Azonosítása és hitelesítése gének gyomor tumorigenesis

azonosítása és hitelesítése gének gyomor tumorogenezisben katalógusa Abstract Background katalógusa katalógusa gyomorrák egyik gyakori daganatok látott Dél-Indiában. Sajnos több mint 90% -a fejlett mire jelentést tercier központ az országban. Sürgősen szükség van jellemezni a rák és megpróbálják azonosítani a potenciális biomarkerek és új terápiás célpontok. Katalógusa Anyagok és módszerek katalógusa használtuk 24 gyomorrák, 20 párosított normál (PN) és az 5. látszólag normális gyomor szövetek betegektől nyert a nem gyomorrák (látszólag normális - AN) a microarray vizsgálat követ érvényesítése jelentős gének (n = 63) a relatív mennyiségi Taqman Low Density Array Real Time PCR. Mi aztán egy egyedi Quantibody protein array, hogy érvényesítse a kifejeződése 15 fehérjék gyomor szövetek (4 AN, 9 PN és 9 gyomorrák). Ugyanez a tömb formátumban használtuk, hogy tanulmányozza a plazmaszintje ezeket a fehérjéket 58 betegben a gyomor- rákok és 18 betegekből származó normál /nem malignus gyomor feltételek mellett.
Eredménye
tizenhét gének (ASPN, CCL15 /MIP-1δ , MMP3, SPON2, PRSS2, CCL3, TMEPAI /PMEPAI, SIX3, MFNG, SOSTDC1, SGNE1, SST, IGHA1, AKR1B10, FCGBP, ATP4B, NCAPH2) kimutatták, hogy differenciáltan expresszálódó között daganatok és a párosított normális, az első idő. EpCAM (p = 0,0001), IL8 (p = 0,0003), CCL4 /MIP-1β (p = 0,0026), CCL20 /MIP-3α (p = 0,039) és az TIMP1 (p = 0,0017), szöveti protein szintek szignifikánsan eltérőek voltak (Mann Whitney U teszt) között tumorok versus & PN. Ezen túlmenően, a medián plazmaszintje IL8, CXCL9 /MIG, CCL3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, PDGFR-B és TIMP1 fehérjék szignifikánsan különbözött a nem malignus csoport és a gyomorrák csoport. A műtét utáni szintje EpCAM, IGFBP3, IL8 CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCL3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, SPP1 /OPN és PDGFR- B mutatott egyenletes csökkenést összes minta vizsgálták.
Következtetések
Vizsgálatunk azonosított számos gén eltérően expresszált gyomor rák, néhány az első alkalommal. Néhány ilyen is megerősítette fehérje szinten is. Néhány ilyen fehérjék kell értékelni tovább potenciális diagnosztikai biomarkerek gyomorrák és néhány hasznos lehetne a nyomon követés markerek gyomorrákban. Katalógusa Bevezetés katalógusa gyomorrák egyik gyakori daganatok látott Dél-Indiában, rangsorolva 2 nd és a férfiak körében 5 th a nők körében a Chennai Fővárosi területen [1]. A beteget a felsőoktatási intézmény, több mint 90% -a fejlett a bemutatása és csak palliatív kezelése megvalósítható az ilyen betegeknél [2]. 2005-ben és 2006-ban összesen 1239 gyomorrákos betegek voltak láthatók az Institute, melyek 211 beteg előzőleg kezelt máshol. Között a még nem kezelt betegek (n = 1028), 61% -uk lokálisan előrehaladott és 39% volt a távoli áttétek. Tekintettel a fejlett betegség természete miatt, és rossz állapotú, mindössze 91 beteg jött a műtét szándékkal, hogy gyógyítani. Ez rávilágít a problémáját, a korai felismerés a gyomorrák Indiában. Katalógusa Japánban, ami egy magas előfordulási gyomorrák, photofluorography szűrés történik, mint a szűrőprogram a lakosság számára, így a korai felismerés a sérülések, néhány korlátozódik nyálkahártya csak a [3]. Az ilyen eljárás nem valószínű, hogy az oldatot egy nagy ország, mint India. Tekintettel a finom tünetek, mint emésztési zavar, fokozatos fogyás, amelyeket általában figyelmen kívül hagyják, a legtöbb beteg jelen előrehaladott betegségben. Ezért alapvető fontosságú, hogy dolgozzon ki megbízható szűrővizsgálat, amely segíthet a korai felismerés, a betegség. A szérum alapú tesztek Pepszinogén és H. pylori antitest nem tudott széles körben elterjedni, és nem vették figyelembe, szűrésére egyének a National Cancer Center, Tokyo, Japán [3]. A diagnosztikai vizsgálat legyen lehetőleg vér- vagy vizeletmintát alapú, ezért egyedinek.
