Polymorphismen von TGFB1 und VEGF-Gene und das Überleben von Patienten mit Magenkrebs

Polymorphismen von TGFB1
und VEGF
Gene und das Überleben von Patienten mit Magenkrebs
Zusammenfassung
Hintergrund
etwas TGFB1
und VEGF
Polymorphismen funktionelle erachtet werden. In Anbetracht, dass diese Gene in Tumorwachstum und Progression einschließlich der Angiogenese beteiligt sind, Verbreitung und Invasivität, die Hypothese aufgestellt, dass diese Polymorphismen würde das Überleben bei Patienten mit Magenkrebs in Verbindung gebracht werden.
Methoden kaufen Wir TGFB1 genotypisierter
-509 C > T, 1869 T > C und 915 G > C und VEGF
-1498T > C, -634G > C und + 936C > T in 167 Patienten mit Magenkrebs. Mit Hilfe der Kaplan und Meier-Methode, Log-Rank-Tests und Cox Proportional Hazard Modelle, die wir getestet haben Assoziationen zwischen TGFB1
und VEGF
Varianten mit insgesamt 1 Jahr und 2-Jahres-Überlebensraten.
Ergebnisse
Obwohl es unter allen Polymorphismen getestet keine signifikanten Unterschiede in der Gesamtüberlebensrate betrug bei Patienten mit TGFB1
+ 915CG und CC-Genotypen hatten eine schlechtere 2-Jahres-Überleben (adjustierte Hazard Ratio (HR), 3,06; 95% Konfidenzintervall (CI), 1,09-8,62; P
= 0,034) als Patienten mit dem GG-Genotyp hatte. Darüber hinaus heterozygote Patienten für VEGF
-634CG hatte auch eine schlechtere 1-Jahres-Überleben (bereinigtes HR, 2,08; 95% CI, 1,03-4,22; P
= 0,042) als Patienten mit dem Genotyp -634GG <. br> Fazit
Unsere Studie vorgeschlagen, dass TGFB1
+ 915CG /CC und VEGF
-634CG Genotypen können mit kurzfristigen Überleben in Patienten mit Magenkrebs in Verbindung gebracht werden. Allerdings sind größere Studien notwendig, um diese Ergebnisse zu verifizieren.
Einführung
In Magen Caner, Patienten mit den gleichen klinisch-pathologische Merkmale und die gleichen Behandlungsschemata können unterschiedliche klinische Ergebnisse haben. Obwohl der Bühne die beste verfügbare Maß für klinische Tumor Aggression und die Prognose ist, gibt es eindeutig wichtige Unterschiede auch innerhalb der gleichen Tumorstadium [1, 2]. Daher wäre es hilfreich, die prognostische Genauigkeit zu verbessern, indem sie leicht zugänglich molekulare Marker zu identifizieren, die in der klinischen Ergebnisse einige der Variation vorherzusagen. In den letzten Jahrzehnten haben viele Studien gezeigt, dass genetische Veränderungen Rolle bei der Entwicklung und Progression von Magenkrebs spielen [3]. Unter diesen molekularen Markern, sind Einzel-Nukleotid-Polymorphismen (SNPs) die am häufigsten genetischen Variation untersucht, die für die Patienten "klinische Ergebnisse beitragen kann [4].
Epidemiologische und klinische Untersuchungen haben vorgeschlagen, dass sowohl TGF-β1 und VEGF eine wichtige spielen Rolle in der Onkogenese des Magens [5, 6]. Zum Beispiel werden TGFB1 Karten und VEGF
Varianten mit einer veränderten Proteinprodukten verbunden, die in individuelle Empfindlichkeit auf eine Variation auf Krebs und klinische Ergebnisse [4] kann beitragen. Sowohl TGFB1 Karten und VEGF
Gene sind hoch polymorph, wie verlautet, die 168 und 140-Varianten, jeweils, aber nur wenige dieser Varianten sind innerhalb des Promotors oder kodierende Regionen, die potentiell funktionelle http sein kann: //www. ncbi. nlm. nih. gov /SNP /. Von diesen Varianten wurden mehrere SNPs als wichtig bei der Modulation der Gen-Funktionen beschrieben [7-9] und dem Vernehmen nach in der Ätiologie der verschiedenen Krebsarten beteiligt [10-13].
