Polymorfizmy TGFB1 a VEGF génov a prežitia pacientov s rakovinou žalúdka

Polymorfizmy TGFB1 stroje a VEGF
gény a prežitia pacientov s rakovinou žalúdka
abstraktné
pozadia
Niektoré TGFB1 stroje a VEGF
polymorfizmy sú považované za funkčné. Vzhľadom k tomu, že tieto gény sú zapojené do rastu nádoru a progresiu vrátane angiogenézy, šírenie a invazívnosti, my sme predpokladali, že tieto polymorfizmy by byť spojená s prežitia u pacientov s karcinómom žalúdka.
Metódy
genotyp sme TGFB1
-509 C > T, 1869 T > C a 915 G > C a VEGF
-1498T > C, -634G > C a + 936C > T u 167 pacientov s rakovinou žalúdka. Použitie metódy Kaplan a Meier, log-rank testy a Cox modely úmerná nebezpečenstvo, Hodnotili sme asociácie medzi TGFB1 stroje a VEGF
varianty s celkovým, 1 rok a prežitie 2 roky.
Výsledky
Hoci tam boli žiadne významné rozdiely v celkovom prežívaní medzi všetkými testovanými polymorfizmy, pacienti s TGFB1
+ 915CG a CC genotypov mal horšie 2-ročné prežitie (upravený pomer rizika (HR), 3,06; 95% interval spoľahlivosti (CI), 1,09 - 8,62, p = 0,034
), ako u pacientov s genotypom GG mal. Okrem toho pacienti heterozygotná pre VEGF
-634CG tiež mal horšie 1-ročné prežitie (očistené HR, 2,08, 95% CI, 3.1.a-22.4. P
= 0,042) ako u pacientov s genotypom -634GG <. br> Záver
naše štúdie naznačujú, že TGFB1
+ 915CG /CC a VEGF
-634CG genotypy môžu byť spojené s krátkodobé prežitia u pacientov s rakovinou žalúdka. Je však potrebná väčšia štúdie na overenie týchto zistení.
Úvod
V žalúdku Caner, pacienti s rovnakými patologickým charakteristikám a rovnakých liečebných režimov môže mať rôzne klinické výsledky. Hoci etapa je najlepším dostupným klinická miera nádoru agresie a prognózy, kedy sú jasne významné rozdiely aj v rámci rovnakej fáze nádoru [1, 2]. Z tohto dôvodu by bolo užitočné pre zlepšenie prognostické presnosti tým, že určí ľahko prístupné molekulárnych markerov, ktoré predpovedajú niektoré variácie v klinické výsledky. V posledných desaťročiach, mnohé štúdie ukázali, že genetické zmeny hrajú úlohu v rozvoji a progresii karcinómu žalúdka [3]. Medzi týmito molekulárnych markerov, jednonukleotidových polymorfizmy (SNP) sú najčastejšie skúmaná genetická variácie, ktoré môžu prispieť k klinické výsledky pacientov [4].
Epidemiologické a klinické výskumy naznačujú, že ako TGF-β1 a VEGF môže hrať dôležitú úlohu v onkogenézy žalúdku [5, 6]. Napríklad TGFB1 stroje a VEGF
varianty sú spojené so zmenenými bielkovinových produktov, ktoré môžu prispieť k rozdiely v individuálnej náchylnosti k rakovine a klinickými výsledky [4]. Ako TGFB1 stroje a VEGF
gény sú vysoko polymorfné, údajne s 168 a 140 variantov, v danom poradí, ale len málo z týchto variantov sú v rámci promótorom alebo kódujúce oblasti, ktoré môžu byť potenciálne funkčné http: //www. NCBI. NLM. NIH. gov /SNP /. Týchto variantov, niekoľko SNP boli opísané ako dôležité pre moduláciu funkcie génov [7-9] a údajne podieľajú na etiológii rôznych druhov rakoviny [10-13].
