Koko genomin tutkimus IBD:stä afroamerikkalaisissa paljastaa erilaisen geneettisen riskimaiseman

Vaikka taudin kohde näyttää samalta, populaatiot näyttävät hyvin erilaisilta, mitkä geenit edistävät IBD:n riskiä. Se osoittaa, että et voi kehittää polygeenistä riskipistettä yhden populaation perusteella ja soveltaa sitä toiseen. "

Kugathasanin subra, MD, Pääkirjailija

Kugathasan on lasten IBD-ohjelman tieteellinen johtaja ja Atlantan lasten terveydenhuollon lasten keskuksen elinsiirto- ja immuunivälitteisten häiriöiden johtaja, sekä Marcusin lastenlääketieteen ja ihmisen genetiikan professori Emory University Medical Schoolissa.

Kirjan ensimmäinen kirjoittaja on genetiikka Hari Somineni, PhD, joka valmistui tohtoriksi työskentelemällä Kugathasanin kanssa Emoryssä, ja työskentelee nyt Goldfinch Biossa Massachusettsissa.

Ensisijaiset sivustot, joissa rekrytoitiin osallistujia, olivat Emory, Cedars-Sinai ja Rutgers, yhdessä Johns Hopkinsin ja Washingtonin yliopiston kanssa Saint Louisissa. Kugathasanin rinnalla Tutkimuksen rinnakkaiset kirjoittajat ja järjestäjät olivat Steven Brant, MD, Rutgers ja Dermot McGovern, MD, PhD Cedars-Siinailta.

"Yksi tavoitteistamme IBD:n hoidossa on siirtyä kohti henkilökohtaisempaa lähestymistapaa, "sanoo McGovern, Joshua L. ja Lisa Z. Greer -tuoli tulehduksellisten suolistosairauksien genetiikassa Cedars-Siinailla. "Geeniarkkitehtuurin tulkinta on tärkeä osa tätä työtä. Tämänkaltaiset tutkimukset ovat elintärkeitä sen varmistamiseksi, että eri populaatiot mukaan lukien afroamerikkalaiset, hyötyä genomilääketieteen lupaamista valtavista edistysaskeleista. "

IBD-muodon omaavan ensimmäisen asteen sukulaisen riski on suurempi kuin mikään tunnettu ympäristötekijä. Afrikkalaisamerikkalaisten uskotaan perinteisesti olevan vähemmän IBD-riskissä, mutta Kugathasan sanoo, että näkemys voi heijastaa eroja diagnooseissa ja terveydenhuollon saatavuudessa.

Tutkimus osoitti, että afrikkalaisamerikkalaisten tärkein IBD:n geneettisen riskin lokus - PTGER4 - on suhteellisen vähäinen eurooppalaisissa esivanhemmissa, Kugathasan sanoo. Verrattuna, Kahdella eurooppalaisella suurella geenilokuksella - NOD2 ja IL23R - on pienempi rooli afrikkalaisamerikkalaisissa.

Geneettisissä riskitekijöissä on jonkin verran päällekkäisyyksiä, koska afrikkalaisamerikkalaisella väestöllä on historiallisesti noin 20 prosenttia eurooppalaista geneettistä taustaa, joilla on tunnettuja IBD -riskitekijöitä, kuten IL23R, jotka tulevat Euroopan puolelta.

Vuonna 2016 tutkimusryhmä julkaisi ensimmäisen genomin kattavan IBD-assosiaatiotutkimuksen afrikkalaisamerikkalaisista, haavaiseen paksusuolitulehdukseen liittyvien genomialueiden tunnistaminen vain afrikkalaista alkuperää olevilla ihmisillä.

IBD -hoitojen tulevissa kliinisissä tutkimuksissa on otettava huomioon tiettyjen populaatioiden geneettinen tausta, Kugathasan sanoo. IBD:lle kehitetään useita hoitoja, jotka kohdistuvat IL23 -reseptorireitille, osittain siksi, että IL23R on merkittävä geneettinen riskitekijä, keskittyen vähän PTGER4:ään. Tuo on muutettava, hän sanoo.

Tässä tutkimuksessa tunnistettiin myös harvinaisia ​​geneettisiä muunnelmia, jotka aiheuttavat IBD -riskin ja jotka ovat ominaisia ​​afroamerikkalaisille, jota ei ole havaittu aiemmissa tutkimuksissa. Variantit on liitetty calbindin 2:ta (CALB2) koodaavaan geeniin, hermoston signalointiin osallistuva proteiini.

Mitä tutkimus ei löytänyt - pettymys tutkijoille - oli joukko harvinaisia ​​geneettisiä muunnelmia, jotka selittävät "puuttuvan perinnöllisyyden" IBD:ssä afroamerikkalaisten keskuudessa. Genomia koskevissa assosiaatiotutkimuksissa puuttuva perinnöllisyys viittaa sairauden riskiin, jota ei oteta huomioon yleisissä geenimuunnelmissa.

IBD -kentän tulevaisuuden kannalta Kugathasan sanoo tutkimuksia geeni -ympäristö -vuorovaikutuksista - tutkimalla tekijöitä, kuten ruokavaliota, mikrobiomi, tai myrkylliset altistukset-voivat antaa oivalluksia, joita genomin laajuiset assosiaatiotutkimukset eivät ole.

• Maissa, joissa on vanhempi väestö, on korkeampi SARS-CoV-2 -infektio ja -kuolema
• Kotikoirat eivät todennäköisesti levitä SARS-CoV-2:ta,