Identifikacija in potrjevanje genov, ki sodelujejo pri želodčnem tumorigeneze

Identifikacija in potrjevanje genov, ki sodelujejo pri želodčnem tumorigeneze
Abstract
Ozadje
raka želodca, je eden od skupnih raka videli v južni Indiji. Na žalost je več kot 90% napredovala do takrat, ko poročajo terciarno center v državi. Nujno je treba za opredelitev te vrste raka in poskušali ugotoviti morebitne biološke označevalce in nove terapevtske cilje.
Materiali in metode
smo uporabili 24 želodca raka, 20 Seznanjene normalne (PN) in 5 očitno normalni želodčne tkiva, pridobljena od bolnikov z non-želodčnih raka (Očitno normalno - AN) za preučevanje mikromrež sledi potrditev pomembnih genov (n = 63) z relativno kvantifikacijo uporabljajo TaqMan Low Density Array PCR v realnem času. Nato smo uporabili meri, ki Quantibody beljakovin paleto potrditi ekspresijo 15 beljakovin v želodcu tkiva (4 AN, 9 PN in 9 želodčni rak). Enaka oblika matrike smo uporabili za preučevanje plazemske koncentracije teh proteinov pri 58 bolnikih z želodčnim rakom, 18 bolnikov s normalnimi /non-malignih želodca pogoji.
Rezultati
sedemnajst genov (ASPN, CCL15 /MIP-1δ , MMP3, SPON2, PRSS2, CCI3, TMEPAI /PMEPAI, SIX3, MFNG, SOSTDC1, SGNE1, SST, IGHA1, AKR1B10, FCGBP, ATP4B, NCAPH2) je bilo dokazano, da je različno izražena med tumorjev in seznanjeno normalno, za prvo čas. EpCAM (p = 0,0001), IL8 (p = 0,0003), CCl4 /MIP-1β (p = 0,0026), CCL20 /MIP-3α (p = 0,039) in TIMP1 (p = 0,0017) ravni tkivo beljakovin bila bistveno drugačna (Mann Whitney U test) med tumorjev v primerjavi AN & PN. Poleg tega je bila mediana koncentracije v plazmi IL8, CXCL9 /MIG, CCI3 /MIP-1 a, CCL20 /MIP-3a, PDGFR-B in TIMP1 beljakovin bistveno razlikuje med non-malignega skupino in želodca skupine raka. V post-kirurške ravni EpCAM, IGFBP3, IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCI3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, SPP1 /OPN in PDGFR-B je pokazala enotno padec vsi vzorci preučevali.
Sklepi
Naša študija je ugotovila več genov različno izražene v želodcu raka, nekateri prvič. Nekateri izmed njih so bile potrjene na ravni proteina, kot tudi. Nekatere od teh proteinov bo treba dodatno oceniti za svoje potencialne kot diagnostičnih biomarkerjev v želodcu raka in nekateri so lahko koristne kot nadaljnji označevalcev pri bolnikih z rakom želodca.
Uvod
Rak želodca je eden od skupnih raka videli v South India, razvrščeni 2 nd med moškimi in 5 th med ženskami na področju Chennai Metropolitan [1]. Od bolnikih s terciarno institucijo, je več kot 90% napredovala pri predstavitvi in ​​le paliativne upravljanja je mogoče pri teh bolnikih [2]. V letih 2005 in 2006 je bilo skupno 1239 bolnikov z rakom želodca videli na inštitutu, od katerih je bilo 211 bolnikov, predhodno obdelane drugje. Med obdelavo predhodno nezdravljenih bolnikih (n = 1028), je bilo 61% lokalno napredovalim in 39% jih je bilo v daljni metastaz. Zaradi naprednih narave bolezni in zaradi slabim, le 91 bolnikov, je prišel za operacijo z namenom, da ozdravi. To kaže na problem pomanjkanja zgodnjega odkrivanja za raka želodca v Indiji.
In Japonsko, ki ima visoko incidenco raka želodca se photofluorography presejalni narejeno kot presejalnega programa za prebivalstvo, kar je povzročilo zgodnje odkrivanje poškodb, nekateri omejena na sluznico le [3]. Tak postopek je malo verjetno, da bo raztopina v veliki državi, kot Indiji. Glede na subtilnih simptomi, kot so prebavne motnje, postopno hujšanje, ki so na splošno zanemarimo, je večina bolnikov prisotni z napredovalo boleznijo. Zato je bistvenega pomena za razvoj zanesljive presejalne teste, ki lahko pomagajo pri zgodnjem odkrivanju bolezni. testi za Pepsinogen in H. pylori protitelesa, ki temeljijo v serumu niso pridobili splošno sprejeta in niso bile upoštevane za presejalne posameznikov National Cancer Center, Tokio, Japonska [3]. Diagnostični preizkus mora biti po možnosti kri ali urin vzorec, ki temelji in mora biti specifičen.
