TCGA tutkijat tunnistaa neljä alatyyppiä mahan cancer

301-496-6641

mahasyöpä jakaa neljään erilliseen molekyyli alatyyppiä tutkijat The Cancer Genome Atlas (TCGA) Network ovat löytäneet. Tutkimuksessa, julkaistu verkossa 23 heinäkuu 2014, Luonnossa, tutkijat raportoivat, että tämä löytö voisi muuttaa tutkijat ajatella hoitojen kehittämiseen mahasyöpä, jota kutsutaan myös syöpien tai mahalaukun adenokarsinooman.

Sen sijaan, että mahalaukun syöpä yhtenä sairaus, kuten on tehty aikaisemmin, tutkijat voivat nyt tutkia terapioita määritelty sarjaa potilaille, joiden kasvaimet ovat erityisiä genomista poikkeavuuksia. Mahasyöpä ovat suurin syy syöpään liittyvien kuolleisuus kaikkialla maailmassa, mikä tarkoittaa arviolta 723000 kuolemantapausta vuosittain.

Aikaisemmat yritykset tutkia kliinistä ominaisuudet mahasyövän haittasivat miten eri tavalla syöpäsoluissa katsoa mikroskoopilla, vaikka samasta kasvain. Tutkijat toivovat, että uuden luokittelujärjestelmän toimii arvokkaana lisänä nykyisen patologian luokitusjärjestelmä, joka on kaksi luokkaa: hajanainen ja suoliston.

"avain etukäteen tässä projektissa on, että olemme tunnistaneet ja kehittäneet paljon hyötyä luokittelujärjestelmän löytää ryhmiä mahasyövän, jotka ovat eri molekyyli- piirteitä, ja samaan aikaan meidän on myös tunnistettu keskeiset tavoitteet harjoittaa eri potilasryhmissä ", sanoi Adam Bass, MD, Harvard Medical School, Dana- Farber Cancer Institute, Broad Instituutissa Bostonissa, ja yhtenä johtaa tutkijoiden hankkeen. "Tämä antaa vahvan pohjan luokitella taudin ja näin tavalla, jolla voimme kehittää kliiniset kokeet perustuvat joitakin kriittisiä molekyyli muutostyöt ajavat eri luokkiin syöpiä."

Tutkijat tunnistettu uusi alaryhmien kautta monimutkaisia ​​tilastollisia analyysejä molekyylitason dataa 295 kasvaimia. He käyttivät kuusi molekyylitason analyysi alustoilla kuten DNA-sekvensointi, RNA sekvensointi, ja proteiinijärjestelmien.

Kasvaimet ensimmäisessä ryhmässä, joka edusti 9 prosenttia kasvaimia, oli positiivisia Epstein-Barrin virus (EBV) ja oli useita muut molekyyli- yhteneväisyydet. Kasvaimia toinen alaryhmä, (22 prosenttia kasvaimet) oli korkea mikrosatelliitti epävakaus (MSI), joka on taipumus mutaatiot kerääntyä toistuvien DNA-sekvenssien. Loput alaryhmien erosivat tasolla somaattisten kopioluvun muutokset (SCNAs), mikä voi johtua päällekkäisiä tai poistaa osia genomin. Kasvaimet kolmannessa alaryhmään, joka koostui 20 prosenttia kasvaimia, katsottiin olevan alhainen SCNAs ja kutsuttiin genomisesti vakaa. Loput 50 prosenttia kasvainten luokiteltiin kromosomiin epävakaa, joilla on korkea SCNAs.

EBV-positiivinen alaryhmä kasvainten oli erityisen kiinnostava. EBV on tunnetuin Yhdysvalloissa syynä tarttuva mononukleoosi, jolle on ominaista kuume, kurkkukipu, ja imusolmukkeiden turpoaminen, erityisesti kaulan. EBV on myös epäillään aiheuttavan tiettyjen syöpien, kuten nenänielun karsinooma ja joidenkin lymfooma. Aiemmat tutkimukset ovat osoittaneet, että EBV voidaan havaita vähemmistö mahalaukun adenokarsinooman ja että EBV geenit ilmentyvät näissä kasvaimissa. Tämä tutkimus kuitenkin havainneet, että EBV mahalaukun kasvaimet liittyy useita muita molekyyli- piirteitä.

