Исследователи TCGA выделяют четыре подтипа рака желудка

исследователей были определены новые подгруппы через сложные статистический анализ молекулярных данных из 295 опухолей. Они использовали шесть молекулярных платформ анализа, включая секвенирование ДНК, РНК последовательности и белковых массивов.
<Р> Опухоли в первой группе, которая представляла 9 процентов опухолей, оказались положительными на вирус Эпштейна-Барр (EBV) и имел несколько другие молекулярные общностей. Опухоли в второй подгруппе (22 процентов опухолей) имели высокую микросателлитная нестабильность (MSI), которая является тенденция к мутации накапливаются в виде повторяющихся последовательностей ДНК. Остальные подгруппы различались по уровню соматическим числом копий изменений (SCNAs), которые могут возникнуть в результате дупликации или делеции участков генома. Опухоли в третьей подгруппе, что составляло 20 процентов от опухолей, были рассмотрены иметь низкий уровень SCNAs и назывались genomically стабильными. Оставшиеся 50 процентов опухолей были классифицированы как хромосомным нестабильно, с высоким уровнем SCNAs.
<Р> ЭБВ-положительная подгруппа опухолей представляет особый интерес. EBV является самым известным в Соединенных Штатах как причина инфекционного мононуклеоза, которая характеризуется повышением температуры тела, боль в горле и опухание лимфатических желез, особенно в области шеи. EBV также подозревается в причинении некоторых видов рака, в том числе рака носоглотки и некоторых типов лимфомы. Предыдущие исследования показали, что EBV может быть обнаружен в меньшинстве желудочных аденокарцином и что гены EBV выражены в этих опухолей. Тем не менее, это исследование показало, что присутствие EBV в опухолях желудка связана с рядом других характеристик молекулы.
<Р> Во-первых, исследователи наблюдали, что EBV-позитивных опухолей продемонстрировали высокую частоту мутаций в гене PIK3CA, который кодирует компонент белка, PI3-киназы, которая необходима для роста и деления клеток и многих других клеточных активностей, которые имеют важное значение при раке. Хотя 80 процентов EBV-позитивных опухолей питали белка изменяющие изменения в PIK3CA, PIK3CA мутации были обнаружены в 3 процента до 42 процентов опухолей желудка других подтипов рака. Ученые предположили, что EBV-позитивных опухолей может ответить на PI3-киназы ингибиторов, некоторые из которых находятся на ранних стадиях тестирования в клинических испытаниях, но еще не утверждены по контролю за продуктами и лекарствами США для общего пользования.
<Р> Некоторые опухоли в EBV-положительные подгруппы также показали больше копий гена производится в хромосомной области, которая содержит ген JAK2. Белок JAK2 облегчает рост и деление клеток, а также повышенная экспрессия JAK2 может неадекватно активировать клеточный рост. Усиленный область также содержит гены двух белков, PD-L1 и PD-L2, которые подавляют иммунные реакции; их повышенная экспрессия может помочь избежать разрушения опухоли иммунной системы. Исследователи предположили, что эти данные подтверждают оценку ингибиторов JAK2 и /2 антагонистов PD-L1 для лечения EBV-позитивных видов рака желудка
. <Р> И EBV-положительная подгруппа показала гораздо более высокую распространенность гиперметилированием ДНК, чем любой другой подтип рака сообщили исследователи TCGA. Метилирование процесс добавления метильных групп в ДНК, что уменьшает экспрессию гена. Гиперметилирование происходит, когда этот механизм продолжает аберрантно, успокоение гены, которые должны быть активными. В EBV-позитивные опухоли подгруппы, гиперметилирование чаще всего наблюдается в промоторов генов, которые препятствовали бы экспрессию генов
<р> &Quot;. Завоевать эти проникновения в суть связи между EBV и рака желудка является тип новаторских исследований, которые NIH рада быть частью. Мы с нетерпением ожидаем потенциальных клинических последствий этого открытия, &Quot; сказал директор NIH Фрэнсис С. Коллинз, доктор медицины, доктор философии
<р> "Это исследование подтверждает ценность подхода, который мы используем для изучения геномного разнообразия и сходства между опухолей многих различных типов рака," сказал директор NCI Гарольд Вармус, MD "только такой систематический анализ мог бы дали наблюдения о связи между EBV и несколько провокационных молекулярных характеристик."
<р> Важные идеи также пришли из анализа трех других желудочных подгрупп рака. Например, опухоли genomically стабильной подтипа содержали частые мутации в гене под названием RHOA, чей продукт взаимодействует с другими клеточными белками, чтобы помочь клетки меняют свою форму и мигрировать, что может иметь большое значение для роста опухоли. Этот факт позволяет предположить возможные цели для лечения опухолей этого подтипа. И опухоли в хромосомную нестабильного подтипа содержали частые усилений генов, которые кодируют белки рецепторов на внешней стороне клетки, что приводит к стимуляции роста аберрантных клеток. Наркотики уже доступны для сдерживания активности некоторых из этих белков.
<Р> "Это самое последнее исследование TCGA вновь демонстрирует важность его всестороннего дизайна," сказал NHGRI директор Эрик Грин, доктор медицинских наук, доктор философии "Эти результаты дают нам новые важные геномные понимание причины смертельной формы рака &Quot;.
<Р> TCGA совместно управляется Национальным институтом рака (NCI) и Национального исследовательского института генома человека (NHGRI), обе части национальных институтов здоровья (NIH), чтобы всесторонне характеризовать геномы более 30 видов рака. Исследовательская сеть TCGA сгенерировал данные и опубликованные анализы на ряде видов рака, все из которых можно найти на веб-сайте TCGA, http://www.cancergenome.nih.gov.
###
<Р> Справка: Атлас генома рака исследовательская сеть. Всестороннее Молекулярная характеристика аденокарциномы желудка. . Природа
Интернет 23 июля 2014 г. DOI: 10.1038 /nature13480
<р> TCGA сгенерированные данные находятся в свободном доступе в преддверии публикации в TCGA портала данных, HTTP: //TCGA-данные. nci.nih.gov/tcga и CGHub, https://cghub.ucsc.edu. Исследовательская сеть TCGA включает в себя более 150 исследователей на десятках учреждений по всей стране. Список участников можно найти на http://cancergenome.nih.gov/abouttcga/overview. Более подробную информацию о TCGA, в том числе Краткая информация, Q &Amp; A, графики, глоссарий, краткое руководство по геномике и медиа-библиотеки изображений можно найти по адресу http://cancergenome.nih.gov
.