Vores team var det første til at demonstrere, at SARS-CoV-2 virussekvenser kunne identificeres fra miljøpinde, der blev indsamlet fra hospitalsoverflader. "
Angela Haczku, respiratorisk immunolog og seniorforfatter på undersøgelsen
I april 2020, et COVID-19-udbrud blandt hospitalspersonale førte et tværfagligt team af UC Davis-forskere til at undersøge, om der var virusforurening af ofte anvendte overflader i patientbetjening af ICU og personalemødeområder på UC Davis Medical Center. På det tidspunkt var fomites (overflader) rolle i spredningen af sygdommen stærkt debatteret. De indsamlede flere prøver i løbet af den første (april 2020) og den anden (august 2020) bølge af COVID-19 fra overflader og HVAC-filtre på hospitalet.
Forskerne analyserede overfladepindene for SARS-CoV-2 RNA og infektivitet og vurderede egnetheden af RNA til sekventering.
På trods af en betydelig stigning i antallet af hospitalspatienter med COVID-19 under den anden stigning, teamet fandt ud af, at kun 2% af podepinde testede positivt i august, sammenlignet med 11% af prøverne, der blev indsamlet i april.
"Reduktionen i virusforureningen skyldtes sandsynligvis forbedret ICU -patientstyring og rengøringsprotokoller, "Sagde Haczku. Haczku er professor i medicin, direktør ved UC Davis Lung Center og associeret dekan for translationel forskning ved UC Davis School of Medicine.
Undersøgelsen viste, at ved genom -sekventering, SARS-CoV-2 kunne påvises selv fra prøver, der ellers testede negative (uopdagelige) ved almindeligt anvendte PCR-test. Resultaterne bekræftede også, at SARS-CoV-2 RNA hentede fra en overflade, Selvom den indeholder næsten intakt genomisk sekvens, var ikke smitsom. Dette fund understøtter hypotesen om, at forurenede overflader ikke er en vigtig måde at sprede COVID-19 sygdom på.
"For første gang, så vidt vi ved, vi var i stand til at bestemme den virale genom -sekvens fra overfladepindelprøver opnået i et hospitalsmiljø, "sagde David Coil, projektforsker ved UC Davis Genome Center og den første forfatter på undersøgelsen. "Vi fandt SARS-CoV-2 i prøver, der blev testet negative ved RT-PCR, tyder på, at sekventeringsteknologien er overlegen til virussøgning i miljøprøver. "
Ifølge Coil, genom -sekventeringen udført på hospitalets overfladepindeprøver er meget vigtig. Ved at få nøjagtige virale genomiske sekvenser, forskerne kunne spore kilden og finde ud af, hvordan en infektion bevæger sig.
"Vores data indikerede, at de sekvenser, der blev bestemt for det virale RNA fra overflader, var identiske med dem, der stammer fra patienterne, der var indlagt på ICU på tidspunktet for prøvetagning. Evnen til at identificere virale genom -sekvenser fra miljøprøver kan have stor betydning for folkesundheden i udbrudsovervågning og overvågning af spredningen af nye virale varianter, "Sagde Haczku.