Apibūdinimas žmogaus skrandžio karcinoma susijusių metilinimo 9 miR CpG salų ir represijų jų išraiškos in vitro ir in vivo

apibūdinimą žmogaus skrandžio karcinoma susijusių metilinimo 9 miR
CpG salų ir represijas jų raiškos in vitro parsisiųsti ir in vivo
Anotacija
fone
Daugelis mir
genai yra viduje arba aplink CpG salų. Neaišku, ar metilinimas šių CpG salų malšina mir
transkripciją reguliariai. Šio tyrimo tikslas yra apibūdinti skrandžio karcinoma (GC) padarė išvadą metilinimas miR
CpG salų ir savo santykius su Mirna išraiška.
Metodai
metilinimo statuso 9 atstovas miR
CpG salas A panelė ląstelių linijas ir žmogaus skrandžio mėginių (įskaitant 13 normalių biopsijų, 38 gastritas biopsijų 112 porų gCS ir jų chirurginių įmokos mėginiai) buvo analizuojami bisulfito-DHPLC ir sekos. Brandaus Mirna koncentracija buvo nustatoma kiekybinė RT-PGR. Santykiai tarp miR
metilinimas, Transkribavimas, GC plėtrą ir klinikos ypatumai buvo statistiškai analizuojami.
Rezultatai
Metilinimas dažnis 5 miR
CpG salos (MIR-9-1
, PPN-9 -3
, PPN-137
, PPN-34b
ir Pasaulis-210
) palaipsniui didinama, kol Metilinto miR-200B dalis
palaipsniui sumažėjo per skrandžio kancerogenezėje (Ps
< 0,01). Daugiau Pasaulis-9-1
metilinimas buvo aptikta 62% -64% GC mėginių ir 4% įprastų ar gastritas mėginių (18/28, palyginti su 2/48; šansų santykis, 41,4; P
< 0,01). Pasaulis-210
metilinimas parodė aukštą koreliaciją su H. pylori pervežimas infekcijos. Pasaulis-375
, PPN-203
ir Pasaulis-193b
metilinimas gali būti priimančiosios prisitaikymas prie GCS plėtrai. Metilinimas šių mir
CpG salų buvo nuosekliai įrodyta, kad žymiai sumažinti atitinkamas Mirna lygius, pateiktus žmogaus ląstelių linijų. Grįžtamasis ryšys taip pat buvo pastebėta, Mir-9-1
, PPN-9-3
, PPN-137
ir Pasaulis-200B
skrandžio mėginius. Tarp 112 GC pacientams, PPN-9-1
metilinimas buvo nepriklausoma palankus prognozuoti bendrą išlikimo GC pacientų tiek pagal vieną požymį ir Dispersinės analizės (p
< 0,02).
Išvados
Apibendrinant , pakeitimas metilinimo statuso 6 9 išbandytas miR
CpG salos buvo būdingas skrandžio kancerogenezėje. Pasaulis-210
metilinimas koreliuoja su H. pylori pervežimas infekcijos. Pasaulis-9-1
metilinimas gali būti GC-specifinis įvykis. Metilinimas miR
CpG salos gali reikšmingai mažina reguliuoti jų transkripciją reguliariai.
Faktai
Mirna yra gausu klasė mažų ne kodavimo RNR, kad daugiausia reguliuoti genų ekspresiją ne po transkripcijos lygyje. Jie vaidina svarbius vaidmenis atnaujinimui ir diferencijavimo kamieninių ląstelių ir padeda išlaikyti ląstelių-os. Ankstesni tyrimai parodė, kad vėžio kelis Mir
genus, pavyzdžiui, miR-200B /200a /429
, MIR-21
, PPN-30b
, PPN-30D
, mir -31
ir Pasaulis-423
yra aktyvinama, o kiti mir
genai, pvz Pasaulis-143
ir Pasaulis-145
yra downregulated [1-3]. Faktai rodo, kad pokyčiai Mirna išraiškos pasitaiko dažnai daugeliu vėžio ir šie skirtumai Arba prisidėti prie kancerogenezėje arba atspindi plėtrą ir progresavimą vėžio.
Yra būdų, kurie gali paveikti brandus Mirna lygį ląstelėse ir audiniuose numerį, pvz geno amplifikacija arba išbraukta, transkripcijos ląstelę arba downregulation, po transkripcijos apdorojimas ir Mirna degradacija [4-7]. Ji yra gerai žinoma, kad kai kurie intrageninės miR
