Identifikavimas ir patvirtinimas genų, susijusių skrandžio Tumorigenesis

Identifikavimas ir patvirtinimas genų, susijusių skrandžio Tumorigenesis
tezės
Background pervežimas Skrandžio vėžys yra viena iš paplitusių vėžio matė Pietų Indijoje. Deja, daugiau nei 90% yra pažangios iki to laiko jie praneša aukštąjį centras šalyje. Yra skubiai reikia apibūdinti šių vėžio ir pabandyti nustatyti galimas biologinius žymenis ir naujų terapinių tikslų.
Medžiagos ir metodai
mes panaudojome 24 skrandžio vėžiu, 20 Suporuoti normalus (PN) ir 5 akivaizdžiai normaliai skrandžio audinius, gautų iš pacientų su ne skrandžio vėžio (matyt normalu - AN) dėl mikrogardeliq tyrimo, po kurio įteisinimo reikšmingų genų (n = 63) pagal santykinį kiekybinio naudojant Togman mažo tankio Array Real Time PCR. Mes tada naudojamas pagal užsakymą Quantibody baltymų matrica patvirtinti 15 baltymų skrandžio audinių (4 AN, 9 PN ir 9 skrandžio vėžio) išraiška. Tas pats masyvas formatas buvo naudojami tyrimo plazmoje šių baltymų 58 pacientams, sergantiems skrandžio vėžiu ir 18 pacientų, kuriems yra normalus /nepiktybinių skrandžio sąlygomis.
Rezultatai
septyniolika genų (ASPN, CCL15 /MIP-1δ , MMP3, SPON2, PRSS2, CCL3, TMEPAI /PMEPAI, SIX3, MFNG, SOSTDC1, SGNE1, BPV, IGHA1, AKR1B10, FCGBP, ATP4B, NCAPH2) buvo įrodyta, kad būti skirtingai išreikšti tarp navikų ir suporuotų normalus, pirmą laikas. EpCAM (p = 0,0001), IL8 (p = 0,0003), CCl4 /MIP-1β (p = 0,0026), CCL20 /MIP-3α (p = 0,039) ir TIMP1 (p = 0,0017) audinių baltymo koncentracija buvo žymiai skiriasi (Mann- Whitney U testas) tarp navikų, palyginus su & PN. Be to, vidutinis koncentracijos plazmoje IL8, CXCL9 /MIG, CCL3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, PDGFR-B ir TIMP1 baltymų buvo žymiai skiriasi tarp nepiktybinių grupės ir skrandžio vėžio grupei. Po operacijos lygiai EpCAM, IGFBP3, IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCL3 /MIK-1α, CCL20 /MIK-3α, SPP1 /OPN ir PDGFR-B parodė vienodą kritimo visi mėginiai ištirti.
Išvados
Mūsų tyrimas nustatė keletą genų skirtingai išreikštas skrandžio vėžio, kai pirmą kartą. Kai kurias iš šių buvo patvirtinta per baltymų lygiu, taip pat. Kai kurie iš šių baltymų reikės papildomai įvertinti jų potencialą diagnostikos biologinių žymenų skrandžio vėžio ir kai gali būti naudinga, nes tolesnės žymekliai skrandžio vėžio.
Įžanga
Skrandžio vėžys yra viena iš paplitusių vėžio matyti Pietų Indijoje, užėmė 2 -oji tarp vyrų ir 5 -oji tarp moterų Čenajus Metropolitan srityje [1]. Pacientų pristatymą į aukštojo mokslo įstaigos, daugiau nei 90% yra pasistūmėjo pateikimo ir tik paliatyviosios valdymas yra įmanomas šių pacientų [2]. 2005 ir 2006 metais, iš 1239 skrandžio vėžiu sergančių pacientų iš viso buvo vertinamas institute, iš kurių 211 pacientai anksčiau buvo gydomi kitur. Tarp gydymo negavusiems pacientams (n = 1028), 61% buvo lokaliai progresavusiam ir 39% buvo su tolimos metastazės. Atsižvelgiant į išplėstinę ligos pobūdį ir dėl prastų rezultatų statusą tik 91 pacientai atėjo operuoti su ketinimų išgydyti. Tai rodo, kad anksti aptikti trūkumo skrandžio vėžio Indijoje.
Japonijoje, kuri turi aukštą tikimybę skrandžio vėžio problemą, fluorografijos atranka daroma kaip patikros programą gyventojams, todėl ankstyvam pažeidimų, kai tik gleivinės tik [3]. Tokia procedūra yra mažai tikėtina, kad bus didelėje šalies sprendimas, kaip antai Indijoje. Atsižvelgiant subtilių simptomų, tokių kaip nevirškinimas, laipsniškas svorio, kuris paprastai yra ignoruojami, dauguma pacientų atsirado su progresavusia liga. Todėl labai svarbu sukurti patikimą atrankos bandymai, kurie gali padėti anksti aptikti ligą. Serumas pagrįsti testai Pepsinogen ir H. pylori antikūnų neįgijo plačiai pritariama ir nebuvo svarstoma atrankos asmenis pagal Nacionalinio vėžio centro, Tokijas, Japonija [3]. Diagnostikos bandymas turėtų būti pageidautina kraujo ar šlapimo mėginį pagrįstas ir turi būti konkretus.
