| Stomach Health > želudac Zdravlje >  > Stomach Knowledges > Istraživanja

Somatski mutacije pomaka okvira u cvijetu sindrom BLM gena česti su u sporadičnim karcinomima želuca s mikrosatelitne mutatorski phenotype

somatskih mutacija pomaka okvira u cvijetu sindrom BLM pregled gena česti su u sporadičnim karcinomima želuca s mikrosatelitne mutatorski fenotip
apstraktne pregled pozadine
Genska nestabilnost je prijavljen na mikrosatelitni puteva u nekoliko kodne sekvence. Pokazali smo da procvate sindrom BLM pregled gen može biti meta microsatelliteinstability (MSI) u kratkom poli-adenin ponoviti nalazi u kodiranje regiji. Za daljnju karakterizaciju uključenost BLM Netlogu u nastanku tumora, mi smo istraživali mutacije u devet gena koji sadrže kodiranje microsatellites u mikrosatelitne mutatorski fenotip (MMP) pozitivni i negativni želučani karcinom (GCS).
Metode pregled analizirali smo 50 želuca karcinomi (GCS) za mutacije u BLM pregled, kao dobro poli (a) sustava kao u kodiranju microsatellites u TGFβ1-RII, IGFIIR, hMSH3, hMSH6, Bax, wrn, RECQL Netlogu i CBL pregled gena. | Rezultati
BLM pregled mutacije pronađene su u 27% MMP + GCS (4/15 slučajeva), ali ni u jednoj od MMP negativnih GCS (0/35 slučajeva). Učestalost mutacija u drugom osam regije kodiranja mikrosatelitskih bio je sljedeći: TGFβ1-RII
(60%), Bax pregled (27%), hMSH6 pregled (20%), hMSH3 pregled (13 %), CBL pregled (13%), IGFIIR pregled (7%), RECQL pregled (0%) i wrn pregled (0%). Mutacije u BLM
čini se da su češće povezani s frameshifts u BAX pregled i hMSH6 Netlogu i /ili hMSH3. Pregled Tumori s BLM pregled promjena predstaviti veća učestalost nestabilnog mono- i trinukleotida ponavlja se nalazi u regije kodiranja u usporedbi s mutatorski fenotipskih tumora bez BLM pregled frameshifts.
Zaključci
BLM pregled frameshifts su česte promjene u GCS posebno povezani s MMP + tumorima. Predlažemo da BLM pregled, gubitak funkcije koje MSI može povećati genetsku nestabilnost prethodno postojećem nestabilnom genotipa u želučanih tumora. Pregled Pozadina pregled Rak je progresivna genetska bolest karakterizirana progresivnim nakupljanje mutacija u oba kodiranje i nekodirajući sljedovi [1]. Jednostavna sekvenca ponavlja ili mikrosateliti su vrlo nestabilni u humanim neoplazme, identificiranje klasu tumora s mikrosatelitne mutatorski fenotip (MMP +) (za pregled vidi, [2]). MMP + ve status je definiran nestabilnosti u više od 30% analizirani microsatellites, uključujući najmanje jednu Mononukleotid (kao što BAT26 ili BAT25) [3]. Mikrosatelitne nestabilnosti (MSI) je opisan kao česte genetske promjene u različitim ljudskim solidnih tumora, uključujući sporadične i obiteljskih želučanog karcinoma (GCS). U gotovo svih pacijenata s nasljednom raka debelog nonpolyposis (HNPCC), molekularna istraživanja su pokazala da MSI uzrokovan germline