Tunnistaminen ja validointi liittyvien geenien mahalaukun tumorigenesis

tunnistaminen ja validointi liittyvien geenien mahalaukun kasvainten synnyssä
tiivistelmä
tausta
Mahalaukun syöpä on yksi yleisimmistä syövistä nähdään Etelä-Intiassa. Valitettavasti yli 90%, ovat kehittyneet, kun he raportoivat tertiäärisen keskus maassa. On kiireesti luonnehtia näiden syöpien ja yrittää tunnistaa mahdollisia biomarkkereita ja uusia terapeuttisia kohteita.
Materiaalit ja menetelmät
Käytimme 24 syöpien, 20 Pariksi normaali (PN) ja 5 normaalisti mahalaukun kudoksista saatiin potilailta ei-syöpien (Ilmeisesti normaali - AN) varten mikromatriisi tutkimus seurasi validointi merkittävä geenien (n = 63), jonka suhteellinen kvantitoimalla käyttäen Taqman Low Density Array Real Time PCR. Sitten käytimme mittatilaustyönä Quantibody proteiinijärjestelmäksi vahvistamaan ilmentymistä 15 proteiinien mahan kudoksissa (4 AN, 9 PN ja 9 mahasyövistä). Sama array muotoa käytettiin tutkimaan pitoisuuksia plasmassa näiden proteiinien 58 potilaalla on mahasyöpä ja 18 potilaalla normaali /ei-pahanlaatuisia mahalaukun olosuhteissa.
Tulokset
Seitsemäntoista geenejä (ASPN, CCL15 /MIP-1δ , MMP3, SPON2, PRSS2, CCL3, TMEPAI /PMEPAI, SiX3, MFNG, SOSTDC1, SGNE1, SST, IGHA1, AKR1B10, FCGBP, ATP4B, NCAPH2) osoitettiin ilmentyä erilailla välillä kasvainten ja pariksi normaali, ensimmäinen aika. EpCAM (p = 0,0001), IL8 (p = 0,0003), CCL4 /MIP-1β (p = 0,0026), CCL20 /MIP-3α (p = 0,039) ja TIMP1 (p = 0,0017) kudosproteiini- tasot olivat merkitsevästi erilaisia ​​(Mann Whitneyn U-testi) välillä kasvainten vs. & PN. Lisäksi mediaani plasmatasot IL8, CXCL9 /MIG, CCL3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, PDGFR-B ja TIMP1 proteiinit olivat merkitsevää eroa ei-pahanlaatuinen ryhmä ja mahasyövän ryhmä. Leikkauksenjälkeisen tasot EpCAM, IGFBP3, IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCL3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, SPP1 /OPN ja PDGFR-B osoittivat yhdenmukaista pudotus kaikkien näytteiden tutkittu.
Johtopäätökset
Tutkimuksemme on tunnistanut useita geenejä differentiaalisesti ilmaistut syöpien, jotkut ensimmäistä kertaa. Jotkut näistä ovat vahvistaneet proteiinitasolla, samoin. Jotkut näistä proteiineista tulee arvioida tarkemmin niiden mahdollisten diagnostisina biologisten merkkiaineiden syöpien ja jotkut voivat olla käyttökelpoisia seuranta merkkiaineiden mahasyövässä.
Johdanto
Mahalaukun syöpä on yksi yleisimmistä syövistä nähty Etelä-Intiassa, sijoittui 2 nd miehillä ja 5 th naisten Chennain pääkaupunkiseudulla [1]. Potilaista esitellä tertiaarisen Institution, yli 90%, ovat edenneet esittelystä ja vain lievittävä hoito on mahdollista näillä potilailla [2]. Vuosina 2005 ja 2006, yhteensä 1239 mahasyöpäpotilaista nähtiin Institute, joista 211 potilasta oli aikaisemmin hoidettu muualla. Niistä hoitamatonta potilasta, (n = 1028), 61% oli paikallisesti edennyt ja 39% oli etäinen etäpesäke. Ottaen huomioon kehittyneen sairauden laatu ja koska huono suorituskyky, vain 91 potilasta tuli leikkaukseen, jonka tarkoituksena on parantaa. Tämä viittaa ongelmaan puuttuminen varhaisen havaitsemisen varten mahasyövän Intiassa.
