Žmogaus skrandžio patogenas Helicobacter pylori turi potencialų acetono karboksilazės, kuris didina jo gebėjimas kolonizuoti pelėms

Žmogaus skrandžio patogenas Helicobacter pylori
turi potencialų acetono karboksilazės, kuris didina jo gebėjimas kolonizuoti Pelės
Anotacija
Background
Helicobacter pylori
kolonizuoja žmogaus skrandį ir yra etiologinį agentas pepsinė opa , Visi trys H. pylori
kamienai, kurie buvo sekos datos yra potencialus operono kurių produktai dalis homologija su acetono karboksilazės subvienetų (užkoduotas acxABC
) nuo Xanthobacter autotrophicus
padermės Py2 ir Rhodobacter capsulatus
padermės B10. Acetonas karboksilazės katalizuoja acetono Acetoacetatas konversiją. Genės prieš srovę spėjamas acxABC
operono koduoti fermentų, konvertuoti Acetoacetatas į acetoacetil-CoA, kuris yra metabolizuojamas toliau generuoti dvi molekulės acetil-CoA.
Rezultatai
Norėdami nustatyti, ar H. pylori acxABC
operono turi vaidmenį priimančiosios kolonizacijos į acxB
homologas to, kad pelės pritaikytos H.pylori
SS1 padermės buvo inaktyvuotų su chloramfenikolio atsparumas (kačių
) kasetėje. Pelių kolonizacijos tyrimuose H. pylori numeriai
atsigavo nuo pelių paskiepytas acxB: katė
mutantas paprastai buvo nuo vieno iki dviejų eilėmis mažesnę nei atsigavo nuo pelių užkrėstų motininės padermės. Statistinis duomenų analizė, naudojant Wilcoxin rank testas parodė, kad į H. pylori skaičių skirtumai
izoliuotas nuo pelių užkrėstų dviejų padermių buvo reikšmingas tuo 99% pasikliovimo lygiui. Lygiai acetono, susijusių su skrandžio audinio pašalintas iš sveikų pelių buvo išmatuota ir nustatyta, kad svyruoja nuo 10-110 μmols už gramą šlapios masės audinio
Išvada
kolonizuojamą defektas acxB. Katė
mutantas siūloma keletas vaidmenį už acxABC
operono į išlikimo skrandyje bakterija. Produktai į H. pylori acxABC
operono gali veikti pirmiausia acetono panaudojimo ar gali katalizuoti yra susijusi reakcija, kuri yra svarbi dėl išlikimo ar augimo kompiuterio. H.pylori
susiduria didelius lygius acetonu skrandyje kuriuo jis galėtų naudotis kaip potencialus elektronų donoras microaerobic kvėpavimui.
Faktai
Helicobacter pylori
yra microaerophilic, gramneigiamos bakterijos tai yra reikšmingas patogenas žmogaus skrandžio gleivinės [1, 2]. Kolonizacija skrandžio gleivinės H. pylori
veda prie lėtinio uždegimo, kad galima pereiti prie ligų, įskaitant lėtinį gastritas, dvylikapirštės žarnos opa, skrandžio vėžio ir gleivinės-susijęs limfoma [3-5] įvairovė. Atsižvelgiant į antimikrobinio gydymo nėra, kompiuteris gali patirti gyvenime H. pylori
infekcijos skrandžio gleivinę.
H. pylori pervežimas gebėjimą išsilaikyti žmogaus skrandžio ilgą laiką rodo, kad tai yra gerai pritaikyta įsigyti maistinių medžiagų ji turi augimo šią unikalią nišą. Pavyzdžiui, gleivinės sluoksnis pelės skrandžio yra dideles sumas molekulinio vandenilio (17-93 mikromolių), kurio kilmės iš metabolinio aktyvumo mikrobų floros storojoje žarnoje [6]. H. pylori
yra gebantį panaudoti šį molekulinę vandenilį kaip elektronų donoras microaerobic kvėpavimo ir funkciniu hydrogenase reikalingas sėkmingai kolonizavimo pelių H. pylori
[6, 7]. Skirtingai nuo daugelio vandenilinių oksiduojančių bakterijų, tačiau H. pylori
negali autotrofinių CO 2 fiksacijos.