A főbb kockázati tényezői gyomorrák, diéta fontos szerepet játszik. Fogyasztás sózott étel (hal és hús) és dohány jár fokozott kockázata [4-6]. Krónikus atrophiás gastritis és intestinalis metaplasia tekintettünk a pre-malignus változások a gyomor nyálkahártyáját. A dohányzás, a H. pylori, diéta, magas sótartalom, nitritek és nitrátok, és keveset fogyasztanak zöldséget és gyümölcsöt ismert kockázati tényezői a krónikus sorvadásos gyomorhurut [7]. A dél-indiai diéta hagyományosan áll magas hideg tartalom és mély sült ételek, a használt olaj a sütéshez áteső több ciklust Használat előtt eldobjuk, és ennélfogva magas víztartalmú rákkeltő anyagok [5, 8, 9].
Gyomorrák kialakulása túlnyomórészt adenocarcinoma és lehet három altípusok - Bél, diffúz és vegyes [10]. Az intestinalis típusú gyomorrák általában látható a távolabbi része a gyomor, van rákmegelőző szakaszai és magában foglalja a kohéziós rákos sejtek alkotó mirigy szerű szerkezetek [11]. A legtöbb bél típusok jól közepesen differenciált (WHO osztályozás). A diffúz típusú áll egyes rákos sejtek beszűrődő és elterjedését messze túl a makroszkopikus határain. Ezek általában gyengén differenciált differenciálatlan [12]. Chennai, disztális daganatok sokkal gyakoribbak, mint közelebbi rák. Katalógusa génexpressziós vizsgálatok különböző rákos megbetegedések segítettek gének azonosítására a folyamatban részt vevő tumorigenezis [13]. Microarray összehasonlító vizsgálatok a gén expressziója különbségeit a normál gyomor és a gyomorrák [14], a fiatal és idős gyomorrákos betegek daganatok [15], a primer tumor és metasztatikus léziók [16] számoltak be. A tanulmány összehasonlítja az génexpresszió között látszólag normális gyomor szövetek szenvedő betegekből származó, nem gyomorrák (látszólag normális - AN), gyomor szövetminta távol a tumor és megerősítette a fagyasztott metszet, hogy nem daganatos sejtek (párosított normál - PN) és gyomorrák (daganatok - T). Ez az első tanulmány, hogy vizsgálja meg a génexpressziós a gyomor daganatos betegek dél-indiai és érvényesítse néhány ilyen gének fehérje szinten a bennük rejlő lehetőségeket mint biomarkerek gyomorrák. Katalógusa Anyagok és módszerek katalógusa Öt AN minták (2 betegekből származó hypopharyngealis rák, 1 a felső nyelőcső laphámrák, 1 a peri-ampullary carcinoma, 1 hasnyálmirigyrákban) átesett betegek gyomor reszekció részeként elsődleges műtét vontunk be a vizsgálatba. Ezen túlmenően, 24 gyomor rákos megbetegedések és 20 PN vontunk be a vizsgálatba. Minden beteg biztosított beleegyezését a tanulmány, amely jóváhagyta az intézeti etikai bizottság.
A műtéti mintákat azonnal feldolgozásra és metszeteket készítettünk fagyasztott részben. A tumorminták több mint 70% a rákos sejteket; PN és AN minták és nincs bizonyíték a tumorsejtek és látszólag normális morfológia vontunk be a vizsgálatba.
Ezenkívül vérmintákat gyűjtöttünk magánszemélyek átesett oesophagogastroduodenoscopy (OGDscopy) az emésztési tünetek és kizárja, hogy bármilyen felső gasztrointesztinális traktus patológia. Ebből 58 találták gyomor rák, 6 azt találtuk, hogy a jóindulatú patológia a gyomorban (gastritis, jóindulatú fekély), és 12 volt egy normál OGDscopy jelentést. 8 gyomorrák átesett betegek radikális műtét, a műtét utáni vérmintát is gyűjtött között a 7. napon és a 15. napon, kivéve két betegeknél, akiknél a mintavétel időpontjában az első nyomon követési műtét után (napok, 55 és 64) .
RNS kivonása
a RNS-t kivontuk a szöveti mintákból az RNeasy RNS extrakciós kit (Qiagen, GmbH, Hilden; Cat No: 74.106), mint egy a gyártó utasításainak megfelelően. A minőséget a RNS használt mikroarray analízise ellenőriztük a Bioanalyzer és a mintákat egy RNS Integrity szám (RIN) 7 vagy több vontunk be a vizsgálatba. Az RNS mennyiségét használva NanoDrop ™ ND1000 (NanoDrop Technologies, USA) spektrofotométerrel.
