Proteomska promjena u gastic adenokarcinoma iz japanske patients

proteomsku promjene u gastic adenokarcinoma iz japanskih pacijenata
apstraktne pregled pozadine
želučanog adenokarcinoma obuhvaćaju jedan od najčešćih oblika raka u azijskim zemljama, uključujući Japan. Sveobuhvatan protein profiliranje uparenih kirurških uzoraka primarnih želučanog adenokarcinoma i nontumor sluznica izvedenim iz japanskih pacijenata je provedeno pomoću dvodimenzionalne gel elektroforeze (2D-EP) i tekuće kromatografije elektrosprej ionski masenom spektrometrijom (LC-ESI-MS) uspostaviti rak želuca specifične proteine ​​kao narodni kliničkih biomarkera i molekularnih ciljeva za kemoterapiju. pregled Rezultati
relativno česta promjena u ekspresiji proteina su objavljeni u tumorskim tkivima. Povećanje mangan dismutaza i nonhistone kromosomske proteina HMG-1 (HMG-1) se opaziti, dok je smanjenje ugljične anhydrases I i II, glutation-S-transferaza i foveolin prekursor (gastrokine-1), (FOV), 18-kDa želudac specifičnih proteina sa navodnim tumor supresorski aktivnost, otkrivena su. RT-PCR analiza pokazala značajnu-naniže izražavanja FOV mRNA u tumorskim tkivima. Pregled Zaključak
A mogući patološki ulogu za down-regulacije FOV u pokazana želuca karcinogeneze. Procjena posebnih smanjenjem ekspresije gena za FOV kod pacijenata može se koristiti kao klinički biomarkera za učinkovitu dijagnozu i procjenu raka želuca. Pregled pozadini pregled Želučani adenokarcinom obuhvaćaju jedan od najčešćih oblika raka u azijskim zemljama, uključujući Japan, kao jedini od raka pluća u pogledu broja smrtnih slučajeva to izaziva drugi. Unatoč nedavnom razvoju dijagnostičkih tehnika, većina pacijenata s rakom želuca se dijagnosticira u poodmakloj fazi i imaju vrlo nisku stopu petogodišnjeg preživljenja (manje od 10%) [1]. To je djelomično zbog nedostatka specifičnih i osjetljivih biomarkera za dijagnosticiranje i praćenje napretka bolesti u ranoj fazi, iako su neki želučani tumorski markeri, uključujući karcinoembrijski antigena, korišteni su i djelomično su učinkoviti. Kao želuca karcinogeneze je postupak u više koraka, također potrebna sveobuhvatna analiza pojedinačnih slučajeva, u kojem su različite molekularne događaji se događaju u svakom kancerogenog procesa. Pregled Nedavno proteomic analiza je korištena za sveobuhvatno ispitati ekspresiju proteina u tjelesnim tekućinama, tkivima i stanicama [ ,,,0],2-4]. Ovaj pristup, kao i klinička proteomics, vrlo je korisna za identifikaciju bolesti povezane proteine ​​koji pokazuju promjene u ekspresiji i modifikacije koje odgovaraju bolesnog stanja [5, 6]. Te bolesti povezanih proteina očekuje se da biomarkera za dijagnozu i pretpostavljenim ciljanim proteinima za tretman [7-9]. S druge strane, sveobuhvatna analiza transcriptomes u tumorskim tkivima različitih pacijenata oboljelih od raka pomoću DNK mikronizovima i genskih pločice su izvedena u posljednjih nekoliko godina [10]. Međutim, nedostatak korelacije između promjena u mRNA i karcinogeneze je pokazao i kvantitativne i kvalitativne promjene nakon translacije modificiranih proteina kao krajnji genskih produkata smatraju da se više informativan od onih mRNA u tumorskim tkivima za proučavanje molekularnih događanja u karcinogeneze. Proteomske studija za identifikaciju povezanih s tumorom proteina u karcinomu želuca su u porastu, a izgrađeni su i proteoma baze podataka za želučane tkiva [11] i stanične linije [12]. Većina njih tiču ​​specifične proteine ​​ili antigene koje odražavaju kemo i termo otporan svojstva raka želuca [13-15], a koji su povezani s Helicobactor pylori pregled [16, 17]. U ovom istraživanju, proveli smo opsežnu složenu analizu tumora i nontumor tkiva u japanskom bolesnika s želučanog karcinoma, te je utvrđeno nekoliko proteina od kojih je razina ekspresije često se mijenja u kliničkim slučajevima. Konkretno, izraz gastrokine-1 (GKN-1) je predložena da bude pod oba kontrolu transkripcije i translacije. Pregled Rezultati