Keletas tyrimų išnagrinėjo H. pylori
galimybę panaudoti įvairias anglies šaltinius. H. pylori
turi ribotą gebėjimą įgyti ir Pritaikysime cukrų, pastabą, kad yra suderinamas su genomo sekų H. pylori pervežimas analizės padermių 22695 ir J99 [8]. Gliukozės yra tik vienas angliavandenis H. pylori
yra gebantį panaudoti kuris ji per Entner-Doudoroff būdo [9, 10]. Amino rūgštys taip pat tarnauja kaip anglies šaltinį H. pylori
ir yra naudojami pirmenybė H. pylori
auginimo terpėse, kurių sudėtyje yra sudaryta iš gliukozės ir amino rūgščių [9, 11] mišinį. Piruvato, pagrindinis tarpinis centrinėje apykaitą, atrodo, sukurtas daugiausia iš laktato, alanino ir serino, o ne gliukozės H. pylori
[12, 13]. Piruvato konvertuojamas į acetil-CoA iki piruvato: flavodoxin oksidoreduktazė H. pylori pervežimas, kuri vėliau gali išmaitinti į trikarboksirūgšties (TBS) ciklą [14]. Be to, alanino, laktato, acetato, formiato ir sukcinatas gali būti pagamintos H. pylori
ląstelių, inkubuotuose aerobiniu būdu [12]. Iš acetato ir formiatui kaip medžiagų apykaitos produktų gamyba siūlo mišrią rūgšties fermentacijos keliu H. pylori pervežimas egzistavimą, nors deguonies yra nepaprastai svarbus augimui bakterijos [12].
Analizė genomo sekos H . pylori
padermių 26.695, J99 ir HPAG1 atskleidė galimą operono trijų genų (paskirtą HP0695, HP0696 ir HP0697 H pylori
26.695) produktai, kurių bendra 50-63% aminorūgščių tapatybę su beta , α, ir gama subvienetų acetono karboksilazės iš Xanthobacter autotrophicus
padermės Py2 ir Rhodobacter capsulatus pervežimas padermės B10 [15]. Homologai acetono karboksilazės randama bakterijų skaičius, bet X. autotrophicus parsisiųsti ir R. capsulatus
fermentai geriausiai apibūdina. Acetonas karboksilazės katalizuoja ATF priklausomus Karboksilinimo iš acetono Acetoacetatas, reikalingas augimui X autotrophicus
ir R. capsulatus
acetonu, kaip vienintelis anglies šaltinis ir elektronų donoras kvėpavimą [15-17]. X autotrophicus
acetonas karboksilazės turi didelį afinitetą acetonu (km = 8 mikronų), tačiau apyvarta norma fermento yra labai lėtas (~ 45 per minutę) [15]. Kompensuoti mažos apyvartos normą acetono karboksilazės X. autotrophicus pervežimas gamina didelį kiekį fermento (17-25% visų tirpių baltymų), kai auginami acetono [15] pervežimas genų, esančių šalia H. pylori
HP0695-HP0696-HP0697 operono koduoti fermentai parodyta konvertuoti acetoacetatas į acetoacetil-CoA, kuris toliau metabolizuojamas į acetil-CoA [8, 18]. Acetonas, acetoacetatas ir 3-β-hidroksibutirato yra ketonų įstaigos gaminami žinduolių perivenous hepatocitų metu riebalų rūgščių skilimo ir yra naudojami kaip elektronų donorų kvėpavimo, kai angliavandeniai yra nėra lengvai prieinama [19]. Lygiai taip pat ketonų organai yra svarbūs energijos šaltiniai žmonėms, kai angliavandenių nėra, šie junginiai gali būti naudojami kaip kvėpavimo elektronų donorai H. pylori
kolonizavimo skrandžio gleivinę. Norėdami nustatyti, ar HP0695-HP0696-HP0697 operono turi vaidmenį priimančiosios kolonizacijos mes inaktyvuotų HP0696 į H. pylori
kamieno SS1. HP0696 mutantas buvo pažeista jo gebėjimas sudaryti kolonijas peles rodo, kad acetono Karboksilinimo ar susijusios fermentiniu aktyvumu katalizuoja produktų HP0695-HP0696-HP0697 operono yra reikšmingas veiksnys surengti kolonizaciją.