Japanissa, jossa on korkea esiintyvyys mahasyövän, photofluorography seulonta on tehtävä mahdollisimman seulontaohjelman väestölle, jolloin varhaisen havaitsemisen vaurioita, jotkut rajoittuu limakalvoon vain [3]. Tällainen menettely ei todennäköisesti ole ratkaisu suuressa maassa kuten Intiassa. Ottaen huomioon hienovarainen oireita, kuten ruoansulatushäiriöt, asteittainen laihtuminen, joita yleensä huomioida, useimmat potilaat läsnä kehittynyt sairaus. Tämän vuoksi on välttämätöntä kehittää luotettavia seulontatestejä, jotka voivat auttaa varhaista havaitsemista taudin. Seerumin pohjainen testit pepsinogeeni ja helikobakteeri-vasta ole saanut laajaa hyväksyntää ja ei ole pidetty seulomiseksi yksityisille National Cancer Center, Tokyo, Japan [3]. Diagnostinen testi olisi mieluiten veri- tai virtsanäyte pohjainen ja on oltava erityinen.
Tärkeimpiä riskitekijöitä mahasyövän, ruokavalio on tärkeä rooli. Kulutus suolattu ruoka (kala ja liha) ja tupakka liittyy lisääntynyt riski [4-6]. Krooninen atrofinen gastriitti ja suoliston metaplasiaa on katsottu premaligneja muutokset mahalaukun limakalvon. Tupakoinnin, H. pylori, ruokavalion korkea pitoisuus suolaa, nitriittejä ja nitraatteja, ja alhainen saanti hedelmiä ja vihanneksia ovat tunnettuja riskitekijöitä kroonisten atrofisen gastriitin [7]. Etelässä Intian ruokavalio perinteisesti koostuu korkean kolea sisällön ja syvä paistettu ruoka, jossa öljy käytetään paistamiseen meneillään usean jakson käytön ennen kuin ne hävitetään ja siten sisältää korkea pitoisuus karsinogeenien [5, 8, 9].
Mahasyövistä ovat pääasiassa adenokarsinomia ja voisi olla kolme alatyyppiä - Suoliston, diffuusi ja Mixed [10]. Suoliston tyyppi mahalaukun syövän on yleensä nähty distaalisessa osassa mahassa, on precancerous vaihetta ja koostuu yhtenäinen syöpäsolujen muodostavat rauhanen rakenteita [11]. Suurin osa suoliston tyypit ovat hyvin kohtuullisesti erilaistunut (WHO Classification). Hajanainen tyyppi koostuu erillisistä syöpäsolujen soluttautua ja levittää kaukana sen makroskooppinen rajojen. Ne ovat yleensä huonosti eriytetään eriytymättömiä [12]. Chennaissa, distaalinen kasvaimet ovat yleisempiä kuin proksimaalista syöpiä.
Geenien ilmentyminen tutkimukset eri syöpiä ovat auttaneet tunnistamaan geenejä mukana prosessissa tumorigeneesin [13]. Microarray tutkimuksessa verrattiin geeniekspression eroja normaalin vatsan ja mahasyövän [14], välillä nuorilla ja iäkkäillä mahasyövän potilaiden kasvaimissa [15], primaarisen kasvaimen ja etäpesäkeleesioita [16], on raportoitu. Tutkimuksemme verrataan geenien ilmentymisen välillä normaalisti mahan kudoksissa saatiin potilailta ei-syöpien (Ilmeisesti normaali - AN), mahalaukun kudosnäytteitä kaukana kasvain ja vahvistettu jääleike ei ole kasvainsoluja (Pariksi normaali - PN) ja syöpien (Kasvaimet - T). Tämä on ensimmäinen tutkimus, tutkia geeniekspressiomalleja mahasyövistä Etelä Intian potilaille ja vahvistaa joitakin näistä geeneistä on proteiini tasolla niiden mahdollisten biomarkkereina mahasyövän.
Materiaalit ja menetelmät
Five näytettä (2 potilailta, joilla Hypopharyngeal syöpä, 1 ylemmän ruokatorven okasolusyöpä, 1 lähialueiden ampullary karsinooma, 1 mistä haimasyövän) potilaista, joille tehtiin mahalaukun resektio osana ensisijainen leikkaus oli mukana tutkimuksessa. Lisäksi 24 syöpien ja 20 PN olivat mukana tutkimuksessa. Kaikki potilaat, jos niiden tietoisen suostumuksen tutkimukseen, joka hyväksyi Institutional eettisen komitean.
Operatiivinen Näytteet käsitellään välittömästi ja osat otettiin jäädytettyä osassa. Kasvaimen näytteitä yli 70% syöpäsoluja; PN: n ja AN näytteiden mitään todisteita kasvainsolujen ja normaalisti morfologia olivat mukana tutkimuksessa.
Lisäksi kerättiin verinäytteet yksilöistä, joille tehdään Mahalaukun (OGDscopy) varten happovaivat ja poissulkemiseksi ruoansulatuskanavan yläosassa patologia. Tämän, 58 havaittiin olevan syöpien, 6 havaittiin olevan hyvänlaatuinen patologian vatsassa (gastriitti, hyvänlaatuinen mahahaava) ja 12 oli normaali OGDscopy raportin. 8 mahasyövän potilailla, joille tehtiin radikaaleja, leikkauksen jälkeinen verinäyte kerättiin myös välillä päivinä 7 ja 15 paitsi kaksi potilasta, joille aineisto kerättiin aikaan ensimmäisen seurannan leikkauksen jälkeen (päivinä 55 ja 64) .