mutacijom gena koji kodiraju proteine ​​koji su potrebni za DNA za vršenje mismatch popravaka (MMR), [4]. Geni kao što hMSH2, hMLH1, PMS1, PMS2 pregled i hMSH6 /GTBP pregled [5-8], definirana su kao "čuvari", jer, kada se poremeti, oni pogoduju stjecanje mutacija na visoke frekvencije u nekoliko gena, uključujući onkogeni i tumor supresorski geni [9]. Međutim, u značajnom udjelu sporadičnih MMP + tumori, analiza mutacija nije dozvoljeno identifikaciju gena odgovornih za MSI [2, 10], što ukazuje da se u takvim slučajevima, MSI može biti uzrokovan epigenetičkim mehanizama. U stvari, utišavanje gena od strane promotora Hipermetilacija nedavno je prikazan za hMLH1 pregled gena [11-13].
Značaj MSI u nastanku tumora podržao je demonstracije da je genetska nestabilnost koja opisuje MMP + gastrointestinalnih karcinoma može ciljati kratko ponavljaju predjeli unutar kodirajuće regije gena važnih za opstanak stanica i proliferacije. Umetanje /brisanje mutacije pronađene su u genima za II receptor faktora-beta transformacije rasta tipa (TGFβ1-RI
), receptor inzulinu sličan faktor rasta tipa II (IGFIIR
), DNA mismatch-popravak gena hMSH3 pregled i hMSH6, pregled proapoptotski gen Bax Netlogu i transkripcijski faktor E2F-4
[14-18]. U svim slučajevima, s izuzetkom E2F-4,
nukleotidi umetanje /brisanje rezultiralo mutacije pomaka okvira i proteina kraćenja. Iako nije potpuno uspostavljen biološki značaj ove promjene, predloženo je da odsutnost TGFβ1-RI receptora s površine gastrointestinalnih epitelnih stanica može eliminirati negativna kontrola rasta TGF-P, što dovodi do nekontrolirani rast stanice [19]. IGFIIR ima ulogu u suzbijanju rasta vezanjem i aktiviranja kompleksa TGFβ1 receptora i posredovanje internalizaciju s posljedične degradacije, od faktora rasta IGF-II [20, 21]. BAX pregled potiče apoptozu, te je izvijestio da je Bax pregled inaktivacija dovodi do brzog rasta tumora [22]. Ljudska gena hMSH3
i hMSH6 pregled homologna bakterijske mutS
gena čiji proizvodi vežu DNA nepodudarnosti inicirati cjedilu specifične popravak replikacije DNA pogrešaka [23]. Somatski i linije klica mutacije u hMSH6 pregled su povezane s povremenim MMP + kolorektalnih karcinoma i HNPCC [6]. Pregled Mi smo našli da je ranije BLM pregled gena također može biti meta MSI [24]. U frameshifts, naći u kratkom poli-adenin ponovo, su predviđeni za generiranje skraćeni i nefunkcionalnu BLM proteina. Homozigoti ili složena heterozigotni mutacija u BLM pregled gena pokazalo se da uzrokuje Bloom sindrom (BS, OMIM 210.900), pre-maligno stanje karakterizirano kromosomske nestabilnosti i povećane mutacije stopa. Pacijenti BS su predisponirani za razne neoplams dijagnosticiran u ranoj dobi. Pažnje, među 100 neoplazme zabilježen u BS registra, 19 bili su gastrointestinalne (jednjaka, želuca i debelog crijeva), a samo dva su dijagnosticirana nakon dobi od 40 godina [25]. Ovi podaci pokazuju da mutacije u BLM pregled gena mogu promovirati tumorigenezi