Rezultatai
H. pylori
yra genų prognozuojama, kad dalyvauja acetono metabolizmas
trijų H. pylori
padermių, kurių genomai buvo sekos yra aštuonių užkonservuotas genų viduje yra ~ 10 kb DNR sekos klasteris rinkinį, iš kurių šeši koduoti fermentai prognozuojama, kad Pritaikysime acetono ir acetoacetatas į acetil-CoA (1 pav. ir 2). Helicobacter acinonychis
, artimai susijusios rūšies, kad užkrečia didelių kačių, taip pat turi šio geno klasterius. Kaip nurodyta pirmiau, trys iš šių genų pasidalinti homologiją su acxABC
, nors pirmieji du genai operono yra nurodoma kaip genų, koduojančių hidantoinas panaudojimas baltymų A ir methylhydantoinase, atitinkamai paaiškintos H. pylori
genomų. Hydantoinases katalizuoja 5-narių žiedų hidrolizę per hidrolizės būdu iš vidaus imidu jungtimi ir dažnai turi gana platų specifiškumą substratui. Baltymų duomenų bazėje, kurio biocheminis funkcijos buvo įrodyta, aukštakrosnių analizė atskleidė, kad prognozuojama produktų H. pylori
genų labiausiai atitikti tų Xanthobacter
sp. Py2 acxABC
operono (59-68% aminorūgščių tapatybę per visą ilgį iš trijų numatomų padaliniuose). Dėl neseniai sekos H.pylori
ir H. acinonychis
genomus paskutinį geno operono anotacijoje taip acxC
[20, 21]. Taigi, H. pylori
HP0695-HP0696-HP0697 operono tikriausiai koduoja acetono karboksilazės o ne hydantoinase, ir mes, taigi nuoroda į šį operono kaip acxABC
. 1 pav organizavimo genų, dalyvaujančių acetono metabolizmo H. pylori ir H. acinonychus padermes. Genų pavadinimai yra nurodyta žemiau kiekvienos rodyklės (nubraižyta ne pagal mastelį). Atviri skaitymo rėmai, kurie nebuvo pateikti genų pavadinimo paaiškintos genomo sekos nurodytos su kuriuo HP paskyrimo (H. pylori
26695) A JHP žymėjimas (H. pylori pervežimas J99), arba tik atviras skaitymo rėmelis numeris (H. pylori pervežimas HPAG1 ir A. acinonychis
įtampą Sheeba). Ortologinių genai genties keturių kamienų yra tos pačios spalvos. Genai jhp0628 H. pylori pervežimas J99 ir 0671 H. pylori pervežimas HPAG1 būti susijusi su hp0688 ir hp0689 nuo H. pylori sintezės
26695. H. pylori
J99 ir HPAG1 turi du genus šiame regione, jhp0629 (HPAG1_0672) ir jhp0630 (HPAG1_0672), kad koduoti II tipo DNR metiltransferazei ir II tipo restrikcijos fermentą, atitinkamai, ir kurie negali rasti H. pylori
26695. funkcijų genų produktų per acetonas metabolizmo klasterius apibūdintos tekste. Siūlomos funkcijos aplinkinių genų produktai: fecA
, geležies (III): dicitrate transportinių baltymų; feoB
, geležies (II) transportinių baltymų; dgkA
, diacilglicerolio kinazės; Gyra
, subvieneto A DNR girazės; dcuA
, anaerobinis C4 dikarboksilatas transporteris; ir ansB
, asparaginazė II.
pav pasiūlyti 2 būdas: acetono panaudojimo H. pylori. Siūlomas būdas: acetono konvertavimo į acetil-CoA į H. pylori
ir H. acinonychis
yra parodyta. Reakcijos ir genai koduoja fermentus, atsakingus už katalizuoti kiekvieną reakciją nurodyti
kitų dviejų genų viduje geno klasteris, scoA
(HP0691) ir scoB
(HP0692), koduoti sukcinil KoA. Acetoacetatas CoA-transferazės ( SCOT), kuris katalizuoja acetoacetatas plius sukcinil-CoA konversiją į acetoacetil-CoA plius sukcinato [18]. Acetoacetil-KoA gaminamas Scot toliau metabolizuojamas acetoacetil-CoA tiolazę, kuris yra koduojamas FADA
(HP0690; genas yra komentuojami kaip THL
H. pylori pervežimas J99 ir atoB
H pylori
HPAG1 ir H. acinonychis
), generuoti dvi molekulės acetil-CoA iš acetoacetil-CoA plius kofermento A (CoA) [8]. Likusios dvi genai per šį klasterį, HP0693 ir HP0694, prognozuojama, kad koduoti trumpas grandinės riebalų rūgščių permease ir išorinės membranos baltymo, atitinkamai, ir gali veikti transporto acetoacetatų.
Aštuonis genus per šį spėjamą acetono apykaitos klasterio yra išdėstyti tą patį vienas kito atžvilgiu per tris H. pylori
padermių, bet klasterio yra orientuotas į vieną iš dviejų galimų kryptimis (1 pav.), kuriame nurodyta DNR inversijos šiame regione atsiradimo metu evoliucijos H.pylori
. Suderinimai DNR sekų trijų virusų padermių susiaurino inversijos svetainė ~ 40 BP pasroviui acxC
homologas ir ~ 160 bp prieš paleidimo kodono už FADA
(duomenys neparodyti). Jokių didelių tiesioginių ar apverstas kartojasi randama netoli šių regionų, kurie galėjo dalyvaujančių inversijos, ir todėl mes negalime spėlioti, kad dėl šios inversijos mechanizmą. H. pylori pervežimas padermių J99 ir HPAG1, bet ne 26695, yra prognozuojama II tipo DNR metiltransferazė (jhp0629 ir HPAG1_0673) ir II tipo restrikcijos fermento (jhp0630 ir HPAG1_0672) ribojasi su spėjamą acetono metabolizmas genų klasterius.
