Characterization vum Mënsch gastric carcinoma-Zesummenhang methylation vun 9 Mir CpG Inselen a Repressioun vun hiren Ausdrock an eng kënschtlech an vivo

Characterization vum Mënsch gastric carcinoma-Zesummenhang methylation vun 9 Mir VerfÜgung CpG Inselen a Repressioun vun hiren Ausdrock an eng kënschtlech VerfÜgung an zu VIVO
méiglech VerfÜgung Background VerfÜgung Vill mir VerfÜgung Genen si bannent oder ronderëm CpG Inselen wellkomm. Et ass net kloer, ob methylation vun dësen CpG Inselen Mir VerfÜgung Transkriptiouns regelméisseg represses. D'Ziel vun dëser Etude sinn ze gastric carcinoma (GC) -related methylation vun Mir VerfÜgung CpG Inselen an seng Relatioun mat miRNA Ausdrock Markenzeeche. VerfÜgung Method VerfÜgung Methylation Status vun 9 Vertrieder Mir VerfÜgung CpG Inselen an engem Rot vun Zell Linnen a mënschlech gastric Echantillon (dorënner 13 normal biopsies, 38. gastritis biopsies, 112 Puer GCs an hir chirurgesch Spillraum Echantillon) war vun bisulfite-DHPLC an sequencing analyséiert. Mature miRNA Niveauen sech mat grouss RT-Hinnen alleguer alles. Relatiounen tëscht Mir VerfÜgung methylation, Transkriptiouns, GC Entwécklung, an clinicopathological Charakteristiken huet statistesch analyséiert. VerfÜgung Resultater VerfÜgung Methylation Frequenz vun 5 Mir VerfÜgung CpG Inselen (Mir-9-1 VerfÜgung, Mir-9 -3 VerfÜgung, Mir-137 VerfÜgung, Mir-34b VerfÜgung, a Mir-210 VerfÜgung) lues fräi während den Undeel vun methylated Mir-200b VerfÜgung lues während gastric carcinogenesis (PS ofgeholl
&Si besteet; 0.01). Chance Verhältnis, 41,4;; Méi Mir-9-1 VerfÜgung methylation war zu 62% -64% vun de GC Echantillon a 4% vun den normalen oder gastritis Echantillon (18/28 versus 2/48 fonnt P VerfÜgung &Si besteet; 0.01). Mir-210 VerfÜgung methylation zougedréckt héich Korrelatioun mat H. pylori VerfÜgung Wonn. Mir-375 VerfÜgung, Mir-203 VerfÜgung, a Mir-193b VerfÜgung methylation kéint Provider Upassung un d'Entwécklung vun GCs ginn. Methylation vun dësen CpG Inselen VerfÜgung Mir war konsequent den entspriechende miRNA Niveauen am mënschleche Zell Linnen virgestallt däitlech erofgoen gewisen. D'ëmgedréit, et gesäit Relatioun war och fir Mir-9-1 VerfÜgung observéiert, Mir-9-3 VerfÜgung, Mir-137 VerfÜgung, a Mir-200b VerfÜgung zu gastric Echantillon. Vun 112 GC Patienten, gouf Mir-9-1 VerfÜgung methylation eng onofhängeg ordentleche Estimatioun vun globale Iwwerliewe vun GC Patienten zu souwuel univariate an multivariate Analyse (P VerfÜgung &Si besteet; 0.02). VerfÜgung Konklusiounen VerfÜgung An Konklusioun , Verfall vun methylation Status vun 6 vun 9 getest Mir VerfÜgung CpG Inselen gouf zu gastric carcinogenesis charakteriséiert. Mir-210 VerfÜgung methylation soll mat H. pylori VerfÜgung Wonn. Mir-9-1 VerfÜgung methylation vläicht e GC-spezifesche Fall sinn. Methylation vun Mir VerfÜgung Inselen CpG hir Transkriptiouns bedeitend erof-regléieren regelméisseg kann. VerfÜgung Background VerfÜgung miRNA sinn eng räich Klass vu klenge Net-coding RNAs datt haaptsächlech Gentherapie Ausdrock am Post-transcriptional Niveau regléieren. Si spille kritescher Rollen an der Erneierung an dat vun Stammzellen an hëllefen Zell lineages erhalen. Virdrun Fuerschung huet, datt e puer vun de Bord vun Kriibs dës Genen VerfÜgung wéi Mir-200b /200a /429 VerfÜgung, Mir-21 VerfÜgung, Mir-30b VerfÜgung, Mir-30d VerfÜgung, Mir -31 VerfÜgung, a mir-423 VerfÜgung sinn upregulated, während aner mir VerfÜgung Genen wéi mir-143 VerfÜgung an mir-145 VerfÜgung downregulated sinn [1-3]. Beweiser hindeit datt Ännerungen am miRNA Ausdrock méi heefeg an vill Cancers an dës Variatiounen entweder bäidroen carcinogenesis oder spigelen d'Entwécklung an Werdegang vun Cancers. VerfÜgung Et sinn eng Rei vu Weeër dass eeler miRNA Niveau