Tarp pagrindinių rizikos veiksnių skrandžio vėžio, mityba vaidina svarbų vaidmenį. Vartojimas pasūdytame maisto (mėsos ir žuvies) ir tabako yra susiję su padidėjusia rizika [4-6]. Lėtinis gastritas atrofija ir žarnyno metaplazija buvo laikoma iš anksto piktybinių pokyčių skrandžio gleivinę. Tabako rūkymas H. pylori dietos su dideliu kiekiu druskos, nitritų ir nitratų, ir mažas suvartojamų vaisių ir daržovių yra žinomi rizikos faktoriai lėtinio atrofinį gastritas [7]. Pietų indas dieta tradiciškai susideda iš didelio vėsioje turinį ir giliai keptas maistas, su aliejaus panaudojimo kepimui vyksta kelias ciklus naudojimo prieš išmetimui ir todėl, kurių sudėtyje yra didelis kiekis kancerogenų [5, 8, 9].
Skrandžio vėžio yra daugiausia adenokarcinomos ir gali būti trijų porūšių - žarnyno, paplitusia ir mišrių [10]. Žarnyno tipas skrandžio vėžiu paprastai pasireiškia po distalinio dalis skrandžio, turi ikivėžinių etapai ir sudaro darnius vėžinės ląstelės formavimas liauką, kaip statinių [11]. Dauguma žarnyno tipų yra gerai arba vidutiniškai diferencijuoti (PSO klasifikaciją). Difuzinis tipas susideda iš atskirų vėžinių ląstelių infiltrating ir plinta toli už jos makroskopinių sienų. Jie paprastai menkai diferencijuotas į nediferencijuotą [12]. Čenajus, distalinės navikai yra daugiau bendro, nei proksimaliniuose vėžio.
Genų ekspresijos tyrimus įvairių vėžio padėjo nustatyti genus į Tumorigenesis [13] procese. Buvo pranešta mikrogardeliq tyrimai lyginant genų ekspresijos skirtumus tarp normalaus skrandžio ir skrandžio vėžio [14], tarp jaunų ir pagyvenusių skrandžio vėžio pacientų navikai [15] tarp pirminio naviko ir metastazavusiu pažeidimų [16]. Mūsų tyrimas palygina genų ekspresiją tarp akivaizdžiai normaliai skrandžio audinių gautų iš pacientų, sergančių ne skrandžio vėžio (matyt normalu - AN), skrandžio audinių mėginių toliau nuo naviko ir patvirtintas šaldytų skyriuje neturėti navikines ląsteles (poriniai normalu - PN) ir skrandžio vėžio (Augliai - T). Tai pirmasis tyrimas, pažvelgti į genų ekspresijos modelių skrandžio vėžio Pietų Indijos pacientų ir patvirtinti kai kurie iš šių genų tuo baltymų lygį savo potencialą, kaip biologinių žymenų, skirtų skrandžio vėžio.
Medžiagos ir metodai
Penki AN pavyzdžiai (2 iš pacientų, sergančių Hypopharyngeal vėžio 1 iš viršutinės stemplės suragėjusių ląstelių karcinoma, 1 iš apylinkių ampullary karcinoma, 1 iš kasos vėžiu) iš pacientų, kuriems buvo atlikta skrandžio rezekcija, kaip dalį savo pirminės operacijos buvo įtrauktos į tyrimą. Be to, 24 skrandžio vėžio ir 20 PN buvo įtraukti į šį tyrimą. Visi pacientai pateikė savo sąmoningą sutikimą tyrimo, kuris buvo patvirtintas pagal institucinius etikos komitetas.
Operacinis egzemplioriai buvo iš karto apdorojami ir skyriai buvo paimti sušaldytos skyriuje. Navikų mėginiai, kuriuose yra daugiau kaip 70% vėžinių ląstelių; PN ir mėginiai be naviko ląstelių įrodymais ir, matyt, normalaus kūno sudėjimo buvo įtraukti į tyrimą.