RNA
RNA uutettiin kudosnäytteistä käyttämällä RNeasy RNA: n (Qiagen, GmbH, Hilden, Cat no: 74106) kohti valmistajan ohjeiden mukaisesti. Laatu RNA käytetään mikro-erilaisia ​​analyysi tarkistettiin käyttäen Bioanalyzer ja näytteitä RNA Integrity Number (RIN) vähintään 7 olivat mukana tutkimuksessa. RNA kvantitoitiin käyttämällä NanoDrop ™ ND1000 (NanoDrop Technologies, USA) spektrofotometrillä.
Havaitseminen H pylori
Analyysi H pylori mahalaukun kudosnäytteistä suoritettiin käyttämällä PCR: ää, kuten aikaisemmin on kuvattu [17]. PCR-alukkeet on suunniteltu monistamaan S2 alueelle Vac geeni on H pylori-genomin käytettiin havaitsemiseen. Reaktio vahvistaa amplikoni noin 194 bp pituudeltaan.
Microarray kokeessa
1 ug kokonais-RNA: ta kasvain /PN /näyte ja yleisen RNA: ta (Stratagene; Cat no: 740000-41) on käänteistranskriptio käyttäen Array script 42 ° C: ssa 2 tuntia, jolloin saatiin cDNA käyttäen amino allyyli MessageAmp II arna vahvistusta kit (Ambion, Austin, TX; Cat no: AM1797). CDNA monistettiin, merkitty, hybridisoitiin ja dioja skannataan kuten aiemmin on kuvattu [18].
Kaikki raaka datatiedostot on toimitettu GEO osoitettua GEO tulonumero - GSE17154.
Microarray data-analyysi
etualalla ja tausta mediaani intensiteetti Cy3 ja Cy5, tuotiin BRB-ArrayTools ohjelmistojen [19] käyttämällä Tuo ohjatun toiminnon. Taustakorjaus ei tehty. Global normalisointi käytettiin mediaani keskusta log-suhde kuhunkin array säätämiseksi erojen merkintöjä intensiteetit Cy3 ja Cy5 väriaineita. Aineisto analysoitiin käyttäen luokan vertailu moduuli [20] in BRB-ArrayTools ohjelmisto.
Class Vertailu BRB-Array Työkalut
Olemme tunnistettu geenejä, jotka ilmentyvät differentiaalisesti joukossa 3 luokat (kasvain /PN /AN) käyttäen luokan vertailu moduulin. Univariate F-testiä käytettiin, ja geenit katsottiin tilastollisesti merkittäviksi, jos niiden p-arvo oli < 0,001. Lisäksi kahden kertainen ero vaadittiin eri luokkiin.
Kvantitatiivinen Reaaliaikainen PCR
Reaaliaikainen validointi geenin ilmentyminen oli tehty käyttäen TLDA reaaliaikaista PCR (Applied Biosystems, Foster City, CA, Cat no: 4342261). Kolmoisnäytteitä cDNA templaattinäytteille monistettiin ja analysoitiin ABI Prism 7900HT järjestyksessä tunnistusjärjestelmä (Applied Biosystems, Foster City, CA), kuten aiemmin on kuvattu [18].
Raakatiedot Prism 7900HT sekvenssi tunnistusjärjestelmä on tuotu Microsoft Excel ohjelmisto tilastollista analyysiä tietojen. Niistä endogeeninen viittaus geenien mukana array (18S ribosomaalisen geeni, ACTB), ACTB valittiin jälkeen visualisointiin globaalin Ct-arvo jakelun, normalisoida datan. Lisäksi, HSPE1 joka oli otettu perustuu differentiaalisen ekspression nähdä Microarray, havaittiin olevan vähän vaihtelua ja näin ollen sen on sisällytetty lisäksi endogeeninen kontrolli. TLDA määritykset ajettiin LabIndia Instruments Pvt Ltd laboratorioissa Gurgaon, New Delhi.
AN näytteitä käytettiin kalibraattorit ja suhteellinen kvantitointi arvot laskettiin kaikkien geenien ja näytteet.
Gene ontologia analyysi
geenit todettu ekspressoitua eri kasvaimissa ja pariksi normaalit "perustuu microarray data tuotiin Fatigo moduuli Babelomics [21] ja analysoitiin yliedustus GO termejä verrattuna muuhun genomin käyttäen Fisherin testiä varten 2 x 2 virhematriiseja. P-arvo asetettiin < 0.05.
