Nadmerná expresia Slimák je spojená s lymfatických uzlín a zlou prognózou u pacientov s žalúdočnej cancer

Zvýšená expresia Slimák je spojená s lymfatických uzlín a zlou prognózou u pacientov s karcinómom žalúdka
abstraktné
pozadia
epitelu-mezenchýme prechodu ( EMT) hrá významnú úlohu v progresii nádoru a invázie. Slimák je známy regulátor EMT v rôznych zhubných nádorov. Táto štúdia skúmala úlohu Slimák u karcinómu žalúdka.
Metódy
Skúmali sme účinky umlčaný alebo nadmerne vystavený šnek s použitím Lenti-vírusové konštrukty v rakovinových bunkách žalúdka. Imunohistochemické analýza mikroskopických sústav tkanív od 314 pacientov s adenokarcinómom žalúdka (GC) bola použitá pre stanovenie slimačím klinicko a prognostický význam. Diferenciálnej génovej expresie u 45 vzoriek s GC Slimák nadexpresiou bol skúmaný pomocou analýzy cDNA mikročip.
Výsledky
Umlčanie Slimák o zhrnie znížila invázii a migráciu v bunkových líniách GC. Naopak, nadmerná expresia Snail zvýšenej inváziu a migráciu buniek karcinómu žalúdka, v súlade so zvýšenou VEGF a MMP11. Slimák nadmerná expresia (≥75% pozitívnych nukleárna farbenie) bol tiež významne spojená s progresiou nádoru (P Hotel &0,001), lymfatických uzlín (P
= 0,002), lymphovascular invázie (P
= 0,002), a perineurální invázie (P
= 0,002) u pacientov s GC 314, a s kratšou prežitie (P
= 0,023). Analýza cDNA microarray odhalila 213 rozdielne exprimovaných génov v GC tkanivách sa šnekom nadmernou expresiou, vrátane génov príbuzných metastázy a invázia.
Záver
Slimák významne ovplyvňuje invazívnosti /migračnej schopnosti GC, a môžu byť tiež použité ako prediktívne biomarker prognóza alebo agresivita GC.
Kľúčové
Žalúdok adenocarcinoma Slimák lymfatických uzlín Survival pozadí
epitelu-mezenchymálnych prechodu (EMT), čo je vývojový proces, v ktorom epitelové bunky zníženie medzibunkovej adhéziu a získať myofibroblastický funkcií, je rozhodujúce pre nádor progresie [1-3]. V priebehu EMT dochádza k významným zmenám, vrátane down-reguláciu epiteliálnych markerov, ako je E-cadherin, premiestnenie beta-kateninu (tj disociácia na membráne beta-kateninu a presuny do jadrového priestoru) a zosilnenie mezenchymálnych markerov, ako sú vimentin a N -cadherin [3-6]. EMT je vyvolaná represiou E-cadherin expresie regulátorov EMT, ako slimák, slimák, a Twist. Slimák Rodina zinkové prsty transkripčný represor priamo potláča E-cadherin in vitro stroje a in vivo
prostredníctvom interakcie medzi ich COOH-terminálny oblasti a 5 '- CACCTG-3 ' sekvencie v E-cadherin promótor [7-9]. Slimák je údajne dôležité v niekoľkých karcinómov, vrátane non-malých buniek pľúc, karcinómov vaječníkov, karcinómov, uroteliální karcinóm, a hepatocelulárneho karcinómu [10-13]. Štúdia tiež použité Imunohistochemické analýzy ukázať, klinický význam Snail nadmernú expresiu v adenokarcinóme žalúdka (GC) [14, 15]. Avšak, niekoľko správ o rolách slimák v GC zahŕňali klinicko, prognostické a funkčné in vitro
analýzy, ako aj výsledky génovej expresie. Preto sme hodnotili slimačie vplyv na invazívnosť /migračnej schopnosti v žalúdočných bunkových línií karcinómu, a tiež skúmaná možnosť Slimák používaný ako prediktívny marker pre vyhodnotenie zlú prognózu alebo nádorový agresivity u pacientov s GC. Tiež sme vyhodnotili génovej expresie vzor v 45 GC tkanivách sa šnekom nadmernej expresie, s použitím cDNA mikročipmi.