razdvajanja proteina i identifikacije
Slika 1A prikazuje pregled slike tipičnog master gela za želučane tumorskog tkiva. Oko 200 proteinske mrlje obojene sa Coomassie brilliant blue (CBB) R-250 su dobro odvojeni u gelovima. Brojevima točke na Slici 1B i 1C izrezani su iz gela, tretira se sa tripsinom i podvrgnut tekućinskom kromatografijom elektronski sprej ionizacijska masenom spektrometru (LC-ESI-MS /MS) analize. Sedamdeset i dva od njih predstavlja 69 različitih vrsta proteina su identificirani. U tablici 1 su navedeni svi proteini identificirani kroz peptida usklađivanje s Maskota pretraživanje algoritam. Točnost u proteinskom profiliranja je ocijenjena kao rezultat vrijednosti (iznad 37). Slika 1 (A) prikazanje pregled master 2D gel sliku tkivu tumora izvedena iz bolesnika s želučanim adenokarcinoma. (B) i (C) Brojčani proteina mrlje su identificirani pomoću LC-ESI-MS /MS i podudaranja proteina, kao što je prikazano kao proširene slikama. Pregled Tablica 1. Protein profil detektirana u tkivu tumora, izvedeni iz japanske bolesnika s želučanim adenokarcinom. pregled Spot br
pristupni broj
Protein identifikacijski pregled
Masa
SC (%)
Pl
rezultat
1 pregled 24.308.169 pregled axonemal teškog lanca dynein tip 3 pregled 473.776
0 pregled 6.04
37 pregled 2 pregled 15.010.550 pregled protein toplinskog šoka gp96 prethodnik pregled 90.309 pregled 7
4,73 pregled 62 pregled 3
72.222 pregled heat shock protein 90 -β pregled 83.584
14
4,97 pregled 176 pregled 4
5.729.877 pregled toplinskog šoka 70 kDa protein 8 izoforma 1 pregled 71.082
19 pregled 5.37
283 pregled 5
38.044.288 pregled gelsolina izoforma b pregled 80.876
5
5,58 pregled 63 pregled 6
4.826.960 pregled glutaminil-tRNA sintetaze
88.655 pregled 1 pregled 6,71 pregled 44 pregled 7 pregled 4.501.867 pregled aconitase 2
86113
10
7.36
231
8
119717
ezrin
69470
7
5.94
75
9
4557871
transferrin
79280
9
6.81
97
10
16507237
heat šok 70 kDa protein 5 pregled 72402
15 Netlogu 5,07 pregled 165 pregled 11 pregled 24.234.686
heat shock protein 70 kDa protein 8
53.598 pregled 16
5.62 pregled 160 pregled 12 pregled 4.885.431 pregled toplinskog šoka 70 kDa protein 1B pregled 70.267
11
5,48 pregled 143 pregled 13 pregled 1.082.886
tumora nekroze tip faktora 1 receptora protein povezan TRAP-1 pregled 75694
13
8.43 pregled 288 pregled 14 pregled 31.542.947 pregled chaperonin, mitohondrijske matrice proteina P1, P60 limfocita proteina
61.187 pregled 13 pregled 5.7 pregled 299 pregled 15
28.592 pregled serum albumin
71316
23
6.05
292
16
340219
vimentin
53738
18
5.03
79
17
4503729
similar za FK506-vezujući protein 4
49031
5
5.6
36
18
32709
IFP53
53559
21
5.93
277
19
4502643
chaperonin-containing TCP1, subunit6A (zeta 1)
58444 pregled 6
6,23 pregled 79 pregled, 20 pregled 7.106.439 pregled tubulin, β5
50095
14
4.78
125
21
37492
α-tubulin
50810
13
5.02
94
22
125604
pyruvate kinaze, M2 isozyme
58447
5
7.95
234
23
4557014
catalase
59947
6
6.9
120
24
4503483
eukaryotic prijevod produljenje faktor 2 pregled, 96.246
4
6.41 pregled 56 pregled, 25 pregled, 179.279 pregled ATP sintaze β podjedinice pregled 56.861
