Mécht an gastric Kriibs Gentherapie Ausdrock Ënnerschrëfte vu Laser knipsen microdissection versushistologic macrodissection ofgeleet

Mécht am Ausdrock gastric Kriibs Gentherapie Ënnerschrëfte vu Laser knipsen microdissection versus VerfÜgung ofgeleet histologic macrodissection VerfÜgung méiglech VerfÜgung Background VerfÜgung Gastric Kriibs Echantillon vun histologic macrodissection kritt enthält eng relativ héich stromal Inhalt datt vill Gentherapie Ausdrock Profiler Afloss kann. Differenzen tëscht der Gentherapie Ausdrock Ënnerschrëft aus macrodissected gastric Kriibs Echantillon ofgeleet an der Ënnerschrëft vun isoléiert gastric Kriibs epithelial Zellen aus der selwechter biopsies kritt Laser-knipsen microdissection benotzt (LCM) sech fir hiren Potential experimentell biases bewäert. VerfÜgung Method VerfÜgung RNS mat béiden histologic macrodissection an LCM Techniken war aus gefruerenem Otemschwieregkeeten Echantillon vun gastric Kriibs biopsies vun 20 Patiente isoléiert. RNS aus LCM war Thema fir eng weider Ronn vun T7 RNS amplification. Ausdrock profiling war mat Affymetrix HG-U133A flamenden Ofgrond gesuergt. Genen vun der Ausdrock Ënnerschrëften aus all Otemschwieregkeeten Veraarbechtung Method identifizéiert sech bannent chromosomal Regiounen Texter zu der Formatioun vun Genen Verglach fonnt an gastric Kriibs Kopie Zuel geometrescher Figur vun der entholl Echantillon vun lackeleg CGH an zu Proteinen virdrun identifizéiert sou overexpressed ervirbréngen. VerfÜgung (; 10 -5 LS P VerfÜgung Wäert &si besteet), mä net zu vill Daten entsteet benotzt microdissection Resultater VerfÜgung Genen fräi Kopie Zuel vun gastric Kriibs ze hunn dës sech och vun macrodissection kritt an Echantillon gin overexpressed fonnt . Eng Formatioun vun 58 virdrun identifizéiert Genen vun gastric Kriibs overexpressed war och an der Gentherapie Ënnerschrëft vun macrodissection identifizéiert beräichert (LS P VerfÜgung &Si besteet; 10 -5), mee net an der Ënnerschrëft vun microdissection identifizéiert (LS P
= 0.013). Am Géigesaz, virdrun 66 Genen Rapport gastric Kriibs underexpressed gin waren an der Gentherapie Ënnerschrëft vun microdissection identifizéiert beräichert (LS P VerfÜgung &Si besteet; 10 -5), mee net an der Ënnerschrëft vun macrodissection identifizéiert (LS P
= 0.89). VerfÜgung Konklusiounen VerfÜgung d'entholl probéieren Technik der microarray Resultater biases. LCM vläicht fir d'Identifikatioun vun Potential entholl suppressor Gentherapie Kandidaten an gastric Kriibs benotzt Ausdrock profiling engem méi sensibel Kollektioun an Veraarbechtung Method ginn. VerfÜgung Background VerfÜgung E groussen Zil vun microarray Analyse ass d'Identifikatioun vun differentially ausgedréckt Genen vun subsets vu Krankheete Echantillon spezifesch Therapien ze entholl bestemmt ze markéieren. Allerdéngs, Inhalt grouss Ausdrock vill Analyse vun de Medeziner Kriibs Echantillon mat héije stromal ass eng Erausfuerderung, well d'Verhältnis vun epithelial entholl Zellen Zellen daitlech variéieren zu stromal kann. Contaminating stroma kann microarray-baséiert Ausdrock verwiesselt a kopéieren Zuel analyséiert. Laser knipsen microdissection (LCM) ass eng wäertvoll Technik datt ee epithelial Zellen aus stromal Zellen ze isoléieren erméiglecht, also fir epithelial Inhalt Beräicherung. D'Quantitéit vun Echantillonen an RNS vun LCM kritt ass oft relativ limitéiert, Ee, a verlaangt eng amplification Schrëtt genuch Material ze generéieren fir microarray analyséiert. Dëst amplification Prozess kann de Resultater Schold vu senge Politiker a Féierung op engem Attentater Formatioun vun differentially ausgedréckt Genen [1]. Histologic macrodissection (Echantillon vun Otemschwieregkeeten Rubriken zougeuerdnet microscopic Analyse vun enger Kierchefënster Serien Rubrik gesammelt) stellt eng grouss Quantitéit vun Prouf Material Verglach zu LCM datt de Besoin fir eng weider Ronn vun RNS amplification obviate kann. Allerdéngs, enthalen macrodissected Echantillon vill méi stromal Zell Inhalt wéi en Echantillon vun microdissection kritt. VerfÜgung virdrun Studien Verglach hunn dës zwee Otemschwieregkeeten Veraarbechtung Methode fir Medeziner Kriibs Echantillon. Baséierend op Donnéeën aus 14 rectal adenocarcinoma Echantillonen, Bruin et al VerfÜgung. macrodissection iwwer microdissection refuséiert, well vun der relativ niddreg Bäitrag vun stromal Komponente vun macrodissected Echantillon vun dëser entholl Zort an de Buergermeeschter Ausdrock Gentherapie Resultater aus microdissected Echantillon wéinst der amplification vun der fir dësen Echantillon néideg RNS [2]. Wéinst dem Klee et al VerfÜgung. ugeholl, datt eendeiteg microdissection profiling enger grousser Zuel vun differentially ausgedréckt Genen net anescht mat normaler Otemschwieregkeeten probéieren fonnt, baséiert op Donnéeën aus 10 haett adenocarcinomas a 6 bascht normal Echantillon [3] z'identifizéieren. Dës Studien huet déi kleng Echantillonen limitéiert, an duerfir, verlaange weider publizéieren. Et ass och net kloer, ob den Genen eendeiteg mat microdissected Echantillon vertrieden nëtzlech biomarkers identifizéiert. Bias aus RNS amplification doraus muss géint de Virdeel ausgeglach ginn vun Echantillon fir epithelial Inhalt Beräicherung an que ob microdissection fir Ausdrock profiling vun erhéijen mat héije stromal Inhalt, wéi gastric oder pancreatic adenocarcinomas avantagéis ass. VerfÜgung Microdissection ass virun allem nëtzlech fir Beräicherung gastric Kriibs entholl Zellen aus Bild Fro Echantillonen, virun allem vun diffusen-Typ gastric Kriibs kritt deen vun liichtem entholl Zellen gemëscht mat demagogesch Zellen an fibrosis komponéiert ass. Den Ënnergang vun globale Heefegkeet vun gastric carcinoma zu U.S. während dësem Joerhonnert schéngt eng Ofsenkung vun der intestinal Typ lesions haaptsächlech zum Deel ze ginn, iwwerdeems d'Optriede vun diffusen Typ ass geduecht fir déi selwecht bliwwen hunn [4]. Benotzt Echantillon kritt vun LCM, Wu et al VerfÜgung. confirméiert datt malignant versus benign Zellen gastric epithelial mat enger Korrektheet vun 99% ënnerscheeden kéint baséiert op engem 504 Gentherapie Estimatioun [5]. Dës Estimatioun abegraff bekannt Genen vun der gastric epithelium dorënner Trefoil ausgedréckt Faktoren 1, 2 an 3 [5]. Benotzt LCM, Jinawath et al VerfÜgung. identifizéiert 46 Genen datt verschidde molekulare Ënnerschrëfte fir déi zwee histological Zorte vun gastric Kriibs vertriede kënnen - diffusen-Typ an gastric Cancers intestinal-Typ [6]. Allerdéngs goufen keng Etuden ze Datum standing direkt d'macrodissection vs VerfÜgung vergläichen. LCM Methoden der selwechter Formatioun vun gastric Kriibs Echantillon benotzt. VerfÜgung An dëser Etude, mir hu versicht déi mécht tëscht Ausdrock Profiler ze zéien aus der selwechter erhéijen ofgeleet, datt souwuel verschafft goufen duerch macrodissection an LCM fir microarray analyséiert. Tatsaach identifizéiert der Schwieregkeet an all vun der differentially ausgedréckt Genen ausseet all Zort vun Prouf Kollektioun benotzt, am Verglach mir de identifizéiert Genen duerch eise microarray Analysë mat Proteinen bekannt an gastric Kriibs overexpressed gin. Ausserdeem, alles mir ob Ausdrock vun Genen an all Ënnerschrëft soll mat hire Restaurant op der Gentherapie Kopie Zuel bestëmmt, datt déi vill Komparativ Frankräich hybridization (CGH) aus der selwechter erhéijen identifizéiert goufen. Virdrun Studie vun gastric Kriibs hun eng héich Korrelatioun tëscht lackeleg CGH an Ausdrock vill Donnéeën bewisen [7]. Copy Nummer ännert sech mat macrodissected entholl DNA an Uerdnung bewäert d'Schold vu senge Politiker aus ganz Nepgen amplification ze verhënneren. Mir weider alles ob der Gentherapie Ënnerschrëfte mir aus all Prouf Kollektioun an Veraarbechtung Method kritt huet fir Proteinen beräichert dass virdrun gemellt goufen Genen vun gastric Kriibs gin dysregulated. Eis Resultater weisen, datt d'LCM Method méi sensibel fir Erkenntnesser Genen ass, datt an de Kriibs am Verglach zu normalen Otemschwieregkeeten (Potential entholl suppressors) underexpressed sinn, hierkommen macrodissection méi Genen identifizéiren datt zu Kriibs overexpressed sinn. Dofir, erschéngen macrodissection an LCM microdissection nëtzlech fir verschidden Aspekter vum Kriibs Biologie studéiert. VerfÜgung Method VerfÜgung kennen VerfÜgung Twenty Patienten, déi an dëser Etude analyséiert goufen engem Deel vun 96 Patiente ass déi vun engem mèi Etude matgemaach an hir Echantillon sech als Ausdrock Training Formatioun benotzt eng Chimio-Äntwert Estimatioun [8] ze entwéckelen. Deel vum Ausdrock a CGH vill Donnéeën vun hiren macrodissected Echantillon war virdru matgedeelt [8, 9]. Sample Kollektioun, Behandlung, a Suivi sech laut standing e Protokoll vun den institutionnelle Kritik Board (IRB) vun der National Cancer Center Hospital zu Goyang, Korea (NCCNHS01-003) abruecht. All Patienten ënnerschriwwen eng IRB-guttgeheescht Awëllegung Form. Zoulag fir eng Aschreiwung an der Etude och folgend Parameteren: 1) Alter ≥ 18 Joer; 2) histologically-bestätegt gastric adenocarcinoma; 3) klinesch-dokumentéiert wäit Metastasen; 4) net virdrun oder concomitant malignancies anere wéi de gastric Kriibs; 