Med glavnimi dejavniki tveganja za raka želodca, prehrana igra pomembno vlogo. Poraba slano hrano (rib in mesa) in tobaka je povezana s povečanim tveganjem za [4-6]. Kronični atrofični gastritis in črevesnih metaplazija so bile upoštevane kot pre-malignih sprememb v želodčne sluznice. Tobak za kajenje, H. pylori, so diete z visoko vsebnostjo soli, nitritov in nitratov, in majhne količine sadja in zelenjave znani dejavniki tveganja za kronične atrofični gastritis [7]. Južni indijski prehrana običajno sestavljen iz visoko vsebnostjo hladno in ocvrte hrane, pri čemer je olje uporabljeno za cvrtje doživlja več ciklov uporabe, preden se zavržejo in torej vsebuje visoko vsebnost karcinogenov [5, 8, 9].
Želodčnega raka so predvsem adenokarcinomov in bi lahko trije podtipi - Črevesne, razpršenih in mešanih [10]. Vrsta Črevesne raka želodca se običajno pojavi v distalnem delu trebuha, je predrakave stopnje in obsega kohezivni rakave celice tvorijo žleze, kot so strukture [11]. Večina črevesne vrste so dobro do zmerno razlikuje (WHO klasifikaciji). Vrsta difuzna sestavljen iz posameznih rakavih celic razraščati in širijo daleč preko svojih makroskopskih meja. Običajno so slabo diferencirani na nediferencirani [12]. V Chennai, oddaljeni tumorji so bolj pogosti kot proksimalnih raka. Študije
izražanja genov v različnih rakavih obolenj so pomagali pri odkrivanju genov, ki sodelujejo v procesu tumorigeneze [13]. Poročali so študije mikromrež primerjali razlike v izražanju genov med normalno želodca in raka želodca [14], med tumorji mlajših in starejših bolnikih z želodčnim rakom [15], med primarnega tumorja in metastatskih lezij [16]. Naša raziskava primerja izražanje genov med navidez normalnimi želodca tkivu, pridobljenem iz bolnikih z ne-želodca raka (Očitno normalno - AN), vzorcev želodca tkiva in stran od tumorja in potrjeno z zamrznjeno oddelku ne bi imeli tumorske celice (Seznanjene normalno - PN) in želodca raka (tumorji - T). To je prva študija, pogledati v izražanja genov vzorcev želodca raka v južni indijski bolnikov in potrjevanje nekaterih od teh genov na ravni beljakovin za njihov potencial kot biomarkerjev za raka želodca.
Materiali in metode
Pet AN vzorcev (2 pri bolnikih z hipofaringealni rakom, 1 iz zgornjega požiralnika, ploščatocelični karcinom, 1 iz periferni ampullary karcinom, 1 od raka trebušne slinavke) od bolnikov, ki so bile opravljene v želodcu resekcijo kot del svojega primarnega operaciji so bile vključene v raziskavo. Poleg tega je bilo vključenih 24 želodčni rak in 20 PN v študiji. Vsi bolniki, če je njihov informirano soglasje za raziskavo, ki je bil odobren s strani etični odbor Institutional.
Operativna Vzorci so bili takoj obdelani in so bili oddelki za zamrznjene oddelku. Vzorce tumorjev z več kot 70% rakavih celic; PN in vzorci brez dokazov tumorskih celic in očitno normalno morfologijo, so v študiji vključeni.
