Идентификация и проверка генов, участвующих в желудочном онкогенеза

Идентификация и проверка генов, участвующих в желудочном онкогенеза
Аннотация
фоне
рака желудка является одним из наиболее распространенных видов рака видели на юге Индии. К сожалению, более 90% выдвигаются к тому времени, они сообщают в третичный центр в стране. Существует острая необходимость охарактеризовать эти виды рака и попытаться определить потенциальных биомаркеров и новых терапевтических целей.
Материалы и методы
Мы использовали 24 рак желудка, 20 Сопряженные нормальных (PN) и 5, по-видимому нормальных тканей желудка, полученные от пациентов с не раком желудка (по-видимому нормальный - AN) для исследования микрочипов с последующим валидации значимых генов (п = 63) по относительной количественному с использованием Taqman низкой плотности массива ПЦР в реальном времени. Затем мы использовали выполненный на заказ массив белка Quantibody для проверки экспрессии 15 белков в тканях желудка (4 AN, 9 PN и 9 рака желудка). Такой же формат массива был использован для изучения плазменные уровни этих белков у 58 пациентов с раком желудка и 18 от пациентов с нормальным /доброкачественных условиях желудка.
Результаты
Семнадцать генов (ASPN, CCL15 /MIP-1δ , MMP3, SPON2, PRSS2, CCL3, были показаны TMEPAI /PMEPAI, Six3, MFNG, SOSTDC1, SGNE1, SST, IGHA1, AKR1B10, FCGBP, ATP4B, NCAPH2) дифференциально выражены между опухолями и парный нормально, за первый время. EpCAM (р = 0,0001), IL8 (р = 0,0003), CCL4 /MIP-1β (р = 0,0026), CCL20 /MIP-3α (р = 0,039) и timp1 (р = 0,0017) уровни белка ткани значительно отличались (Mann Уитни U тест) между опухолями по сравнению с AN &Amp; PN. Кроме того, средние плазменные уровни IL8, CXCL9 /MIG, CCL3 /MIP-1, CCL20 /MIP-3 α, PDGFR-B и timp1 белков значительно отличались между доброкачественной группой и желудка группы рака. Послеоперационной уровни EpCAM, IGFBP3, IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCL3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, SPP1 /OPN и PDGFR-B показали равномерное падение во всех исследованных образцах. <бр> Выводы
Наше исследование выявило несколько генов, дифференциально экспрессирующихся в рака желудка, некоторые впервые. Некоторые из них были подтверждены на уровне белка, а также. Некоторые из этих белков необходимо будет оцениваться по их потенциал в качестве диагностических биомаркеров в рака желудка и некоторые из них могут быть использованы в качестве последующих маркеров рака желудка.
Введение
Рак желудка является одним из наиболее распространенных видов рака видели в Южная Индия, занимающая 2 й среди мужчин и 5 й среди женщин в области Ченнаи Metropolitan [1]. Из пациентов в высшее учебное заведение, более 90% выдвигаются на презентации и только паллиативного управления выполнима у этих больных [2]. В 2005 и 2006 годах, в общей сложности 1239 больных раком желудка были замечены в институте, из которых 211 пациентов были предварительно обработанную в другом месте. Среди лечения наивных пациентов (п = 1028), 61% были местно-распространенным и 39% были с отдаленными метастазами. С учетом передового характера заболевания и из-за плохого состояния производительности, только 91 пациентов, пришли к операции с намерением вылечить. Это выдвигает на первый план проблему отсутствия раннего выявления для рака желудка в Индии.
В Японии, которая имеет высокий уровень заболеваемости раком желудка, флюорография скрининг проводится в качестве скрининговой программы для населения, что приводит к раннему выявлению повреждений, некоторые ограничиваются только слизистой оболочки [3]. Такая процедура вряд ли будет решение в большой стране, как Индия. С учетом тонких симптомов, таких как диспепсия, постепенная потеря веса, которые, как правило, игнорируются, большинство пациентов имеют с прогрессирующим заболеванием. Поэтому крайне важно, чтобы разработать надежные скрининговые тесты, которые могут помочь в раннем выявлении заболевания. Сыворотка тесты, основанные на пепсиногена и антитела хеликобактерной не получили широкого признания и не были рассмотрены для скрининга лиц Национального онкологического центра, Токио, Япония [3]. Диагностический тест должен быть предпочтительно крови или мочи на основе образца и должен быть конкретным.