Die Bahn TGF-β1 ist kritisch bei der Tumorentstehung beteiligt und Progression. In Tumorzellkulturen hat TGF-β1 antiproliferativen Wirkungen und kann Tumorprogression in einem frühen Stadium blockiert, während es auch Invasion und Metastasierung in den späteren Stadien der Tumorprogression beschleunigt kann [14, 15]. Eine experimentelle Studie berichtet, dass TGF-β1-vermittelte Aktivierung des ALK5-Smad 3-Weg ist für eine der Shh-Protein-Motilität und Invasivität in Magenkrebszellen zu fördern [16]. Mausexperimente zeigten auch, dass veränderte TGF-β1 mit den latenten TGF-β1-bindende Proteine ​​assoziiert war, die Entzündungen und Tumore verursachen kann [17], und dass die aufgeschlossene TGF-β1-Weg kann durch Erhöhung der Tumor-Angiogenese, induziert durch verringerte Expression auf Tumorwachstum führen von Thrombospondin-1 [18]. Beim Menschen hat TGF-β1 eine größere Empfindlichkeit als carcino-embryonale Antigene in Tumorzellen von Patienten mit Magenkrebs [16]. Außerdem sind sowohl experimentell und klinisch-pathologischer Untersuchungen eine Rolle für die VEGF-Familie von Proteinen bei der Metastasierung durch das Lymphsystem und in klinischen Ergebnisse in verschiedenen humanen soliden Tumoren, einschließlich Magenkrebs vorgeschlagen [19]. In dieser Studie
wir wählte ausgewählten gemeinsamen Genotyp (dh kleinere Allelfrequenz > 0,05) TGFB1
und VEGF
SNPs, dass entweder auf nicht-synonymen Aminosäureänderungen führen [20] oder haben mit niedrigeren Expressionsniveaus dieser Gene in Verbindung gebracht worden [ ,,,0],8, 21], die diese SNPs bedeuten kann funktionsfähig sein. Wir vermuten, dass möglicherweise funktionelle Polymorphismen in TGFB1 und VEGF würde mit der klinischen Ergebnisse bei Patienten mit Magenkrebs in Verbindung gebracht werden. Insbesondere
wir den Zusammenhang zwischen der klinischen Ergebnisse bei Magenkrebs, einschließlich des Gesamtüberlebens ausgewertet, und jede der folgenden SNPs: drei TGFB1
SNPs, einschließlich eines Promotors SNP (-509 C > T) und zwei Exon 1 SNPs (869 T > C und 915 G > C) und drei VEGF
SNPs, einschließlich eines Promotors SNP (-1498T > C), eine 5'-untranslatierte Region SNP (-634G > C) und ein 3'- untranslatierten Region SNP (936 C > T)
Methoden
Studienpopulation
Diese prospektive Analyse von 167 Patienten bestand mit neu diagnostizierter und histologisch bestätigt Magenkrebs, der an der University of Texas MD Anderson Cancer behandelt wurden. Center, Houston, Texas zwischen April 2003 und Juli 2008. das Studienprotokoll von unseren Institutional Review Board (IRB) und alle Patienten gaben informierte Zustimmung mit dem IRB-genehmigten Einwilligungserklärung genehmigt wurde. Ausschlusskriterien enthalten diejenigen, die nicht neu diagnostizierten und an einer anderen Stelle, bevor er nach M. D. Anderson behandelt wurde. Diese Patienten wurden in diese Analyse eingeschlossen, da ihre gespeicherten Blutproben für die DNA-Extraktion zur Verfügung standen.
Genotyping
Genomische DNA aus dem buffy coat Fraktion der Blutprobe des Patienten durch die Verwendung eines Blood Mini Kit (Qiagen extrahiert, Valencia, CA) nach den Anweisungen des Herstellers. DNA Reinheit und Konzentrationen wurden durch spektrophotometrische Messung der Absorption bei 260 und 280 nm durch UV-Spektrophotometer bestimmt. Die drei ausgewählten TGFB1
SNPs [ein (-509 C > T /rs1800469) im Promotor und zwei (869 T > C /rs1800470 und 915 G > C /rs1800471) in Exon 1] und drei Promotor VEGF
SNPs [one (-1498T > C /rs833061) in dem Promotor, ein (-634G > C /rs2010963) in der 5'-untranslatierten Region, und ein (+ 936C > T /rs3025039) in der 3'-untranslatierten region] wurden unter Verwendung der Polymerasekettenreaktion (PCR) genotypisiert - Restriktionsfragmentlängen-Polymorphismus (RFLP) -Verfahren. Genotypen der TGFB1
SNPs wurden bestimmt wie zuvor beschrieben [22], und Assays auf die VEGF
SNPs wurden ebenfalls bereits berichtet [23]. Für die PCR-RFLP-basierte Genotypisierungsassay, zwei wissenschaftliche Mitarbeiter lesen unabhängig voneinander die Gel-Bilder, und die wiederholten Tests wurden durchgeführt, wenn sie auf dem getesteten Genotyp nicht einverstanden war. Darüber hinaus wurden wiederholt Tests auf einem zufällig ausgewählten 10% der Proben durchgeführt wurden zufällig die wiederholten Tests mit den Ergebnissen 100% ergibt concordant.
