TCGA znanstvenici identificirali četiri podtipa želuca cancer

301-496-6641 pregled

karcinoma želuca spadaju u četiri različite molekularne podtipova istraživači s karcinomom Genome Atlas (TCGA) mreže su otkrili. U studiji, objavljenoj 23. srpnja 2014, u časopisu Nature, znanstvenici navode da ovo otkriće moglo promijeniti način na koji znanstvenici misle o razvoju tretmana za rak želuca, koji se nazivaju i želučani rak ili želučani adenokarcinoma. Pregled

Umjesto da se želudac rak kao jednu bolest, kao što je to učinjeno u prošlosti, znanstvenici će sada biti u mogućnosti istraživati ​​terapije u definiranim skupom bolesnici s tumorom imaju specifične genomske abnormalnosti. raka želuca su vodeći uzrok smrtnosti od raka povezanih širom svijeta, što je rezultiralo u procijenjenom 723,000 smrtnih slučajeva godišnje. pregled

Prethodni pokušaji da se ispitati kliničke karakteristike karcinoma želuca bili su onemogućeni kako drugačije stanice raka mogu pogledati pod mikroskopom, čak i kad iz istog tumora. Znanstvenici se nadaju da će novi sustav klasifikacije će poslužiti kao vrijedan dodatak tekućeg patologija klasifikacijskog sustava, koji ima dvije kategorije:. Difuzna i crijevnih pregled

"Ključni napredak s ovim projektom je da smo identificirali i razvili mnogo više koristan klasifikacijski sustav kako bi pronašli grupe karcinoma želuca koji imaju različite molekularne značajke, te u isto vrijeme, mi također identificirali ključne ciljeve ostvarivati ​​u različitim skupinama bolesnika ", rekao je Adam bas, MD, Harvard Medical School, Dana- Farber Cancer Institute, široka institut, Boston, a jedan od glavnih istraživača na projektu. "To će pružiti snažan temelj za kategorizaciju bolesti i za to na način na koji možemo razviti klinička ispitivanja na temelju neke od kritičnih molekularnih promjena koje se voze različite klase raka."

istraživače identificirati nove podgrupe kroz složene statističke analize molekularnih podataka iz 295 tumora. Oni su koristili šest platformi molekularne analize, uključujući DNA sekvenciranje, RNA sekvenciranje i proteina polja. Pregled

Tumori u prvoj skupini, što predstavlja 9 posto tumora, bilo je pozitivno na Epstein-Barrov virus (EBV) i imao nekoliko druge molekularne sličnosti. Tumori u drugoj podskupini (22 posto tumora) je visok mikrosatelitne nestabilnosti (MSI), što je tendencija mutacije da se akumuliraju u ponovljenim sljedovima DNA. Preostali podskupine razlikuju u razini somatskih broj kopija promjena (SCNAs), što može rezultirati iz dupliciranja ili brisanje dijelova genoma. Tumori u trećoj podskupini koje se sastojalo od 20 posto tumora, smatra se da imaju nisku razinu SCNAs i bili su pozvani Genomski stabilna. Preostalih 50 posto tumora klasificirano kao kromosomski nestabilna, s visokom razinom SCNAs. Pregled

EBV-pozitivnih podgrupa tumora bio je od posebnog interesa. EBV je najpoznatiji u Sjedinjenim Američkim Državama kao uzrok infektivne mononukleoze, koja je karakterizirana vrućicom, grlobolja, i natečene limfne žlijezde, posebice u vratu. EBV se također sumnja da uzrokuje određene raka, uključujući i nazofarinksa karcinom i neke vrste limfoma. Prethodna istraživanja su pokazala da EBV se može otkriti u manjini želučanog adenokarcinoma te da EBV geni su izražene u tim tumorima. Međutim, ova studija je pokazala da prisutnost EBV u želučanim tumora povezana s brojnim ostalim molekularnim svojstvima. Pregled

Prvo, istraživači su opazili da EBV-pozitivnih tumora prikazano je visoku učestalost mutacija u genu PIK3CA, koji kodira za komponente proteina, PI3-kinaze, koja je neophodna za stanični rast i diobu i mnoge druge stanične aktivnosti koje su važne u liječenju raka. Iako je 80 posto EBV-pozitivnih tumora gajio je promjenu proteina mijenja u PIK3CA, PIK3CA mutacije pronađene su u 3 posto na 42 posto tumora ostalih podtipova raka želuca. Znanstvenici su predložili da EBV-pozitivni tumori mogli odgovoriti na PI3-kinaza inhibitora, od kojih su neki u ranim fazama ispitivanja u kliničkim ispitivanjima, ali još nisu odobreni od strane US Food and Drug Administration za opću upotrebu. Pregled