Среди основных факторов риска развития рака желудка, диета играет важную роль. Потребление соленой пищи (рыба и мясо) и табака связаны с повышенным риском [4-6]. Хронический атрофический гастрит и кишечной метаплазией рассматривались в качестве предраковых изменений в слизистой оболочке желудка. Курение табака, H. Pylori, диеты с высоким содержанием солей, нитритов и нитратов, а также низкий уровень потребления фруктов и овощей являются известными факторами риска для хронический атрофический гастрит [7]. Южной части Индийского диета традиционно состоит из высокого содержания прохладную и глубокой жареной пищи, с масло, используемое для жарки проходит несколько циклов использования, прежде чем они будут удалены, и, следовательно, содержащие высокое содержание канцерогенов [5, 8, 9].
Рака желудка преимущественно аденокарциномы и могут быть трех подтипов - кишечного тракта, диффузные и смешанные [10]. Тип Кишечные рака желудка обычно наблюдается в дистальной части желудка, имеет предраковые этапов и включает в себя сплоченной раковые клетки железы формирования подобных структур [11]. Большинство кишечных типов хорошо умеренно дифференцированные (по классификации ВОЗ). Тип Диффузный состоит из отдельных раковых клеток, проникающих и распространяющихся далеко за ее макроскопических границ. Они, как правило, слабо дифференцированы недифференцированные [12]. В Ченнаи, дистальных опухоли являются более распространенными, чем проксимальных рака.
Экспрессии генов в различных исследованиях раковых образований помогли в выявлении генов, участвующих в процессе онкогенеза [13]. исследования микрочипов, сравнивающие экспрессии генов различия между нормальным желудка и рака желудка [14], между опухолями молодых и пожилых пациентов рака желудка "[15], между первичной опухоли и метастатических поражений [16] сообщалось. Наше исследование сравнивает экспрессию генов между по-видимому, нормальных желудочных тканей, полученных от пациентов с не раком желудка (по-видимому нормальный - AN), образцы желудка ткани вдали от опухоли и подтверждается гистологического исследования, чтобы не иметь опухолевых клеток (парный нормальный - PN) и рака желудка (Опухоли - Т). Это первое исследование, чтобы посмотреть в экспрессии генов форм рака желудка у больных южной части Индийского и проверить некоторые из этих генов на уровне белка для определения их потенциала в качестве биомаркеров для рака желудка.
Материалы и методы
Пять образцов А.Н. (2 у пациентов с раком гортаноглотки, 1 из верхнего пищеводного плоскоклеточного рака, 1 из пери-ampullary карциномы, 1 от рака поджелудочной железы) у пациентов, перенесших резекцию желудка, как часть их первичной операции были включены в исследование. Кроме того, 24 рака желудка и 20 ПН были включены в исследование. Все пациенты дали свое осознанное согласие на исследование, которое было одобрено этическим комитетом Institutional.
Оперативные образцы были сразу обработаны и участки были взяты для замороженных срезов. Образцы Опухолевые с более чем 70% раковых клеток; PN и AN образцы без признаков опухолевых клеток и, по-видимому нормальной морфологии были включены в исследование.
Кроме того, образцы крови были собраны от физических лиц подвергаются oesophagogastroduodenoscopy (OGDscopy) для диспептических симптомов и исключить любую верхнюю патологию желудочно-кишечного тракта. Из них, 58 были признаны рака желудка, были найдены 6 иметь доброкачественную патологию в желудке (гастрит, язва) доброкачественные и 12 имели нормальный отчет OGDscopy. У 8 больных раком желудка, которые подверглись радикальной операции, послеоперационные образцы крови также собранные между 7-й день и 15 день, за исключением двух пациентов, у которых проба была собрана во время их первого наблюдения после операции (дни 55 и 64) .
