Nėra Helicobacter pylori aukštos tetraciklino atsparus 16S rDNR AGA926-928TTC genotipą skrandžio biopsijos iš dispepsijos pacientų iš São Paulo, Brazil

nebuvimas Helicobacter pylori interjero miesto Viesbutis High tetraciklino atsparus 16S rDNR AGA926-928TTC genotipą skrandžio biopsijos egzempliorių iš dispepsijos pacientams miesto São Paulo, Brazilija
Anotacija pervežimas Background pervežimas gydymo veiksmingumą Helicobacter pylori pervežimas interjero skiriasi regioniniu ir mažėja visame pasaulyje, daugiausia kaip antibiotikams atsparios bakterijos rezultatas. Tetraciklinas paprastai yra įtrauktas į antros eilės H. pylori
likvidavimo schemas. Brazilijoje, aukšto lygio atsparumu tetraciklino (Ter) yra daugiausia susijęs su AGA926-928TTC 16 s rDNR nukleotidų pakaitų. Kaip H. pylori
kultūra yra išrankus, mes ištirti pagrindinis įvykis H. pylori
16 s rDNR aukšto lygio Ter genotipą naudojant molekulinį požiūris tiesiai ant skrandžio biopsijos iš dispepsijos pacientų, lankančių eilės ligoninėje das Clinicas iš Marilia, San Paulas, Brazilija.
metodai
skrandžio biopsijos mėginių iš 68 pepsinė opa (kojytė) ir 327 lėtiniu gastritu (CG) pacientams su teigiama histologinio H. pylori pervežimas buvo tiriama Ter 16 S rDNR genotipas per kurio molekulinė tyrimo remiantis stiprinamas 16 S rDNR 545 bp fragmento pagal polimerazės grandinine reakcija ir Hinfl
restrikcijos fragmentas, ilgio polimorfizmo (PGR /RFLP). Per šį tyrimą, AGA926-928TTC 16 S rDNR Ter genotipas lėmė trys DNR fragmentas apribojimas modelio (281, 227 ir 37 bp) ir jo nebuvimas, kilęs dviejų DNR fragmentai (264 ir 281 bp) Dėl 16 S rDNR užkonservuoti Hinf I rezultatai
apribojimas svetainę.