Valmistaminen Tissue proteiinilysaattien ja Kokoelma Plasma
Protein lysaatit analysoitavaksi käyttämällä vasta paneelit valmistettiin 60-80 mg jäädytettyä mahalaukun kudosnäytteistä. Kudosnäytteet jauhettiin kun läsnä on nestemäistä typpeä käyttäen ja survimella. Jauhettu kudos suspendoitiin uudelleen kudoksessa lyysipuskuria (Tris. HCl, pH 7,5, 150 mM natriumkloridi, 1% Natriumdeoksikolaatti, 1% NP40). Ennen käyttöä, hajotuspuskuria, jota oli täydennetty Complete Mini ™ proteaasiestäjäseostabletit (Roche Diagnostics GmbH, Saksa). Proteiini lysaatit sonikointiin käyttäen Vibra cell ™ (Sonics Inc., USA) sonikaattorin. Lysaatit kirkastettiin sentrifugoimalla ja määritettiin kvantitatiivisesti käyttäen Coomassie Plus-Bradfordin menetelmällä ™ reagenssia (Pierce Inc., USA) valmistajan protokollan mukaisesti. Laatu proteiinien analysoitiin ratkaista 50 ug lysaattia 10% natriumdodekyylisulfaattia polyakryyliamidi (SDS) geelillä ja tämän jälkeen visualisoitiin värjäämällä Coomassie Blue.
Plasma saatiin 5 ml verta kerättiin läsnä ollessa 200 ui 10% etyleenidiamiinitetraetikkahappoa (EDTA). Plasma eristettiin verinäytteistä sentrifugoitiin 3000 g ja varastoitiin -80 ° C: ssa erissä.
Vasta Arrays
Custom-vasta-aineen matriisia Quantibody ™ array (Luettelonumero: QAA-CUST), joka perustuu multiplex ELISA-järjestelmä kvantitatiivista mittausta useiden proteiinien ostettu Ray Biotech, Inc., USA käytettiin tutkittaessa proteiinin ilmentymisen tasot mahan kudoksissa ja plasmanäytteet [22, 23]. Seuraavat geenit (CXCL5 /ENA-78, CXCL8 /IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCL3 /MIP-1α, CCL15 /MIP-1δ, EpCAM, MMP3, SPP1 /OPN, TIMP1, Adipsin /CFD, CCL4 /MIP-1β, CCL20 /MIP-3α, PDGFR-B: n ja IGFBP-3) havaittiin yli-ilmentynyt syöpien suhteessa PN: n ja AN (lukuun ottamatta CFD /Adipsin, joka yli-ilmentynyt PN suhteessa syöpien ja AN) tutkittiin niiden proteiinien tasoja kasvain, joka vastaa PN ja AN kudoksissa. Lisäksi plasmatasot näiden proteiinien potilailla, joille oli tehty OGDscopy arvioitiin käyttäen samaa array-muodossa (58 mahasyöpäpotilaista, 6 hyvänlaatuisten maha- tai pohjukaissuolihaava tai gastriitti ja 12 normaalilla OGDscopy raportti). 8 mahasyövän potilailla, jotka olivat läpikäyneet radikaalin kirurgian, ennen ja jälkeen leikkauksen kerättiin ja analysoitiin.
Määritys suoritettiin, kuten on kuvattu valmistajan protokollaa. Lyhyesti, tapauksessa kudoksen lysaatit 100 ug proteiinia lysaattia valmistettiin laimentamalla kudos lysaatin kantaliuos käyttämällä näytelaimenninta puskuria valmistajan toimittamia lopulliseen pitoisuuteen 1 mg /ml. 100 ui laimennettua lysaattia inkuboitiin array kammiossa 2 tuntia. Siinä tapauksessa, että plasmanäytteet, plasma laimennettiin näytteen laimentimen puskurilla pakkauksen mukana suhteessa 1: 1. 100 ui laimennettua plasmaa näytettä inkuboitiin array kammiossa 2 tuntia. Jokaista array kokeilu, standardit toimitetaan paketin mukana oli juuri valmistettu kuten kuvataan valmistajan protokollan ja mukana yhdessä näytelaimenninta puskurikontrollissa (negatiivinen kontrolli), joka ei ollut standardia tai näytettä. Taulukot käsiteltiin, kuten on kuvattu valmistajan protokollaa. Objektilasit skannattiin 5 μ resoluutio ja PMT 70 käyttäen Pro Scan Array ™ (Perkin Elmer Inc., USA). Näillä skannerin asetukset signaalit korkeimmalle keskittymä ei ylikuormitusta. Aineisto analysoitiin käyttämällä Quantibody Q-Analyzer, joukko erityisiä, Microsoft Excel pohjainen ohjelma, mukana mukautetun taulukot.