Kimutatása H pylori katalógusa Elemanalízis a H. pylori a gyomor szöveti mintákat végeztünk PCR a korábban leírt [17]. PCR primereket erősítésére tervezték, S2 régió Vác A gén a H. pylori-genom használták kimutatására. A reakció felerősíti egy fragmentum körülbelül 194 bp hosszúságú.
Microarray kísérlet
1 ng teljes RNS-t a daganat /PN /AN minta és az univerzális RNS-t (Stratagene; Cat No: 740000-41) reverz transzkripcióval alkalmazásával Array script át 42 ° C-on 2 órán megszerezni cDNS felhasználásával Amino Allil MessageAmp II Árna amplifikációs kit (Ambion, Austin, TX; Cat No: AM1797). A cDNS-t, jelzett, hibridizál és diák szkennelése a korábban leírtak szerint [18].
Összes nyers adatfájlok nyújtottak be a GEO egy kijelölt GEO elérhetőségi száma - GSE17154. Katalógusa microarray adatok elemzése
előtér és a háttér medián intenzitás Cy3 és Cy5, behozták BRB-ArrayTools szoftver [19] az Import varázslót funkciót. Háttér korrekció nem történt meg. Globális normalizálás arra használták, hogy a medián központ a log-arányokat minden tömb beállítása érdekében különbségeit címkézés intenzitását Cy3 és Cy5 festékek. Az adatokat elemeztük a Class összehasonlító modulja [20] A BRB-ArrayTools szoftver.
Class összehasonlítás az BRB-Array Tools katalógusa Mi azonosított gének, amelyek differenciáltan expresszálódó között 3 osztály (tumor /PN /AN) a Class összehasonlítás modul. Egyváltozós F-tesztet használtunk, és a géneket tekintettük statisztikailag szignifikánsnak, ha a p értéke < 0.001. Ezen túlmenően egy két szeres különbség volt szükség, a különböző osztályok.
Kvantitatív Real Time PCR
Valós idejű érvényesítése a génexpresszió alkalmazásával végeztük TLDA valós idejű PCR-rel (Applied Biosystems, Foster City, CA; Cat No: 4342261). A háromszoros cDNS templát mintákat felerősített és elemezték a ABI Prism 7900HT Sequence Detection System (Applied Biosystems, Foster City, CA) a korábban leírtak szerint [18].
A nyers adatokat a Prism 7900HT Sequence Detection System vitték Microsoft Excel szoftver statisztikai adatok elemzése. Az endogén referencia gén szerepel a tömbben (18S riboszóma gén ACTB), ACTB választották után láthatóvá a globális Ct érték eloszlás normalizálása az adatokat. Ezen túlmenően, HSPE1 amely már tartalmazza alapuló differenciális expresszió látható microarray, azt találtuk, hogy minimális eltérés, és így bekerült, mint egy további endogén kontroll. A TLDA vizsgálatokat futnak LabIndia Instruments Pvt Ltd laboratóriumok Gurgaon, Új Delhi.
A AN mintákat használunk kalibráló és a relatív kvantitatív értékeket kiszámítottuk az összes gén, és a mintákat.
Gene Ontology Elemzés
a géneket találták eltérő módon fejeződnek ki tumorok és páros normals "alapuló microarray adatok hozták be az Fatigo modulja Babelomics [21], és elemezzük felülreprezentáltsága a GO kifejezések, összehasonlítva a többi genom segítségével Fisher-teszt 2 × 2 kontingencia táblázatok. A p értéket állapították meg < 0.05.
Előállítása Tissue fehérje lizátumot valamint Gyűjtemény Plazma katalógusa Protein lizátumából elemzésre ellenanyag-tömböket készítettünk 60-80 mg fagyasztva gyomor szöveti mintákban. A szöveti mintákat megőröljük jelenlétében folyékony nitrogén felhasználásával mozsár és mozsártörő alkalmazásával. A porított szövetet újraszuszpendáltuk szövet lízis pufferben (Tris. HCL pH = 7,5, 150 mM nátrium-klorid, 1% nátrium-dezoxikolát, 1% NP40). Felhasználás előtt a lízis puffert kiegészítettük Complete mini ™ proteázinhibitor-koktél (Roche Diagnostics GmbH, Németország). A fehérje lizátumot vetettük alá ultrahangos kezeléssel használatával Vibra sejt ™ (Sonics Inc., USA) ultrahangos. A lizátumokat centrifugálással tisztítottuk és mennyiségileg Coomassie Plus-Bradford vizsgálati eljárás ™ reagenssel (Pierce Inc., USA), mint egy gyártó utasításai szerint. A minőséget a fehérjék elemeztük megoldása 50 ug a lizátum 10% -os nátrium-dodecil-szulfát poliakrilamid (SDS) gélen, és ezt követően tesszük láthatóvá festéssel, Coomassie Blue.
