Somatické posúvať mutácie v géne syndróm BLM Bloom sú časté v ojedinelých žalúdočných karcinómov s mikrosatelitních Mutator fenotypu

Somatické posúvať mutácie v kvete syndróm BLM
génu sú časté v ojedinelých žalúdočných karcinómov s mikrosatelitních Mutator fenotypu
abstraktné
pozadia
genómovej nestability sa zaznamenalo u mikrosatelitov dráh v niekoľkých kódujúcich sekvencií. Ukázali sme, že kvet syndróm BLM
gén môže byť terčom microsatelliteinstability (MSI) v krátkom poly-adenín opakovanie sa nachádza vo svojej kódujúce oblasti. Pre ďalšie charakterizáciu zapojenie BLM
vzniku nádorov, sme skúmali mutácie v génoch, ktoré obsahujú deväť kódovacie mikrosatelitov v mikrosatelity Mutator fenotypu (MMP), pozitívne a negatívne žalúdočné karcinómy (GC).
Metódy
Analyzovali sme 50 žalúdka karcinómy (GCS) pre mutáciami v aswell v BLM
poly (a) traktu v kódovacích mikrosatelitov v TGFβ1-RII, IGFIIR, hMSH3, hMSH6, BAX, WRN, RECQL stroje a CBL
génov.
Výsledky
BLM
mutácií boli zistené u 27% MMP + GC (4/15 prípadov), ale nie v žiadnych negatívnych GC MMP (0/35 prípadov). Frekvencia mutácií v druhom osem kódujúcich oblastí mikrosatelitov bola nasledujúca: TGFβ1-RII
(60%), Bax
(27%), hMSH6
(20%), hMSH3
(13 %), CBL
(13%), IGFIIR
(7%), RECQL
(0%) a WRN
(0%). Mutácie v BLM
zdajú byť častejšie spájaný s posunom čítacieho rámca v BAX stroje a hMSH6 stroje a /alebo hMSH3.
Nádory s BLM
zmenami predstavujú vyššie frekvencie nestabilné mono a trinukleotidu opakuje sa nachádzajú v kódujúcich oblastí v porovnaní s Mutator fenotyp nádormi bez BLM
čítacieho rámca.
závery
BLM
čítacieho rámca sú časté zmeny v GC špecificky spojené s MMP + nádorov. Odporúčame, BLM
strata funkcie MSI môže zvýšiť genetickú nestabilitu pre-existujúce nestabilné genotypu nádorov žalúdka.
Pozadie
Rakovina je progresívne genetické ochorenie charakterizované progresívnym kumuláciou mutácií v oboch kódovaní a nekódujúca sekvencia [1]. Jednoduchá opakovaná alebo mikrosatelity sú vysoko nestabilné v niektorých ľudských nádorov, identifikujúce triedu nádorov s mikrosatelitních Mutator fenotypu (MMP +) (pre prehľad pozri [2]). MMP + vo postavenie upravujú nestability vo viac ako 30% analyzovanom mikrosatelity, vrátane najmenej jedného mononukleotidy (napríklad BAT26 alebo BAT25) [3]. Mikrosatelitních nestabilita (MSI) bol opísaný ako častý genetickým zmenám v rôznych ľudských solídnych nádorov vrátane sporadických a familiárnej žalúdočných karcinómov (GCS). Takmer u všetkých pacientov s dedičnou nonpolyposis kolorektálneho karcinómu (HNPCC), molekulárnej štúdie ukázali, že MSI je spôsobená zárodočnej mutácie v génoch kódujúcich proteíny vyžadované pre mismatch DNA opravy (MMR) [4]. Gény, ako hMSH2, hMLH1, PMS1, PMS2 stroje a hMSH6 /GTBP