genus, pavyzdžiui, miR-218-2
, yra suderintai transkripcija su jų šeimininko genus per bendro reguliavimo mechanizmais [8]. Tačiau daugelis mir
genai yra extragenic ir tam tikra dalis intrageninės miR
genus, pavyzdžiui, miR-9-1
transkribuojami priimančioje genų nepriklausomas modelis [9]. Kadangi tiksli rengėjas regionas dauguma mir
genų nėra būdingas, ypač kiek tai susiję su extragenic mir
genų, tikslios reguliavimo mechanizmai mir
transkripcijos yra toli nuo aišku.
Metilinimo ar hypermethylation iš CpG salos į transkripcijos pradžios vietų (TSS) regione visuotinai pripažįstama, kad nuslopinti genų transkripciją epigenetically. Skirtingai nuo baltymų kodavimo genų, kurie gali apimti kelis CpG salas, Mir
genai gali būti trumpesnis nei CpG saloje, o kai kuriais atvejais, išsėtinė miR
genus (ty, MIR
genų klasterius), gali būti teritorijoje ar gretutines vieną CPG sala (Papildoma failo 1: lentelė S1). Netipinė metilinimo CpG salų, susijusių su miR
genus, pavyzdžiui, leisti-7a-3
ir Pasaulis-34a
, dažnai stebimas daugelyje vėžio [10, 11]. Buvo pasiūlyta, kad metilinimas iš CpG salų, kurios yra susijusios su MIR
genų (ty Pasaulis-203
, PPN-152
, PPN-124-1
, PPN-34b /c
, PPN-129-2
, PPN-9-1
, PPN-130b
, PPN-124-2
ir Pasaulis-181C
) gali atvirkščiai koreliuoja su jų ekspresijos lygis [12-17]. Tačiau ar ne transkripcija mir
genų yra reguliariai įtakos metilinimo statuso miR
CpG salas nebuvo sistemiškai tirti.
Jis yra gerai žinoma, kad nenormalus metilinimo ar demetilinant CpG salų mažas dalis (< 1%) ląstelių populiacijos gali būti jautriai aptikta korinio heterozigotinių audinių mėginių. Tai rodo, kad metilinimo analizės pranašumą pakitimų genų ekspresijos tuo RNR ir baltymų koncentracijos, kad būtų galima aptikti tik tada, kai tokie a pokyčiai yra pateikti į didelę ląstelių populiacijos mėginyje [18]. Mūsų bioinformatikos analizė rodo 50, 9, ir 70 721 žmonių mir
genų į miRbase (Release 14.0) yra atitinkamai viduje, gretutines bei netoli CpG salos (bendrai mes kreiptis į juos kaip miR
CpG salos; Papildoma failų 1: lentelė S1). Mes iškėlė hipotezę, kad vystymosi ir progresavimo vėžio metu gali atsirasti netipinė metilinimo mir
CpG salų. Todėl jie galėtų būti naudojami kaip kandidatės genų ne tik prognozuoti vėžio prognozei, bet taip pat dėl ​​tyrimo metilinimo ekspresijos asociacijos in vivo
. Taigi, CpG salos 9 liga susijusių mir
genų, įskaitant 5 extragenic mir
genų ir genų klasterių (MIR-9-3
, PPN-137
, PPN-200B /200a /429
, PPN-203
ir Pasaulis-375
) ir 4 intrageninės genai ar genų klasterių (mIR-9-1
, PPN-34B /c
, PPN-193b /365 -1
ir Pasaulis-210
), buvo atrinkti kaip atstovas genų šio tyrimo (Papildoma failų 1: lentelė S1). Metilinimo išraiška asociacija, 3 iš jų mir
genų anksčiau nebuvo nustatytas (papildomas failą 1: Stalas s2) [12, 14, 19-27]. Mes iš pradžių tikrinami dėl skrandžio karcinoma (GC) - arba priimančiosios susijusių netipinė miR
metilinimas ir tada tyrė metilinimas saviraiškos asociacija in vitro ir in vivo