не Выделение РНК
РНК экстрагировали из образцов ткани с использованием набора для экстракции РНК RNeasy (Qiagen, GmbH, Hilden, Cat №: 74106) в соответствии с инструкциями изготовителя. Качество РНК, используемую для анализа микро-массива проверяли с помощью Bioanalyzer и образцы с РНК целостности номер (RIN) из 7 или более, были включены в исследование. РНК количественно с помощью NanoDrop ™ ND1000 (NanoDrop Technologies, USA) спектрофотометра.
Обнаружение H пилори
анализа для H Pylori в образцах ткани желудка проводили с использованием ПЦР, как описано ранее [17]. ПЦР-праймеры, предназначенные для амплификации S2 область из Vac A гена в геноме пилори H были использованы для обнаружения. Реакция усиливает ампликона приблизительно 194 п.н. длины
Microarray эксперимент
1 мкг тотальной РНК из опухоли /ПН /Образец и универсальной РНК (фирма Stratagene, Кат №: 740000-41). Были обратной транскрипции с использованием массива не сценарий при 42 ° с в течение 2 ч для получения кДНК с помощью амплификации набора Amino аллил MessageAmp II Арна (Амбион, Austin, TX, Кота нет: AM1797). КДНК амплифицировали, маркированы, гибридизовали и слайды сканируются, как описано ранее [18] Все изображения необработанные файлы данных были представлены GEO с присвоенным номером GEO присоединения -.. GSE17154
микрочипов анализа данных
цвет переднего плана и фона Медиана интенсивности для Cy3 и Cy5, были импортированы в BRB-ArrayTools программного обеспечения [19] с помощью функции мастера импорта. коррекция фона не было сделано. Глобальная нормализация была использована для срединного центра лог-коэффициентов на каждом массиве для корректировки различий в интенсивности маркировки красителей Cy3 и Cy5. Данные были проанализированы с помощью модуля сравнения класса [20] в программном обеспечении BRB-ArrayTools.
Класса сравнения в BRB массива инструменты
Мы идентифицировали гены, которые были дифференциально экспрессирующихся среди 3 классов (опухоль /PN /AN) с помощью модуля класса сравнения. Одномерный F-тест был использован и гены считались статистически значимыми, если их значение р было ≪ 0,001. Кроме того требовалось в два раза разница между различными классами
Количественная ПЦР в реальном времени в режиме реального времени
проверки экспрессии гена не было сделано с использованием TLDA ПЦР в реальном времени (Applied Biosystems, Foster City, CA; Cat нет.: 4342261). Образцы шаблонов Triplicate кДНК усиливались и анализировали на системе ABI Prism 7900HT обнаружения последовательности (Applied Biosystems, Foster City, CA), как описано ранее [18].
исходные данные из системы обнаружения последовательности Prism 7900HT была импортирована в Microsoft Excel программное обеспечение для статистического анализа данных. Среди эндогенных эталонных генов, включенных в массив (18S рибосомальной гена; ACTB), ACTB был выбран после того, как визуализируя глобальное распределение значений Ct, для нормализации данных. Кроме того, HSPE1, которые были включены на основании дифференциального выражения видно на Microarray, было установлено, что минимальное изменение и, следовательно, был включен в качестве дополнительного эндогенного контроля. В TLDA анализы проводились на LabIndia Instruments Pvt Ltd лаборатории в Гургаон, Нью-Дели.
Образцы А.Н. были использованы в качестве калибратора и относительные значения Количественный анализ были рассчитаны для всех генов и образцов.
Джин Онтология Анализ <бр> гены, найденные дифференциально выражены в опухолях и парных нормалей 'на основе данных микрочипов были импортированы в модуль Fatigo из Babelomics [21] и анализировали на содержание перепредставленности терминов ГО по сравнению с остальной частью генома, используя точный критерий Фишера для таблиц 2 × 2 на случай непредвиденных обстоятельств. Величина р была установлена ​​на уровне &л; 0.05.