[5-8], boli definované ako "správcov", pretože, keď narušil, že uprednostňujú získavanie mutácií pri vysokej frekvencii v niekoľkých génov, vrátane onkogény a tumor supresorové gény [9]. Avšak, vo významnej frakcii sporadické MMP + nádorov, analýza mutácie nie je dovolené identifikácii génov zodpovedných za MSI [2, 10], čo naznačuje, že v takýchto prípadoch, MSI môžu byť spôsobené epigenetických mechanizmov. V skutočnosti, umlčanie génov pomocou promótor hypermetylace bol nedávno uvedené pre hMLH1
génu [11-13].
Význam MSI vo vzniku nádorov bol podporený preukázanie, že genetická nestabilita charakterizujúce MMP + druhmi rakoviny zažívacieho ústrojenstva môže zamerať krátka opakujúce sa plochy v rámci kódujúce oblasti génov, ktoré sú dôležité pre bunkové prežitie a proliferácie. Vloženie /deleční mutácie boli nájdené v géne pre receptor transformačné rastový faktor-beta typu II (TGFβ1-RII
), receptor inzulínu podobný rastový faktor typu II (IGFIIR
), DNA gény mismatch-opravy hMSH3 stroje a hMSH6,
na proapoptotickým génu BAX stroje a transkripčný faktor E2F-4
[14-18]. Vo všetkých prípadoch okrem E2F-4,
nukleotidy vloženie /delécie za následok posunovými mutácie a skrátenie proteínu. Aj keď je biologický význam týchto zmien nie je plne preukázaná, bolo navrhnuté, že absencia TGFβ1-RII receptora z povrchu gastrointestinálnych epitelových buniek by mohla eliminovať negatívne kontrolu rastu TGF-p, čo vedie k nekontrolovanému rastu buniek [19]. IGFIIR hrá úlohu v potlačenie rastu väzbou a aktiváciou komplexu na TGFβ1 receptora a sprostredkovaním internalizáciu, s následnou degradáciou, rastového faktoru IGF-II [20, 21]. BAX
podporuje apoptózu a bolo oznámené, že Bax
inaktiváciu vedie k rýchlemu rastu nádoru [22]. Ľudské gény hMSH3 stroje a hMSH6
sú homológne k bakteriálnej Mutsu
génu, ktorého produkty viažu DNA nesúlad začať Strand-špecifickú opravu chyby replikácie DNA [23]. Somatické a zárodočnej mutácie v hMSH6
boli spojené s občasnými MMP + kolorektálneho karcinómu a HNPCC [6].
Zistili sme, že skôr v BLM
gén môže byť tiež terčom MSI [24]. Tieto čítacieho rámca, ktoré boli uznané v krátkom poly-adenín opakovať, sa určili pre generovanie skrátený a nefunkčné BLM proteín. Homozygotná alebo zložené heterozygotná mutácie u BLM
génu bolo preukázané, že spôsobí, že Bloom syndróm (BS; OMIM 210900), pre-malígne stav charakterizovaný chromozomálne nestabilitou a zvýšenou mutačné rýchlosťou. Pacienti BS sú náchylní k širokej palete neoplams diagnostikovaná v ranom veku. Za zmienku stojí, medzi 100 novotvarov zaznamenané v registri BS, 19 boli gastrointestinálne (pažeráka, žalúdka a hrubého čreva) a iba dva boli diagnostikované po dosiahnutí veku 40 rokov [25]. Tieto údaje naznačujú, že mutácie v géne BLM