Plazma kapunk 5 ml vért jelenlétében 200 ul 10% -os etilén-diamin-tetraecetsav (EDTA). A plazma-izolált vérmintákból át centrifugáljuk 3000 g, és -80 ° C-aliquotokban.
Antibody Arrays
Custom ellenanyag tömbök Quantibody ™ array (Katalógusszám: QAA-CUST) alapján egy multiplex ELISA rendszer mennyiségi mérése többszörös fehérjék vásárolt Ray Biotech, Inc., USA-t használni, hogy tanulmányozza fehérje expressziós szintjét gyomor szövetek és a plazma mintákban [22, 23]. A következő gének (CXCL5 /ENA-78, CXCL8 /IL8 CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCL3 /MIP-1α, CCL15 /MIP-1δ, EpCAM, MMP3, SPP1 /OPN TIMP1, Adipsin /CFD, CCL4 /MIP-1β, CCL20 /MIP-3α, PDGFR-B és az IGFBP-3) talált, hogy túl expresszálódik gyomor rák viszonyítva PN és AN (kivéve a CFD /Adipsin amely túlexpresszálódik PN viszonyítva gyomor- rákok és AN) vizsgáltuk azok protein szintjét a tumor, a megfelelő PN és AN szövetekben. Ezen túlmenően, a plazmaszintek ezen fehérjék olyan betegeknél átesett OGDscopy becsültük használja ugyanazt a tömb formátumban (58 gyomorrákos betegek, 6 jóindulatú gyomor- vagy nyombélfekély, vagy a gyomorhurut és a 12. normál OGDscopy jelentés). A 8 gyomorrákos betegek átesett radikális műtét, pre- és posztoperatív mintákat gyűjtöttünk, és elemeztük.
A vizsgálatot úgy végezzük, amint azt a gyártó utasításai szerint. Röviden, abban az esetben a szövet lizátumok 100 ug fehérje lizátum hígításával állítottuk elő a szövetet lizátum törzsoldat felhasználásával mintahígító puffer a gyártó által szállított, hogy a végső koncentráció 1 mg /ml. 100 ul hígított lizátum-on inkubáltuk a tömbben kamra 2 órán át. Abban az esetben, a plazma minták, a plazmát hígítjuk mintahígító pufferrel a készletben egy arány 1: 1. 100 ul hígított plazma mintát inkubáljuk a tömbben kamra 2 órán át. Minden tömb kísérletben, szabványok szállított együtt a készlet frissen készített által leírt, a gyártó protokollja és bele, valamint egy mintahígító puffer kontroll (negatív kontroll), amely esetében sem volt szabványos vagy minták. A tömbök dolgoztuk által leírtak szerint a gyártó utasításai szerint. A lemezeket szkennelt 5 μ felbontás és a PMT 70 a Pro Scan Array ™ (Perkin Elmer Inc., USA). Ezeken a lapolvasó beállításait a jeleket a legmagasabb koncentráció nem éri el a telítettséget. Az adatokat elemeztük a Quantibody Q-Analyzer, tömb konkrét, Microsoft Excel alapú program, mellékelt egyéni tömbök. Katalógusa Statisztikai analízis katalógusa A medián és tartomány a plazma értékeket számoltuk Microsoft Excel ™ táblázatkezelő szoftverek (Microsoft, Inc.). Mann-Whitney U teszt (http: //kar. Vassarra. Edu /Lowry /utest. Html) használtunk, hogy tanulmányozza a jelentősége a medián a plazma és két farkú tesztet alkalmazhatók a p értéket.
Eredmények
klinikopatológiai részleteket az összes betegnél, akiknek a mintákat használtuk a microarray és azok tumorminták adjuk Kiegészítő Fájl 1 és 2. a klinikai-patológiai részleteit a betegek akit vérmintákat becslésére plazmaszintjét citokinek /kemokinek /növekedési faktorok adják további Fájl 3. katalógusa a 24 betegeknél, akiknek a tumor mintákat használtuk microarray vizsgálatban 16 éves volt több, mint 45 éves életkor és 8. 45 év vagy annál kevesebb; 18 férfi és 6 nő volt; 5 volt daganatok miatt a régióban a cardia, 2 test és 17 antrumból. Minden huszonnégy tumorok adenocarcinoma egyik közülük rosszul differenciált adenocarcinoma területek neuro-endokrin funkciókat. Között a adenokarcinómák, Intestinal altípus volt a leggyakoribb (n = 16), míg a diffúz altípus volt látható az 5. és összekeverjük 2. Grade III tumorok túlsúlyban (n = 20), és nincs Grade I tumorok mi sorozat. Tizenhét 24 volt a nyirokcsomó-pozitív és 4 volt távoli áttétek voltak bemutatása. Összehasonlítás alapján a Class összehasonlító elemzés (p-érték = 0,001 és 2-szeres különbség), mi volt 61 gén expresszálódik a rákos, 66 párosított normál és 61 ap értéke < 1e-07 a látszólag normális (Plusz Fájl 4). Mi használt Taqman relatív mennyiségi RT-PCR-érvényesítési egyes gének által azonosított microarray analízis. ACTB választották endogén kontroll volt, ami amellett, hogy a 18S ellenőrizzék jelen a TLDA kártyán.
