: [SF5-R2]
3
MMP3
tykktarmskreft product: [SF5-R3]
4
SPON2
Lung, eggstokkreft, prostatakreft product: [SF5-R4] product: [SF5-R5]
[SF5-R6]
5
PRSS22
eggstokkreft product: [SF5-R7]
6
CCI3 /MIP 1A
oral SCC product: [SF5-R8 ]
7
TMEPAI /PMEPAI
Nevro-endokrine svulster product: [SF5-R9]
8
SIX3
9
MFNG
nedregulert i livmorhalskreft
[SF5-R10]
10
SGNE1 /SCG5
endokrine svulster
11
SOSTDC1
nedregulert i nyrekreft product: [SF5-R11]
12
SST
nedregulert i spiserørs adenokarsinom product: [SF5-R12]
13
IGHA1
14
AKR1B10
Økt i Barretts epitel product: [SF5-R13]
15
FCGBP
Down regulert i tykktarmen ca product: [SF5-R14]
16
ATP4B
17
NCAPH2
Tabell 2 Gener er kjent for å være involvert i magekreft tumorigenesis identifisert i denne studien [Referanser og detaljer i Tilleggs File 5]
S NO
GENE SYMBOL

opp eller ned regulert
REFERANSE
en
CTSB
oppregulert spesielt i Cardia tumours
[SF6-R1]
2
SPARC/Osteonectin
Up-regulated
[SF6-R2]
3
COL1A1
Up-regulated
[SF5-R3]
4
COL1A2
Up-regulated
[SF5-R3]
5
COL4A1/Arresten
Up-regulated
[SF5-R4]
6
CXCL1/GRO1/MGSA
Up-regulated
[SF5-R5]
7
SPP1/osteopontin
Up-regulated
[SF5-R6]
8
CXCL9/MIG
Up-regulated
[SF5-R7]
9
IL8/CXCL8
Up-regulated
[SF5-R8]
10
TIMP1
Up-regulated
[SF5-R9]
11
LUM/SLRR2D/LDC
Up-regulated
[SF5-R10]
12
CXCL5/ENA78
Up-regulated
[SF5-R11]
13
CXCL10/INP10/IP10
Up-regulated
[SF5-R4]
14
CEACAM6
Up-regulated
[SF5-R12]
15
REGIV
Up-regulated
[SF5-R13]
16
S100A10/ANX2L/CAL1L
Up-regulated
[SF5-R14]
17
SERPINH1/HSP47/CBP1
Up-regulated
[SF5-R15]
18
CDH3
Up-regulated
[SF5-R16
19
TACSTD1/EPCAM/CD326
Up-regulated
[SF5-R17]
20
IFITM1/LEU13
Up-regulated
[SF5-R18]
21
CTHRC1
Up-regulated
[SF5-R19]
22
SULF1
Up-regulated
[SF5-R20]
23
RNASE1
Down-regulated
[SF5-R21]
24
PGC
Down-regulated
[SF5-R22]
25
PGA5
Down-regulated
[SF5-R22]
26
GIF
Down-regulated
[SF5-R23]
27
LTF
Down-regulated
[SF5-R24]
28
TFF1
Down-regulated
[SF5-R25]
29
CLDN18
Down-regulated
[SF5-R26]
30
CFD/Adipsin
Secreted ved gastrisk ca celle lines
[SF5-R27]
31
GHRL/Obestatin
Down-regulated
[SF5-R28]
32
LIPF
Down-regulated
[SF5-R29]
33
ANXA10
Down-regulated
[SF5-R30]
Figur 1 RQ-verdier over sammenkoblede normaler (PN) (n = 20) og Tumor (n = 24), ved hjelp av tilsynelatende normalt (AN) (n = 5) som kalibrator. Flippen endringen er i forhold til de tilsynelatende normale.
Vi fortsatte deretter å bekrefte protein uttrykk for noen av genene i AN (n = 4), PN (n = 9) og tumorer (n = 9). Vi brukte Quantibody matrise, som er basert på prinsippet av sandwich-ELISA for å bestemme protein nivåer av 15 cytokiner, kjemokiner og vekstfaktorer [22, 23]. Medianverdier og Range av nivåene er gitt i tabell 3. CFD /Adipsin median nivåene ble funnet å være lavere i tumorer sammenlignet med nivåene i PN og AN (p = 0,0324), mens CXCL5 /ENA78, CCL20 /MIP- 3α, IGFBP3, SPP1 /OPN og TIMP1 ble økt i PN og svulster i forhold til AN, med høyere nivåer sett i svulster. I kontrast, EpCAM, IL8, CXCL10 /IP10, CCI3 /MIP-1α, CCI4 /MIP-1β, CCL15 /MIP-1δ, PDGFR-B ble hovedsakelig forhøyet i svulster i forhold til AN og PN. EpCAM (p = 0,0001), IL8 (p = 0,0003), MIP-1β (p = 0,0026), MIP-3α (p = 0,039) og TIMP1 (p = 0,0017) nivåene var signifikant forskjellig (Mann Whitney U-test) mellom tumorene versus AN & PN. I tillegg EpCAM (p = 0,0004), IL8 (p = 0,0015) og MIP-1β (p = 0,0061) ble signifikant forhøyet i tumorer sammenlignet med deres tilsvarende PN.Table 3 Medianverdier for cytokiner og kjemokiner i en PN og tumor lysater