Metódy
zhrnieme lentivirem sprostredkované umlčanie a nadmernou expresiou Slimák v nádorových bunkách žalúdka
rakovina žalúdka u ľudí bunkových línií SNU216 a SNU484 boli získané z kórejskej bunkové línie banky (KCLB) a boli overené DNA profilovanie. Tieto bunky kultivované v RPMI1640 médiu s 10% fetálneho séra hovädzieho dobytka (FBS), 100 U /ml penicilínu a 100 ug /ml streptomycínu (Hyclone, Ogden, UT). Všetky bunky boli udržiavané pri 37 ° C v 5% CO 2. Lentivirovým na báze RNA knockdown a nadmerná expresia boli použité pre tlmenie hluku a nadmerná expresia Slimák. Lentiviruses vyjadrujúce buď necieľové alebo šnek
-targeted shRNAs boli použité pre tlmenie hluku; PLKO lentivirovým vektorom cielenie šnek
alebo prázdny vektor PLKO boli použité pre nadmernú expresiu Slimák v SNU216 a SNU484 bunky. Lentivirus zásoby boli vyrobené pomocou lentivirovým obalového zmesi Virapower ™ s použitím bunkovej línie 293FT podľa protokolu výrobcu (Invitrogen, Carlsbad, CA). SNU216 a SNU484 bunky pestované do 50% zhlukovania boli inkubované po dobu 24 hodín v pomere 1: 1 riedenie vírusu: médium s 5 ug /ml polybrenu. Po období rekonvalescencie 24 h v kompletnom médiu bez vírusu, polyklonálne stabilné bunkové línie boli vybrané a udržiavané v médiu obsahujúcom 5 ug /ml puromycinu. Tlmenie hluku alebo nadmerná expresia šnek bola určená pomocou RT-PCR a westernovým prenosom.
V reálnom čase RT-PCR analýza VEGF
, MMP11 stroje a Slimák
do buniek karcinómu žalúdka
celkovej bunkovej RNA bola extrahovaná metódou TRIzolu (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA). Pre RT-PCR analýzou, 2-ug alikvótne RNA sa podrobí syntéze cDNA s 200 U všetkých MMLV reverznej transkriptázy a 0,5 ug oligo (dT) priméru -15 (Promega, Madison, WI, USA). Kvantitatívny real-time PCR bola vykonaná s ™ System Rotor-Gene (Qiagen, Hilden, Nemecko) za použitia AccuPower 2 × GreenStar qPCR Master Mix (Bioneer, Daejeon, Kórea). cDNA v 1 ul reakčnej zmesi bola amplifikovaná s 0,5 U všetkých GoTaq DNA polymerázy (Promega) a 10 pmol každého z nasledujúcich sense a antisencie primery: GAPDH
5 '- TCCATGACAACTTTGGTATCG-3 ', 5 '- TGTAGCCAAATTCGTTGTCA-3 '; Slimák
5 '- CTTCCTCTCCATACCTG-3 , 5 ' - CATAGTTAGTCACACCTCGT-3 '; VEGF
5 '- TTGCTGCTCTACCTCCACCA-3 , 5 ' - GCACACAGGATGGCTTGAA-3 '; MMP11
5 '- CTTGGCTGCTGTTGTGTGCT-3 ', 5-AGGTATGGAGCGATGTGACG-3 '. Tepelný profil cyklovanie bolo: denaturácia 30 s pri 95 ° C, žíhanie po dobu 30 s pri 52 ° C (v závislosti od použitých primérov), a predĺženie po dobu 30 s pri 72 ° C. Pre semi-kvantitatívne hodnotenie úrovne expresie, 30 cyklov boli použité pre každú reakciu PCR. PCR produkty boli frakčnom podľa veľkosti na 1,0% etidiumbromidom /agarosových géloch a kvantifikované pod UV svetlom. Prah cyklu (CT) je definovaná ako čiastkové číslo cyklu, pri ktorom fluorescencie prechádza pevnú prahovú hodnotu nad základnú líniu. Relatívna génová expresia bola kvantifikovaná s použitím priemernej hodnoty CT pre každú trojnásobného vzorky mínus priemerné trojnásobnom CT hodnotu pre GAPDH
. Rozdiely medzi kontrolou (prázdny vektor) a experimentovať skupín (napadnutý lentivirus) boli vypočítané s použitím rovnice 2 - ([△ CT Lenti] - [△ CT kontrolou]) a vyjadrené ako násobné zmeny vo výraze podľa metóda porovnávacie prah cyklu (2- △△ CT) [16].
