Une étude du génome entier sur les MII chez les Afro-Américains révèle un paysage de risque génétique différent

Chez les Afro-Américains, le paysage génétique du risque de maladie inflammatoire de l'intestin (MICI) est très différent de celui des personnes d'ascendance européenne, selon les résultats de la première étude du génome entier sur les MII chez les Afro-Américains. Les auteurs disent que les futures recherches cliniques sur les MII doivent tenir compte de l'ascendance.

Résultats de l'étude multicentrique, qui a analysé les génomes entiers de plus de 1, 700 personnes atteintes de la maladie de Crohn et de rectocolite hémorragique et plus de 1, 600 commandes, ont été publiés le 17 février dans le Journal américain de génétique humaine .

Dans le cadre de leur analyse, les chercheurs ont développé un algorithme qui corrige l'ascendance lors du calcul d'un score de risque polygénique IBD. Les scores de risque polygénique sont des outils de calcul du risque génétique pour une maladie, qui sont utilisés pour les MII ainsi que d'autres conditions complexes telles que la maladie coronarienne.

Même si la destination de la maladie semble la même, les populations sont très différentes, en termes de gènes spécifiques qui contribuent au risque de MII. Cela montre que vous ne pouvez pas développer un score de risque polygénique basé sur une population et l'appliquer à une autre."

Subra Kugathasan, MARYLAND, Auteur principal

Kugathasan est directeur scientifique du programme pédiatrique des MII et directeur du Children's Center for Transplantation and Immune-mediated Disorders au Children's Healthcare d'Atlanta, ainsi que Marcus, professeur de pédiatrie et de génétique humaine à la faculté de médecine de l'Université Emory.

Le premier auteur de l'article est le généticien Hari Somineni, Doctorat, qui a obtenu son doctorat en travaillant avec Kugathasan à Emory, et travaille maintenant chez Goldfinch Bio dans le Massachusetts.

Les principaux sites de recrutement des participants à l'étude étaient Emory, Cedars-Sinai et Rutgers, avec Johns Hopkins et l'Université Washington à Saint Louis. Avec Kugathasan, les co-auteurs principaux et co-organisateurs de l'étude étaient Steven Brant, MD de Rutgers et Dermot McGovern, MARYLAND, Doctorat de Cedars-Sinai.

"L'un de nos objectifs dans le traitement des MII est d'évoluer vers une approche plus personnalisée, " dit McGovern, la chaire Joshua L. et Lisa Z. Greer en génétique des maladies inflammatoires de l'intestin à Cedars-Sinai. "Le déchiffrement de l'architecture génétique est une partie importante de cet effort. Des études comme celle-ci sont vitales pour garantir que des populations diverses, y compris les Afro-Américains, bénéficier des formidables avancées promises par la médecine génomique."

Le fait d'avoir un parent au premier degré atteint d'une forme de MII présente un risque plus élevé que tout autre facteur environnemental connu. On pense conventionnellement que les Afro-Américains sont moins à risque de MII, mais Kugathasan dit que ce point de vue peut refléter des disparités dans le diagnostic et l'accès aux soins de santé.

L'étude a montré que le locus de risque génétique le plus important pour les MII chez les Afro-Américains - PTGER4 - est relativement mineur dans les populations d'ascendance européenne, dit Kugathasan. En revanche, deux loci de gènes qui sont majeurs chez les Européens - NOD2 et IL23R - jouent des rôles plus petits chez les Afro-Américains.

Il y a un certain chevauchement dans les facteurs de risque génétiques basés sur la population afro-américaine ayant historiquement environ 20 pour cent de fond génétique européen, avec des facteurs de risque connus de MII tels que IL23R provenant du côté européen.

En 2016, l'équipe de recherche a publié la première étude d'association pangénomique sur les MII chez les Afro-Américains, identifier les régions du génome associées à la colite ulcéreuse uniquement chez les personnes d'ascendance africaine.

Les futures études cliniques sur les traitements des MII doivent prendre en compte le contexte génétique de populations spécifiques, dit Kugathasan. Plusieurs thérapies sont en cours de développement pour les MICI ciblant la voie des récepteurs IL23, en partie parce que IL23R est un facteur de risque génétique majeur, avec peu d'attention sur PTGER4. Cela doit changer, il dit.

La présente étude a également identifié des variantes génétiques rares conférant un risque de MII qui sont spécifiques aux Afro-Américains, ce qui n'avait pas été observé dans les études précédentes. Les variants sont connectés au gène codant pour la calbindine 2 (CALB2), une protéine impliquée dans la signalisation du système nerveux.

Ce que l'étude n'a pas trouvé - décevant les chercheurs - était une multitude de variantes génétiques rares qui expliquent "l'héritabilité manquante" dans les MII chez les Afro-Américains. Dans les études d'association pangénomique, L'héritabilité manquante fait référence au risque de maladie qui n'est pas expliqué par les variantes génétiques communes.

Pour l'avenir du domaine IBD, Kugathasan dit que les études sur les interactions gènes-environnement - en examinant des facteurs tels que l'alimentation, microbiote, ou des expositions toxiques - peuvent donner des informations que les études d'association à l'échelle du génome n'ont pas.

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