Ljudski želuca patogen Helicobacter pylori ima potencijal aceton karboksilazu koji povećava svoju sposobnost da koloniziraju mice

ljudskog želučanog patogen Helicobacter pylori pregled ima potencijal aceton karboksilazu koji povećava svoju sposobnost da koloniziraju miševa
Sažetak pregled pozadine
Helicobacter pylori pregled kolonizira ljudski želudac i etiološki agens peptičkog ulkusa. Sva tri H. pylori pregled sojeva koji su izolirani u toku sadrže potencijalne operon čiji proizvodi dijele homologije sa podjedinica aceton karboksilaze (kodiran acxABC Netlogu) iz Xanthobacter autotrophicus pregled soj Py2 i Rhodobacter capsulatus
soj B10. Aceton karboksilaze katalizira pretvorbu acetona acetoacetata. Geni uzvodno potencijalnog acxABC pregled operon kodiraju enzime koji pretvaraju acetoacetata da acetoacetil-CoA, koji se metabolizira dalje generirati dvije molekule acetil-CoA. | Rezultati
bi se utvrdilo da li je H. pylori acxABC
operon ima ulogu u domaćinu kolonizacije u acxB pregled homologni u miša prilagođen H. pylori pregled SS1 soja je deaktiviran sa kloramfenikol otpora (mačka pregled) kaseti. U mišem kolonizacije studija brojevi H. pylori
oporavio od miševa s acxB: mačka
mutant uglavnom su bili jedan do dva reda veličine niže od onih oporavio od miševa kojima roditeljskog soja. Statistička analiza podataka pomoću Wilcoxin rang test pokazuje razlike u broju H. pylori
izoliran od miševa kojima su dva soja bila značajna na razini pouzdanosti od 99%. Razine acetona povezanih s želučanom tkivu uklonjen sa neinficiranim miševa mjerene su i pronađeno je da u rasponu od 10-110 μmols po gramu težine vlažnosti tkiva pregled Zaključak
kolonizaciju defekt acxB. Cat pregled mutanata sugerira ulogu za acxABC pregled operon u opstanak bakterija u želucu. Proizvodi od H. pylori acxABC pregled operon može funkcionirati prvenstveno u korištenju aceton ili mogu katalizirati reakcije u vezi koja je važna za preživljavanje ili rast u domaćinu. H. pylori pregled susreće značajne razine acetona u želucu koje se može koristiti kao potencijalni elektron-donor za microaerobic disanja. Pregled Pozadina
Helicobacter pylori pregled je microaerophilic, gram-negativna bakterija koja je značajan patogen ljudske želučane sluznice [1, 2]. Kolonizacija želučane sluznice H. pylori pregled dovodi do kronične upale koje može napredovati do raznih bolesti, uključujući kronični gastritis, čira na želucu, rak želuca i sluznice povezano limfoma [3-5]. U nedostatku antimikrobne terapije, domaćin je vjerojatno da će patiti doživotno H. pylori pregled infekcija želučane sluznice.
Sposobnost H. pylori
ustrajati u ljudskom želucu duže vrijeme ukazuje na to da to je dobro prilagođen za stjecanje hranjive potrebe za rast u ovom jedinstvenom niša. Na primjer, sluzav sloj miša želuca sadrži značajne količine molekularnog vodika (17-93 uM) potječu od metaboličkih aktivnosti mikrobne flore u debelom crijevu [6]. H. pylori pregled je u stanju iskoristiti ovaj molekularni vodik kao elektron-donor za microaerobic disanja i funkcionalnu hydrogenase je potreban za uspješnu kolonizaciju miševa H. pylori
[6, 7]. Za razliku od mnogih bakterija vodikovih-oksidaze, međutim, H. pylori pregled nije sposoban autotrofni CO 2 fiksacije.