Western blotting
Bunky boli zozbierané a rozrušené v lyzačním pufri (1% Triton X-100, 1 mM EGTA, 1 mM EDTA, 10 mM Tris-HCl, pH 7,4, a inhibítory proteázy). Bunková drvina sa odstráni odstredením pri 10000 x g
dobu 10 minút pri teplote 4 ° C. Výsledné supernatanty boli rozdelené na 12% SDS-PAGE za redukčných podmienok denaturácia a prenesené na nitrocelulózové membrány. Membrány boli blokované 5% netučného sušeného mlieka pri izbovej teplote po dobu 30 minút a inkubované s primárnymi protilátkami. Membrány boli premyté a inkubované s chrenovou peroxidázou konjugovanou sekundárnou protilátkou. Signál bol vizualizovaný pomocou rozšírenej chemiluminiscencie (Amersham, Buckinghamshire, UK). Migrácia
buniek a invázie test Matrigel
buniek karcinómu žalúdka boli zozbierané s 0,05% trypsínu, ktorá obsahuje 0,02% EDTA (Sigma-Aldrich), a suspenduje sa v RPMI pri koncentrácii 3 x 10 3 buniek /jamka. Membránové filtre (veľkosť pórov: 8 um) na jedno použitie 96-jamkových chemotaxie komory (Neuro Probe, Gaithersburg, MD) boli dopredu potiahnuté po dobu 4 hodín s 5 mg /ml fibronektínu pri teplote miestnosti. Alikvótne (50 ul /jamka), bunkovej suspenzie boli vložené do hornej komory, a 1% FBS bol vložený do dolnej komory. Po 24-hodinovej inkubácii, non-migrujúci bunky boli odstránené z hornej komory s vatovým tampónom; bunky prítomné na spodnú plochu vložky boli zafarbené Hoechst33342 (Sigma-Aldrich). Invazívne bunky boli počítané pod fluorescenčným mikroskopom pri zväčšení 10 x.
Pre invázii testu Matrigel, 3 x 104 buniek /jamka sa zaočkují v hornej komore, ktorá bola potiahnutá Matrigelu (5 mg /ml v chladnom médiu, BD transdukcia Laboratories, Franklin Lakes, NJ, USA), a 1% FBS alebo kontrolné vehikulum bezsérové ​​médium obsahujúce bolo pridané do dolnej komory. Po 24 hodinách inkubácie, non-migrujúci bunky boli odstránené z hornej komory s bavlnenou látkou a buniek prítomných na spodnú plochu vložky boli zafarbené Hoechst33342 (Sigma-Aldrich). Invazívne bunky potom boli spočítané pod fluorescenčným mikroskopom pri zväčšení × 10.
Tkanivové, imunohistochémia a interpretácia výsledkov
poloautomatické tkaniva arrayer (Beecher Instruments, WI, USA) bola použitá ku konštrukcii tkanivových mikročipov , Získali sme 3 tkaniva jadra, každá 0,6 mm v priemere, z nádorových blokov odobratých pacientom GC. Jadrá neboli zozbierané z viac invazívne čelným alebo centrálnych oblastiach nádorov. Sklíčka sa pečie pri teplote 60 ° C počas 30 minút, zbavené voskov s xylénom, a potom rehydratovať. Rezy boli následne ponorené v citrátovom pufri získanie antigénu, v mikrovlnnej rúre na získanie antigénu, pridá sa 3% peroxidu vodíka v metanole uhasiť endogénne peroxidázy, a potom inkubované s 1% hovädzieho sérového albumínu na blokovanie nešpecifickej väzby. Potom boli rezy inkubované s králičím anti-Slimák (abca, UK) cez noc pri 4 ° C. Normálneho králičieho séra bola použitá ako negatívna kontrola. Po umytí sa tkanivové rezy boli ošetrené sekundárne protilátky, kontrastne hematoxylínom, dehydrované a montáž. Najmenej 500 nádorové bunky boli spočítané. Percento buniek sa šnekom + jadier bola vyjadrená vzhľadom k celkovému počtu nádorových buniek spočítaných. Jadrová expresia Snail sa klasifikovali podľa klasifikácie rozsah pozitívneho jadrovej farbenie as ≤ 50%, 50-75% alebo ≥ 75%.
