TCGA výskumníci identifikovať štyri podtypy žalúdka cancer

301-496-6641

karcinóm žalúdka sa delia do štyroch odlišných molekulárnych podtypov výskumníci sa Cancer Genome Atlas (TCGA) Network našli. V štúdii, ktorá bola zverejnená on-line 23.júla 2014, v časopise Nature, vedci uvádzajú, že tento objav by mohol zmeniť spôsob, akým výskumní pracovníci uvažovať o rozvoji liečby rakoviny žalúdka, nazývané tiež karcinómov žalúdka alebo žalúdočné adenokarcinómov.

Namiesto toho, aby s ohľadom na žalúdočné rakovina ako jediná choroba, ako tomu bolo v minulosti, vedci teraz budú môcť skúmať terapia v definovaných súboroch pacientov, ktorých nádory majú špecifické genómovej abnormality. Karcinóm žalúdka sú hlavnou príčinou úmrtnosti súvisiacej s rakovinou po celom svete, čo má za následok odhadom 723,000 úmrtí ročne.

Predchádzajúce pokusy skúmať klinické charakteristiky karcinómom žalúdka bolo bránené tým, ako odlišne rakovinové bunky sa pozrieť pod mikroskopom, aj keď z rovnakého nádoru. Výskumníci dúfajú, že nový klasifikačný systém bude slúžiť ako cenný doplnok k existujúcej klasifikácie patológie systému, ktorý má dve kategórie :. Difúzne a črevné

"Kľúčovým pokrok tohto projektu je to, že sme identifikovali a vyvinuli oveľa užitočnejšie klasifikačný systém nájsť skupiny rakoviny žalúdka, ktoré majú odlišné molekulárnej funkcie, a zároveň sme tiež identifikovať kľúčové ciele pokračovať v rôznych skupín pacientov, "povedal Adam Bass, MD, Harvard Medical School, Dana- Farber Cancer Institute, Široká Institute, Boston, a je jedným z hlavných riešiteľov na projekte. "To poskytne pevný základ pre kategorizáciu ochorenia a za to takým spôsobom, akým môžeme rozvíjať klinické skúšky založené na niektoré kritické molekulárne zmeny, ktoré sú hnacou rôznych tried rakoviny."

Vedci identifikovať nové podskupiny cez komplexnej štatistickej analýzy molekulárnych dát z 295 nádorov. Použili šesť platforiem molekulárnej analýza vrátane sekvenovania DNA, RNA sekvenčné spracovanie, a proteínové čipy.

Nádory do prvej skupiny, čo predstavuje 9 percent nádorov, boli pozitívne na vírus Epstein-Barrovej (EBV) a mal niekoľko ďalšie molekulárnej spoločné prvky. Nádory v druhej podskupine (22 percent nádorov) mal vysoký mikrosatelitov nestabilita (MSI), ktorá je tendencia hromadiť mutácie v opakovaných sekvencií DNA. Zostávajúce podskupiny sa líšili v úrovni somatických zmeny počtu kópií (SCNAs), ktoré môžu vznikať v dôsledku duplikácie alebo delécií úsekov genómu. Nádory v tretej podskupine, ktoré obsahovali 20 percent týchto nádorov, boli považované za mať nízku úroveň SCNAs a bol nazývaný genomically stabilný. Zvyšných 50 percent nádorov boli klasifikované ako chromozomálne nestabilné, s vysokou úrovňou SCNAs.

EBV-pozitívne podskupina nádorov bolo predmetom osobitného záujmu. EBV je najlepšie známa v Spojených štátoch ako príčina infekčnej mononukleózy, ktorý je charakterizovaný horúčkou, bolesťou v krku a zdurenie lymfatických uzlín, a to najmä v krku. EBV je tiež podozrivý zo zavinenia niektorých druhov rakoviny, vrátane rakoviny nosohltana a niektorých druhov lymfómu. Predchádzajúce výskumy ukázali, že EBV môže byť detekovaný v menšine žalúdočných adenokarcinómov a že EBV gén sa exprimujú v týchto nádoroch. Táto štúdia však zistené, že prítomnosť EBV v žalúdočných nádorov je spojená s radom ďalších molekulárnych vlastností.