môže podporiť tumorigenezi
Aby bolo možné lepšie definovať úlohu BLM
v zažívacom vzniku nádorov sme tienený panel MMP + a MMP žalúdočných karcinómov (GCS) pre: a.) čítacieho rámca v BLM
kódujúce oblasť mikrosatelitních a b) pre prípadné združenia s inými intragenic čítacieho rámca
. Výsledky
MSI stavovom Apartmán v tejto štúdii, naše panel 50 GC obsahuje 15 MMP + nádory s MSI na dve alebo viac lokusov (Tabuľka 2) a 35 GC MMP so zmenou na jednom mikrosatelitních (4 nádory) alebo bez MSI (31 nádorov). Všetky MMP + prípadoch išlo o BAT 26 pozitívnych a BAT 25 nestabilita bola nájdená u 13 z 15 prípadov (s výnimkou prípadov 67R a 27P). Tieto klinicko-patologické rysy MMP + nádorov sú uvedené v tabuľke 1. MMP + fenotyp bol blízko spojený s nízkou fázy sa pTNM a s menej prevládajúci metastáz do lymfatických uzlín (p = 0,02 a p = 0,001 na Fisherov presný test, v danom poradí, oproti
MMP-nádory). V rámci skupiny MMP +, bolo zistené, prebytok nádorov v počiatočnej fáze a bez lymfatických uzlín (10/15 prípadov vs. 10/32 prípadov MMP prípadoch, p = 0,02 a 11/15 prípadov vs. 7/32 prípady MMP prípady, p = 0,001, respektíve), dáta, ktoré podporujú navrhované lepšie prognostický GC MMP + [33, 34]. Za zmienku stojí, nebol zistený žiadny prebytok črevnej typu medzi MMP + nádorov (12/15 prípady vs.
20/32 z MMP prípadov) (pozri tabuľku 1), údaje v súlade s nedávnych štúdií ukazujú žiadny významný rozdiel vo frekvencii MSI v črevnom typu a difúzneho typu karcinómy [26, 35] .Table 1 histotype a stagingu parametre spojené s fenotypu MMP v našej GCsa
počet pacientov
P VALUE mld
Celkom (%)
MMP + (%)
MMP - (%)
histotype
črevných
32 (68,0)
12 (37,5)
20 (62,5)
difúznu + Mixed
15 (32,0) Sims 3 (20,0)
12 (80,0)
NSC
T (hĺbka steny infiltrácie)
T1 + T2
12 (25,5)
6 (50,0)
6 (50,0)
T3 + T4
35 (74,5 )
9 (25,7)
26 (74,3)
NS
N (stav lymfatických uzlín)
N0
18 (38,3)
11 (78,5)
7 (21.5)
N +
29 (61,7)
4 (12,1)
25 (87,9)
= 0,001
M (metastázy)
M0
40 (85,1 )
14 (35,0)
26 (65,0)
M +
7 (14,9)
1 (14,2)
6 (85,8)
NS
Staging
I + II
20 (42,5)
10 (58,8)
10 (41,2)
III + IV
27 (57,5)
5 (16,6)
22 ( 83,4)
= 0,02
Total
47
15
32 stroje a - boli dostupné u 47 z 50 prípadov b dát - Fisher na presnom teste c - NS = nie je štatisticky významný
Tabuľka 2 postavenie mikrosatelitov kódovacích v BLM, WRN, RECQL, CBL, hMSH6, hMSH3, IGFIIR, TGF-βRII stroje a Bax
gény v sérii žalúdočných karcinómov s mikrosatelitních Mutator fenotypu.
Case