545 BP 16 S rDNR PGR fragmentas buvo papildyta nuo 90% skrandžio biopsijos iš histologinių H. pylori
teigiamiems pacientams. Hinfl
RFLP atskleidė nebuvimas AGA926-928TTC H. pylori
genotipo ir PGR produktų dviejų pacientų parodė, nesant užkonservuotas 16 s rDNR Hinfl
apribojimas svetainėje. BLASTN sekos analizė keturių Amplikonų (du užkonservuoti ir du su neregėtą Hinfl pervežimas apribojimas modelio) atskleidė 99% homologiją H. pylori
16 s rDNR iš Afrikos, Šiaurės ir Pietų Amerikos bakterijų izoliatų. Nukleotidų pakeitimo panaikino užkonservuotas Hinfl
apribojimas svetainę dviejų PGR fragmentų su neregėtą Hinfl
RFIP, todėl EcoRI
apribojimas svetainėje.
Išvados
H.pylori
AGA926- 928TTC 16 S rDNR genų substitucijos nerasta mūsų gyventojų. Daugiau mokslinių tyrimų reikia ištirti, ar Helicobacter pylori
Ter turi skirtingą genetinę fone mūsų regione ir jei nukleotidų pakaitų iš nekultūringi H. pylori
16 S rRNR dalinių sekų turi biologinę reikšmę.
Raktažodžiai
Helicobacter pylori
tetraciklinas atsparumo Helicobacter pylori
16 S rDNR Nukleino rūgštis remiantis diagnozė Helicobacter pylori
16 s rDNR polimorfizmo Background
Jis yra plačiai pripažįstama, kad Helicobacter pylori
, gramo neigiamo microaerophilic bakterija , yra susijęs su keliais virškinamojo trakto ligų, tokių kaip lėtinis gastritas ir dvylikapirštės žarnos ir dvylikapirštės žarnos opų, skrandžio vėžio ir limfinio audinio proliferacinių ligų [1]. Nėra standartizuotas gydymas režimas už H.pylori
infekcijos [2], ir kai bakterija aptikta pakitusiu skrandžio gleivinės, rodoma gydymas susideda iš trigubų antibiotikų kurso įskaitant metronidazolio, klaritromicinu, amoksicilino, tinidazolas, tetraciklinų ir fluorochinolonų, susijusio su protonų siurblio inhibitorius, pavyzdžiui, omeprazoliu, lansoprazolo ar pantoprazolo [3-5], pagal antibiotikų recepto politiką vietos medicininę priežiūrą.
H. pylori
likvidavimo normos, kurių kartu agentų ir režimų skaičius yra beveik 80% [6, 7], svyruoja nuo šalies ir regiono šalių viduje [8]. Keletas veiksnių prisidėti prie šio žemu H. pylori
gijimą įskaitant antibiotiko įsiskverbimo neveiksmingumą skrandžio gleivinės, dezaktyvavimo antibiotiko pagal rūgšties sekrecijos skrandžio [9], pacientų atitinka stoka [10] ir daugiausia, avariniai atvejai ir padidėjimas H. pylori
antibiotikų atsparių padermių [11]. Taigi, regioninė H. pylori
atsparumas stebėjimas yra labai svarbus bandymo ir gydymo strategijas.
Brazilijoje, iš žemyno matmenų šalyje, praktikuojančių gydytojų dauguma yra tetraciklino į antrąją liniją gydymą, kai sugenda Klasikinė trigubas režimas sudaro claritromycin, amoksicilino ir protonų siurblio inhibitorių septynias dienas įveikti H. pylori
infekcija [12].
H. pylori
atsparumas tetraciklino (Ter) yra žemas daugelyje šalių [13-15], atvirkščiai, Lotynų Amerikoje, atsižvelgiant į nedidelį skaičių tyrimų, buvo įrodyta, kad būti didelis Čilės [16] ir Brazilijoje [17]. Be to, per keletą metų iš Ter dažnis buvo apskaičiuotas didėja [15, 18-21]. Todėl, atsižvelgiant į klinikinę svarbą pirminės H. pylori
atsparumo antibiotikams, ji turėtų būti laikoma regioniniu prieš įtraukta likvidavimo schemas.