5) keng Welpen Geschicht vun Chimiotherapie goen, entweder adjuvant oder Palliativmedezin; an 6) adequate Funktioun vun all grouss Uergel. Patienten scho cisplatin 60 mg /m 2 IV op den Dag 1 an fluorouracil 1000 mg /m 2 IV op Deeg 1-5 vun engem 3-Woch Zäitplang. VerfÜgung Ray Veraarbechtung VerfÜgung Ier macrodissection, entholl Echantillon haten Steiren entholl Käre vun 50% (interquartile Rei, 30-60%). Macrodissection Leeschtung war wéi virdru beschriwwen [10]. Macrodissection Féierung ze Duerchschnëtt 60% vun entholl Käre um erop Rutsch (interquartile Rei, 60-72.5%). Fir microdissection, entholl an normal Otemschwieregkeeten Prouf cryosections sech bei 10 μm, Géigewier an gefruer bei -80 ° C gespäichert. Drënner waren léif mat nuclease-gratis HistoGene (cuisine Comments, Sunnyvale, CA) reagents no de Recommandatioune vum Produzent. Microdissection war mat PixCell II (Arcturus Bioscience, Mountain View, CA) gesuergt. Eppes an LCM war zu 15 min oder manner limitéiert fir all Prouf gesammelt. A Ganzen 10.000 Laser Wäitschëss (Plaz Gréisst vun 15 μm Duerchmiesser) benotzt CapSure Macro LCM QShortcut fir all Prouf gesammelt. RNS vom PicoPure RNS Isolatioun Kit benotzt (cuisine Comments). Kuerz, goufen d'epithelial Zellen mat 50 μL vun Extraktioun gefiermt an enger 0,5 ml microcentrifuge Rouer fir 30 min bei 42 ° C incubated. DNase (QIAGEN, Valencia, CA) Traitement war direkt bannent der Offäll Kolonne gemaach, an den RNS war mat der elution Volume vun 8 μL (cuisine Comments) isoléiert. Fënnef μL vun RNS aus microdissected Zell Populatiounsschichte war witzeg ze biotinylated, antisense Crna Zil, mat der Affymetrix zwee-Zyklus Etikette Method (Santa Clara, CA). All biotinylated Ziler waren fragmentaresch an 15μ VerfÜgung g vun all war bis HG-U133A GeneChip microarrays hybridized folgenden de Protokoll d'Hiersteller. Gescannt vill Biller goufen iwwerschafft an Euroen Donnéeën ze Signal de Affymetrix MAS 5.0 sind benotzt. VerfÜgung Singular CGH VerfÜgung Frankräich DNA war vun Echantillon ofgebaut benotzt TRI reagent (Invitrogen, Karlsbad CA), laut dem Protokoll d'Produktioun, an zousätzlech mat der QIAamp DNA Mikro Kit (QIAGEN) sidd. Fir vill CGH Experimenter, Agilent 4x44k HD-CGH Microarrays wouvun 44.000 Funktiounen (Agilent Technologies, Santa Clara, CA) sech benotzt. 0.5-1 μg vun entholl Frankräich DNA Echantillonen an de selwechte Montant vu mënschlechen Frankräich DNA vu multiple anonyme weiblech Donateuren (Promega, Madison, allem) sech mat AluI (50 Unitéiten) an RsaI (50 Unitéiten) fir 2 h op 37 ° C verdaut . 5 μl vun Zoufall Primer war mat der verdaut DNA Skelett gemëscht. D'Referenz an DNA Prouf ware mat Agilent d'Etikette Kit PLUS gekennzeechent, déi 5x gefiermt ëmfaasst, 10x dNTP, Cy-3/5 dUTP (1.0 mm), an Exo-Klenow ofgesprengt. D'Studiebäihëllefe Mëschung vun Cy3 Fortgeschratten Prouf DNA, Cy5 Referenzmaterial DNA Fortgeschratten (39 μl), 5 μl vum Mënsch fäerten-1 DNA (Invitrogen), 11 μl vun Agilent 10 × erauszesichen Agent an 50 μl vun Agilent 2 × hybridization gefiermt gouf um denatured 95 ° C fir 3 min an um 37 ° C fir 30 min incubated. De bis ewell war d'Partie applizéiert eng Agilent microarray hybridization Chambre benotzt, an an eng rotativ Uewen um 20 Ziichter bei 65 ° C fir 21 h hybridized. Flamenden Ofgrond sech no de Recommandatioune vum Fabrikant gewäsch, zappt zu Agilent d'stabilizing an drëschenen Léisung, an gescannt eng Agilent 2565AA DNA microarray Scanner benotzt. D'Agilent d'Scan plangen Control plangen 7.0 an Agilent d'Spillfilmer Extraktioun Software plangen 9.5.1 sech fir Daten Veraarbechtung benotzt. Lackeleg CGH Daten benotzt Agilent d'CGH Analytics Software (Versioun 3.5.14) analyséieren. ADM-2 Algorithmus mat loung 6, mat breeden null an zentraliséiert op, gouf benotzt aberration z'identifizéieren. Critèrë fir aberration Filter sech minimum Ämter vu 5, minimum Duerchschnëtt absolute Logbuch 2 Verhältnis vun 0,5, a maximal geometrescher Figur vun 1.000.000. Geometrescher Figur fir all Prouf identifizéiert opgezielt huet an graphically ugewisen. Gastric Kriibs Genen an der Literatur
