Nuestro equipo fue el primero en demostrar que las secuencias del virus del SARS-CoV-2 podían identificarse a partir de hisopos ambientales recolectados de las superficies de los hospitales ".
Angela Haczku, inmunólogo respiratorio y autor principal del estudio
En abril de 2020, un brote de COVID-19 entre el personal del hospital llevó a un equipo interdisciplinario de investigadores de UC Davis a investigar si había contaminación por virus en las superficies de uso frecuente en las áreas de reunión de la UCI y el personal que atienden a pacientes en el Centro Médico de UC Davis. En ese momento, el papel de los fómites (superficies) en la propagación de la enfermedad fue muy debatido. Recolectaron múltiples muestras durante la primera (abril de 2020) y la segunda (agosto de 2020) oleadas de COVID-19 de superficies y filtros HVAC en el hospital.
Los investigadores analizaron los hisopos de superficie para detectar el ARN del SARS-CoV-2 y la infectividad y evaluaron la idoneidad del ARN para la secuenciación.
A pesar de un aumento significativo en el número de pacientes hospitalarios con COVID-19 durante el segundo aumento, el equipo descubrió que solo el 2% de los hisopos dieron positivo en agosto, en comparación con el 11% de las muestras recogidas en abril.
"La reducción en la contaminación por virus probablemente se debió a la mejora de los protocolos de limpieza y manejo de pacientes de la UCI, "Haczku dijo. Haczku es profesor de medicina, director del UC Davis Lung Center y decano asociado de investigación traslacional en la Facultad de Medicina de UC Davis.
El estudio demostró que mediante la secuenciación del genoma, El SARS-CoV-2 podría detectarse incluso a partir de muestras que de otro modo resultaron negativas (indetectables) mediante las pruebas de PCR de uso común. Los resultados también confirmaron que el ARN del SARS-CoV-2 recogido de una superficie, aunque contiene una secuencia genómica casi intacta, no era contagioso. Este hallazgo apoya la hipótesis de que las superficies contaminadas pueden no ser una forma importante de propagar la enfermedad COVID-19.
"Por primera vez, a nuestro conocimiento, pudimos determinar la secuencia del genoma viral a partir de muestras de hisopos de superficie obtenidas en un entorno hospitalario, "dijo David Coil, científico del proyecto en el Centro de Genoma de UC Davis y el primer autor del estudio. "Encontramos el SARS-CoV-2 en muestras que resultaron negativas mediante RT-PCR, lo que sugiere que la tecnología de secuenciación es superior para la detección de virus en muestras ambientales ".
Según Coil, la secuenciación del genoma realizada en las muestras de hisopos de superficie del hospital es muy importante. Al obtener secuencias genómicas virales precisas, los investigadores pudieron rastrear la fuente y averiguar cómo se mueve una infección.
"Nuestros datos indicaron que las secuencias determinadas para el ARN viral de las superficies eran idénticas a las derivadas de los pacientes hospitalizados en la UCI en el momento de la recolección de la muestra. La capacidad de identificar secuencias del genoma viral a partir de muestras ambientales puede tener una gran importancia para la salud pública en la vigilancia de brotes y el seguimiento de la propagación de nuevas variantes virales, "Dijo Haczku.
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