Za bolje definirati ulogu BLM Netlogu u probavnom tumorigenezi smo prikazivali panel MMP + i MMP želučanog karcinoma (GCS) za: a.) frameshifts u BLM pregled kodiranja regija mikrosatelitni i b) za eventualne udruge s drugim intragenetskom frameshifts. pregled Rezultati
MSI statusa Netlogu za ove studije, naš panel 50 GCS sadrži 15 MMP + tumore s MSI-u dva ili više lokusa (tablica 2) i 35 GCS MMP sa izmjenom u jednom mikrosatelitni (4 tumori) ili bez MSI (31 tumori). Sve MMP + slučajevi su BAT 26 pozitivno, a BAT 25 nestabilnost pronađen je u 13 od 15 slučajeva (osim slučajeva 67R i 27P). U kliničko-patološke značajke MMP + tumora su opisani u Tablici 1. MMP + fenotipa je bio povezan s niskim pTNM fazi i sa manje rasprostranjen čvora metastaza (p = 0,02 i p = 0,001 u Fisher-ovim ekzaktnim testom, odnosno, nasuprot
MMP-tumori). U MMP + grupe, pronađen je višak tumora u ranoj fazi i bez limfnih čvorova metastaze (10/15 slučajeva vs 10/32 slučajeva MMP slučajevima, p = 0,02 i 11/15 slučajeva vs 7/32 slučajeva MMP slučajevima, p = 0,001), podaci koji podržavaju predloženi bolji prognostički od GCS MMP + [33, 34]. Treba spomenuti, nije pronađen višak crijevne tipa među MMP + tumora (12/15 slučajeva u odnosu na Netlogu 20/32 od MMP slučajeva) (Tablica 1), podaci u skladu s nedavnim istraživanjima koja pokazuju da nema značajne razlike u učestalosti MSI u crijevnom tipa i difuzne tipa karcinoma [26, 35] .table 1 Histotip i postavljanje parametara povezanih sa MMP fenotipa u našoj GCsa pregled varijabilnog
pregled broja pacijenata
P VALUE mlrd
Ukupno (%) pregled MMP + (%)
MMP - (%)
Histotip
Intestinal
32 (68.0)
12 (37,5)
20 (62,5) pregled difuznim + Mješoviti pregled 15 (32,0) pregled, 3 (20,0)
12 (80,0) pregled NSC pregled T (dubina zida infiltracije) pregled T1 + T2 pregled 12 (25,5) pregled 6 (50,0)
6 (50,0) pregled, T3 + T4 pregled 35 (74,5 )
9 (25,7)
26 (74,3) pregled NS pregled N (limfni status čvor) pregled N0 pregled 18 (38,3)
11 (78,5)
7 (21.5) pregled, N + pregled, 29 (61,7) pregled, 4 (12,1)
25 (87,9) pregled = 0,001
m (metastaze) pregled M0
40 (85,1 )
14 (35,0)
26 (65,0) pregled, M + pregled, 7 (14,9) pregled, 1 (14.2) pregled 6 (85,8) pregled NS pregled inscenacije
+ I II
20 (42,5)
10 (58,8)
10 (41,2)
III + IV pregled 27 (57,5) pregled 5 (16,6) pregled, 22 ( 83,4) pregled = 0,02 pregled Totala pregled 47 pregled, 15 pregled, 32 pregled, a - podaci su bili dostupni za 47 od ukupno 50 slučajeva B - na Fisher egzaktni test c - NS = nije statistički značajno pregled Tablica 2. Stanje kodiranje microsatellites unutar BLM, wrn, RECQL, CBL, hMSH6, hMSH3, IGFIIR, TGF-βRII pregled i Bax pregled geni u nizu želučanog karcinoma s mikrosatelitne mutatorski fenotipa.
Case