Fir e Benotzer-definéiert Gentherapie Formatioun fir eis Gene Verglach gebueden generéieren, gesichte mir PubMed Datebank fir Genen mat gastric Kriibs Zell-spezifesch FAQ Ausdrock, Schlësselwieder "gastric Kriibs", "immunohistochemistry" an "overexpressed" oder "Verloscht vun Ausdrock" benotzt. Fir eis Gene Formatioun Verglach gebueden, sech Gentherapie Symboler vun gastric Kriibs spezifesch Genen Ëmgéigend Formatioun IDen op den HG-U133A vill ze Studiebäihëllefe (http:.. //Www NetAffx com). Et goufen 178 ( "overexpressed") an 327 ( "Verloscht vun Ausdrock") Artikelen zu der Pubmed der Zäit vun schreiwen. VerfÜgung statistique Analyse op Ausdrock vill Daten VerfÜgung Affymetrix HG-U133A Gentherapie Ausdrock microarray Date goufen donieft mat Gene Formatioun Verglach Analyse algorithms vun BRB ArrayTools (Versioun 3,8, National Cancer Institut, http:.... //Linus NCI nih Gov /BRB-ArrayTools HTML) [11]. Der Gentherapie Formatioun Verglach Outil Analysë Benotzer-definéiert Gene ausgedréckt fir Ënnerscheed Ausdrock ënnert Pre-definéiert Klassen (i.e VerfÜgung., Kriibs vs VerfÜgung. Normal) vun enger Quell Donnéeën. Benotzer-definéiert Gene ausgedréckt an dëser Etude benotzt gehéiert U133A Studiebäihëllefe baut zu Genen mat Kopie Nummer änneren entspriechend an entspriechend ze gastric Kriibs Genen an der Literatur. Genen hir entholl /normal Logbuch 2 Verhältnis ass méi héich wéi 0,5 an op d'mannst een vun 20 Patient Echantillon waren an der Lëscht vun Genen mat Kopie Zuel gewannen abegraff. Den Zerfall, Genen mat Kopie Zuel Verloscht (Diskussioun 2 Verhältnis &Si besteet; -0.5) opgezielt goufen. Dës Benotzer-definéiert Gene ausgedréckt huet fir Ënnerscheed Ausdrock analyséiert tëscht 20 Kriibs Echantillon a 6 normal Echantillon (dh VerfÜgung., 3 macrodissected an 3 microdissected Echantillon). VerfÜgung Fir all Quell Donnéeën, e P VerfÜgung -value ass berechnen fir all Gentherapie den Ausdrock Niveau fir den Ënnerscheed Ausdrock tëscht Pre-definéiert Klassen ze vergläichen, eng Tunique Gentherapie Lëscht vun engem BRB-ArrayTools Projet entscheet generéieren. Fir eng Rei vun N VerfÜgung Genen, ass d'mannst Plaatzen (LS) iwwerleen wéi d'mengen negativen natierleche uräicheren vun der P VerfÜgung -values ​​vun de passenden Single Gentherapie univariate Tester definéiert [12]. E Resumé iwwerleen ass berechnen, datt dës P VerfÜgung Wäerter iwwer de Benotzer-definéiert Gentherapie Formatioun resüméiert; de Resumé iwwerleen ass Duerchschnëtt aloggen (P VerfÜgung) fir den LS Resumé vun wéi d'P VerfÜgung Wäerter vun enger eenheetlecher Verdeelung fir LS ënnerscheeden [12]. De Resumé iwwerleen ass fir zoufälleg en Echantillon vun N VerfÜgung Genen zu der Verdeelung vun de Resumé domatter ze dinn, aus deenen op der Partie representéiert anerer. Hei N VerfÜgung ass d'Zuel vun Genen zu de Benotzer-definéiert Gentherapie virbereet. 100.000 zoufälleg Gene ausgedréckt huet flächeméisseg dat Verdeelung fir auszerechnen. Den LS P VerfÜgung Wäert ass den Undeel vun zoufälleg baut vun N VerfÜgung Genen matt kleng Duerchschnëtt Resumé Statistiken wéi der LS dobäikomm fir déi richteg Donnéeën berechnen. VerfÜgung BRB-ArrayTools geschate LS P VerfÜgung Wäerter fir Räichtum vun der 4 Gene ausgedréckt an eiser Ënnerschrëft gastric Kriibs transcriptome vun all Otemschwieregkeeten Veraarbechtung Method identifizéiert wéi follegt. Éischt, fir de 2.324 Genen mat Kopie Zuel gewannen mat eis gastric Kriibs transcriptome Ënnerschrëft vun der microdissection, den LS iwwerleen vun 2.324 Implikatioune Genen identifizéiert verbonne ze vergläichen war geschate vun engem mengen negativen natierleche uräicheren vun der P VerfÜgung Wäerter vun der Informatik eenzege Gentherapie univariate Tester fir Ënnerscheed Ausdrock vun jidderengen vun 2.324 Genen tëscht 20 microdissected gastric Kriibs Echantillon a 6 normal Echantillon. Dunn BRB-ArrayTools den Undeel vun zoufälleg baut vun 2.324 Genen berechent mat kleng Duerchschnëtt Resumé Statistiken wéi der LS dobäikomm fir d'real Donnéeën berechnen (LS P VerfÜgung Wäert). D'gastric Kriibs transcriptome Ënnerschrëft vun der microdissection identifizéiert war och mat 677 Genen verbonne mat der Kopie Zuel Verloscht Verglach, 58 Proteinen Rapport gastric Kriibs overexpressed ze ginn, an 66 Proteinen Rapport gastric Kriibs underexpressed ze ginn, mat respektiven LS P VerfÜgung Wäerter. LS P VerfÜgung Wäert manner wéi 0,01 war bedeitendst considéréiert. D'selwecht Analysë vun der macrodissection Method identifizéiert fir gastric Kriibs transcriptome Ënnerschrëft widderholl huet. VerfÜgung Immunohistochemistry VerfÜgung TFF1 immunohistochemistry war aus 16 gastric Kriibs Patienten (16 Kriibs an 2 bascht normal Otemschwieregkeeten Echantillon) benotzt chirurgesch oder Bild Fro Otemschwieregkeeten Echantillon gesuergt, a 4 gesond Fräiwëlleger, déi sech net an dat DNA microarray Etude abegraff. Réckbehalung-normal gastric mucosa Otemschwieregkeeten Echantillon waren aus der gastric antrum vun gesond Fräiwëlleger gesammelt eng blann Fro Technik, mat Awëllegung benotzt [9]. Paraffin-Ënnerbewosstsinn formalin-fix