Il nostro team è stato il primo a dimostrare che le sequenze del virus SARS-CoV-2 potevano essere identificate da tamponi ambientali raccolti dalle superfici ospedaliere".
Angela Haczku, immunologo respiratorio e autore senior dello studio
Ad aprile 2020, un'epidemia di COVID-19 tra il personale ospedaliero ha portato un team interdisciplinare di ricercatori dell'UC Davis a indagare se vi fosse una contaminazione da virus delle superfici utilizzate di frequente nei pazienti che prestano servizio in terapia intensiva e nelle aree di incontro del personale presso l'UC Davis Medical Center. A quel tempo il ruolo dei fomiti (superfici) nella diffusione della malattia era molto dibattuto. Hanno raccolto più campioni durante la prima (aprile 2020) e la seconda (agosto 2020) ondata di COVID-19 dalle superfici e dai filtri HVAC dell'ospedale.
I ricercatori hanno analizzato i tamponi di superficie per l'RNA di SARS-CoV-2 e l'infettività e hanno valutato l'idoneità dell'RNA per il sequenziamento.
Nonostante un significativo aumento del numero di pazienti ospedalieri con COVID-19 durante la seconda ondata, il team ha scoperto che solo il 2% dei tamponi è risultato positivo ad agosto, rispetto all'11% dei campioni raccolti ad aprile.
"La riduzione della contaminazione da virus è stata probabilmente dovuta al miglioramento della gestione dei pazienti in terapia intensiva e dei protocolli di pulizia, " disse Haczku. Haczku è un professore di medicina, direttore presso l'UC Davis Lung Center e decano associato per la ricerca traslazionale presso la UC Davis School of Medicine.
Lo studio ha dimostrato che mediante il sequenziamento del genoma, SARS-CoV-2 potrebbe essere rilevato anche da campioni che altrimenti sarebbero risultati negativi (non rilevabili) con i test PCR comunemente usati. I risultati hanno anche confermato che l'RNA SARS-CoV-2 è stato prelevato da una superficie, sebbene contenga una sequenza genomica quasi intatta, non era infettivo. Questa scoperta supporta l'ipotesi che le superfici contaminate potrebbero non essere un modo importante per diffondere la malattia COVID-19.
"Per la prima volta, per quello che ci risulta, siamo stati in grado di determinare la sequenza del genoma virale da campioni di tamponi di superficie ottenuti in ambiente ospedaliero, " ha detto David Coil, scienziato del progetto presso l'UC Davis Genome Center e il primo autore dello studio. "Abbiamo trovato SARS-CoV-2 in campioni che sono risultati negativi alla RT-PCR, suggerendo che la tecnologia di sequenziamento è superiore per il rilevamento dei virus nei campioni ambientali".
Secondo Bobina, molto importante è il sequenziamento del genoma eseguito sui campioni di tampone di superficie ospedaliera. Ottenendo sequenze genomiche virali accurate, i ricercatori potrebbero rintracciare la fonte e capire come si muove un'infezione.
"I nostri dati hanno indicato che le sequenze determinate per l'RNA virale dalle superfici erano identiche a quelle derivate dai pazienti ricoverati in terapia intensiva al momento della raccolta del campione. La capacità di identificare le sequenze del genoma virale da campioni ambientali può avere un alto significato per la salute pubblica nella sorveglianza delle epidemie e nel monitoraggio della diffusione di nuove varianti virali, " ha detto Haczku.
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