Be to, kraujo mėginiai buvo imami iš asmenų išgyvena oesophagogastroduodenoscopy (OGDscopy) už dispepsijos simptomų ir užkirstas kelias bet kokiam viršutinę virškinimo trakto patologija. Tai 58 buvo nustatyta, kad būti skrandžio vėžio, 6 buvo nustatyta, kad yra gerybinė patologija skrandžio (gastritas, gerybinė opa) ir 12 buvo normalaus OGDscopy pranešimą. 8 skrandžio vėžiu sergantiems pacientams, kuriems buvo atlikta radikali operacija, pooperacinio kraujo mėginys taip pat buvo surinkti nuo 7 dieną ir dieną 15 išskyrus dviejų pacientų, kuriems mėginys buvo surinkta savo pirmąjį tolesnių po operacijos laiką (55 ir dienos 64) .
RNR gavybos
RNR buvo išskirta iš audinių mėginių, naudojant RNeasy RNR išskyrimo rinkinys (Qiagen, GmbH, Hilden, Kat: 74.106) pagal gamintojo instrukcijas. Iš RNR naudojama mikro masyvo analizės kokybė buvo tikrinama naudojant Bioanalyzer ir pavyzdžius su RNR neliečiamumo (RIN) 7 ar daugiau buvo įtraukti į tyrimą. RNR buvo kiekybiškai naudojant NanoDrop ™ ND1000 (NanoDrop technologijos, JAV) spektrofotometru.
Aptikimas H.pylori pervežimas analizė H.pylori skrandžio audinių mėginių atlikta naudojant PGR kaip aprašyta anksčiau [17]. PGR pradmenis skirtos sustiprinti S2 regionas Vac A genu H pylori genomo buvo panaudota aptinkant. Reakcija sustiprina tai apytikriai 194 bp ilgio amplikono
mikrogardeliq eksperimentą
1 mikrogramų visų RNR nuo naviko /PN /AN mėginys ir universalus RNR (Stratagene; Kat: 740.000-41). Buvo atvirkštinis transkripcija naudojant masyvas scenarijus 42 ° C temperatūroje 2 val gauti kDNR naudojant amino alil MessageAmp II Arna stiprinimo komplektas (Ambion, Austin, TX, Kat: AM1797). KDNR buvo papildyta, paženklinti, kryžminosi ir skaidres nuskaitomi kaip aprašyta anksčiau [18]
Visi RAW duomenų failai buvo pateiktas gėjų su priskirtas GEO narystei skaičius -.. GSE17154
mikrogardeliq duomenų analizė Viesbutis The naujoms ir pirminėms žinioms mediana intensyvumas Cy3 ir Cy5, buvo importuoti į BRB-ArrayTools programinė įranga [19], naudojant Importas vedlys funkciją. Fono korekcija nebuvo padaryta. Pasaulinis normalizavimas buvo naudojamas vidurine centro Logaritminio santykis kiekviename masyve, siekiant priderinti skirtumus ženklinimo intensyvumo iš Cy3 ir Cy5 dažais. Duomenys buvo analizuojami naudojant klasė palyginimo modulis [20] į BRB-ArrayTools programinės įrangos.
Palyginimas Class BRB-Array Įrankiai
Mes nustatytų genų, kurie buvo skirtingai išreikštas tarp 3 klases (navikas /PN /AN) naudojant palyginimas klasės modulis. Vienmatės F kriterijus buvo naudojamas ir genai buvo laikomi statistiškai reikšmingais, jei jų p reikšmė buvo "< 0,001. Be to dviejų kartų skirtumas buvo reikalaujama tarp skirtingų klasių
Kiekybinis Realaus laiko PGR
Realaus laiko įteisinimas genų išraiškos buvo padaryta naudojant TLDA realaus laiko PGR (Applied BIOSYSTEMS Foster Miestas, CA; Kat.: 4.342.261). Trimis egzemplioriais kDNR šablono mėginiai buvo išplėstos ir analizuojama remiantis ABI PRISM 7900HT seka aptikimo sistemos (Applied Biosystems, Foster City, Kalifornija), kaip aprašyta anksčiau [18].
Neapdorotus duomenis iš Prizmė 7900HT seka aptikimo sistema buvo importuoti į Microsoft Excel programinė įranga, skirta statistinės duomenų analizę. Tarp vidinių etaloninių genų, įtrauktų į array (18S ribosomų geno; ACTB), ACTB buvo pasirinkta po ryškinimo pasaulinį Ct reikšmė paskirstymą, normalizuoti duomenis. Be to, HSPE1, kuris buvo įtrauktas remiantis diferencinė ekspresija, kuris matomas mikrogardelių sistemoje, buvo nustatyta, kad minimalus skirtumai ir todėl buvo įtrauktas kaip papildomą endogeninio kontrolės. Į TLDA tyrimai buvo paleisti LabIndia instrumentai Pvt Ltd laboratorijų Gurgaon, New Delhi.
AN mėginiai buvo naudojamas kaip kalibratorių ir santykiniai kiekybinio vertės apskaičiuotos visų genų ir mėginių.