TGF-D1 dráhy je kriticky zapojené do vzniku nádoru a progresie. V bunkových kultúrach nádorových, TGF-β1 má antiproliferatívne účinky a môžu blokovať progresiu nádoru v rannom štádiu, vzhľadom na to, že môže tiež urýchľuje invázie a metastáz v neskorších štádiách progresie nádoru [14, 15]. Jeden experimentálne štúdia uvádza, že TGF-β1 sprostredkovaná aktivácia ALK5-Smäd 3 dráhy, je nevyhnutné, aby sa Pst proteín k podpore motility a invazívnosti do buniek karcinómu žalúdka [16]. Pokusy myši tiež ukázala, že zmenená TGF-β1 bola spojená s latentnými záväzných TGF-β1 proteínov, ktoré môžu spôsobiť zápal a nádory [17], a že sa narušil TGF-β1 cesta môže viesť k rastu nádoru zvýšením nádorovej angiogenézy indukovanej zníženie expresie of thrombospondin-1 [18]. U ľudí, TGF-β1 mal väčšiu citlivosť ako karcinogénnych-embryonálny antigén v nádorových bunkách z pacientov s rakovinou žalúdka [16]. Okrem toho, ako experimentálne a klinicko-patologické štúdie naznačujú úlohu pre rodinu VEGF proteínov v metastáz prostredníctvom lymfatického systému a v klinické výsledky v niekoľkých ľudských pevných nádorov, vrátane rakoviny žalúdka [19].
V tejto štúdii sme rozhodol sa genotypu Výber bežných (tj menšie frekvencia alely a 0,05) TGFB1 stroje a VEGF
SNP, ktoré buď vedú k zmenám aminokyselinové non-synonymných [20], alebo boli spojené s nižšou expresiou týchto génov [ ,,,0],8, 21], čo znamenalo, tieto SNP môžu byť funkčné. Predpokladali sme, že potenciálne funkčné polymorfizmy v TGFB1 a VEGF by byť spojená s klinické výsledky u pacientov s karcinómom žalúdka. Konkrétne sme
vyhodnotená súvislosť medzi klinickými výsledkami v karcinómu žalúdka, vrátane celkového prežitia, a každá z týchto SNP: tri TGFB1
SNP, vrátane jedného promótorom SNP (-509 C > T) a dve exón 1 SNP (869 T > C a 915 G > C) a tri VEGF
SNP, vrátane jedného promótor SNP (-1498T > C), jeden 5'-netranslatované oblasti SNP (-634G > C) a jeden 3'- nepreložené región SNP (936 C > T)
metódy
populácii
výhľadové analýzy pozostával zo 167 pacientov s novo diagnostikovaným a histologicky potvrdené rakovinu žalúdka, ktorí boli liečení na University of Texas MD Anderson Cancer. Center, Houston, Texas od apríla 2003 do júla 2008. protokol štúdie bol schválený nášho Institutional Review Board (IRB) a všetkých pacientov dal informovaný súhlas s použitím IRB schválený formulár informovaného súhlasu. Kritériá pre vylúčenie zahrnuté tie, ktoré nie sú novo diagnostikovaní, ako aj tie, ktoré boli inde ošetrené pred príchodom M. D. Anderson. Títo pacienti boli zahrnutí do tejto analýzy, pretože ich uložené vzorky krvi boli k dispozícii na extrakciu DNA.
Genotypu
genómovej DNA bola extrahovaná z buffy coat frakcie vzorky krvi z každého pacienta pomocou Blood Mini Kit (Qiagen, Valencia, CA) podľa inštrukcií výrobcu. čistota DNA a koncentrácia bola určená spektrofotometrickým meraním absorbancie pri 260 a 280 nm UV spektrofotometra. Tri vybrané TGFB1
SNP [jedno (-509 C > T /rs1800469) v promótor a dva (869 T > C /rs1800470 a 915 G > C /rs1800471) v exóne 1] a tri promótor VEGF
SNP [jeden (-1498T > C /rs833061) v promótorom, jeden (-634G > C /rs2010963) v 5'-nepřekládané oblasti, a jeden (+ 936C > T /rs3025039) vo 3'-netranslatovaný región] boli zisťované genotypom pomocou PCR (PCR) - dĺžka fragmentov polymorfizmus metóda obmedzenia (RFLP). Genotypov TGFB1
SNP boli stanovené ako bolo opísané skôr [22], a testy na VEGF
SNP bolo tiež oznámené predtým [23]. Pre stanovenie genotypu PCR-RFLP založeného na dva asistentov výskumu, samostatne čítať gélové obrázky a opakované testy boli vykonávané, ak nesúhlasili na testovanom genotypu. Okrem toho, opakované testy boli vykonané na náhodne vybraných 10% vzoriek boli náhodne vybrané pre vykonanie opakovanej testy s výsledkami sú 100% zhodné.
