Čezmerno Polž je povezana z bezgavkah metastaz in slabo prognozo pri bolnikih z rakom želodca

Čezmerno Polž je povezana z bezgavkah metastaz in slabo prognozo pri bolnikih z rakom želodca
Abstract
ozadju
epitelijskih-mezenhimskih tranzicije (EMT) igra pomembno vlogo pri napredovanju tumorja in invazije. Polž je znano regulator EMT v različnih malignih tumorjev. Ta študija je raziskovala vlogo Polž pri raku želodca.
Metode
smo preučili učinke utišani ali prekomerno Polž uporabo Lenti-virusni konstrukte v želodčnih rakavih celic. Imunohistokemično analiza tkiv mikromrež iz 314 bolnikih z adenokarcinomom želodca (PK) je bila uporabljena za določitev polža clinicopathological in napovedni pomen. Razlika izražanje genov v 45 GC osebke s Polž prekomerno smo raziskovali s pomočjo analize cDNA mikromrež.
Rezultati
utišanje Polž s shRNA zmanjšala invazijo in migracije v celičnih linijah GC. Nasprotno, polž čezmernim povečala invazijo in migracije želodčnih rakavih celic, v skladu s povečano VEGF in MMP11. Polž overexpression (≥75% pozitiven jedrskih madeži) je bilo značilno povezana z napredovanja tumorja (P
< 0,001), bezgavkah (P
= 0,002), lymphovascular invasion (P
= 0,002), perinevralni invazija (P
= 0,002) pri bolnikih z GC 314, in krajše preživetje (P
= 0,023) in. Analiza cDNA mikromrež pokazala 213 diferencialno izraženih genov v GC tkiva z Polž prekomerno, vključno genov, povezanih z metastazami in invazijo.
Zaključek
polž pomembno vpliva invazivnost /migracijski sposobnosti GK, in se lahko uporablja tudi kot napovedni biološki marker prognoza ali agresivnost GK.
Ključne besede
Želodec Adenokarcinom polž limfnega vozla metastaze Survival Ozadje
epitelijskih-mezenhimskega prehoda (EMT), razvojni proces, s katerim epitelnih celic zmanjša medcelične oprijem in pridobitev myofibroblastic funkcije, je ključnega pomena, da tumor napredovanje [1-3]. Med EMT, pride do pomembnih sprememb, vključno downregulation epitelnih markerjev, kot so E-kadherina, prenosom beta catenin (tj, disociacija membranskih beta catenin in prenos v jedrski predelu), in uravnavanjem mezenhimskih markerjev, kot vimentina in N -cadherin [3-6]. EMT je induciran z zatiranjem E-kadherina izražanja, ki ga regulatorji EMT kot Polž, Slug in Twist. Družina Polž cink-prstov transkripcijskih represorji neposredno zatira E-kadherina vitro
in vivo
preko interakcije med njihovo COOH-terminalne regije in 5 "- CACCTG-3 " sekvence v promotor E-kadherina [7-9]. Polž je domnevno pomembna v več karcinomov, vključno nedrobnoceličnega pljučnih karcinomov, karcinomi jajčnikih, urotelijskim karcinomov in hepatocelularni karcinom [10-13]. Študije so tudi imunohistokemičnim analize pokazati klinični pomen Polž prekomerno v adenokarcinomom želodca (GC) [14, 15]. Vendar pa je nekaj poročil o vlogi Polž v GC vključeni clinicopathological, prognostični in funkcionalna in vitro
analize in rezultatov izražanja genov. Zato smo ocenili učinek polža na invazivnost /migracijskega sposobnosti v želodcu raka celičnih linijah, in raziskati tudi možnost Polž, ki se uporablja kot napovedni marker za ocenjevanje slabo prognozo ali tumorja agresivnost pri bolnikih GC. Prav tako smo ocenili izražanje genov vzorec v 45 GC tkivih Polž prekomerno uporabo cDNA mikromrež.
