Celogenómová štúdia IBD u afrických Američanov odhaľuje odlišnú krajinu genetického rizika

U afroameričanov, krajina genetického rizika zápalových ochorení čriev (IBD) sa veľmi líši od situácie ľudí s európskym pôvodom, podľa výsledkov prvej celo genómovej štúdie IBD u Afroameričanov. Autori tvrdia, že budúci klinický výskum IBD musí brať do úvahy predkov.

Zistenia multicentrickej štúdie, ktorý analyzoval celé genómy viac ako 1, 700 postihnutých osôb s Crohnovou chorobou a ulceróznou kolitídou a viac ako 1, 600 ovládačov, boli uverejnené 17. februára v American Journal of Human Genetics .

Ako súčasť ich analýzy vedci vyvinuli algoritmus, ktorý opravuje predky pri výpočte skóre polygénneho rizika IBD. Polygénne skóre rizika sú nástroje na výpočet rizika choroby založeného na génoch, ktoré sa používajú na IBD, ako aj na ďalšie komplexné stavy, ako je ochorenie koronárnych artérií.

Aj keď destinácia ochorenia vyzerá rovnako, populácia vyzerá veľmi odlišne, pokiaľ ide o to, aké konkrétne gény prispievajú k riziku IBD. Ukazuje to, že nemôžete vytvoriť skóre polygénneho rizika na základe jednej populácie a použiť ju na inú populáciu. “

Subra Kugathasan, MD, Vedúci autor

Kugathasan je vedeckým riaditeľom pediatrického programu IBD a riaditeľom Detského centra pre transplantáciu a imunitne sprostredkované poruchy pri starostlivosti o deti v Atlante, ako aj Marcusov profesor pediatrie a humánnej genetiky na Lekárskej fakulte Univerzity Emory.

Prvým autorom príspevku je genetik Hari Somineni, PhD., ktorý získal doktorát prácou s Kugathasanom na Emory, a teraz pracuje v Goldfinch Bio v Massachusetts.

Primárnymi pracoviskami na nábor účastníkov štúdie boli Emory, Cedars-Sinai a Rutgers, spolu s Johnsom Hopkinsom a Washingtonskou univerzitou v Saint Louis. Spolu s Kugathasanom, spoluautormi a spoluorganizátormi štúdie boli Steven Brant, MD od Rutgers a Dermot McGovern, MD, PhD z Cedars-Sinai.

„Jedným z našich cieľov v liečbe IBD je posunúť sa k prispôsobenejšiemu prístupu, “hovorí McGovern, predsedníčka Joshua L. a Lisy Z. Greerovej pre genetiku zápalových črevných chorôb na Cedars-Sinai. „Dešifrovanie genetickej architektúry je dôležitou súčasťou tohto úsilia. Štúdie, ako je táto, sú životne dôležité pre zabezpečenie toho, aby rôzne populácie, vrátane afroameričanov, ťažiť z obrovských pokrokov, ktoré sľubuje genomická medicína. “

Mať príbuzného prvého stupňa s formou IBD predstavuje väčšie riziko ako ktorýkoľvek známy environmentálny faktor. O Afroameričanoch sa bežne predpokladá, že sú menej ohrození IBD, Kugathasan však hovorí, že tento pohľad môže odrážať rozdiely v diagnostike a prístupe k zdravotnej starostlivosti.

Štúdia ukázala, že najdôležitejšie miesto genetického rizika IBD u afrických Američanov - PTGER4 - je v populáciách európskych predkov relatívne malé, Hovorí Kugathasan. Naproti tomu dva génové lokusy, ktoré sú hlavné v Európe - NOD2 a IL23R - hrajú v Afroameričanoch menšiu úlohu.

Genetické rizikové faktory sa do určitej miery prekrývajú na základe afroamerickej populácie, ktorá mala v minulosti asi 20 percent európskeho genetického pôvodu, so známymi rizikovými faktormi IBD, ako je IL23R, pochádzajúci z európskej strany.

V roku 2016 výskumný tím publikoval prvú genómovú asociačnú štúdiu IBD u afrických Američanov, identifikácia oblastí genómu spojených s ulceróznou kolitídou iba u ľudí afrického pôvodu.

Budúce klinické štúdie liečby IBD musia vziať do úvahy genetické pozadie konkrétnych populácií, Hovorí Kugathasan. Vyvíja sa niekoľko terapií pre IBD zameraných na dráhu receptora IL23, čiastočne preto, že IL23R je hlavným genetickým rizikovým faktorom, s malým zameraním na PTGER4. To sa musí zmeniť, on hovorí.

Súčasná štúdia tiež identifikovala vzácne genetické varianty prinášajúce riziko IBD, ktoré sú špecifické pre afrických Američanov, ktoré neboli pozorované v predchádzajúcich štúdiách. Varianty sú spojené s génom kódujúcim kalbindín 2 (CALB2), proteín zapojený do signalizácie nervového systému.

Čo štúdia nenašla - sklamanie vedcov - bolo množstvo vzácnych genetických variantov, ktoré vysvetľujú „chýbajúcu dedičnosť“ v IBD medzi Afroameričanmi. V asociačných štúdiách celého genómu chýbajúca dedičnosť sa týka rizika ochorenia, ktoré nie je zahrnuté v bežných variantoch génov.

Pokiaľ ide o budúcnosť poľa IBD, Kugathasan hovorí, že štúdie interakcií génu a prostredia - skúmanie faktorov, ako je strava, mikrobiálna flóra, alebo toxické expozície-môžu poskytnúť poznatky, ktoré asociačné štúdie celého genómu nemajú.

• Krajiny so staršou populáciou majú vyššie infekcie a úmrtia na SARS-CoV-2,
• Domáce psy pravdepodobne neprenášajú SARS-CoV-2,