Histotypea

Stagingb


BLM

WRN

REQL

CBL

hMSH6

hMSH3

IGFIIR

TGF-βRII

BAX

No.



MSIc

(A)9

(A)8

(A)9

(ATG)6

(C)8

(A)8

(G)8

(A)10

(G)8

31R
I
I(T2N0M0)
2/5
-
-
-
-
-
-
-
-
-
57R
I
IV(T3N1M1)
5/5
-
-
-
-
-
-
-
+
-
63R
I
I(T2N0M0)
5/5
-
-
-
-
+
-
-
+
+
67R
I
I(T2N0M0)
4/5
-
-
-
-
-
-
-
+
-
69R
D
II(T3N0M0)
4/5
+
-
-
+
+
+
-
+
+
79R
I
I(T2N0M0)
5/5
-
-
-
-
-
-
-
-
-
3P
I
II(T3N0M0)
4/7
+
-
-
-
-
-
-
-
+
11P
I
III(T3N1M0)
3/7
+
-
-
-
-
+
+
+
-
14P
M
II(T3N0M0)
6/7
+
-
-
+
+
-
-
+
+
17P
I
II(T3N0M0)
3/7
-
-
-
-
-
-
-
-
-
19P
D
III(T3N1M0)
3/7
-
-
-
-
-
-
-
-
-
27P
I
IV(T4N0M0)
2/5
-
-
-
-
-
-
-
+
-
30P
I
I(T2N0M0)
3/6
-
-
-
-
-
-
-
-
-
37P
I
I(T2N0M0)
3/7
-
-
-
-
-
-
-
+
-
38P
I
III(T3N2M0)
3/7
-
-
-
-
-
-
-
+
-
%
present Štúdia (počet prípadov)
27%
0%
0%
13%
20%
13%
7%
60%
27 %
mutácií
(4/15)
(0/15)
(0/15)
(2/15)
(3/15)
(2 /15)
(1/15)
(9/15)
(4/15)
uvedené v literatúre (v GC) d štáty - -
- -
22 až 52%
19-64%
19-24%
42 až 83%
15-64%
- I = črevnej typu; D = difúzny typu; M = zmiešaný typ b - podľa klasifikácie TNM (Sobín a Wittekind, 1997) c - počet nestálych /celkových testovaný mikrosatelitov D - údajoch získaných z odkazoch: [17,27,42,50,51,52]
BLM čítacieho rámca
PCR amplifikácie BLM
mikrosatelitov odhalili abnormálne pásom, neprítomné v normálnom uzavreté DNA, u 4 z 15 MMP + nádorov (27%) (obr. 1). Máme potvrdené sekvenovaním, že abnormálne pásy sú spôsobené deléciou jedného adenínu zvyšku v poly-adenín traktu (zníženie z deviatich na osem adenines), ako už bolo uvedené [24]. Početnosť mutácie v BLM
môže byť nízky odhad, pretože sme vylúčili prípady, keď abnormálne pásy v nádorových DNA boli najmä slabšie ako tie normálne, možno v dôsledku veľkého znečistenia nádoru nemalígna buniek alebo nízke časť malígnych buniek označených abnormality (obr. 1). Vzhľadom k tomu, žiadna BLM
mutácia bola pozorovaná u MMP-nádorov, frameshift mutácie v géne, BLM
sa preukázalo, že špecificky spojené s žalúdočnými MMP + nádorov (pravdepodobnosť P < 0,01 na Fisherov presný test), podobne ako v predchádzajúcom dobre doložené zmeny v TGFβ1-RII, IGFIIR, hMSH3, hMSH6 stroje a Bax
génov [14, 16, 17, 32]. Preto sú naše údaje rozšíriť repertoár pozmenených génov spojených s MMP + žalúdočných karcinómov. Obrázok 1 Reprezentatívne príklady mutácií detekovaných v mikrosatelitov v oblastiach génovej kódovania. Čísla prípade, že sú uvedené vyššie každý zodpovedajúci normálny (N) a tumor (T) párov DNA. Šípky ukazujú abnormálne pásma. Všimnite si, že sme sa nepovažuje za mutované vzorky, kde abnormálne pásy boli veľmi slabé (rovnako ako v BLM stroje a Bax
génov nádorového vzorky 30P). Vzhľadom k tendenciu Taq polymerázy pridať ďalšie nukleotid na konci syntetizovaných fragmentov DNA, PCR produkty sa objaví niekedy ako dvojité pásy. S výnimkou Bax
posúvať v nádorovom 69R, žiadna iná mutácie sa zdá byť homozygotnou. Avšak tým, že pozná pomer malígnych buniek vo vzorke nádoru, sme už skôr naznačil, že BLM
mutácie v nádorovom 69R je tiež homozygotný [24].
Čítacieho rámca v CDR mikrosatelitov a vzťahy s BLM čítacieho rámca
rovnaký panel MMP + nádorov sa tiež analyzuje na prítomnosť čítacieho rámca v mikrosatelity, nachádzajúcich sa v kódujúcich oblastiach ôsmich iných génov (pozri tabuľku 2). Zistili sme rozdiely v dĺžke sekvencie v TGFβ1-RII, IGFIIR, hMSH3, hMSH6 stroje a BAX