Poleg tega so vzorce krvi od posameznikov v postopku oesophagogastroduodenoscopy (OGDscopy) za dispeptičnimi simptomi in izključuje vsakršno zgornjega prebavnega trakta patologijo. Od tega 58 je bilo ugotovljeno, da so želodčni rak, 6 je bilo ugotovljeno, da ima benigne patologije v želodcu (gastritis, benigna ulkus) in 12 imela normalno poročilo OGDscopy. Pri 8 želodčnih bolnikih z rakom, ki so doživeli radikalno operacijo, so zbrani tudi pooperativna vzorec krvi med 7. dan in dan 15. razen dveh bolnikih, pri katerih je bil vzorec, zbranih v času svojega prvega spremljanja bolnikov po operaciji (dni 55 in 64) .
ekstrakcijo RNA
RNA je bila vzeta iz vzorcev tkiva z uporabo RNeasy ekstrakcije RNA kit (Qiagen, GmbH, Hilden, Cat no: 74.106), po navodilih proizvajalca. Kakovost RNA, ki se uporablja za analizo mikro diod smo preverili s pomočjo Bioanalyzer in vzorce z RNA integriteto številko (RIN) 7 ali več, so bili vključeni v raziskavo. RNA smo kvantitativno uporabo NanoDrop ™ ND1000 (NanoDrop Technologies, ZDA) spektrofotometer.
Odkrivanje H pylori
analiza za H pylori v vzorcih želodčne tkiva smo izvedli PCR, kot je opisano prej [17]. PCR namenjeni pomnožimo S2 regijo od Vac A gena v genomu pylori H smo uporabili za detekcijo. Reakcija ojača je amplikona približno 194 dolžine bp
mikromrež poskus
1 ug celotne RNA iz tumorja /PN /vzorec in univerzalna RNA (Stratagene; Cat no: 740000-41). So reverzno prepisana z uporabo Array scenarij pri 42 ° C za 2 uri, da dobimo cDNA pomočjo ojačevanja komplet amino alil MessageAmp II Arna (Ambion, Austin, TX, Cat no: AM1797). CDNA smo pomnožili, označena hibridizirane in diapozitivi skenirane, kot je opisano prej [18]
Vse so bile surovine datotek predloži GEO z dodeljeno številko GEO pristopnega -.. GSE17154
analizo podatkov Mikromrežni
primarne in sekundarne Mediana intenzivnost za Cy3 in Cy5 je bilo uvoženo v BRB-ArrayTools programske opreme [19] s funkcijo Import čarovnika. Poprava ozadja ni bilo storjeno. Globalni normalizacija je bila uporabljena za srednjo centra log-razmerja na vsaki matriki, da se prilagoditev za razlike v intenzivnosti označevanju barvil Cy3 in Cy5. Podatki so bili analizirani s pomočjo modula razreda primerjavo [20] v programsko opremo BRB-ArrayTools.
Primerjava razreda v BRB-Array Tools
smo identificiranih genov, ki so različno izražene med 3 razredih (tumor /PN /AN) uporabo modula Primerjava razreda. Univariatne F-test je bil uporabljen in geni so bile upoštevane statistično pomembna, če je njihova vrednost p < 0,001. Poleg tega je med različnimi razredi potrebna dva kratna razlika
Kvantitativni PCR v realnem času
realnem času potrditev izražanja gena je bila opravljena s pomočjo TLDA PCR v realnem času (Applied Biosystems, Foster City, CA; Cat no.: 4.342.261). Trojno cDNA predloge vzorcev smo pomnožili in analizirali na sistemu ABI Prism 7900HT odkrivanje zaporedje (Applied Biosystems, Foster mesta, CA), kot je opisano prej [18].
Surove podatke iz sistema za odkrivanje zaporedje Prism 7900HT bil uvožen v Microsoft Excel programska oprema za statistično analizo podatkov. Med endogene referenčnih genov, vključenih v zaporedji (18S ribosomske gena, ACTB), je ACTB izbran po vizualizacijo svetovno distribucijo Ct vrednosti, za normalizacijo podatkov. Poleg tega HSPE1 ki so bili vključeni na osnovi različno ekspresijo opazili na mikromrežnem, je bilo ugotovljeno, da imajo minimalno razliko, zato je bila vključena kot dodatno endogeno kontrolo. V TLDA testi so bili izvedeni pri LabIndia Instruments Pvt Ltd laboratorijev na Gurgaon, New Delhi.
AN Vzorci so bili uporabljeni kot kalibratorjem in relativne kvantifikacije vrednosti so bile izračunane za vse genov in vzorcev.
Gene Ontologija Analiza
v ugotovljeno, da so različno izražena v tumorjih in seznanjen normale "na podlagi podatkov mikromrež je bilo uvoženo v modulu Fatigo za Babelomics [21] in analizirali več kot zastopanost pogoji GO v primerjavi s preostalim genoma geni, z uporabo Fisherjev natančni test za 2 × 2 nepredvidljivih tabel. P vrednost je bila določena na < 0.05.