Aukso standarto nustatymo metodas H. pylori in vitro, pervežimas jautrumo antibiotikai atitinka į pagal kultūrą mikroorganizmų atskirai. Tačiau dėl lėto augimo ir konkrečius reikalavimus H. pylori
kultūros, šis metodas nėra patikimas naudoti daugumai įprastinių klinikinių laboratorijų, daugiausia besivystančiose šalyse. Taigi, molekuliniai tyrimai skirtos pasipriešinimo susijęs genų mutacijas tiesiogiai iš biopsijos mėginių turi naudoti didelio masto tyrimų [22-25] potencialą.
Molekulinio mechanizmo Ter sudaro jo junginių su konkrečiu 16 S rRNR regione, bendrauja Dedame su aminoacylo-tRNR transferazės į svetainę iš ribosomos. Tai privalomas Svetainė buvo apibrėžta atominės rezoliucijoje ribosomų iš Thermus thermophilus
formuojasi dviejų sričių 16 S rRNR frakcija sudaro spiralės 34 ir kilpą šalia HELIX 31 [26, 27]. H. pylori
izoliatų, didelis laipsnis Ter yra daugiausia dėl trijų bazinių mutacijų, iš AGA926-928 į TTC, per 16 s rRNR genų rRNR /b [28, 29]. Mutacijos vienu arba dviem iš šių pozicijų sukelti žemo lygio Ter [30, 31].
Brazilijoje, atliekama pacientams iš Braganca Paulista, San Paulas tyrimai parodė, kad trigubas AGA926-928 į TTC mutacijų randama visų Ter H. pylori
izoliatai [32]. Taigi, naudojant molekulinį požiūrį polimerazės grandininės reakcijos, susijusios su restrikcijos fragmentas ilgis Polimorfizmas (PGR-RFLP) Analizės, mes ištirti pirminį sergamumą H. pylori
aukšto lygio Ter tiesiogiai skrandžio biopsijos mėginių, gautų iš dispepsijos pacientų pateiktų į gastroskopija ligoninėje das Clinicas iš Marilia, San Paulas, Brazilija, nuo 2003 sausio iki 2006 metų liepą
rezultatai ir jų aptarimas
Skrandžio ligos baigtį 1102 pacientų, lankančių gastroenterologija polikliniką ligoninės das Clínicas iš Marilia tyrė endoskopija ir histopatologiniai. Endoskopinė išvada pepsinė ar dvylikapirštės žarnos opa (kojytė) dalyvavo 119 pacientų. Skirtingu lėtinio gastrito (CG) buvo stebimas histopatalogiją į 693 pacientų ir kitaip keisti daugiausia, atitinkantys gastroezofaginio refliukso ligos (GERD) ir normalaus skrandžio gleivinės, buvo rasta 290 pacientams. Kai kurie pacientai, pateikti daugiau nei vieną pakeitimą, su sunkiausia patologija svarstoma į analizę.
Aptikimas H. pylori
buvo atliktas tiesiogiai iš biopsijos pagal histologiją, aukso standartas, H. pylori
diagnostinis testas dirba mūsų klinikinės rutinos, kuri kartu su histopatologiniams analizė yra nuspręsti, H. pylori
likvidavimo terapija. 119 kojytė, 693 CG 290 GERL mėginių, 76, 359 ir 2, atitinkamai, buvo teigiami H. pylori
pagal histologiją.
Kai aptinkamas skrandžio gleivinę, klasikinis, H. pylori
likvidavimo trivietis režimas yra nustatytas į mūsų gastroenterologija sveikatos priežiūros klinikose. Kai pirmasis pasirinkimas režimas terapija nepavyksta išnaikinti H. pylori
, antroje eilutėje režimas, kurių sudėtyje yra tetraciklino yra nurodyta. H. pylori
antibiotikas Ter skiriasi regioniniu, yra labai mažai Europoje ir Šiaurės Amerikoje [2, 33, 34]. Tačiau Azijoje [15, 19, 35] ir Lotynų Amerikoje, įskaitant Brazilijos [16, 32], dideliu greičiu H. pylori pervežimas Ter buvo rasta. Taigi, siekiant pagerinti H. pylori paiešką