Ensinnäkin Tutkijat havaitsivat, että EBV-positiiviset kasvaimet näytetään korkean taajuuden mutaatioita PIK3CA geeni, joka koodaa komponentti proteiinin, PI3-kinaasin, joka on välttämätön solujen kasvua ja jakautumista, ja monia muita solun toimintoja, jotka ovat tärkeitä syövän. Vaikka 80 prosenttia EBV-positiivisten kasvainten kanna proteiini muuttuvassa muutoksen PIK3CA, PIK3CA mutaatioita havaittiin 3 prosentista 42 prosenttiin kasvainten muiden mahasyövän alatyyppeihin. Tutkijat ehdotti, että EBV-positiiviset kasvaimet saattavat reagoida PI3-estäjät, joista jotkut ovat alkuvaiheessa testausta kliinisissä tutkimuksissa, mutta niitä ei ole vielä hyväksytty US Food and Drug Administration yleiseen käyttöön.

jotkut kasvaimia EBV-positiivisten alaryhmä osoitti myös enemmän geenin kopioita on tuotettu geenivirhe, joka sisältää JAK2-geenin. JAK2 proteiini helpottaa solun kasvua ja jakautumista, ja lisääntynyt ilmentyminen JAK2 voi epäasianmukaisesti aktivoida solujen kasvua. Vahvistetut alue sisältää myös geenit kahta proteiinia, PD-L1 ja PD-L2, joka tukahduttaa immuunivastetta; niiden lisääntynyt ilmentyminen saattaa auttaa kasvaimia hävitystä pakoon immuunijärjestelmää. Tutkijat ehdottivat, että nämä havainnot tukevat arviointia JAK2 estäjien ja PD-L1 /2 antagonistit hoitoon EBV-positiiviset syöpien.

ja EBV-positiivinen alaryhmä oli paljon suurempi esiintyvyys DNA hypermetylaation kuin jokin muu syöpä alatyypin ilmoittamat TCGA tutkijat. Metylointi on prosessi, jossa lisätään metyyli-ryhmien DNA: n, joka vähentää geenin ilmentymistä. Hypermetylaation tapahtuu, kun tämä mekanismi jatkuu poikkeavasti hälvensi geenit, jotka pitäisi olla aktiivinen. Vuonna EBV-positiivinen kasvain alaryhmä, hypermetylaation on useimmiten havaittu promoottorialueet geenien, jotka estäisivät geenien ilmentymistä.

" saaminen näitä oivalluksia yhteys EBV ja mahasyövän on tyyppi uraauurtavia tutkimuksia että NIH on ilo olla osa. Odotamme mahdollinen kliininen vaikutuksia tällä löytö, " sanoi NIH johtaja Francis S. Collins, LKT

"Tämä tutkimus vahvistaa arvon lähestymistapaa käytämme tutkia genomista monimuotoisuutta ja samankaltaisuus joukossa kasvaimia monista eri syöpätyyppien", sanoi NCI johtaja Harold Varmus, MD "Vain sellainen systemaattinen analyysi olisi voinut saatiin havaintoja yhdistyksen välillä EBV ja useita provosoiva molekyylitason ominaisuudet."

Tärkeää oivalluksia tuli myös analyysejä kolmen muun mahasyövän alaryhmiin. Esimerkiksi kasvainten genomisesti vakaa alatyypin sisältyvät usein mutaatioita geenissä RhoA, jonka tuote on vuorovaikutuksessa muiden solun proteiinien kanssa, joiden avulla solut muuttaa muotoaan ja siirtymään, mikä voi olla tärkeää kasvaimen kasvua. Tämä havainto viittaa siihen mahdollisia kohteita kasvainten hoitoon tämän alatyypin. Ja kasvainten kromosomaalisen epävakaa alatyypin sisälsi usein amplifikaatioita geenejä, jotka koodaavat reseptori proteiinit solun ulkopuolella, mikä johtaa edistämiseen poikkeavan solun kasvua. Huumeet ovat jo saatavilla hillitä toimintaa noin näistä proteiineista.

"Tämä viimeisin TCGA tutkimus osoittaa jälleen, kuinka tärkeää on sen kokonaisvaltaista suunnittelua", sanoo NHGRI johtaja Eric Green, M. D., Ph.D. "Nämä tulokset antavat meille tärkeitä uusia genomista oivalluksia syy tappava syöpä. &Quot;

TCGA yhteisesti hallinnoi National Cancer Institute (NCI) ja National Human Genome Research Institute (NHGRI), molemmat osat National Institutes of Health (NIH), kattavasti luonnehtia genomien yli 30 syöpien riskiä. TCGA Research Network on tuottanut tietoa sekä julkaisseet analyysejä useita syöpiä, jotka kaikki voivat löytyy TCGA verkkosivuilla, http://www.cancergenome.nih.gov.
###

Viite: Cancer Genome Atlas Research Network. Kattava molekyylikarakterisointi Mahalaukun adenokarsinooma. Nature.
Online 23. heinäkuuta 2014. doi: 10.1038 /nature13480

TCGA syntyvän tietoa vapaasti saatavilla ennen julkaisemista klo TCGA Data Portal, http: //TCGA-data. nci.nih.gov/tcga, ja CGHub, https://cghub.ucsc.edu. TCGA Research Network kuuluu yli 150 tutkijaa kymmeniä laitosten koko kansakunta. Lista osallistujista on saatavilla osoitteessa http://cancergenome.nih.gov/abouttcga/overview. Lisätietoa TCGA, kuten Lyhyesti, Q & A, grafiikka, sanasto, lyhyt opas genomiikan ja mediakirjasto kuvia löytyy http://cancergenome.nih.gov.