H. acinonychis
turi spėjamą acetonas metabolizmą genų klasterius ir per klasterius genai yra toje pačioje orientacijos kaip ir tos, H. pylori pervežimas J99. H. acinonychis
šie genai yra greta dgkA
ir Gyra
nes jie H. pylori pervežimas, bet yra derinamas priešingoje pabaigoje dcuA
ir ansB
. FecA parsisiųsti ir feoB
genai, kurie yra netoli acetonas apykaitos genų spiečius H. pylori
padermių, yra ~ 69 KB šio geno klasteris H. acinonychis
. Taigi, santykinis išdėstymas viduje acetonas apykaitos klasterio genų išliko nepaprastai užkonservuotas per H. pylori
evoliucijos ir H. acinonychis
nepaisant to, kad greta regionas šių dviejų rūšių genomų buvo atlikta . platus pertvarkymai
H. pylori acxB: katė
mutantas yra ydinga jo gebėjimas sudaryti kolonijas pelėms Viesbutis The acxB
geno H. pylori pervežimas SS1, kuris yra pelės pritaikyti kamieno buvo sutrikdytas su varža chloramfenikolio (kačių
) kasetėje. Kultūros laukinio tipo H. pylori
SS1 ir acxB: katė
mutantas buvo auginami Mueller-Hinton sultinio papildyta arklių serumo ar anksčiau aprašytą apibrėžtą terpę [22]. Įvairaus dydžio acetono svyruoja nuo 1,3 mM iki 26 mM buvo įtraukta į augimo žiniasklaidos siekiant nustatyti, ar acetonas paveikti augimą arba padermės. Ląstelių augimas buvo stebimas gyvybingų ląstelių skaičius taip pat optinių tankių kultūrų įvairiuose kartus. Įskaitant acetono arba augimo žiniasklaidos neturėjo įtakos augimo rodiklio arba galutinio ląstelių išeiga H. pylori pervežimas SS1 ar acxB poveikį: katė
mutantas (duomenys neparodyti). Acetoną nesugebėjimas stimuliuoti augimą H. pylori pervežimas SS1 pagal tirtų sąlygomis nėra netikėtas, nes augimo terpės H. pylori pervežimas yra labai maistingas turtingas. Šie duomenys taip pat rodo, kad acxABC
nereikia acetono detoksikacijos
į acxB galimybę. Katė
mutantas kolonizuoti pelėms buvo palyginti su tėvų H. pylori pervežimas SS1 kamieno dviejose atskiri tyrimai. Kiekviename tyrime, vienuolika pelių buvo pasėta su laukinio tipo padermės ir vienuolika buvo pasėta su acxB: katė
mutantą. Trys savaitės po Sėjimas į peles su H. pylori
padermių, pelėms buvo aukojami ir buvo pasiryžę H. pylori pervežimas skaičių nuo gyvūnų skrandžiai. Dėl pelių, kurios buvo pasėta su laukinio tipo padermės, dauguma gyvūnų (19/22 gyvūnų) turėjo H. pylori
skaičių, kurie buvo gerokai didesnė už aptikimo ribą, kuri buvo 500 ksv vienam gramui skrandžio (Pav. 3). H. pylori pervežimas skaičius mėginiuose buvo virš aptikimo ribos svyravo nuo 10 4 - 10 6 ksv vienam gramui skrandį. Dauguma pelių paskiepytas acxB: katė
mutantas taip pat turėjo išmatuojamą lygį H. pylori pervežimas (15/22 gyvūnai), tačiau H. pylori skaičių
susijęs su šių pelių paprastai vienas buvo du eilėmis yra žemesnės nei pelėms, kad buvo inokuiiuojama laukinio tipo padermės. Statistinis duomenų analizė, naudojant Wilcoxin rank testas patikrinti, kad H. pylori skaičių skirtumai
išskirti iš pelių užkrėstų dviejų padermių buvo reikšmingas tuo 99% pasikliovimo lygmeniu, nurodant, kad acetonas karboksilazės sustiprino gebėjimą H.pylori
SS1 kolonizuoti pelės skrandį. Kadangi mes negalėjome klonuoti acxABC
operono mes negalėjome patikrinti, papildymo, kad acxB
mutacija buvo atsakingas už kolonizacijos broką. Tačiau tai mažai tikėtina, kad kolonizacija fenotipas acxB
mutantas buvo dėl poliarinių poveikio, nes nėra jokių papildomų genai į acxABC
operono bet iš trijų H. pylori
padermių, kurių genomai buvę sekos iki šiol (1 pav.). Be to, kolonizacija defektas nėra tikėtina, nes slopinimas ar antrinė mutacijos, nes mes pastatytas acxB
mutantas šviežių izoliuoti kamieno SS1 išieškota iš užkrėsto pele. 3 pav Pelės kolonizacija tyrimas H. pylori SS1 ir izogeninių acxB: katė mutavęs štamas. Duomenys yra pateikiami kaip sklaida sklypas kolonijas sudarančių vienetų skaičius viename grame skrandžio, kaip nustatyta pagal lėkštelių skaičių. Kiekviena dėmė atstovauja ksv skaičius iš vienos pelės, išreikštas kaip log10 vertė (ksv /g skrandžio) į Y ašies. Pagrindo linija [log 10 (ksv /g skrandžio) = 2,7] yra aptikimo riba testą, kuris atstovauja žemiau 500 ksv /g skrandžio skaičiavimą.