5 pregled 5,39
59 pregled, 26 pregled 7.657.041 pregled dolje regulirano metastaza pregled 320.846 pregled 2 pregled, 7,07 pregled 40 pregled, 27 pregled 4.504.169 pregled glutation sintetaze, GSH synthetase
52523
5
5.67
99
28
12017952
GE36
73327
2
5.2
37
29
34234
laminin-binding Protein pregled 31.888
12
4,84 pregled 51 pregled, 30 pregled 16.359.158 pregled aktin, beta pregled 42078
14
5,29 pregled 171 Netlogu 31 pregled 6.635.125 pregled KIAA0284 protein pregled 161.473 pregled 2 pregled, 6,36 pregled 47 pregled, 32 pregled 5.803.225 pregled 14-3-3 £
29326
8
4,63 pregled 49 pregled, 33 pregled 4.504.707 pregled inozitol polifosfata-4-fosfataza, tip II, 105 kD pregled 105.749
1 pregled 5,87 pregled 37
34 pregled 35.038.601
hipotetski protein DKFZp761A078
74864
2
7.27
47
35
12017952
GE36
73327
1
5.2
38
36
4505877
plectin 1 izoforma 1 pregled 520111
1 Netlogu 5,57
44
37
38158018 Netlogu Centrosomalna protein 1, centrioli protein povezan, centriolin pregled 269874 pregled 1 Netlogu 5.44 pregled 39 pregled, 38 pregled 30.157.438 pregled CTD vežu SR-poput proteina rA9 pregled 180240
1
9.15 pregled 41 pregled, 39 pregled 4503471
eukariotskih prijevod produljenje faktor 1 α1 pregled 50.451
12 pregled 9.1 pregled 191 pregled 40 pregled 4.757.810 pregled ATP sintaze
59.828
17 pregled 9,16
178 pregled 41
693.933 pregled 2-phosphopyruvate-hydratase α-enolaza pregled 47.421
22
7.01 pregled 240 pregled 42
123.576 pregled 47 kDa protein toplinskog šoka prethodnik pregled 46.352
14 pregled 8.27
177 pregled 43 pregled 5.032.069 pregled srastanje faktor 3b, podjedinice 4
44.414
3 pregled 8.54
58 pregled, 44 pregled 4.503.471 pregled eukariotskih prijevod produljenje faktor 1 α1 pregled 50.451
4
9,1
47
45 pregled 5.921.789
citrat sintaze, mitohondrijski prethodnik pregled 51.959
12
8.13 pregled 114 pregled 46 pregled 4.505.763 pregled fosfoglicerat kinaze 1 pregled 44.985
14 pregled 8.3 pregled 87
47 pregled 4.504.069 pregled aspartat aminotransferaze 2 prethodnik pregled 47.844 pregled 6
9,14 pregled 52 pregled, 48 pregled 7.669.492
gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaze pregled 36201 pregled, 13
8,57 pregled 49 pregled, 49 pregled 4.757.756 pregled aneksin A2
38808 pregled, 9
7,57 pregled 87 pregled, 50 pregled 6648067
malat dehidrogenaze, mitohondrijska prethodnik pregled 35965
7 Netlogu 8,92 pregled 60 pregled, 51 pregled 5.031.857 pregled laktat dehidrogenaze pregled 36.950
6
8,44
43 pregled, 52 pregled, 238.427 pregled Porin 31 HM pregled, 30.737 pregled 29
8.63 pregled 124 pregled 53 pregled 5.174.447
guanin nukleotid-vezujući protein
35.511 pregled osam pregled 7.6 pregled, 65 pregled, 54 pregled 34.740.329 pregled heterogena nuklearna ribonukleoproteinskog A3
39799
7
9.1
43
55
4504983
galectin-3
26229
12
8.58
42
56
4504447
heterogeneous nuklearna ribonukleoproteinskog A2 /B1 ona izo-A2
36041
7
8,67 pregled 40 pregled, 57 pregled, 86901 pregled ATP-ovisne DNK helikazna RAP30 /74 lanac RAP30
26350
3
9,46 pregled 41 pregled, 58 pregled, 230.445 pregled ugljične anhidraze sam
28903 pregled, 12 pregled 6.44 pregled 67 pregled, 59 pregled 455739
ugljične anhidraze II pregled, 29285
8 Netlogu 6,87 pregled 82 pregled, 60 pregled 26.892.090 pregled beta-bina lanac varijanta pregled 16101
40 pregled 7.86
121 pregled 61
34.709 pregled mangan superoksid dismutaza pregled 24.891
10
8,35 pregled 111 pregled 62 pregled 4.507.645 pregled triozafosfat izomeraze 1 pregled 26.938 pregled, 17
6,45 pregled 47 pregled, 63 pregled 38.488.935 pregled foveolin prethodnik
20.546
16