Histotypea

Stagingb


BLM

WRN

REQL

CBL

hMSH6

hMSH3

IGFIIR

TGF-βRII

BAX

No.

pregled
MSIc

(A)9

(A)8

(A)9

(ATG)6

(C)8

(A)8

(G)8

(A)10

(G)8

31R
I
I(T2N0M0)
2/5
-
-
-
-
-
-
-
-
-
57R
I
IV(T3N1M1)
5/5
-
-
-
-
-
-
-
+
-
63R
I
I(T2N0M0)
5/5
-
-
-
-
+
-
-
+
+
67R
I
I(T2N0M0)
4/5
-
-
-
-
-
-
-
+
-
69R
D
II(T3N0M0)
4/5
+
-
-
+
+
+
-
+
+
79R
I
I(T2N0M0)
5/5
-
-
-
-
-
-
-
-
-
3P
I
II(T3N0M0)
4/7
+
-
-
-
-
-
-
-
+
11P
I
III(T3N1M0)
3/7
+
-
-
-
-
+
+
+
-
14P
M
II(T3N0M0)
6/7
+
-
-
+
+
-
-
+
+
17P
I
II(T3N0M0)
3/7
-
-
-
-
-
-
-
-
-
19P
D
III(T3N1M0)
3/7
-
-
-
-
-
-
-
-
-
27P
I
IV(T4N0M0)
2/5
-
-
-
-
-
-
-
+
-
30P
I
I(T2N0M0)
3/6
-
-
-
-
-
-
-
-
-
37P
I
I(T2N0M0)
3/7
-
-
-
-
-
-
-
+
-
38P
I
III(T3N2M0)
3/7
-
-
-
-
-
-
-
+
-
%
present Istraživanje (broj slučajeva)
27%
0%
0%
13%
20%
13%
7% pregled, 60%
27 % pregled mutacije
(4/15) pregled (0/15) pregled (0/15) pregled (2/15) pregled (3/15) pregled (2 /15) pregled (1/15) pregled (9/15) pregled (4/15) pregled u literaturi (u GCS) d
-
- -
- 22-52%
19-64%
19-24%
42-83%
15-64%
a - I crijevnih type =; D = difuzni tip; M = mješoviti tip b - prema klasifikaciji TNM (Sobin i Wittekind, 1997) c - broj nestabilnih /ukupno testiranih microsatellites d - podatci iz literature: [17,27,42,50,51,52]
BLM frameshifts pregled umnažanje BLM pregled mikrosatelitni otkrila abnormalne pojasevima koji nedostaju u normalnim podudaraju DNA, u 4 od 15 MMP + tumora u (27%) (sl. 1). Imamo potvrđeno sekvenciranje da su nenormalni bendova uzrokovan brisanjem jednog adenin ostatka u poli-adenin trakta (smanjenje od devet do osam adenines), kao što je prethodno prikazano [24]. Učestalost mutacija u BLM Netlogu može biti niska procjena, jer smo isključeni slučajevi u kojima nenormalne bendovi u tumorske DNA su osobito slabiji od onih normalnih, vjerojatno kao posljedica velikog onečišćenja tumora nemalignih stanica ili niska dio malignih stanica koje pokazuju abnormalnosti (sl. 1). Budući da nema BLM pregled mutacija je viđen u MMP tumora, mutacije pomaka okvira u BLM pregled gena, čini se, posebno povezan s želučanim MMP + tumora (vjerojatnosti P '0,01 na Fisher točan test), slično kao i prethodni dobro dokumentirani promjene u TGFβ1-RII, IGFIIR, hMSH3, hMSH6 Netlogu i Bax pregled gena [14, 16, 17, 32]. Dakle, naši podaci proširiti repertoar izmijenjenih gena povezanih s MMP + želučanog karcinoma. Slika 1 reprezentativni primjeri mutacije otkrivene u microsatellites na gena za kodiranje regijama. Brojevi slučaja prikazani su iznad svake normalne podudaranje (N) i tumora (T) DNA parova. Strelice pokazuju abnormalne bendova. Imajte na umu da nismo smatra mutirane uzorke gdje abnormalne bendovi su bili vrlo slab (kao u BLM Netlogu i Bax pregled genima tumora uzorka 30p). Zbog sklonosti Taq polimeraze za dodavanje ekstra nukleotida na kraju sintetiziranih fragmenata DNA, PCR produkti se pojavljuju ponekad dvostrukim bendova. S izuzetkom Bax pregled ramskog u tumorskom 69R, nijedna druga mutacija Čini se homozigoti. Međutim, poznavajući odnos malignih stanica u uzorku tumora, mi smo već prije naveli da BLM pregled mutacija u tumorskim 69R je homozigota [24].
Frameshifts u drugim CDR microsatellites i odnose s BLM frameshifts pregled isto ploča MMP + tumora je također analizirana na prisutnost frameshifts u microsatellites nalaze u kodirajućih regija osam drugih gena (Tablica 2). Našli smo varijacije u duljini slijeda u TGFβ1-RII, IGFIIR, hMSH3, hMSH6 Netlogu i Bax pregled gena, a sve što je ranije izvijestili da se mijenjati u MMP + GCS. Podaci o TGFβ1-RI pregled statusa osam (P serije u tablici 2) petnaest tumora ranije su prijavili [27]. Uočene frekvencije mutacija su usporedivi s onima opisanima za sve te gene, s izuzetkom IGFIIR, pregled, za koje smo našli nizak postotak frameshifts (tablica 2). Zanimljivo, u usporedbi s BLM