Tilastollinen analyysi
mediaani ja vaihteluväli plasma-arvot laskettiin käyttäen Microsoft Excel ™ taulukosta ohjelmisto (Microsoft, Inc.,). Mann Whitneyn U-testi (http: //tiedekunnan. VASSAR. Edu /Lowry /utest. Html) käytettiin tutkittaessa merkitystä mediaaniarvojen plasman ja kaksisuuntaisia ​​testiä käytettiin saamiseksi p arvo.
tulokset
kliinis-patologinen tiedot kaikista potilaista, joiden näytteet käytettiin mikrosiruanalyysi ja niiden kasvain näytteet, annetaan Additional File 1 ja 2. kliinis-patologisen yksityiskohtia potilaiden joista otettiin verinäytteitä arvioimiseksi plasman sytokiinien /kemokiinien /kasvutekijöitä annetaan Additional File 3.
Niistä 24 potilaasta, joiden kasvain näytteitä käytettiin microarray tutkimuksessa 16 vuotiaita yli 45-vuotiaita ja 8 määrä oli 45 vuotta tai vähemmän; 18 oli miehiä ja 6 oli naisia; 5 oli kasvaimia, jotka johtuvat alueella cardia, 2 kehosta ja 17 antrumiin. Kaikki kaksikymmentäneljä kasvaimet olivat adenokarsinoomat yksi heistä on huonosti eriytetty adenokarsinooman alueiden kanssa neuroendokriinisiksi ominaisuuksia. Niistä adenokarsinoomat, Suoliston alatyyppi oli yleisin (n = 16), kun taas hajanainen alatyypin havaittiin 5 ja sekoitetaan 2. luokka III kasvaimet olivat vallitsevia (n = 20), jossa ei ole Grade I kasvaimia meidän sarjassa. Seitsemäntoista 24 oli imusolmukkeisiin ja 4 oli kaukainen etäpesäke klo esitys.
Pohjalta luokan Vertailu analyysi (p-arvo = 0,001 ja 2 kertainen ero), meillä oli 61 geenien yli-ilmentynyt syövän, 66 pariksi normaalissa ja 61 kanssa ap arvo < 1e-07 normaalisti (Additional File 4). Käytimme Taqman Suhteellinen kvantitointi RT-PCR validointi joidenkin geenien tunnistetaan mikrosiruanalyysillä. ACTB valittiin sisäsyntyinen ohjaus, joka oli lisäksi 18S kontrolloida läsnä TLDA kortin.
Kaikki 49 näytettä työskenteli TLDA määrityksessä mutta 2 geenejä, C11orf42 ja IGLL1 ollut toiminut. HSPE joka oli todettu differentiaalikaavojen näytteissä meidän mikrosiruanalyysi eivät osoittaneet vaihtelua tasot, että TLDA määrityksessä ja sisällytettiin ylimääräisenä endogeeninen kontrolli. Normalisointi tehtiin käyttämällä ACTB ja HSPE endogeenisinä valvontaa. Niistä 63 geenit valitaan ilman endogeeninen säätimet (ACTB ja HSPE) sekä kaksi geeniä, jotka eivät toimineet, meillä oli 59 geenejä tarkempaa analysointia.
Kolme geeneistä (REG4, CLDN18, MXRA5) oli mukana validointi niiden potentiaalia prognostinen markkeri jättämisestä. Kuitenkin väli ajan, microarray-analyysi on suoritettu, ja RQ-RT-PCR-analyysi tehtiin (noin 3 kuukautta) oli muita potilaita, jotka uusiutunut ja siten geenien ei katsottu edelleen analyysiä prognostisia markkereita. Kuitenkin, ne sisällytettiin sen arvioimiseksi, onko ne ilmentyvät differentiaalisesti välillä PN ja kasvaimet.