5,65 pregled 95 pregled, 64 pregled 478813
nonhistone kromosomske proteina HMG-1 pregled 25.139
13
5,41 pregled 60 pregled, 65 pregled 2.204.207 pregled glutation S-transferase
23595
34
5.43
73
66
178755
proapolipoprotein
28944
8
5.45
103
67
37267
transketolase
68435
4
7.9
59
68
189998
M2-type piruvat kinaze pregled 58.447
10
7,95 pregled 157 pregled 69
825.605 pregled glutation S-transferaza pregled 25.650
10
8,51 pregled 65
Ovi proteini mogu se svrstati u nekoliko kategorija na temelju njihove funkcije, uključujući i citoskeleta proteina, povezanih sa stresom i chaperoning proteini, akutne faze proteina, glikolitičkih enzima, enzima koji sudjeluju u metabolizmu i proliferaciju stanica, suzbijanje tumora proteina i proteina u želucu specifične . pregled Zajedničke promjene ekspresije proteina između tumora i nontumor tkiva u bolesnika s rakom želuca
raznolik promjene u proteoma su razlike između tumora i nontumor tkiva iz istih pacijenata. Kao što je prikazano na slici 2, u nekoliko uobičajenih promjene uočene kod pet japanskim pacijenata s rakom želuca (slučajevima do E). Mangan superoksid dismutaza (MnSOD) nonhistone kromosomsku proteina HMG-1 (HMG-1), fosfoglicerat kinaza 1 (PGK-1), ugljične anhidraze I i II (CA I i II), foveolin prekursor FOV (gastrokine-1), aspartata aminotransferaze 2 prekursor (AST) i glutation S-transferaze (GST) pokazuju uobičajene promjene u ekspresiji između tumora i nontumor tkivima, uključujući, među identificiranih proteina. Ekspresija proteina MnSOD i HMG-1 je pokazano da se viša u tumorskim tkivima, dok je u nontumor tkiva. S druge strane, CA I i II, FOV, AST i GST proteini su otkrili da se podregulirani u tumorskim tkivima. Preklopa Promjene u ekspresiji ovih proteina u odnosu na onaj GAPDH sažeto su prikazani u Tablici 2. Najviše Značajno smanjenje je prikazan u razini FOV u svim slučajevima. Stupanj smanjenja GST ekspresije proteina bio je gotovo isto kao da je u FOV (Kućišta B, D i E), iako se ne zabilježeno je u druga dva slučaja. S druge strane, povećanje HMG-1 obilježen u tri slučaja (A, C i D), no takva razlika u ekspresiji nije uočeno u druga dva slučaja. MnSOD pokazuju tendenciju rasta u tumorskim tkivima tri bolesnika (Kućišta A, C i D), ali je relativno smanjenje je također promatrana u predmetu B. Što se tiče PGK-1, značajnog odnosa između mnogostrukost promjene u ekspresiji proteina i patološko stupnjevanje tumora jedva uočeno. Slika 2 Detaljne alteracija uzoraka proteina. (A) i (B Nontumor) tumor proteine ​​uključujući CAI (No.58) CAII (No.59) MnSOD (No.61) FOV (No.63), HMG-1 (No.64) i GST (No.65). (C) Nontumor i (D) tumorskih proteine ​​uključujući PGK-1 (No.46), AST (No.47) i GST (No.69). GAPDH, zaokruženo, korišten je kao referentne bjelančevine.
Tablica 2 puta promjene u ekspresiji proteina između nontumor i tumorskih tkiva dobivene od pet pacijenata sa želučanim adenokarcinoma. Pregled Proteini
slučaja
Slučaj B
Slučaj C
Slučaj D
Slučaj E pregled
CA sam
-6,5 pregled -1,6 pregled -3,3 pregled -4,3 pregled -2,6 pregled CA II
-2.6
-1.3
-26
-4.3
-13
FOV
-13
-13
-26
*
-26
MnSOD
+1.7
-2.6
+6.5
+1.4
+1.1
HMG-1
+13
*
+3.7
+13
*
PGK1
+1.6
+1.1
-1.2
+2.6
-1.4
AST
-13
-1.6
-6.5
-3.7
-2.6
GST
*
-26
*
-13
-13
CA sam, ugljične anhidraze I. pregled CA II, ugljične anhidraze II.
FOV, foveolin prekursor.
MnSOD, mangan superoksid dismutaze. Pregled HMG-1, nonhistone kromosomske proteina.
PGK1, fosfoglicerat kinaza 1. pregled AST, aspartat aminotransferaza 2 prekursor. pregled GST glutation S-transferaza, pregled *, nije određeno.
