Különbséget gyomorrák génexpressziós származó lézeres leválasztás mikrodisszekcióban versushistologic macrodissection

megkülönböztetéseket gyomorrák génexpressziós származó lézeres leválasztás mikrodisszekcióban versus katalógusa szövettani macrodissection katalógusa Abstract Background katalógusa katalógusa Gyomorrák nyert minták szövettani macrodissection tartalmaznak viszonylag nagy stromalis tartalmat, amely jelentősen befolyásolhatja génexpressziós profilokat. Különbségek az génexpressziós aláírás származó macrodissected gyomorrák mintákat és az aláírás nyert izolált gyomorrák hámsejtek ugyanabból a biopsziás lézeres-capture mikrodisszekcióban (LCM) értékeltünk úgy, hogy a potenciális kísérleti torzítást.
Módszerek
RNS izoláltuk a fagyasztott szövetminta gyomorrák biopszia 20 beteg mindkét szövettani macrodissection és LCM technikákat. RNS LCM vetették alá egy plusz kör T7 RNS amplifikációs. Expression profilalkotás végeztük Affymetrix HG-U133A tömbök. Azonosított gének expressziójában aláírások minden egyes szövet feldolgozási módszer összehasonlították a génkészlet tartalmazott kromoszomális régiók talált megtelepedését kópiaszám aberrációk a tumor minták array CGH és fehérjékhez korábban megállapították, hogy túlzott mértékben expresszálódik a gyomorrák.
Eredmények katalógusa gének kimutatták, hogy megnövekedett kópiaszám gyomorrák is találtak, hogy túl expresszálódik kapott minták macrodissection (LS P katalógusa érték < 10 -5), de nincs a tömbben generált adatok felhasználásával mikrodisszekciós . Egy sor 58 korábban azonosított gének túltermelõdik gyomorrák is gazdagodott a génben azonosított aláírás macrodissection (LS P katalógusa < 10 -5), de nem az aláírás azonosított mikrodisszekcióban (LS P
= 0,013). Ezzel szemben, a 66. gének korábban leírták, hogy alulexpresszáltak gyomorkarcinómában gazdagodott a génben aláírás által azonosított mikrodisszekcióban (LS p
< 10 -5), de nem az aláírás által azonosított macrodissection (LS P
= 0,89). Következtetések katalógusa
a tumor mintavételi technika feszíti a microarray eredményeket. LCM lehet egy érzékenyebb gyűjtése és feldolgozási módszer azonosításához lehetséges tumorszuppresszor gén jelölt a gyomorrák alkalmazásával expressziós profiling.
Alapon
A fő célja, microarray elemzés azonosítása eltérően expresszált gének alcsoportjánál klinikai minták megfelelnek meghatározott terápiák tumor altípusok. Azonban kvantitatív expresszióját tömb elemzése klinikai rák minták magas stroma tartalom nehéz megvalósítani, mivel az arány a epiteliális tumorsejtek stroma sejtek nagymértékben változó lehet. Szennyező stroma zavarhatja microarray alapú expressziós és kópiaszám elemzéseket. Lézeres elfog mikrodisszekció (LCM) értékes technika, amely lehetővé teszi az egyik, hogy izoláljuk az epiteliális sejtek stromális sejtek, így gazdagítják az epiteliális tartalmat. A minta mennyiségét és RNS nyert LCM gyakran meglehetősen korlátozott, azonban, és előírja, egy amplifikációs lépést, hogy elegendő anyagot microarray elemzések. Ez amplifikációs folyamat befolyásolhatja az eredményeket, és olyan ferde sor differenciáltan expresszálódó gének [1]. Szövettani macrodissection (gyűjtött minták szöveti metszetek irányított mikroszkópos elemzés egy festett soros rész) rendelkezik egy nagyobb mennyiségű minta anyag képest LCM, amely szükségtelenné teszi az egy további kör RNS amplifikációs. Azonban macrodissected minta tartalmaz jóval vázsejtje tartalom, mint kapott minták mikrodisszekció.
Korábbi tanulmányok képest a két szövet feldolgozási módszerek klinikai rák minta. Adatok alapján 14 rektális adenocarcinoma minták Bruin és munkatársai katalógusa. helyzetű macrodissection felett mikrodisszekcióban mert a viszonylag alacsony hozzájárulása stromális összetevők macrodissected mintákat ettől a tumor típusától és a torzított génexpresszió eredménye mikrodisszektált minták miatt az erősítés az RNS szükséges ezekben a mintákban [2]. Másrészt, Klee és munkatársai katalógusa. azt javasolta, hogy mikrodisszekcióban profilozás egyedileg azonosítja a nagyszámú differenciálisán expresszált gén egyébként nem