Полногеномное исследование ВЗК у афроамериканцев выявило другую картину генетического риска

У афроамериканцев ландшафт генетического риска воспалительного заболевания кишечника (ВЗК) очень отличается от такового у людей европейского происхождения, по результатам первого полногеномного исследования ВЗК у афроамериканцев. Авторы говорят, что в будущих клинических исследованиях ВЗК необходимо учитывать происхождение.

Результаты многоцентрового исследования, который проанализировал полные геномы более 1, 700 человек, страдающих болезнью Крона и язвенным колитом, и более 1, 600 элементов управления, были опубликованы 17 февраля в Американский журнал генетики человека .

В рамках их анализа исследователи разработали алгоритм, который учитывает происхождение при расчете полигенной оценки риска ВЗК. Шкалы полигенного риска - это инструменты для расчета генного риска заболевания, которые используются при ВЗК, а также при других сложных состояниях, таких как ишемическая болезнь сердца.

<цитата>

Несмотря на то, что место назначения болезни выглядит одинаково, популяции выглядят совсем иначе, с точки зрения того, какие конкретные гены способствуют риску ВЗК. Это показывает, что вы не можете разработать полигенную оценку риска, основанную на одной популяции, и применить ее к другой ».

Субра Кугатхасан, Доктор медицины, Ведущий автор

Кугатасан - научный руководитель детской программы ВЗК и директор Детского центра трансплантации и иммуноопосредованных заболеваний при Детском здравоохранении Атланты. а также Маркус, профессор педиатрии и генетики человека в Медицинской школе Университета Эмори.

Первый автор статьи - генетик Хари Соминени, Кандидат наук, который получил докторскую степень, работая с Кугатхасаном в Эмори, и сейчас работает в Goldfinch Bio в Массачусетсе.

Основными сайтами для набора участников исследования были Эмори, Сидарс-Синай и Рутгерс, вместе с Джонсом Хопкинсом и Вашингтонским университетом в Сент-Луисе. Наряду с Кугатасаном, соавторами и соорганизаторами исследования были Стивен Брант, Доктор медицины от Рутгерса и Дермота Макговерн, Доктор медицины, Доктор философии из Сидарс-Синай.

«Одна из наших целей в лечении ВЗК - перейти к более индивидуальному подходу, "говорит Макговерн, Джошуа Л. и Лиза З. Грир, кафедра генетики воспалительных заболеваний кишечника в Сидарс-Синай. "Расшифровка генетической архитектуры является важной частью этих усилий. Исследования, подобные этому, имеют жизненно важное значение для обеспечения того, чтобы различные популяции, включая афроамериканцев, извлекать выгоду из огромных достижений, обещанных геномной медициной ».

Наличие родственника первой степени родства с формой ВЗК представляет больший риск, чем любой известный фактор окружающей среды. Принято считать, что афроамериканцы менее подвержены риску ВЗК, но Кугатасан говорит, что эта точка зрения может отражать различия в диагностике и доступе к здравоохранению.

Исследование показало, что наиболее важный локус генетического риска ВЗК у афроамериканцев - PTGER4 - относительно невелик в популяциях европейского происхождения, Кугатасан говорит. Наоборот, два основных локуса генов у европейцев - NOD2 и IL23R - играют меньшую роль у афроамериканцев.

Существует некоторое совпадение генетических факторов риска, основанное на том, что афроамериканское население исторически имеет около 20 процентов европейского генетического фона. с известными факторами риска ВЗК, такими как IL23R, поступающие с европейской стороны.

В 2016 г. исследовательская группа опубликовала первое полногеномное ассоциативное исследование ВЗК у афроамериканцев, выявление участков генома, связанных с язвенным колитом, только у лиц африканского происхождения.

В будущих клинических исследованиях методов лечения ВЗК необходимо учитывать генетический фон конкретных популяций. Кугатхасан говорит. Несколько методов лечения ВЗК, нацеленных на путь рецептора IL23, разрабатываются. отчасти потому, что IL23R является основным генетическим фактором риска, с небольшим упором на PTGER4. Это нужно изменить, он говорит.

В текущем исследовании также были выявлены редкие генетические варианты, вызывающие риск ВЗК, характерные для афроамериканцев, чего не наблюдалось в предыдущих исследованиях. Варианты связаны с геном, кодирующим кальбиндин 2 (CALB2), белок, участвующий в передаче сигналов нервной системы.

Чего исследование не обнаружило - разочаровав исследователей, - так это множества редких генетических вариантов, которые объясняют «отсутствие наследственности» при ВЗК среди афроамериканцев. В полногеномных ассоциативных исследованиях отсутствие наследственности относится к риску заболевания, который не объясняется общими вариантами генов.

Для будущего области IBD, Кугатасан говорит, что исследования взаимодействий генов и окружающей среды - изучение таких факторов, как диета, микробиом или токсическое воздействие - может дать понимание, которого нет в общегеномных ассоциативных исследованиях.

• Страны с более старым населением имеют более высокий уровень инфицирования и смертности от SARS-CoV-2,
• Домашние собаки вряд ли будут передавать SARS-CoV-2,