Luettelo geenien havaittiin olevan differentiaalisesti ilmaistut syöpien on esitetty taulukossa 1 ja taulukossa 2. Taulukossa 1 luetellaan geenit tunnistettu ilmentyä erilailla mahasyövän ensimmäistä kertaa ja taulukossa 2 luetellaan geenejä, jotka ovat tiedetään liittyvän mahalaukun syöpä, ja totesi myös tutkimukseen. (Additional Files 5 ja 6 antaa tietoa näistä geeneistä ja vastaavat viittaukset). On olemassa neljä eri malleja geenien ilmentymisen - Pattern 1 - yli-ilmennetään PN ja Kasvaimet; Pattern 2 - yli-ilmennetään PN mutta vaimentua kasvaimissa; M.3 - vähäinen muutos PN mutta yli-ilmennetään Kasvaimet ja kuvio 4 - vähäinen muutos PN mutta vaimentua Kasvaimet (kuvio 1) .table 1 Genes raportoitu ekspressoitua eri ensimmäistä kertaa mahasyövän [Viittaukset ja yksityiskohtia Additional File 4]
SNO
GENE SYMBOLI
säätelyä RAPORTOITAVAT
REFERENCE
1
CCL15 /MIP5 /MIP-1 d /LKN1
NSCLC
[SF5-R1]
2
ASPN
rintasyövän
[SF5-R2]
3
MMP3
peräsuolen syövän
[SF5-R3]
4
SPON2
Lung, munasarja-, eturauhas- syöpien
[SF5-R4]
[SF5-R5]
[SF5-R6]
5
PRSS22
munasarjasyöpä
[SF5-R 7]
6
CCL3 /MIP 1A
suun SCC
[SF5-R8 ]
7
TMEPAI /PMEPAI
Neuro-endokriiniset kasvaimet
[SF5-R 9]
8
SiX3
9
MFNG
vaimentua kohdunkaulan syövän
[SF5-R10]
10
SGNE1 /SCG5
endokriiniset kasvaimet
11
SOSTDC1
vaimentua munuaisten syövän
[SF5-R11]
12
SST
vaimentua vuonna ruokatorven adenokarsinooma
[SF5-R12]
13
IGHA1
14
AKR1B10
Lisääntynyt Barrettin epiteeli
[SF5-R13]
15
FCGBP
Down säänneltyjen paksusuolen noin
[SF5-R14]
16
ATP4B
17
NCAPH2
Taulukko 2 Geenit tiedetään olevan osallisena mahasyöpä tuumorigeneesiä tunnistettu tässä tutkimuksessa [Viittaukset ja yksityiskohdat lisätietoja File 5]
S NO
GENE SYMBOLI

ylös tai alas SÄÄDELTY
REFERENCE
1
CTSB
Up-säännelty erityisesti cardia tumours
[SF6-R1]
2
SPARC/Osteonectin
Up-regulated
[SF6-R2]
3
COL1A1
Up-regulated
[SF5-R3]
4
COL1A2
Up-regulated
[SF5-R3]
5
COL4A1/Arresten
Up-regulated
[SF5-R4]
6
CXCL1/GRO1/MGSA
Up-regulated
[SF5-R5]
7
SPP1/osteopontin
Up-regulated
[SF5-R6]
8
CXCL9/MIG
Up-regulated
[SF5-R7]
9
IL8/CXCL8
Up-regulated
[SF5-R8]
10
TIMP1
Up-regulated
[SF5-R9]
11
LUM/SLRR2D/LDC
Up-regulated
[SF5-R10]
12
CXCL5/ENA78
Up-regulated
[SF5-R11]
13
CXCL10/INP10/IP10
Up-regulated
[SF5-R4]
14
CEACAM6
Up-regulated
[SF5-R12]
15
REGIV
Up-regulated
[SF5-R13]
16
S100A10/ANX2L/CAL1L
Up-regulated
[SF5-R14]
17
SERPINH1/HSP47/CBP1
Up-regulated
[SF5-R15]
18
CDH3
Up-regulated
[SF5-R16
19
TACSTD1/EPCAM/CD326
Up-regulated
[SF5-R17]
20
IFITM1/LEU13
Up-regulated
[SF5-R18]
21
CTHRC1
Up-regulated
[SF5-R19]
22
SULF1
Up-regulated
[SF5-R20]
23
RNASE1
Down-regulated
[SF5-R21]
24
PGC
Down-regulated
[SF5-R22]
25
PGA5
Down-regulated
[SF5-R22]
26
GIF
Down-regulated
[SF5-R23]
27
LTF
Down-regulated
[SF5-R24]
28
TFF1
Down-regulated
[SF5-R25]
29
CLDN18
Down-regulated
[SF5-R26]
30
CFD/Adipsin
Secreted mahalaukun ca solu lines
[SF5-R27]
31
GHRL/Obestatin
Down-regulated
[SF5-R28]
32
LIPF
Down-regulated
[SF5-R29]
33
ANXA10
Down-regulated
[SF5-R30]
Kuvio 1 RQ-arvot Parilliset normaalit (PN) (n = 20) ja kasvainten (n = 24), käyttäen normaalisti (AN) (n = 5), kuten kalibraattori. Kansi muutos on suhteessa ilmeisesti normaaleihin.
