Die Unterschiede bei Magenkrebs Genexpression Signaturen von Laser Mikrodissektion versushistologic macrodissection abgeleitet

Die Unterschiede in der Expression Magen-Krebs-Gen-Signaturen von Laser Mikrodissektion gegen
abgeleitet histologischen macrodissection
Zusammenfassung
Hintergrund
Magenkrebs Proben durch histologische macrodissection erhalten werden, enthalten einen relativ hohen Stroma-Gehalt, die deutlich Genexpressionsprofile beeinflussen können. Die Unterschiede zwischen der Genexpression Signatur von macrodissected Magenkrebsproben abgeleitet und die Unterschrift von isolierten Magenkrebs Epithelzellen aus den gleichen Biopsien erhalten Laser-Mikrodissektion mit (LCM) wurden auf ihre mögliche experimentelle Vorurteile ausgewertet.
Methods
RNA mit beiden histologischen macrodissection und LCM-Techniken wurde aus gefrorenen Gewebeproben von Magenkrebs Biopsien von 20 Patienten isoliert. RNA aus LCM war Gegenstand einer weiteren Runde der T7 RNA-Amplifikation. Expression Profilierung wurde unter Verwendung von Affymetrix HG-U133A Arrays durchgeführt. Gene in den Expressions Signaturen von jeder Gewebeverarbeitungsverfahren identifiziert wurden innerhalb von chromosomalen Regionen enthalten den Satz von Genen verglichen gefunden in Magenkrebs Kopienzahl Aberrationen in den Tumorproben durch CGH-Array und an Proteine ​​zuvor identifizierten als überexprimiert zu beherbergen.
(; 10 -5 LS P
Wert <), aber nicht in Array-Daten erzeugt mit Mikrodissektion Ergebnisse

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