Klinicko a prežitie analýzu rakoviny žalúdka u pacientov
Študovali sme kohortu 314 GC pacienti, ktorí každý prešli gastrostomy s lymfadenektómia u Pusan ​​National University Hospital (PNUH) v rokoch 2005 až 2007. Súbor tvorilo 218 mužov a 96 žien s priemerným vekom 58,3 rokov (rozmedzie 25-83 rokov). Štandardné formalínu fixované a parafínu zaliate rezy boli získané z Department of Pathology, PNUH a Národnej biobanky Kórey, PNUH. Štúdia bola schválená Institutional Review Board. Žiadny z pacientov bola predoperačnej rádioterapii a /alebo chemoterapiu. Adjuvantná chemoterapia založené na 5-FU bol podávaný pacientom s fázou II, III a IV po kuratívnu resekcii. Hodnotili sme niekoľko klinicko-faktorov v súlade s Korean Štandardizovaný Patológia správe za rok rakoviny žalúdka, japonský klasifikácie karcinómu žalúdka (3 rd anglické vydanie), a Spoločný výbor amerického rakoviny Staging Manual (7 ročník), vrátane nádoru miesto, hrubý vzhľad a veľkosť, hĺbku invázie, histologické klasifikácii (tj črevné alebo difúzne) a lymphovascular inváziu [17-19]. Klinický výsledok u každého pacienta bola sledovaná odo dňa chirurgia odo dňa úmrtia alebo 1. marca 2012. Nadväzujúci obdobie v rozmedzí od približne 1 do 81,5 mesiacov (v priemere 51,4 mesiacov). Prípady stratil nasledovať-up alebo smrť z akejkoľvek príčiny okrem rakoviny žalúdka ich vylúčení zo analýzy miera prežitia. Klinicko-patologické rysy boli analyzované pomocou Studentovho t-test
je χ 2 test alebo Fisherov presný test otestovať rozdiely v expresiu Slimák. Kumulatívne grafy prežitia boli získané za použitia metódy Kaplan-Meierovej a významnosť bola v porovnaní s použitím log-rank testu. boli identifikované prognostické faktory metódou Cox regresnej postupnú (proporcionálny model riziká), upravenou vzhľadom na vek pacienta, pohlavie, tumor lokality, typu morfologická (črevnej proti difúzna). Štatistická významnosť bola nastavená na P Hotel < 0.05. Štatistické výpočty boli vykonané pomocou SPSS verzia 10.0 pre Windows (SPSS Inc., Chicago, IL, USA).
Analýza cDNA microarray GC tkanív na základe Slimák nadmernou expresiou
celkom 45 čerstvých GC tkanivá boli získané od National biobanka Kórea, PNUH a CNUH; schválenie bolo získané z ich ústavnými dosiek. Celková RNA bola extrahovaná z čerstvých mrazených tkanív, za použitia kitu Mirvana RNA (Ambion Inc., Austin, TX). Päťsto ng celkovej RNA bolo použité pre syntézu cDNA, nasleduje amplifikácia /označenie kroku (in vitro
transkripcie) za použitia súpravy Illumina TotalPrep RNA Amplification (Ambion) syntetizovať biotín značené Crna. Koncentrácia Crna boli merané metódou RiboGreen (Quant-iT RiboGreen RNA Testovacia súprava Invitrogen-Molecular Probes, ON, Kanada) za použitia spektrofotometra Victor3 (PerkinElmer, CT), a kvalita Crna bola stanovená na 1% agarózovom géle. Označené, zosilnené materiálom (1500 ng na poli) bol hybridizován Illumina HumanHT-12 BeadChips v4.0, v súlade s pokynmi výrobcu (Illumina, San Diego, CA). Array signály boli vyvinuté streptavidin-Cy3. Čipy boli naskenované so systémom Illumina iScan. Údaje microarray boli normalizované pomocou kvantil metódy normalizácie v softvéri Illumina BeadStudio. Hladina expresie každého génu bol transformovaný do protokolu 2 základňu pred ďalšiu analýzu. Excel bol primárne používaný pre štatistické analýzy. Génovej expresie Rozdiely boli považované za štatisticky významné v prípade, P Hotel < 0,05; Všetky testy boli 2-sledoval. Klastrové analýzy boli vykonané pomocou Cluster a TreeView [20]. Gen ontológia (GO), program (http: ... //David ABCC ncifcrf gov /) bol použitý pre kategorizáciu génov do podskupín na základe biologické funkcie. Fisherov presný test bol použitý na určenie, či podielu génov v každej kategórii sa líšil podľa skupín. GC tkanivá boli ďalej rozdelené na tie, s vyššími (≥75%) a nižšie (menej ako 75%) úrovne Snail prejavu; bol identifikovaný rozdiel génovej expresie medzi skupinami. K dispozícii sú primárne dáta microarray v NCBI je GEO (Gene Expression Omnibus) databáz (http: .....? //Www NCBI NLM NIH gov /GEO /dotaz /ACC cgi acc = GSE38024).