Priprava tkiva beljakovinskih lizatov in zbirka plazme
beljakovinskimi lizatov za analizo z uporabo protiteles nizi so bili pripravljeni od 60-80 mg zamrznjenih vzorcev želodca tkiva. Vzorci tkiva smo zmleli v prisotnosti tekočega dušika s pomočjo malte in pestilo. Tkiva prahu smo ponovno suspendirali v tkivo liznega pufra (Tris. HCl pH7.5, 150 mM natrijev klorid, 1% natrijev deoksiholat, 1% NP40). Pred uporabo je bila liza varovalni dopolnjena s popolno mini ™ zaviralca proteaz koktajla (Roche Diagnostics GMBH, Nemčija). Beljakovinsko lizati bili podvrženi ultrazvoka pomočjo vibracij celico ™ (Sonics Inc., ZDA) ultrazvočne naprave. V lizati so bili potrjeni s centrifugiranjem in kvantitativno uporabo Coomassie Plus-Bradford test ™ reagenta (Pierce Inc., ZDA) v skladu s protokolom proizvajalca. Kakovost proteinov smo analizirali z reševanjem 50 ig lizata na 10% natrijevega dodecil sulfata (SDS poliakrilamidnem gelu) in posledično vizualiziramo z barvanjem s pomočjo Coomassie Blue.
Plazmo smo jih pridobili od 5 ml krvi, zbranih v prisotnosti 200 xl 10% etilen diamin tetra ocetno kislino (EDTA). Plazemski izolirali iz vzorcev krvi smo centrifugirali pri 3000 g in ga shranimo pri -80 ° C v alikvotih
protitelo nizi
meri nizi protiteles Quantibody ™ polj (Kataloška številka: Quality Assurance Agency-kvalit). Ki temeljijo na multipleks ELISA sistema za kvantitativno merjenje različnih proteinov, ki so kupljeni od Ray Biotech, Inc., je ZDA uporablja za preučevanje koncentracije proteina izražanja v želodčnih tkivih in vzorcih plazme [22, 23]. Naslednji geni (CXCL5 /ENA-78, CXCL8 /IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCI3 /MIP-1α, CCL15 /MIP-1δ, EpCAM, MMP3, SPP1 /OPN, TIMP1, Adipsin /CFD, CCl4 /MIP-1β, CCL20 /MIP-3α, PDGFR-B in IGFBP-3) je pokazala, da se prekomerno v želodčnih raka glede na PN in AN (z izjemo CFD /Adipsin ki je pretirano izražena v PN glede na želodcu raka in AN) so preučevali na njihovo raven beljakovin v tumorju, ki ustrezajo PN in v tkivih. Poleg tega so bili ocenjeni plazemske koncentracije teh proteinov pri bolnikih, ki so prestali OGDscopy z enako obliko matrike (58 bolnikov, Rak želodca, 6 s benigne želodca ali dvanajstnika ali gastritis in 12 z normalnim poročila OGDscopy). Pri 8 želodčnih bolnikih z rakom, ki so opravili radikalno operacijo, pred in post-operativni Vzorci so bili zbrani in analizirani.
Test smo izvedli, kot jih protokol proizvajalca opisano. Na kratko, v primeru lizatov tkiva 100 pg proteina lizatu smo pripravili z redčenjem raztopino zaloge tkiva lizat pomočjo vzorca razredčilo pufer dobavlja proizvajalec do končne koncentracije 1 mg /ml. 100 ul razredčenega lizatu smo inkubirali v matriki komori 2 uri. V primeru vzorcev plazme, je plazemski razredčili z vzorec razredčilom pufrom priložen kit v razmerju 1: 1. 100 ul razredčenega plazme vzorec smo inkubirali v matriki komori 2 uri. Za vsako matrike poskusu so standardi dobavljene skupaj s kompletom sveže pripravljenega, kot protokol proizvajalcev opisani in vključeni skupaj z nadzorom vzorec razredčila pufra (negativna kontrola), ki ne imela standardno ali vzorcev. V nizi so bili obdelani v skladu z protokolu proizvajalca opisano. Diapozitivi so skenirani pri 5 μ ločljivosti in PMT 70 s pomočjo Pro Scan Array ™ (Perkin Elmer Inc., ZDA). Na teh okoljih scanner signale od najvišje standardne koncentracije niso dosegle nasičenje. Podatke smo analizirali s pomočjo Quantibody Q-analizator, vrsto posebnega, program, ki temelji Microsoft Excel, ki je priložen nizi po meri.
