Csapatunk volt az első, aki bebizonyította, hogy a SARS-CoV-2 vírusszekvenciák azonosíthatók a kórházi felületekről gyűjtött környezeti tamponokból. "
Angela Haczku, légzőszervi immunológus és a tanulmány vezető szerzője
2020 áprilisában, a COVID-19 kitörése a kórházi személyzet körében az UC Davis kutatóiból álló interdiszciplináris csoportot arra késztette, hogy vizsgálja meg, hogy nem található-e vírusszennyezés a gyakran használt felületeken az ICU-t kiszolgáló betegeknél és az UC Davis Orvosi Központ személyzetének találkozóterületein. Abban az időben a fomitok (felületek) szerepe a betegség terjedésében erősen vitatott volt. Több mintát gyűjtöttek a COVID-19 első (2020 áprilisi) és második (2020 augusztus) hullámai során a kórház felületeiről és HVAC szűrőiről.
A kutatók elemezték a SARS-CoV-2 RNS felületi törlőkendőit és a fertőzőképességet, és értékelték az RNS alkalmasságát a szekvenálásra.
Annak ellenére, hogy a második hullám során jelentősen megnőtt a COVID-19-es kórházi betegek száma, a csapat megállapította, hogy augusztusban a tamponok mindössze 2% -a volt pozitív, az áprilisban gyűjtött minták 11% -ához képest.
"A vírusfertőzés csökkenése valószínűleg az intenzív osztályok betegellátásának és tisztítási protokolljainak javításának köszönhető, "Haczku mondta. Haczku az orvostudomány professzora, az UC Davis Tüdőközpont igazgatója és az UC Davis Orvostudományi Iskola fordítói kutatásának dékánja.
A tanulmány kimutatta, hogy genomszekvenálással A SARS-CoV-2 még az általánosan használt PCR-tesztekkel is kimutatható volt olyan mintákból, amelyek egyébként negatívak (nem észlelhetők). Az eredmények azt is megerősítették, hogy a SARS-CoV-2 RNS felszínről vett fel, bár szinte ép genomiális szekvenciát tartalmaz, nem volt fertőző. Ez a megállapítás alátámasztja azt a hipotézist, hogy a szennyezett felületek nem jelentik a COVID-19 betegség terjedésének fő módját.
"Először, tudomásunk szerint, kórházi környezetben nyert felszíni tamponmintákból meg tudtuk határozni a vírus genom szekvenciáját, - mondta David Coil, az UC Davis Genome Center projekt tudósa és a tanulmány első szerzője. "SARS-CoV-2-t találtunk azokban a mintákban, amelyek RT-PCR-rel negatívnak bizonyultak, ami azt sugallja, hogy a szekvenáló technológia kiváló a vírusok észlelésében a környezeti mintákban. "
Coil szerint a kórházi felületi tamponmintákon végzett genomszekvenálás nagyon fontos. Pontos vírusgenomikus szekvenciák megszerzésével, a kutatók nyomon követhetik a forrást, és kitalálhatják, hogyan mozog a fertőzés.
"Adataink azt mutatták, hogy a felületekről a vírusos RNS -hez meghatározott szekvenciák azonosak a mintavétel idején az intenzív osztályon kórházba került betegekből származó szekvenciákkal. A környezeti mintákból származó vírusgenom -szekvenciák azonosításának képessége nagy közegészségügyi jelentőséggel bírhat a járványfelügyeletben és az új vírusvariánsok terjedésének nyomon követésében, - mondta Haczku.