susijęs ligos gydymas, daugiausia atveju pirmosios likvidavimo nesėkmės, mes ištirti regioninio aukšto lygio H. pylori pervežimas Ter naudojant molekulinį požiūrį, grindžiamą PGR ir RFIP tiesiogiai iš tos pačios skrandžio biopsijos naudojami sparčiai ureazės testą. buvo įtrauktos tik biopsijos mėginiai iš pacientų, turinčių teigiamą H. pylori
diagnostika histologiją. 545 BP H.pylori
16SrDNA PGR fragmentas buvo gauta iš 89,5% (68/76 skirto) ir 91,1% (327/359) skrandžio biopsijos iš kojytė ir CG pacientų. Kaip abu bandymai buvo atlikti ant vieno ir skirtingų skrandžio biopsijos ir H. pylori
infekcija kelia židinio charakteristika infekcijos [36], siekiant pagerinti jautrumą šį metodą, išsėtinės biopsijos paėmimą rekomenduojama iš vienas po kito.
, Tam, aptikti pagrindinius susijusius taškines mutacijas, AGA, kad TTC prie 926, 927 ir 928 į H. pylori
16 S rDNR pozicijų, susijusių su aukšto lygio Ter ir unikaliu genotipo būdingas Brazilijos Ter H. pylori
izoliatų [32] 545 BP 16 S rDNR PGR fragmentas buvo apribotas Hinfl
. Šių H. pylori
16 S rDNR amplikono yra užkonservuotas Hinfl
apribojimas svetainė, kuri suteikia vidinę kontrolę fermentų virškinimui, todėl dviejų DNR fragmentas apribojimas modelio, kai trigubai AGA926-928TTC nukleotidų pakeitimo yra nėra. 395 PGR mėginių, 393 pristatė du DNR fragmentas apribojimas modelis ir du PGR produktus, gautus iš kojytė (Hp16S563Mar) paciento ir CG (Hp16S587bp) pacientui nebuvo suardomas Hinfl
. Aukšto tetraciklino atsparus AGA926-928TTC genotipas priklauso nuo H. pylori
16 S rDNR nedalyvavo mūsų gyventojų. Šie rezultatai gali būti ženklas, kad H. pylori pervežimas aukšto lygio Ter nesant ar kad mūsų regione kitas 16 s rDNR nukleotidų pakaitų arba skirtingi genetiniai faktoriai dalyvauja tetraciklino atsparumo, kaip rasti kitų tyrimų [21]. Daugiau mokslinių tyrimų turi būti atliekami siekiant patvirtinti arba paneigti šias hipotezes.
Siekiant patvirtinti, kad 545 bp H. pylori
16 s rDNR PGR produktus išplinta iš skrandžio biopsijos specifiškumą, 545 BP PGR fragmentai gauti iš du H. pylori
teigiami kojytė pacientai naudojami kaip kontrolės PGR reakcijų (Hp16S248Mar ir Hp16S644Mar) ir 545 bp PGR fragmentų nenuspėjamos Hinfl
apribojimas modelis pavadintas Hp16S563Mar ir Hp16S587bp buvo sekos ir analizuojami pagrindinio BLASTN paiešką [ ,,,0],37]. Visi keturi sekas pateikti 99% homologija 16 S rDNR iš Vakarų ir Pietų Afrikos, Pietų ir Šiaurės Amerikos H.pylori
izoliatų. rasti kiekvienas taškas mutacijos analizuojami PGR seka, palyginti su H. pylori
16 s rDNR sekų atskaitos keliančių didesnę homologiją gautais Amplikonų apibendrinti 1 lentelėje panaikinimas Hinfl
apribojimas svetainėje Hp16S563 ir 587Mar lėmė iš nukleotidų pakeitimo 958 pozicijos, kilmės EcoRI
apribojimas svetainėje. Tokiu būdu, nukleotidų AR pakaitų šių 16 S 545 bp PGR fragmentai buvo patvirtinta EcoRI
ribojimo tyrimu (duomenys neparodyta). Biologinis reikšmė nukleotidų pakaitų rasti mūsų 16 S nekultūringi H. pylori
PGR fragmentai turi būti tiriami. 1 lentelė palyginimas Helicobacter pylori 545 BP 16 s rDNR Bekos nukleotidų polimorfizmas tarp literatūros ir nekultūringi bakterijos štamų
H. pyloristrain +
16 s rDNR nukleotidų pozicijos #