Összes a 49 minta dolgozott a TLDA assay de 2-gének, C11orf42 és IGLL1 nem működött. HSPE amely már megállapították, hogy a differenciális expressziót a minták a mi microarray analízis nem mutatott semmilyen változást a szinten, a TLDA assay és benne volt, mint egy további endogén kontroll. A normalizálás alkalmazásával végeztük ACTB és HSPE endogén kontroll. A 63 gének kiválasztott, kivéve az endogén kontrollok (ACTB és HSPE), valamint a két gén, amely nem működött, mi volt 59 gének további elemzés céljából.
Három a gének (REG4, CLDN18, MXRA5) már tartalmazza a validálása potenciális prognosztikai marker elmulasztása miatt. Azonban a között eltelt idő, hogy a microarray befejeződött, és a RQ-RT-PCR-analízist végeztünk (körülbelül 3 hónap) volt további betegek, akik visszaestek, és így a géneket nem tekintik a további elemzésig prognosztikai markerek. Azonban ezeket felvették annak értékelésére, hogy azok eltérően expresszált között PN és daganatok.
A listát a gének, amelyeket úgy azonosítottak, hogy eltérően expresszált gyomor rák az 1. táblázatban megadott és a 2. táblázatban 1. táblázat felsorolja a géneket azonosítottak különbségi kifejezve gyomorrák az első alkalommal, és a 2. táblázat felsorolja azokat a géneket, amelyek már ismert, hogy társítható gyomorrák, és megállapította, továbbá a vizsgálatba. (További fájlok 5. és 6. tájékoztatást adnak ezek a gének és a megfelelő hivatkozások). Négy különböző génexpresszálásban - Pattern 1 - túlzott mértékben a PN és Daganatok; Pattern 2 - túltermelõdik PN de downregulált tumorokban; Minta 3 - minimális változás PN de túltermelõdik Daganatok és minta 4 - minimális változása PN de downregulált a tumorokat (1. ábra) .table 1 gének jelentik, hogy differenciáltan expresszálódó először gyomorrákban [Irodalom és részletek a kiegészítő fájl 4] katalógusa SNO Matton GENE JEL
upreguláció JELENTETT Matton REFERENCIA Matton 1
CCL15 /MIP5 /MIP-1D /LKN1 katalógusa NSCLC katalógusa [SF5-R1] katalógusa 2 | ASPN
mellrák katalógusa [SF5-R2] katalógusa 3
MMP3 katalógusa végbélrák katalógusa [SF5-R3] katalógusa 4 katalógusa SPON2 katalógusa tüdő-, petefészek-, prosztatarák katalógusa [SF5-R4] katalógusa [SF5-R5]
[SF5-R6] katalógusa 5 katalógusa PRSS22 katalógusa petefészekrák katalógusa [SF5-R7] katalógusa 6 katalógusa CCL3 /MIP 1A katalógusa orális SCC katalógusa [SF5-R8 ] katalógusa 7 katalógusa TMEPAI /PMEPAI katalógusa Neuro-endokrin daganatok katalógusa [SF5-R9] katalógusa 8 katalógusa SIX3 katalógusa 9 katalógusa MFNG katalógusa downregulált méhnyakrák
[SF5-R10]
10 katalógusa SGNE1 /SCG5 katalógusa endokrin daganatok
11 katalógusa SOSTDC1
downregulált a veserák katalógusa [SF5-R11]
12
SST
downregulált a nyelőcső adenocarcinoma katalógusa [SF5-R12] katalógusa 13
IGHA1 katalógusa 14
AKR1B10 katalógusa fokozott Barrett hám katalógusa [SF5-R13]
15 katalógusa FCGBP katalógusa szabályozva a vastagbélrák ca katalógusa [SF5-R14]
16 katalógusa ATP4B katalógusa 17 katalógusa NCAPH2 katalógusa 2. táblázat gének ismert, hogy részt vesz gyomorrák tumorgenezis azonosított a vizsgálatban [Irodalom és részletek További Fájl 5] katalógusa S NO Matton GENE JEL

felfelé vagy lefelé REGULATED Matton REFERENCIA Matton 1 katalógusa CTSB katalógusa Up szabályozott különösen cardia tumours