Nekoliko studija ispituje mogućnost H. pylori pregled da koristi različite izvore ugljika. H. pylori pregled ima ograničenu sposobnost stjecanja i metabolizira šećer, jedno promatranje koje je u skladu s analizom genomske sekvence H. pylori
sojevi 22695 i J99 [8]. Glukoza je jedini ugljikohidrat koji H. pylori pregled je u stanju iskoristiti što čini preko Entner-Doudoroff puta [9, 10]. Aminokiseline također služe kao izvora ugljika za Helicobacter pylori i pregled koriste ponajprije H. pylori
u mediju za rast koji je sadržavao mješavinu glukoze i aminokiselina [9, 11]. Piruvat, ključni međuprodukt u središnjem metabolizam, izgleda da generira primarno laktat, alanin i serina, umjesto glukoze u H. pylori pregled [12, 13]. Piruvata prevede u acetil-CoA od piruvat: flavodoxin oksidoreduktaza u H. pylori
, koja se zatim može slati u trikarboksilna kiselina (TCA) ciklusa [14]. Osim toga, alanin, laktat, acetat, format sukcinat se može proizvesti H. pylori
stanicama inkubiranim aerobno [12]. Proizvodnja acetata i formata kao metaboličkih proizvoda ukazuje na postojanje mješovitog-kiselina fermentacije put u H. pylori
, iako je kisik neophodan za rast bakterija [12]. Pregled Analiza genoma sekvenci H . pylori pregled sojeva 26695, J99 i HPAG1 otkriva potencijalnu operon od tri gena (označene HP0695, HP0696 HP0697 i na H. pylori pregled 26.695) od kojih su dobiveni proizvodi zajednički 50-63% identičnosti aminokiselina s P , α, i y podjedinica aceton karboksilaze iz Xanthobacter autotrophicus
soja Py2 i Rhodobacter capsulatus
soja B10 [15]. Homologa aceton karboksilaze se naći u velikom broju bakterija, ali je X. autotrophicus
i R. capsulatus pregled, enzimi su najbolje karakterizira. Aceton karboksilaze katalizira ATP-ovisna karboksilacija acetona acetoacetata te je potreban za rast X. autotrophicus
i R. capsulatus
acetonom kao jedini izvor ugljika i elektron donor za disanje [15-17]. X. autotrophicus pregled aceton karboksilaze ima visok afinitet za acetonu (Km = 8 uM), ali je brzina promet enzima je vrlo spora (~ 45 po min) [15]. Kako bi kompenzirao nisku stopu prometa aceton karboksilaze, X. autotrophicus
proizvodi velike količine enzima (17-25% od ukupnih topivih proteina) kada se uzgaja na aceton [15]
gena koji se nalazi u neposrednoj blizini H. pylori
HP0695-HP0696-HP0697 operon kodiraju enzime prikazan pretvoriti acetoacetata da acetoacetil-CoA, koji se metabolizira dalje u acetil-CoA [8, 18]. Aceton, -acetoacetata i 3-β-hidroksibutirat su ketonska tijela koje proizvodi perivenous hepatocitima sisavaca tijekom razgradnje masnih kiselina i koriste se kao elektron donatora za disanje kada se ugljikohidrati nisu dostupne [19]. Baš kao ketonska tijela su važni izvori energije za ljude kada se ugljikohidrati nisu dostupni, ovi spojevi mogu poslužiti kao respiratorne donatorima elektrona za H. pylori
kolonizaciju želučane sluznice. Da bi se utvrdilo je li HP0695-HP0696-HP0697 operon ima ulogu u domaćinu kolonizacije mi deaktiviran HP0696 u H. pylori pregled, soja SS1. HP0696 mutant bio ugrožen u svojoj sposobnosti da koloniziraju miševima ukazuju da je aceton karboksilaciju ili sličnu enzimsku aktivnost koju katalizira proizvodima HP0695-HP0696-HP0697 operon je značajan faktor koji doprinosi domaćin kolonizaciju. Pregled Rezultati
H. pylori pregled sadrži skup gena predviđa da će biti uključeni u metabolizam aceton pregled tri H. pylori
sojeva čija genomi su izolirani sadrže skupinu od osam sačuvanih gena unutar kb DNA sekvence ~ 10, šest od kojih kodiraju enzime predviđeno da metabolizam aceton i acetoacetat za acetil-CoA (Sl. 1 i 2). Helicobacter acinonychis pregled, vrlo srodne vrste koji inficira velikih mačaka, posjeduje taj gen klastera. Kao što je gore navedeno, tri od tih gena dijele homologije sa acxABC Netlogu iako su prva dva gena u operon označen kao genima iskorištenosti hidantoina protein A i methylhydantoinase, odnosno, u bilješkama H. ​​pylori