926-928

947

954-959

981

988

1092

1093

1097

SouthAfrica07
AGA

GAATCC

T
T
C
G
2017WestAfrica
AGA

GAATCC

T
T
C
G
EU544200USA
AGA

GAATCC

T
T
T
G
Punas /Peru
AGA

GAATCC
G
C
T
C
G
Hp16S248Mar
AGA
G
GAATCC

T
T
C

Hp16S644Mar
AGA

GAATCC
A
T
G
C
G
Hp16S563Mar
AGA

GAATTC

T
T
T
G
Hp16S587Mar
AGA

GAATTC
G
C
T
C
G
# remiantis H. pylori
nuoroda padermė 26.995; + Stojimo numeriai H. pylori
seka štamų SouthAfrica07, 2017WestAfrica, EU544200USA, Puno /Peru, Hp16S248Mar, Hp16S644mar, Hp16S563Mar ir Hp16S567Mar yra atitinkamai: [GENBANK: CP002336.1, GENBANK: CP002571.1, GENBANK: EU544200.1, GENBANK: CP002982.1, GENBANK: JQ315410, GENBANK: JQ315411, GENBANK: JQ315412 ir GENBANK:. JQ315413]
išvadas Viesbutis The aukšto lygio Ter H.pylori
genotipo priklausomi nuo AGA926-929TTC 16 s rDNR genų keitimai nerastas mūsų gyventojų. Daugiau mokslinių tyrimų reikia ištirti, ar H. pylori Viesbutis High norma Ter nėra arba jei jis yra susijęs su kitu bakterijų genetinės fone mūsų regione. Be to, biologinė reikšmė iš nenumatytų nukleotidų pakaitų iš Marilia nekultūringi, H. pylori
16 S rDNR dalinė seka reikia atlikti papildomus tyrimus.
Metodai
Pacientų
1102 suaugusių pacientų gyventojas Marilia mieste, San Paulas valstybė, Brazilija, amžiaus nuo 19 iki 91 metų, kurie turėjo iš eilės atliktos ezofagogastroduodenoskopija (EGD) už viršutinės pilvo dalies skausmas ar dispepsijos simptomų nuo 2003 sausio iki 2006 liepos tuo gastroenterologija poliklinikoje ligoninės das Clínicas iš Marilia medicinos mokyklos, buvo įtraukti į šį tyrimas.
endoskopija, biopsijos
EGD buvo pasiekiama fibroendoscope (GIF-XP20, GIF-XQ20) arba vaizdo endoskopas (GIF-100) ir "Olympus". Skrandžio ar dvylikapirštės žarnos opa diagnozė buvo nustatyta endoskopija ir du fragmentai antralinėje dalyje buvo renkami atlikti greitą ureazės ir histopatologinių bandymus. Biopsija naudojamas greitam ureazės testas buvo toliau pateikti DNR ekstrakcijai. Naudojamas protokolas yra susitarusi su Helsinkio deklaraciją ir patvirtino Etikos komiteto Žmogiškųjų tyrimų Marilia medicinos mokyklos su nuoroda 388/01.
Histologija
One antralinių pavyzdį buvo nustatyta formalino tirpale 10% ir įdėta į parafiną. Skyriai buvo Giemsa tamsintas H. pylori
vertinimo ir buvo tamsintas su hematoxilin ir eozinu už vertinimą histopatologinis pokyčių [38].
DNR išskyrimas ir polimerazės grandininė reakcija
polimerazės grandininė reakcija ir apribojimų analizė buvo įsteigtas tas pats biopsijos naudojama greitam ureazės testą. Tai buvo pateiktas DNR ekstrakcijai su GFX DNR išskyrimo rinkinys įsigijo iš Amersham /Pharmacia Biotech darbo, pagal gamintojo instrukcijas. DNR buvo kiekybiškai agarozės gelio elektroforezės naudojant Invitrogem mažas masės kopėčiomis ir 50-100ηg buvo naudojamas PGR reakcijų su pradmenimis Hp16Sr1 (jausmas),): 5 'AAC PGS AKTAS GAA GCT GAT TG 3 "; Hp16S R2 (Priešprasminis): 5 'TGG BTK ŠMC TTC GCA GTA TT 3 ", kuri sustiprina apsaugotą fragmentą 545 bp, atitinkančios H. pylori
