Notre équipe a été la première à démontrer que les séquences du virus SARS-CoV-2 pouvaient être identifiées à partir d'écouvillons environnementaux prélevés sur les surfaces hospitalières. »
Angela Haczku, immunologiste respiratoire et auteur principal de l'étude
En avril 2020, une épidémie de COVID-19 parmi le personnel hospitalier a conduit une équipe interdisciplinaire de chercheurs de l'UC Davis à enquêter s'il y avait une contamination virale des surfaces fréquemment utilisées chez les patients servant les soins intensifs et les zones de réunion du personnel du centre médical de l'UC Davis. À cette époque, le rôle des vecteurs passifs (surfaces) dans la propagation de la maladie était très débattu. Ils ont collecté plusieurs échantillons au cours de la première (avril 2020) et de la deuxième (août 2020) vagues de COVID-19 à partir des surfaces et des filtres CVC de l'hôpital.
Les chercheurs ont analysé les écouvillons de surface pour l'ARN et l'infectiosité du SRAS-CoV-2 et ont évalué l'adéquation de l'ARN pour le séquençage.
Malgré une augmentation significative du nombre de patients hospitalisés atteints de COVID-19 lors de la deuxième poussée, l'équipe a découvert que seulement 2% des écouvillons étaient positifs en août, contre 11 % des échantillons collectés en avril.
"La réduction de la contamination virale était probablement due à l'amélioration des protocoles de gestion et de nettoyage des patients en soins intensifs, " a déclaré Haczku. Haczku est professeur de médecine, directeur du UC Davis Lung Center et doyen associé pour la recherche translationnelle à l'UC Davis School of Medicine.
L'étude a démontré que par le séquençage du génome, Le SRAS-CoV-2 pourrait être détecté même à partir d'échantillons qui autrement se sont révélés négatifs (indétectables) par des tests PCR couramment utilisés. Les résultats ont également confirmé que l'ARN du SARS-CoV-2 a été capté d'une surface, bien que contenant une séquence génomique presque intacte, n'était pas contagieux. Cette découverte soutient l'hypothèse selon laquelle les surfaces contaminées pourraient ne pas être un moyen majeur de propagation de la maladie COVID-19.
"Pour la première fois, A notre connaissance, nous avons pu déterminer la séquence du génome viral à partir d'échantillons d'écouvillonnage de surface obtenus en milieu hospitalier, " a déclaré David Bobine, scientifique du projet à l'UC Davis Genome Center et le premier auteur de l'étude. "Nous avons trouvé le SARS-CoV-2 dans des échantillons qui ont été testés négatifs par RT-PCR, suggérant que la technologie de séquençage est supérieure pour la détection de virus dans des échantillons environnementaux. »
Selon Bobine, le séquençage du génome effectué sur les échantillons d'écouvillonnage de surface de l'hôpital est très important. En obtenant des séquences génomiques virales précises, les chercheurs pourraient suivre la source et comprendre comment une infection se déplace.
"Nos données ont indiqué que les séquences déterminées pour l'ARN viral des surfaces étaient identiques à celles dérivées des patients hospitalisés en soins intensifs au moment de la collecte des échantillons. La capacité d'identifier les séquences du génome viral à partir d'échantillons environnementaux peut avoir une grande importance pour la santé publique dans la surveillance des épidémies et le suivi de la propagation de nouvelles variantes virales, " a déclaré Haczku.
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