talált a tömeges szövet mintavétel, adatok alapján 10 tüdő adenocarcinoma és 6. szomszédos normál mintákat [3]. Ezek a tanulmányok arra korlátozódik a kis mintanagyság, és ezért tovább kell érvényesítés. Az is világos, hogy az azonosított gének egyedülálló használatával mikrometszett minták képviselik hasznos biomarkerek. Fakadó torzítás RNS amplifikációs egyensúlyba kell hozni a javára gazdagításának minták epitheliális tartalmat tekintve, hogy mikrodisszekcióban előnyös expressziós profil a daganat nagy stroma tartalom, például a gyomor vagy a hasnyálmirigy adenocarcinoma. Katalógusa Mikrodisszekciós különösen hasznos gazdagító gyomor- rákos daganatos sejtek nyert endoszkópos biopsziás minták, különösen a diffúz típusú gyomorrák, amely áll szórt tumorsejtek kevert gyulladásos sejtek és a fibrózis. A csökkenés az általános gyomorrák incidenciája beli e században tűnik nagyrészt csökken a bél típusú elváltozásokat, míg az előfordulása diffúz típusú gondolják, hogy ugyanaz maradt. [4] Minták felhasználásával nyert LCM, Wu és munkatársai katalógusa. számolt be, hogy a malignus versus benignus gyomorfekély hámsejtek lehet megkülönböztetni pontossággal 99% alapul 504 gén előrejelzője [5]. Ez a prediktor tartalmaz jól ismert gének kifejezett gyomornyálkahártya beleértve Trefoil faktor 1, 2, és 3 [5]. Segítségével LCM, Jinawath munkatársai katalógusa. azonosított 46 gének képviselhet elkülönült molekuláris aláírásokat a két szövettani típusú gyomorrák - diffúz típusú és bél típusú gyomor- rákok [6]. Azonban nem végeztek vizsgálatokat a mai napig közvetlenül összehasonlítottuk a macrodissection vs katalógusa. LCM módszerekkel ugyanazokat a gyomorrák minták.
Ebben a tanulmányban törekedtünk, hogy értékelje a különbséget a kifejezés profilok származhatnak ugyanabból daganatok által feldolgozott mind macrodissection és LCM microarray elemzések. Mivel nehéz érvényesítése mind a differenciáltan expresszált gének alkalmazásával azonosított minden típusú mintavétel, összehasonlítottuk a azonosított gének keresztül microarray elemzések fehérjék ismert, hogy túl expresszálódik gyomorrák. Továbbá megállapítottuk, hogy a gének expresszióját azonosított minden egyes aláírás korrelált változások a gén kópiaszámának hogy azonosítottuk array komparatív genomiális hibridizáció (CGH) ugyanabból a daganatok. Korábbi tanulmányok gyomorrák azt mutatták, magas korrelációt array CGH és kifejezése array adat [7]. Kópiaszám változások alkalmazásával értékeltük macrodissected tumor DNS annak érdekében, hogy elkerüljék a torzítás származó teljes genom amplifikáció. Mi tovább vizsgálni, hogy a gén aláírások nyertünk minden mintából gyűjtése és feldolgozási módszer arra dúsított proteineket, amelyeket korábban leírták, hogy diszreguláit gének gyomorrák. Eredményeink azt mutatják, hogy a LCM módszer érzékenyebb gének azonosítására, amelyek alulexpresszáltak a rák, mint a normális szövet (potenciális tumorszupresszorok), mivel macrodissection azonosítja több gének expresszálódnak rák. Ezért macrodissection és LCM mikrodisszekcióban hasznosnak látszik tanulmányozására különböző aspektusait rákbiológia. Katalógusa Módszerek katalógusa Betegek katalógusa tíz betegnél, akiket vettek részt a vizsgálatban egy része 96 beteg, akik részt vettek egy prospektív vizsgálat, és amelynek minták használták, mint egy kifejezés tanító, hogy dolgozzon ki egy kemo-válasz prediktor [8]. Része a kifejezés és CGH array adatokat a macrodissected minták korábban jeleztük [8, 9]. Minta gyűjtése, kezelése és nyomon követése alapján végeztük protokoll által jóváhagyott intézményi Review Board (IRB) a Nemzeti Rákkutató Központ Kórház Goyang, Korea (NCCNHS01-003). Minden beteg aláírta IRB által jóváhagyott tájékozott beleegyező nyilatkozatot. Jogosultság regisztrációját a vizsgálatban az alábbi paraméterek: 1) életkor ≥ 18 év; 2) szövettanilag igazolt gyomor adenokarcinóma; 3) klinikailag dokumentált távoli áttét; 4) nincs korábbi vagy egyidejű rosszindulatú eltérő gyomorrák; 5) korábban nem a kemoterápia, vagy adjuváns vagy palliatív; 6) megfelelő, az összes főbb szervek. A betegek cisplatin 60 mg /m 2 IV 1. napon és fluorouracil 1000 mg /m 2 IV napokon 1-5 3 hetes ütemtervet. Katalógusa Tissue feldolgozás katalógusa előtt macrodissection, tumor minta volt a tumor átlagos magok 50% (interkvartilis tartomány 30-60%). Macrodissection végeztük a korábban leírtak [10]. Macrodissection vezet átlagosan 60% -a tumor atommagok felső szán (interkvartilis tartomány 60-72,5%). A mikrodisszekció, tumoros és normális szövet minta fagyasztott metszetén vágtunk 10 um, és fagyasztva tároljuk -80 ° C hőmérsékleten. Tárgylemezeket dehidratált segítségével nukleáz-mentes HistoGene (Molecular Devices, Sunnyvale, CA) reagenseket a gyártó ajánlásainak megfelelően. Mikrodisszekciós végeztük PixCell II (Arcturus Bioscience, Mountain View, CA). Kiszáradás és LCM korlátozódott 15 perc vagy kevesebb minden mintát gyűjtenek. Összesen 10000 lézer lövés (spot mérete 15 m átmérőjű) segítségével gyűjtöttük CapSure Macro LCM Caps minden mintánál. RNS-t izoláltunk PicoPure RNS Isolation Kit (Molecular Devices). Röviden, az epiteliális sejteket 50 ul extrakciós puffert 0,5 ml-es mikrocentrifuga csőben 42 ° C-on 30 percig. DN-áz (Qiagen, Valencia, CA) kezelést végeztünk közvetlenül a tisztítási oszlop, és az RNS-t izoláltunk az elúciós térfogat 8 ul (Molecular Devices). Öt nl RNS mikrodisszektált sejtpopulációk alakítjuk biotinilált, antiszensz cRNS cél, felhasználva a Affymetrix kétciklusú jelzési módszer (Santa Clara, CA). Minden biotinilezett célok voltak széttagolt és 15μ
g mindegyik hibridizáljuk HG-U133A GeneChip microarray a gyártó utasításai szerint. A beolvasott tömb kép felül és alakítjuk, hogy jelezze az adatokat a Affymetrix MAS 5.0 algoritmus.
Array CGH
Genomiális DNS-t extraháltunk mintákból TRI-reagens alkalmazásával (Invitrogen, Carlsbad, CA), a gyártó szerint protokollja, és ezen felül megtisztítottuk a QIAamp DNS Micro kit (Qiagen). Tömb CGH kísérletekhez Agilent 4x44k HD-CGH Microarrays tartalmazó 44.000 jellemzői (Agilent Technologies, Santa Clara, CA) használtunk. 0,5-1 ug tumor genomiális DNS-mintákat és az azonos mennyiségű humán genomi DNS több névtelen női donorok (Promega, Madison, WI) emésztünk Alul (50 egység) és RsaI (50 egység) 2 órán át 37 ° C-on . 5 ul Random Primer összekevertük az emésztett DNS-templát. A referencia és a minta DNS-t jelöltünk használva Agilent Labeling Kit PLUS, amely magában foglalja a 5x puffert, 10X dNTP, Cy-3/5 dUTP (1,0 mM), és exo-Klenow-fragmens. A szonda keverékét Cy3 jelölt minta-DNS, Cy5 jelölt referencia DNS-t (39 ul), 5 | il humán Cot-1 DNS-t (Invitrogen), 11 pl Agilent 10 × blokkoló szer és 50 ul Agilent 2 × hibridizációs puffert denaturáltuk 95 ° C-on 3 percig, és inkubáltuk 37 ° C-on 30 percig. A próbát alkalmazták a tömb egy Agilent microarray hibridizáció kamra, és hibridizáltuk 21 órán át 65 ° C-on egy forgó kemencében 20 rpm. A tömbök mostuk szerint a gyártó ajánlásait, mártott Agilent stabilizáló és szárítás megoldás, és a beolvasott Agilent 2565AA DNS microarray scanner. Az Agilent Scan Program Control Program 7.0 és Agilent Feature Extraction Software Program 9.5.1 használtunk adatfeldolgozás. Array CGH adatokat elemeztük Agilent CGH Analytics szoftver (version 3.5.14). ADM-2 algoritmus küszöb 6, fuzzy nulla és centralizációja, azonosítjuk aberráció. Kritériumai aberráció szűrés volt minimum szondák 5, minimum átlagos abszolút log 2 arány 0,5 és maximum aberrációk 1.000.000. Aberráció azonosított minden egyes mintában felsorolt ​​és grafikusan megjelenített.
Gyomorkarcinóma géneket a szakirodalomban