Подготовка ткани белка лизатов и коллекция плазмы
белка лизатов для анализа с использованием массивов антител получают из 60-80 мг замороженных образцов тканей желудка. Образцы ткани измельчали ​​в присутствии жидкого азота с использованием ступки и пестика. Порошкообразный ткань повторно суспендировали в буфере для лизиса ткани (Трис. HCL рН 7,5, 150 мМ хлорида натрия, 1% дезоксихолат натрия, 1% NP40). Перед использованием буфера для лизиса была дополнена Complete ™ мини ингибиторов протеаз (Roche Diagnostics GmbH, Германия). Белковые лизаты подвергали обработке ультразвуком с помощью Vibra клетки ™ Sonicator (Sonics Inc., США). Лизаты осветляли центрифугированием и количественному использованием Кумасси Плюс-Бредфорда ™ реагента (Pierce Inc., USA) в соответствии с протоколом производителя. Качество белков анализировали с помощью разрешения 50 мкг лизата на 10% додецилсульфата натрия (SDS полиакриламидного гель) и впоследствии визуализировали окрашиванием с помощью Кумасси синим.
Плазму получали из 5 мл крови, собранных в присутствии 200 мкл 10% этилендиаминтетрауксусной кислоты (ЭДТА). Плазма, выделенный из образцов крови центрифугировали при 3000 г и хранили при -80 ° C в аликвотах
Антитело массивам
массивы пользовательских антител массивов Quantibody ™ (Номер по каталогу: QAA-ПАМ). На основе мультиплексной системы ELISA для количественного измерения нескольких белков, приобретенных у Ray Biotech, Inc, США использовали для изучения уровней экспрессии белка в тканях желудка и образцах плазмы [22, 23]. Следующие гены (CXCL5 /ENA-78, CXCL8 /IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCL3 /MIP-1α, CCL15 /MIP-1δ, EpCAM, MMP3, SPP1 /OPN, timp1, адипсина /CFD, CCL4 /MIP-1β, CCL20 /MIP-3α, PDGFR-Б и БСИФР-3) установлено, что избыточно экспрессируется в рака желудка по отношению к ПШ и AN (за исключением CFD /адипсина который сверхэкспрессируется в ПН по отношению к действию желудочного рака и AN) были изучены для их уровня белка в опухоли, соответствующие PN а в тканях. Кроме того, плазменные уровни этих белков у больных, перенесших OGDscopy оценивали, используя тот же формат массива (58 больных раком желудка, 6 с доброкачественной язвы желудка или двенадцатиперстной кишки или гастрита и 12 с нормальным докладе OGDscopy). У 8 больных раком желудка, перенесших радикальную операцию, до и послеоперационные образцы были собраны и проанализированы.
Анализ проводили, как описано в соответствии с протоколом производителя. Если коротко, то в случае лизатов ткани 100 мкг белка лизата получали путем разбавления ткани лизата маточного раствора с использованием абсорбирующего раствора буфера, поставляемый изготовителем до конечной концентрации 1 мг /мл. 100 мкл разбавленного лизата инкубировали в камере массива в течение 2-х часов. В случае образцов плазмы, плазму разводили буфером для разведения проб, прилагаемой к набору в соотношении 1: 1. 100 мкл разбавленного образца плазмы инкубировали в камере массива в течение 2-х часов. Для каждого эксперимента массива, стандарты, поставляемые вместе с комплектом были свежеприготовленными, как описывается протоколом, рекомендованным производителями и включены вместе с контрольным образцом разбавителя буфера (отрицательный контроль), которые ни один не имел стандартный или образцы. Массивы были обработаны, как описано в соответствии с протоколом производителя. Слайды были отсканированы с разрешением 5 μ и ФЭУ 70 с помощью Pro Scan массива ™ (Perkin Elmer Inc., США). При этих параметрах сканера сигналы от наибольшей концентрации стандарта не достигает насыщения. Данные анализировали с использованием Quantibody Q-анализатор, массив конкретную программу, основанную, Microsoft Excel, входящий в комплект поставки пользовательских массивов.
Статистический анализ