mutacija, jedino TGFβ1-RII pregled frameshifts su češće (60% vs. 27%, respektivno) i Bax pregled frameshifts su i česte (27%). Ovi podaci ukazuju na to da frameshifts u BLM Netlogu su uobičajene promjene u MMP + GCS. Trend prema povezanosti između mutacija u BLM Netlogu i mutacija u BAX pregled i hMSH3 pregled i /ili hMSH6 pregled uočeno je (Tablica 2) (P = 0,05, na Fisher točan test).
također smo analizirali RecQL, wrn
i CBL pregled gena koji sadrže kratke ponavlja u svojim kodiranje regijama. Prva dva geni su članovi iste uzvojnice obitelji gena kao BLM pregled [36, 37]. Dok RecQL pregled nije povezan s bilo kojim ljudskim bolesti, mutacije u wrn
gena su uzrok Werner sindrom (WS, OMIM 277.700), rijetka autosomno recesivna bolest klinički karakterizira preranog starenja i povećava rizik za razne neoplazmi, i genetski karakterizira genomske nestabilnosti. CBL pregled je tirozin kinaze receptora [38], čija je deregulacija bila povezana s onkogcnczom [39]. Našli smo mutacije samo u CBL pregled gena (sl. 1). pronađena su dva uzorka (69R i 14P) za nošenje umetanje 3 bp u trinukleotida (ATG) 6 ponavljanja CBL pregled gena (podaci nisu prikazani). Kao što smo ranije naveli [24], jer nema okvira čitanja proizvodi, nema funkcionalnu Posljedica može biti zaključen. Oba mutacije pronađene su u karcinomima prikazuju također BLM
frameshifts (Tablica 2). Važno je napomenuti da je ovaj podskup od tumora pokazuju statistički značajno više MSI u kodiranju područjima u usporedbi s MMP + podskup bez BLM pregled promjena. (P 0,001, na Χ 2 test) (Tablica 2)
Rasprava pregled nekoliko studija dokazano da alternativni putevi mogu postojati u probavnom MMP + i MMP raka karakteriziraju različita seta izmijenjenih gena [40]. Postupno model mutatorski mutacija ( "podnositelj mutatorski da mutira drugi mutatorski") predloženo je definirati mutatorski odnosu prigušivač putova u tumora gastrointestinalnog sustava [41]. Analizirajući tempiranje mutacije u genetski nestabilna GCS, predloženo je da su prve mete neusklađenosti nedostatak popravak su Mononukleotid puteva TGFβ1-RI Netlogu i Bax.
Pomaka okvira mutacija hMSH3 Netlogu i hMSH6
pojavljuju se sekundarni neslaganje popravak oštećenja, koje stvaraju mutacije u IGFIIR pregled [42]. Otkriće da mutacije pomaka okvira u TGFβ1-RII pregled su najčešći i IGFIIR pregled su rjeđi u želučanim MMP + tumora podržava modelu u kojem rani događaji bi trebao biti prisutan u većini tumora i kasnim mutacija samo lak frakcije [43]. To otkriće je također potvrđeno u našem istraživanju (Tablica 2). BLM pregled okvira čitanja mutacije su povezane češće sa prvim i drugim korak promjene predložene u ovom modelu, što sugerira da su sekundarna mismatch popravak grešaka (u hMSH3 Netlogu i /ili hMSH6 pregled) prisutan u stanicama koje se ne apoptozu (možda kao posljedica Bax pregled inaktivacije). Pažnje, u slučaju 3P, osim BLM, pregled samo frameshifts su pronađeni u Bax (vidi
slika 1) i p53
(podaci nisu prikazani) gena, što sugerira da je u nekim slučajevima, BLM
promjena može se dogoditi bez hMSH3 Netlogu i /ili hMSH6 pregled, mutacija, u stanicama sa nenormalnim p53 posredovane putu apoptoze odgovor na sparenih baza.