Otemschwieregkeeten drënner (4 μm décke) waren Kierchefënster mat 13734-1-AP (ProteinTech Group, Chicago, IL) um 1:50 fir 60 min bei Raumtemperatur an Stellt anti-Kanéngchen horseradish peroxidase (K4003, DAKO , Carpinteria, CA) fir 30 min bei RT. D'Reaktioun war mat diaminobenzidine visualized (K3468, DAKO) an counterstained mat hematoxylin. TFF1 Ausdrock war semi-quantitativ bei 200x VerfÜgung Vergréisserung, évaluéiert baséiert op Prozentsaz vun positif Kierchefënster Zellen ( "-" = immunostaining zu ≤ 10% vun Zellen; "+" = 11-50%; "++" = 51- 75%; "+++" = 76-100%) [13, 14]. Immunostaining ouni Primärschoul antibody an normal gastric epithelium vun engem microarray Kontroll Otemschwieregkeeten als negativ a positiv Kontrollen, bzw. [15]. Cytoplasmic stain déi unequivocally war déif Reliositéit als positive gezielt gouf. VerfÜgung Resultater VerfÜgung Entschlossenheet vun global Gentherapie Ausdrock Ënnerschrëften aus macrodissected an LCM Echantillon VerfÜgung Table 1 delineates der clinico-agebousst Charakteristiken vun de Patienten an Volontären an dëser abegraff microarray studéieren. Microarray Donnéeën war fir béid LCM an macrodissected Echantillon aus der selwechter 20 biopsies (Dorënner 1A) kritt. Obwuel vun akzeptabel Qualitéit, microarray Daten aus LCM Echantillon allgemeng manner "presentéieren ruffen" hu wéi macrodissected Echantillon (Donnéeën net VerfÜgung gewisen). Haapt Komponent Analyse vun de globale Musteren Gentherapie Ausdrock ofgeleet vun der micro- a macro-Leschten gastric Cancers, an déi normal Echantillon hien eng kloer Trennung vun all Prouf Grupp (Dorënner 1B). D'Steiren Pearson Korrelatioun tëschent den zwou Veraarbechtung Methoden war 0,75 (interquartile Rei, 0.71-0.81) .Table 1 Clinico-agebousst Charakteristiken vun deenen Kranken an Volontären an microarray Analyse abegraff VerfÜgung
kennen (n = 20)
Fräiwëlleger (n = 6)
Baseline clinico-agebousst Charakteristiken
Age-Joer VerfÜgung Paracetamol VerfÜgung 59
zu Interquartile Rei VerfÜgung 54-69 VerfÜgung 43-61 VerfÜgung Sex - keen. (%) VerfÜgung Männlech VerfÜgung 16 (80%) VerfÜgung 3 (50%) VerfÜgung Weiblech VerfÜgung 4 (20%) VerfÜgung 3 (50%) VerfÜgung Performance Status (PS ) - nee. (%) VerfÜgung ECOG1 PS 0 oder 1 VerfÜgung 20 (100%) VerfÜgung Histological Typ - keen. (%) VerfÜgung Lauren d'intestinal VerfÜgung 6 (30%) VerfÜgung Lauren d'diffusen VerfÜgung 14 (70%) VerfÜgung Location vun der Primärschoul lesion - keen. (%) VerfÜgung Uewerstad 1/3 VerfÜgung 4 (20%) zu Middle 1/3 VerfÜgung 6 (30%) VerfÜgung niddreg 1/3 VerfÜgung 10 (50%)
wäit Metastasen - keen. (%) VerfÜgung 20 (100%) VerfÜgung Prefabrizéierten an Resultat VerfÜgung Chimiotherapie regimen - keen. (%) VerfÜgung Cisplatin /Fluorouracil VerfÜgung 20 (100%) VerfÜgung Allgemeng Survival -. Mount VerfÜgung Paracetamol VerfÜgung 8.0 VerfÜgung Interquartile Rei VerfÜgung 5.6-14.7 VerfÜgung Time zu Werdegang -. Mount VerfÜgung Paracetamol VerfÜgung 3,5 VerfÜgung Interquartile Rei VerfÜgung 2.3-6.2 VerfÜgung 1Eastern Coopérative Zukunft Group VerfÜgung Dorënner 1 (a) Sécuritéit Schema vun Prouf Kollektioun an microarray Veraarbechtung (B) Principal Komponent Analyse vun der Gentherapie Ausdrock Profiler vun micro- a macro-Leschten entholl Echantillon vun 20 gastric Kriibs Patienten a 6 normal Echantillon vun gesond Fräiwëlleger. VerfÜgung Bedeitung 2 an 3 weisen Genen vun micro- a macro-Leschten gastric Kriibs Echantillon um Fonktioun Auswiel overexpressed P VerfÜgung &Si besteet; 10 -6. Zell Wirklechkeet VerfÜgung (AIF1, E2F1, E2F3, KIR2DL1, KIRREL, NPR1, RUNX2, TRIO VerfÜgung) war déi beräichert funktionell Kategorie vun der 42. Genen vun der microdissected Echantillon overexpressed Verglach zu de normal Echantillon (Fonktioun Auswiel P
&Si besteet; 10 -6) als identifizéiert vun Ingenuity Passerelle Analys (QFont) (Table 2). Entholl Wirklechkeet VerfÜgung (APOE, BIRC5, CD14, COL1A1, COL1A2, CYR61, FKBP1A, IL8, MCAM, MIF, RHOB VerfÜgung) war déi beräichert funktionell Kategorie ënnert de 73 Genen overexpressed an der macrodissected Echantillon (Fonktioun Auswiel P VerfÜgung &Si besteet; 10 -6) vun QFont (Table 3). Extracellular Matrixentgasung Genen, wéi COL6A2, COL1A1, COL1A2 VerfÜgung, an COL5A2 VerfÜgung, sech groussarteg an der macrodissected Echantillonen an viraussiichtlech vun der stromal Zellen bäigedroen. Table 4 weist Genen underexpressed zu micro- a macro-Leschten gastric Kriibs Echantillon um Fonktioun Auswiel P VerfÜgung &Si besteet; 10 -6.Table 2 Genen vun microdissected gastric Kriibs bei Fonktioun Auswiel P VerfÜgung &Si besteet overexpressed; 10-6 VerfÜgung Gene