Медиана и диапазон для значений плазмы были рассчитаны с использованием электронную таблицу Microsoft Excel ™ программное обеспечение (Microsoft, Inc.,). тест Манна-Уитни U (HTTP:... //факультет Вассар Edu /Lowry /utest HTML) был использован для изучения значимости срединных значений плазмы и двумя хвостами теста был использован для получения р значение.
Результаты
Клинико-патологические детали всех пациентов, чьи образцы были использованы для анализа микрочипов и их образцов опухолей, приведены в дополнительном файле 1 и 2. Клинико-патологическая детали пациентов из которых образцы крови были получены для оценки плазменных уровней цитокинов /хемокинов /ростовых факторов приведен в дополнительный файл 3.
из 24 пациентов, у которых опухоли образцы использовали для микрочипов исследования, 16 были в возрасте более 45 лет и 8 было 45 лет или меньше; 18 были мужчины и 6 составляли женщины; 5 были опухоли, возникающие в области кардии, 2 из тела и 17 из антрального отдела. Все двадцать четыре опухоли были аденокарциномы с одним из них является слабо дифференцированы аденокарциномы с областями нейро-эндокринные особенностей. Среди аденокарциномы, Кишечные подтип был наиболее распространенным (п = 16), в то время как диффузный подтип был замечен в 5 и смешивают в 2 класса преобладал III опухоли (п = 20), без опухолей I степени в нашей серии. Семнадцать из 24 были узла положительным и 4 имели отдаленные метастазы в презентации.
На основе анализа класса сравнения (р = значение разности 0,001 и 2 раза), мы имели 61 генов суперэкспрессированный в раке, 66 в паре нормальных и 61 с ар значение &л; 1e-07 в нормальном (по-видимому, дополнительный файл 4). Мы использовали Taqman Относительный Количественный анализ RT-PCR для проверки некоторых из генов, идентифицированных с помощью микрочипов анализа. ACTB был выбран в качестве эндогенного контроля, который был в дополнение к 18S управления присутствует в карте TLDA.
Все 49 образцов работали в анализе TLDA но 2 генов, C11orf42 и igll1 не работал. HSPE которой было установлено, что дифференциальное выражение в образцах в нашем анализе микрочипов не показали никаких изменений в уровнях, в анализе TLDA и был включен в качестве дополнительного эндогенного контроля. Нормализация было сделано с использованием ACTB и HSPE как эндогенные управления. Из 63 генов, выбранных, за исключением эндогенных контроля (ACTB и HSPE) и двух генов, которые не работали, у нас было 59 генов для дальнейшего анализа.
Три из генов (REG4, CLDN18, MXRA5) был включен в список проверка их потенциала в качестве прогностического маркера для отказа. Тем не менее, в промежутке между временем, что анализ микрочипов был завершен и анализ RQ-RT-PCR было сделано (приблизительно 3 месяца) появились дополнительные пациенты с рецидивами и, следовательно, гены не были рассмотрены для дальнейшего анализа в качестве прогностических маркеров. Тем не менее, они были включены, чтобы оценить, были ли они дифференцированно выражены между PN и опухолей.
Список генов, которые были идентифицированы, чтобы быть дифференцированно выражены в рака желудка, приведены в таблице 1 и таблице 2. В таблице 1 перечислены генов, идентифицированных в дифференцированно выражены в раке желудка впервые и в таблице 2, перечислены гены, которые, как известно, связаны с раком желудка, а также обнаружили в нашем исследовании. (Дополнительные файлы 5 и 6 предоставляют информацию об этих генах, и соответствующие ссылки). Существуют четыре различные модели экспрессии генов - образец 1 - избыточно экспрессируется в PN и в Опухоли; Узор 2 - избыточно экспрессируется в PN, но подавляются в опухолях; Образец 3 - минимальное изменение в PN, но избыточно экспрессируется в Опухоли и Pattern 4 - минимальное изменение PN, но подавляются в Опухоли (Рисунок 1) .table 1 Гены сообщил дифференцированно выражены впервые при раке желудка [Ссылки и детали в дополнительный файл 4]
SNO