Metode
shRNA lentivirusom posredovano utišanje in prekomerno Polž v želodcu rakavih celic
človekovih želodčni rak celičnih linij SNU216 in SNU484 so bili pridobljeni iz Korejski Cell Line banke (KCLB) in so bili potrjeni z profiliranja DNK. Te celice kultivirane v RPMI1640 mediju z 10% fetalnega govejega seruma (FBS), 100 E /ml penicilina in 100 ug /ml streptomicina (Hyclone, Ogden, UT). Vse celice smo vzdrževali pri 37 ° C v 5% CO 2. -Lentivirusni temelji RNA rasklapanje in prekomerno so bili uporabljeni za dušenje zvoka in čezmernim Polž. Lentiviruses izražajo bodisi neciljne ali Polž
-targeted shRNAs so bili uporabljeni za dušenje zvoka; PLKO lentivirusni vektor ciljanje Polž
ali prazen PLKO vektor so bili uporabljeni za prekomerno Polž v SNU216 in SNU484 celic. Lentivirusom zaloge so bili izdelani z lentivirusni embalaže mešanico na Virapower ™ s pomočjo celične linije 293FT po protokolu proizvajalca (Invitrogen, Carlsbad, CA). SNU216 in SNU484 celice gojijo do 50% konfluence inkubiramo 24 ur pri 1: 1 razredčenju virusa: medijem 5 ug /ml Polybrene. Po obdobju okrevanja 24-h v popolni medijih brez virusa, so poliklonska stabilne celične linije izbran in vzdrževan v medijih, ki vsebujejo 5 mg /ml puromicina. Dušenje zvoka ali čezmernim Polž je bila določena z RT-PCR in zahodni blot.
Realnem času RT-PCR analizo VEGF
, MMP11
in polž
v želodčnih rakavih celic
Skupaj celične RNA ekstrahiramo z metodo TRIzola (Sigma-Aldrich, St Louis, MO, ZDA). Pri analizi RT-PCR smo 2-ug alikvote RNA izpostavimo sintezo cDNK s 200 U MMLV reverzno transkriptazo in 0,5 pg oligo (dT) -15 premaz (Promega, Madison, WI, ZDA). Kvantitativni PCR v realnem času smo izvedli z ™ sistemom Rotor-Gene (Qiagen, Hilden, Nemčija) z AccuPower 2 × Greenstar qPCR Master Mix (Bioneer, Daejeon, Koreja). cDNA v 1 ul reakcijske mešanice smo pomnožili z 0,5 U polimeraze GoTaq DNA (Promega) in za vsako od naslednjih smiselnimi in protismiselnimi primerji 10 pmol: GAPDH
5 '- TCCATGACAACTTTGGTATCG-3 ', 5 '- TGTAGCCAAATTCGTTGTCA-3 '; Polž
5 '- CTTCCTCTCCATACCTG-3 ', 5 '- CATAGTTAGTCACACCTCGT-3 '; VEGF
5 '- TTGCTGCTCTACCTCCACCA-3 ', 5 '- GCACACAGGATGGCTTGAA-3 '; MMP11
5 '- CTTGGCTGCTGTTGTGTGCT-3 ', 5-AGGTATGGAGCGATGTGACG-3 ". Termična kolesarske bil profil: denaturacija pri 30 sekund pri 95 ° C, žarjenje za 30 sekund pri 52 ° C (odvisno od primerji uporabljenih) in podaljšek 30 sekund pri 72 ° C. Za semi-kvantitativno ocenjevanje ravni izražanja, smo uporabili 30 ciklov za vsako reakcijo PCR. PCR produkti so bili velikosti frakcionirali na 1,0% Etidijev bromid /agaroznem gelu in količinsko pod UV presvetlitvijo. Cikel prag (CT), ki je definirana kot število delno cikla, pri katerem fluorescenca poteka stalno prag nad izhodiščem. Relativno izražanje genov je količinsko, z uporabo povprečne CT vrednosti za vsako trikratnem vzorec minus povprečni trikratnem CT vrednost za GAPDH
. Razlike med kontrolo (prazni vektorski) in preizkusnih skupinah (okuženi z lentivirusom) smo izračunali po formuli 2 - ([△ CT Lenti] - [△ nadzor CT]) in izražena kot kratno spremembo izražanja v skladu z metoda primerjalna prag cikel (2 △△ CT) [16].