Neki tumori u EBV-pozitivne podgrupe također pokazala više kopije gena koji se proizvodi u kromosomske regije koja sadrži gen JAK2. JAK2 protein olakšava rast stanica i podjela, a povećana ekspresija JAK2 može neprimjereno aktivirati rast stanica. Amplificirana regija sadrži gene za dva proteina, PD-L1 i PD-L2, koji potiskuju imunih odgovora; njihova povećana ekspresija može pomoći tumora izbjeći uništenje imunološkog sustava. Istraživači sugerira da su ti rezultati podupiru procjenu JAK2 inhibitora i PD-L1 /2 antagonista za liječenje EBV-pozitivnih želučanog karcinoma. Pregled

A EBV-pozitivne podgrupe pokazao znatno veću učestalost DNA Hipermetilacija od bilo koji drugi podtip raka izvijestila TCGA istraživača. Metiliranje je postupak dodavanja metilne skupine na DNA, koji smanjuje ekspresiju gena. Hipermetilacija nastaje kada taj mehanizam i dalje je neprirodna, stišavanje gene koji bi trebao biti aktivan. U tumora podskupini EBV-pozitivna, Hipermetilacija je najčešće promatrana u promotorske regije gena, koji bi spriječio ekspresiju gena pregled

". Dobivanjem ove uvid u vezu između EBV i raka želuca je vrsta pionirskog istraživanja koje NIH je drago biti dio. Radujemo se potencijalne kliničke implikacije ovog otkrića, " rekao NIH direktor Francis S. Collins, MD, Ph.D. pregled

"Ova studija potvrđuje vrijednost pristupa ćemo se koriste za proučavanje genomske različitosti i sličnosti između tumora različitih vrsta raka", rekao je NCI direktor Harold Varmus, MD "Samo takva sustavna analiza mogla dala zapažanja o povezanosti EBV i nekoliko provokativnih molekularnim karakteristikama." pregled

važne uvide također je došao iz analize triju drugih želučanih podskupine raka. Na primjer, tumori Genomski stabilne podtip sadržane često gen nazvan RHOA, čiji proizvod u interakciju s drugim staničnih proteina kako bi se stanicama mijenjati oblik, te se kreću, koji može biti važno u rastu tumora. Ovo otkriće sugerira moguće mete za liječenje tumora ovog podtipa. I tumori kromosomskom nestabilne podtip sadržavala često amplifikacije gena koji kodiraju proteine ​​receptora na vanjskoj strani stanice, što dovodi do promociju nepravilnim staničnim rastom. Lijekovi su već dostupni na zaustavljanju aktivnosti nekih od tih proteina. Pregled

"Ova najnovija TCGA istraživanje ponovno pokazuje važnost svog sveobuhvatnog dizajna", rekao je NHGRI direktor Eric Green, M. D., Ph.D. "Ovi rezultati daju nam važne nove genomske uvid u uzrok smrtonosnog oblika raka ". Pregled

TCGA zajednički upravljaju National Cancer Institute (NCI) i Nacionalnog Instituta za istraživanje ljudskog genoma (NHGRI), oba dijela National Institutes of Health (NIH), sveobuhvatno okarakterizirati genoma više od 30 vrsta raka. TCGA istraživačka mreža je generirana podatke i objavio analizu na broj karcinoma, od kojih svi mogu naći na web stranici TCGA, http://www.cancergenome.nih.gov.
### Pregled

Naputak: Cancer Genome Atlas istraživačka mreža. Sveobuhvatna Molekularna karakterizacija želučanog adenokarcinoma. . Priroda
Online 23. srpnja 2014. DOI: 10,1038 /nature13480 pregled

TCGA generirani podaci su i besplatno dostupni prije objave na TCGA podataka portala, http: //tcga-podataka. nci.nih.gov/tcga i CGHub, https://cghub.ucsc.edu. TCGA istraživačka mreža obuhvaća više od 150 istraživača na desetke institucija diljem zemlje. Popis sudionika dostupan je na http://cancergenome.nih.gov/abouttcga/overview. Više informacija o TCGA, uključujući važne činjenice, Q & A, grafike, Rječnik, Kratak vodič za genomike i medijske biblioteke slika može se naći na http://cancergenome.nih.gov pregled.