Statistična analiza
mediano in razpon vrednot v plazmi so bile izračunane z uporabo Microsoft Excel ™ razpredelnice programske opreme (Microsoft, Inc.,). Test Mann Whitney U (http:... //fakulteta Vassar edu /Lowry /utest html) smo uporabili za preučevanje pomen mediane vrednosti plazme in dva tailed testu je bila uporabljena za pridobitev p vrednost.
Rezultati
klinično-patoloških podrobnosti o vseh bolnikov, katerih vzorci so bili uporabljeni za analizo mikromrež in njihovih tumorskih vzorcev so podane v dodatnih datotek 1 in 2. v klinično-patološki podrobnosti o bolnikih iz katere vzorce krvi so bili pridobljeni za oceno plazemskimi citokinov /kemokinov /rastnih faktorjev je navedena v dodatni Slika 3.
izmed 24 bolnikov, pri katerih tumor vzorci so bili uporabljeni za študij mikromrež, 16 je bilo staro več kot 45 let in 8 je bilo 45 let ali manj; 18 je bilo moških in 6 so ženske; 5 bili tumorji nastanejo v regiji Kardije, 2 iz telesa in 17 iz antruma. Vse štiriindvajset tumorji so bili adenokarcinomi z eno izmed njih je slabo diferencirani adenokarcinom s področja nevro-endokrine funkcije. Med adenokarcinome je Črevesna podtip najpogostejša (n = 16), medtem ko je bila razpršena podtip videli v 5. in zmešamo v 2. razredu tumorji III prevladovali (n = 20), brez tumorjev razreda I v naši seriji. Sedemnajst 24. bilo vozlišče pozitiven in 4 je bilo oddaljeno metastaze na predstavitvi.
Na podlagi analize razreda Primerjava (vrednost p = 0,001 in 2-krat razlike), smo imeli 61 genov, izraženi pri raku, 66 v paru normalno in 61 z ap vrednost < 1e-07 v navidezno običajni (Dodatni Slika 4). Uporabili smo TaqMan Relativna kvantifikacije RT-PCR za potrditev nekaterih genov, ki jih analize mikromrež. ACTB je bil izbran kot endogeni nadzora, ki je bil poleg tega, da je 18S nadzor prisoten na kartici TLDA.
Vse 49 vzorci delal v testu TLDA pa 2 genov, C11orf42 in IGLL1 ni delal. HSPE katerega je bilo ugotovljeno, da imajo diferencialne izraz v vzorcih v naši analizi mikromrež ne kažejo nobene spremembe v ravneh, v testu TLDA in je bila vključena kot dodatno endogeno kontrolo. Normalizacija je bila opravljena s pomočjo ACTB in HSPE kot endogene kontrole. Od 63 genov izbranih, z izjemo notranjih kontrol (ACTB in HSPE) in dveh genov, ki niso delali, smo imeli 59 genov, za nadaljnjo analizo.
Tri genov (REG4, CLDN18, MXRA5) je bila vključena potrditev njihovega potenciala kot prognostični označevalec za neuspeh. Vendar pa je v intervalu med časom, ki je bila končana analiza mikromrež in analize RQ-RT-PCR je bila opravljena (približno 3 mesece), je bilo dodatnih bolnikov je bolezen ponovno pojavila in zato geni niso veljale za nadaljnjo analizo kot prognostičnih označevalcev. Vendar pa so bile vključene, da oceni, ali so bili različno izražena med PN in tumorjev.