výsledky
Regulácia migrácie a invázie nádorových buniek žalúdka slimačie
RNA lentivirový na báze porazený a nadmerná expresia prístupy boli použité na určenie role slimačím pri invázii a migrácii žalúdočných nádorových bunkových línií. SNU216 a SNU484 bunky použité v tejto štúdii sú stanovené žalúdočné adenokarcinóm bunkových línií z kórejských pacientov. Tieto bunky boli infikované s lentivirus expresiou buď necieľové alebo slimák
-targeted shRNAs pre tlmenie hluku. PLKO lentivirovým vektorom, že cielená Slimák stroje a prázdnym vektorom PLKO boli použité na vyvolanie Snail nadmernú expresiu v SNU216 a SNU484 buniek. Polyklonálne stabilné bunkové línie boli vyberané na puromycin. Slimák
expresia bola určená pomocou RT-PCR a westernovým prenosom; Stabilné Snail
knockdown (sh-šnek) a nadmerná expresia bunkové línie šnek (OE-šnek) boli získané (obrázok 1). Obrázok 1 Úloha slimák invázie a migrácie žalúdočných nádorových bunkových línií. A. SNU216 (horný panel) a SNU484 (dolný panel) boli bunky infikované lentivirů expresiou buď necieľové zhrnieme (shNT
) alebo Snail
zhrnie v deň 0, a potom zozbierané v deň 7 po infekcii. Slimák
knockdown bola určená pomocou RT-PCR a westernovým prenosom; Stabilné bunkové línie boli vytvorené pre každú z bunkových línií (sh-Slimák). Umlčanie Snail
v SNU216 a SNU484 buniek indukovanej znížila migrácie a invázie. B. SNU216 (horný panel) a SNU484 (dolný panel) boli bunky infikované lentivirů expresiou buď lentivirovým PLKO vektor cielenie šnek
alebo prázdny vektor PLKO (EV) v deň 0, a potom zozbierané v deň 7 po infekcii , Zvýšená expresia šnek bola určená pomocou RT-PCR a westernovým prenosom; Stabilné bunkové línie boli vytvorené pre každú z bunkových línií (O /E-šnek). Snail nadmerná expresia v SNU216 a SNU484 buniek vyvolanú zvýšenú migráciu a inváziu. C. Snail nadmerná expresia vyvolaná zvýšenú expresiu mRNA VEGF stroje a MMP11
v SNU216 a SNU484 bunky v real-time RT-PCR analýzu. Spodný panel ukazuje, reprezentatívne údaje RT-PCR pre VEGF
MMP11
Snail stroje a GAPDH
. Dáta ukazujú, že priemerná ± SE najmenej z 3 nezávislých experimentov. * Označuje P Hotel < 0,05 študentovým t-test
.