Genų Ontologija analizė
Nustatytos būti skirtingai išreikšti navikų ir suporuotas Normals "pagrįstus mikrogardeliq duomenimis buvo importuoti į Fatigo modulio Babelomics [21] ir analizuojami per-atstovavimo GO sąlygomis, palyginti su genomo poilsio genai, naudojant tiksli Fišerio testas 2 × 2 nenumatytų lentelėse. "P" vertė buvo nustatytas < 0,05.
Paruošimas audinio baltymų lizatuose ir surinkimo plazmos
Baltymų lizatuose analizei naudojant antikūnų masyvus buvo ruošiamas iš 60-80 mg šaldytų skrandžio audinių pavyzdžius. Audinių mėginiai buvo sumalti į skysto azoto buvimas naudojant Piesta. Miltelių pavidalo audinių buvo resuspenduotas audinių lizės buferiniame tirpale (tri. HCL pH7.5, 150 mM natrio chlorido, 1% natrio deoksicholatas, 1% NP40). Prieš naudojimą, lizės buferio buvo papildytas Užpildytas Mini ™ proteazės inhibitorių kokteilis (Roche Diagnostics GmbH, Vokietija). Baltymų fragmentai buvo tiriami ultragarsu naudojant Vibra ląstelę ™ (sonic Inc, JAV) sonicator. Lizatai išvalytas centrifuguojant ir kiekybiškai naudojant Coomassie PLUS-Bradford tyrimas ™ reagentą (Pierce Inc., JAV), kaip už gamintojo protokolu. Iš baltymų kokybės buvo analizuojami sprendžiant 50 pg lizato dėl 10% natrio dodecilsulfatas poliakrilamido (SDS) gelio ir vėliau regimos dažant naudojant Coomassie mėlynai.
Plazma buvo gauta iš 5 ml kraujo surinktų dalyvaujant 200 pL 10% etileno diamino tetra acto rūgšties (EDTA). Plazmos izoliuota nuo kraujo mėginiai buvo centrifuguojamas 3000 g ir saugomi -80 ° C alikvotose
antikūno masyvų
Custom antikūnų masyvų Quantibody ™ array (Katalogo numeris: QAA-CUST). Grindžiamų Multiplex ELISA sistemos kiekybiniam matavimo įsigytų iš Ray Biotech, Inc kelių baltymų, JAV buvo naudojami tyrimo baltymo ekspresija lygių skrandžio audinių ir plazmos mėginių [22, 23]. Šie genai (CXCL5 /ENA-78, CXCL8 /IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCL3 /MIK-1α, CCL15 /MIK-1δ, EpCAM, MMP3, SPP1 /OPN, TIMP1, Adipsin /CFD CCl4 /MIP-1β, CCL20 /MIK-3α, PDGFR-B ir IGFBP-3) nustatyta, kad ekspresija skrandžio vėžio palyginti su PN ir AN (su CFD /Adipsin išskyrus tas, kuriose buvo ekspresija į PN, palyginti su skrandžio vėžio ir AN) buvo tiriamas jų baltymų lygių naviko, atitinkanti PN ir į audinius. Be to, kraujo plazmoje šių baltymų pacientams, kuriems buvo atliktos OGDscopy buvo apskaičiuota naudojant tą patį masyvo formatas (58 skrandžio vėžiu pacientams, 6, sergantiems gerybine skrandžio ar dvylikapirštės žarnos opa arba gastritas ir 12 su normaliu OGDscopy ataskaitoje). 8 skrandžio vėžiu sergantiems pacientams, kuriems buvo atliktos radikalios operacijos, prieš ir po operacijos mėginiai buvo renkami ir analizuojami.
Analizės buvo atliktas kaip aprašyta gamintojo protokolu. Trumpai, atsižvelgiant į audinių lizatuose 100 mikrogramų baltymų lizato atveju buvo paruošiami praskiedžiant audinių lizatas tirpalą, naudojant Mėginio skiediklis buferio gamintojo tiekiamais, kad galutinė koncentracija 1 mg /ml. 100 mikrol Praskiesto lizato buvo inkubuojama su masyvo kamerą, 2 valandas. Atsižvelgiant į plazmos mėginių atveju, plazmos buvo praskiestas su Pavyzdžio skiediklio buferio pateikta su tuo santykiu 1 rinkinio: 1. 100 mikrol Praskiesto plazmos mėginyje buvo inkubuojama su masyvo kamerą, 2 valandas. Už kiekvieną masyvo eksperimentą, tiekiamos kartu su rinkiniu standartai buvo ruošiamas, kaip aprašyta gamintojų protokolą ir įtraukti kartu su mėginio skiediklis buferio kontrolės (neigiama kontrolė), kurios nei turėjo standartas arba mėginius. Masyvų buvo apdorojami kaip aprašyta gamintojo protokolu. Skaidrės buvo nuskaitomi 5 μ rezoliuciją ir 70 PMT naudojant Pro Scan Array ™ (Perkin Elmer Inc., JAV). Per šias skaitytuvo parametrus signalus iš aukščiausio lygio koncentracijos nepasiekė sodrumą. Duomenys buvo analizuojami naudojant Quantibody Q-analizatorius, masyvas specifinę, Microsoft Excel programą, pagrįstą, pateikiamas kartu su užsakymą matricos.