FC1

Gene

FC

BMP3
38.52
HIST1H4C
6.3
BGN
30.3
LEPRE1
5.9
TRIO
18.5
ETNK2
5.6
GADD45GIP1
17.2
TRIP6
5.3
MIER2
16.7
FAM125B
5.3
KIFC3
16.4
NPR1
5.3
217318_x_at
13.7
DSCC1
5.3
217219_at
13.2
CLUL1
5.0
RUNX2
12.5
HMGB3
4.5
SMARCD1
12.0
E2F3
4.3
KIRREL
12.0
AIMP2
4.2
215621_s_at
12.0
ATAD5
4.0
GRM2
10.0
E2F1
3.8
FJX1
10.0
FKSG49
3.7
AIF1
10.0
DVL2
3.7
THY1
9.1
TIPRL
2.9
CARD10
9.1
EIF2C3
2.9
SIM2
9.1
NAT10
2.8
AIF1
9.1
MED27
2.7
APOBEC3G
8.3
PIN4
2.7
RHAG
8.3
CTPS
2.6
1fold änneren, duerch d'Expressioun Verhältnis vu Kriibs ze normal definéiert (= Kriibs /normal) VerfÜgung 2All dës Genen hu falsch Entdeckung Taux &Si besteet; 0,001 VerfÜgung Table 3 Genen vun macrodissected gastric Kriibs bei Fonktioun Auswiel P VerfÜgung overexpressed. &Si besteet; 10-6 VerfÜgung Gene

FC1

Gene

FC

LY6E
24.42
SRM
6.7
IL8
22.7
NGLY1
6.7
CA12
20.0
RHOB
6.3
SBNO2
19.2
ACTN1
5.9
UBE2S
17.2
LOXL2
5.9
CYR61
17.2
COL5A2
5.9
ANGPT2
15.9
TRIM28
5.6
COL6A2
14.3
218982_s_at
5.6
BOP1
13.2
C7orf44
5.3
COL1A1
13.2
UBE2C
5.3
LPL
13.0
CEP76
5.3
MFGE8
12.8
BIRC5
5.3
APOE
12.2
PNO1
5.0
G6PC3
10.9
FSTL1
5.0
215900_at
10.3
GRINA
4.8
NUP62
10.0
MRTO4
4.8
MRPL4
10.0
STC1
4.8
GNL3L
10.0
MRPL12
4.5
MCAM
9.1
FKBP1A
4.5
PDLIM7
9.1
IFI30
4.5
216472_at
9.1
KPNA6
4.3
ACTN1
9.1
216532_x_at
4.3
BYSL
9.1
CENPI
4.2
GNAI2
8.3
PPM1G
4.2
NCAPH2
8.3
ICT1
3.7
CD14
8.3
SFRS14
3.6
EXOSC4
8.3
CTPS
3.6
OBFC2B
8.3
IMP4
3.3
PPP1R15A
7.7
UBE2G2
3.2
COL1A2
7.7
ISG20L2
3.2
GPX1
7.7
EIF4A1
3.1
MIF
7.7
HDGF
2.6
NME1
7.1
PSMD14 2,6 VerfÜgung PPIL2
7.1
220856_x_at
2.4
CCDC85B
7.1
CNOT3
2.4
SPARC
6.7
GLT25D1
2.0
C8orf55
6.7
1fold änneren, duerch d'Expressioun Verhältnis vu Kriibs ze normal definéiert (= Kriibs /normal) VerfÜgung 2All dës Genen hu falsch Entdeckung Taux &Si besteet;. 0,001 VerfÜgung Table 4 Genen underexpressed zu micro- an gastric Kriibs bei Fonktioun Macro-Leschten Auswiel P VerfÜgung &Si besteet; 10-6 VerfÜgung Microdissected
zu Macrodissected