Pre určenie role Snail v karcinómu žalúdka invázie buniek, sme merali chemotaktickú inváziu buniek za použitia systému Transwell s filtrami vopred potiahnutých Matrigel. Pre meranie migrácie buniek karcinómu žalúdka, sme testovali migráciu buniek za použitia zariadenia komora Boyden. Umlčanie Snail
podľa zhrnie indukovanej znížil migráciu a inváziu SNU216 a SNU484 buniek, ako je znázornené na obrázku 1A. Na rozdiel od slimáka
tlmenie hluku výsledky, zvýšená expresia Snail indukovaný zvýšená migrácia a invázia do SNU216 a SNU484 buniek, ako je znázornené na obrázku 1B. Zvýšená expresia Snail bol tiež spájaný so zvýšenou VEGF a MMP11 (obrázok 1C).
Vplyv Snail nadmerné expresie na nádorových agresivitou a prežitie pacienta GC
Pozitívne jadrovej farbenie na Slimák na úrovniach ≤ 50%, 50 až 75%, a ≥75% bola pozorovaná u 13,4% (42/314), 52,2% (164/314), a 34,4% (108/314), v danom poradí, z 314 pacientov s GC v imunohistochemické analýze. Slimák expresie bolo uvedené v zažívacom a difúzneho typu GC (obrázok 2A, B). Slimák nadmerná expresia (≥75% pozitivity) významne koreluje s veľkosťou nádoru, hrubý druh, hĺbkou invázie, lymphovascular inváziu, perineurální inváziou, a lymfatických uzlín (Tabuľka 1). Slimák zvýšená expresia bola tiež spojená so zvýšeným veľkosti nádoru (p = 0,028
) a vyhĺbený hrubého typu (P Hotel <0,001); a zvýšenie nádor invázie, tj., vyšší stupeň T (P Hotel &0,001) a prítomnosť perineurální invázie (P Hotel &0,001) a tumor lymphovascular embóliu (P
= 0,002). Zvýšená lymfatických uzlín bolo takisto súvisí s nadmernou expresiou Slimák (P
= 0,002) .V súlade s vyššie uvedenými údajmi, ktoré preukazujú pozitívny vzťah medzi Snail nadmernou expresiou a GC agresivity, Slimák zvýšená expresia významne koreluje s celkovým prežívaním u pacientov GC (P
= 0,023) (obrázok 2C). Lineárny vzťah bol zaznamenaný medzi zvýšenou nukleárnej expresiou šnek a skrátené prežitia (≤50%: 76,6 ± 2,7 mesiacov, 50-75%: 68,5 ± 2,0 mesiaca; ≥75%: 63,3 ± 2,8 mesiaca). Slimák nadmerná expresia (≥75% pozitivita) bol identifikovaný ako nezávislý prediktor zlou prognózou u 314 pacientov s GC, očistený o veku, pohlaví, histologické klasifikácie a umiestnenia nádoru, za použitia regresný model proporcionálneho hazardu Coxovho (P = 0,033
, Tabuľka 2). Obrázok 2 Snail výraz v adenokarcinóme žalúdka (GC) tkanivových vzoriek a Kaplan-Meir pozemkoch celkového prežitia 314 pacientov s GC. Slimák bol väčšinou vyjadrená v jadrách GC buniek (črevnej typ (A) a difúzna typ (pečatný prsteň) bunky (B)) zahrnutých do poľa vzoriek tkanív. Niektoré reaktívne fibroblasty tiež ukázal Slimák jadrovej výraz (zväčšenie: x 400). C. Kaplan-Meierova analýza celkového prežitia pacientov GC na základe Snail expresiu. Lineárny vzťah medzi zvýšenou Snail jadrovej prejavu a kratšie prežitie bol pozorovaný u pacientov GC (P
= 0,023). Log-rank test bol použitý pre výpočet P
hodnoty.