vun Zellen an Stoffer Afloss kann, wéi Gene amplification oder Läschen, transcriptional upregulation oder downregulation, post-transcriptional Veraarbechtung, an miRNA ofgeschnidden [4-7]. Et ass bekannt, datt e puer intragenic Mir Genen VerfÜgung, wéi Mir-218-2 VerfÜgung, si mat hirem Provider Genen duerch Co-Regulatioun Mechanismen coordinately ausserdeem [8]. vill Mir VerfÜgung Genen sinn awer, extragenic an engem gewëssen Deel vun intragenic Mir VerfÜgung Genen wéi Mir-9-1 VerfÜgung vun engem Provider Gentherapie-onofhängeg Muster ausserdeem sinn [9]. Well genau Promoteur Regioun vun stäerkste Mir VerfÜgung Genen net Zeeche sinn, besonnesch wat d'extragenic Mir VerfÜgung Genen, sinn der genee reglementaresche Mechanisme vun Mir VerfÜgung Transkriptiouns wäit aus kloer. VerfÜgung Methylation oder hypermethylation vun CpG Inselen an der Regioun vun Transkriptiouns ab Siten (TSS) ass allgemeng epigenetically zu géint Gentherapie Transkriptiouns unerkannt. Anescht FAQ-coding Genen datt verschidde CpG Inselen span kann, VerfÜgung der Mir Genen kuerz wéi enger CpG Insel kënnen, an an e puer Fäll, VerfÜgung Multiple Mir Genen (dh, e Mir VerfÜgung Gentherapie Stärekoup) kënnen innerhalb oder enger eenzeger CpG Insel Reliefsailen (Zousätzleche Fichier 1: Table S1). Aberrant methylation vun CpG Inselen mat Mir verbonne Genen VerfÜgung, wéi mer-7A-3 VerfÜgung an Mir-34a VerfÜgung, ass oft an vill Cancers observéiert [10, 11]. Et gouf virgeschlo, dass methylation vun der CpG Inselen déi mat Mir VerfÜgung Genen (dh Mir-203 VerfÜgung, Mir-152 VerfÜgung, Mir-124-1 VerfÜgung, Mir-34b /c verbonne sinn
Mir-129-2 VerfÜgung, Mir-9-1 VerfÜgung, Mir-130b VerfÜgung, Mir-124-2 VerfÜgung, a Mir-181c VerfÜgung) kéint inversely vergläichen mat hire Ausdrock Niveauen [12-17]. ob oder net Transkriptiouns vun Mir Allerdéngs ass VerfÜgung Genen regelméisseg vun der methylation Status vun Mir VerfÜgung Inselen huet CpG betraff net systemesch studéiert ginn. VerfÜgung Et ass bekannt, datt Manque methylation oder demethylation vun CpG Inselen an engem klenge Undeel (&Si besteet; 1%) vun der Zell Populatioun sensibel zu bewosst heterozygous Otemschwieregkeeten Echantillon nogewise ka ginn. Dat weist de Virdeel vun methylation Analyse iwwer hire Restaurant vun der Gentherapie Ausdrock um RNS an FAQ Niveauen datt nëmmen nogewise ka ginn, wann esou e Ännerungen zu engem groussen Deel vun enger Zell Populatioun zu enger Prouf präsent ass [18]. Eis bioinformatic Analyse weist 50, 9 an 70 vun 721 mënschlech Mir VerfÜgung Genen vun der miRbase (Netflix 14.0) Libre, respektiv, bannent, Reliefsailen, a bei CpG Inselen (zesummen wäerte mir fir dës als Mir VerfÜgung kuckt CpG Inselen; Weider Fichier 1: Table S1). Mir hypothesize datt aberrant methylation vun Mir VerfÜgung CpG Inselen während Entwécklung an Werdegang vun Cancers geschéie kann. Dofir hätt si als Kandidat Genen benotzt ginn, net nëmme fir Cepheid vun Kriibs hätt, mee och fir d'Enquête vun der methylation-Ausdrock Associatioun zu VIVO VerfÜgung. Sou, CpG Inselen vun 9 Krankheet-Zesummenhang Mir VerfÜgung Genen, dorënner 5 extragenic Mir VerfÜgung Genen oder Gentherapie Kéip (Mir-9-3 VerfÜgung, Mir-137 VerfÜgung, Mir-200b /200a /429 VerfÜgung, Mir-203 VerfÜgung, a Mir-375 VerfÜgung) an 4 intragenic Genen oder Gentherapie Kéip (Mir-9-1 VerfÜgung, Mir-34b /c VerfÜgung, Mir-193b /365 Table S1): -1 VerfÜgung, a Mir-210 VerfÜgung), huet als Vertrieder Genen am Moment studéieren (Zousätzleche Fichier 1 ausgewielt. D'methylation-Ausdrock Associatioun fir 3 vun dëse Mir VerfÜgung Genen huet net virdru gegrënnt ginn (Zousätzleche Fichier 1: Table S2) [12, 14, 19-27]. Mir Ufank fir gastric carcinoma (GC) opgefouert - oder Provider-Zesummenhang aberrant Mir VerfÜgung methylation an dann