Zber dát výsledok
Všetky 167 pacientov s rakovinou žalúdka mal k dispozícii následné up údajov o výsledku. Celková doba prežitia bola vypočítaná od dátumu registrácie na M.D. Andersona k dátumu posledného kontaktu alebo smrť. Pacienti, ktorí boli stále nažive v poslednom kontakte boli považované za Cenzurované udalosť v analýze. Vek pri diagnóze, pohlavia a typu liečby (tj., Chirurgia a chemoterapia) boli použité ako kovariátov v analýze. Vek pri diagnóze bola rozdelené do dvoch skupín podľa priemerného veku (≤ 57 a > 57 rokov).
Štatistická analýza
obojstranný chi-kvadrát a t
testy boli vykonané na stanovenie akékoľvek štatisticky významné rozdiely v rozložení kategorizovaných premenných (napr TGFB1 stroje a VEGF
alel a genotypov), podľa demografických premenných a klinických príznakov a prostriedkov spojitých premenných (napr veku a doba prežitia), príslušne. Distribúcia genotypov boli testované na odchýlka od Hardy-Weinbergovy rovnováhy (HWE), a že haplotypu pre varianty rovnakého génu boli rekonštruované v súlade s programom PHASE [9], o čo je pravdepodobnosť každého jednotlivca mať zvláštne haplotypového páru bola odhadnutá a haplotypu dvojica s najvyšším odhadovaným pravdepodobnosťou bol pridelený k jednotlivcovi. Pearsonov chi-square alebo globálne test bol použitý na testovanie rozdielov prežitia u pacientov všetkými haplotypu. Celkové ktoré prežili medzi týmito troma skupinami genotypov každého SNP boli analyzované pomocou metódy Kaplan-Meier a log-rank test bol použitý pre testovanie rovnosti distribúciou prežitie rozdelených podľa genotypov. Použili sme jednorozmerných a viacrozmerné Cox modelov proporčne rizík odhadnúť účinok každého genotypu na prežitie v prítomnosti iných premenných. Ako vek v čase diagnózy a časový interval medzi registrácie a dáta diagnózy (patologická potvrdenie ochorenia) boli spracované ako číselné premenných v modeli Cox. K potvrdeniu o prevzatí proporcionálne nebezpečenstve v regresie modelu Cox, pridali sme premennú časovo závislé na modeli, a predpoklad bol potvrdený. pomery rizík (hod) a ich zodpovedajúce 95% interval spoľahlivosti (CIS) boli vypočítané s úpravou pre ostatných premenných v rovnakom modeli. boli tiež vyhodnotené účinky spoločné časti TGFB1 stroje a VEGF
SNP a ich interakcie s fajčením a pitím na žalúdočné riziko rakoviny. Všetky štatistické testy boli 2-obojstranný, s P
hodnote 0,05 považujú za významné a všetky boli vypočítané pomocou softvéru SAS (verzia 9.1; SAS Institute, Cary, NC).
Výsledky
Charakteristika sledovanej populácii
klinické a patologické charakteristiky 167 pacientov zaradených do tejto štúdie sú uvedené v tabuľke 1. bolo 114 psi (68,3%) a 53 žien (31,7%), ktorých vek sa pohyboval od 32 do 89 rokov. Použitie regresnej analýzy Cox vzťahu medzi celkové prežitie a patologickým charakteristikám, sme zistili, že ani vek, pohlavie, etnický pôvod, fajčenie, ani status alkohol boli štatisticky spojená s celkovým prežitím (P
= 0,339, 0,988, 0,297, 0,475, 0,809, príslušne) .Table 1 Charakteristika študovanej populácii pacientov s rakovinou žalúdka
Charakteristika
No. Z pacientov
No. smrteľných
MST (mesiace)
P
*
Celkom predmetov
Vek (priemer)
167
60
0,339
≤57 rokov
68
27
21,2 Hotel > 57 rokov
99
33
31,0
Pohlavie
0,988
Muž
114
41
23,3
Žena
53
19
28,9
Rasa
0,297
White
117 45
28,8
Non-White †
50
15
19,1
Smoke
0,475
Nikdy
34
14
20,6
niekedy
133
46
30,1
Alkohol
0,809
Nikdy
62
23
23,2
Ever
105
37
29,3
Miesto
0,069
Žalúdok
118
36
24,3
pažerák
25
13
27,2
ġej
24
11
16,6
HISTOLÓGIA
0,356
črevných
118 45
28,1
pečatný prsteň
49
15
24,6
diferenciácia
0,694
Poor
96
37
21,8
Stredná chudobné
28
10
29,8
Stredne-Well
42
13
22,6
klinickom štádiu Hotel < 0,001
I + II
65
9
30,4
III + IV
101
51
22,7
metastázy Hotel < 0,001
áno
90
49
21,2
žiadny
77
11
34,2
Chemoterapia Hotel < 0,001
áno
121
54
26,3
žiadny
46
6
10,4
chirurgia Hotel < 0.001
áno
63
11
39,2
žiadny
104
49
18,4
Skratky: MST, stredná doba prežitia; Ġej, gastroezofageálny uzlom.