uključenost BLM Netlogu u nastanku tumora izvan BS pacijenata čini razumljivo, budući da taj gen se čini da djeluje se brine. BLM pregled, mutacije se zna da uzrokuju povećanu genomske nestabilnosti karakteriziran povišenim brojem kromosoma pauze, praznine i pregradnje i prevelikom broju mutacija u oba kodiranje i nekodirajuće regije, vjerojatno potječe od nejednake razmjene sestra-kromatida, obilježje od Bloom sindroma [44, 45]. Prema tome, BS pokazuje kombinacija genomske nestabilnosti i povišenim rizikom od raka, udruga naći iu drugim bolestima uzrokovanih nedostacima u prinudnu gena (kao što HNPCC, WS, ataksija-teleangiektazija te kseroderma pigmentna). Slično mutacija koje se nalaze u BS-a, frameshifts opisane u GCS ukinuti helikazna funkciju BLM proteina [24]. BLM protein ima odmotavanje aktivnost dokazana DNA [46] i mogu biti uključeni u procese koji su prisutni u malignim stanicama, kao što su DNA replikacije, rekombinacija, segregaciju kromosoma, popravku DNA i transkripcije. Doista, gen fisije kvasac BLM pregled homologa (radl2 pregled + /rqhl pregled +) se pokazalo da regulira S-faza kontrolne točke i predloženo je da se par kromosomske integriteta sa progresije staničnog ciklusa [47, 48]. Međutim, nalaz BLM pregled mutacija u MMP + tumori generira paradoks: BLM pregled, mutacije su predviđeni za generiranje kromosomske nestabilnosti, dok je većina MMP + tumora diploidne. Ipak, neke MMP + tumori aneuploidan i BLM pregled, gubitak-of-funkcije mutacije mogu imati plejotropskih posljedice, vjerojatno utjecalo i na mikrosatelitne nestabilnosti put, kako je predložio opisu povećanim mutacija unutar gena u cvatu sindroma [44, 45 ]. U suppoprt na naš prijedlog je nalaz da smo otkrili da BLM pregled je mutirala u LoVo stanične linije, stanične linije raka debelog crijeva s obje mikrosatelitni i kromosomskih inatability [43]. Mnogo više, to je bilo nedavno su izvijestili da SGS1 pregled gena, Saccharomyces cerevisiae pregled homolog BLM Netlogu i wrn, pregled potiskuje genoma nestabilnost i homolognih rekombinacije te je suvišan s DNA popravak krivo sparenih baza (MMR) za potiskivanje Bruto kromosomskih pregrađivanja i za suzbijanje rekombinaciju između divergentnih sljedova DNA [49].
Zaključci
Naši rezultati ukazuju na to da BLM pregled frameshifts su česte promjene u GCS i posebno su povezani s MMP + tumorima prikazuju najmanje 2 nestabilne microsatellites. Mutacije u BLM
čini se da su često povezane s frameshifts u BAX pregled iu hMSH6 Netlogu i /ili hMSH3, Netlogu i tumora s BLM pregled promjena predstaviti niz nestabilnih mono- i ponavljanja trinukleotida nalazi u regije kodiranja znatno veće nego ono u MMP + tumora bez BLM pregled frameshifts. Predlažemo da BLM pregled, gubitak funkcije koje MSI u želučanim tumora je srednji mutacije događaj, koji može povećati nestabilnost prethodno postojećem nestabilnom genotip.
Metode pregled tumora Uzorci pregled pedeset primarne želučanih tumora a njihove normalne paru tkiva (krv ili normalne želučane sluznice) su odabrani na temelju raspoloživih DNK iz panela 80 želučanih tumora (27, Calin G i Negrini M neobjavljeni podaci). Kada je to moguće, područja tkiva tumora s minimalnim upalnih stanica i minimalne strome, ili oboje, i bira ih se dobiti neoplastične ćelija veći od 50%. Svi slučajevi su patohistološki identificirani kao adenokarcinoma. Histotip (prema Laurenov klasifikaciji) [28] i postavljanje (prema klasifikaciji TNM) [29] je bio poznat po 47 od ukupno 50 slučajeva (94%) (Tablica 1). Trideset i dva slučaja su crijevne Histotip i 15 slučajeva difuzni ili mješovitog tipa. Dvadeset tumori su postavljena I ili II, a 27 su bili u fazi III ili IV. S obzirom na status limfnih čvorova, osamnaest slučajeva bilo i 29 su N-pozitivni. Niti jedan od pacijenata je razvio rak u ranoj dobi, a nitko nije imao obiteljsku povijest koji ukazuju na genetska predispozicija za rak. DNA velike molekularne težine je izoliran upotrebom poznatih postupaka [30] pregled Procjena MSI pregled MSI otkriveno je s dva seta anonimnih markera na lokusa. (I) D11S1778, D11S1328, D11S922 pregled i D11S1318 pregled [24] ili (ii) D2S177, D3S1076, D5S433, D11S904, D17S796