. Asociacijos tarp klinikos ypatybių GC pacientų ir metilinimo šių miR
CpG salos taip pat buvo analizuojami
metodai
ląstelių linija šaltiniai ir ląstelių kultūros
Šaltinis informacija naudotų naudojamų ląstelių linijų šiame tyrime. RKO ląstelių linija, jei dr Guoren Deng prie Kalifornijos universiteto San Franciske; SW480 ir HCT116 buvo teikiamos Pekino Sąjungos Medicinos koledžo ligoninės dr Yuanjia Chen; MKN74 ir 293, T teikiama Tokijo medicinos ir odontologijos universitete; PC-3 buvo nupirktas iš ląstelių linijos bankas už Kinijos mokslų akademijos medicinos mokslų; HL60 ir KG1A buvo gauti iš Hematologija departamento Pekino universiteto Pirmosios ligoninės; DU145 buvo gauta iš Hanmi farmacijos bendrovė; Siha buvo pateikta Pekino universiteto Liaudies ligoninė. HepG2 buvo pateikta dr Qingyun Zhang, Calu3 ir A549 dr zhiqian Zhang, H1299 ir AGS dr Chengchao Shou, MKN45 dr Youyong LV, ir kitų ląstelių linijas (SGC7901, BGC823, MGC803, Hela ir GES-1) dr Yang Ke, Visuose Pekino universiteto onkologijos ligoninės /institute. Šie ląstelių linijos buvo auginamos 37 ° C temperatūroje 5% CO 2, naudojant įvairius kultūros terpės. MKN45, MKN74, SGC7901, BGC823, MGC803, HL60, KG1A, A549, H1299, GES-1, HepG2, 293, T, DU145 ir RKO buvo auginamos 90% RPMI-1640 ir 10% FBS. PC-3 ir AGS buvo auginamos 90% F-12 ir 10% FBS. Calu3, Hela ir Siha buvo auginamos 90% DMEM ir 10% FBS. SW480 ir HCT116 buvo auginamos 90% DMEM: RPMI-1640 (1: 1). 10% FBS
Pacientai ir audinių mėginių
Chirurginės pagrindinis GC mėginius ir jų poras nevėžinės chirurginis Marža (cm) mėginiai buvo renkami iš 112 ligonių (amžiaus vidurkis 59,2 metų [diapazonas, 32-79]; 80 vyrai ir 32 moterys; 78 ne širdies gCS ir 34 širdies gCS; 40 gCS at pTNM I etapo ~ II 59 tuo III stadijos ~ IV) ne Pekino universiteto onkologijos ligoninėje. Tolesni duomenys visiems pacientams buvo surinkta ne mažiau kaip penkerius metus. buvo gauti visi klinikiniai mėginiai, taip pat histopatologinė ir followup informacija kiekvienu atveju pagal patvirtintus įstaigoje patvirtintas gaires. Skrandžio gleivinės iš 13 sveikų ir 38 gastritas ambulatoriškai, surinktų iš tos pačios ligoninės buvo naudojami kaip ne vėžiu kontrolės. Prieš bisulfito modifikacijos kiekvieno paciento skrandžio genomo DNR mėginys buvo analizuojamas dėl H. pylori pervežimas specifinę 23 S rDNR
buvimą pagal PGR metodu, kaip aprašyta anksčiau [28]. Institucinė apžvalga tarybose Pekino universiteto onkologijos ligoninės ir instituto patvirtino tyrimą (É1041207), ir visi pacientai davė parašyta informuoti sutikimą.
DNR išskyrimo ir bisulfite keisti
vėžio ląstelių linija ir audinių mėginio genomo DNR (1,8 mikrogramų) buvo izoliuotas naudojant fenolio /chloroformo gavyba [29]. Nedenatūruotą Cytosine liekanos DNR mėginių buvo perskaičiuotos uracilas likučių (tampa timidino likučių PGR produktų) iki 5 M natrio bisulfitu [30] Be to. Wizard® DNR valymo sistema komplektas (Promega) buvo naudojamas išvalyti bisulfite gydytų DNR prieš PGR.
PGR amplifikacija ir kiekybinis miR
CPG sala metilinimas iki DHPLC
CpG be universalus gruntas komplektai buvo naudojami sustiprinti miR