Sitten eteni vahvistaa proteiinin ilmentyminen joidenkin geenien AN (n = 4), PN (n = 9) ja kasvaimet (n = 9). Käytimme Quantibody matriisi, joka perustuu periaatteeseen sandwich-ELISA määrittää proteiinin tasot 15 sytokiinien, kemokiinien ja kasvutekijät [22, 23]. Mediaaniarvojen ja Range tasot on esitetty taulukossa 3. CFD /Adipsin mediaani määrän todettiin olevan pienempi tuumoreissa verrattuna tasot PN: n ja AN (p = 0,0324), kun taas CXCL5 /ENA78, CCL20 /MIP- 3α, IGFBP3, SPP1 /OPN ja TIMP1 korotettiin PN ja kasvainten suhteen AN korkeasti nähty kasvaimia. Sen sijaan EpCAM, IL8, CXCL10 /IP10, CCL3 /MIP-1α, CCL4 /MIP-1β, CCL15 /MIP-1δ, PDGFR-B oli pääasiassa koholla kasvaimissa verrattuna ja PN. EpCAM (p = 0,0001), IL8 (p = 0,0003), MIP-1β (p = 0,0026), MIP-3α (p = 0,039) ja TIMP1 (p = 0,0017) tasot olivat merkittävästi erilaiset (Mann Whitney U-testi) välillä kasvaimet vs. & PN. Lisäksi EpCAM (p = 0,0004), IL8 (p = 0,0015) ja MIP-1β (p = 0,0061) olivat merkittävästi koholla kasvaimissa verrattuna niiden vastaavien PN.Table 3 Mediaani arvot sytokiinien ja kemokiinien käytettäessä, pn ja kasvaimen lysaatit



PN

PN
KASVAINKIRURGIA
KASVAINKIRURGIA

mediaani pg /ml
Range pg /ml
mediaani pg /ml
Range pg /ml
mediaani pg /ml
Range pg /ml
CFD /Adipsin
27295,0
22097,9-31759,9
27162,9
+19515,1-+38224,3
13021,0 *
+9441,5-36873,1
CXCL5 /ENA-78
283,8
+39,3-4206,1
2922,7
+84,9-31628,7
3978,0
+723,9-40669,6
EpCAM
1466,0
905,7-2266,6
2243,5
915-+8885,8
18717,6 *** /## #
+8966,1-34529
IGFBP-3
3149,8
+124,0-+17530,2
12286,0
+134,6-+34036,3
17662,7
+196,9-+55671,5
IL-8 /CXCL8
22,1
0-62,3
53.1
27,4-190,6
1240,4 *** /###
+93,1-3660,7
CXCL10 /IP-10
20,4
+1,4-+146,1
147,0
+0,8-+3940,9
384,4
+0,7-1643,1
CXCL9 /MIG
369,5
0-+8569,7
4336,1
1077,2 - 19396,6
7540,3
+727,7-+73975,9
CCL3 /MIP-1α
0,0
0-+187,4
203,6
0-+1177,2
359,0
0-+3231,5
CCL4 /MIP-1β
49.5
0-+261,8
94,3
0-+335,8
578,6 ** /#
+28,7-1185,2
CCL15 /MIP-1δ
86,0
54-+157,3
169,3
51,7-748,9
374,3
+63,4-2825,4
CCL20 /MIP-3α
859,3
+76,1-1784,8
3049,6
893-+16262,9
4773,4 *
+1014,4-+13280,7
MMP-3
269,0
0-+648,6
143,9
0-+353,1
0,0
0-+2908,2
SPP1 /OPN
447,0
+9,1-+896,3
2054,0
+193,6-3183,7
1407,1
+12,6-+5819,2
PDGF RB
222,3
174,3-521,4
295,3
+184,9-+1079,3
578,6
+123,7-+1516,8
TIMP-1
9676,2
+4373,3-17133,2
27022,2
17028,3 - 194387,8
+139365,6 **
+48146,4-367203,2
AN - Ilmeisesti normaali; PN - Parilliset normaali
p-arvo merkittäviksi + PN versus Kasvainten -
* - < 0,05; ** - ≪ 0,005; *** - ≪ 0,0005 Mann Whitneyn U-testi
p-arvo merkittävä PN versus Kasvainten -
# - < 0,01; ## - ≪ 0,005; ### - ≪ 0,0005 Mann Whitneyn U-testi
plasmatasot 15 sytokiinien /kemokiinien /kasvutekijät arvioitiin käyttäen Quantibody array. 