Seznam genov, ki so bile ugotovljene za različno izražena v želodcu raka so podani v tabeli 1 in tabeli 2. Tabela 1 našteva geni ugotovljene se različno izražena v raka želodca prvič in tabeli 2, navaja genov, ki so znane, da so povezani z rakom želodca, in tudi v naši raziskavi. (Dodatna Datoteke 5 in 6 zagotovijo informacije o teh genov in ustrezne reference). Obstajajo štiri različne vzorce izražanja genov - Vzorec 1 - prekomerno v PN in Tumorji; Vzorec 2 - prekomerno v PN vendar navzdol reguliranih v tumorjih; Vzorec 3 - minimalna sprememba PN, vendar izraženi pri Tumorji in Vzorec 4 - minimalno spremembo PN, ampak navzdol reguliranih v Tumorji (slika 1) .table 1 Geni poročali, da se različno izražena prvič v rakom želodca [Reference in podrobnosti v dodatno datoteko 4]
SNO
GENE SIMBOL
uravnavanjem poročali pri
sklicevanjem
1
CCL15 /MIP5 /MIP-1d /LKN1
pljuč
[SF5-R1]
2
ASPN
rak dojke
[SF5-R2]
3
MMP3
debelega črevesa in danke
[SF5-R3]
4
SPON2
Lung, jajčnikih, prostati
[SF5-R4]
[SF5-R5]
[SF5-R6]
5
PRSS22
jajčnikov rak
[SF5-R7]
6
CCI3 /MIP 1A
ustno SCC
[SF5-R8 ]
7
TMEPAI /PMEPAI
nevro-endokrini tumorji
[SF5-R9]
8
SIX3
9
MFNG
navzdol reguliranih pri raku materničnega vratu
[SF5-R10]
10
SGNE1 /SCG5
endokrinih tumorjev
11
SOSTDC1 PODJETJA
navzdol reguliranih v ledvični
raka [SF5-R11]
12
SST PODJETJA
navzdol reguliranih v požiralnika adenokarcinom
[SF5-R12]
13
IGHA1
14
AKR1B10
Povečana v Barrett epitela
[SF5-R13]
15
FCGBP
Dol urejeno v debelem črevesu ca
[SF5-R14]
16
ATP4B
17
NCAPH2
Tabela 2 genov je znano, da sodelujejo pri želodca tumorigeneze rak opredeljene v tej študiji [Reference in podrobnosti v dodatni Slika 5]
S NE

GENE SIMBOL

navzgor ali navzdol PREDPISI
sklicevanjem
1
CTSB
Up-urejeno zlasti v Kardije tumours
[SF6-R1]
2
SPARC/Osteonectin
Up-regulated
[SF6-R2]
3
COL1A1
Up-regulated
[SF5-R3]
4
COL1A2
Up-regulated
[SF5-R3]
5
COL4A1/Arresten
Up-regulated
[SF5-R4]
6
CXCL1/GRO1/MGSA
Up-regulated
[SF5-R5]
7
SPP1/osteopontin
Up-regulated
[SF5-R6]
8
CXCL9/MIG
Up-regulated
[SF5-R7]
9
IL8/CXCL8
Up-regulated
[SF5-R8]
10
TIMP1
Up-regulated
[SF5-R9]
11
LUM/SLRR2D/LDC
Up-regulated
[SF5-R10]
12
CXCL5/ENA78
Up-regulated
[SF5-R11]
13
CXCL10/INP10/IP10
Up-regulated
[SF5-R4]
14
CEACAM6
Up-regulated
[SF5-R12]
15
REGIV
Up-regulated
[SF5-R13]
16
S100A10/ANX2L/CAL1L
Up-regulated
[SF5-R14]
17
SERPINH1/HSP47/CBP1
Up-regulated
[SF5-R15]
18
CDH3
Up-regulated
[SF5-R16
19
TACSTD1/EPCAM/CD326
Up-regulated
[SF5-R17]
20
IFITM1/LEU13
Up-regulated
[SF5-R18]
21
CTHRC1
Up-regulated
[SF5-R19]
22
SULF1
Up-regulated
[SF5-R20]
23
RNASE1
Down-regulated
[SF5-R21]
24
PGC
Down-regulated
[SF5-R22]
25
PGA5
Down-regulated
[SF5-R22]
26
GIF
Down-regulated
[SF5-R23]
27
LTF
Down-regulated
[SF5-R24]
28
TFF1
Down-regulated
[SF5-R25]
29
CLDN18
Down-regulated
[SF5-R26]
30
CFD/Adipsin
Secreted z želodčno ca celica lines
[SF5-R27]
31
GHRL/Obestatin
Down-regulated
[SF5-R28]
32
LIPF
Down-regulated
[SF5-R29]
33
ANXA10
Down-regulated
[SF5-R30]
Slika 1 Vrednosti RQ pripravljenih normale (PN) (n = 20) in tumorjev (n = 24), s pomočjo očitno normalno (AN) (n = 5), kot kalibrator. Pregib sprememba glede na navidezno normale.
