SARS-CoV-2-virussequenties konden worden geïdentificeerd aan de hand van uitstrijkjes van het ziekenhuisoppervlak

Ons team was de eerste die aantoonde dat SARS-CoV-2-virussequenties konden worden geïdentificeerd aan de hand van omgevingsswabs die zijn verzameld van ziekenhuisoppervlakken."

Angela Haczku, respiratoire immunoloog en senior auteur van het onderzoek

Veranderende schoonmaak- en ICU-protocollen gekoppeld aan lagere SARS-CoV-2-besmetting

In april 2020, een COVID-19-uitbraak onder ziekenhuispersoneel leidde een interdisciplinair team van UC Davis-onderzoekers om te onderzoeken of er een virusbesmetting was van veelgebruikte oppervlakken in de ICU-patiënten en de personeelsvergaderruimtes in het UC Davis Medical Center. In die tijd was er veel discussie over de rol van fomites (oppervlakken) bij de verspreiding van de ziekte. Ze verzamelden meerdere monsters tijdens de eerste (april 2020) en de tweede (augustus 2020) golven van COVID-19 van oppervlakken en HVAC-filters in het ziekenhuis.

De onderzoekers analyseerden de oppervlakte-uitstrijkjes op SARS-CoV-2 RNA en infectiviteit en beoordeelden de geschiktheid van het RNA voor sequencing.

Ondanks een aanzienlijke toename van het aantal ziekenhuispatiënten met COVID-19 tijdens de tweede piek, het team ontdekte dat slechts 2% van de swabs in augustus positief testten, vergeleken met 11% van de in april verzamelde monsters.

"De vermindering van de virusbesmetting was waarschijnlijk te wijten aan verbeterd IC-patiëntenbeheer en schoonmaakprotocollen, " zei Haczku. Haczku is een professor in de geneeskunde, directeur van het UC Davis Lung Center en associate dean voor translationeel onderzoek aan de UC Davis School of Medicine.

Genoomsequentie van coronavirus gevonden op oppervlakken

De studie toonde aan dat door genoomsequencing, SARS-CoV-2 kon zelfs worden gedetecteerd uit monsters die anders negatief (niet-detecteerbaar) waren met veelgebruikte PCR-tests. De resultaten bevestigden ook dat het SARS-CoV-2-RNA dat van een oppervlak werd opgepikt, hoewel ze een bijna intacte genomische sequentie bevatten, was niet besmettelijk. Deze bevinding ondersteunt de hypothese dat besmette oppervlakken mogelijk geen belangrijke manier zijn om de ziekte van COVID-19 te verspreiden.

"Voor de eerste keer, voor zover we weten, we waren in staat om de virale genoomsequentie te bepalen uit oppervlaktemonsters die in een ziekenhuisomgeving waren verkregen, " zei David Coil, projectwetenschapper bij het UC Davis Genome Center en de eerste auteur van het onderzoek. "We vonden SARS-CoV-2 in monsters die negatief werden getest door RT-PCR, wat suggereert dat de sequencing-technologie superieur is voor virusdetectie in omgevingsmonsters."

Volgens spoel, de genoomsequencing die wordt uitgevoerd op de uitstrijkjes van het ziekenhuisoppervlak is erg belangrijk. Door nauwkeurige virale genomische sequenties te verkrijgen, de onderzoekers konden de bron volgen en uitzoeken hoe een infectie beweegt.

"Onze gegevens gaven aan dat de sequenties die werden bepaald voor het virale RNA van oppervlakken identiek waren aan de sequenties die waren afgeleid van de patiënten die in het ziekenhuis waren opgenomen op de ICU op het moment van het verzamelen van monsters. Het vermogen om virale genoomsequenties te identificeren uit omgevingsmonsters kan van groot belang zijn voor de volksgezondheid bij uitbraaksurveillance en monitoring van de verspreiding van nieuwe virale varianten, ' zei Haczku.

• UTHSC-onderzoekers publiceren nieuwe bevindingen over de invloed van obesitas op kankerbehandelingen
• Van gist afgeleid polysacharidemengsel remt effectief het begin,