RT-PCR analiza
pomoću RT-PCR, promjene u mRNA izraz u tumoru i nontumor tkiva dobivenih od pacijenata s rakom želuca analizirani su za proteine ​​koji izloženih promjene u ekspresiji proteina, uključujući i FOV, MnSOD i HMG-1. Kao što je prikazano na slici 3, FOV mRNA znatno smanjena u tumorskim tkivima u četiri u svih bolesnika (slučajevima A, B, C i E), ali nije pronađen u bilo nontumor ili tumorskih tkiva iz drugog pacijenta (Slučaj D) , S druge strane, MnSOD mRNA znatno je povećan u četiri pacijenta (Kućišta B, C, D i E), iako je otkriven mala razlika u razini mRNA između nontumor i tumorskih tkiva u slučaju da je. Međutim, odnos između inhibitora HMG-1 mRNA ekspresije i patoloških fenotipova tumora jedva uočeno. Slika 3. Usporedba mRNA ekspresije proteina vjerojatno povezana s karcinogeneze između nontumor i tumorskim tkivima dobivenim od pet pacijenata s želučanog adenokarcinoma (slučajevima do E) pomoću RT-PCR. N i T ukazuju nontumor i tumorskih tkiva, odnosno. Pregled Rasprava
U ovom istraživanju smo proveli proteomski analizu tumora i nontumor tkiva dobivenih od japanskih pacijenata želučanog adenokarcinoma. Šezdeset i devet različitih proteina u tkivu tumora iz želuca kod raka su identificirani 2D-EP i LC-ESI-MS /MS, koje je uključivalo stres proteini, Hsp70, Hsp90 i chaperonine sadržava TCP1 (CCT) za samozaštitu; glikolitičke enzimi, trioza fosfat izomeraze 1, α-enolaze i PGK-1, za rastuću utrošak energije; proteine ​​staničnog skeleta, ezrin, gelsolina izoforma b i vimentin; proteini koji su uključeni u staničnu diferencijaciju i proliferaciju, galektin-3 i transferin; i proteini izlažu pretpostavljenu tumor supresorski aktivnost, FOV. Mnogi od tih proteina su da je to povezano s tumorogenezom želučanih adenokarcinoma uključuju više koraka i faktora [18, 19]. Pregled Mi smo također pokazali da su razine ekspresije nekoliko proteina u tumorskim tkivima obično su promijenjeni u pet japanskih pacijenata želučanom adenokarcinoma, u usporedbi s onima u nontumor tkiva. Čest porast ekspresije proteina u tumorskim tkivima dogodilo MnSOD, HMG-1 i PGK-1, dok je čest smanjenje tumorskih tkiva dogodilo FOV, GST i AST
superoksid (O 2 . - ), slobodni radikali, bitno je za antimikrobnu djelovanje granulocita i monocita. Superoksid dismutaza (SOD) brzo uklanja višak superoksida proizvedena u stresnim i bioloških reakcija in vivo pregled kroz katalizu pretvorbu superoksid s H + H 2O 2 i O 2. MnSOD, jedan od busenje, nalazi se u mitohondrijima i doprinosi zaštiti mitohondrijske DNA od oštećenja. To je izvijestio da je poboljšana izraz MnSOD u progresivnom raka želuca treba biti povezan s stopa preživljavanja u pet godina nakon operacije [20] i osjetljivosti na kemoterapiju [21]. U ovom istraživanju, ekspresija proteina MnSOD bila viša u 4 od 5 bolesnika s rakom želuca, što ukazuje na sebi zaštitnu reakciju. S druge strane, doreguliranjem MnSOD u tumorskim tkivima smatra se miješati s djelotvornom kemoterapijom temelju radikala, koji može prouzročiti smanjenje osjetljivosti na lijekove protiv raka i određivati ​​težinu raka. Pregled HMG-1 regulira transkripciju različitih gena i strukturnog stabilizaciju kromosoma u vidu proteina se veže na DNA. HMG-1 je da je to povezano s karcinogeneze i metastaza u debelom crijevu i raka dojke [22]. Pregled transkripcije doreguliranje HMG-1 u karcinom želuca Također je pokazano [23]. Izražavanje HMG-1 u tumorskim tkivima predloženo je da se odnose na otpornost na cisplatin [24]. Mi pokazano povećanje tog proteina u tri slučaja. Pregled, GST je lijek koji metaboliziraju enzim koji katalizira konjugaciju reduciranog glutationa na lijekove i metabolite, a također doprinosi detoksikaciju kancerogenih tvari. Dakle, što je smanjenje u aktivnost može biti faktor rizika za karcinogeneze. Infekcija bakterijom Helicobacter pylori je izvijestila da uzrokuje smanjenje GST izrazu [25], što sugerira da je smanjenje u GST aktivnost može biti uzrok želuca karcinogeneze. U ovom istraživanju, što je smanjenje u GST ekspresije proteina zabilježeno je u tri slučaja. Smanjenje GST ekspresiju proteina mogu se koristiti kao biomarkera za dijagnozu želučanih tumora. Pregled AST je aminotransferaze koji djeluje amino kiselina i α-keto kiseline, koji je raspoređen široko ljudskih organa. AST je pušten u krvotok zbog povećane propusnosti i uništavanje tkiva. Povišena koncentracija AST proteina je prijavljen u krvi bolesnika s hepatitisom, malignih tumora, uključujući hepatoma i leuchemia. Ekspresije gena GST Također je pokazano da je doregulirana u kolorektalnim tumorskim tkivima [26]. Međutim, smanjenje AST ekspresije obično je u svim tumorskim tkivima dobivenim od sadašnjih pet pacijenata s želučanog adenokarcinoma. Daljnje studije trebale provesti da se objasne li smanjenje AST proteina posebno promatra u želučanom tumorskih tkiva ili ne.