Acetono kiekį pelių skrandžio
Nuo duomenis iš pelės kolonizacija tyrimai parodė, kad gebėjimas panaudoti acetoną H. pylori
buvo svarbūs siekiant veiksmingo priimančiosios kolonizacijos, norėjome nustatyti, ar Helicobacter pylori
susidūrė reikšmingų acetono kiekį pelių pilvo. Nors acetono lygis buvo pranešta apie įvairių kūno skysčių, mes buvome nežino jokių acetono kiekį, susijusį su skrandžio sultimis ar audinio ataskaitas. Todėl mes matuojamas acetono kiekį, susijusį su pelės skrandžio audinyje po greitai pašalinti skrandžius nuo pelių ir iš karto nurašoma skrandžius užklijuotuose buteliukų serume. Kadangi mes norėjo įvertinti acetono lygius, kad H. pylori
gali susidurti per nuolatinės infekcijos, naudojami šiame tyrime buvo laikomi gyvūnai, reguliariai šėrimo grafiką ir buvo paaukotas ryte prieš gaunant savo įprastą kasdienį maisto paskirstymas. Užplombuotos serumo buteliukai, kurių sudėtyje yra pelių skrandžius buvo inkubuojami ant ledo, kad būtų galima acetono, susijusios su skrandžio audinio nusistovėti su dujų fazės metu buteliukų, po kurio laiko dujų fazės mėginiai buvo analizuojami dujų chromatografijos metodu. Ši procedūra buvo atliekama iš pradžių aukojant gyvulius ir pašalinti savo skrandžius. Panašūs rezultatai, tačiau buvo gautas pašalinus skrandžius iš gyvų gyvūnų, kurie buvo anestezija. Iš acetono kiekis, susijęs su skrandžio audinio kiekvienam atskiram pele įvairus, svyruoja nuo ~ 10 iki 110 μmols acetonu už gramą šlapios masės audinio (pav. 4), su daugeliu reikšmių (6/7), kuriems taikoma 10 ir 35 μmols diapazone acetonas vienam gramui drėgnas svoris audinyje. Šie duomenys rodo, kad milimolių sumos acetono yra susiję su pelės skrandžio audinio ir gali būti prieinama kaip galimą anglies arba energijos šaltinio H. pylori pervežimas. Tai acetono, susijusios su pelės skrandžio audinio lygis buvo aukštesnis nei tai, ką mes tikėtina, nes koncentracija serume ketoninių kūnų skiriasi žmonių ir kitų žinduolių paprastai svyruoja nuo < 0,5 mm iki kelių milimolių [23]. Acetonas yra gaminamas žinduolių spontaniškas dekarboksiliną acetoacetatų ir tai dekarboksilinimo yra sustiprintas žemoje pH, ir todėl acetonas gali kauptis skrandžio dėl skrandžio rūgštingumą. Pav 4 Acetonas lygiai, susiję su pelės skrandžio audinio. Skrandžio acetono koncentracija buvo nustatoma trijų pelių po aukoti gyvulius ir iš karto pašalinti jų skrandžiai (pomirtiniai), o keturių pelių, kurios buvo anestezija, po kurio jų skrandžiai buvo pašalintos (pre-mortem). Akcizinių pelės skrandžiai buvo pateikiama iš karto sandariuose buteliukų, kad tada buvo pateikti ant ledo ne mažiau kaip 30 min, kad būtų galima acetonas, susijusios su skrandžio audinio tirpalo pusiausvyra dujinėje fazėje. Acetonas lygiai dujų fazių buteliukų buvo matuojamas dujų chromatografijos ir įvertintas pagal standartinius kreivės, gautos už kiekvieną buteliuką. Kiekviena reikšmė reiškia ne mažiau kaip trijų matavimų vidurkį ir klaidų barai nurodyti standartinius nuokrypius kiekvieno mėginio diskusija.