Hogy létrehoz egy felhasználó által definiált gén készlet a mi gén összehasonlítás elemzések kerestünk PubMed adatbázis gének gyomorrák sejt-specifikus fehérje kifejezés, kulcsszavak segítségével a "gyomorrák", "immunhisztokémia" és "túlzottan kifejezett" vagy "elvesztése" kifejezés. A mi gén készlet összehasonlítása elemzések gén szimbólumok gyomorrák specifikus gének feltérképezésére, hogy a szonda készlet azonosítók a HG-U133A array (http: //www. NetAffx. Com). Voltak 178 ( "túlzottan kifejezett") és a 327 ( "elvesztése" kifejezés) cikket a PubMed idején az írás. Katalógusa Statisztikai elemzés kifejezés tömb adatok katalógusa Affymetrix HG-U133A génexpressziós microarray adatokat elemeztük gén készlet összehasonlítása algoritmusokkal BRB ArrayTools (version 3.8, National Cancer Institute, http: //linus. NCI. NIH. gov /BRB-ArrayTools. html) [11]. A gén meghatározott összehasonlító eszköz elemzi a felhasználó által definiált gén készlet eltérő expressziója között előre definiált osztályok (azaz katalógusa., Rák vs katalógusa. Normál) egy forrás adatbázisba. A felhasználó által definiált gén készletek ebben a vizsgálatban alkalmazott tartalmaznak U133A hibridizációs próba készletek megfelelő gének kópiaszámának változást és megfelelő gyomorrák géneket a szakirodalomban. Gének, amelyek a tumor /normál log 2 arány nagyobb, mint 0,5, legalább egy 20 beteg mintákat szerepel a listán a gének kópiaszám nyereség. Hasonlóképpen gének kópiaszám veszteség (log 2 arányban < -0,5) szerepeltek. Ezek a felhasználó által definiált gén-készletek esetében elemezték a differenciális expressziót a 20 rákos minták és 6 normál minták (azaz katalógusa., 3. macrodissected és 3 mikrometszett minta).
Minden forrás adatbázisba, a P katalógusa -érték van kiszámítjuk minden egyes gén megfeleltetni expressziós szintje a differenciál kifejezés között előre definiált osztályok, így egy helyen gén lista egy adott BRB-ArrayTools projekt. Egy sor N
gének, a legkisebb négyzetek (LS) statisztika van meghatározása: az átlagos negatív természetes logaritmusa p
-értékei a megfelelő egyetlen gén egyváltozós vizsgálatok [12]. Egy összefoglaló statisztika kerül kiszámításra, amely összefoglalja ezeket P katalógusa feletti értékek a felhasználó által definiált gén készlet; Az összefoglaló statisztika átlagos log (P katalógusa) az LS röviden ismertetni kell a P katalógusa értékek eltérnek egyenletes eloszlást LS [12]. Az összefoglaló statisztika kapcsolódik a megoszlása ​​az összesítő statisztikákat minták véletlenszerű N katalógusa gének mintavétel amelyek képviseltetik magukat az tömb. Itt N
van a gének száma a felhasználó által definiált gén készlet. 100000 random gén készlet mintát vettek, hogy kiszámolja eloszlást. Az LS P katalógusa érték aránya véletlen sorozat N katalógusa gének kisebb átlagos összefoglaló statisztikákat, mint az LS összefoglalók kiszámítjuk a valós adatokat.
BRB-ArrayTools becsült LS P katalógusa értékek gazdagítása 4 gén-készletek a mi gyomorrák transcriptome aláírás által azonosított minden szövet feldolgozási módszer a következő. Először is, annak érdekében, hogy hasonlítsa össze a 2324 kapcsolatos gének kópiaszám nyereség a mi gyomorrákos transcriptome aláírás által azonosított mikrodisszekció, az LS statisztikát 2324 amplifikált gének becsültük számítástechnikai átlagos negatív természetes logaritmusa P katalógusa értékeit egyetlen gén egyváltozós teszteket differenciális expressziója minden egyes 2324-gének között 20 mikrodisszektált gyomorrák mintákat és 6 normál mintákban. Ezután BRB-ArrayTools számított aránya véletlen készlet 2324 gének kisebb átlagos összefoglaló statisztikákat, mint az LS összefoglalók kiszámítjuk a valós adatok (LS P katalógusa érték). A gyomorrák transzkriptom aláírás által azonosított mikrodisszekcióban is összehasonlították 677 kapcsolatos gének kópiaszámának veszteség, 58 fehérjék jelentett, hogy túl expresszálódik gyomorrák, és 66. fehérjék leírták, hogy alulexpresszáltak a gyomorrák, a megfelelő LS p
értékeket. LS p
érték kisebb, mint 0,01 tekintettük szignifikánsnak. Ugyanez analíziseket megismételtük gyomorrák transcriptome aláírás által azonosított macrodissection módszerrel. Katalógusa immunhisztokémiai katalógusa TFF1 immunhisztokémiai végeztünk sebészi vagy endoszkópos biopsziás mintákat 16 gyomorrákos betegek (16 rákos és 2 szomszédos normál szövetben minta), és 4 egészséges önkénteseken, akik nem tartoznak ebbe a DNS-microarray vizsgálatban. Nagymértékben-normál gyomornyálkahártya szöveti mintákat gyűjtöttünk a gyomor antrum egészséges önkéntesek egy vak biopsziát a technika, a beleegyező nyilatkozatot [9]. Paraffinba ágyazott formalin-fixált szövet csúszdák (4 um vastag) festettük 13.734-1-AP (Proteintech Group, Chicago, IL) 1:50 60 percen át szobahőmérsékleten, majd Envision anti-nyúl torma-peroxidáz (K4003, DAKO , Carpinteria, CA) 30 percig szobahőmérsékleten. A reakció láthatóvá alkalmazásával diaminobenzidin (K3468, DAKO), és hematoxilinnel ellenfestettük. TFF1 expressziós értékeltük félkvantitatíven at 200x