AN
AN
PN

PN
Tumor
Tumor

Median i pg /ml
Range i pg /ml
median i pg /ml
Range i pg /ml
median i pg /ml
Range i pg /ml
CFD /Adipsin
27295,0
22097,9 til 31759,9
27162,9
19515,1 til 38224,3
13021,0 *
9441,5 til 36873,1
CXCL5 /ENA-78
283,8
39,3 til 4206,1
2922,7
84,9 til 31628,7
3978,0
723,9 til 40669,6
EpCAM
1466,0
905,7 til 2266,6
2243,5
915 til 8885,8
18717,6 *** /## #
8966,1 til 34529
IGFBP-3
3149,8
124,0 til 17530,2
12286,0
134,6 til 34036,3
17662,7
196,9 til 55671,5
IL-8 /CXCL8
22,1
0 til 62,3
53,1
27,4 til 190,6
1240,4 *** /###
93,1 til 3660,7
CXCL10 /IP-10
20,4
1,4 til 146,1
147,0
0,8 til 3940,9
384,4
0,7 til 1643,1
CXCL9 /MIG
369,5
0 til 8569,7
4336,1
1077,2 - 19396,6
7540,3
727,7 til 73975,9
CCI3 /MIP-1α
0,0
0 til 187,4
203,6
0 til 1177,2
359,0
0 til 3231,5
CCI4 /MIP-1β
49.5
0 til 261,8
94,3
0 til 335,8
578,6 ** /#
28,7 til 1185,2
CCL15 /MIP-1δ
86,0
54 til 157,3
169,3
51,7 til 748,9
374,3
63,4 til 2825,4
CCL20 /MIP-3α
859,3
76,1 til 1784,8
3049,6
893 til 16262,9
4773,4 *
1014,4 til 13280,7
MMP-3
269,0
0 til 648,6
143,9
0 til 353,1
0,0
0 til 2908,2
SPP1 /OPN
447,0
9,1 til 896,3
2054,0
193,6 til 3183,7
1407,1
12,6 til 5819,2
PDGF RB
222,3
174,3 til 521,4
295,3
184,9 til 1079,3
578,6
123,7 til 1516,8
TIMP-1
9676,2
4373,3 til 17133,2
27022,2
17028,3 - 194387,8
139365,6 **
48146,4 til 367203,2
AN - Tilsynelatende normal; PN - i kombinasjon normal
p-verdi betydelig for AN + PN versus Tumor - product: * - < 0,05; ** - ≪ 0,005; *** - ≪ 0,0005 av Mann Whitney U test
p-verdi betydelig for PN versus Tumor -
# - < 0,01; ## - ≪ 0,005; ### - ≪ 0,0005 av Mann Whitney U test
Plasmanivåene av de 15 cytokiner /chemokiner /vekstfaktorer ble estimert ved hjelp av Quantibody array. De 18 ikke-maligne tilfeller (12 med ingen abnormitet påvises ved OGDscopy og 6 med benign patologi i magen) ble skamslått sammen og medianverdiene ble sammenlignet mellom de tumorer og de ikke-ondartet gruppe. Mann Whitney U-testen ble utført for å vurdere den statistiske signifikans (to-halet test). IL8, CXCL9 /MIG, CCI3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3a, PDGFR-B TIMP1 plasmanivåene var signifikant forskjellig mellom de ikke-maligne gruppen og magekreft gruppen (tabell 4). SPP1 /OPN nivå var også høyere i magekreft pasienter sammenlignet med den ikke-ondartet gruppe, men var tilnærmet signifikant (p = 0,05). Den post-kirurgiske nivåer av EpCAM, IGFBP3, IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCI3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, SPP1 /OPN og PDGFR-B viste en jevn nedgang i alle de 8 prøvene studert. I motsetning TIMP1, CCL15 /MIP-1δ og CFD /Adipsin nivåer faktisk økt i den postoperative perioden i de fleste av prøvene (figur 2) .table 4 Medianverdier for cytokiner og kjemokiner i plasma fra ikke-maligne pasienter versus plasma fra pasienter med mage karsinom