Smo nato vodili za potrditev izražanja proteinov za nekatere izmed genov iz (N = 4) PN (n = 9) in tumorjev (n = 9). Uporabili smo Quantibody matriko, ki temelji na načelu sendvič ELISA za določanje ravni proteinskih 15 citokinov, kemokinov in rastnih faktorjev [22, 23]. V Mediane vrednosti in razpon ravni so podane v tabeli so bile 3. CFD /Adipsin mediana stopnje ugotovljeno, da je nižja v tumorjih v primerjavi s stopnjami v PN in (p = 0,0324), medtem ko CXCL5 /ENA78, CCL20 /MIP- 3α, IGFBP3, SPP1 /OPN in TIMP1 bilo v PN in tumorjev relativno povečal na AN, z višjimi ravnmi videli v tumorjih. V nasprotju s tem, EpCAM, IL8, CXCL10 /IP10, CCI3 /MIP-1α, CCl4 /MIP-1β, CCL15 /MIP-1δ, PDGFR-B so predvsem povišano tumorjih v primerjavi z AN in PN. EpCAM (p = 0,0001), IL8 (p = 0,0003), MIP-1β (p = 0,0026), MIP-3α (p = 0,039) in TIMP1 (p = 0,0017) je bila koncentracija bistveno drugačna (Mann Whitney U test) med tumorjev versus AN & PN. Poleg tega EpCAM (p = 0,0004), IL8 (p = 0,0015) in MIP-1β (p = 0,0061) je bilo pomembno zvišana v tumorjih v primerjavi z njihovimi ustreznimi PN.Table 3 srednje vrednosti za citokinov in Kemokini v PN in tumorskih lizatov



PN

PN
tumorja
tumorja

Median v pg /ml
območje v pg /ml
mediana v pg /ml
območje v pg /ml
mediana v pg /ml
območje v pg /ml
CFD /Adipsin
27.295,0
22.097,9-31.759,9
27.162,9
19.515,1-38.224,3
13.021,0 *
9441,5-36.873,1
CXCL5 /ENA-78
283,8
39,3-4.206,1
2922,7
84,9-31628,7
3978,0
723,9-40669,6
EpCAM
1466,0
905,7-2266,6
2243,5
915-8885,8
18.717,6 *** /## #
8966.1 - 34529
IGFBP-3
3149,8
124,0 - 17.530,2
12.286,0
134,6-34036,3
17.662,7
196,9-55671,5
IL-8 /CXCL8
22.1
0-62,3
53,1
27,4-190,6
1240,4 *** /###
93,1-3.660,7
CXCL10 /IP-10
20,4
1,4-146,1
147,0
0,8-3940,9
384,4
0,7-1643,1
CXCL9 /MIG
369.5
0 - 8569,7
4336,1
1077.2 - 19.396,6
7540,3
727,7-73975,9
CCI3 /MIP-1α
0,0
0-187,4
203,6
0-1177,2
359,0
0-3.231,5
CCl4 /MIP-1β
49,5
0-261,8
94,3
0 - 335,8
578.6 ** /#
28,7-1185,2
CCL15 /MIP-1δ
86,0
54-157,3
169,3
51,7-748,9
374,3
63,4-2.825,4
CCL20 /MIP-3α
859,3
76,1-1784,8
3049,6
893-16262,9
4773,4 *
1014,4-13.280,7
MMP-3
269,0
0 - 648,6
143,9
0 - 353,1
0.0
0-2.908,2
SPP1 /OPN
447,0
9,1-896,3
2054,0
193,6-3183,7
1407,1
12,6-5819,2
PDGF RB
222,3
174,3-521,4
295,3
184,9-1079,3
578,6
123,7-1516,8
TIMP-1
9676,2
4373,3-17.133,2
27.022,2
17.028,3 - 194.387,8
139.365,6 **
48.146,4-367203,2
- Očitno normalno; PN - Seznanjene normalno
p vrednosti pomembni za + PN primerjavi tumorja -
* - < 0,05; ** - ≪ 0,005; *** - ≪ 0,0005 ga Mann Whitney U preizkus
p vrednosti pomembnega za PN primerjavi tumorja -
# - < 0,01; ## - ≪ 0,005; ### - ≪ 0,0005 ga Mann Whitney U testa
plazemske koncentracije citokinov /kemokinov /rastnih faktorjev 15 so bili ocenjeni z Quantibody niz. Pri 18 brez malignih primerov (12 brez jih OGDscopy in 6 odkrite z benigno patologijo v želodcu abnormalnosti) so clubbed skupaj in srednje vrednosti smo primerjali med tumorji in ne maligno skupine. Mann Whitney U Testiranje je bilo izvedeno za oceno statistične pomembnosti (dva repa test). IL8 so bile vrednosti CXCL9 /MIG, CCI3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3a, PDGFR-B in TIMP1 plazmi pomembno razlikuje med non-malignega skupino in želodca skupine raka (tabela 