Statistinė analizė
vidurine ir diapazono plazmos vertės apskaičiuotos naudojant "Microsoft Excel ™ skaičiuoklę programinė įranga ( "Microsoft", Inc.). Manno-Whitney U testas ( "http:... //Fakultetas Vassar edu /Lowry /utest HTML) buvo naudojami tyrimo vidurinės vertybių plazmoje ir dviejų tailed bandymo reikšmę buvo naudojamas gauti p vertę.
rezultatai Viesbutis The Klinikos-patologinis detalių visiems pacientams, kurių mėginiai buvo naudojamas mikrogardeliq analizės ir jų navikų mėginiuose, pateikti papildomą ir File 1 2. Klinikos-patologinis duomenys apie pacientų iš kuriam buvo gauti kraujo mėginius įvertinimo plazmoje citokinų /chemokinus /augimo veiksnių yra pateikta papildomų failų 3.
iš 24 pacientų, kurių navikų mėginiuose buvo naudojami mikrogardeliq tyrimo, 16 buvo vyresni nei 45 metų amžiaus ir 8 buvo 45 metai ar mažiau; 18 buvo vyrai ir 6 moterys buvo; 5 buvo augliai, susidarantys iš Cardia 2 iš kūno ir 17 antralinėje dalyje regione. Visi dvidešimt keturias navikai buvo adenokarcinomos su viena iš jų yra prastai diferencijuota adenokarcinoma su sričių neuro-endokrininės sistemos funkcijų. Tarp adenokarcinomų, žarnyno potipis buvo dažniausia (n = 16), o difuzinis potipis buvo pastebėtas 5 ir sumaišyti 2. III laipsnio navikai vyrauja (n = 20), su ne i laipsnio navikų mūsų serijos. Septyniolika 24 buvo mazgas teigiamas ir 4 buvo toli metastazių pristatymas.
Remiantis klasės lyginamoji analizė (p reikšmė = 0,001 ir 2 kartus skirtumas), mes turėjome 61 genai aktyvuojami vėžį, 66 suporuotas normalu ir 61 su ap vertė < 1e-07 matyt normali (papildomų failų 4). Mes naudojome Togman Santykinis kiekybinio RT-PGR įteisinimui kai kurių genų, kuriuos nustatė mikrogardeliq analizė. ACTB buvo pasirinkta kaip endogeninio kontrolės, kuri buvo papildomai prie 18S kontroliuoti esančių TLDA kortelę.
Visi 49 mėginiai dirbo TLDA tyrimu, bet 2 genus, C11orf42 ir IGLL1 neveikė. HSPE kuri buvo nustatyta, kad diferencialo išraišką mūsų mikrogardeliq analizės pavyzdžių neparodė jokio lygius svyravimus, į TLDA tyrimą ir jis buvo įtrauktas kaip papildomas endogeninio kontrolę. Normalizavimas buvo padaryta naudojant ACTB ir HSPE kaip endogeninių kontrolės. Iš 63 genų pasirinktų, neįskaitant vidinių kontrolės (ACTB ir HSPE) ir dviejų genų, kurie nedirbo, mes turėjome 59 genus tolesnei analizei.
Trys iš genų (REG4, CLDN18, MXRA5) buvo įtraukti įteisinimas savo potencialą kaip prognostinis persekiotoją netinkamai. Tačiau nuo to laiko, kad mikrogardeliq analizė buvo baigtas ir RQ-AT-PGR analizės intervalo buvo padaryta (maždaug 3 mėnesių) buvo papildomi pacientai, kurie atsinaujinusia ar todėl genai nebuvo laikomi tolesnei analizei kaip prognostinių žymenų. Tačiau jie buvo įtraukti, siekiant įvertinti, ar jie skirtingai išreikšta tarp PN ir navikų.