[SF6-R1]
2
SPARC/Osteonectin
Up-regulated
[SF6-R2]
3
COL1A1
Up-regulated
[SF5-R3]
4
COL1A2
Up-regulated
[SF5-R3]
5
COL4A1/Arresten
Up-regulated
[SF5-R4]
6
CXCL1/GRO1/MGSA
Up-regulated
[SF5-R5]
7
SPP1/osteopontin
Up-regulated
[SF5-R6]
8
CXCL9/MIG
Up-regulated
[SF5-R7]
9
IL8/CXCL8
Up-regulated
[SF5-R8]
10
TIMP1
Up-regulated
[SF5-R9]
11
LUM/SLRR2D/LDC
Up-regulated
[SF5-R10]
12
CXCL5/ENA78
Up-regulated
[SF5-R11]
13
CXCL10/INP10/IP10
Up-regulated
[SF5-R4]
14
CEACAM6
Up-regulated
[SF5-R12]
15
REGIV
Up-regulated
[SF5-R13]
16
S100A10/ANX2L/CAL1L
Up-regulated
[SF5-R14]
17
SERPINH1/HSP47/CBP1
Up-regulated
[SF5-R15]
18
CDH3
Up-regulated
[SF5-R16
19
TACSTD1/EPCAM/CD326
Up-regulated
[SF5-R17]
20
IFITM1/LEU13
Up-regulated
[SF5-R18]
21
CTHRC1
Up-regulated
[SF5-R19]
22
SULF1
Up-regulated
[SF5-R20]
23
RNASE1
Down-regulated
[SF5-R21]
24
PGC
Down-regulated
[SF5-R22]
25
PGA5
Down-regulated
[SF5-R22]
26
GIF
Down-regulated
[SF5-R23]
27
LTF
Down-regulated
[SF5-R24]
28
TFF1
Down-regulated
[SF5-R25]
29
CLDN18
Down-regulated
[SF5-R26]
30
CFD/Adipsin
Secreted a gyomor ca cella lines
[SF5-R27]
31
GHRL/Obestatin
Down-regulated
[SF5-R28]
32
LIPF
Down-regulated
[SF5-R29]
33
ANXA10
Down-regulated
[SF5-R30]
1. ábra RQ értékek párosított normals (PN) (n = 20) és Tumor (n = 24), felhasználva látszólag normális (AN) (n = 5), mint kalibrátor. A szoros változást relatív, hogy a látszólag merőlegesek.
Ezután folytatta, hogy erősítse meg a fehérje expressziós néhány a gének egy (n = 4), PN (n = 9) és a daganatok (n = 9). Használtuk a Quantibody tömb, amelynek alapja az az elv, szendvics ELISA hogy meghatározzuk a fehérje szint 15 citokinek, kemokinek és növekedési faktorok [22, 23]. A medián értékek és a tartomány a szintek a 3. táblázat tartalmazza CFD /Adipsin medián értékeket találtak, hogy alacsonyabb lesz a tumorokban szintekhez képest a PN és AN (p = 0,0324), míg a CXCL5 /ENA78, CCL20 /MIP- 3α, IGFBP3, SPP1 /OPN és TIMP1 emelkedett a PN és a tumorok képest AN, a magasabb látható daganatok. Ezzel ellentétben, az EpCAM, IL8 CXCL10 /IP10, CCL3 /MIP-1α, CCL4 /MIP-1β, CCL15 /MIP-1δ, PDGFR-B túlnyomórészt emelkedett tumor képest AN és PN. EpCAM (p = 0,0001), IL8 (p = 0,0003), MIP-1β (p = 0,0026), MIP-3α (p = 0,039) és az TIMP1 (p = 0,0017) szintek szignifikánsan eltérőek voltak (Mann-Whitney U teszt) között tumorok versus AN & PN. Továbbá, EpCAM (p = 0,0004), IL8 (p = 0,0015) és a MIP-1β (p = 0,0061) szignifikánsan emelkedett a tumorokban összehasonlítva a megfelelő PN.Table 3 medián értékeket citokinek és kemokinek egy, a PN és a tumor lizátumokat
katalógusa AN
AN Matton PN katalógusa
PN Matton DAGANATOS Matton DAGANATOS Matton katalógusa Median pg /ml Matton Range pg /ml Matton medián pg /ml Matton Range pg /ml Matton medián pg /ml Matton Range pg /ml Matton CFD /Adipsin katalógusa 27295,0 22097,9-31759,9 katalógusa katalógusa 27162,9 katalógusa 19515,1-38.224,3 13.021,0 katalógusa * katalógusa 9441,5-36873,1 katalógusa CXCL5 /ENA-78 katalógusa 283,8 katalógusa 39,3-4206,1 katalógusa 2922,7
84,9-31628,7 katalógusa 3978,0 katalógusa 723,9-40669,6 katalógusa EpCAM katalógusa 1466,0 katalógusa 905,7-2.266,6 katalógusa 2243,5 katalógusa 915-8885,8 katalógusa 18717,6 *** /## #