Gene

FC1

Gene

FC

HPGD
-25.02
208498_s_at
-11.1
HRASLS2
-20.0
SIDT2
-7.7
ABCC3
-20.0
MUC5AC
-5.9
SLC25A37
-16.7
CTAGE5
-5.0
ABHD2
-14.3
GNA11
-3.8
VIPR1
-10.0
ARFIP1
-3.4
CYTIP
-9.1
214316_x_at
-3.3
GALNT6
-9.1
222149_x_at
-3.3
SULT1A2
-9.1
OAS1 VerfÜgung -8,3 VerfÜgung PDCD4 VerfÜgung -7,1 VerfÜgung NR3C2 VerfÜgung -7,1 VerfÜgung DOCK6 VerfÜgung -6,3 VerfÜgung SULT1A1 VerfÜgung -5,9 VerfÜgung ZFYVE26 VerfÜgung - 5.9 VerfÜgung 213212_x_at VerfÜgung -5,6 VerfÜgung DSCR3 VerfÜgung -5,3 VerfÜgung TMEM131 VerfÜgung -5,3 VerfÜgung ECHDC2 VerfÜgung -5,0 VerfÜgung DENND1B VerfÜgung -5,0 VerfÜgung KIAA0141 VerfÜgung -4,8 VerfÜgung RNF103 VerfÜgung -4,8 VerfÜgung PDCD4 VerfÜgung -4,5 VerfÜgung CABIN1 VerfÜgung -4,5 VerfÜgung 222371_at VerfÜgung -4,3 VerfÜgung RRBP1 VerfÜgung -4,0 VerfÜgung CC2D1A VerfÜgung -3,8 VerfÜgung 216438_s_at VerfÜgung -3,8 VerfÜgung SGSM3 VerfÜgung -3,8 VerfÜgung ARPC2 VerfÜgung -3,7 VerfÜgung TRAK1 VerfÜgung -3,6 VerfÜgung GNA11
-3,6 VerfÜgung PAFAH1B1 VerfÜgung -3,4 VerfÜgung CNDP2 VerfÜgung -3,2 VerfÜgung SPOP VerfÜgung -3,1 VerfÜgung PARP4 VerfÜgung -3,1 VerfÜgung ERLIN1 VerfÜgung -2,9
1fold, déi vun den negativen vun der Ausdrock Verhältnis vun normal un Kriibs definéiert änneren (= - (normal /Kriibs)) VerfÜgung 2All dës Genen hu falsch Entdeckung Taux &si besteet; 0,001 VerfÜgung se tëscht Ausdrock a vill CGH Daten. VerfÜgung Singular CGH Analyse war mat Frankräich DNA aus macrodissected Echantillon ofgebaut standing wouvun > 50% entholl Zellen (Critèrë vun virdrun Studien benotzt [16, 17]), well genuch DNA ouni de Besoin fir ganz Nepgen amplification kritt kéint esou fir microdissected Echantillon néideg. Ganz Nepgen DNA amplification kann eventuell artifactual Westen an vill CGH Resultater Aféieren [18]. Duergestallt an luch 2 der Frequenz vun DNA Kopie Zuel geometrescher Figur ënner all vun den 20 Echantillonen. Eis Kopie Zuel aberration Donnéeën war allgemeng konsequent mat virdrun Donnéeën gemellt [7, 16, 17, 19-23]. Véier vun 20 Patiente an amplification vun chr8 q24.13-q24.21 (126357475-128822596) deen de MYC VerfÜgung oncogene enthält. Déi zweet meeschte gemeinsam amplification nët war chr17 q21.2 (36109939-36230163) déi an 3 Patienten Implikatioune verstärkt gouf. Seven Patienten hu kee Magnéitfeld chromosome geometrescher Figur. Dës 7 Echantillon aus engem Steiren vun 70% entholl Zellen, während déi aner 13 Patiente an engem Steiren 60% entholl Zellen haten (P VerfÜgung Wäert = 0,1). Dofir, war de Mangel vun Magnéitfeld chromosome geometrescher Figur vun der 7. Echantillon net wéinst engem nidderegen Prozentsaz vun entholl Zellen zu deenen Echantillon. Figur 2 präparéiert Bild z der Prozent Frequenz vun Ämter fonnt (geometrescher Figur) ënnert all 20 Echantillonen. VerfÜgung sech Et 2.324 eenzegaarteg Genen déi mat Kopie Zuel gewannen verbonne waren an op d'mannst ee vun de 20 Patienten, an 677 Genen mat Kopie Zuel assoziéiert Verloscht. Gene Formatioun Verglach benotzt gebueden, mir dës Gentherapie baut mat eiser transcriptome Ënnerschrëfte vun de verschiddene Prouf Isolatioun Methoden identifizéiert Verglach. Mir Hypothes, datt dysregulated Genen mat Kopie Zuel geometrescher Figur verbonne sinn méi wahrscheinlech als Bäitrag zu oncogenesis gin Équipe amplaz einfach als "Neis." Dofir, déi 2.324 Genen bannent Regioune vun Kopie Zuel hëlt enthale sech mat wat fir hir Ausdrock aus Partie Date analyséiert d'macrodissection Method kritt Hëllef (Fonktioun Auswiel P VerfÜgung &Si besteet; 0,05). D'iwwerlageren tëscht der Lëscht vun Genen vun Regioune vun amplification an Beräicherung fir hiren Ausdrock an Echantillon datt macrodissected sech war statistesch relevant (LS P VerfÜgung Wäert = 10 -5; gesinn Methode fir statistesch Beschreiwung). Allerdéngs war dës Associatioun net observéiert wann Ausdrock Daten aus microdissected Echantillonen analyséiert war (Fonktioun Auswiel P VerfÜgung &Si besteet; 0,05; LS P VerfÜgung Wäert = 0.41) (Dorënner 3A). Soumat war et staark Associatioun tëscht der Muster vun Kopie Zuel Mosconi an der Gentherapie Ausdrock nëmmen an Echantillon datt macrodissected goufen. Zum Beispill, MYC VerfÜgung, déi dacks Implikatioune Gentherapie an eiser Patient Echantillon war, sech däitlech zu macrodissected Echantillon overexpressed ze ginn, mä net zu deenen, déi microdissected goufen, obwuel dësem Resultat wéinst kënnen ze relativ klengen Echantillonen Gréisst oder heterogeneity bannent der entholl. Figur 3 Zuel vun Genen tëscht LCM an macrodissected Ausdrock vill Daten a vill CGH Daten aus der selwechter Formatioun vun 20 Patiente. VerfÜgung Eng Lëscht vun 677 Genen phpNuke war an Regiounen identifizéiert wou DNA Kopie Zuel Verloscht vun op d'mannst een vun den fonnt huet 20 Etude Patienten. Den Ausdrock vun dësen Genen war an der macro- a Mikro-Leschten vill konsultéieren analyséiert. Eng bedeitend association war tëscht den Genen matt Verloscht vun Kopie Zuel an hire Wëllen an zwee macro- a Mikro-Leschten Echantillon fonnt. (LS P VerfÜgung Wäerter, 0,009 an 0,006 fir LCM an macrodissected Echantillonen, bzw.) (Dorënner 3B). VerfÜgung Concordance vun der Gentherapie Ënnerschrëfte mat Genen virdrun Rapport mat gastric Kriibs assoziéiert gin VerfÜgung A PubMed Literatur Sich Leeschtung war virdru gemellt eropgeluede an ënner-ausgedréckt Genen an Proteinen fir gastric Kriibs (: immunohistochemistry, gastric Kriibs, an overexpressed an oder Verloscht vun Ausdrock Schlësselwieder) ze identifizéieren. 58 Proteinen am gastric Kriibs overexpressed sech op dës Manéier identifizéiert. Gene Ausdrock fir dës 58 Proteinen sech fonnt déi macrodissection gesammelt an Ausdrock Daten aus Echantillon beräichert ginn (LS P VerfÜgung &Si besteet; 10 -5), mee kee Räichtum an Ausdrock vun der 58 Genen war fir Echantillon gesammelt fonnt vun microdissection (LS P VerfÜgung = 0.013). Am Géigesaz, Untersuchungshaft 66 Proteinen am gastric Kriibs underexpressed gin goufen Ausdrock Partie Date vu Echantillon vun microdissection (LS P VerfÜgung &Si besteet; 10 -5) gesammelt beräichert, awer net aus Echantillon gesammelt vun macrodissection (LS P
= 0.89) (Table 5) .Table 5 Gastric Kriibs Genen an der Literatur déi tëscht 20 Kriibs a 6 normal Echantillon um Fonktioun Auswiel P VerfÜgung &si besteet differentially ausgedréckt huet; 0,05 no microarray Daten entsteet all Otemschwieregkeeten Veraarbechtung Method benotzt VerfÜgung Overexpressed Genen zu Kriibs VerfÜgung Genen vun Underexpressed VerfÜgung cancer