Western blot
Celice so bile pridelane in moten v lizo pufra (1% Triton X-100, 1 mM EGTA, 1 mM EDTA, 10mm tris-HCI, pH 7,4 in inhibitorji proteaze). Celični debris smo odstranili s centrifugiranjem pri 10000 x g
10 minut pri 4 ° C. Nastale supernatante rešena na 12% SDS-PAGE pod denaturirani redukcijskih pogojih in prenesli na nitrocelulozne membrane. Membrane smo blokirali s 5% nemastnega mleka sušimo pri sobni temperaturi 30 minut in inkubirali s primarnimi protitelesi. Membrane smo sprali in inkubirali s hrenovo peroksidazo konjugiranih sekundarnega protitelesa. Signal smo vizualizirali z uporabo ojačanega luminescenco (Amersham, Buckinghamshire, UK).
Celic migracije in poskus vdora v Matrigel
želodčnega rakave celice požanjemo s 0,05% tripsina, ki vsebuje 0,02% EDTA (Sigma-Aldrich) in suspendiramo v RPMI v koncentraciji 3 x 10 3 celic /jamico. Membranski filtri (velikost por: 8 pm) v enkratno 96-kemotakso komor (Neuro sondo, Gaithersburg, MD) so bile predhodno prevlečene 4 ure s 5 mg /ml fibronektina pri sobni temperaturi. Alikvote (50 ul /vdolbino) iz celične suspenzije smo naložili v zgornjem komor, in 1% FBS, smo napolnili v spodnjo komoro. Po 24-h inkubacije, so bile celice nenamenski prehajajo odstrani z zgornje komore z bombažno krpico; Celice so prisotne na spodnji površini vložka smo obarvali z Hoechst33342 (Sigma-Aldrich). Invazivne celice preštejemo pod mikroskopom fluorescence pri x 10 povečavi.
Pri poskusu vdora v Matrigel, 3 x 104 celic /jamico smo posejali v zgornji komori, ki je prevlečen z Matrigel (5 mg /ml v hladni mediju, BD transdukcije Laboratories, Franklin Lakes, NJ, USA) in 1% FBS in krmiljenje vozila seruma medij, ki vsebuje dodamo na spodnji komori. Po 24-h inkubaciji smo vsaki prehajajo celice odstranimo iz zgornje komore z vato, in celice prisotne na spodnji površini vložka smo obarvali z Hoechst33342 (Sigma-Aldrich). Invazivne celice nato prešteli pod fluorescenčnim mikroskopom pri x 10 povečavo.
Svileni mikromrež, imunohistokemično in interpretacijo rezultatov
A-pol avtomatsko tkiva arrayer (Beecher Instruments, WI, ZDA) je bila uporabljena za gradnjo mikromrež tkiva . Dobili smo 3 tkiva jedra, vsako 0,6 mm v premeru, iz tumorskih blokov odvzetih bolnikom GC. Jedra niso bili zbrani iz bolj invazivne čelnem in osrednjih območjih tumorjev. Ploščice smo pekli pri 60 ° C za 30 minut, deparaffinized s ksilenom in nato hidracijo. Odseki smo nato potopili v citratnem arhiviranje antigen pufra, microwaved za pridobivanje antigenov, obdelamo s 3% vodikovega peroksida v metanolu pogasiti endogenega peroksidaze aktivnost, ter nato inkubiramo z 1% goveji serumski albumin blokirati nespecifične vezave. Zatem so odseki inkubirali s kunčjim anti-Polž (Abcam, UK) preko noči pri 4 ° C. Normalna zajca serum smo uporabili kot negativno kontrolo. Po izpiranju smo sekcije tkiva obdelamo s sekundarno protitelo, jih nasprotno s hematoksilinom, dehidrirano in montiran. Vsaj 500 tumorske celice so bili prešteti. Odstotek celic z Polž + jeder so izražene glede na skupno število tumorskih celic, preštetih. Jedrska izraz Polž je bila ocenjena s klasifikacijo obseg pozitivnih jedrske barvanjem kot ≤50%, 50-75%, ali ≥ 75%.