Genų, kurie buvo nustatyti turi būti skirtingai išreikšti skrandžio vėžio, sąrašas pateikiamas 1 lentelėje ir 2 lentelėje 1 lentelė sąrašus genai nustatyti, kad būti skirtingai išreikštas skrandžio vėžio pirmą kartą ir 2 lentelėje, išvardytos genus, kurie buvo žinoma, kad būti susijęs su skrandžio vėžio, ir taip pat yra mūsų tyrimo. (Papildoma Failai 5 ir 6 teikti informaciją apie šių genų ir atitinkamas nuorodas). Yra keturi skirtingi modeliai genų ekspresiją - Raštas 1 - ekspresija į PN ir navikų; Raštas 2 - ekspresija į PN, bet downregulated navikuose; Raštas 3 - minimalus pokytis PN, bet ekspresija į navikais ir raštas 4 - minimaliomis pokyčių PN bet downregulated į navikais (pav 1) .table 1 Genai Pranešama, kad skirtingai išreiškiama pirmą kartą skrandžio vėžio [Nuorodos ir detalių papildomų failų 4]
SNO
genijus SIMBOLIS

ląstelę pranešta pervežimas pervežimas REFERENCE
1
CCL15 /MIP5 /MIK-1d /LKN1
NSLPV
[SF5-R1]
2
ASPN
krūties vėžys
[SF5-R2]
3
MMP3
kolorektalinio vėžio
[SF5-R3]
4
SPON2
plaučių, kiaušidžių, prostatos vėžio
[SF5-R4]
[SF5-R5]
[SF5-R6]
5
PRSS22
kiaušidžių vėžys
[SF5 R7]
6
CCL3 /MIP 1A
žodžiu laktozės, somatinių ląstelių
[SF5-R8 ]
7
TMEPAI /PMEPAI
Neurolingvistinis endokrininių navikų
[SF5 R9]
8
SIX3
9
MFNG
Downregulated gimdos kaklelio vėžio
[SF5-R10]
10
SGNE1 /SCG5
endokrininių navikų
11
SOSTDC1
Downregulated į inkstų vėžys pervežimas [SF5-R11]
12
BPV
Downregulated į stemplės adenokarcinoma
[SF5-R12]
13
IGHA1
14
AKR1B10
Padidėjo Bareto epitelio
[SF5-R13]
15
FCGBP
žemyn reguliuojama dvitaškis ca
[SF5-R14]
16
ATP4B
17
NCAPH2
2 lentelė genai žinomiems dalyvauja skrandžio vėžio Tumorigenesis identifikuoti šiame tyrime [Nuorodos ir detalių papildomų failų 5]
S NO

genijus SIMBOLIS

aukštyn arba žemyn rEGULIUOJAMI
REFERENCE
1
CTSB
Iki reguliuojama ypač Cardia tumours
[SF6-R1]
2
SPARC/Osteonectin
Up-regulated
[SF6-R2]
3
COL1A1
Up-regulated
[SF5-R3]
4
COL1A2
Up-regulated
[SF5-R3]
5
COL4A1/Arresten
Up-regulated
[SF5-R4]
6
CXCL1/GRO1/MGSA
Up-regulated
[SF5-R5]
7
SPP1/osteopontin
Up-regulated
[SF5-R6]
8
CXCL9/MIG
Up-regulated
[SF5-R7]
9
IL8/CXCL8
Up-regulated
[SF5-R8]
10
TIMP1
Up-regulated
[SF5-R9]
11
LUM/SLRR2D/LDC
Up-regulated
[SF5-R10]
12
CXCL5/ENA78
Up-regulated
[SF5-R11]
13
CXCL10/INP10/IP10
Up-regulated
[SF5-R4]
14
CEACAM6
Up-regulated
[SF5-R12]
15
REGIV
Up-regulated
[SF5-R13]
16
S100A10/ANX2L/CAL1L
Up-regulated
[SF5-R14]
17
SERPINH1/HSP47/CBP1
Up-regulated
[SF5-R15]
18
CDH3
Up-regulated
[SF5-R16
19
TACSTD1/EPCAM/CD326
Up-regulated
[SF5-R17]
20
IFITM1/LEU13
Up-regulated
[SF5-R18]
21
CTHRC1
Up-regulated
[SF5-R19]
22
SULF1
Up-regulated
[SF5-R20]
23
RNASE1
Down-regulated
[SF5-R21]
24
PGC
Down-regulated
[SF5-R22]
25
PGA5
Down-regulated
[SF5-R22]
26
GIF
Down-regulated
[SF5-R23]
27
LTF
Down-regulated
[SF5-R24]
28
TFF1
Down-regulated
[SF5-R25]
29
CLDN18
Down-regulated
[SF5-R26]
30
CFD/Adipsin
Secreted Skrandžio ca ląstelių lines
[SF5-R27]
31
GHRL/Obestatin
Down-regulated
[SF5-R28]
32
LIPF
Down-regulated
[SF5-R29]
33
ANXA10
Down-regulated
[SF5-R30]
1 pav RQ vertės suporuotų normals (PN) (n = 20) ir navikų (n = 24), naudojant matyt normalų (AN) (n = 5) kalibratorių. Sulenktas pokytis, palyginti su akivaizdžiai asmenimis.