génov, to všetko bolo skôr oznámené, ktoré sa majú meniť MMP + GC. Údaje o TGFβ1-RII
stave po dobu ôsmich (P sériu uvedeného v tabuľke 2) z pätnástich nádorov bolo oznámené predtým [27]. Pozorované mutačné frekvencie boli porovnateľné s tými, ktoré už bolo skôr oznámené vo všetkých týchto génov, s výnimkou IGFIIR,
, pre ktoré sme našli nízke percento čítacieho rámca (tabuľka 2). Je zaujímavé, že v porovnaní s BLM
mutáciami, iba TGFβ1-RII
čítacieho rámca boli častejšie (60% verzus 27%, v uvedenom poradí) a Bax
čítacieho rámca boli, rovnako ako časté (27%). Tieto údaje naznačujú, že čítacieho rámca v BLM
sú časté zmeny v MMP + GC. Trend k spojeniu medzi mutácií v BLM stroje a mutácií v BAX stroje a hMSH3 stroje a /alebo hMSH6
bola pozorovaná (tabuľka 2) (P = 0,05 v Fisherov presný test).
tiež sme analyzovali RecQL, WRN stroje a CBL
gény, ktoré obsahujú krátke repetície vo svojich kódujúcich regiónoch. Prvé dva gény sú členmi rovnakej rodiny génov helikázy ako BLM
[36, 37]. Kým RecQL
nie je spojená so žiadnym ochorením človeka, mutácie v géne, WRN
sú príčinou syndrómu Werner (WS; OMIM 277700), vzácna autozomálne recesívne ochorenie klinicky vyznačuje predčasnému starnutiu a zvýšené riziko pre celý rad novotvarov, a geneticky charakterizovaný genómovej nestabilite. CBL
je receptor tyrozínkinázy [38], ktorého deregulácia bola spojená s onkogenézy [39]. Zistili sme, mutácia iba v CBL
génu (obr. 1). Bolo zistené, dve vzorky (69R a 14P) pre prepravu vloženie 3 bp v trinukleotidu (ATG) 6 opakovaní CBL
génu (dáta nie sú uvedené). Ako sme už skôr hlásené [24], pretože žiadny frameshift sa vyrába, nie je funkčná dôsledok možno vyvodiť. Obe mutácie boli nájdené v rakoviny zobrazovania tiež BLM
čítacieho rámca (tabuľka 2). Je pozoruhodné, že táto podskupina nádorov vykazujú štatisticky významný prebytok MSI v kódujúcich oblastiach v porovnaní s MMP + podskupine bez BLM
zmien. (P 0,001, v × 2 test) (tabuľka 2)
Diskusia
Niektoré štúdie dokumentujú, že alternatívne dráhy môžu existovať v gastrointestinálnom MMP + a MMP-rakoviny charakterizované rôznymi sadami zmenených génov [40]. Bola navrhnutá postupný model Mutator mutácií (ďalej len "Mutator ktorá mutuje na druhú Mutator"), ktorá definuje Mutator versus supresorových dráh v gastrointestinálne nádory [41]. Na základe analýzy načasovanie udalostí mutácií v geneticky nestabilné GC, bolo navrhnuté, že prvý cieľ nedostatku génovej reparácie sú mononukleotidy trakt TGFβ1-RII stroje a BAX.
Posúvať mutácie hMSH3
a hMSH6
sa zdajú byť sekundárne nesúlad opravy lézie, ktoré vytvárajú mutácie v IGFIIR
[42]. Zistenie, že posúvať mutácie v TGFβ1-RII
sú najčastejšie a IGFIIR
sú menej časté v žalúdočných MMP + nádorov podporuje model, v ktorom skoré udalosti by mali byť prítomné vo väčšine nádorov a neskorých mutácií iba v malom zlomku [43]. Toto zistenie je tiež potvrdené v našej štúdii (tabuľka 2). BLM
frameshift mutácie sú spojené častejšie sa prvý a druhý krok zmeny navrhované v tomto modeli, čo naznačuje, že sú sekundárne nesúladu vady opravy (v hMSH3 stroje a /alebo hMSH6
) prítomný v bunkách, ktoré nemajú podstupujú apoptózu (možno v dôsledku Bax