Tabuľka 1 Vzťah medzi Snail prejavu a klinicko-charakteristík 314 pacientov s rakovinou žalúdka
počtu pacientov (N = 314)

Snail Positivity
pvalue
< 75%
≥75%
vek (roky)
58,5 ± 10,6
59,1 ± 11,9
0,695
sex
Muž
218
143
75
0,996
Žena
96
63
33
veľkosť nádoru
≤4.0 cm
192
135
57
0,028 Hotel > 4,0 cm
122
71
51
Umiestnenie
Horné /Stredná
167
112
55
0,561
Dolné
147
94
53
hĺbky invázie
Z1
160
127
33 Hotel < 0,001
T2
41
26
15
T3
68
33
35
T4
43
19
24
Gross typ
Zvýšené
77
51
26 Hotel < 0,001
Byt /depresii
131
105
26
vyťaženej
106
50
56
histologický typ
Črevné
182
123
59
0,609
Difúzna
122
76
46
Mixed
10
7 Sims 3
perineurální invázie
negatívne
202
150
52 Hotel < 0.001
pozitívny
111
55
56
Lymphovascular embóliu
Negatívne
193
139
54
0,002
Pozitívne
120
66
54
lymfatických uzlín
N0, N1
270
186
84
0,002
N2, N3
44
20
24
Tabuľka 2 analýza s mnohými premennými prežitia s Cox regresie modelu v 314 karcinómov žalúdku
premenné
B
sA
HR (95% CI)
P
Vek (≤59 proti > 59)
-0.438
0,264 0,645
(0.385-1.082)
0,097
pohlavie (muž proti samica)
-0.037
0,267 0,963
(0.571-1.626)
0,889
Site (horné a stredné oproti nižšie)
0,635 0,264
1,887 (1,126 -3,164)
0,016
Lauren (črevné vs difúzna)
-0.537
0,263 0,585
(0.349-0.978)
0,041
šnek (≥75% oproti < 75 %)
-0.528
0,248 0,590
(0.363-0.958)
0,033
Poznámka: B, koeficient; HR, pomer rizika; CI, interval spoľahlivosti.
Identifikácia génovej expresie vzory založené na Slimák nadmerné expresie pomocou cDNA microarrays
cDNA mikročipy boli použité pre porovnanie profilov génovej expresie po 45 GC vzoriek. Zistili sme, 213 génov, ktoré boli rozdielne exprimovaných na významnej úrovni (P Hotel &0,05) medzi GC vzoriek s vyššou (≥75%) a nižšej úrovne (menej ako 75%) Slimák expresie (tabuľka 3). Z týchto 213 génov, 82 bola up-regulované a 131 boli downregulated v GC vzoriek s vyššou úrovňou (≥75%) z Snail vyjadrenia. Použili sme hierarchickú analýzu clustering, aby posúdila 213 génov a 45 GC vzoriek; strážené analýza zhlukovaniu dal vzory pre vzorky s vyššou a nižšou úrovňou expresie Snail klastre do 2 odlišných skupín, s výnimkou jednej vzorky s vyššou úrovňou Slimák expresie (obrázok 3). Pre skúmanie biologických funkcií zapojených do diskriminujúce génoch sme vykonali analýzu GO kategórie. Jedenásť gény boli spojené s reguláciou rakovinová bunka-ECM adhéziu (P Hotel < 0,021) a ECM proteín regulácie (P Hotel < 0,028, tabuľka 4). Väčšina z nich sú zapojené do rakoviny. ONECUT1
, ADAMTS
, IFNAR2
, MSR1 stroje a SORL1
vplyv na migráciu alebo metastáz, čo je proces, ktorý zahŕňa prílohu nádorových buniek do bazálnej membránou, zhoršovanie miestneho spojivového tkaniva, a penetrácia a migrácie nádorových buniek cez stróma [21-25] .Table 3 gény rozdielne vyjadrené v GC vzoriek s vyššími úrovňami Slimák prejavu
PROBE_ID
SYMBOL
NAME

Gény up-regulované vo vzorkách s vyššími úrovňami (≥75%) zlúčeniny Slimák výrazu (P Hotel < 0,05)
ILMN_2374449
SPP1
secernovaný fosfoproteínov 1
ILMN_2337923
TPD52L1
Tumor proteín D52-like 1
ILMN_1679838
WBP5
WW domény viažuci proteín 5
ILMN_2078592
C6orf105
androgénne závislé na TFPI regolace proteín