16 S rRNR geno tarp nukleotidų pozicijas 700 ir 1245 (sunumeruoti pagal rRNR geno H. pylori
padermės 26695), modifikuotas iš [32]. Visais PGR reakcijų neigiamos ir teigiamos kontrolės buvo naudojami atitinkantis, atitinkamai, steriliu vandeniu ir dvi skirtingas ureazės H. pylori pervežimas teigiami skrandžio biopsijos iš kojytė pacientams. PGR sąlyga buvo 94 ° C 5 ", po 40 ciklų 94 ° C 1 '/55 ° C 1' /72 ° C 1" ir vieną ciklą esant 72 ° C 7 ", kurių visas tūris 25 pL, kurių sudėtyje yra 1x PGR buferis, 200 mkm dNTP, 2,0 mm MgCl 2, 1μM oligoHp16Sr1, 1μM oligo Hp16Sr2, 1,25 U Taq DNR polimerazė Platina Brazilija (Invitrogen), 2,5% DMSO, 50ηg DNR. PGR produktai buvo išspręstas 1,5% agarozės gelyje tamsintas etidžio bromido ir fotografavo ultravioletinėje šviesoje.
Apribojimas ir sekos analizė
16 S rDNR 545 bp Amplikonų gautų PGR iš biopsijos buvo suardomas Hinf
Aš (BIOLAB - Naujosios Anglijos) pagal gamintojo instrukcijas. Nuspėjama apribojimas raštas tetraciklino jautriems H. pylori
padermių atitinka dviejų fragmentų 264 ir 281 bp ir H. pylori
kamienai su aukšto atsparumo tetraciklino atitinka tris fragmentus 281, 227 ir 37 bp. Apribojimo analizę produktai buvo išspręstas 8% akrilamido geliai, tamsintas su etidžio bromido ir fotografavo ultravioletinėje šviesoje. 16 S rRNR 545 BP PGR amplikonų iš dviejų H. pylori
teigiamų kontrolinių skrandžio biopsijos (Hp16S248Mar ir 644Mar) ir dviejų Amplikonų keliančių netikėtų Hinf
I restrikcijos modelius (Hp16S563Mar ir Hp16S587bp) buvo pateiktas sekos su DyeTM Terminatorius v3.0 ciklas sekos Paruošta reakcija rinkinys ir ABI-3100 mašina perkama iš taikomosios Biosistem, pagal gamintojo instrukcijas. Nukleotidų seka nustatymas buvo atliekamas dviem egzemplioriais ir lyginamosios analizės atliko pagrindinio nukleotidų BLAST suderinimo [37]
Autoriaus įmokos
RBS ir "CMA atlikti molekulinius tyrimus ir prisidėjo prie įsigijimo ir aiškinimo duomenis.; MAS sukurta eksperimentus, prisidėjo prie duomenų analizę ir parengė rankraštį. Visi autoriai skaityti ir patvirtino galutinį rankraštį
Pastabos
Rodrigo Buzinaro Suzuki, Cristiane Marija Almeida prisidėjo vienodai prie šio darbo
Santrumpos
kojytė:..
Pepsinė opa

CG: Rīga, Lėtinis gastritas
GERL: Rīga, gastroezofaginio refliukso liga
PGR:
polimerazės grandininė reakcija
RFLP: Rīga apribojimas fragmentas ilgio polimorfizmo
Ter: Rīga, Tetraciklinas atsparumas
.
deklaracijų
Padėka
esame dėkingi dr Adriana Augusta Pimenta de Barros už jos priežiūrą prie visų įtrauktų pacientų tyrime ir dr David Howe už jo indėlį į su leidimas rankraštis kalba. Šis darbas buvo remiamas Fundação de Amparo Pesquisa padaryti Estado de São Paulo (FAPESP), mokslinių tyrimų dotacijos 2006 /01223-0; Brolija "CMA 2005 /04.087-7.
Konkuruojančių interesų
Mes Neturime deklaruoti.

• Genomo pokyčiai ir molekulinės potipiai skrandžio vėžio azijiečių
• Interobserver ir intraobserver sutartis dėl skrandžio gleivinės atrofijos