* Chi-kvadrát test.
† cene 13 Ázijcov, 16 černosi, Hispánci 19 a 2 domorodí indiáni.
Nádor 118 (70,7%) boli pacienti sa nachádza na žalúdok a tie, ktoré z 49 (29,3%) pacientov boli umiestnené na gastroezofageálneho spojenia (ġej). Bez ohľadu na umiestnenie nádoru, všetci pacienti mali adenokarcinóm. Z nich 118 (70,7%) pacientov črevné a 49 (29,3%) pečatný prsteň. zoskupené sme typov diferenciácie do nasledujúcich troch kategórií: chudobných, stredne chudobných a stredne-no, a počet a percento týchto troch skupín bolo 96 (57,8%), 28 (16,9%) a 42 (25,3%), resp. U všetkých pacientov, klinicko-patologické charakteristiky vrátane umiestnenia nádoru, histológie a stavom diferenciácie boli významne spojené s celkovým prežitím v jednorozmerné analýze (P
= 0,069, 0,356 a 0,694, v danom poradí). Klinické nádorové etapy v závislosti na (UICC) kritérií Medzinárodnej únie proti rakovine boli nasledovné: 65 (38,9%) malo štádium I + II a 101 (61,1) malo štádium III + IV (tabuľka 1)
Medzi 167 pacientov. , 121 (72,4%) chemoterapiu a 63 (37,7%) dostala operáciu; Na konci sledovaného obdobia, 60 (35,9%) pacientov zomrelo. Priemerná doba sledovania bola 18,0 ± 13,3 mesiacov pre pacientov, ktorí boli ešte nažive, a čas znamenajú prežitia u všetkých pacientov bol 29,4 mesiaca. Pokročilom štádiu, metastázy, chemoterapia a chirurgie boli všetky spojené s celkovým prežitím (P Hotel < 0,001 pre všetky) (tabuľka 1). Napríklad priemerná doba prežitia bola 34,2 mesiacov u pacientov bez metastáz a 21,2 mesiacov u pacientov s metastázami. Tí, ktorí dostali chemoterapiu a chirurgia mal dlhšie stredná doba prežitia než tí, ktorí nie (26,3 mesiacov oproti 10,4 mesiaca u chemoterapie a 39,2 mesiacov oproti 18,4 mesiaca pre chirurgiu).
HWE, väzbové nerovnováhe a haplotypu TGFB1 a VEGF
pre TGFB1
, jeden z troch SNP (rs1800469C > T, rs1800470T > C a rs1800471G > C) nebol v HWE (P Hotel < 0,05 za rs1800469C > T), čo naznačuje možnú výberové skreslenia, ale nikto VEGF
SNP (rs833061T > C, rs2010963G > C a rs3025039C > T) sa odchýlila od HWE (P Hotel &0,05 pre všetky). Žiadny z párov TGFB1
alebo VEGF
SNP boli vo vysokej väzbovej nerovnováhe (tj., R 2 medzi 0,039 a 0,541, všetky < 0,08). Iba štyri TGFB1
haplotypu a päť VEGF
haplotypu mali alely frekvenciu > 0,05 (CTG, 0,570; CCG, 0,190; TCG, 0,167 a CCC, 0,063 pre TGFB1 stroje a CGC, 0,344; TCC, 0,287; TGC, 0,192, CGT, 0,072 a TCT, 0,051 pre VEGF
). Vzhľadom k malej veľkosti vzorky, sme nemali počítať diplotypes.
