Naša ekipa je prva pokazala, da je mogoče sekvence virusa SARS-CoV-2 prepoznati iz brisov iz okolja, zbranih z bolnišničnih površin. "
Angela Haczku, respiratorni imunolog in višji avtor študije
Aprila 2020 je izbruh COVID-19 med bolnišničnim osebjem je interdisciplinarno skupino raziskovalcev UC Davis raziskal, ali je prišlo do okužbe pogosto uporabljenih površin z virusi na bolnišničnih oddelkih in prostorih za sestanke osebja v medicinskem centru UC Davis. Takrat se je močno razpravljalo o vlogi fomitov (površin) pri širjenju bolezni. V prvem (april 2020) in drugem (avgustu 2020) valovih COVID-19 so zbrali več vzorcev s površin in filtrov HVAC v bolnišnici.
Raziskovalci so analizirali površinske brise za RNA SARS-CoV-2 in nalezljivost ter ocenili primernost RNK za sekvenciranje.
Kljub znatnemu povečanju števila bolnišničnih bolnikov s COVID-19 med drugim porastom, skupina je ugotovila, da je bilo avgusta le 2% brisov pozitivnih, v primerjavi z 11% vzorcev, zbranih aprila.
"Zmanjšanje okužbe z virusom je bilo verjetno posledica boljšega upravljanja bolnikov in protokolov čiščenja na oddelku za intenzivno nego, "Je dejal Haczku. Haczku je profesor medicine, direktor na UC Davis Lung Center in izredni dekan za prevajalske raziskave na Medicinski fakulteti UC Davis.
Študija je pokazala, da z zaporedjem genoma SARS-CoV-2 bi lahko odkrili tudi iz vzorcev, ki so bili sicer s negativnim testom (nezaznavni) s pogosto uporabljenimi testi PCR. Rezultati so potrdili tudi, da je RNA SARS-CoV-2 pobrana s površine, čeprav vsebuje skoraj nedotaknjeno genomsko zaporedje, ni bil nalezljiv. Ta ugotovitev podpira hipotezo, da onesnažene površine morda niso glavni način širjenja bolezni COVID-19.
"Prvič, kolikor nam je znano, smo lahko določili zaporedje virusnega genoma iz vzorcev površinskih brisov, pridobljenih v bolnišničnem okolju, "je rekel David Coil, projektni znanstvenik na UC Davis Genome Center in prvi avtor študije. "SARS-CoV-2 smo odkrili v vzorcih, ki so bili z RT-PCR negativni, kar kaže, da je tehnologija sekvenciranja boljša za odkrivanje virusov v vzorcih iz okolja. "
Po besedah Coil, zaporedje genoma, opravljeno na vzorcih brisov bolnišnične površine, je zelo pomembno. S pridobivanjem natančnih virusnih genomskih sekvenc, raziskovalci bi lahko sledili viru in ugotovili, kako se okužba premika.
"Naši podatki so pokazali, da so sekvence, določene za virusno RNA s površin, enake tistim, ki izhajajo iz bolnikov, hospitaliziranih na oddelku za intenzivno nego v času odvzema vzorcev. Sposobnost prepoznavanja sekvenc virusnega genoma iz vzorcev iz okolja ima lahko velik pomen za javno zdravje pri spremljanju izbruha in spremljanju širjenja novih virusnih variant, "Je dejal Haczku.