genoma. Hydantoinases kataliziraju hidrolizu 5-člana prstena pomoću hidrolize unutarnjeg imid vezom i često imaju relativno široke specifičnosti supstrata. Proteina u bazi čije biokemijske funkcije su pokazali, BLAST analiza pokazala je da je predvidio proizvodi od H. pylori pregled gena najviše slične su onima u Xanthobacter pregled sp. Py2 acxABC
operona (59-68% identičnosti aminokiselinske preko cijele duljine tri predviđeni podjedinica). Za posljednje sekvencionirao H. pylori pregled i H. acinonychis pregled genoma zadnji gen operon napomena acxC pregled [20, 21]. Tako, na H. pylori pregled HP0695-HP0696-HP0697 operon vjerojatno kodira aceton karboksilazu nego hydantoinase, a mi time se odnose na ovaj operon kao acxABC Netlogu. Slika 1 Organizacija gena koji sudjeluju u metabolizmu acetona u Helicobacter pylori i H. acinonychus sojeva. Gene oznake prikazane su ispod svake strelice (nije u mjerilu). Otvorenih okvira čitanja koji nisu dobili oznaku gena u bilješkama genoma sekvence su označeni bilo sa KS oznaka (za H. pylori pregled 26695), njegovog jhp oznakom (H. pylori
J99) ili samo otvoreni okvir čitanja broj (H. pylori
HPAG1 i A. acinonychis
naprezanje Sheeba). Ortolognih geni u četiri soja su iste boje. Geni jhp0628 H. pylori
J99 i 0671 u H. pylori
HPAG1 odgovaraju fuziju hp0688 i hp0689 iz H. pylori
26695. H. pylori pregled J99 i HPAG1 imati dva gena u ovoj regiji, jhp0629 (HPAG1_0672) i jhp0630 (HPAG1_0672), koji kodiraju tipa II DNA-metiltransferaze i restrikcijskih enzima tipa II, odnosno, te se ne nalaze u H. pylori
26695. funkcije proizvoda gena u aceton metabolizma klastera su opisani u tekstu. Predložene funkcije proizvoda okolnih gena su: fecA pregled, željezo (III) dicitrate transport proteina; feoB pregled, željezo (II) za transport proteina; dgkA pregled, diacilglicerol kinaze; gyrA pregled, podjedinica A DNA giraze; dcuA pregled, anaerobna C4-dikarboksilat transporter; i ansB pregled, asparaginazu II.
Slika 2 predloženih put za korištenje acetona u H. pylori. Predloženi put za konverziju acetona u acetil-CoA u H. pylori
i H. acinonychis pregled je prikazano. Reakcije i geni koji kodiraju enzime odgovorne za katalizira svaku reakciju navedeni su pregled, druga dva gena unutar skupini gena, SCoA pregled (HP0691) i scoB pregled (HP0692), kodirati sukcinil CoA. Acetoacetat CoA-transferaza ( Škot), koja katalizira konverziju acetoacetata plus sukcinil-CoA acetoacetil-CoA plus sukcinat [18]. Acetoacetil-CoA proizveden porez dalje metabolizira acetoacetil-CoA thiolase, koji je kodiran s Fada pregled (HP0690 gen je označen kao THL pregled u H. pylori
J99 i atoB pregled u H. pylori pregled HPAG1 i H. acinonychis pregled), generirati dvije molekule acetil-CoA iz acetoacetil-CoA plus koenzima a (CoA) [8]. Preostala dva gena unutar tog sklopa, HP0693 i HP0694, predviđa se da će kodirati permease masne kiseline kratkog lanca i vanjski membranski protein, odnosno, i mogu djelovati u transportu acetoacetata.
Osam gena unutar ovog pretpostavljenog aceton metabolizam klastera su raspoređeni na isti u odnosu na svaki drugi u tri H. pylori pregled sojeva, ali je klaster je orijentirana na jedan od dva potencijalna smjera (sl. 1), što ukazuje na pojavu DNA inverzija u ovoj regiji tijekom evolucije H. pylori pregled. Poravnanja DNA sekvenci iz tri soja sužen mjesto inverziju na ~ 40 bp nizvodno od acxC pregled homologa i ~ 160 bp uzvodno od početnog kodona za Fada pregled (podaci nisu prikazani). Nema velike izravne ili obrnute ponavlja se nalaze u blizini tih krajeva koje su mogle biti uključene u inverzije, pa ne možemo nagađati je mehanizam za ovu inverzije. H. pylori
sojeva J99 i HPAG1, ali ne i 26695, ima predviđeni tipa II, DNA metiltransferaza (jhp0629 i HPAG1_0673) i tip II restrikcijskog enzima (jhp0630 i HPAG1_0672) u blizini potencijalnog aceton metabolizam gen klastera.