TGFB1 a VEGF genotypu rozvodov a celkové prežitie
Keď boli všetci pacienti s rakovinou žalúdka analyzujú na celkové prežívanie, žiadny významný rozdiel bol zistený v distribúciách strednej prežitie doba genotypy pre niektorý z polymorfizmy študovaných. Pretože tam bolo málo účastníkov v menších homozygotné variant skupín, sme spojili heterozygotnou a menšie variant homozygotnou genotypy spoločne pre ďalšiu analýzu, za predpokladu, že dominantný genetický model, ale tam bol ešte žiadna súvislosť medzi zistenými polymorfizmy a celkového prežitia (pozri doplnkovú súboru 1) , Okrem toho, keď boli pacienti s rakovinou žalúdka rozdelené podľa veku, pohlavia, etnického pôvodu, a metastázujúce stavu, žiadny rozdiel v rozdelení podľa stredná doba prežitia od šiestich SNP bol nájdený medzi podskupín (pozri ďalší súbor 1).
TGFB1 a VEGF genotypovej distribúcie a 1-a 2-ročné ktoré prežili
Vzhľadom k tomu, prognóza je všeobecne zlé vo vyspelých prípadov rakoviny žalúdka, medián prežitia zriedka sa blíži 1 alebo 2 roky [2]. V tejto štúdii, väčšina prípadov bolo štádium IV (101/167), so strednou dobou prežitia púhych 16,2 mesiaca (95% CI, 12,8-24,9). Preto sme tiež vypočítať miery prežitia 1 rok a 2 roky u pacientov s rôznymi genotypmi (pozri ďalší súbor 2). Celkové 1 rok a 2-ročnej ktoré prežili, za všetkých pacientov bolo 51,5% a 22,1%, resp. Hoci tam neboli žiadne významné rozdiely v miere prežitia medzi väčšinou genotypov, pacienti s TGFB1 +
915CG /CC genotypov mal lepší 1 rok a 2-ročné prežitie ako pacienti s genotypom GG (upravené HR, 2,13, 95% CI , 0,76 - 6,01, p = 0,122 stroje a upravené HR, 3,06, 95% CI, 1,09 až 8,62; p = 0,034
, v danom poradí) (obrázok 1). Okrem toho pacienti heterozygotná pre VEGF
-634CG tiež mal lepší 1-ročné prežitie (korigovaná HR, 2,08, 95% CI, 3 /01-22 /04; P
= 0,042) než tí s VEGF
- 634 GG genotyp. Obrázok 1 Kumulatívny funkcie prežitie genotypov TGFB1 915 G &C (rs1800471) a VEGF -634G >. C (rs2010963)
ďalších analýz kombinácií alel, genotypov a haplotypu z toho istého génu nepodložila poznatky z jeden analýza lokus (dáta nie sú uvedené), čiastočne z dôvodu nízkej LD medzi SNP a malej veľkosti štúdie, ktoré neumožňovali pre ďalšiu analýzu rozdelenia na úrovne.
Diskusia
etiológie rakoviny žalúdka je multifaktoriálne, a multigenetic viacstupňové [24, 25]. Je známe, že v priebehu karcinogenézy, TGF-β môže prepnúť z nádorový supresor nádoru zvýrazňujúce v neskorších štádiách rakoviny [26]. S dvojakú úlohu v rozvoji rakoviny, tam je veľký záujem o analýzu role genetickej variability v TGFB1
v progresii rakoviny a prežitie pacienta. Napríklad TGFB1
-509C > Ukázalo T a rs1982073 (alebo rs1800470) polymorfizmy, ktoré majú byť spojené s prežitím rakoviny prsníka u čínskej populácie [27-30] a reakciu chemorádiotarapia v 175 fínskych pacientov s hlavy a krku z dlaždicových rakovina [31], v tomto poradí. Avšak ani TGFB1
+ 869T > C ani + 915GM > C polymorfizmy ukázal žiadnu spojitosť s nádorom recidívy a progresie nádorov močového mechúra bez svalovej invazívnej španielskej populácie [32]. Kým kórejský štúdia ukázala, že variant T genotypov TGFB1
-509C > T SNP boli spojené so zníženým rizikom vzniku rakoviny pľúc [33], čínsky štúdiu 414 pacientov a 414 kontrol [34] hlásil, že genotypy neboli spojené s celkovým riziko vzniku rakoviny žalúdka, ale so zníženým rizikom riziká stupňa I alebo II, karcinómu žalúdka. Avšak, nie prežitie analýzy boli predstavené v týchto štúdiách.