i D18S59 pregled [27]. Primeri za tim dinukleotid mikrosatelitne lokusa su dobiveni od informacija dostupnih putem Genome Database. PCR povećavanje provedeno kako je prethodno opisano [24, 27]. Za sve uzoraka BAT25 pregled i BAT26 pregled mikrosateliti su analizirani pomoću PCR amplifikacije kao što je opisano [31]. MSI je ocijenjen ako je mobilnost pomak PCR proizvoda od tumora DNK u usporedbi s normalnim kolega je identificiran. Samo tumora s najmanje 2 MSI (> 30% ispitanih microsatellites). Smatrani su MMP + pregled Pojačanje microsatellites u BLM iu drugim regijama kodiranje (CDR)
(a) 9 mikrosatelitne nalazi na poziciji 1610- 1618 od BLM pregled cDNA sekvence analiziran je za sve uparenih uzoraka. Ukratko, mikrosatelitne se pojačati pomoću PCR korištenjem 50 ng DNA kalupa, 1 uM svakog primera, 1.5 mM MgC12, 50 uM svakog od dATP, dGTP, i dTTP i 5,0 uM dCTP, 0,1 jedinice Taq DNK polimeraze, i 1 uCi [α33P] dCTP u 10 ul reakcijske zapremnine. PCR reakcije provedene su jedan ciklus na 94 ° C tijekom 5 minuta, a zatim je slijedilo 35 ciklusa na 94 ° C za 30 s, 60 ° C tijekom 30 s i 72 ° C tijekom 30 s. PCR proizvodi iz tumora, te odgovarajućih kontrolnih DNA su stavljene na paralelno na 6% akrilamid redoslijed gelova i izložena za vizualizaciju autoradiografijom na Kodak X-AR filmova. Otkrivanje mutacije u microsatellites nalazi u CDR osam drugih gena ((A) 10 u TGFβ1-RII,
(g) 8 u IGFIIR, pregled na (g) 8 u Bax,
(a) 8 u hMSH3,
(C) 8 u hMSH6, pregled u (a) 9 u RecQL, pregled u (a) 8 u wrn
i (ATG) 6 u CBL pregled), provedena je kako je prethodno opisano [14, 16, 17, 24, 32]. Za provjeru, svaka PCR ponovljena najmanje dva puta. Mutirani alel je predstavljen s trakom pomak od 1 do 3 bp od normalne sastava s intenzitetom usporedivom ili većom od one divljeg tipa trake (Sl. 1).
Sekvenciranje abnormalnih proizvoda
genomske DNA fragmenata pokazuju band pomaci su ponovno pojača pod istim uvjetima, osim za ispuštanje, obilježenog dCTP. Prije sekvenciranja, PCR produkti su pročišćeni bilo izravno ili nakon odvajanja u 2% -tnom agaroznom gelu, korištenjem Qiagen pribor za pročišćavanje. Oba DNK niti su sekvencionirane upotrebljavajući PCR primera i automatizirani Applied Biosystem 377 sekvenciranje stanice. Nukleotidnih sekvenci su analizirani primjenom Wisconsin (GCG) programskog paketa inačica Unix-8.1. Pregled, Statistička analiza pregled statističku analizu rezultata izvedena je pomoću Χ 2 testa ili Fisherov egzaktni test. AP pregled vrijednost. ≪ 0,05 smatrana je statistički značajna pregled deklaracija
Priznanje pregled Ovaj rad je podržan od strane potpore iz Associazione Italiana per la Ricerca sul Cancro (AIRC) i dijelom iz ugovora o EZ Biomed BMH4-CT95-0914. GC je podržan od strane IARC Research Training Fellowship.
Autora originalne dostavljeni datoteke za slike
Ispod su linkovi na autora izvornika dostavljenih datoteka za slike. 12863_2001_18_MOESM1_ESM.png autorov izvorni datoteke za slike 1
  • želudac članak
    •   
  • Želučani struktura
    •   
  • Njega u želucu
    •   
  • Istraživanja

    • Istraživanja

    Istraživanja

    Other Languages

    želudac Zdravlje © https://www.stomachillness.com/hr