TCGA raziskovalci identificirati štiri podtipe raka na želodcu

301-496-6641

Želodec raka spadajo v štiri različne molekularne podtipov raziskovalcev z The Cancer Genome Atlas (TCGA ) omrežja so ugotovili. V študiji, ki je objavljena na spletu 23. julij 2014, v naravi, znanstveniki poročajo, da bi lahko to odkritje spremeniti način, kako raziskovalci menijo o razvoju zdravljenja raka na želodcu, ki se imenuje tudi želodca raka ali želodca adenokarcinome.

Namesto da se želodca rak kot eno bolezen, kot je bilo v preteklosti, raziskovalci bodo zdaj lahko raziskujejo terapij v določenih sklopih bolnike, katerih tumorji imajo posebne genomske nepravilnosti. Želodec raka so vodilni vzrok smrti, povezanih z rakom po celem svetu, zaradi česar ocenjenih 723,000 smrti letno.

Prejšnji poskusi, da preuči klinične značilnosti raka želodca so ovirale kako drugače lahko rakave celice pogledati pod mikroskopom, četudi iz istega tumorja. Raziskovalci upajo, da bo novi sistem razvrščanja služil kot koristen dodatek k sedanji sistem razvrščanja patologija, ki ima dve kategoriji:. Razpršeno in črevesni

"Ključni predplačilo tega projekta je, da smo opredelili in razvili veliko bolj uporaben sistem klasifikacije najti skupin raka želodca, ki imajo različne molekularne značilnosti, in ob istem času, smo ugotovili tudi ključne cilje za opravljanje različnih skupin bolnikov, "je dejal Adam Bass, MD, Harvard Medical School, Dana- Farber Cancer Institute je Broad Institute, Boston, in eden od vodilnih raziskovalcev na projektu. "To bo zagotovilo trdno podlago za kategorizacijo bolezni in za to na način, v katerem se lahko razvije klinična preskušanja, ki temelji na nekaterih kritičnih molekularnih sprememb, ki se vozijo različne razrede raka."

Raziskovalci opredelila nove podskupine s pomočjo zapletenih statističnih analiz molekularnih podatkov iz 295 tumorjev. Uporabili so šest ploščadi molekularne analize, vključno zaporedja DNK, RNK sekvenciranje in proteinske mreže.

tumorjev v prvi skupini, ki je predstavljala 9 odstotkov tumorjev, so bili pozitivni na virus Epstein-Barr (EBV) in je imel več druge molekularne skupne značilnosti. Tumorjev v drugi podskupini (22 odstotkov tumorjev) imela visoko mikrosatelitnega nestabilnost (MSI), ki je težnja mutacije kopičiti v ponavljajočih zaporedij DNA. Preostale podskupine razlikovale v stopnji somatskih števila kopij spremembe (SCNAs), ki lahko izhajajo iz podvajanja ali izbrisa odsekov genoma. Tumorji v tretji podskupini, ki je obsegala 20 odstotkov tumorjev, so menili, da imajo nizko raven SCNAs in so imenovali genomically stabilna. Preostalih 50 odstotkov tumorjev so razvrščene kot kromosomsko nestabilen, z visoko stopnjo SCNAs.

EBV pozitivnih podskupina tumorjev je posebnega pomena. EBV je najbolj znana v Združenih državah Amerike, kot vzrok za infekcijske mononukleoze, ki je značilna povišana telesna temperatura, bolečine v grlu in otekle limfne žleze, še posebej v vratu. EBV je sum, da povzročajo nekatere vrste raka, vključno z nazofaringealnega karcinoma in nekatere vrste limfomov. Predhodne raziskave so pokazale, da se EBV mogoče zaznati v manjšini želodcu adenokarcinoma in da EBV geni so izražene v teh tumorjev. Vendar pa ta študija je pokazala, da je prisotnost EBV v želodčnih tumorjev povezana s številnimi drugimi molekulskih značilnosti.

Prvič, so raziskovalci ugotovili, da EBV-pozitivnimi tumorji prikazan visoko frekvenco mutacij v genu PIK3CA, ki kodira za sestavino beljakovin, PI3-kinaze, ki je ključnega pomena za rast in delitev celic in številne druge celične dejavnosti, ki so pomembne pri raku. Čeprav 80 odstotkov EBV-pozitivnih tumorjev gojila s spremembo spreminjajočih beljakovin v PIK3CA so PIK3CA mutacije nahajajo v 3 odstotke do 42 odstotkov tumorjev drugih želodčnega raka podtipe. Znanstveniki so predlagali, da bi EBV pozitivni tumorji odzvali na PI3-kinaza inhibitorji, od katerih so nekateri v zgodnjih fazah testiranja v kliničnih raziskavah, vendar še niso s strani ameriške agencije za hrano in zdravila, odobrenih za splošno uporabo.