nagyítás alapuló százalékos aránya pozitívan festődő sejtek ( "-" = immunfestést ≤ 10% a sejtek; "+" = 11-50%; "++" = 51- 75%; "+++" = 76-100%) [13, 14]. Immunfestést nélkül primer antitest és a normál gyomornyálkahártya egy ellenőrzési szövet mikroarray szolgált pozitív és negatív kontrollok, illetve [15]. Citoplazmatikus folt ami egyértelműen mélyebb hátteret számít pozitív. Katalógusa eredményei katalógusa meghatározása globális génexpressziós származó macrodissected és LCM minták katalógusa 1. táblázat felvázolja a klinikopatológiai jellemzői a betegek és önkéntesek ebbe microarray vizsgálatban. Microarray adatok kaptunk mind LCM és macrodissected azonos mintát 20 biopsziát (1a ábra). Bár az elfogadható minőség, microarray adatok LCM mintáknak általában alacsonyabb "jelen felhívás", mint macrodissected minták (nem közölt adatok katalógusa). Főkomponens analízis a globális génexpressziós származó mikro- és makro-boncolt gyomorrák, valamint a normál mintákat bizonyította egyértelmű szétválasztása minden minta csoport (1B). A medián Pearson korreláció a két feldolgozási módszerek 0,75 (interkvartilis tartomány, 0,71-0,81) .table 1 klinikopatológiai jellemzőit betegek és önkéntesek szerepel microarray katalógusa
A betegek (n = 20) Matton önkéntesek (n = 6) Matton Baseline klinikopatológiai jellemzők
Age éves katalógusa medián katalógusa 59
52 katalógusa Interkvartilis tartomány katalógusa 54-69 katalógusa 43-61 katalógusa szex - nem. (%) Hotelben Férfi katalógusa 16 (80%) hotelben 3 (50%) fiatal női katalógusa 4 (20%) hotelben 3 (50%) hotelben teljesítmény státus (PS ) - nem. (%) Hotelben ECOG1 PS 0 vagy 1 katalógusa 20 (100%) hotelben szövettani típus - nem. (%) Hotelben Lauren bél katalógusa 6 (30%) hotelben Lauren diffúz katalógusa 14 (70%) hotelben elhelyezkedése elsődleges sérülés - nem. (%) Hotelben Felső 1/3 katalógusa 4 (20%) hotelben közel 1/3 katalógusa 6 (30%) hotelben Alsó 1/3 katalógusa 10 (50%)
távoli metasztázis - nincs. (%) Hotelben 20 (100%) hotelben kezelése és kimenetele katalógusa kemoterápia - nincs. (%) Hotelben Cisplatin /fluorouracil
20 (100%) hotelben A teljes túlélés - havonta.
Median katalógusa 8,0 katalógusa Interkvartilis tartomány katalógusa 5,6-14,7 katalógusa A progresszióig eltelt idő - havonta.
Median katalógusa 3.5 katalógusa Interkvartilis tartomány katalógusa 2,3-6,2 katalógusa 1Eastern Cooperative Oncology Group katalógusa 1. ábra (a) Study rendszer mintavétel és microarray feldolgozás (B) főkomponens elemzése génexpressziós profilokat mikro- és makro-boncolt tumor mintákban 20 gyomorrákos beteg és 6 normál mintát egészséges önkénteseken. katalógusa 2. és 3. táblázat mutat gének túltermelõdik mikro- és makro-boncolt gyomorrák minta funkció kiválasztása P katalógusa < 10 -6. Sejtek morfológiája katalógusa (AIF1, E2F1, E2F3, KIR2DL1, KIRREL, NPR1, RUNX2, TRIO katalógusa) volt a leginkább dúsított funkcionális kategória a 42 gén expresszálódik a mikrometszett mintákban, mint a normál mintákat (funkció kiválasztása P
< 10 -6) által azonosított Ingenuity Pathway Analysis (IPA) (2. táblázat). Daganat morfológiájának katalógusa (ApoE BIRC5, CD14, COL1A1, COL1A2, CYR61, FKBP1A, IL8 MCAM, MIF, RhoB katalógusa) volt a leginkább dúsított funkcionális kategória közül 73 gén expresszálódik a macrodissected mintákban (funkció kiválasztása P
< 10 -6) IPA (3. táblázat). Extracelluláris mátrix gének, mint például a COL6A2, COL1A1, COL1A2 katalógusa, és COL5A2
voltak kiemelkedő a macrodissected mintákat és feltehetően hozzájárult a kötőszöveti sejteket. A 4. táblázat mutatja gének alulexpresszáltak a mikro- és makro-boncolt gyomorrák minta funkció kiválasztása P katalógusa < 10 2 -6.Table gének túltermelõdik mikrometszett gyomorrák a funkció kiválasztása P katalógusa < 06/10 katalógusa Gene