GENE SYMBOL

повышающую регуляцию СООБЩИЛИ В
справочнике

1
CCL15 /MIP5 /MIP-1д /LKN1
НМРЛ
[SF5-R1] страница 2 ASPN
рак молочной железы
[SF5-R2]
3 <бр> MMP3
колоректальный рак
[SF5-R3] 4
SPON2
легких, яичников, рак предстательной железы
[SF5-R4]
[SF5-R5] <бр> [SF5-R6] страница 5 PRSS22
яичников
рак [SF5-R7]
6
CCL3 /MIP 1A
пероральное SCC
[SF5-R8 ]
7
TMEPAI /PMEPAI
нейро-эндокринные опухоли
[SF5-R9]
8
Six3
9
MFNG
подавляются при раке шейки матки
[SF5-R10]
10
SGNE1 /SCG5
эндокринные опухоли
11
SOSTDC1
подавляются в почечную
рак [SF5-С11]
12
SST
подавляются в пищеводного аденокарциномы
[SF5-С12]
13
IGHA1
14
AKR1B10
Увеличение в эпителии Барретта
[SF5-R13]
15
FCGBP
вниз регулируется в толстой кишке ча
[SF5-R14]
16
ATP4B
17
NCAPH2
Таблица 2 Гены, как известно, участвует в желудка канцерогенез рака определены в данном исследовании [Ссылки и подробности в дополнительный файл 5]
S НЕТ

GENE SYMBOL

вверх или вниз рЕГУЛИРУЕТСЯ
справочнике

1
CTSB
Up Регулируют особенно в кардии tumours
[SF6-R1]
2
SPARC/Osteonectin
Up-regulated
[SF6-R2]
3
COL1A1
Up-regulated
[SF5-R3]
4
COL1A2
Up-regulated
[SF5-R3]
5
COL4A1/Arresten
Up-regulated
[SF5-R4]
6
CXCL1/GRO1/MGSA
Up-regulated
[SF5-R5]
7
SPP1/osteopontin
Up-regulated
[SF5-R6]
8
CXCL9/MIG
Up-regulated
[SF5-R7]
9
IL8/CXCL8
Up-regulated
[SF5-R8]
10
TIMP1
Up-regulated
[SF5-R9]
11
LUM/SLRR2D/LDC
Up-regulated
[SF5-R10]
12
CXCL5/ENA78
Up-regulated
[SF5-R11]
13
CXCL10/INP10/IP10
Up-regulated
[SF5-R4]
14
CEACAM6
Up-regulated
[SF5-R12]
15
REGIV
Up-regulated
[SF5-R13]
16
S100A10/ANX2L/CAL1L
Up-regulated
[SF5-R14]
17
SERPINH1/HSP47/CBP1
Up-regulated
[SF5-R15]
18
CDH3
Up-regulated
[SF5-R16
19
TACSTD1/EPCAM/CD326
Up-regulated
[SF5-R17]
20
IFITM1/LEU13
Up-regulated
[SF5-R18]
21
CTHRC1
Up-regulated
[SF5-R19]
22
SULF1
Up-regulated
[SF5-R20]
23
RNASE1
Down-regulated
[SF5-R21]
24
PGC
Down-regulated
[SF5-R22]
25
PGA5
Down-regulated
[SF5-R22]
26
GIF
Down-regulated
[SF5-R23]
27
LTF
Down-regulated
[SF5-R24]
28
TFF1
Down-regulated
[SF5-R25]
29
CLDN18
Down-regulated
[SF5-R26]
30
CFD/Adipsin
Secreted желудочной ца клетки lines
[SF5-R27]
31
GHRL/Obestatin
Down-regulated
[SF5-R28]
32
LIPF
Down-regulated
[SF5-R29]
33
ANXA10
Down-regulated
[SF5-R30]
Рисунок 1 RQ значения парных нормалей (PN) (n = 20) и опухолевые (п = 24), используя по-видимому, нормальное (AN) (n = 5) в качестве калибратора. Складка изменение по отношению к видимому нормалей.
Затем мы продолжили подтвердить экспрессию белка для некоторых генов в (п = 4), PN (п = 9) и опухоли (п = 9). Мы использовали массив Quantibody, который основан на принципе сэндвича ELISA для определения уровней протеина 15 цитокинов, хемокинов и факторов роста [22, 23]. Медианного значения и диапазон уровней приведены в таблице были найдены 3. Средние уровни CFD /адипсина быть ниже в опухолях по сравнению с уровнями в PN и AN (р = 0,0324), в то время как CXCL5 /ENA78, CCL20 /MIP- 3α, IGFBP3, SPP1 /OPN и timp1 были увеличены в ПН и опухолей по отношению к, с более высокими уровнями видели в опухолях. В противоположность этому, EpCAM, IL8, CXCL10 /IP10, CCL3 /MIP-1α, CCL4 /MIP-1β, CCL15 /MIP-1δ, PDGFR-B были преимущественно повышены в опухолях по сравнению с и PN. EpCAM (р = 0,0001), IL8 (р = 0,0003), MIP-1β (р = 0,0026), MIP-3α (р = 0,039) и timp1 (р = 0,0017) уровни значительно отличались (Манна-Уитни U тест) между опухолями по сравнению с AN &Amp; PN. Кроме того, EpCAM (р = 0,0004), IL8 (р = 0,0015) и MIP-1β (р = 0,0061) были значительно повышены в опухолях по сравнению с их соответствующими PN.Table 3 медианного значения для цитокинов и хемокинов в ап, рп и лизатах опухолей
<й>