CpG salų karšto paleidimo PGR polimerazės (papildomas failą 1: S1 paveiksle ir papildomų failų 1: Stalas S3). Sekos CpG salų įterptųjų arba šonuose šių susijusių mir
genus buvo naudojamas projektuoti pradmenis. PGR produktai buvo tada kiekybiškai analizuoti DHPLC ant WAVE® DNR fragmentas analizės sistema [31]. Eliuavimo profiliai PPN-9-3
, PPN-200B
ir Pasaulis-203 pervežimas metilinimo buvo analizuojami su ultravioletine detektoriumi; kito mir
genų metilinimas buvo aptiktas su pokolonėlinis HSX 3500 Aksesuarai (Transgenomic, Inc. "," Omaha, JAV) ir didelio jautrumo fluorescencijos (FL) detektorius (sužadinimo bangos ilgis 450 nm, emisijos 520 nm) [32 ]. Denatūruotu ir nedenatūruotą mir
genas PGR produktai buvo atskirtos atitinkamos dalinio denatūravimo temperatūra (Papildoma failų 1: Stalas S3 ir S2-10 pav) pagal DNASep® analizinės kolonėlės (Transgenomic). Smailių plotai, atitinkantys denatūruotu ir nedenatūruotą PGR produktai buvo naudojami apskaičiuoti Metilinto miR dalį
CPG salą [nuo denatūruotu kopijų = metilinimo piko plotas /visą smailės plotas] Kaip aprašyta anksčiau [33]. M.SssI-
metilintas genominės DNR iš kraujo mėginiuose buvo naudojamas kaip teigiama kontrolė. 1 pav DHPLC chromatogramos ir bisulfito sekos 7 miR CpG salų reprezentacinėse ląstelių linijų ir skrandžio audinių pavyzdžius. Tiek žmogaus periferinio kraujo DNR (kraujo) ir jos M.Sss
I-metilo produktų (M.BLOOD) buvo naudojami kaip kontrolės. Visi CpG svetainėse kiekvieno miR amplikono
CpG sala yra taip pat išvardytos aukščiau už bisulfito sekos rezultatus. Kiekvienoje eilutėje yra vienas klonas; kiekvienas rožinė juosta vaizduoja metilintas CPG svetainę. Atitinkamas chromatogramos kiekvieno eiliškumą mėginio (dešinėje skiltyje) rodomas (kairysis stulpelis).
Bisulfite klonas-sekos
Šviežias PGR produktai PPN
CpG salos išplinta su CpG-nemokamai universaliųjų pradmenų rinkinius buvo klonuotų su pGEM-T yra lengva komplektas (Promega, Madisonas, JAV) ir sekos su Applied Biosystems 3730xl DNR analizatorių ne SinoGeneMox Company (Pekinas, Kinija).
gavyba RNR ir aptikimo brandus Mirna lygio kiekybinius AT-PGR
iš viso 50 ng RNR buvo išskirta iš šviežių audinių pavyzdžius ar ląstelių linijų, naudojant TRIzol reagento (Life technologies, Karlovi Varai, JAV) pagal gamintojo protokolą. Atitinkami kDNR mėginiai buvo susintetinti naudojant TaqMan® MicroRNA atvirkštinės transkripcijos rinkinį (Life Technologies) su miR
specifinę kamieninių kilpa atvirkštinė transkripcija (RT), gruntai (konkretų Mir-375
# RT000564, PPN-34b
# RT000427, PPN-137
# RT000593 ir Pasaulis-9
# RT000583). RT sąlygos buvo naudojamos 16 ° C temperatūroje 30 min ➔ 42 ° C temperatūroje 30 min ➔ 85 ° C temperatūroje 5 min. Tuomet Mirna lygiai buvo analizuojami naudojant TaqMan Genų raiškos meistras Mix rinkinį (Life Technologies) su atitinkamu zondo ir gruntų (Life Technologies, PPN-375
# TM000564, PPN-34b
# TM000427, PPN-137
# TM000593 ir Pasaulis-9
# TM000583). U6
(Life Technologies, # RT001093 ir # TM001093) buvo naudojamas kaip vidaus nuoroda. PGR dviračių sąlygos buvo 95 ° C 10 min ➔ vėliau skiriant po 40 ciklų 95 ° C temperatūroje 20 sekundžių ➔ 60 ° C temperatūroje 1 min. Ekspresijos lygis PPN-200B
ir Pasaulis-210