FC1

Gene

FC

BMP3
38.52
HIST1H4C
6.3
BGN
30.3
LEPRE1
5.9
TRIO
18.5
ETNK2
5.6
GADD45GIP1
17.2
TRIP6
5.3
MIER2
16.7
FAM125B
5.3
KIFC3
16.4
NPR1
5.3
217318_x_at
13.7
DSCC1
5.3
217219_at
13.2
CLUL1
5.0
RUNX2
12.5
HMGB3
4.5
SMARCD1
12.0
E2F3
4.3
KIRREL
12.0
AIMP2
4.2
215621_s_at
12.0
ATAD5
4.0
GRM2
10.0
E2F1
3.8
FJX1
10.0
FKSG49
3.7
AIF1
10.0
DVL2
3.7
THY1
9.1
TIPRL
2.9
CARD10
9.1
EIF2C3
2.9
SIM2
9.1
NAT10
2.8
AIF1
9.1
MED27
2.7
APOBEC3G
8.3
PIN4
2.7
RHAG
8.3
CTPS
2.6
1fold változás által meghatározott expressziós arány a rák a normál (= rák /normál) katalógusa 2All ezek a gének volt hamis felfedezés sebesség < 0,001.
3. táblázat Genes túltermelõdik macrodissected gyomorrák a funkció kiválasztása P katalógusa < 06/10 katalógusa Gene

FC1

Gene

FC

LY6E
24.42
SRM
6.7
IL8
22.7
NGLY1
6.7
CA12
20.0
RHOB
6.3
SBNO2
19.2
ACTN1
5.9
UBE2S
17.2
LOXL2
5.9
CYR61
17.2
COL5A2
5.9
ANGPT2
15.9
TRIM28
5.6
COL6A2
14.3
218982_s_at
5.6
BOP1
13.2
C7orf44
5.3
COL1A1
13.2
UBE2C
5.3
LPL
13.0
CEP76
5.3
MFGE8
12.8
BIRC5
5.3
APOE
12.2
PNO1
5.0
G6PC3
10.9
FSTL1
5.0
215900_at
10.3
GRINA
4.8
NUP62
10.0
MRTO4
4.8
MRPL4
10.0
STC1
4.8
GNL3L
10.0
MRPL12
4.5
MCAM
9.1
FKBP1A
4.5
PDLIM7
9.1
IFI30
4.5
216472_at
9.1
KPNA6
4.3
ACTN1
9.1
216532_x_at
4.3
BYSL
9.1
CENPI
4.2
GNAI2
8.3
PPM1G
4.2
NCAPH2
8.3
ICT1
3.7
CD14
8.3
SFRS14
3.6
EXOSC4
8.3
CTPS
3.6
OBFC2B
8.3
IMP4
3.3
PPP1R15A
7.7
UBE2G2
3.2
COL1A2
7.7
ISG20L2
3.2
GPX1
7.7
EIF4A1
3.1
MIF
7.7
HDGF
2.6
NME1
7.1
PSMD14 2.6 katalógusa PPIL2
7.1
220856_x_at
2.4
CCDC85B
7.1
CNOT3
2.4
SPARC
6.7
GLT25D1
2.0
C8orf55
6.7
1fold változás, amelyet a kifejezés aránya rák a normál (= rák /normál) hotelben 2All ezek a gének is téves elfogadási arány < 0,001. Katalógusa 4. táblázat gének alulexpresszáltak a mikro- és makro-boncolt gyomorrák a funkció kiválasztása P katalógusa < 06/10 katalógusa mikrodisszektált Matton katalógusa Macrodissected Matton
Gene