H. acinonychis pregled posjeduje navodni skupine gena aceton metabolizam i geni unutar klastera su u istoj orijentaciji kao i one u H. pylori
J99. U H. acinonychis pregled ti geni su u susjedstvu dgkA Netlogu i gyrA Netlogu kao što su u H. pylori
, ali su flankiran na suprotnom kraju od strane dcuA Netlogu i ansB Netlogu. FecA pregled i feoB pregled, geni, koji se nalaze u blizini skupine gena aceton metabolizam u H. pylori pregled sojeva, su ~ 69 kb ovog genetskog klastera u H. acinonychis
. Tako, relativna raspored gena unutar aceton metabolizma klastera dalje iznimno očuvan tijekom evolucije H. pylori
i H. acinonychis pregled unatoč činjenici da su susjedni područje u genomima ove dvije vrste je bila podvrgnuta . opsežni pregrađivanja
H. pylori acxB: mačka pregled mutant je manjkav u svojoj sposobnosti da koloniziraju miševi
acxB pregled gena u H. pylori
SS1, što je miš-prilagođen soj , bila je prekinuta sa otpornost na kloramfenikol (mačka pregled) kaseti. Kulture divljeg tipa H. pylori pregled SS1 i acxB: mačke pregled mutanata su rasle u Mueller-Hintonovom bujonu, uz dodatak konjskog seruma, ili je prethodno opisano definiranim medijem [22]. Različite količine acetona u rasponu od 1,3 mm do 26 mm su bili uključeni u medijima za rast kako bi se utvrdilo je li aceton utjecao rast oba soja. Rast stanica je praćena viabilnih stanica broji kao optičke gustoće kulturama u različitim vremenima. Uključujući aceton u oba medija za rast nije imalo utjecaja na stopu rasta ili prinosa konačnog stanica H. pylori
SS1 ili acxB: mačka pregled mutant (podaci nisu prikazani). Neuspjeh acetona stimulirati rast H. pylori
SS1 pod uvjetima testiranih nije neočekivano, jer je medij za rast H. pylori
je vrlo bogata hranjivim tvarima. Ovi rezultati sugeriraju da acxABC pregled nije potrebna za aceton detoksikaciju
sposobnost acxB. Mačka pregled mutant kolonizirati miševa u usporedbi s onim iz roditeljskog H. pylori
SS1 naprezanje u dvoje odvojena suđenja. U svakom ispitivanju, jedanaest miševi su inokulirani s divljim tipom soja i jedanaest se inokuliraju s acxB: mačka
mutant. Tri tjedna nakon inokulacije od miševa s H. pylori pregled sojeva, miševi su žrtvovani, a određene su brojevi H. pylori
u želucima životinja. Za miševa koji su pokus s divljim tipom soja, većina životinja (19/22 životinje) imala H. pylori pregled točaka koje su bile znatno iznad granice detekcije, što je 500 cfu po gramu želuca (Sl. 3). Broj H. pylori
u uzorcima koji su bili iznad granice detekcije u rasponu od 10 4-10 6 cfu po gramu želudac. Većina miševa s acxB: mačka pregled mutant također imali mjerljive razine H. pylori
(15/22 životinje), ali broj H. pylori
povezana s tim miševima su uglavnom jedan do dva reda veličine niže od onih u miševa koji su bili inokulirani sa sojem divljeg tipa. Statistička analiza podataka pomoću Wilcoxin Rank testa potvrdili da su razlike u broju H. pylori
izolirane iz miševa kojima su dva soja bila značajna na razini pouzdanosti od 99%, što znači da aceton karboksilaze poboljšana sposobnost H. pylori
SS1 kolonizirati miša želudac. Budući da nismo uspjeli klonirati acxABC pregled operon nismo mogli provjeriti od strane dopunu da je acxB pregled, mutacija je bio odgovoran za oštećenja na kolonizacije. Međutim, malo je vjerojatno da je kolonizacija fenotip acxB pregled mutanta je zbog polarnih efekata, jer nema dodatnih gena u acxABC pregled operon u bilo kojem od tri H. pylori
sojeva čija genomi su sekvenciran do sada (Sl. 1). Štoviše, kolonizacija kvar nije vjerojatno zbog gušenja ili sekundarnom mutacije jer smo konstruirali acxB pregled mutanta u svježem izolata soja SS1 oporavio od zaraženog miša. Slika 3 Miš kolonizacija esej H. pylori SS1 i Izogena acxB: mačka mutirani soj. Podaci su prikazani kao raspršenja zemljište jedinica koloniziranja po gramu želudac određuje ploča broji. Svaka točka predstavlja CFU računati s jednim klikom, izražen kao vrijednost log10 (cfu /g želuca) u Y-osi. Baza linija [log10 (cfu /g želudac) = 2,7] je granica detekcije testa, koji predstavlja broj ispod 500 cfu /g želucu.
