Proteomics verandering in gastic adenocarcinomen van de Japanse patiënten

Proteomics verandering in gastic adenocarcinomen van de Japanse patiënten
Abstracte achtergrond
Gastric adenocarcinomen omvatten één van de voorkomende vormen van kanker in de Aziatische landen, waaronder Japan. Uitgebreide proteïneprofilering gepaarde chirurgische specimens primaire maag adenocarcinomen en nontumor slijmvliezen afgeleid van Japanse patiënten werd uitgevoerd door middel van tweedimensionale gel-elektroforese (2D-EP) en vloeistofchromatografie-elektrospray ionische tandem massaspectrometrie uitgevoerd (LC-ESI-MS) aan maagkanker-specifieke eiwitten als mogelijke klinische biomarkers en moleculaire doelwitten voor de chemotherapie vast te stellen.
Resultaten
Vrij algemeen veranderingen in eiwitexpressie werden geopenbaard in de tumor weefsels. Verhogingen mangaan dismutase en nonhistone chromosomaal eiwit HMG-1 (HMG-1) waargenomen, terwijl afnames in koolzuur anhydrases I en II, glutation-S-transferase en foveolin precursor (gastrokine-1) (FOV), een maag 18-kDa -specifieke eiwit met mogelijke tumor suppressor activiteit gedetecteerd. RT-PCR analyse toonde ook aanzienlijke neerwaartse regulatie van FOV mRNA expressie in tumorweefsels.
Conclusie
Een mogelijke pathologische rol van neerwaartse regulatie van FOV in maagkanker aangetoond. Evaluatie van de specifieke dalingen van gen- en eiwit expressie van FOV bij patiënten kan worden gebruikt als klinische biomarkers voor effectieve diagnose en evaluatie van maagkanker. Achtergrond
Gastric adenocarcinomen omvatten één van de voorkomende vormen van kanker in de Aziatische landen, waaronder Japan, waarbij de tweede alleen voor longkanker als het aantal doden veroorzaakt. Ondanks de recente ontwikkeling van diagnostische technieken meeste maagkanker patiënten in een vergevorderd stadium en hebben een zeer lage vijf jaar overlevingspercentage (minder dan 10%) [1]. Dit is deels te wijten aan een gebrek aan specifieke en gevoelige biomarkers voor de diagnose en bewaking van ziekteprogressie in een vroeg stadium, hoewel sommige maag tumormarkers, zoals de carcino-antigeen, zijn gebruikt en zijn gedeeltelijk effectief. Zoals maag carcinogenese is een multi-step proces, wordt uitgebreide analyse ook vereist voor individuele gevallen, waarin verschillende moleculaire gebeurtenissen zich voordoen in elk kankerverwekkende proces.
Onlangs werd proteomics analyse gebruikt om volledig te onderzoeken eiwitexpressie in lichaamsvloeistoffen, weefsels en cellen [ ,,,0],2-4]. Deze benadering, als klinische proteomics, is zeer nuttig voor het identificeren van ziekte-geassocieerde eiwitten die veranderingen in expressie en modificatie overeenkomt met een ziektetoestand vertonen [5, 6]. Deze ziekte gerelateerde eiwitten wordt verwacht dat biomarkers voor diagnose en vermeende gerichte eiwitten voor behandeling [7-9] is. Anderzijds hebben uitvoerige analyses van transcriptomen in tumorweefsels uit diverse kankerpatiënten met behulp van DNA microarrays en gen-chips werden de laatste jaren [10]. Er is echter een gebrek aan correlatie tussen veranderingen in mRNA en carcinogenese gedemonstreerd en kwantitatieve en kwalitatieve veranderingen post-translationele wijze gemodificeerde eiwitten als definitief genproducten worden beschouwd informatiever dan die van mRNA's in tumorweefsels worden voor het bestuderen van de moleculaire gebeurtenissen carcinogenese. Proteomische studies voor de identificatie van tumor geassocieerde eiwitten bij maagkanker stijgen en proteoom databases voor gastrische weefsels [11] en cellijnen [12] zijn geconstrueerd. Meeste betrekking op specifieke proteïnen of antigenen die de chemo- en hittebestendige eigenschappen van maagkanker [13-15] weerspiegelen en die zijn gekoppeld aan Helicobactor pylori
[16, 17]. In de onderhavige studie hebben we uitgevoerd uitgebreide proteoomanalyse van tumor en nontumor weefsels bij Japanse patiënten met maag carcinomen en verscheidene eiwitten geïdentificeerd waarvan de expressieniveaus vaak worden veranderd in klinische gevallen. In het bijzonder, de expressie van gastrokine-1 (GKN-1) werd gesuggereerd om onder zowel transcriptionele en translationele controlesignalen.
Resultaten
Eiwit scheiding en identificatie
Figuur 1A toont een beeld overzicht van een typische meester gel een maag tumorweefsel. Ongeveer 200 eiwit vlekken gekleurd met Coomassie brilliant blue (CBB) R-250 werden goed van elkaar gescheiden in de gels. De genummerde spots in Figuur 1B en 1C werden uit een gel, behandeld met trypsine en vervolgens onderworpen aan vloeistofchromatografie-elektronische nevel ionisatie tandem massaspectrometer analyse (LC-ESI-MS /MS). Zeventig-twee van hen vertegenwoordigen 69 verschillende soorten eiwitten werden geïdentificeerd. Tabel 1 geeft alle van de eiwitten geïdentificeerd door middel van peptide matching met de Mascot zoekalgoritme. De nauwkeurigheid in eiwit profiling werd geëvalueerd als de score waarde (boven de 37). Figuur 1 (A) Een overzicht van een moederbeeld 2D gel voor tumorweefsel afgeleid van een patiënt met een adenocarcinoom van de maag van. (B) en (C) De genummerde eiwitvlekken werden geïdentificeerd door LC-ESI-MS /MS en eiwitten matching, zoals getoond als figuren vergroot.
Tabel 1 Proteïne profiel gedetecteerd in tumorweefsel afkomstig van een Japanse patiënt met een maag adenocarcinoom.
Spot No.
aantal toetreding
Eiwit identificatie