Clinicopathological in preživetje analize raka želodca bolnikov
preučevali smo kohorto 314 GC bolnikov, ki so vsak šli skozi gastrostomo z bezgavk seciranje na nacionalni bolnišnici Pusan ​​University (PNUH) med letoma 2005 in 2007. skupino sestavlja 218 moških in 96 žensk, s povprečno starostjo 58,3 let (razpon, 25-83 let). Standardna formalina fiksno in parafinske vgrajeni odseki so bili pridobljeni na oddelku za patologijo, PNUH in National BIOBANK Koreje, PNUH. Študija je odobril revizijski odbor institucionalno. Nobeden od bolnikov je prejelo preoperativno obsevanje in /ali kemoterapijo. Adjuvantno kemoterapijo na osnovi 5-FU je bilo uporabljeno na bolnikih z fazah II, III in IV po kurativno resekcijo. Ocenili smo več clinicopathological dejavnikov po korejski Standardizirani patologijo poročila za Rak želodca, japonski klasifikaciji želodca karcinomom (3 rd angleška izdaja), in Skupni odbor ameriške raka Uprizoritev Manual (7 th izdaja), vključno mesto tumorja, bruto videz in velikost, globina invazije, histološki razvrstitev (tj v črevesju ali difuzna), in lymphovascular invazijo [17-19]. Klinični izid za vsakega bolnika je sledila od datuma operacije do dneva smrti ali 1. marca 2012. Nadaljnji obdobja gibal od približno 1 do 81,5 mesecev (povprečje, 51,4 mesecev). Primeri, izgubljeni za spremljanje ali smrt zaradi kateregakoli vzroka, razen raka želodca so cenzurirani iz analize stopnja preživetja. Clinicopathological lastnosti smo analizirali s Studentov t
-test je 2 Test χ , ali Fisherjev natančni test za testiranje za razlike v Polž izražanja. Kumulativni preživetje parcele so bili pridobljeni po metodi Kaplan-Meier, in pomen so primerjali s testom log-rang. so bile ugotovljene napovedni dejavniki uporabo Cox metodo regresije po korakih (sorazmeren vzorec nevarnosti), prilagojena glede na starost bolnika, spola, lokacije tumorja, tipa morfološka (črevesne primerjavi razpršenih). Statistična značilnost je bila določena na P
< 0,05. Statistični izračuni so bili izvedeni s SPSS različice 10,0 za Windows (SPSS Inc., Chicago, IL, ZDA).
Analizo cDNA mikromrež za GC tkiv, ki temeljijo na Polž prekomerno
skupno 45 svežih GC tkiv so bili pridobljeni iz National BIOBANK Koreje, PNUH in CNUH; Odobritev smo dobili od svojih institucionalnih pregled plošč. Total RNA je bila vzeta iz sveže zamrznjene tkiv uporabo Izolacija komplet mirVana RNA (Ambion Inc., Austin, TX). Petsto nanogramov totalne RNA smo uporabili za sintezo cDNK, ki mu sledi pomnoževanja /koraku označevanja (vitro
transkripcija) z Illumina TotalPrep RNK pomnoževanju komplet (Ambion) za sintetiziranje-biotin označene Črne. Koncentracije Črna so bile izmerjene z metodo RiboGreen (Quant-iT RiboGreen RNA test priborom; Invitrogen-Molecular sondo, ON, Kanada) z uporabo Victor3 spektrofotometer (PerkinElmer, CT) in kakovost Črna je bila določena na 1% agaroznem gelu. Označeno, ojačan material (1500 ng na paleto) smo hibridizirali na Illumina HumanHT-12 BeadChips v4.0, v skladu z navodili proizvajalca (Illumina, San Diego, CA). Array signali so razvile streptavidina-Cy3. Polja so skenirane s sistemom Illumina iScan. Podatki o mikromrež smo normalizirali metodi kvantil normalizacije v programski opremi Illumina BeadStudio. Raven izražanja vsakega gena je preoblikoval v dnevnik 2 bazo pred nadaljnjo analizo. Excel je predvsem za statistične analize. Izražanje genov Razlike so bile upoštevane statistično značilne, če P
