Hele genomundersøgelse af IBD hos afroamerikanere afslører et andet genetisk risikolandskab

I afroamerikanere, det genetiske risikolandskab for inflammatorisk tarmsygdom (IBD) er meget forskellig fra mennesker med europæisk herkomst, ifølge resultaterne af den første hel-genom undersøgelse af IBD hos afroamerikanere. Forfatterne siger, at fremtidig klinisk forskning om IBD skal tage hensyn til aner.

Resultaterne af multicenterundersøgelsen, som analyserede hele genomerne på mere end 1, 700 berørte personer med Crohns sygdom og ulcerøs colitis og mere end 1, 600 kontroller, blev offentliggjort den 17. februar i American Journal of Human Genetics .

Som en del af deres analyse, forskerne udviklede en algoritme, der korrigerer for forfædre, når de beregner en IBD -polygen risikoscore. Polygeniske risikoscores er værktøjer til beregning af genbaseret risiko for en sygdom, som bruges til IBD såvel som andre komplekse tilstande såsom koronararteriesygdom.

Selvom sygdomsdestinationen ser det samme ud, befolkningerne ser meget forskellige ud, hvad angår, hvilke specifikke gener der bidrager til risikoen for IBD. Det viser, at du ikke kan udvikle en polygen risikoscore baseret på en population og anvende den på en anden. "

Subra Kugathasan, MD, Hovedforfatter

Kugathasan er videnskabelig direktør for det pædiatriske IBD-program og direktør for Children's Center for Transplantation and Immune-medierede lidelser ved Children's Healthcare i Atlanta, samt Marcus professor i pædiatri og menneskelig genetik ved Emory University School of Medicine.

Den første forfatter til avisen er genetikeren Hari Somineni, Ph.d., der fik sin doktorgrad ved at arbejde med Kugathasan på Emory, og arbejder nu på Goldfinch Bio i Massachusetts.

De primære websteder for at rekruttere undersøgelsesdeltagere var Emory, Cedars-Sinai og Rutgers, sammen med Johns Hopkins og Washington University i Saint Louis. Sammen med Kugathasan, co-senior forfatterne og medarrangørerne af undersøgelsen var Steven Brant, MD fra Rutgers og Dermot McGovern, MD, Ph.d. fra Cedars-Sinai.

"Et af vores mål med behandling af IBD er at bevæge os mod en mere personlig tilgang, "siger McGovern, Joshua L. og Lisa Z. Greer stol i genetisk genetik i inflammatorisk tarmsygdom på Cedars-Sinai. "At dechifrere den genetiske arkitektur er en vigtig del af denne indsats. Undersøgelser som denne er afgørende for at sikre, at forskellige befolkningsgrupper, herunder afroamerikanere, drage fordel af de enorme fremskridt, som genomisk medicin lover. "

At have en førstegrads slægtning med en form for IBD medfører en større risiko end nogen kendt miljøfaktor. Afroamerikanere menes konventionelt at have mindre risiko for IBD, men Kugathasan siger, at denne opfattelse kan afspejle forskelle i diagnose og adgang til sundhedspleje.

Undersøgelsen viste, at det vigtigste genetiske risikositus for IBD hos afroamerikanere - PTGER4 - er relativt lille i europæiske forfædre, Siger Kugathasan. I modsætning, to genloki, der er store hos europæere - NOD2 og IL23R - spiller mindre roller i afroamerikanere.

Der er en vis overlapning i genetiske risikofaktorer baseret på, at den afroamerikanske befolkning historisk set har omkring 20 procent europæisk genetisk baggrund, med kendte IBD -risikofaktorer som IL23R, der kommer fra europæisk side.

I 2016, forskergruppen offentliggjorde det første genomomfattende associeringsstudie af IBD hos afroamerikanere, identificere regioner i genomet, der er forbundet med ulcerøs colitis, kun hos mennesker af afrikansk afstamning.

Fremtidige kliniske undersøgelser af IBD -behandlinger skal tage hensyn til den specifikke befolknings genetiske baggrund, Siger Kugathasan. Flere terapier udvikles til IBD målrettet IL23 -receptorvejen, dels fordi IL23R er en stor genetisk risikofaktor, med lidt fokus på PTGER4. Det skal ændres, han siger.

Den nuværende undersøgelse identificerede også sjældne genetiske varianter, der giver IBD -risiko, der er specifikke for afroamerikanere, som ikke var blevet observeret i tidligere undersøgelser. Varianterne er forbundet med genet, der koder for calbindin 2 (CALB2), et protein involveret i nervesystemets signalering.

Hvad undersøgelsen ikke fandt - skuffende forskerne - var et væld af sjældne genetiske varianter, der forklarer den "manglende arvelighed" i IBD blandt afroamerikanere. I genom-dækkende associeringsstudier, manglende arvelighed refererer til sygdomsrisiko, der ikke tages i betragtning ved almindelige genvarianter.

For fremtiden for IBD -feltet, Kugathasan siger undersøgelser af gen -miljø -interaktioner - undersøger faktorer som kost, mikrobiom, eller toksiske eksponeringer-kan give indsigt, som genom-dækkende associationsstudier ikke har.

• Lande med ældre befolkninger har højere SARS-CoV-2 infektioner og dødsfald,
• Husdyr, der sandsynligvis ikke overfører SARS-CoV-2,