deaktivácie). Za zmienku stojí, v prípade, 3P, okrem BLM,
iba čítacieho rámca boli nájdené v BAX (pozri
obrázok 1) a p53
(dáta nie sú uvedené), čo naznačuje, že gény, v niektorých prípadoch, BLM
zmena môže nastať bez hMSH3 stroje a /alebo hMSH6
mutácií v bunkách s abnormálnym p53 sprostredkovanej dráhy apoptotické odpovede na nesúlad DNA.
zapojenie BLM
vo vzniku nádorov u pacientov s BS sa zdá vylúčené, pretože tento gén sa zdá, pôsobí ako správca. BLM
mutácie je známe, že príčinou zvýšenej genomické nestability charakterizované zvýšeným počtom chromozomálnych zlomov, medzery a prešmyky a nadmerný počet mutácií v oboch kódovacích a nekódovacích regiónoch, pravdepodobne vznikal nerovné výmeny sestra-chromatidového, Charakteristickým znakom syndrómu Bloom [44, 45]. V súlade s BS vykazuje kombinácia genómovej nestabilite a zvýšené riziko rakoviny, združenia nájsť aj v iných chorôb spôsobených defekty v úradníckych génov (ako je HNPCC, WS, ataxia-telangiektázie a xeroderma pigmentosum). Podobne ako mutácie nájdené v BS, že posunom čítacieho rámca, opísané v GC zrušiť funkciu helikáza na BLM proteín [24]. BLM proteín má DNA osvedčený odvíjanie aktivitu [46] a môžu byť zapojené do procesov, ktoré sú narušené v malígnych bunkách, ako sú napríklad DNA replikácie, rekombinácie, chromozómu segregácia, opravy DNA a transkripcie. Naozaj, štiepenie kvasinkový gén BLM
homolog (radl2
+ /rqhl
+) bolo preukázané, že regulujú S-fázy kontrolný bod a bolo navrhnuté, aby pár chromozomálne integrity s progresiou bunkového cyklu [47, 48]. Avšak zistenie BLM
mutácií v MMP + nádorov vytvára paradox: BLM
mutácie sú predpovedané pre generovanie chromozómov nestabilite, zatiaľ čo väčšina MMP + nádory sú diploidná. Avšak niektoré MMP + nádory sú aneuploidní a BLM
strata-of-funkcie mutácie môžu mať pleiotropické následky, prípadne ovplyvňuje tiež mikrosatelitních nestability cestu, ako navrhol popisom zvýšeným-génových mutácií vnútri in Bloom syndróm [44, 45 ]. V suppoprt našej návrh je zistenie, že sme zistili, že BLM
je mutované v bunkovej línii lovo, bunkové línie rakoviny hrubého čreva sa ako mikrosatelitních a chromozomálne inatability [43]. Oveľa viac, to bolo nedávno oznámil, že SGS1
gén, na Saccharomyces cerevisiae
homolog BLM stroje a WRN,
potláča genómu nestabilitu a homeologous rekombináciu a je nadbytočný s opravou nesúlad DNA (MMR) pre potlačenie hrubá chromozómových prestavieb a pre potlačenie rekombináciu medzi odlišnými sekvenciami DNA [49].
Závery
Naše výsledky naznačujú, že BLM
čítacieho rámca sú časté zmeny v GC a sú špecificky spojené s MMP + nádormi s aspoň 2 nestabilných mikrosatelitov. Mutácie v BLM
sa zdajú byť často spájaný s posunom čítacieho rámca v BAX
av hMSH6 stroje a /alebo hMSH3 stroje a nádorov s BLM
zmenami predstaví rad nestabilných mono- a Trinukleotidové opakovanie sa nachádza v kódujúcich oblastí významne vyššia ako u MMP + nádorov bez BLM
čítacieho rámca. Navrhujeme, aby BLM
strate funkcie od MSI v nádorov žalúdka je prechodný mutačnou udalosť, ktorá môže zvýšiť nestabilitu pre-existujúce nestabilné genotypu.
Metódy
Nádorové vzorky