Mes pateikti įrodymų, kad Helicobacter pylori
turėti funkcinį acetono karboksilazės kaip postuluojama anksčiau Ensign ir co -workers [15]. H. pylori acxABC
operono yra netoli scoAB parsisiųsti ir FADB
genai, kurie koduoja fermentus škotas acetoacetil-CoA tiolazę. Tokiu būdu, tai genas klasterio koduoja fermentų, galinčių metabolizuojančių acetono į acetil-CoA rinkinį. Acetil-CoA pagaminti iš acetono ir acetoacetatų gali įtraukti į TBS ciklą teikti energiją H. pylori pervežimas. Kaip pastebėjo Pflock ir bendro DARBUOTOJAMS acxABC
operono ir kiti genai, susiję su acetono metabolizmas dalyvauja H acinonychis
[24]. Šie genai nėra, tačiau, kita glaudžiai susijusios ε-proteobakterijos kurio genomai šiol buvo sekos, kuri apima Helicobacter hepaticus
, Campylobacter jejuni
, Thiomicrospira denitrificans
ir Wolinella succinogenes
. Įsigijimo ir priežiūra acetono apykaitos genų klasterio H. pylori
ir H. acinonychis
gali būti susijęs su tuo, kad, skirtingai nuo šių kitų susijusių ε-proteobakterijos, jie kolonizuoti skrandžio gleivinę. Šių genų klasterių ir ortologinių genų nebuvimas kitose glaudžiai susiję ε-proteobakterijos galėtų nurodyti galimą įsigyti šių genų H. pylori parsisiųsti ir H. acinonychus
per šoninio genų perkėlimas. G + C kiekis šios acetonas apykaitos genų H. pylori
klasterį yra šiek tiek didesnis už visą genomą vidurkį, bet tai atrodo dėl to, kad šių genų yra labai daug glicino produktų (~ 10% palyginti iki 6% genomo vidurkio). Be to, sudėties charakteristikos šių genų, pavyzdžiui, dinukleotidas santykinių gausos ir kodono šališkumo, neprognozuoja neseniai šoninio perdavimo šiame regione [25] (J. MRAZEK, asmens ryšiai).
Jungblut ir bendradarbiai pranešė, kad O . pylori
AcxC (HP0698) kryžminio reaguoja su antikūnais iš adenokarcinoma pacientui, nurodant, kad H. pylori acxABC
operono išreiškiamas priimančiojoje [26]. Be to, mes parodome, kad čia H. pylori
gali susidurti su didelio masto acetono pelės skrandį ir todėl šis junginys gali tarnauti kaip svarbus kvėpavimo elektronų donoras priimančiojoje bakterijos. Atitiktų šią hipotezę, H. pylori acxB
mutantas buvo gerokai sumažintas jos gebėjimas kolonizuoti pelės skrandį, kuris Mes manome rezultatus nuo mutanto nesugebėjimas panaudoti acetoną ir energijos šaltinis. Acetoną nesugebėjimas stimuliuoti augimą H. pylori pervežimas SS1 į skysto kultūros gali atsirasti dėl augimo žiniasklaidos naudojami imituoti augimo sąlygas, su kuriomis susiduriama bakterija, kai kolonizavimo skrandžio gleivinę nepakankamumas. Alternatyva hipotezė kolonizacijos defektas acxB
mutantas yra tai, kad acetonas karboksilazės reikia detoksikacijos acetono. Tačiau mūsų nesilaikymas jokio augant acxB
mutantas slopinimas dėl acetono to į terpę pasisako prieš pastarąją hipotezę. Kita galimybė yra, kad acxABC
operono produktai katalizuoja nežinomą reakcija, kuri yra svarbi išgyvenimo arba ląstelių augimo H. pylori pervežimas skrandžio gleivinę. Daugiau biocheminių apibūdinimą H. pylori acxABC
operono produktų turėtų padėti atskirti šių possibililties.