PN
<бр> PN

Опухоль

оПУХОЛИ

<й>
Медиана в пг /мл

Диапазон в пг /мл

Медиана в пг /мл

Диапазон в пг /мл

Медиана в пг /мл

Диапазон в пг /мл

CFD /адипсина
27295,0
22097.9-31759.9
27162,9
19515,1 - 38224,3
13021,0 *
9441,5 - 36873,1
CXCL5 /ENA-78
283,8
39.3-4206.1
2922,7
84,9 - 31628,7
3978,0
723,9 - 40669,6
EpCAM
1466,0
905.7-2266.6
2243,5
915 - 8885,8
18717,6 *** /## #
8966.1 - 34529
IGFBP-3
3149,8
124,0 - 17530,2 12286,0

134,6 - 34036,3 17662,7

196,9 - 55671,5
IL-8 /CXCL8
22,1
0 - 62,3
53,1
27,4 - 190,6
1240,4 *** /###
93,1 - 3660,7
CXCL10 /IP-10
20,4
1,4 - 146,1
147,0
0,8 - 3940,9
384,4
0,7 - 1643,1
CXCL9 /MIG
369,5
0 - 8569,7 4336,1

1077.2 - 19396,6
7540,3
727,7 - 73975,9
CCL3 /MIP-1α
0.0
0 - 187,4
203,6
0 - 1177,2
359,0
0 - 3231,5
CCL4 /MIP-1β
49,5
0 - 261,8
94,3
0 - 335,8
578,6 ** /#
28,7 - 1185,2
CCL15 /MIP-1δ
86,0
54 - 157,3
169,3
51,7 - 748,9
374,3
63,4 - 2825,4
CCL20 /MIP-3α
859,3
76.1-1784.8 <бр> 3049,6
893 - 16262,9
4773,4 *
1014,4 - 13280,7
ММР-3
269,0
0 - 648,6
143,9
0 - 353,1
0.0
0 - 2908,2
SPP1 /OPN
447,0
9.1 - 896,3
2054,0
193,6 - 3183,7
1407,1
12,6 - 5819,2
PDGF РБ
222,3
174,3 - 521,4
295,3
184,9 - 1079,3
578,6
123,7 - 1516,8
ТИМП-1
9676,2
4373,3 - 17133,2
27022,2 17028,3
- 194387,8 139365,6
**
48146,4 - 367203,2
Н. - По-видимому нормально; PN - Соединенный нормальный
значение р значимых для AN + PN против Опухоль -
* - &л; 0,05; ** - &Л; 0,005; *** - &Л; 0,0005 по Mann Whitney U тест
значение р значимых для PN против Опухоль -
# - &л; 0,01; ## - &Л; 0,005; ### - &Л; 0,0005 тестом Манна-Уитни U
плазменные уровни 15 цитокинов /хемокинов /факторов роста были оценены с использованием массива Quantibody. В 18 доброкачественных случаев (12 без каких-либо ненормальности обнаруженной OGDscopy и 6 с доброкачественной патологией в желудке) были складчину и медианные значения были сравнены между опухолями и доброкачественной группы. тест Манна-Уитни U было проведено с целью оценки статистической значимости (два хвостами тест). IL8, CXCL9 /МИГ, CCL3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3 α, PDGFR-B и timp1 плазменные уровни значительно отличались между доброкачественной группой и желудочной группы по изучению рака (таблица 4). SPP1 /OPN уровня были также выше у больных раком желудка по сравнению с доброкачественной группе, но был пограничным значимым (р = 0,05). Послеоперационной уровни EpCAM, IGFBP3, IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCL3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, SPP1 /OPN и PDGFR-B показали равномерное падение во всех 8 исследованных образцов. В противоположность timp1 уровни CCL15 /MIP-1δ и CFD /адипсина фактически увеличилась в послеоперационном периоде, в большинстве образцов (рисунок 2) .table 4 медианного значения для цитокинов и хемокинов в плазме от доброкачественных пациентов по сравнению с плазмой больных с желудочными карцином
<й>
медиана незлокачественная (п = 18) (в пг /мл)