Mes tada pradėjo patvirtinti baltymo ekspresija kai iš AN genų (n = 4), PN (n = 9) ir navikai (n = 9). Mes naudojome Quantibody masyvas, kuris yra grindžiamą daugiasluoksnis ELISA principu nustatyti baltymų lygiai 15 citokinų chemokinus ir augimo faktorių [22, 23]. Medianos reikšmės ir lygius klasės yra pateiktos lentelėje buvo rasta 3. CFD /Adipsin mediana lygiai būti mažesnė auglių palyginus su PN ir lygiais (p = 0.0324), o CXCL5 /ENA78, CCL20 /MIP- 3α, IGFBP3, SPP1 /OPN ir TIMP1 buvo padidintas PN ir auglių, palyginti su AN, su aukštesnio lygio matyti navikų. Priešingai, EpCAM, IL8, CXCL10 /IP10, CCL3 /MIK-1α, CCl4 /MIK-1β, CCL15 /MIK-1δ, PDGFR-B buvo daugiausia padidėjusi navikų, palyginti su AN ir PN. EpCAM (p = 0,0001), IL8 (p = 0,0003), MIP-1β (p = 0,0026), MIP-3α (p = 0,039) ir TIMP1 (p = 0,0017) koncentracija buvo žymiai skiriasi (Mann-Whitney U testas) tarp navikų palyginus su & PN. Be to, EpCAM (p = 0,0004), IL8 (p = 0,0015) ir MIP-1β (p = 0,0061) buvo žymiai padidėjusi navikų, palyginti su jų atitinkamų PN.Table 3 mediana vertės citokinų ir chemokinus į PN ir vėžinių lizatuose




PN

PN
Naviko
Naviko

mediana pg /ml,
klasės pg /ml,
mediana pg /ml,
klasės pg /ml,
mediana pg /ml,
klasės pg /ml,
CFD /Adipsin pervežimas 27295,0 22097,9-31759,9

27162,9
19515,1-38224,3 13021,0
*
9441,5-36873,1
CXCL5 /ENA-78
283,8
39,3-4206,1
2922,7
84,9-31628,7
3978,0
723,9-40669,6
EpCAM
1466,0
905,7-2266,6
2243,5
915-8885,8
18717,6 *** /## #
8966.1 - 34.529
IGFBP-3
3149,8
124,0 - 17530,2
12286,0
134,6 - 34036,3
17662,7
196,9 - 55.671,5
IL-8 /CXCL8
22,1
0-62,3
53,1
27,4-190,6
1240,4 *** /###
93,1-3660,7
CXCL10 /TL-10
20,4
1,4 - 146,1
147,0
0,8 - 3940,9
384,4
,7 - 1643,1
CXCL9 /MIG
369.5
0 - 8569,7
4336,1
1077.2 - 19396,6
7540,3
727,7 - 73975,9
CCL3 /MIK-1α
0,0
0 - 187,4
203,6
0 - 1177,2
359,0
0 - 3231,5
CCl4 /MIK-1β
49,5
0 - 261,8
94,3
0 - 335.8 pervežimas 578.6 ** /#
28,7 - 1185,2
CCL15 /MIP-1δ
86,0
54-157,3
169,3
51,7-748,9
374,3
63,4-2825,4
CCL20 /MIK-3α
859,3
76,1-1784,8
3049,6
893-16262,9
4773,4 *
1014,4-13280,7
MMP-3
269,0
0 - 648,6
143,9
0 - 353.1
0,0
0 - 2908,2
SPP1 /OPN
447,0
9,1-896,3
2054,0
193,6-3183,7
1407,1
12,6-5819,2
PDGF RB
222,3
174,3-521,4
295,3
184,9-1079,3
578,6
123,7-1516,8
timp-1
9676,2
4373,3-17133,2 27022,2

17028,3 - 194387,8 139365,6
**
48.146,4 - 367.203,2
An - Matyt normalu; PN - Suporuotas normalų
p reikšmė reikšmingai AN + PN palyginti Naviko - CR.LT * - < 0,05; ** - ≪ 0,005; *** - ≪ 0,0005 iki Manno-Whitney U testas pervežimas p reikšmė gerokai PN palyginti Naviko - CR.LT # - < 0,01; ## - ≪ 0,005; ### - ≪ 0,0005 iki Manno-Whitney U testas Viesbutis The plazmoje 15 citokinų /chemokinus /augimo veiksnių buvo įvertintas naudojant Quantibody masyvo. 