Neseniai transcriptome analizę H. pylori
26695 naudojant visą genomą Mikrogardelė pasiūlė, kad atsakas reguliatorius HP1021 labai suaktyvinta transkripciją acxABC
ir scoAB
ir aktyvuota transkripcijos FADA parsisiųsti ir hp0693 mažesniu mastu [24]. Šio tyrimo autoriai parodė, kad HP1021 jungiasi rengėjas reguliavimo sritį acxABC
, tai rodo, kad tai atsakas reguliatorius tiesiogiai tarpininkauja jo poveikį transkripcijos acxABC parsisiųsti ir kad per acetonas apykaitos klasterio genų yra dalis regulon kontroliuojamoje iki HP1021. Pflock ir jo kolegos nustatė 79 genų H. pylori
26695 kurio išraiška buvo pakeista HP1021 mutantas - 51 genai buvo perrašoma žemesnių mutanto, o 28 genai buvo išreikštas aukštesniu lygiu [24]. HP1021 skiriasi nuo daugelio kitų reagavimo reguliavimo, kad jai trūksta labai konservatyvių fosfato priimantys aspartato likučius ir Giminaitis histidinas kinazės už HP1021 nebuvo identifikuoti. Yra prieštaringų pranešimų dėl HP1021 transkripcijos atsakant į rūgštus, taip pat dėl ​​H. pylori acxABC transkripcija
reaguojant į žemo pH [27-29]. Šie skirtumai gali būti dėl to, kokiu būdu buvo išauginti bakterijas. Nors šie ataskaitų konflikto, atsižvelgiant į transkripcijos HP1021 atsakant į rūgštus, rezultatai iš abiejų tyrimų rezultatai rodo, kad sąlygos, kad sukelti žemyn reguliavimo HP1021 padidėti išraiška acxABC
. Tai atrodo prieštarauja sveikam protui suteikta akivaizdų vaidmenį HP1021 aktyvuojant transkripciją acxABC
.
Tik kitas bakterijas, dėl kurių reguliavimas acxABC
operono buvo analizuojama yra X autotrophicus
. Transkripcinis kontrolė acxABC
X autotrophicus
skiriasi nuo H. pylori pervežimas. X autotrophicus
stokoja HP1021 homologą, o reguliuoja transkripciją acxABC pervežimas per σ 54 (RpoN) ir σ 54-priklausomą aktyvatorius AcxR [15]. Nors H. pylori
turi σ 54, The acxABC
operono nėra dalis H. pylori
RpoN regulon [30].
Nepaisant mūsų pastebėjimu, kad sutrikęs acxB
neigiamai veikia kolonizaciją pelių H. pylori pervežimas SS1, pastaraisiais visą genomą microarray tyrimų su penkiasdešimt šeši buvo visuotinai tipiškas padermių H. pylori parsisiųsti ir keturių H. acinonychis
štamų, kad acxABC
genai yra ne visuose H. pylori
padermių [31]. Būtų įdomu nustatyti, ar izoliatai trūksta acxABC
yra mažiau konkurencinga kolonizavimo savo gamtos šeimininkai nei štamų, turintiems šių genų. Arba padermių trūksta acxABC
gali turėti pataisas, kurios kompensuoti už acetonas karboksilazės veiklos stoka. Rezultatai nuo mikrogardeliq tyrimais Gressmann ir kolegomis parodė, kad scoAB
, FADA
, HP0693 ir HP0694 dalyvavo visose H. pylori pervežimas ir H. acinonychis
padermių išnagrinėti [31]. Taigi, selektyvus spaudimas išlaikyti gebėjimą panaudoti Acetoacetatas kaip potencialus elektronų donoro H. pylori pervežimas ir H. acinonychis
atrodo didesnis, nei acetono apykaitą.
Išvada
H . pylori acxABC
operono tikėtina koduoja acetono karboksilazės kad katalizuojantį acetono virtimą acetoacetatas ir yra glaudžiai susietas su genų, kurių produktai yra prognozuojama, kad katalizuoja eilės konversija acetoacetatų į acetil-CoA. Apžiūra genomų kitų glaudžiai susijusių ε-proteobakterijos rodo, kad genai, dalyvaujantys acetono metabolizmas dalyvauja tik bakterijų šioje Subphylum kad kolonizuoti skrandžio gleivinę. Į acxABC
operono nebuvo būtinas pelės kolonizacijos H. pylori pervežimas SS1, tačiau ji neatvyko didinti kolonizaciją. Daugiau apibūdinimas spėjamą H. pylori
acetonas karboksilazės ir kitų genų viduje acetono apykaitos geno klasteris turėtų suteikti įžvalgų produktus į tai, kaip ketoninių kūnų iš priimančiosios prisidėti prie medžiagų apykaitos ekonomikos H. pylori pervežimas ir H . acinonychis parsisiųsti ir kaip šie junginiai poveikis šių bakterijų gebėjimas kolonizuoti jų šeimininkai.