RANGE (в пг /мл)

MEDIAN опухолей (п = 58) (в пг /мл)

RANGE (в пг /мл)

CFD /адипсина
71520,0
58000,8 - 77527,9 69236,4

27926,9 - 95255,7
CXCL5 /ENA-78
1100,6
0 - 7203,2 1702,8

0 - 11588,5
EpCAM
1789.8
0 - 13627,3 3527,1

0 - 35009,2
IGFBP-3
119467,1
20164,6 - 174498
110395,1
0 - 979359,6
IL-8 /CXCL8
22,5
0 - 69,9
48,9 *
0 - 396,3
CXCL10 /IP-10
670,2
0 - 3328,9
931,1 <бр> 0 - 5158,9
CXCL9 /MIG
6069,2
0 - 18739,7
7561,8 *
505-6 - 86999
CCL3 /MIP-1
1464.8
0 - 10602,2
2335,1 *
0 - 32199
CCL4 /MIP-1β
43,0
0 - 440,1
127,9
0 - 2138,5
CCL15 /MIP-1δ <бр> 6628,8
1237,8 - 13178,1
5577,9
696,3 - 11054,4
CCL20 /MIP-3α
139,9
0 - 1994,1
654,6 #
0 - 12013,1
ММР-3
10966,2
3891,2 - 38928,9 13680,1

1358,7 - 80588,8
SPP1 /OPN
4621,5
0 - 20518.1
8680.5 0
- 110373.2
PDGF RB
1391,5
0 - 5461.8
2300,5 *
0 - 34754,4
ТИМП-1
31048,9
15603.8 - 220729.6
98054,6 #
6252.5 - 463941
# - значение р &л; 0,01; * - Значение р &л; 0,05 с помощью теста Манна-Уитни U Рисунок 2
Pre (1) и послеоперационный (2) плазменные уровни цитокинов /хемокинов /факторов роста в рака желудка (п = 8). Уровни в плазме измеряли с использованием массива Quantibody, который использует принцип сэндвича ELISA в мультиплексной формате. Детали для оценки уровней приведены в разделе Методы.
Плазменные уровни цитокинов /хемокинов /факторов роста затем были соотнесены с особенностей клинико-патологические. 28 из 58 больных раком желудка подверглись потенциально целебное радикальная операция (резекция R0) и 6 пациентов прошли только R1 резекцию. Эти 34 патологические образцы были доступны для патологических корреляций (ЭИ, П.Н., pStage, perinodal распространение, лимфатической эмболии, сосудистая эмболии), в то время как анализ выживаемости было сделано на 28 пациентов, перенесших резекцию R0. Десять пациентов подверглись паллиативные хирургические процедуры в то время как 13 пациентов снизилась хирургическое вмешательство или были непригодны для какого-либо вмешательства, кроме поддерживающей терапии. Один пациент имел недифференцированной рак, который по дополнительным иммуногистохимических исследований было установлено, что первичная лимфома желудка, диффузный большой тип В-клеток. Уровни в плазме для MMP3, где выше у мужчин по сравнению с женщинами (Среднее значение 16772,1 пг /мл против 8512.5 пг /мл) (значение р = 0,011);

• Корреляция между HER-2 /Neu (ErbB-2) уровень экспрессии и терапевтический эффект комбинированного лечения с Герцепт…
• Фаза I исследование неоадъювантной химиолучевой с S-1 плюс цисплатин раз в две недели для продвинутых больных …