Teamet vårt var det første som demonstrerte at SARS-CoV-2-virussekvenser kunne identifiseres fra miljøpinner samlet fra sykehusoverflater. "
Angela Haczku, respiratorisk immunolog og seniorforfatter på studien
I april 2020, et COVID-19-utbrudd blant sykehuspersonalet førte til at et tverrfaglig team av UC Davis-forskere undersøkte om det var virusforurensning av ofte brukte overflater i pasientbetjening ICU og personalmøteområder ved UC Davis Medical Center. På den tiden ble fomites (overflater) rolle i spredningen av sykdommen sterkt diskutert. De samlet flere prøver i løpet av de første (april 2020) og de andre (august 2020) bølgene av COVID-19 fra overflater og HVAC-filtre på sykehuset.
Forskerne analyserte overflatepinnene for SARS-CoV-2 RNA og smittsomhet og vurderte egnetheten til RNA for sekvensering.
Til tross for en betydelig økning i antall sykehuspasienter med COVID-19 under den andre bølgen, teamet fant at bare 2% av vattpinnene testet positivt i august, sammenlignet med 11% av prøvene som ble samlet inn i april.
"Reduksjonen i virusforurensningen skyldtes sannsynligvis forbedret ICU -pasienthåndtering og rengjøringsprotokoller, "Sa Haczku. Haczku er professor i medisin, direktør ved UC Davis Lung Center og assisterende dekan for oversettelsesforskning ved UC Davis School of Medicine.
Studien viste at ved genom -sekvensering, SARS-CoV-2 kan påvises selv fra prøver som ellers testet negative (uoppdagelige) ved vanlige PCR-tester. Resultatene bekreftet også at SARS-CoV-2 RNA plukket opp fra en overflate, Selv om den inneholder nær intakt genomisk sekvens, var ikke smittsom. Dette funnet støtter hypotesen om at forurensede overflater ikke er en viktig måte å spre COVID-19 sykdom på.
"For første gang, så vidt vi vet, vi var i stand til å bestemme den virale genom -sekvensen fra overflatepinne -prøver tatt i et sykehusmiljø, "sa David Coil, prosjektforsker ved UC Davis Genome Center og den første forfatteren på studien. "Vi fant SARS-CoV-2 i prøver som ble testet negative ved RT-PCR, antyder at sekvenseringsteknologien er overlegen for virusdeteksjon i miljøprøver. "
I følge Coil, genom -sekvensering utført på sykehusoverflate -vattpinneprøver er svært viktig. Ved å få nøyaktige virale genomiske sekvenser, forskerne kunne spore kilden og finne ut hvordan en infeksjon beveger seg.
"Våre data indikerte at sekvensene som ble bestemt for viralt RNA fra overflater var identiske med de som ble avledet fra pasientene som ble innlagt på ICU på tidspunktet for prøvetaking. Evnen til å identifisere virale genom -sekvenser fra miljøprøver kan ha stor folkehelsemessig betydning i utbruddsovervåking og overvåking av spredningen av nye virusvarianter, "Sa Haczku.