8.966,1-34.529 katalógusa IGFBP-3 katalógusa 3149,8 katalógusa 124,0-17530,2 katalógusa 12286,0 katalógusa 134,6-34036,3 katalógusa 17662,7 katalógusa 196,9-55671,5 katalógusa IL-8 /CXCL8 katalógusa 22,1 katalógusa 0-62,3 katalógusa 53,1 katalógusa 27,4-190,6 katalógusa 1240,4 *** /### katalógusa 93,1-3660,7 katalógusa CXCL10 /IP-10 katalógusa 20.4
1,4-146,1 katalógusa 147,0 katalógusa ,8-3.940,9 katalógusa 384,4 katalógusa 0,7-1643,1 katalógusa CXCL9 /MIG
369,5 katalógusa 0-8569,7 katalógusa 4336,1 1077,2 katalógusa - 19.396,6 katalógusa 7540,3 katalógusa 727,7-73975,9 katalógusa CCL3 /MIP-1α katalógusa 0.0 katalógusa 0-187,4 katalógusa 203,6 katalógusa 0-1177,2 katalógusa 359,0 katalógusa 0-3.231,5
CCL4 /MIP-1β katalógusa 49,5 katalógusa 0-261,8 katalógusa 94,3 katalógusa 0-335,8 katalógusa 578,6 ** /#
28,7-1185,2 katalógusa CCL15 /MIP-1δ
86,0 katalógusa 54-157,3 katalógusa 169,3 katalógusa 51,7-748,9 katalógusa 374,3 katalógusa 63,4-2825,4 katalógusa CCL20 /MIP-3α katalógusa 859,3 katalógusa 76,1-1784,8
3049,6 katalógusa 893-16262,9 katalógusa 4773,4 * katalógusa 1014,4-13280,7 katalógusa MMP-3 katalógusa 269,0 katalógusa 0-648,6 katalógusa 143,9 katalógusa 0-353,1 katalógusa 0.0
0-2908,2 katalógusa SPP1 /OPN
447,0 katalógusa 9,1-896,3 katalógusa 2054,0 katalógusa 193,6-3.183,7 katalógusa 1407,1 katalógusa 12,6-5819,2 katalógusa PDGF RB
222,3
174,3-521,4 katalógusa 295,3 katalógusa 184,9-1.079,3 katalógusa 578,6 katalógusa 123,7-1.516,8 katalógusa TIMP-1 katalógusa 9676,2 katalógusa 4373,3-17.133,2 27.022,2 katalógusa katalógusa 17.028,3 - 194.387,8 139.365,6 katalógusa ** katalógusa 48146,4-367.203,2 katalógusa AN - látszólag normális; PN - Páros rendes katalógusa p érték szignifikáns AN + PN versus Tumor - www.Booked.hu * - < 0,05; ** - ≪ 0,005; *** - ≪ 0,0005 Mann-Whitney U teszt katalógusa p érték szignifikáns PN versus Tumor - www.Booked.hu # - + 0,01; ## - ≪ 0,005; ### - ≪ 0,0005 Mann-Whitney U teszt
plazmaszintje a 15 citokinek /kemokinek /növekedési faktorok becsültük meg a Quantibody tömb. A 18 nem rosszindulatú esetben (12 nélkül rendellenességet észleli OGDscopy és 6 benignus patológia a gyomorban) voltak bottal együtt, és a medián értékeket összehasonlítottuk a daganatok és a nem rosszindulatú csoport. Mann-Whitney U tesztet végeztünk, hogy értékelje a statisztikai szignifikancia (két farkú teszt). IL8, CXCL9 /MIG, CCL3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, PDGFR-B és TIMP1 plazmaszintje szignifikánsan különbözött a nem malignus csoport és a gyomorrák csoport (4. táblázat). SPP1 /OPN szintje is magasabb gyomorrákos betegek, mint a nem malignus csoportban, de határán volt szignifikáns (p = 0,05). A műtét utáni szintje EpCAM, IGFBP3, IL8 CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCL3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, SPP1 /OPN és PDGFR- B mutatott egyenletes csökkenést a 8 minta vizsgálták. Ezzel szemben TIMP1, CCL15 /MIP-1δ és CFD /Adipsin szintek ténylegesen nőttek a posztoperatív időszakban a legtöbb minta (2. ábra) .table 4 Medián értékeket citokinek és kemokinek a plazmában a nem-malignus betegek versus plazma betegek gyomor carcinoma katalógusa katalógusa MEDIAN nem rosszindulatú (n = 18) (pg /ml) Matton tartomány (pg /ml)