FC1

Gene

FC

HPGD
-25.02
208498_s_at
-11.1
HRASLS2
-20.0
SIDT2
-7.7
ABCC3
-20.0
MUC5AC
-5.9
SLC25A37
-16.7
CTAGE5
-5.0
ABHD2
-14.3
GNA11
-3.8
VIPR1
-10.0
ARFIP1
-3.4
CYTIP
-9.1
214316_x_at
-3.3
GALNT6
-9.1
222149_x_at
-3.3
SULT1A2
-9.1
OAS1 katalógusa -8,3 katalógusa PDCD4 katalógusa -7,1 katalógusa NR3C2 katalógusa -7,1 katalógusa DOCK6 katalógusa -6,3 katalógusa SULT1A1 katalógusa -5,9 katalógusa ZFYVE26 katalógusa - 5.9 katalógusa 213212_x_at katalógusa -5,6 katalógusa DSCR3 katalógusa -5,3 katalógusa TMEM131 katalógusa -5,3 katalógusa ECHDC2 katalógusa -5,0 katalógusa DENND1B katalógusa -5,0 katalógusa KIAA0141
-4,8
RNF103 katalógusa -4,8 katalógusa PDCD4 katalógusa -4,5 katalógusa CABIN1 katalógusa -4,5 katalógusa 222371_at katalógusa -4,3 katalógusa RRBP1 katalógusa -4,0
CC2D1A
-3,8 katalógusa 216438_s_at katalógusa -3,8 katalógusa SGSM3 katalógusa -3,8 katalógusa ARPC2 katalógusa -3,7 katalógusa TRAK1 katalógusa -3,6 katalógusa GNA11
-3,6 katalógusa PAFAH1B1 katalógusa -3,4 katalógusa CNDP2 katalógusa -3,2 katalógusa SPOP katalógusa -3,1 katalógusa PARP4 katalógusa -3,1 katalógusa ERLIN1 katalógusa -2,9
1fold változik, amelyet a negatív kifejezés aránya normális, hogy a rák (= - (normál /rák)) hotelben 2All ezek a gének voltak téves elfogadási arány < 0,001. katalógusa összehasonlítása a kifejezés és array CGH adatok
Array CGH analízist genomiális DNS kivont macrodissected tartalmazó minták > 50% tumorsejtek (kritériumok által használt korábbi tanulmányok [16, 17]), mivel elegendő DNS-t is be lehet szerezni, anélkül, hogy szükség van teljes genom amplifikáció megkövetelt módon mikrodisszektált mintákban. Teljes genom DNS amplifikációs esetlegesen bevezetni artifactual elfogultság array CGH eredményeket [18]. A 2. ábrán látható az a frekvencia, a DNS kópiaszám aberrációk között, a 20 minta. A kópiaszám aberráció adatok általában összhangban állt a korábban közölt adatok [7, 16, 17, 19-23]. Négy 20 betegnél amplifikációja CHR 8 q24.13-q24.21 (126.357.475-128.822.596), amely tartalmazza az MYC
onkogén. A második leggyakoribb amplifikáció lókusz volt chr17 q21.2 (36.109.939-36.230.163), amely amplifikáltuk 3 betegnél. Hét betegnél nem volt kimutatható a kromoszóma-rendellenességek. Ezek a 7 minta tartalmazott medián 70% tumorsejtek, míg a másik 13 betegek medián 60% tumorsejtek (p
érték = 0,1). Ennélfogva, a hiánya kimutatható kromoszóma-rendellenességeket a 7 minta nem volt miatt alacsonyabb százalékban tumorsejtek azokat a mintákat. 2. ábra grafikus képet szemlélteti a százalékos gyakorisága próbák kimutatható (aberrációk) között mind a 20 minta.
Voltak 2324 egyedi gének, amelyek csatlakoztak kópiaszám nyereség legalább az egyik a 20 beteg, és 677 kapcsolatos gének kópiaszáma veszteség. Gene készlet összehasonlítása elemzések, összehasonlítottuk ezeket gén-készletek a mi transcriptome aláírásokat, amelyeket az egyes mintavételek módszerekkel. Feltételeztük, hogy a szabályozatlan kapcsolatos gének kópiaszám rendellenességek nagyobb valószínűséggel bekapcsolódik közreműködők onkogenezissel ahelyett, hogy egyszerűen a "járókelők". Ezért a 2324 géneket tartalmazza régiók kópiaszám nyereség elemeztük, tekintettel a kifejezést tömb kapott adatok felhasználásával macrodissection módszer (funkció kiválasztása P katalógusa < 0,05). Az átfedés a listáját gének régióiban amplifikációs meggazdagítására expressziójuk mintákban, amelyeket macrodissected statisztikailag szignifikáns volt (LS p
érték = 10 -5; lásd Módszerek statisztikai leírás). Mindazonáltal az összefüggés nem volt megfigyelhető, amikor kifejezés adatokat elemezni mikrometszett minta (funkció kiválasztása P katalógusa < 0,05; LS P katalógusa = 0,41) (3A). Így tehát erősebb volt összefüggés a minta kópiaszám erősítés és a génexpresszió csak mintákban, amelyeket macrodissected. Például, MYC
, a leggyakrabban amplifikált gén a mi betegminták, meghatároztuk, hogy jelentősen túlexpresszálódik macrodissected mintákban, de nem azokkal, amelyek mikrodisszektált, bár ezt az eredményt lehet az oka, hogy viszonylag kis mintaméret vagy heterogenitás belül a daganat. 3. ábra gének száma közötti átfedések LCM és macrodissected expressziós array adatállományok és array CGH adatok ugyanazokat a 20 beteg.
Listája 677 gének azonosították, a régiókban, ahol a DNS kópiaszámát veszteség találtak legalább az egyik 20 vizsgálatban a betegeket. Az ilyen gének expressziójának elemezték a makro- és mikro-boncolt tömb adatokat. Szignifikáns összefüggést találtunk a gének elvesztése kópiaszám és a kifejezést a makro- és mikro-boncolt mintákat. (LS P katalógusa értékek 0,009 és 0,006-LCM és macrodissected minták esetében) (3B).
Konkordáns gén aláírások génekkel korábban leírták, hogy jár a gyomorrák katalógusa A PubMed irodalom végrehajtott keresés azonosítani korábban jelentett túl- és alul-expresszált gének és fehérjék gyomorrák (kulcsszavak: immunhisztokémia, gyomorrák, és túlzottan kifejezett és vagy expressziójának elvesztése). 58 fehérjék túltermelõdik gyomorrák azonosítottak ezen a módon. Génexpresszió ezek 58 fehérjéket találtak gazdagodik expressziós adatok által gyűjtött minták macrodissection (LS P katalógusa < 10 -5), de nem feldúsul kifejezése a 58 gén találtak által gyűjtött minták mikrodisszekcióban (LS P katalógusa = 0,013). Ezzel szemben a 66 fehérjék közölték, hogy alulexpresszáltak gyomorrákban gazdagodott expressziós array adatok által gyűjtött minták mikrodisszekcióban (LS P katalógusa < 10 -5), de nem a által gyűjtött minták macrodissection (LS P
= 0,89) (5. táblázat) .table 5 Gyomorrák géneket az irodalomban, amelyek differenciáltan expresszálódó között 20 rákos és 6 normál minta funkció kiválasztása P katalógusa < 0,05 szerint microarray adatok felhasználásával előállított egyes szövetek feldolgozási módszer katalógusa overexpresszálják gének rákos Matton alulexpresszáltak gének cancer