MEDIAN for ikke-ondartet (n = 18) (i pg /ml)
RANGE (i pg /ml)
MEDIAN for tumorer (n = 58) (i pg /ml)
RANGE (i pg /ml)
CFD /Adipsin
71520,0
58000,8 til 77527,9
69236,4
27926,9 til 95255,7
CXCL5 /ENA-78
1100,6
0 til 7203,2
1702,8
0 til 11588,5
EpCAM
1789,8
0 til 13627,3
3527,1
0 til 35009,2
IGFBP-3
119467,1
20164,6-174498
110395,1
0 til 979359,6
IL-8 /CXCL8
22,5
0 til 69,9
48,9 *
0 til 396,3
CXCL10 /IP-10
670,2
0 til 3328,9
931,1
0 til 5158,9
CXCL9 /MIG
6069,2
0 til 18739,7
7561,8 *
505-6 - 86999
CCI3 /MIP-1α
1464,8
0 - 10602,2
2335,1 *
0-32199
CCI4 /MIP-1β
43,0
0 til 440,1
127,9
0 til 2138,5
CCL15 /MIP-1δ
6628,8
1237,8 til 13178,1
5577,9
696,3 til 11054,4
CCL20 /MIP-3α
139,9
0 til 1994,1
654,6 #
0 til 12013,1
MMP-3
10966,2
3891,2 til 38928,9
13680,1
1358,7 til 80588,8
SPP1 /OPN
4621,5
0 til 20518,1
8680,5
0 til 110373,2
PDGF RB
1391,5
0 til 5461,8
2300,5 *
0 til 34754,4
TIMP-1
31048,9
15603,8 til 220729,6
98054,6 #
6252,5 - 463941
# - p-verdi < 0,01; * - P-verdi < 0,05 av Mann Whitney U test
Figur 2 Pre (1) og Post-operative (2) plasmanivået av cytokiner /chemokiner /vekstfaktorer i mage kreft (n = 8). Plasmanivåene ble målt ved anvendelse av Quantibody matrisen, som bruker prinsippet for sandwich-ELISA i et multiplex-format. Detaljene for estimering av nivåene er gitt i metodedelen.
Plasmanivåene av cytokiner /chemokiner /vekstfaktorer ble deretter korrelert med klinisk-patologiske funksjoner. 28 av de 58 mage kreftpasienter hadde gjennomgått en potensielt kurativ radikal kirurgi (R0 reseksjon) og 6 pasienter gjennomgikk R1 reseksjon bare. Disse 34 patologiske prøver var tilgjengelig for patologiske korrelasjoner (pt, pn, pStage, perinodal spredt, lymfatisk emboli, vaskulær emboli), mens overlevelsesanalyse ble utført på 28 pasienter som hadde gjennomgått en R0 reseksjon. Ti pasienter gjennomgikk palliative kirurgiske prosedyrer, mens 13 pasienter avvist kirurgi eller var uegnet til noe annet enn støttende omsorg intervensjon. En pasient hadde en udifferensiert kreft, som på flere Immunhistokjemiske studier ble funnet å være en primær gastrisk lymfom, diffus stor B-celle type. Plasmanivåene for MMP3 hvor høyere hos menn enn hos kvinner (Median verdi 16772,1 pg /ml versus 8512,5 pg /ml) (p-verdi = 0,011); av India.

• Korrelasjon mellom HER-2 /neu (erbB-2) uttrykk nivå og terapeutisk effekt av kombinasjonsbehandling med Herceptin og kjemoterapeutiske midler i mage kreft cellelinjer
• Fase I-studie av neoadjuvant kjemoradioterapi med S-1 pluss annenhver uke cisplatin for avanserte magekreftpasienter med lymfeknutemetastaser: -KOGC04-