Razine acetonom u miša želucu pregled Budući da se podaci iz miš naseljavanja testovi predložio da sposobnost da se koristiti aceton H. pylori pregled je važno za učinkovito domaćina kolonizacije, željeli smo utvrditi da li H. pylori
naišao značajne razine i acetona u miša želucu. Iako su razine acetona dobiveni su različite tjelesnih tekućina, bili smo svjesni bilo izvještaja o razinama aceton povezane s želučanim sokom ili tkiva. Dakle, mjerili smo razinu acetona povezane s mišem želučanog tkiva nakon brzo uklanjanje želuca u miševa i odmah stavljanje želuce u zatvorenim bočicama serumu. Budući da smo željeli procijeniti razinu i acetona da H. pylori pregled mogao naići tijekom perzistentne infekcije, životinje korištene u ovom istraživanju su se održavale na redovitom rasporedu hranjenja te su žrtvovani u jutro prije nego što dobije njihov normalan dnevna količina hrane. Serumska posude su zatvorene sadrže miševi želuci su inkubirani na ledu kako bi se omogućilo aceton povezana s želučanom tkivu da se izjednači s plinske faze u bočicama, nakon čega su uzorci plinske faze analiziran plinskom kromatografijom. Ovaj postupak je učinjeno u početku žrtvovanjem životinja i uklanjanje želudac. Slični rezultati, međutim, su dobiveni uklanjanjem želuca od živih životinja koje su bile pod anestezijom. Količina acetona povezan sa želučanom tkivu, za svakog pojedinačnog miša varira u rasponu od -10 do 110 μmols acetonu po gramu težine mokre tkiva (Sl. 4), a većina vrijednosti (6/7), pada u rasponu od 10 do 35 μmols aceton po gramu mokre težine tkiva. Ovi podaci ukazuju na to da su milimolarnog količine acetona povezana s mišem želučanog tkiva i mogu biti dostupni kao potencijalni ugljika ili energetski izvor za H. pylori
. Ta razina acetona povezane s želučanom tkivu miša bila je veća nego što smo očekivali jer razinama serumskog ketona iz variraju u ljudi i drugih sisavaca općenito u rasponu od < 0.5 mM do nekoliko milimolara [23]. Aceton je proizveden u sisavaca spontanom dekarboksilacijom acetoacetata i to dekarboksilacija poboljšana pri niskom pH, pa aceton može akumulirati u želucu zbog želučane kiselosti. Slika razine 4 aceton povezana s mišem želučanog tkiva. Želuca razine aceton određene su tri miševa nakon žrtvovanja životinje i odmah ukloni želudac (nakon smrti), a četiri miševa koji su pod anestezijom, nakon čega im se želudac se uklone (pre-mortem). Izrezani mišji želudac se odmah u zatvorenim bočicama koje se zatim stavljaju na ledu najmanje 30 minuta, da bi aceton povezana s želučanom tkivu da se uravnoteže u fazi plina. Razine aceton u fazama plina za bočice su mjeri se plinskom kromatografijom i procijeniti iz standardnih krivulja dobivene za svaku bočicu. Svaka vrijednost predstavlja prosjek od najmanje tri mjerenja i barovi pogreškama ukazuju standardne devijacije za svaki uzorak. Pregled diskusije pregled pružamo dokaze da H. pylori pregled posjeduje funkcionalnu aceton karboksilazu kako je ranije postulira Ensign i suradnje -workers [15]. H. pylori acxABC pregled operon je u blizini scoAB Netlogu i fadB pregled, geni koji kodiraju enzime Škot i acetoacetil-CoA thiolase. Tako, taj gen klastera kodira niz enzima koji mogu metaboliziraju aceton u acetil-CoA. Acetil-CoA proizvedene iz acetona i acetoacelala mogla hraniti u TCA ciklus osigurati energiju za H. pylori