Ergebnisdatensammlung
Alle 167 Magenkrebs-Patienten zur Verfügung hatte folgende ausführen ausgewählt Daten auf Ergebnis. Die Gesamtüberlebenszeit wurde ab dem Tag der Anmeldung bei M. D. Anderson zu dem Zeitpunkt des letzten Kontakts oder Tod berechnet. Patienten, die an der letzten Kontakt noch am Leben waren, wurden als zensiert Ereignis in der Analyse berücksichtigt. Das Alter bei der Diagnose, Geschlecht und Art der Behandlungen (das heißt, Chirurgie und Chemotherapie) als Kovariaten in der Analyse verwendet. Das Alter bei der Diagnose in zwei Gruppen nach dem mittleren Alter kategorisiert wurde (≤ 57 und > 57 Jahre).
Statistische Analyse
Beidseitiges Chi-Quadrat und t
Tests wurden durchgeführt, jede statistisch zu bestimmen signifikante Unterschiede in den Verteilungen der kategorischen Variablen (zB der TGFB1
und VEGF
Allele und Genotypen) durch den demographischen Variablen und klinischen Eigenschaften und in den Mitteln der kontinuierlichen Variablen (zB Alter und Überlebenszeit) sind. Die Verteilungen der Genotypen wurden Abweichung vom Hardy-Weinberg-Gleichgewicht (HWE) getestet, und die Haplotypen für die Varianten desselben Gens wurden nach dem PHASE Programm rekonstruiert [9], durch die jeder individuellen Wahrscheinlichkeit eines bestimmten Haplotyps Paar geschätzt wurde, und das Haplotyp-Paar mit der höchsten Wahrscheinlichkeit geschätzt wurde dem Individuum zugeordnet. Pearson Chi-Quadrat oder globale Test wurde verwendet, um das Überleben Unterschiede zwischen den Patienten, die von allen Haplotypen zu testen. Insgesamt Überbleibsel unter den drei Genotyp Gruppen jedes SNP wurden mit der Kaplan-Meier-Methode analysiert und die Log-Rank-Test wurde für die Gleichheit der Überlebensverteilungen von Genotypen stratifiziert zu testen. Wir haben univariate und multivariate Cox Proportional-Hazards-Modelle, um die Wirkung jedes Genotyps auf das Überleben in der Gegenwart anderer Kovariate zu schätzen. Sowohl Alter bei der Diagnose und das Zeitintervall zwischen Registrierung und Diagnose Datum (pathologischer Bestätigung der Krankheit) wurden als numerische Kovariaten im Cox-Modell behandelt. Um die Annahme von Proportional-Hazards in einem Cox-Regressionsmodell bestätigen, fügten wir eine zeitabhängige Variable auf das Modell und die Annahme wurde bestätigt. Hazard Ratios (h) und ihre entsprechenden 95% Konfidenzintervall (CI) wurden für andere Kovariaten im gleichen Modell mit Anpassung berechnet. Die gemeinsamen Auswirkungen der TGFB1
und VEGF
SNPs und ihre Wechselwirkungen mit Rauchen und Trinken auf die Magenkrebsrisiko wurden ebenfalls bewertet. Alle statistischen Tests wurden 2-seitig, mit einem P
Wert von 0,05 als signifikant angesehen und alle waren SAS-Software berechnet (Version 9.1; SAS Institute, Cary, NC).
Ergebnisse

• Die Validierung eines neuen Verfahrens sowohl HER2 Immunhistochemie und HER2 Dual-Farbe Silber in-situ-Hybridisierung auf einer Folie für Magenkarzinom Tests kombiniert
• Ein Offenkundigkeitsschlussfolgern basiertes Modell für die Diagnose von Lymphknotenmetastasen im Magen-cancer