metodai
bakterijų padermių ir žiniasklaidos
plazmidžių statybos ir klonavimas buvo atliktas E. coli padermės
DH5α kuri buvo kultivuojamas Luria-Bertani terpėje, esant 37 ° C temperatūroje. H. pylori
padermė 26.695 buvo naudojamas kaip polimerazės grandinine reakcija (PGR) šabloną. H. pylori
SS1 buvo naudojamas kaip laukinio tipo kamieno, visų eksperimentų ir buvo auginamos ant abiejų kraujo agaro arba triptinio sojos agaro, papildytoje 5% arklių serumo (TSA-serumą), esant 37 ° C temperatūroje, esant 4% atmosferoje o 2, 5% CO 2 ir 91% N 2. Kai kultivuojamos skystoje terpėje, H. pylori
kultūros buvo auginamos Mueller-Hinton sultinio papildyta 5% arklių serumo ir 30 mikrogramų /ml bacitraciną ar nustatytą aprašyta Bruggrabber ir bendradarbiais [22] augimo terpėje. Kultūrinių (10-15 ml, išaugo vidutinis) buvo auginami 150 ml serumo buteliukų apgaubti 20 mm teflono /silikono diskų ir aliuminio dangteliais ir pagal 4% O 2, 5% CO 2, 10 atmosferą % O 2, 81% N 2. Jei nenurodyta kitaip, kai antibiotikai buvo įtrauktas į terpėje jie buvo įtraukta į šių koncentracijų: 100 mikrogramų /ml ampicilino, 30 mikrogramų /ml chloramfenikolio, 200 mikrogramų /ml bacitracino 10 mikrogramai /ml vankomicino, ir 10 mikrogramai /ml amfotericino B grupėje
nukenksminimą acxB
(HP0696) į H. pylori
SS1
2,3 kB DNR fragmentą, kad atliktą acxB
sustiprino PGR nuo H. pylori
padermė 22695 ir klonuojami į pGEM-T (Promega). Katės
kasetė buvo įvesta į šią plazmidžių prie ekologinio
47III svetainėje esančios maždaug iš klonuotų acxB
viduryje. Gautas plazmidės buvo naudojamas kaip savižudžio vektoriaus nukenksminti chromosomų kopiją acxB
H. pylori pervežimas SS1. Savižudybių vektorius buvo įtraukta į H. pylori pervežimas padermių ATCC 43504 ir SS1, įtampą, kuri gali kolonizuoti pelėms. Kadangi pakartotinis ištrauka H. pylori
kamieno SS1 į terpę buvo pranešta prarasti užkrečiamumo pelių, kad acxB
mutantas buvo pastatytas iš naujo izoliuoti kamieno SS1 išieškota iš užkrėsto pele. Iš ištraukas acxB
mutantas į SS1 kamieno skaičius buvo ribotas ir registruojami, ir mutantas buvo laikyti užšaldytus -80 ° C temperatūroje. Tėvų SS1 padermės buvo prižiūrimi ir saugomi įšaldytas vienodai. Mes patvirtinta PGR, kad chromosomų kopija acxB
buvo sutrikdyta alelių mainų su plazmidės padengia kopija geno naudojant pradmenų, kad šonuose sutrikus puslapį rinkinį.
Augimo kreives H. pylori
padermių
H. pylori
ląstelės TSA-serumo plokšteles, dėl kurių kamienai buvo dryžiais ankstesnę dieną buvo sustabdyti fosfato buferinis druskos tirpalu (PBS) ir panaudotos sėjama skystoje terpėje esant OD 600 0,03. Kur nurodyta, acetonas buvo aseptiškai pridedamas prie vidutinės. Mėginiai buvo paimti skirtingu laiku ir ląstelių tankis buvo matuojamas OD 600 šviesos sklaidos. Arba gyvų ląstelių skaičius buvo nustatytas po serijos skiedimo mėginių ir dengimo ant TSA-serume. Po 4 iki 5 dienų inkubacijos kolonijas sudarančių vienetų skaičius (KSV) buvo nustatyti plokštelių.
Pelės kolonizacija
Pelės kolonizacija tyrimai buvo atliekami iš esmės taip, kaip aprašyta anksčiau [32]. Šios procedūros laikomasi atitinkamų federalinių gaires ir institucinių politikos priežiūros ir tvarkymo laboratoriniams gyvūnams. Trumpai tariant, H. pylori
ląstelės buvo nuimta po 48 val augimo ant kraujo agaro lėkštelių ir sustabdė PBS į OD 600 1.7. Dinaminės garų fazės vamzdelyje buvo įleista su argono iki minimumo sumažinti deguonies poveikį jam.

• Gydymasis potencialo Picrorhiza kurroa (Scrofulariaceae) šakniastiebiai prieš indometacino sukelta skrandžio opų: mechaninė exploration.
• Dozė priklauso nuo slopinimo skrandžio žalos vandeniliu šarminės elektrizuojami gėrimo water