18 ei-pahanlaatuinen tapauksia (12 ilman poikkeavuus havaita OGDscopy ja 6 kanssa hyvänlaatuinen patologian mahassa) nuijittiin yhteen ja mediaani verrattiin välillä kasvainten ja ei-pahanlaatuinen ryhmä. Mann Whitneyn U-testi suoritettiin arvioimiseksi tilastollisen merkittävyyden (kaksisuuntaisia ​​testi). IL8, CXCL9 /MIG, CCL3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, PDGFR-B ja TIMP1 plasmatasot olivat merkitsevää eroa ei-pahanlaatuinen ryhmä ja mahasyövän ryhmä (taulukko 4). SPP1 /OPN taso oli myös suurempi mahasyöpäpotilaista verrattuna ei-pahanlaatuinen ryhmä mutta oli rajatapaus merkitsevä (p = 0,05). Leikkauksenjälkeisen tasot EpCAM, IGFBP3, IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCL3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, SPP1 /OPN ja PDGFR-B osoitti yhtenäinen lasku kaikissa 8 näytettä tutkittu. Sen sijaan TIMP1, CCL15 /MIP-1δ ja CFD /Adipsin tasot todella lisääntynyt leikkauksen jälkeen useimmissa näytteissä (kuvio 2) .table 4.Mediaani arvot sytokiinien ja kemokiinien plasman ei-pahanlaatuinen potilaista ja plasman potilailla, joilla mahakarsinoomat

MEDIAN ei-pahanlaatuinen (n = 18) (pg /ml)
ALUE (pg /ml)
mediaani kasvain (n = 58) (pg /ml)
RANGE (pg /ml)
CFD /Adipsin
71520,0
+58000,8-+77527,9
69236,4
+27926,9-+95255,7
CXCL5 /ENA-78
1100,6
0-+7203,2
1702,8
0-+11588,5
EpCAM
1789,8
0-+13627,3
3527,1
0-+35009,2
IGFBP-3
+119467,1
+20164,6-174498
+110395,1
0-+979359,6
IL-8 /CXCL8
22.5
0-69,9
48,9 *
0-+396,3
CXCL10 /IP-10
670,2
0-+3328,9
931,1
0-+5158,9
CXCL9 /MIG
6069,2
0-+18739,7
7561,8 *
505-6 - 86999
CCL3 /MIP-1α
1464,8
0 - 10602,2
2335,1 *
0-32199
CCL4 /MIP-1β
43,0
0-+440,1
127,9
0-+2138,5
CCL15 /MIP-1δ
6628,8
+1237,8-13178,1
5577,9
+696,3-11054,4
CCL20 /MIP-3α
139,9
0-+1994,1
654,6 #
0-+12013,1
MMP-3
10966,2
+3891,2-+38928,9
13680,1
+1358,7-80588,8
SPP1 /OPN
4621,5
0-+20518,1
8680,5
0-+110373,2
PDGF RB
1391,5
0-+5461,8
2300,5 *
0-+34754,4
TIMP-1
31048,9
+15603,8-+220729,6
98054,6 #
6252,5 - 463941
# - p-arvo < 0,01; * - P-arvo < 0,05 Mann Whitneyn U-testi
Kuva 2 Pre (1) ja Post-operative (2) pitoisuus plasmassa sytokiinien /kemokiinien /kasvutekijöiden syöpien (n = 8). Plasmassa mitattiin käyttäen Quantibody array, joka käyttää periaatetta sandwich-ELISA on multiplex-muodossa. Yksityiskohdat estimoinnin tasot annetaan Menetelmät jaksossa.
Plasmatasot sytokiinien /kemokiinien /kasvutekijät sitten korreloi kliinis-patologisen ominaisuuksia. 28 58 mahasyövän potilaat olivat läpikäyneet mahdollisesti parantava radikaaleja (R0 resektio) ja 6 potilaalle tehtiin R1 resektio vain. Nämä 34 patologista saatiin näyte patologista korrelaatioita (pT, PN, pStage, perinodal leviäminen, imusuonten emboli, verisuonten emboli), kun taas eloonjääminen analyysi tehtiin 28 potilaalla, jotka olivat tehty R0 resektio. Kymmenen potilasta tehtiin palliatiivisen kirurgisten taas 13 potilasta kieltäytyi leikkauksesta tai olivat kelpaamattomia muita toimia kuin tukihoito. Yhdellä potilaalla oli erilaistumaton syöpä, joka on ylimääräinen immunohistokemialliset tutkimukset todettiin olevan ensisijainen mahan lymfooma, hajanainen suuri B-solujen tyyppi. Plasman tasot MMP3 joissa korkeampi miehillä kuin naisilla (mediaani arvo 16772,1 pg /ml versus 8512,5 pg /ml) (p-arvo = 0,011);

• Korrelaatio HER-2 /neu (erbB-2) ilmentymisen taso ja terapeuttisen vaikutuksen yhdistelmän hoidon HERCEPTIN ja kemoterapeuttisten aineiden mahasyövän solulinjoissa
• Vaihe I tutkimuksen neoadjuvant kemosädehoito S-1 plus toinen viikko sisplatiinia edennyt mahasyöpä potilaita, joilla imusolmuke etäpesäke: -KOGC04-