Po prvé, vedci pozorované, že EBV-pozitívne nádory vykazovali vysokú frekvenciu mutácií v géne PIK3CA, ktorý kóduje zložku proteínu, PI3-kinázy, ktorý je esenciálna pre bunkový rast a delenie a mnoho ďalších bunkových aktivít, ktoré sú dôležité pri liečbe rakoviny. Aj keď 80 percent EBV-pozitívnych nádorov kryl zmenu proteín meniace sa v PIK3CA, PIK3CA mutácie boli nájdené v 3 percentá do 42 percent nádorov iných žalúdočných rakovinou podtypy. Vedci naznačujú, že EBV pozitívne nádory môže reagovať na inhibítory PI3-kinázy, z ktorých niektoré sú v raných fázach testovania v klinických štúdiách, keď doteraz neboli schválené US Food and Drug Administration pre všeobecné použitie.

niektoré nádory v EBV-pozitívne podskupina tiež ukázal ďalšie kópie génu sa vyrába v chromozomálne oblasti, ktorá obsahuje gén JAK2. JAK2 proteín umožňuje bunkový rast a delenie, a zvýšená expresia JAK2 môže nevhodne aktivovať bunkový rast. Amplifikovanej oblasť tiež obsahuje gény pre dvoch proteíny, PD-L1 a PD-L2, ktoré potláčajú imunitnú odpoveď; ich zvýšená expresia môže pomôcť nádory uniknúť deštrukcii imunitným systémom. Výskumníci navrhli, že tieto nálezy podporujú vyhodnotenie inhibítorov JAK2 a PD-L1 /2 antagonistu pre liečbu karcinómov žalúdka EBV pozitívne.

A EBV-pozitívne podskupina vykazovali oveľa vyššiu prevalenciu DNA hypermetylace než akákoľvek iná rakovina subtyp hlásené výskumníkmi TCGA. Metylácia je proces pridávania metylovej skupiny na DNA, ktorá znižuje expresiu génu. Hypermetylace nastane, keď tento mechanizmus pokračuje nenormálne, upokojil gény, ktoré by mali byť aktívne. V podskupine nádorových EBV pozitívne, hypermetylace Najčastejšie bol pozorovaný v promotorových oblastiach génov, ktoré by mohli brániť expresiu génov

". Získanie týchto pohľad na spojenie medzi EBV a rakoviny žalúdka je typ priekopnícky výskum, ktorý NIH s potešením byť súčasťou. Tešíme sa na potenciálne klinické dôsledky tohto objavu, " povedal riaditeľ NIH Francis S. Collins, MD, Ph.D.

"Táto štúdia posilňuje hodnoty prístupu sme pomocou študovať genomické rozmanitosť a podobnosť medzi nádory mnohých rôznych typov rakoviny," uviedol riaditeľ NCI Harold Varmus, MD "iba taká systematická analýza by mohla priniesli postrehy ohľadom vzťahu medzi EBV a niekoľko provokatívnych molekulárnej charakteristiky."

Dôležité poznatky tiež prišiel z analýzy troch ďalších rakovinou žalúdka podskupín. Napríklad nádory genomically stabilný subtypu obsiahnuté časté mutácie v géne s názvom RhoA, ktorého produkt pôsobí spoločne s ďalšími bunkovými proteínmi pomôcť bunky meniť tvar a migráciu, čo môže byť dôležité v raste nádoru. Toto zistenie naznačuje možné ciele pre liečbu nádorov tohto subtypu. A nádory chromozomálne nestabilné subtypu obsahoval časté amplifikáciou génov, ktoré kódujú proteíny, receptorové na vonkajšej strane bunky, čo vedie k podpore aberantne rast buniek. Drogy sú už k dispozícii na obmedzenie činnosti niektorých z týchto proteínov.

"Táto najnovšia štúdia TCGA opäť demonštruje dôležitosť jej komplexného dizajnu," povedal NHGRI riaditeľ Eric Green, M. D., Ph.D. "Tieto výsledky nám dávajú nové významné genomické pohľad na príčinu smrteľnej formy rakoviny ".

TCGA je spoločne riadená National Cancer Institute (NCI) a National Human Genome Research Institute (NHGRI), obe časti National Institutes of Health (NIH), komplexne charakterizovať genómy viac ako 30 typov rakoviny. TCGA Research Network priniesla údaje a publikoval analýzy v rade prípadov rakoviny, z ktorých všetky možno nájsť na webových stránkach TCGA, http://www.cancergenome.nih.gov.
###

Odkaz: Cancer Genome Atlas Research Network. Komplexné Molekulárna charakterizácia adenokarcinómom žalúdka. . Nature
Online 23.júla 2014. DOI: 10,1038 /nature13480

sú voľne dostupné údaje TCGA generované pred zverejnením na TCGA údajov portáli http: //tcga-data. nci.nih.gov/tcga a CGHub, https://cghub.ucsc.edu. TCGA Research Network zahŕňa viac ako 150 výskumných pracovníkov na desiatkach inštitúcií po celej krajine. Zoznam účastníkov je dostupný na http://cancergenome.nih.gov/abouttcga/overview. Viac podrobností o TCGA, vrátane rýchlej faktami, Q & A, grafiky, glosár, stručným sprievodcom pre genomiku a mediálne knižnice obrázkov možno nájsť na http://cancergenome.nih.gov
.