Ako už bolo uvedené, sme nenašli žiadne štatistické dôkazy na podporu významný vzťah medzi TGFB1
polymorfizmy a celkového prežitia u rakoviny žalúdka. Avšak, významná súvislosť medzi TGFB1 +
915 CG /CC genotypov a prežitie 2 roky u všetkých pacientov s karcinómom žalúdka naznačuje, že táto TGFB1
Variant môže mať oslabené úlohu TGF-D1 ako nádorový supresor v skoršej fáze progresie nádoru. Je tiež známe, že TGF-β1 môže prepnúť z nádorový supresor nádoru zvýrazňujúce v neskorom štádiu rakoviny [26]. Akonáhle nádory rástli väčšie a stávajú metastatic, výsledný nárast somatických mutácií alebo zisky v kópiách onkogénov môže byť prevážaný úlohu supresorových variantov v neskorých štádiách nádoru, čo vedie k žiadny rozdiel v celkovom prežívaní pacientov s rôznymi genotypov TGFB1 +
915 G > C SNP. Avšak, je potrebné to špekulácie, ktoré majú byť overené vo viacerých starostlivo navrhnutých štúdií s oveľa väčšej veľkosti vzorky a ďalšie informácie o mutácie spektra v nádoroch.
VEGF, ako kľúčový mediátor angiogenézy, tiež hrá dôležitú úlohu v rozvoji nádorov. VEGF
polymorfizmy Bolo tiež ukázané, že sú spojené s prežitím v oboch karcinómu žalúdka a kolorektálneho karcinómu [35, 36]. Avšak, výsledky zo zverejnených štúdií zostávajú v rozpore, ale nie nezvratné. V gréckom žalúdku štúdie rakoviny päť VEGF
SNP (-2578C > A, -1154G > A, -634G > C, -460T > C a + 936C > T) v 312 pacientov [36] VEGF
-2578 AA, -634 CC a + 936TT genotypy boli spojené s výrazne nižšou HR (lepšou prežitie) pre 6-ročné prežitie hrubého čreva a konečníka. Je zaujímavé, že ďalšie skorá grécka štúdie 100 pacientov s karcinómom žalúdka naznačujú, že iba VEGF
-634CC /CG genotypy boli spojené so zníženým (horšie prežitie) 10-ročné prežitie, v porovnaní s genotypom GG [35]. Naše dáta na 167 pacientov s karcinómom žalúdka ukázali, že VEGF
-634CC /CG dopravcovi skutočne mal zlú 1-ročné prežitie ako pacienti s VEGF
-634 genotypom GG. Amano et al. [37] tiež uviedla, že žiadna významná súvislosť bola zistená medzi frekvenciami VEGF
-460T > C, + 405g > C a 936C > T genotypom a 3-ročné prežitie bez choroby u pacientov endometria karcinóm v japončine štúdie 105 pacientov s karcinómom endometria. Pretože všetkých týchto štúdií, vrátane našej, boli relatívne malé, tam bola obmedzená schopnosť vykonávať silnejší analýzu haplotypového na báze že analýza jednej alely alebo locus efekt [34].