Povišena ekspresija PGK-1, koji je jedan od enzima u glikolitičke put i koji katalizira defosforilaciju 1,3 bisphosphoglycerate proizvesti ATP, uočen je u mnogim malignih tumorskih tkiva koje ovise o ATP, kao glavni izvor energije. Solidni tumori su mislili da je potrebno hiperprodukcija ATP održavati pojačanu proliferaciju. Dotadašnjem regulacija glikolitičkih enzima, uključujući PGK-1 u karcinom pluća [27] i M2 tipa piruvat kinaze u karcinomima debelog crijeva [28], je objavljeno i sugerira da su korisni za probir raka. Međutim, u ovoj studiji, značajno odnos PGK-1 ekspresije i fenotipova želučanog adenokarcinoma jedva detektiran. Stoga PGK-1 smatraju nije pogodna za dijagnosticiranje raka želuca.
Ugljične anhydrases (CAS) su enzimi sadrži cink koji se distribuira širom svijeta u raznim organima i koje čine veliku obitelj, uključujući CA-ja u CA -IX. Oni kataliziraju hidrataciju CO 2 za srednji metabolizam i održavanje pH i ionske ravnoteže u tijelu. Do sada je izravan odnos je pokazao između maligne transformacije i ekspresije proteina za CAS I kroz VII [29]. Dva ranije studije su pokazale da je ekspresija oba CA-I i CA-II je značajno smanjena u usporedbi s kolorektalnih tumora u normalnom debelog epitela ili sluznice [30]. Drugi izvještaj prezentirani rezultati koji pokazuju da je smanjena ekspresija CA-I i CA-II je u korelaciji s biološkim agresivnosti raka debelog crijeva i sinkronog udaljenih metastaza [31]. Kao što je prethodno predložen [32], želudca i kolorektalni karcinom se može podijeliti sličan mehanizam stanične proliferacije i sluznice zbog malignog oboljenja i može postati biomarkera za te karcinoma, jer je opaženo uobičajene smanjenje ekspresije proteina CA-I i CA-II u ovom istraživanju.
UVP, koja je identična želuca specifičnih 18 kDa antralnom sluznice proteina! (AMP-18) [33, 34], GKN1 [35] i djetelina faktor interakcije (z) (TFIZ) [36], je pokazano da su značajno podregulirani ili odsutna u adenokarcinoma pacijenata želučanog u ovoj studiji. Ljudski AMP-18 i humani carcinoantigenic CA11 genski produkt, koji kodira aminokiselinski slijed koji se razlikuje od AMP-18 u samo jedan ostatak [37, 38], funkciju izlučenih faktora rasta djelomično odgovoran za održavanje normalne funkcionalnu želuca epitel [33]. I AMP-18, a genski produkt CA11 su izvijestili da se intenzivno izražene u normalnom tkivu želuca, ali ne i u većini karcinoma želuca [33, 37, 38]. Imunohistokemijske studije pokazale da AMP-18 čini se da su prisutne u mukoznim epitelnim stanicama normalnog antruma ljudskog želuca i duodenuma [33]. Nedavno, TFIZ pokazano je da djeluje kao regulator rasta želučanog epitela putem formiranja heterodimer s faktorom delta 1 (TFF1) [36]. Naši Ovi podaci nadalje potvrdila visoku ekspresiju FOV u nontumor želučane tkivima i značajnu supresiju proteina u želučanom adnocarcinomas, što ukazuje da FOV imaju ulogu u održavanju normalnog diferencijacije epitelnih stanica i supresiju tumora, ali ne i u tumorskim tkivima. Nadalje smo pokazali da transkripcija FOV mRNA također je uobičajeno podregulirani u bolesnika s karcinomom želuca, što ukazuje da do značajnog smanjenja FOV proteina zbog supresije ekspresije FOV gena. Nadalje, jedan bolesnik je protein nije otkriven u nontumor tkivima, što ukazuje da je razina ekspresije proteina u vidno polje osoba može odrediti želučani adenokarcinom fenotip. Prema tome, razina ekspresije FOV kao biomarkera može biti korisno za procjenu raka želuca. Pregled Zaključak pregled Protein profiliranje tumora i nontumor tkiva dobivenih od japanskih bolesnika s želučanog adenokarcinoma je izvedena pomoću 2D-EP i LC ESI-MS /MS. Identificirani proteini uključeni molekularne pratiocima, enzime energije za proizvodnju, proteine ​​citoskeleta, i tako dalje. Zajednički proteina promjene nađene su u bolesnika oboljelih od raka želuca. Protein izraz MnSOD i HMG-1 je regulira prema gore dok je GST, AST i FOV je dolje regulirano u želučanim tumorskih tkiva. Korelacija između promjene ovih proteina i njihove transkripcije ekspresije u karcinomu želuca teško je zabilježena u ovoj studiji, osim u slučaju FOV. Proteina i ekspresija gena UVP, želuca specifični sekretorni faktora rasta za normalne želuca epitelnim stanicama, bio je značajno podregulirani u tumorskim tkivima dobivenim iz japanskih pacijenata želučanog adenokarcinoma. Praćenje razina ekspresije ovog želuca specifičnih proteina u kliničkim uzorcima mogu pružiti korisne informacije za otkrivanje raka želuca kao specifičnog biomarkera i za bolje razumijevanje želučane karcinogeneze.