ILMN_1714383
TPD52L1
Tumor proteín D52-like 1
ILMN_1674817
C1orf115
Chromozóm 1 otvorený čítací rámec 115
ILMN_1813561
SCIN
Scinderin
ILMN_1759818
SORL1
Sortilin súvisiace receptorov, L (trieda DLR) Zopakuje obsahujúce
ILMN_1745686
MFHAS1
Malígny fibrózne histiocytom zosilnený sekvencie 1
ILMN_2060115
SORL1
Sortilin súvisiace receptor, L (DLR trieda) Zopakuje obsahujúce
ILMN_2337263
PKIB
proteínkináza (cAMP -dependentní, katalytický) inhibítor beta
ILMN_2173835
FTHL3
feritínu ťažký polypeptidový 1 pseudogen 3
ILMN_1791057
IFNAR2
interferón (alfa, beta a omega) receptor 2
ILMN_1807114
LOC255620
Podobne ako u unc-93 homologického B1 (C. elegans), prepis variant 1 (LOC255620), mRNA
ILMN_1669393
GGT1
gamaglutamyltransferázy 1
ILMN_1685798
MAGEA6
Melanóm antigén rodina A, 6
ILMN_3269395
GGT2
gamaglutamyltransferázy 2
ILMN_1669833
SH2B2
SH2B adaptér proteín 2
ILMN_3238534
LOC100133817
Hypotetický proteín LOC100133817
ILMN_2099315
TRPM8
Transient receptor potenciálny kácia kanál, podčeľaď M, člen 8
ILMN_3298065
LOC729195
Podobne ako u vrcholových čoskoro endosomálním glykoproteínu
ILMN_1717726
FLJ43752
Long intergenový non-kódujúci proteín RNA 336
ILMN_1670452
ANKRD20A1
Ankyrin opakovanie domény 20 rodina, člen A1
ILMN_3201060
LOC100132655
hypotetickú proteínu LOC100132655
ILMN_3282829
LOC727913
Podobne ako u iduronát 2-sulfatáza (Hunter syndróm)
ILMN_2339691
SYVN1
Synoviálna apoptózy inhibítora 1 , synoviolin
ILMN_1785549
SLC30A2
solu nosič rodina 30 (transportér zinok), člen 2
ILMN_3191898
LOC100129630
Hypotetický LOC100129630
ILMN_1704204
LOC642204
Ankyrin repeat proteínová doména, obsahujúci 26-like
ILMN_1682280
LOC647753
hypotetický proteín LOC647753
ILMN_3201944
LOC646438
hypotetickú LOC646438
ILMN_2233314
SPANXA1
Spermie proteín spojený s jadrom, X-viazaná, člena rodiny A1
ILMN_3305980
NS3BP
NS3BP
ILMN_1747850
CRIM2
Kielin /chordin-like proteín
ILMN_1700590
LOC645590
podobne ako pri cAMP závislá na type proteín kináza I-beta regulačné podjednotku
ILMN_1766316
FLJ32679

Golgin-like hypotetický proteín LOC440321
ILMN_1890741
Hs
0,552561
slinivky ostrovček cDNA klon hbt09690 3, mRNA sekvencie
ILMN_3308255
MIR33A

microRNA 33a
ILMN_1815716
LMLN
Leishmanolysin-like (metalopeptidáza M8 rodina)
ILMN_1654945
DNMT3A
DNA (cytozín-5 -) - metyltransferáza 3 alpha
ILMN_2256050
SERPINA1
serpinu inhibítor peptidázy, subtyp A (alfa-1 antiproteinase, antitrypsín), člen 1
ILMN_1759487
EGFLAM
EGF-podobnej, fibronektín typ III a laminínu G domény
ILMN_1760410
LOC653086
podobne ako u RAN proteín viažuci 2-like 1 izoformy 2
ILMN_1668969
MIXL1
Mix spárovaný-like homeoboxový
ILMN_3279757
LOC100132532
Hypotetický proteín LOC100132532
ILMN_1715372
CAMKK1
Calcium /kalmodulin-dependentný proteín kináza kináza 1, alfa
ILMN_1731370

• Airway cellularity, lipidov naložený makrofágy a mikrobiológie žalúdočnej šťavy a dýchacích ciest u detí s refluxnou ezofagitídou
• Prognostický význam pomeru neutrofilov lymfocytov a krvných doštičiek pomeru lymfocytov u pacientov s pokročilou rakovinou žalúdka liečení chemoterapiou FOLFOX