. Kao što je primijetio Pflock i suradnici radnike acxABC pregled operon i drugi geni koji su povezani s metabolizmom acetonom prisutni u H. acinonychis pregled [24]. Ovi geni su odsutni, međutim, u drugom usko povezana s-Proteobacteria čije genomi dosad je poredan, koja uključuje Helicobacter hepaticus
, Campylobacter jejuni
, Thiomicrospira denitrificans
i Wolinella succinogenes
. Stjecanje i održavanje aceton metabolizam skupine gena u H. pylori Netlogu i H. acinonychis pregled može biti povezano s činjenicom da, za razliku od ovih drugih srodnih e-Proteobacteria su kolonizirati sluznicu želuca. Svrstavanja u skupine od tih gena i nepostojanje ortolognih gena u drugim usko povezana s-Proteobacteria može ukazivati ​​moguće stjecanje tih gena H. pylori
i H. acinonychus
kroz lateralni prijenos gena. Sadržaj G + C ovog klastera aceton gena metabolizma u H. pylori Netlogu je nešto viša od prosjeka za cijelu genoma, ali to se pojavljuje zbog proizvoda od tih gena je vrlo bogata glicina (-10% za usporedbu do 6% prosjeka genoma). Osim toga, sastav karakteristike tih gena, kao što dinukleotid relativne zastupljenosti i kodona pristranosti, nisu indikativni nedavnom bočnog prijenosa ovog područja [25] (J. Mrazek, osobna komunikacija).
Jungblut i suradnici su objavili da je H . pylori pregled AcxC (HP0698) unakrsno reagirati s antitijelima iz adenokarcinoma pacijenta, što znači da je H. pylori acxABC pregled operon se izražava u domaćinu [26]. Osim toga, mi pokazati da se ovdje H. pylori pregled može naići na značajne razine acetona u miša želucu i tako taj spoj može poslužiti kao važan respiratorni elektron-donor za bakterije u domaćinu. U skladu s tom hipotezom, na H. pylori acxB pregled mutant značajno je smanjena u svojoj sposobnosti da kolonizirati miša želudac koji zaključujemo rezultate iz nesposobnosti mutanta koristiti aceton kao izvor energije. Nemogućnost acetona stimulirati rast H. pylori
SS1 u tekućoj kulturi može biti rezultat neuspjeha medija za rast koji se koriste da oponaša uvjete rasta s kojima se susreću bakterije, kada kolonizira sluznicu želuca. Druga pretpostavka za kolonizacije neispravnosti acxB pregled mutanta je da aceton karboksilaze je potreban za detoksikaciju acetona. Međutim, naš neuspjeh da poštuju svaku inhibiciju rasta od acxB pregled mutanata dodavanjem acetona u mediju za uzgoj govori protiv ovog posljednjeg hipoteze. Druga mogućnost je da su proizvodi od acxABC pregled operon kataliziraju nepoznatu reakciju koja je važna za opstanak ili stanica rast H. pylori
u sluznici želuca. Daljnje biokemijska karakterizacija proizvoda od H. pylori acxABC pregled operon trebao pomoći razlikovati ove possibililties.