< 0,05; vsi testi so bili 2-tailed. Cluster analize so bile izvedene z uporabo grozd in drevesni [20]. Program genske ontologije (GO) (http:... //David abcc ncifcrf gov /) je bila uporabljena za kategorizacijo genov v podskupine glede na biološke funkcije. Fisherjev test, je bila uporabljena za določitev, ali deležev genov v vsaki kategoriji po skupinah razlikovala. GC tkiva smo jih razdelili na tiste z višjimi (≥75%) in nižje (< 75%) ravni Polž izražanja; bila ugotovljena razlika izražanje genov med skupinami. Osnovni podatki mikromrež so na voljo v NCBI je GSO (Gene Expression Omnibus) baze podatkov (http:.....? //Www NCBI NLM nih gov /geo /izraz /acc cgi acc = GSE38024).
Rezultati
uredba migracije in invazije na želodcu rakavih celic po navadni
RNA temelji lentivirusni rasklapanje in so bili uporabljeni Čezmerno pristopi za določitev vloge polža pri invaziji in migracije želodca raka celičnih linij. Celice SNU216 in SNU484 uporabljeni v tej študiji, so določena želodčne linij adenokarcinom celic iz korejskih bolnikov. Te celice so bili okuženi z lentivirusom izraža bodisi neciljne ali polž
-targeted shRNAs za dušenje zvoka. PLKO lentivirusni vektor, ki ciljno polž
in prazen PLKO vektorja so bili uporabljeni za indukcijo Polž prekomerno v SNU216 in SNU484 celic. Poliklonalna stabilne celične linije so bile izbrane z puromicina. Polž
izraz je bila določena z RT-PCR in zahodni blot; Stabilno Polž
rasklapanje (sh-polž) in Polž prekomerno celične linije (OE-polž) smo dobili (slika 1). Slika 1 Vloga Polž pri invaziji in migracije želodčnega raka celičnih linij. A. SNU216 (zgornja plošča) in SNU484 (spodnja slika) celice so bili okuženi z lentiviruses izražajo bodisi neciljne shRNA (shNT
) ali polž
shRNA na dan 0 in nato zberemo na dan, 7 post-okužbo. Polž
rasklapanje je bila določena z RT-PCR in zahodni blot; stabilne celične linije so bile pripravljene za vsako od celičnih linij (sh polža). Utišanje Polž
in SNU216 in SNU484 celic povzroča zmanjšano migracije in invazijo. B. SNU216 (zgornja plošča) in SNU484 (spodnja slika) celice so bili okuženi z lentiviruses izražajo bodisi lentivirusni PLKO vektor ciljanje Polž
ali prazno PLKO vektor (EV) na dan 0 in nato zberemo na dan, 7 naknadne okužbe . Prevelike količine Polž je bila določena z RT-PCR in zahodni blot; Stabilna celična linija je bila ustvarjena za vsakega izmed celičnih linij (O /E-polžev). Polž overexpression v SNU216 in SNU484 celic povzroča povečano migracijo in invazijo. C. Polž overexpression povzroča povečano mRNA izražanje VEGF
in MMP11
v SNU216 in SNU484 celice v realnem času analize RT-PCR. Spodnja ploskev kaže reprezentativne podatke o RT-PCR za VEGF
, MMP11
, Polž
in GAPDH
. Podatki kažejo, srednja ± SE najmanj 3 neodvisnimi poskusi. * Označuje P
< 0,05, ki ga študent je t
-test.