Metode pregled Materijali pregled DNaze, RNA-ze A, 2-merkaptoetanola (2-ME), staklene kuglice (212-300 um), Nonidet P-40, akrilamid, N, N, N ', N'pregled -tetramethylenediamine (TEMED), natrij dodecilsulfat (SDS ) jodacetamida i ditiotreitol (DTT), nabavljeni su od tvrtke Sigma (St. Louis, MO). Agaroze za isoelectronic fokusiranje (IEF), a Pharmalyte pl 3-10, 4-6,5 i 8-10,5 su od Amersham Bioscience (Piscataway, NJ). Tripsina (čistoće za sekvenciranje) bio je od Roche (mannheimske, Njemačka). Fenilmetilsulfonil fluorid (PMSF), tiouree, sorbitol, natrijev pirofosfat, amonijev persulfat, D, L-asparaginska kiselina, trikloroctena kiselina, sulfosalicilna kiselina dihidrat, octene kiseline, acetonitrila, mravlje kiseline i trifluoroctene kiseline (TFA) bilo je od Wako Pure Chemicals (Osaka Japan). Urea od Katavama kemikalijama (Osaka, Japan). Pepstatin A i leupeptin su iz Peptide Institute (Osaka, Japan). NH 4HCO 3 i N, N'-metilenbisakrilamid su iz Nacalai Tesque (Kyoto, Japan). CBB R-250 je iz ICN Biomedicals Inc. (Aurora, OH). Molekularna masa standardi su bili iz APRO znanosti, Inc (Tokushima, Japan). TRIZOL reagens je od Life Technologies (Frederick, MD). Oligo (dT) 12-18 primer, deoksinukleotida (dNTP), a RNaseOUT su od Invitrogen (Carlsbad, CA). M-MLV reverzne transkriptaze i Taq DNA polimeraze su od Promega (Madison, WI). Pregled tkiva i priprema uzoraka pregled primarnih želučanog adenokarcinoma i susjednih nontumor sluznice prikupljeni su na gastrektomije i osigurava Odjel za kirurgiju, Graduate School Medicinski, Sveučilište u Tokushima, Tokushima, Japan. Istraživanje je provedeno u skladu s Deklaracijom Helsinkija Svjetskog liječničkog zbora, te je odobren od strane etičkog povjerenstva Sveučilišta u Tokushima. Informirani pristanak dao je sve od pacijenata koji su dali kliničke uzorke. Tkiva su zamrznuti na suhom kupelji leda i metanola što je prije moguće nakon seciranja i pohranjena u zamrzivaču prije (-80 ° C) uporabu. Za analizu mRNA, tkiva su prvo uronjeni u RNAlater (Takara, Tokyo, Japan) prije zamrzavanja. Detaljan klinikopatološkim podaci, uključujući fazu tumora (prema AJCC sustava), stranice i diferencijacije, te histološke podataka o uzorcima tkiva su navedeni u Tablici 3. Nijedna od ovih slučajeva su klasificirani u scirrhous kategorije tipa i tumorskih tkiva jasno distinguishted od ne-tumorske jednom u svakom slučaju. Za dvodimenzionalne gel elektroforeze (2D-EP), ekstrakcija proteina iz tkiva je provedeno prema sljedećem postupku. Smrznuti blokovi (20-30 mg mokre mase) su homogenizirani u plastičnom tučkom (Toyobo, Tokyo, Japan) u prisutnosti staklenih kuglica 10 vol /mokre mase puferu za dijalizu koji sadrži 5 M urea, 1 M tiurea, 10 mM Nappi , 1.67 uL /​​mL 2-ME, 0.005% DNaze, 0,05 mg /ml RNase a, 20 uM leupeptina, 1 mM EDTA, 2 mM PMSF i 20 uM pepstatinA, a tada je centrifugirana na 50.000 okretaja u minuti tijekom 30 minuta na 4 ° C (Beckman -Coulter, Fullerton, CA). Dobivena supernatant se upotrijebi kao ekstrakt tkiva. Koncentracije proteina su određene s Bradford komplet za određivanje proteina (Bio-Rad, Hercules, CA) koristeći goveđi gama-globulin kao standard.Table 3 Klinička obilježja bolesnika s želučanog adenokarcinoma. pregled Case

Age

Sex

Locationa

Gradeb

Stage


A
63
Male
UM
G3
IIIA
T2N2M0H0
B
68
Female
L
G2
II
T2N2M0
C
76
Male
ML
G2
IV
T4N3M0
D
78
Female
L
G2
III
T2N0M0H0
E
77
Male
ML
G2
II
T2N1M0
AU: gornja, M: srednja, L: niže
bG2: umjereno diferenciran, G3. slabo diferencirani pregled Dvije dimesional elektroforeza gel pregled 2D-EP je provedena kao što je ranije [39] što je opisano. Prvi-dimenzionalni izoelektričnog fokusiranja se izvodi na 1% (masa /volumen) agaroznom gelu (φ 2.6 x 180 mm) s pH 3-10 gradijenta pri 700 V kroz 18 sati na 4 ° C, a drugi prostorna SDS gel elektroforeza je izvedena sa 5-15% (w /v) akrilamid gradijent (m pregled r raspon, 6-200 kDa) u standardnoj ploče gela (20 × 13 cm) pri 15 mA tijekom 3 sata, a potom pri 70 mA tijekom 2 sata na sobnoj temperaturi. Gelovi su obojeni CBB R-250.