Toto je prvá správa, ktorá má naše znalosti, zahŕňajúce TGFB1 stroje a VEGF
polymorfizmy a prežitie u pacientov s karcinómom žalúdka sa skladá predovšetkým z kaukazskej populácie; Avšak, tam boli určité obmedzenia tejto štúdie. Aj keď sme sa snažili zhromaždiť údaje o opakovaní týchto pacientov, nemohli sme vyšetrovať tento koncový bod, kvôli nedostatku preddefinovaného follow-up plánu. Druhé obmedzenie bola skutočnosť, že sme zahrnuté iba tri spoločné TGFB1
SNP a tri VEGF
SNP. Je možné, že niektoré ďalšie dôležité SNP boli plnené alebo že pozorované asociácie môže byť v dôsledku iných polymorfizmy LD s SNP sme študovali. Tiež, žiadne údaje o úrovni proteínu v sére /plazme boli k dispozícii porovnávaciu analýzu genotyp-fenotyp, pretože iba vzorky DNA boli k dispozícii od týchto pacientov. Existujú aj iné gény okrem toho, že TGFB1 stroje a VEGF
, ktoré tiež hrajú úlohu pri raste buniek a angiogenézy, ktorá predstavuje komplexné súhry mnohých aktiváciu a inhibičné faktory [38]. Ďalej, infekcie Helicobacter pylori
, prítomnosť alebo neprítomnosť, ktorá nebola uvedená v tejto štúdii, je považovaný za príčinu postupné hromadenie genotypové zmeny v karcinómu žalúdka, čo môže viesť k rakovine žalúdka sporadické karcinogenéze [39 ]. Napokon, je veľkosť štúdia bola príliš malá, že má dostatočný výkon pre detekciu malých hodín. Napríklad naše kalkulácie post-výkon naznačil, že veľkosť vzorky pri rovnakom počte (n = 55) pacientov v každej genotype každý SNP, sila detekovať HR 2, bolo < 0,4, ale > 0,8 Aby HR 3,4 pre follow-up doby 5 rokov. Z tohto dôvodu, len konštatovanie HRS pre 2-ročné prežitie TGFB1
+ 915GM > C bude mať dostatočný výkon, čo svedčí o oveľa väčší štúdie by bolo potrebné, aby efektívne testovať našu hypotézu o účinkoch na celkové prežívanie
. záver
V súhrne sme zistili, že niektoré polymorfizmy TGFB1 stroje a VEGF
môžu byť spojené s prežitie 1- alebo 2-ročných pacientov s rakovinou žalúdka. Avšak, táto štúdia je malý, a rôzne genetické a epigenetické udalosti môžu tiež viedli k asociáciu medzi TGFB1 stroje a VEGF
polymorfizmy a žalúdka prognostiku rakoviny a prežitie. Z tohto dôvodu väčšie a lepšie navrhnuté štúdie sú nutné prekonať obmedzenia v tejto štúdii (najmä informácie o Helicobacter pylori
infekcie) a ďalej potvrdzujú naše pozorovania.
Skratky
TGF-β1
:
transformačného rastového faktora beta 1
VEGF
:
vaskulárny endoteliálny rastový faktor
LD:
väzbové nerovnováha
PCR-RFLP:
polymerázovej reťazovej reakcie dĺžky reštrikčných fragmentov polymorfizmus
OR: pomer
kurzy
HR:
pomer rizika
CI:
interval spoľahlivosti
SNP :.
polymorfizmus jedného nukleotidu
deklarácia
Poďakovanie
Táto štúdia bola podporená čiastočne National Institutes of Health udeľuje R01 ES 11740-07 a CA 131274-01 (do QW) a CA 16672 (pre MD Anderson Cancer Center). Ďakujeme Margaret pľúc a Kathryn Patterson za ich pomoc pri získavaní predmetov; Li-E Wang, Zhensheng Liu, yawë Qiao, Min Zhao, Jianzhong On a Kejin Xu za ich laboratórnej pomoci; a Diane Hackett a Maude Veechfor pre vedeckú editáciu
Elektronický doplnkový materiál
13046_2009_181_MOESM1_ESM.doc Ďalší súbor 1 :. TGFB1 a VEGF genotypu rozvodov a celkové prežitie. Poskytnuté údaje predstavujú štatistickú analýzu TGFB1 a VEGF genotypov rozvodov a celkové prežitie. (DOC 69 KB) 13046_2009_181_MOESM2_ESM.doc ďalší súbor 2: TGFB1 a VEGF genotyp distribúcie a 1-a 2-ročnej prežili. Poskytnuté údaje predstavujú štatistickú analýzu TGFB1 a VEGF genotypových distribúciách a 1 a 2-ročné ktoré prežili. (DOC 66 KB) autorov pôvodné predloženej súbory obrazov
Nižšie sú uvedené odkazy na autorov pôvodnej predložených súborov pre obrázky. Pôvodný súbor 13046_2009_181_MOESM3_ESM.pdf autorov na obrázku 1 protichodnými záujmami
Autori vyhlasujú, že nemajú žiadne protichodné záujmy.

• Validácia novej metódy kombinujúce oba HER2 imunohistochémia a HER2 dual-farba strieborná in situ hybridizácia na jednom snímku za karcinómu žalúdka testing
• Dôkazný model založený úvaha pre diagnostiku lymfatických uzlín u karcinómu žalúdka