Za določitev vloge Polž v rakave celice invazije želodca, smo izmerili kemotaktičnega invazijo, ki jih celice, ki uporabljajo sistem Transwell s filtri predhodno prevlečene z Matrigel. Za merjenje migracije želodčnih rakavih celic, smo testirali migracijo celic s pomočjo komore aparata za Boyden. Utišanje Polž
s shRNA povzroča zmanjšano migracije in invazijo SNU216 in SNU484 celic, kot je prikazano na sliki 1A. V nasprotju s polž
dušenje zvoka rezultatov, čezmernim Polž izzvano povečanje migracij in invazijo na SNU216 in SNU484 celic, kot je prikazano na sliki 1B. Čezmerno Polž je bila povezana tudi z večjo VEGF in MMP11 (slika 1C).
Učinek Polž prekomerno o tumorja agresivnosti in preživetje bolnikov GC
Pozitivna jedrske barvanjem za Polž na ravni ≤50%, 50-75%, in ≥75%, so opazili pri 13,4% (42/314), 52,2% (164/314) in 34,4% (108/314), v tem zaporedju, od 314 bolnikov GC v imunohistokemičnim analize. Polž izraz je bilo ugotovljeno v črevesju in difuzni tip GK (slika 2A, B). Polž overexpression (≥75% pozitivnost) močno povezana z velikostjo tumorja, bruto tip, globina invazije, lymphovascular invazije, perinevralni invazije, in bezgavkah metastaze (tabela 1). Polž overexpression je bila povezana tudi z večjo velikost tumorja (P
= 0.028) in izkopan bruto vrsto (P
< 0,001); in povečana tumor invazivnost, to je višja stopnja T (P
< 0,001) in prisotnost perinevralni invazije (P
< 0,001) in lymphovascular tumor embolija (P
= 0,002). Povečana bezgavka metastaze je povezano tudi z Polž čezmerni (P
= 0,002) .V skladu z zgoraj navedenimi podatki, ki kažejo pozitiven odnos med Polž prekomerno in GC agresivnosti, polž čezmernim močno povezana s celotnim preživetjem med bolniki GC (P
= 0,023) (slika 2C). Linearno razmerje so opazili med večjo jedrsko izražanja Polž in skrajšano preživetje (≤50%: 76,6 ± 2,7 mesecev, 50-75%: 68,5 ± 2,0 mesecev; ≥75%: 63,3 ± 2,8 meseca). Polž overexpression (≥75% pozitivnost) je bila opredeljena kot neodvisni napovedovalec slabo prognozo pri 314 bolnikih z GC, prilagojena za starost, spol, histološko razvrščanje in lokacijo tumorja, s pomočjo regresije proporcionalni model nevarnosti Cox (P
= 0,033; tabela 2). Slika 2 Polž izraz v adenokarcinomom želodca (PK) vzorcev tkiv in Kaplan-Meir parcel celotnega preživetje 314 bolnikov GC. Polž je večinoma izražena v jedrih GC celic (črevesne tipa (A), in difuzna tip (pečat obroč) celice (B)) je vključen v tkiva polj osebkov. Nekateri reaktivne fibroblasti pokazala tudi Polž jedrska izraz (povečava: × 400). C. Kaplan-Meier Analiza celokupnega preživetja bolnikov GC na podlagi Polž izražanja. Linearno razmerje med večjo jedrsko izražanja Polž in krajše preživetje so opazili pri bolnikih, GC (P
= 0,023). Test log-rank je bila uporabljena za izračun
vrednosti P.