Uzoraka proteina (500 ug) izvađen iz središta tumora i okolnih histološki normalne sluznice su bili podvrgnuti 2D-EP i trčanje u paru rame uz rame.
Neki od obojenog spotova izrezani su 2D-gela u gelu digestiran s tripsinom i zatim podvrgnuti LC-ESI-MS /MS analize, kako je prethodno opisano [40]. Mješavina peptida je odvojen sa obrnutim sustav faza nanoLC (poznati, Swichos II, konačan, LC pakiranjima, Sunnyvale, CA). Isprane Peptidi su prska izravno u ESI masenom spektrometru (Esquire3000 Plus, Bruker-Daltonics, Fremont, CA).
Veliki volumen MS /MS podataka je snimljeno s DataAnalysis 3.1 softvera (Bruker-Daltonics), pretvara u tekst datoteke oglasa vrijednosti mase od majki iona, a intenzitet i mase ioni fragmenata, a zatim obrađuje s maskotom algoritma (Matrix Science Ltd, London, UK) dodijeliti peptide u NCBI bez suvišne baze podataka sekvence pomoću taksonomski ograničenje, 'ljudski'. Pretraživanje baze podataka je provedena sa parametrima opisanim u Yoshimura et al. [40]. Analiza pregled slika i MS sekvenciranja peptida pregled slike stjecanja i analize provedene su uz molekularnu Imager FXProPlus (Bio-Rad) i ImageMaster softvera (Bio-Rad). Usporedbe su između gela slike tumora i uskladiti nontumor uzoraka par po par. Normalizirane razlike volumena su statistički izračunata za svih pet slučajeva. Sadržaj gliceraldehid 3-phosphodehydrogenase (GAPDH) protein je korišten kao referenca za procjenu struko promjenu ekspresije proteina između tumora i uparen nontumor tkiva kao razina GAPDH mRNA i proteina nije promijenjen tkiva dobivenih od pacijenta. Dosljedno i značajno različite mrlje su odabrani za analizu LC-ESI-MS /MS. Proteinski mrlje! Odrezani su iz gelovima u male komadiće, te podvrgnut u gelu trostrukom probavu noći [40]. Peptida Maseni spektri zabilježeni su, i korišteni su parametri za Spektri, kao što je prethodno navedeno [40]. Točnost u podudaranju proteinske baze podataka koristeći maskota Pretraga [41] bila je ocijenjena kao rezultat više od 37, koji je dobiven u većini analiza. Izolacija pregled RNA i RT-PCR analiza pregled tumora i uskladiti nontumor uzorci (cca. 50 mg mokre mase) se samelje i homogenizirana ručno u 1 ml Trizol reagensa (Invitrogen) na ledu. RNA je izolirana bez DNaze I liječenja u skladu s protokolom proizvođača. Ukratko, 0,2 ml kloroforma 3 doda se homogenata, te centrifugiranjem na 20,600 x g tijekom 15 minuta. Jednaki volumen 2-propanol se doda u dobivenu supernatant kako bi se istaložio RNA. Nakon centrifugiranja, talog se ispere s 75% etanol /diethylpyridylchloride (DEPC) -tretirane vode, nakon čega slijedi sušenje. Pelet je otopljen u odgovarajućem volumenu DEPC-tretirane vode kao ukupne frakcije RNA. Za reverznu transkripciju (RT), 2 ug RNA iz svakog uzorka je transkribirana na 37 ° C tijekom 1 sata u prisutnosti 200U od Molony virus leukemije reverzne transkriptaze (Promega), oligo (dt) 12-18 primera 0,5 mm dNTP i 50U od RNaseOUT.

• Dolje regulacija Thrombospondin2 predviđa lošu prognozu u bolesnika s karcinomom želuca
• Kateholamina se regulira MMP-7 izraz aktiviranjem AP-1 i STAT3 kod raka želuca