Päťdesiat primárnych nádorov žalúdka a ich normálneho tkaniva (spárované krvi alebo normálne žalúdočnej sliznice), boli vybrané na základe dostupných DNA z panela 80 nádorov žalúdka (27, Calin G a M Negrini nepublikovaná dáta). Ak je to možné, oblasti nádorového tkaniva s minimálnymi zápalových buniek alebo minimálnej strómy, alebo oboch, boli vybrané pre získanie neoplastickou zaťaženie buniek vyššia ako 50%. Všetky prípady boli identifikované ako histopatologicky adenokarcinómov. Histotype (podľa klasifikácie Lauren) [28] a staging (podľa klasifikácie TNM) [29] bol známy pre 47 z 50 prípadov (94%) (tabuľka 1). Tridsať dva prípady boli črevné histotype a 15 prípadov difúzny alebo zmiešaného typu. Dvadsať nádory boli predstavené I alebo II, pričom 27 boli v štádiu III alebo IV. Čo sa týka statusu lymfatických uzlín, osemnásť prípadov neboli žiadne a 29 boli N-pozitívne. Žiadny z pacientov sa vyvinula rakovina v ranom veku, a žiadny mal v rodinnej anamnéze sugestívne genetické predispozície k rakovine. Vysokou molekulovou hmotnosťou DNA bola izolovaná za použitia zavedených postupov [30]
Posúdenie MSI
MSI bolo zistené, s dvoma sadami anonymných markerov na miestach :. (I) D11S1778, D11S1328, D11S922 a D11S1318
[24] alebo (ii) D2S177, D3S1076, D5S433, D11S904, D17S796 stroje a D18S59
[27]. Primery pre tieto dinukleotid mikrosatelitních markery boli získané z informácií dostupných prostredníctvom databázy genómu. PCR amplifikácia bola vykonávaná tak, ako bolo opísané skôr [24, 27]. U všetkých vzoriek BAT25 stroje a BAT26
mikrosatelity boli analyzované pomocou PCR amplifikácie, ako je popísané [31]. MSI bola stanovená v prípade, že posun mobility produktov PCR z DNA nádoru v porovnaní s normálnou bola identifikovaná náprotivok. Len nádory s aspoň 2 MSI (viac ako 30% z testovaných mikrosatelitov). Boli považované za MMP +
Amplifikácia mikrosatelitov v BLM aj v iných kódujúcich regiónov (CDR)
(A) 9 mikrosatelitov sa nachádza v polohe 1610- 1618 z BLM
cDNA sekvencie bola analyzovaná vo všetkých párových vzoriek. V stručnosti, mikrosatelitních bola amplifikovaná pomocou PCR za použitia 50 ng templátové DNA, 1 uM každého primeru, 1,5 mM MgC12, 50 uM každého z dATP, dGTP a dTTP a 5,0 uM dCTP, 0,1 jednotky Taq DNA polymerázy, a 1 UCI [α33P] dCTP v 10 ul reakčného objemu. PCR reakcie boli vykonané za jeden cyklus 94 ° C po dobu 5 minút, nasleduje 35 cyklov pri teplote 94 ° C počas 30 s, 60 ° C počas 30 s a 72 ° C počas 30 s. PCR produkty z nádoru a príslušných kontrolných DNA boli naložené na paralelne na 6% akrylamidu sekvenačnej géloch a vystaví pre vizualizáciu autorádiografiou na Kodak X-AR filmov. Detekcia mutácií v mikrosatelitov sa nachádzajú v CDR z ôsmich ďalších génov ((A) 10 v TGFβ1-RII,
(G), 8 v IGFIIR,
v (G), 8 v BAX,
(a) 8 v hMSH3,
(C) 8 v hMSH6,
v (a) 9 v RecQL,
v (a) 8 v WRN stroje a (ATG) 6 v CBL
) bola vykonaná ako bolo opísané skôr [14, 16, 17, 24, 32]. Pre overenie, každé PCR bol opakovaný aspoň dvakrát. Zmutovaný alela bola reprezentovaná posunu pásma 1 až 3 bp od normálneho pásma s intenzitou porovnateľnú alebo vyššia ako divokého typu pásu (obr. 1).
Sekvenovanie abnormálnych produktov

• Brušný migréna u detí: Súvislosť medzi žalúdočných parametre motility a klinické charakteristiky
• Anti-ulcerogénne aktivita koreňovej kôry extrakt z afrického Laburnum "Cassia sieberiana" a jeho vplyv na systém antioxidačné obrany v rats