Nedavna analiza transcriptome H. pylori
26695 koristeći cijeli genom mikropostrojima sugerirao da je regulator odgovor HP1021 snažno aktivira transkripciju acxABC Netlogu i scoAB Netlogu te aktivnim transkripciju Fada pregled i hp0693 u manjoj mjeri [24]. Autori ove studije su pokazali da HP1021 veže promotora regulatornu regiju acxABC Netlogu, što upućuje da je ovaj regulator odgovor direktno posreduje njegove učinke na transkripciju acxABC Netlogu i da geni unutar aceton metabolizam klastera su dio regulon kontroliranog po HP1021. Pflock i kolege identificirali 79 gena u H. pylori
26695 čija je ekspresija promijenjena u HP1021 mutanta - 51 geni su prepisana na nižim razinama u mutanta, dok su 28 gena izražava na višim razinama [24]. HP1021 razlikuje od većine drugih regulatora odgovor u tome što nema vrlo sačuvani fosfat-prihvaćanje aspartat ostatak, i nije identificirana srodnik histidin kinaza za HP1021. Postoje izvještaji o transkripciji HP1021 odgovor na kiselom pH, kao i na prijepis H. pylori acxABC
odgovor na nižim pH [27-29]. Te razlike mogu biti s obzirom na način na koji su kultivirane bakterije. Iako se ta izvješća sukoba s obzirom na transkripciju HP1021 odgovor na kiselom pH, rezultati iz oba istraživanja pokazuju da uvjeti koji dovode do down-regulacije HP1021 rezultiraju povećanom ekspresijom acxABC Netlogu. To se čini logično s obzirom na očitu ulogu HP1021 u aktivaciji transkripcije acxABC Netlogu.
Jedini drugi bakteriju za koju je pregledao regulacija acxABC pregled operon je X. autotrophicus pregled. Transkripcijski kontrola acxABC pregled u X. autotrophicus pregled razlikuje od onoga u H. pylori
. X. autotrophicus pregled nedostaje homologa od HP1021, nego regulira transkripciju acxABC
preko σ 54 (RpoN) i σ 54-ovisne aktivator AcxR [15]. Iako je H. pylori pregled posjeduje σ 54, na acxABC pregled operon nije dio H. pylori pregled RpoN regulon [30]. Pregled Unatoč našem opažanju da prekid acxB Netlogu negativno utječe na kolonizaciju miševa H. pylori
SS1, posljednjih nekoliko cijelih genoma microarray studija s pedeset i šest globalno reprezentativnih sojeva H. pylori Netlogu i četiri H. acinonychis
sojeva pokazala da je acxABC pregled geni nisu prisutni u svim H. pylori pregled naprezanja [31]. Bilo bi zanimljivo kako bi se utvrdilo jesu li izolati nedostaje acxABC pregled manje konkurentan u kolonizaciji njihovih prirodnih domaćina od sojeva koji posjeduju te gene. Alternativno, sojeva nedostaje acxABC Netlogu mogu imati prilagodbe koje kompenziraju nedostatak aceton karboksilaze aktivnosti. Rezultati studije microarray po Gressmann i kolege pokazali da scoAB pregled, Fada pregled, HP0693 HP0694 a bili su prisutni u svim H. pylori
i H. acinonychis
naprezanja ispitati [31]. Tako, selektivna pritisak zadržava sposobnost da koristi acetoacetat kao potencijalni elektron donor u H. pylori
i H. acinonychis pregled Čini se da je veći od onoga za metabolizam acetona. Pregled Zaključak
H . pylori acxABC pregled operon vjerojatno kodira aceton karboksilazu koja katalizira pretvorbu acetona acetoacetata te je blisko povezana s gena čiji su proizvodi predviđeni da katalizira konverziju sekvencijalno acetoacetata u acetil-CoA. Inspekcija genomima drugih srodnih e-Proteobacteria sugerira da su prisutni samo u bakterije unutar ove potkoljenu da kolonizira sluznicu želuca gena koji su uključeni u metabolizam aceton. U acxABC pregled operon nije bio bitan za miša kolonizacije H. pylori
SS1, ali činilo se kako bi se poboljšala kolonizaciju. Daljnja karakterizacija navodni H. pylori pregled aceton karboksilaze i proizvode drugih gena unutar aceton metabolizam skupine gena treba pružiti uvid u to kako ketonska tijela od domaćina doprinose metaboličkim ekonomija H. pylori
i H . acinonychis pregled i kako ovi spojevi utječu na sposobnost tih bakterija kolonizirati domaćinima.