Mass
SC (%)
Pi
Score
1
24.308.169
axonemal zware keten dynein type 3
473.776
0
6.04
37 2
15.010.550
heat shock eiwitten gp96 voorloper
90.309
7
4,73
62
3
72.222
heat shock protein 90 -β
83.584
14
4.97
176 verhuur 4
5.729.877
heat shock 70 kDa eiwit 8 isovorm 1
71.082
19
5,37
283
5
38.044.288
gelsoline isoform b
80.876
5
5,58
63
6
4.826.960
glutaminyl-tRNA synthetase
88.655 1
6,71
44
7
4.501.867
aconitase 2
86113
10
7.36
231
8
119717
ezrin
69470
7
5.94
75
9
4557871
transferrin
79280
9
6.81
97
10
16507237
heat shock 70 kDa eiwit 5
72.402
15
5.07
165
11
24.234.686
heat shock proteïne 70 kDa eiwit 8
53.598
16
5.62
160
12
4.885.431
heat shock 70 kDa eiwit 1B
70.267
11
5,48
143
13
1.082.886
tumor necrosis factor type 1-receptor-geassocieerd eiwit TRAP-1
75.694
13
8,43
288
14
31.542.947
chaperonine, mitochondriale matrix eiwit P1, P60 lymfocyt eiwit
61.187
13
5,7
299
15
28.592
serum albumin
71316
23
6.05
292
16
340219
vimentin
53738
18
5.03
79
17
4503729
similar naar FK506 bindend eiwit 4
49031
5
5.6
36
18
32709
IFP53
53559
21
5.93
277
19
4502643
chaperonin-containing TCP1, subunit6A (Zeta 1)
58.444
6
6.23
79
20
7.106.439
tubuline, β5
50095
14
4.78
125
21
37492
α-tubulin
50810
13
5.02
94
22
125604
pyruvate kinase, M2 isozyme
58447
5
7.95
234
23
4557014
catalase
59947
6
6.9
120
24
4503483
eukaryotic vertaling elongatie factor 2
96.246 verhuur 4
6,41
56
25

• Neerwaartse regulatie van Thrombospondin2 voorspelt een slechte prognose bij patiënten met maagkanker
• Catecholamine up-reguleert MMP-7-expressie door het activeren van AP-1 en STAT3 in de maag cancer