LCM&Macro1

LCM

Macro

LCM&Macro

LCM2

Macro

APOE
EGFR
AKT1
ANXA10
ANXA7
CDKN2B
AURKA
HGF
ANXA2
CASP6
BAD
FHIT
CCNE1
MET
CALR
CASP7
HLA-B
CDC20 katalógusa RhoA katalógusa CCNB1 katalógusa Cdh1 katalógusa HLA-E katalógusa cdc25B katalógusa TNS4 katalógusa EEF2 katalógusa CTNNA1 katalógusa HLA-G katalógusa CXCR4 katalógusa ESM1
GSN katalógusa PRSS8 katalógusa E2F1 katalógusa HIF1A katalógusa HLA-F katalógusa PTEN katalógusa EGR1 katalógusa MINA katalógusa IQGAP2 katalógusa sDHB katalógusa Grb2 katalógusa PHB
KCNE2 katalógusa SH3GLB1 katalógusa HK2 katalógusa KLF4 katalógusa TFF1 katalógusa ICAM1 katalógusa MUC6 katalógusa INHBA katalógusa RARB katalógusa LOXL2 katalógusa Smad4 katalógusa MCM3 katalógusa PTMA katalógusa SPARC katalógusa 1Previously jelentett expresszált fehérjék gyomorrák, amelyeket szintén túlzott mértékben a mi mikrometszett (LCM) és macrodissected rák mintákat összehasonlítva normál minták katalógusa 2Previoulsy jelentett alulexpresszáltak fehérjék gyomorrák, amelyeket szintén a mi alulexpresszáltak mikrometszett (LCM) rák minta, de nem macrodissected rákos minták katalógusa validálása microarray adatok katalógusa igazolása érdekében a microarray adatok, végeztünk immunhisztokémiai elemzéseket olyan gént azonosítottak alulexpresszáltak a mikrometszett rákos mintákat 16 beteg és 4 önkéntesek, akik nem szerepelnek a DNS-microarray vizsgálatban. TFF1
választották erre immunhisztokémiai hitelesítési vizsgálat, mert ez jelentősen alulexpresszáltak a LCM mintákban (p
= 0,0036), de nem macrodissected mintákban (p
= 0,09), összehasonlítva a normál gyomor nyálkahártyáját. TFF1 immunreaktivitás rák értékelték -, +, ++ és +++ 7 (43,8%), 3 (18,7%), 4 (25,0%), és a 2. (12,5%) volt. Ezzel ellentétben, mind a 6 normál gyomornyálkahártya mintákban (4 egészséges önkénteseken és 2 normál szomszédos szövet minta) konzervált TFF1 immunreaktivitást (+++) (4. ábra). Így gyomorrák minták szignifikánsan alacsonyabb volt TFF1 immunreaktivitás, mint a normál gyomornyálkahártya, összhangban áll a korábbi jelentései [13, 14] (p
a chi-négyzet = 0,007). 4. ábra Reprezentatív TFF1 immunhisztokémiai festéssel eredménye (A) egy gyomor adenokarcinóma bizonyítja a veszteség a TFF1 kifejezés, és (B) normál gyomornyálkahártya egy egészséges önkéntes expresszáló TFF1 gyomor hámsejtek. (Nagyítás = 200x) hotelben Ezek az eredmények azt mutatják, hogy macrodissection alapú génexpresszió analízis felülmúlta génexpressziós elemzéssel LCM mintákból gének azonosítására túltermelõdik gyomorrák.

• BariSurg próba: Hüvely resectio versus Roux-en-Y gyomor bypass elhízott betegek BMI 35-60 kg /m2 - egy multicentrikus, randomizált beteg és megfigyelő vak nem rosszabb tárgyalás
• Expressziós profilja nyál (MUC2, MUC5AC és MUC6) a Helicobacter pylori fertőzött rákmegelőző és daganatos emberi gyomornyálkahártya