buvo nustatoma naudojant standartinį Polya RT-PGR. Sekos RT adapterio gruntas, universaliosios atvirkščiai gruntu ir U6
gruntas reguliariajame Polya RT-PGR rodomi Papildoma failą 1: Lentelė S5. RT sąlygos buvo 55 ° C temperatūroje 5 min ➔ po to 25 ° C temperatūroje 10 min ➔ 42 ° C temperatūroje 1 val ➔ ir 70 ° C temperatūroje 5 min. PGR Dviračiai sąlygos buvo 95 ° C, for10min ➔ po 40 ciklų 95 ° C temperatūroje 20 sek ➔ ir 61 ° C temperatūroje 1 min.
Statistinė analizė
SPSS 16,0 Trend
-test ir Pearson Chi- kvadrato testas buvo naudojamas analizuoti Mir
metilinimas dažnio skirtumo tarp įprastų biopsijų, gastritas pažeidimų, GC ir SM pavyzdžius. Kruskal-Wallis H
-test ir ANOVA buvo naudojamas analizuoti Mir
metilinimas dalis skirtumus tarp įprastų biopsijų, gastritas pažeidimų, GC, ir SM pavyzdžius. tiksli Fišerio testas, Pearson Chi-kvadrato testas, ir tendencijų
-test buvo naudojami analizuoti asociaciją tarp miR
metilinimas teigiamų normas ir klinikos funkcijų. Mann-Whitney U
-test ir Stjudento t
-test buvo naudojami analizuoti tarp denatūruotu mir
alelių proporcingai ir klinikos funkcijų asociacija. Kaplan-Meier ir COX-Proporcinis Galimi metodai buvo naudojami pagal vieną požymį ir Dispersinės analizės palyginti bendrą išgyvenamumą GC pacientams su skirtingo metilinimo statuso miR
CpG salos. Visi statistiniai testai buvo dvipusiai, ir P
< 0,05 buvo laikomas statistiškai reikšmingas.
Rezultatai
apibūdinimas metilinimo ar demetilinant 6 miR
CpG salas, susijusius su GCS plėtros
Mes papildyta bisulfite gydytų šablonus 9 atstovybių miR
CpG salos su CpG-nemokama gruntai ir sukūrė 9 DHPLC tyrimus, atliekamus siekiant ištirti metilinimo statusą CpG salų PGR produktų 4 intrageninės mir
genų (MIR-9-1
, PPN-34b
, PPN-193b
, PPN-210
) ir 5 extragenic mir
genai (MIR-9-3
, PPN-137
, PPN-200B
, PPN-203 parsisiųsti ir Pasaulis-375
), atitinkamai (1 pav Papildoma failą 1: lentelė S3 ir papildomų failų 1: pav S1-S10). Šie DHPLC tyrimai parodė, kad metilinimas teigiamas norma 5 miR
CpG salos (MIR-9-1
, PPN-9-3
, PPN-34b
, PPN-137
, ir miR-210
) buvo žymiai kartu padidėjo su patologinius skrandžio sunkumo. Šie duomenys aiškiai rodo, kad jie miR
CpG salos yra susijusi su GCS plėtros (tendencija
-test, PPN-9-1
, P <metilinimas;
0,001; miR-9- 3
P <
0,001; Pasaulis-34B
, p = 0,008
; Pasaulis-137
P <
0,001; Pasaulis-210
P
= 0,001; 1 lentelė). Pasaulis-9-1
metilinimas buvo aptikta 18 iš 28 GCS (jautrumas, 64%), bet tik 2 iš 48 normalus ar gastritas biopsijos paaiškėjo, metilinimas (specifiškumas, 96%). Nors metilinimas miR-200B
buvo aptikta beveik visi skrandžio audinių mėginių, iš metilo Pasaulis-200B
įprastinėmis arba gastritas audinių (46% ~ 100%), dalis buvo žymiai didesnė, nei ta, tiek SM ir GC mėginiai (41% ~ 47%) (Mann-Whitney U
testus, gastritas biopsijos, palyginti su SMS, p = 0,001
; 1 lentelė). Tai rodo, kad Pasaulis-200B
demetilinant buvo GC, pacientas būdingi įvykis. Bisulfite sekos iš šių miR
CpG salos patvirtino gautus DHPLC analizės duomenys (1 pav) .table 1 Metilinimas statusas miR CpG salų skrandžio gleivinės mėginiai su įvairių patologinių pokyčių GC nevėžinės kontrolinės grupės pacientų
miR
CpG salos
grupė skrandžio mėginius