Nekateri tumorji na EBV-pozitiven podskupini je pokazala tudi več genov izvodov bili proizvedeni v kromosomske regije, ki vsebuje gen JAK2. JAK2 protein pospešuje rast celic in delitve, ter povečano izražanje JAK2 lahko neustrezno aktivira rast celic. Ojačan regija vsebuje tudi gene za dva proteinov, PD-L1 in PD-L2, ki zavirajo imunske odzive; povečati njihovo izražanje lahko pomaga tumorje pobegniti uničenje jih imunski sistem. Preiskovalci nakazal, da te ugotovitve podpirajo oceno zaviralci JAK2 in PD-L1 /2 antagonisti za zdravljenje želodčnih rakov EBV-pozitivna.

In EBV pozitivni podskupina pokazala veliko bolj razširjena hypermethylation DNK kot katera koli druga podvrsta raka, ki ga TCGA raziskovalci poročajo. Metiliranje je postopek dodajanja metilne skupine na DNA, ki zmanjšuje izražanje genov. Hypermethylation se pojavi, ko je ta mehanizem še odklonsko, utišanje genov, ki bi morali biti aktivni. V EBV-pozitivnih tumorjev podskupine, je hypermethylation najpogosteje opazili promotorja regij genov, ki bi preprečili izražanje genov

". Pridobivanje teh vpogled v povezavo med EBV in raka želodca, je vrsto pionirskih raziskav, ki je NIH veseli, da se del. Veselimo se morebitnih kliničnih posledic tega odkritja, " je dejal NIH direktor Francis S. Collins, MD, Ph.D.

"Ta študija krepi vrednost pristopa smo se uporablja za študij genomske različnosti in podobnosti med tumorji različnih vrst raka," je dejal NCI direktor Harold Varmus, MD "Samo taka sistematična analiza bi lahko dala pripombe o povezavi med EBV in več provokativnih molekularnih značilnosti."

Pomembna spoznanja je prišel tudi iz analiz treh drugih želodčnih podskupin raka. Na primer, tumorji genomically stabilnega podtipa vsebuje pogoste mutacije v genu, imenovano RHOA, katerega produkt komunicira z drugimi celičnih proteinov, da pomaga celice spremenijo obliko in migrirajo, ki je lahko pomembna pri rasti tumorjev. Ta ugotovitev kaže možne tarče za zdravljenje tumorjev te podvrste. In tumorji kromosomske nestabilnega podtipa vsebuje pogoste ojačanji genov, ki kodirajo proteine, receptorjev na površini celice, ki vodi k pospeševanju rasti odklonskega celic. Droge so že na voljo za zmanjšanje aktivnosti nekaterih od teh proteinov.

"Ta najnovejša študija TCGA ponovno dokazuje pomen njenega celovitega načrtovanja," je dejal NHGRI direktor Eric Green, doktor, Ph.D. "Ti rezultati nam dajejo pomembne nove genomske vpogled v vzrok za smrtonosno obliko raka ".

TCGA ga National Cancer Institute (NCI) in National Human Genome Research Institute (NHGRI) upravljajo skupaj, oba dela National Institutes of Health (NIH), za celovito opredelitev genomov več kot 30 vrst raka. Raziskovalna mreža TCGA je ustvarila podatkov in objavljeni analize na več vrst raka, ki se jih je mogoče najti na spletni strani TCGA, http://www.cancergenome.nih.gov.
###

Referenca: The Cancer Genome Atlas raziskovalna mreža. Celovito Molekularna karakterizacija adenokarcinomom želodca. . Narava
Online 23. julij 2014 DOI: 10,1038 /nature13480

data-TCGA ustvarili so brezplačno na voljo pred objavo na podatkovnem portalu TCGA, http: //tcga-podatkov. nci.nih.gov/tcga in CGHub, https://cghub.ucsc.edu. Raziskovalna mreža TCGA vključuje več kot 150 raziskovalcev na deset ustanov po vsej državi. Seznam udeležencev je na voljo na http://cancergenome.nih.gov/abouttcga/overview. Več podrobnosti o TCGA, vključno s hitrimi dejstva, Q & A, grafike, slovarček, kratek vodnik za genomiko in medijsko knjižnico slik lahko najdete na http://cancergenome.nih.gov
.