Tabela 1 Razmerje med Polž izražanja in clinicopathological lastnosti pri 314 bolnikih z rakom želodca
Število bolnikov (N = 314)

polž pozitivnosti
pvalue

< 75%
≥75%
Starost (leta)
58,5 ± 10,6
59,1 ± 11,9
0,695
seks
moški
218
143
75
0,996
ženska
96
63
33
velikost tumorja
≤4.0 cm
192
135
57
0.028
> 4.0 cm
122
71
51
Lokacija
Zgornje /Bližnji
167
112
55
0,561
Spodnja
147
94
53
globino vdora
T1
160
127
33
< 0,001
t2
41
26
15
T3
68
33
35
T4
43
19
24
Bruto tip
Zvišane
77
51
26
< 0,001
Flat /depresivni
131
105
26
Izkopani
106
50
56
histološki tip
Črevesne
182
123
59
0.609
razpršenih
122
76
46
Mešani
10
7
3
perinevralni invazijo
Negativno
202
150
52
< 0,001
pozitivno
111
55
56
Lymphovascular embolija
Negative
193
139
54
0,002
Positive
120
66
54
limfnega vozla metastaze
N0, N1
270
186
84
0.002
N2, N3
44
20
24
Tabela 2 Multivariatna analizo preživetja z Cox regresijski model v 314 želodčnega raka
spremenljivk
B
SE
HR (95% CI)
P
Age (≤59 primerjavi > 59)
-0.438
0,264
0,645 (0.385-1.082)
0,097
Spol (moški v primerjavi ženska)
-0.037
0,267
0,963 (0.571-1.626)
0.889
stran (zgornji in srednji primerjavi nižja)
0,635
0,264
1,887 (1.126 -3,164)
0,016
Lauren (črevesne vs difuzna)
-0.537
0.263
0.585 (0.349-0.978)
0,041
Polž (≥75% v primerjavi z < 75 %)
-0.528
0,248
0,590 (0.363-0.958)
0.033
Opomba: B, koeficient; HR, razmerje tveganj; CI, interval zaupanja.
Identifikacija genskih vzorcev izražanja, ki temeljijo na Polž prekomerno uporabo cDNA mikromrež
so cDNA mikromrež, ki se uporabljajo za primerjavo genske ekspresije profilov 45 GC osebkov. Ugotovili smo 213 genov, ki so različno izražene povzpele (P
< 0,05) med GC vzorcih z višjimi (≥75%) in nižjih ravneh (< 75%) iz Polž izražanja (tabela 3). Od teh 213 genov, 82 je bilo molekul in 131 so navzdol reguliranih v GC vzorcih z višjimi stopnjami (≥75%) iz Polž izražanja. Uporabili smo hierarhično analizo grozdenje, da ocenijo 213 genov in 45 GC osebkov; Zaščiteni analiza povezovanje dal vzorce za vzorce z višjimi in nižjimi stopnjami Polž izražanja žive v 2 različne skupine, z izjemo enega vzorca z višjimi stopnjami Polž izražanja (slika 3). Da bi raziskali bioloških funkcij, vključenih v diskriminirajo genov, smo izvedli analizo kategorijo GO. Enajst geni so bile povezane z regulacijo raka celic ECM oprijem (P
< 0,021) in ECM beljakovin regulacijo (P
< 0,028, Tabela 4). Najbolj so vpleteni v raku. ONECUT1
, ADAMTS
, IFNAR2
, MSR1
in SORL1
vplivajo na migracije ali metastaz, proces, ki vključuje pritrditev tumorskih celic na bazalne membrane, degradacijo lokalnega vezivnega tkiva, in penetracijo in migracije tumorskih celic skozi strome [21-25] .table 3 geni različno izražena v GC vzorcih z višjo stopnjo Polž izražanja
PROBE_ID
SIMBOL
IME

Geni molekul v vzorcih z višjimi stopnjami (≥75%) iz Polž izražanja (P
< 0,05)
ILMN_2374449
SPP1
Izločeni fosfoprotein 1
ILMN_2337923
TPD52L1
Tumor protein D52 podobni 1
ILMN_1679838
WBP5
WW domena vezavni protein 5
ILMN_2078592
C6orf105
androgenih odvisna od TFPI -regulating beljakovin
ILMN_1714383
TPD52L1