Metode
bakterijskih sojeva i medijskih
plazmida izgradnja i kloniranje je učinjeno u E. coli pregled soja DH5a koji je kultivirana u Luria-Bertani medija na 37 ° C. H. pylori pregled soj 26.695 je korišten kao predložak za lančanom reakcijom polimeraze (PCR). H. pylori pregled SS1 je korišten kao divljeg tipa soja pokusa te je kultiviran na obje krvni agar ili triptic soy agar kojem je dodano 5% konjskog seruma (TSA-seruma) pri 37 ° C u atmosferi od 4% O 2, 5% CO 2 i 91% N 2. Kada se uzgajaju u tekućem mediju, H. pylori
Kulture su rasle u Mueller-Hintonovom bujonu, uz dodatak 5% konjskog seruma i 30 ug /ml bacitracina i definiranom mediju za rast koji je opisao Bruggrabber i suradnici [22]. Kulture (10-15 ml uzgojene medij) uzgajane su u 150-ml seruma posude su zatvorene sa 20 mm Teflon /silikonski diskovima i aluminijskim čepovima i u atmosferi 4% O 2, 5% CO 2, 10 % H 2, 81% N 2. Osim ako nije drugačije naznačeno, kada su antibiotici stavljena u medij su dodani u slijedećim koncentracijama: 100 ug /ml ampicilina, 30 ug /ml kloramfenikola, 200 ug /ml bacitracina 10 ug /ml vankomicin i 10 ug /ml amfotericina B. pregled inaktivacija acxB pregled (HP0696) u H. pylori pregled SS1
2.3 kb DNA fragment koji nosi acxB pregled je bio pojačan PCR-om iz H. pylori pregled naprezanje 22695 i klonirani u pGEM-T (Promega). U mačke pregled kazeta uvedena u ovaj plazmid na eko pregled Eco47III mjestu smještenom otprilike u sredini klonirane acxB Netlogu. Dobiveni plazmid se koristi kao vektor samoubojstvo inaktiviranja kromosomske kopije acxB
H. pylori
SS1. Vektor samoubojstvo uvedena je u H. pylori
opterećuje ATCC 43504 i SS1, pritisak koji može kolonizirati miševi. Zbog ponovio prolaz H. pylori pregled, soja SS1 na mediju je izvijestila da rezultirati gubitkom infektivnosti u miševa, acxB pregled mutant je izgrađena u svježem izolata soja SS1 oporavio od zaraženog miša. Broj prolaza acxB pregled mutanata u soja SS1 limitirana i zabilježen i mutant uskladišteni zamrznuti na -80 ° C. Roditeljsko SS1 soj održavana te su smrznute pohranjene na isti način. Mi potvrditi PCR da kromosomska kopija acxB Netlogu bio poremećen zamjenu aleličke s plazmida nošen kopijom gena pomoću skup početnica s obje strane stranice prekida.
Krivulje rasta za H. pylori
sojevi pregled H.pylori pregled stanice TSA-seruma ploče na kojoj su sojevi su smeta prethodnog dana su suspendirane u fosfatno puferiranoj slanoj otopini (PBS), a koji se koriste za inokulaciju tekućeg medija u dobroj 600 0.03. Gdje je naznačeno, acetonu, dodavan je u aseptičkim uvjetima u mediju. Uzorci su uzeti u različitim vremenima i stanične gustoće su mjerene rasipanjem svjetlosti pri OD 600. Alternativno, održive broj stanica je određena nakon serijska razrjeđenja uzoraka i nanošenja na TSA-seruma. Nakon 4 do 5 dana inkubacije, broj jedinica koloniziranja (cfu) određene su za ploče. Pregled Mouse naseljavanja pregled miša naseljavanja testovi su provedeni u biti kako je ranije opisano [32]. Ovi postupci u skladu s relevantnim federalnim smjernicama i institucionalnim politikama za njegu i rukovanje laboratorijskim životinjama. Ukratko, H. pylori pregled, stanice su sakupljene nakon 48 h rasta na hranjivu podlogu, krvi i suspendirane u PBS-u do OD 600 od 1.7. Vršni u cijevi je škropljena s argonom bi se smanjilo izlaganje kisika.

• Liječenje Potencijal Picrorhiza kurroa (Scrofulariaceae) rizoma protiv indometacin izazvanog želučanog ulkusa. Mehanički istraživanje
• O dozi ovisne inhibicije želučane ozljeda vodikom u alkalnom elektrolizirane vode za piće