mir
-Methylation
Teigiamas norma
santykis (%) Metilinto miR
į mir
metilinimas-teigiamų mėginių
teigiamas tarifas (%)
χ
2
-Pridėtinės
Mados
-test (p
-Pridėtinės)
mediana
[25% ~ 75%]
vidurkis
± SN
T /F /χ
2
-Pridėtinės
P
-Pridėtinės
Pasaulis-9-1
Normalus
1/13 (7,7)
27,598
< 0,001 a
NP
NA
Gastritas
1/35 (2,9)
NP
S.
9/28 (32,1)
17 [13-30]
20 ± 4
T
= -3,039
0,005 g

GC
18/28 (64,3) 29 [19-40]
32 ± 4
Pasaulis-9-3
Normalus
6/13 (46,2)
23,389
< 0,001 a
38 [31-59]
43 ± 6
F
= 1.639
0.189 h
Gastritas
15/37
(40,5) [36-48] 43
42 ± 2
S.
26/28 (92,9)
[26-44] 38
36 ± 2
GC

26/28 (92,9) 37 [26-43]
36 ± 2
MIR-137
Normalus
5/13 (38,5)
18,626
< 0,001 a
10 [4-41]
χ
2
= 8,065
0,045 r
Gastritas
24/38
(63,2) 19 [7-36]
S.
25/26 (96,4)
15 [7-40]
21 ± 3g
GC
24/26 (92,3)
[20-51] 36
37 ± 4
Pasaulis-34b