18 nepiktybinis bylos (12 be anomalijų aptiktą OGDscopy ir 6 su gerybine patologijos skrandyje) buvo clubbed kartu ir mediana vertės buvo palyginti tarp navikų ir nepiktybinių grupei. Manno-Whitney U testas buvo atliktas, siekiant įvertinti, statistinį reikšmingumą (du tailed testus). IL8, CXCL9 /MIG, CCL3 /MIP-1α, CCL20 /MIK-3α, PDGFR-B ir TIMP1 koncentracija plazmoje reikšmingai skiriasi tarp nepiktybinių grupės ir skrandžio vėžio grupės (4 lentelė). SPP1 /OPN lygis taip pat buvo didesnis skrandžio vėžiu sergantiems pacientams, palyginti su ne-piktybinės grupei, tačiau buvo ribinio tipo reikšmingas (p = 0,05). Po operacijos lygiai EpCAM, IGFBP3, IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCL3 /MIK-1α, CCL20 /MIK-3α, SPP1 /OPN ir PDGFR-B parodė vienodą kritimą visų 8 mėginiuose tiriamas. Priešingai TIMP1, CCL15 /MIK-1δ ir CFD /Adipsin lygiai iš tikrųjų padidėjo pooperaciniu laikotarpiu daugumoje mėginių (2 paveikslas) .table 4 mediana vertes citokinų ir chemokinus plazmoje nuo nepiktybinių pacientų, palyginus su plazma iš pacientai, sergantys skrandžio karcinoma

mediana nepiktybinis (n = 18) (pg /ml)

ATSTUMAS (pg /ml),
mediana navikų (n = 58) (pg /ml)
diapazonas (pg /ml)
CFD /Adipsin
71520,0
58000,8-77527,9 69236,4

27926,9-95255,7
CXCL5 /ENA-78
1100,6
0-7203,2
1702,8
0-11588,5
EpCAM
1789.8
0 - 13627,3
3527,1
0 - 35.009,2
IGFBP-3
119467,1 20164,6
- 174.498
110395,1
0 - 979.359,6
IL-8 /CXCL8
22,5
0-69,9
48,9 *
0-396,3
CXCL10 /TL-10
670,2
0-3328,9
931,1
0 - 5158,9
CXCL9 /MIG
6069,2
0 - 18739,7
7561,8 *
505-6 - 86.999
CCL3 /MIP-1α
1464.8 pervežimas 0 - 10602,2
2335,1 *
0-32.199
CCl4 /MIK-1β
43,0
0-440,1
127,9
0-2138,5
CCL15 /MIK-1δ
6628,8
1237,8-13178,1
5577,9
696,3-11054,4
CCL20 /MIK-3α
139.9
0-1994,1
654,6 #
0-12.013,1
MMP-3
10966,2
3891,2-38928,9 13680,1

1358,7-80588,8
SPP1 /OPN
4621,5
0 - 20518.1
8680.5
0 - 110373.2
PDGF RB
1391,5
0 - 5461.8
2300,5 *
0 - 34754,4
timp-1
31048,9
15603.8 - 220729.6
98054,6 #
6252.5 - 463.941
# - p reikšmė < 0,01; * - P reikšmė < 0,05 iki Manno-Whitney U testas
2 pav Pre (1) ir po operacijos (2), kraujo plazmoje citokinai /chemokinus /augimo faktorių skrandžio vėžio (n = 8). Plazmoje buvo matuojamas naudojant Quantibody masyvas, kuris naudoja sumuštiniai ELISA principu į Multiplex formatu. Už nurodytų lygių vertinimo duomenys pateikti Metodikos skyriuje.
Plazmoje citokinai /chemokinus /augimo faktorių tada buvo susijęs su Klinikos-patologinis funkcijų. 28 iš 58 skrandžio vėžiu sergantiems pacientams buvo atlikta potencialiai gydomasis radikalus chirurgija (R0 rezekcijos) ir 6 pacientams buvo tik R1 rezekcija. Šie 34 patologiniai bandiniai buvo galima patologinių koreliacijas (PT, PN, pStage, perinodal plitimą, limfinės embolija, kraujagyslių embolija), o išgyvenamumo analizė buvo atlikta 28 pacientams, kurie buvo vežami R0 rezekcijos. Dešimt pacientų patyrė paliatyviosios chirurgines procedūras, o 13 pacientų sumažėjo operacijos ar buvo netinkami jokiems kitiems palaikomojo gydymo įsikišimo. Vienas pacientas turėjo neišrūšiuotos vėžiu, kuris dėl papildomų Imunohistocheminiais tyrimais buvo nustatyta, kad pirminis skrandžio limfomos, difuzine didelių B ląstelių tipą. Koncentracija kraujo plazmoje dėl MMP3 kur didesnis vyrų nei moterų (vidurinė vertė 16772,1 pg /ml, palyginti su 8512.5 pg /ml) (p reikšmė = 0,011);

• Koreliacija tarp JAI-2 /neu (ErbB 2) išraiška lygis ir gydomasis poveikis kombinuoto gydymo Herceptin ir chemoterapiniais preparatais skrandžio vėžio ląstelių lines
• I fazės studiją apie neoadjuvantas chemoradioterapija su S-1 plius kas dvi savaites cisplatina išplitusiu skrandžio vėžiu sergančių pacientų limfmazgių metastazių: Aš -KOGC04-