Tumor protein D52 podobni 1
ILMN_1674817
C1orf115
kromosomov 1 odprt bralni okvir 115
ILMN_1813561
kožni
Scinderin
ILMN_1759818
SORL1
povezane z Sortilin
receptorjev, L (DLR razred) ponavlja vsebujejo
ILMN_1745686
MFHAS1
maligni vlaknat histiocitoma pomnožili zaporedje 1
ILMN_2060115
SORL1 povezanih z Sortilin
receptor, L (DLR razred) ponavlja vsebujejo
ILMN_2337263
PKIB
protein kinaza (cAMP -dependent, katalitična) zaviralec beta
ILMN_2173835
FTHL3
Feritin, težka polipeptid 1 pseudogene 3
ILMN_1791057
IFNAR2
interferon (alfa, beta in omega) receptor 2
ILMN_1807114
LOC255620
Podobno unc-93 homologena B1 (C. elegans), prepis varianta 1 (LOC255620), mRNA
ILMN_1669393
GGT1
gama-glutamil 1
ILMN_1685798
MAGEA6
Melanom antigen družina A, 6
ILMN_3269395
GGT2
gama-glutamil 2
ILMN_1669833
SH2B2
SH2B adapter protein 2
ILMN_3238534
LOC100133817
Hipotetična protein LOC100133817
ILMN_2099315
TRPM8
prehodna receptor potencial kation kanal, podskupino M, član 8
ILMN_3298065
LOC729195
Podobno apical zgodaj endosomsko glikoprotein
ILMN_1717726
FLJ43752
Long medgenskega non-protein kodira RNA 336
ILMN_1670452
ANKRD20A1
Ankyrin ponovite domena 20 družina, član A1
ILMN_3201060
LOC100132655

hipotetična beljakovin LOC100132655
ILMN_3282829
LOC727913
Podobno iduronat 2-sulfataze (Hunter sindrom)
ILMN_2339691
SYVN1
sinovialni apoptoze zaviralec 1 , synoviolin
ILMN_1785549
SLC30A2
Solute prevoznik družina 30 (cink transporter), član 2
ILMN_3191898
LOC100129630
Hipotetični LOC100129630
ILMN_1704204
LOC642204
Ankyrin ponovite vsebujejo domene protein 26 podobnih
ILMN_1682280
LOC647753
Hipotetični beljakovin LOC647753
ILMN_3201944
LOC646438
hipotetična LOC646438
ILMN_2233314
SPANXA1
Sperma protein povezan z jedrom, X-vezana, družinski član A1
ILMN_3305980
NS3BP
NS3BP
ILMN_1747850
CRIM2
Kielin /chordin podoben protein
ILMN_1700590
LOC645590
podobno cAMP-odvisna od tipa protein kinaza I-beta regulativni podenoto
ILMN_1766316
FLJ32679

Golgin podobno hipotetičen protein LOC440321
ILMN_1890741
Hs
0,552561
trebušne slinavke otoček cDNA klon hbt09690 3, mRNA zaporedje
ILMN_3308255
MIR33A

MicroRNA 33a
ILMN_1815716
LMLN
Leishmanolysin podobno (metalopeptidazno M8 družina)
ILMN_1654945
DNMT3A
DNA (citozin-5 -) - metiltransferaza 3 alpha
ILMN_2256050
SERPINA1
serpina peptidaze inhibitor, klad a (alfa-1 antiproteinase, antitripsin), član 1
ILMN_1759487
EGFLAM
ESPG, kot so, fibronektin tip III in laminin G domene
ILMN_1760410
LOC653086
podobno RAN vezavo proteina 2-kot 1 izooblika 2
ILMN_1668969
MIXL1
zmešamo v paru, kot so homeobox
ILMN_3279757
LOC100132532
Hipotetični protein LOC100132532
ILMN_1715372
CAMKK1
kalcij /kalmodulin odvisna od protein kinaza kinaza 1, alfa
ILMN_1731370
Yang et al. Vsi avtorji prebrali in potrdil končni rokopis.

• Airway celularnost, lipidov obremenjeno makrofagov in mikrobiologija želodčnega soka in dihal pri otrocih z refluksni ezofagitis
• Prognostični pomen razmerja nevtrofilcev limfocitov in razmerje limfocitov trombocitov pri bolnikih z napredovalo želodca z rakom, zdravljenih s FOLFOX chemotherapy