Normalus
6/13 (46,2)
6,947
0,008
13 [7-19]
χ
2
= 0,658
0,883 d
Gastritas
13/36 (36,1)
11 [3-20]
S.
22/28 (78,6)
11 [4-18]
GC
19/28 (67,9)
10 [5-32]
MIR-200B
Normalus
13/13 (100)
0,486
0,922 f
54 [52-83]
χ
2
= 17,883
< 0,001 r
gastritas
35/36 (97,2)
52 [46-100] e
S.
27/28 (96,4)
44 [40-47]
GC
27/28
48 [40-53]
MIR-210 (96,4)

Normalus
2/13 (15,4) pervežimas 11.908 pervežimas 0,001 a
NP
na
gastritas
13/38 (34,2)
7 [ ,,,0],5-10]
S.
22/27 (81,5)
11 [5-22]
GC
16/27 (59,3)
9 [4-16]
Pasaulis-193b
Normalus
0/13
7.045
0,008 b
NP
NA
Gastritas
2/37
(5.4) NP
S.
(25.0)
7/28 5 [4-14]
GC
4/28 (14,3)
5 [2-12]
miR- 203
Normalus
5/13 (38,5)
5,617
0,018 b
32 [29-75]
χ
2
= 2,957
0,398 r
Gastritas
20/38
(52,6) 31 [26-36]
S.
21/28 (75,0)
34
[30-36] GC
11/28 (39,3); c
32 [29-35]
Pasaulis-375
Normalus
0/13
12.266
< 0,001 b
na
nA
Gastritas
13/38 (34,2)
3 [3-4] e
S.
16/28 (57,1)
7 [4 -14]
GC
(28,6); c
17 [8-21] 8/28
yra, tendencijos
testą, tarp Normalus, gastritas, SM ir GC mėginių; B, Mados
-test, be Normalus, gastritas, ir SM mėginius; C Pearson Chi-kvadrato testas, GC, lyginant su SM: Pasaulis-203
, χ
2
= 7,292, p = 0,007
; Pasaulis-375
, χ
2
= 4,667, p = 0,031
; D, Kruskal-Wallis H
-test; E, Mann-Whitney U
-test: gastritas, lyginant su SM, PPN-200B
, U
= 230,000, p = 0,001
; Gastritas, palyginti su GC, PPN-375
U
= 46,000, p = 0,011
; S. prieš GC, PPN-137
U
= 170,000, p
= 0,009; F, Pearson Chi-kvadrato testas, tarp normalus, gastritas, SM ir GC mėginių; g. Suporuotas T
-test: S. prieš GC, PPN-137 pervežimas, t pervežimas = -2.652, p = 0,014
; val. ANOVA; NP, nėra.
Išskyrus Mir-9-1
ir miR-137 pervežimas, metilinimo teigiamų normos ar proporcijos Metilinto Pasaulis-9-3
, PPN-34b
, MIR-210
ir Pasaulis-200B
gCS buvo panašūs į SMS (1 lentelė). Norėdami patvirtinti, jei metilinimas kai kurių iš šių mir
genų yra lauko poveikis atsitinka vienu metu abiejose vėžinių ir nevėžinės audinių skrandyje dėl tos pačios poveikio aplinkos veiksnių, mes nustatėme, metilinimo duomenis kitoje GC pogrupyje ir SM mėginiai iš 84 pacientų ir nustatė, kad teigiamas norma ir proporcija, metilo Pasaulis-9-1
gCS vis dar buvo gerokai didesnis nei, kad SMS (60,7%, palyginti su 32,1%; Pearson Chi-kvadrato testas, p =
0,001; Prisijunkite rank testas, p
< 0,001; Papildoma failą 1: lentelė S4, poaibis-2). Vidutinis dalis Metilinti Pasaulis-137
taip pat buvo reikšmingai didesnis GCS nei sms (vidurkis ± SN