mediánja daganatok (n = 58) (pg /ml),
tartomány (pg /ml)
CFD /Adipsin
71520,0 katalógusa 58000,8-77.527,9 69.236,4 katalógusa katalógusa 27926,9-95255,7 katalógusa CXCL5 /ENA-78 katalógusa 1100,6 katalógusa 0-7203,2 katalógusa 1702,8 katalógusa 0-11.588,5 katalógusa EpCAM
1789,8 katalógusa 0-13627,3 katalógusa 3527,1 katalógusa 0-35009,2 katalógusa IGFBP-3 katalógusa 119.467,1 katalógusa 20.164,6-174.498 katalógusa 110.395,1 katalógusa 0-979.359,6 katalógusa Az IL-8 /CXCL8 katalógusa 22,5 katalógusa 0-69,9 katalógusa 48,9 * katalógusa 0-396,3 katalógusa CXCL10 /IP-10 katalógusa 670,2 katalógusa 0-3328,9 katalógusa 931,1
0-5158,9 katalógusa CXCL9 /MIG
6069,2 katalógusa 0-18739,7 katalógusa 7561,8 * katalógusa 505-6 - 86999 katalógusa CCL3 /MIP-1α katalógusa 1464,8 katalógusa 0 - 10602,2 katalógusa 2335,1 * katalógusa 0-32199 katalógusa CCL4 /MIP-1β katalógusa 43,0 katalógusa 0-440,1 katalógusa 127,9 katalógusa 0-2138,5 katalógusa CCL15 /MIP-1δ
6628,8 katalógusa 1237,8-13178,1 katalógusa 5577,9 katalógusa 696,3-11054,4 katalógusa CCL20 /MIP-3α katalógusa 139,9 katalógusa 0-1994,1 katalógusa 654,6 # katalógusa 0-12.013,1 katalógusa MMP-3 katalógusa 10966,2 katalógusa 3891,2-38.928,9 13.680,1 katalógusa katalógusa 1358,7-80588,8 katalógusa SPP1 /OPN
4621,5 katalógusa 0-20518,1 katalógusa 8680,5 katalógusa 0-110.373,2
PDGF RB
1391,5 katalógusa 0-5461,8 katalógusa 2300,5 * katalógusa 0-34754,4 katalógusa TIMP-1 katalógusa 31048,9 katalógusa 15603,8-220.729,6 katalógusa 98054,6 # katalógusa 6252,5 - 463941 katalógusa # - p érték < 0,01; * - P érték < 0,05 Mann-Whitney U teszt
2. ábra Pre (1) és műtét utáni (2) plazmaszintje a citokinek /kemokinek /növekedési faktorok a gyomor rákos megbetegedések (n = 8). A plazma-szinteket mértük Quantibody tömb, amely felhasználja az elvét szendvics ELISA egy multiplex formátumban. A részleteket az becslését a szintek biztosított a módszerek fejezetében.
A plazmaszint a citokinek /kemokinek /növekedési faktorok ezután korrelált a klinikai-patológiai jellemzői. 28. A 58 gyomorrákos betegek átment volna egy potenciálisan kuratív radikális műtétet (R0 reszekció) és 6 betegnél R1 reszekció csak. Ezek 34 patológiás állt rendelkezésre minta patológiás összefüggések (PT, PN, pStage, perinodal terjedését, nyirok embóliára érrendszeri emboli), míg a túlélési analízist végeztünk 28 betegnél átesett egy R0 reszekció. Tíz betegnél a palliatív műtéti eljárások, míg 13 betegnél csökkent műtét vagy voltak alkalmasak kívüli minden egyéb beavatkozás szupportív kezelés. Egy betegnek differenciálatlan rák, amely további immunhisztokémiai vizsgálatok azt találták, hogy egy primer gyomor limfóma, diffúz nagy B-sejtes típust. A plazma szinteket MMP3, ahol a nagyobb férfiaknál, mint a nőknél (medián értéke 16.772,1 pg /ml versus 8512,5 pg /ml) (p-érték = 0,011);

• Korreláció a HER-2 /neu (ErbB-2) expressziós szintje és a terápiás hatás kombinációs kezelés HERCEPTIN® és a kemoterápiás szerek gyomor rákos sejtvonalakban
• Az I. fázisú vizsgálatban a neoadjuváns kemoradioterápia S-1 + kéthetente ciszplatin előrehaladott gyomorrák betegek nyirokcsomómetastasis: -KOGC04-