4). SPP1 nivo /OPN bili višji tudi pri bolnikih z rakom želodca v primerjavi z ne-maligne skupini pa je bila mejno pomembno (p = 0,05). V post-kirurške ravni EpCAM, IGFBP3, IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /MIG, CCI3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, SPP1 /OPN in PDGFR-B je pokazala enakomeren padec vseh 8 vzorcev raziskano. V nasprotju TIMP1, CCL15 /MIP-1δ in CFD /Adipsin ravni dejansko poveča v pooperativnem obdobju v večini vzorcev (slika 2) .table 4 mediana vrednosti citokinov in Kemokini v plazmi ni malignih bolnikov v primerjavi plazme bolniki z želodčnih karcinomov

mediana non-maligna (n = 18) (v pg /ml)
RANGE (v pg /ml)
MEDIAN za tumorje (n = 58) (v pg /ml)
RANGE (v pg /ml)
CFD /Adipsin
71.520,0
58.000,8-77.527,9
69.236,4
27.926,9-95.255,7
CXCL5 /ENA-78
1100,6
0-7203,2
1702,8
0-11.588,5
EpCAM
1789.8
0 - 13.627,3
3527,1
0-35009,2
IGFBP-3
119.467,1
20.164,6-174498
110.395,1
0-979.359,6
IL-8 /CXCL8
22.5
0-69,9
48,9 *
0-396,3
CXCL10 /IP-10
670,2
0-3.328,9
931,1
0-5.158,9
CXCL9 /MIG
6069,2
0-18739,7
7561,8 *
505-6 - 86999
CCI3 /MIP-1 a
1464.8
0 - 10.602,2
2335,1 *
0-32199
CCl4 /MIP-1β
43,0
0-440,1
127,9
0-2.138,5
CCL15 /MIP-1δ
6628,8
1237,8-13.178,1
5577,9
696,3-11.054,4
CCL20 /MIP-3α
139.9
0-1994,1
654,6 #
0-12.013,1
MMP-3
10.966,2
3891,2-38.928,9
13.680,1
1358,7-80.588,8
SPP1 /OPN
4621,5
0 - 20518.1
8680.5
0 - 110373.2
PDGF RB
1391,5
0 - 5461.8
2300,5 *
0-34754,4
TIMP-1
31.048,9
15603.8 - 220729.6
98.054,6 #
6252.5 - 463.941
# - vrednost p < 0,01; * - P vrednost < 0.05 s Mann Whitney U testa
Slika 2 Pre (1) in post-operative (2) plazemske koncentracije citokinov /kemokinov /rastnih faktorjev v želodcu raka (n = 8). Plazemske koncentracije so bile izmerjene v Quantibody matriko, ki uporablja načelo sendvič ELISA v multipleks obliki. Podrobnosti za ocenjevanje ravni so na voljo v poglavju Metode.
Plazemske koncentracije citokinov /kemokinov /rastnih faktorjev so nato korelaciji s klinično-patološki funkcije. 28 od 58 bolnikov, ki so želodca z rakom so prestali potencialno kurativno radikalno operacijo (kurativna R0 resekcijo) in 6 bolnikov je doživel le R1 resekcijo. Ti 34 patološki vzorci so bili na voljo za patološki korelacij (PT, PN, pStage, perinodal razmika, limfna embolija, vaskularne embolija), medtem ko je bila analiza preživetja narejena na 28 bolnikih, ki so bili v kurativna R0 resekcijo. Deset bolnikov je doživel paliativno kirurških posegov, medtem ko 13 bolnikov zmanjšal operacijo ali so neprimerni za noben drug namen kot podporno zdravljenje intervencijo. En bolnik je imel raka nediferencirani, ki je bilo na dodatnih Imunohistokemične študije ugotovili, da so glavni želodca limfom, difuzni velikocelični tip B celic. koncentracije v plazmi za MMP3 kjer je višja pri moških v primerjavi z ženskami (mediana vrednost 16.772,1 pg /ml v primerjavi 8512.5 pg /ml) (p vrednost = 0,011); Indije.

• Korelacija med HER-2 /neu (erbB-2) nivo izražanja in terapevtski učinek kombiniranega zdravljenja z zdravilom Herceptin in kemoterapevtiki v želodcu karcinom lines
• Študija faze I za neoadjuvantno kemoradioterapija z S-1 plus štirinajstdnevnika cisplatinom bolnikih z napredovalim želodca z rakom, pri bezgavkah metastaze: -KOGC04-