LCM&Macro1

LCM

Macro

LCM&Macro

LCM2

Macro

APOE
EGFR
AKT1
ANXA10
ANXA7
CDKN2B
AURKA
HGF
ANXA2
CASP6
BAD
FHIT
CCNE1
MET
CALR
CASP7
HLA-B
CDC20 VerfÜgung RHOA VerfÜgung CCNB1 VerfÜgung CDH1 VerfÜgung HLA-E VerfÜgung CDC25B VerfÜgung TNS4 VerfÜgung EEF2 VerfÜgung CTNNA1 VerfÜgung HLA-G VerfÜgung CXCR4 VerfÜgung ESM1
GSN VerfÜgung PRSS8 VerfÜgung E2F1 VerfÜgung HIF1A VerfÜgung HLA-F VerfÜgung PTEN VerfÜgung EGR1 VerfÜgung MINA VerfÜgung IQGAP2 VerfÜgung SDHB VerfÜgung GRB2 VerfÜgung PHB
KCNE2 VerfÜgung SH3GLB1 VerfÜgung HK2 VerfÜgung KLF4 VerfÜgung TFF1 VerfÜgung ICAM1 VerfÜgung MUC6 VerfÜgung INHBA VerfÜgung RARB VerfÜgung LOXL2 VerfÜgung SMAD4 VerfÜgung MCM3 VerfÜgung PTMA VerfÜgung SPARC VerfÜgung 1Previously gemellt overexpressed Proteinen fir gastric Kriibs deen och an eiser microdissected overexpressed waren (LCM) an macrodissected Kriibs Echantillon als Verglach mat normal Echantillon VerfÜgung 2Previoulsy underexpressed Proteinen fir gastric Kriibs Rapport deen och underexpressed sech an eiser microdissected (LCM) Kriibs Echantillonen, mä net zu macrodissected Kriibs Echantillon VerfÜgung Validatioun vun microarray Donnéeën VerfÜgung fir eis microarray Donnéeën ze validéieren, mir standing immunohistochemical op engem Gene Analysë vun microdissected Kriibs Echantillon vun 16 Patiente wéi underexpressed identifizéiert a 4 Fräiwëlleger, déi sech net an DNA microarray Etude abegraff. TFF1 VerfÜgung war fir dëst immunohistochemistry Confirmatioun Etude gewielt, well et vill vun der LCM Echantillon (P VerfÜgung = 0.0036) underexpressed ass awer net am macrodissected Echantillon (P VerfÜgung = 0.09), als Verglach mat normal gastric mucosa. TFF1 immunoreactivity zu Kriibs war den Uschléi -, +, ++, a +++ zu 7 (43.8%), 3 (18.7%), 4 (25.0%), an 2 (12.5%), bzw.. Am Géigesaz, all vun de 6 normal gastric mucosa Echantillon (4 gesond Fräiwëllegen an 2 normal bascht Otemschwieregkeeten Echantillon) agekacht TFF1 immunoreactivity (+++) (Dorënner 4). Sou, hu gastric Kriibs Echantillon wesentlech méi TFF1 immunoreactivity wéi normal gastric mucosa, konsequent mat virdrun Rapporten [13, 14] (P VerfÜgung fir Chi-Feld = 0.007). Figur 4 Vertriederin TFF1 immunohistochemical staining Resultater (A) e gastric adenocarcinoma de Verloscht vun TFF1 Ausdrock, an (B) normal gastric mucosa aus enger gesonder Fräiwëllegen Musiktherapie- TFF1 zu gastric epithelial Zellen ausdrécken. (Vergréisserung = 200x) VerfÜgung Dës Resultater weisen, datt macrodissection-baséiert Gentherapie Ausdrock Ausdrock outperformed Gentherapie Analysë Analysë vun LCM Echantillon fir Genen Erkenntnesser am gastric Kriibs overexpressed.

• BariSurg Prozess: Kopp gastrectomy versus Roux-en-Y gastric Contournement zu mockeleg Patienten mat BMI 35-60 kg /m2 - enger Multi-Zentrum zoufälleg Patient an Observeur blann Net-inferiority trial
• Ausdrock Profil vun mucins (MUC2, MUC5AC an MUC6) zu Helicobacter pylori Personal viraus-neoplastic an neoplastic Mënsch gastric epithelium