, 26 ± 2 su 38 ± 2, suporuoti T- pervežimas testus, P <
0,001). Kaip ir tikėtasi reikšmingą skirtumą teigiamą dydį arba iš metilo miR-9-3 dalis, PPN-34b
, PPN-210
ir Pasaulis-200B
nebuvo pastebėta tarp GC ir SM pavyzdžius. Šie rezultatai patvirtino, kad Pasaulis-9-1 parsisiųsti ir Pasaulis-137
metilinimas buvo auglys-specifinė įvykis ir kad Pasaulis-9-3
, PPN-34b
ir Pasaulis-210
metilinimas, taip pat ir miR-200 b
demetilinimo, buvo laukas-efektas, kurie įvyko per skrandžio kancerogenezės.
Be to, teigiamas norma metilo ir miR-203
ir miR-375
palaipsniui padidėjo nuo normalu gastritas SM pavyzdžių, tačiau žymiai sumažėjo gCS palyginti su SMS (Pearsono Chi-kvadrato testas, PPN-203
, p = 0,007
; Pasaulis-375
, p = 0,031
; 1 lentelė). Per pogrupyje-2 mėginių, taip pat analizuojami MIR-375
metilinimo ir nustatė daugiau MIR-375
metilinimas į sms negu GCS vėl (Pearsono Chi-kvadrato testas, p = 0,034
; Papildoma failą 1 : S4 lentelė). Šie duomenys leidžia manyti, kad Pasaulis-375
(ir Pasaulis-203
) metilinimas yra ne GC-specifiniai ir gali būti vienos rūšies priimančiosios adaptacijos nepiktybinių audinių į GCS plėtrai.
Pasaulis
metilinimas ir H. pylori
infekcija
Norėdami nustatyti, ar Helicobacter pylori infekcijos
vaidina vaidmenį miR
metilinimas, mes ieškojome H. pylori pervežimas specifinę 23 S rDNR
skrandžio genomo DNR mėginių pagal PGR ir nustatė, kad H. pylori
-positive norma kartu didėjo patologinių pakitimų [15,4% (2 iš 13) normaliomis skrandžio biopsijos sunkumo, 52,6% (20 iš 38) gastritas pažeidimai, ir 69,0% (29 iš 42) SM biopsijos; tendencija
-test, p = 0,001
] ir sumažėjo GC mėginių (18 42 = 42,9%; GCS palyginti SMS Pearson Chi-kvadrato testas, p
= 0,016; Papildoma failą 1: S11 pav ). H. pylori
-positive gastritas /normalus ir SM mėginiai parodė žymiai didesnį metilinimas PPN-210
metilinimo nei H. pylori
negative mėginiai (p
= 0,036 ir 0,022, atitinkamai; 2A pav ir B). 2 pav Palyginimas miR metilinimo įvairiais skrandžio gleivinės mėginiai su ir be egzistavimo H. pylori. (A) Normalioji arba gastritas biopsijos iš kontrolės ambulatoriškai be piktybinės ligos; (B ir C) Chirurginiai marža ir navikų mėginiuose iš pacientų, sergančių skrandžio karcinoma, atitinkamai; H. pylori specifinė 23 S rDNR
buvo aptiktas PGR.
Atvirkštinė santykius tarp mir
metilinimo CpG salų ir jų atitinkamų ekspresijos lygį
ištirti ryšį tarp pirmiau nukrypusiu nuo normos miR
santykius metilinimas ir atitinkamo mir
geno transkripcija, mes kiekybiškai brandus Mirna lygius PPN-9-1
, PPN-9-3
, PPN-34b
, PPN-137
, miR-210
, miR-200 b
, (ir miR-375
), kurio metilinimas statusas yra susijęs su GC (ir GC priimančiosios pritaikymo priemonės) vystymosi, kaip aprašyta aukščiau, į rinkinio žmogaus ląstelių linijų su skirtingais metilinimo statuso miR
CpG salos. Metilinimo statusas kiekvieno miR
CpG sala šių ląstelių linijas lėmė DHPLC kaip pavaizduota papildomų failų 1: Pav S2-S10. Rezultatai kiekybinių AT-PGR parodė, kad tirtų ląstelių linijų, kurių sudėtyje yra metilo mir
aleliai į brandžius Mirna lygius visus 6 GC susijusių mir
genų ir viena priimančioji pritaikymo mir
genas buvo gerokai mažesnis nei aptikta ląstelių linijų, kurių sudėtyje yra nedenatūruotą mir
alelių (pav 3A-G). 3 paveikslas santykiai tarp ekspresijos lygį bei metilinimo statuso mir genų žmogaus ląstelių linijų ir skrandžio audinių pavyzdžius. (A-G), koreliacijos analizė tarp metilinimo dalis Mirna CpG salų ir jų brandžių Mirna ekspresijos lygį tikslinės CpG salos Metilinti ir nedenatūruotą žmogaus ląstelių linijų; (O-P), išraiška miRNAs 20-suporuotas, švieži skrandžio karcinoma mėginius; (U) Tikslinė CpG salų nedenatūruotą ląstelių linijos; (M) Tikslinė CpG salų denatūruotas ląstelių linijos; (V /M) Tikslinė CpG sala dalies Metilinti ląstelių linijos.
Mes taip pat analizavo Mirna lygius 20 porų šviežių GC ir SM mėginių ir nustatyta gerokai didesnė išraiškos lygį Mirna-200B,
Mirna-375, ir Mirna-210 SMS negu gCS (poriniai T
-test: Ps
≤0.030; Papildoma failą 1: S12 pav.) Į Mirna-137 lygiai SMS taip pat buvo didesnis nei GCS, bet nebuvo statistiškai reikšmingas (p = 0,059
). Sąvoka lygiai Mirna-9 ir Mirna-34b, buvo panašus tarp SMS ir GCS. Svarbiausia, kad buvo pastebėtas Mir-9-1
, PPN-9-3
, PPN-137
atvirkštinis ryšys tarp mir
metilinimo ir atitinkama išraiška lygis, o Pasaulis-200B
šiose skrandžio audinių mėginių (Spearman Reitingas koreliacinė analizė, PPN-9-1
r
s
= -0,533, p = 0,001
; Pasaulis-9-3
r
s
= -0,464, p = 0,004
; Pasaulis-137
r
s
= -0,378, p =
0,019; Pasaulis-200B
r
s
= -0,409, p = 0,010
; pav 3H-K). Silpnas atvirkštinis metilinimas išraiška santykiai taip pat buvo nustatyta Mir-375
šių audinių mėginių (R
S
= 0,287, p = 0,085
; 3O pav.) Toks santykis buvo nesilaikoma Mir-34B
ir Pasaulis-210
(pav 3L, N).
Mir
metilinimas koreliuoja su klinikos ypatybių GC pacientų
ištirti galimybę naudojant miR
metilinimas kaip prognozavimo prognozuoti gCS, mes lėmė metilinimo 7 Pasaulis
genų paplitimą ir analizavo tarp klinikos ypatybių GC ir atitinkamų metilinimo lygio šių miR santykius
CpG salos studijavo features

miR-9-1
methylation

miR-9-3
methylation

miR-137
methylation

miR-34b
methylation

miR-200b
methylation

miR-375
methylation

miR-210
methylation

Positive pylori
infekcija.

• Buvimas S100A9 teigiamas uždegiminių ląstelių vėžiu audinių koreliuoja su ankstyvoje stadijoje vėžys ir geriau prognozės pacientams, sergantiems skrandžio vėžiu
• Ar perdavimo Helicobacter pylori iš žmonių sukelti ligos protrūkį nuo Stripe dviveidis Dunnarts (Sminthopsis macroura) kolonija?