propagéieren der methylation-Ausdrock association kënschtlech VerfÜgung an VIVO VerfÜgung. Associatiounen tëscht clinicopathological Charakteristike vun GC Patienten an methylation vun dësen Mir VerfÜgung sech CpG Inselen och analyséiert VerfÜgung Method VerfÜgung Zell Linn Quellen an Source Informatioune vun benotzt Zell Linnen VerfÜgung Zell Kultur an dëser Etude benotzt:. RKO Zell Linn, déi Dr. Guoren Deng der Universitéit vu Kalifornien San Francisco gëtt; SW480 an HCT116 sech duerch Dr. Yuanjia Chen um Korea Unioun Medical College Hospital gëtt; MKN74 an 293 gëtt T vun Tokyo Medical an Dental Universitéit; PC-3 war vun der Zell Linn Bank op Chinesesch Academy vun Medical Science kaaft; HL60 an KG1A sech aus der Hematology Chiffer vun Korea University Éischt Spidol kritt; Du145 war vun Hanmi Apdikt Company kritt; Siha war vun Korea University Leit d'Spidol gëtt. HepG2 war vun Dr. Qingyun Zhang, Calu3 a A549 vum Dr. Zhiqian Zhang, H1299 an AGS vum Dr. Chengchao Shou, MKN45 vun Dr Youyong LV, an aner Zell Linnen (SGC7901, BGC823, MGC803, Hela an GES-1) gëtt vum Dr. Yang Ke, all op Korea University Cancer Spidol /Institut. Dës Zell goufe bei 37 ° C an 5% CO cultured 2, verschidde Kultur Medien benotzt. MKN45, MKN74, SGC7901, BGC823, MGC803, HL60, KG1A, A549, H1299, GES-1, HepG2, 293 T, Du145, an RKO sech cultured zu 90% RPMI-1640 a 10% FBS. PC-3 an AGS sech cultured zu 90% F-12 an 10% FBS. Calu3, Hela an Siha sech zu 90% cultured DMEM an 10% FBS. SW480 an HCT116 sech zu 90% DMEM cultured: RPMI-1640 (1: 1). An 10% FBS VerfÜgung kennen an Otemschwieregkeeten Echantillon VerfÜgung Surgical Primärschoul GC Echantillonen an hir vläit Net-kriibserreegend chirurgesch Spillraum (SM) Echantillon waren aus 112 inpatients (duerchschnëttlech Alter 59,2 Joer [Palette, 32-79]; 80 Männercher an 32 Weibchen; 78 Net-Fra GCs an 34 härzwierksam GCs; 40 GCs um pTNM Etapp III sin ~ II an 59 op der Bühn ~ IV) gesammelt um Korea University Cancer Spidol. Follow-up Daten fir all Patienten huet fir op d'mannst fënnef Joer gesammelt. All Medeziner Echantillonen, souwéi histopathological an followup Informatioun fir all Fall waren laut guttgeheescht institutionell Richtlinnen kritt. Gastric biopsies aus 13 gesond Sujeten an 38 gastritis outpatients vum selwechte Spidol gesammelt goufen als Net-Kriibs Patient Kontrollen benotzt. Ier bisulfite Modifikatioun all gastric Frankräich DNA Prouf de Patient war fir d'Präsenz vun H. pylori VerfÜgung -specific 23 S rDNA VerfÜgung vun engem Hinnen alleguer assay analyséiert wéi virdru beschriwwen [28]. Den institutionnelle Kritik Vizepresident vun Korea University Cancer Hospital an Institut guttgeheescht der Etude (É1041207), an all Patienten geschriwwen huet Zoustëmmung informéiert. VerfÜgung DNA erauszéien a bisulfite Modifikatioun VerfÜgung Cancer Zell Linn an Otemschwieregkeeten Prouf Frankräich DNA (1,8 μg) Hëllef phenol /chloroform Extraktioun vom [29]. D'unmethylated cytosine Reschter vun der DNA Echantillon waren zu uracil Reschter (Brit thymidine Reschter vun Hinnen alleguer Produiten) vun der Zousätzlech vun 5 M Natrium bisulfite [30] verwandelt. D'Wizard® DNA Clean-Up System Kit (Promega) benotzt gouf de bisulfite-behandelt DNA virun Hinnen alleguer amplification wesssen. VerfÜgung Hinnen alleguer amplification an quantification vun Mir VerfÜgung CpG Insel methylation vun DHPLC VerfÜgung CpG-gratis universal primer baut sech benotzt Mir VerfÜgung CpG Inselen déi waarm-Start Hinnen alleguer polymerase zu Meenungsfreiheet nennt (Zousätzleche Fichier 1: Dorënner S1 an Weider Fichier 1: Table S3). Message vun CpG Inselen Ënnerbewosstsinn oder dës wëssenschaftlech Mir VerfÜgung Genen Agang sech benotzt der primers zu Design. D'Hinnen alleguer Produite goufen dann analyséiert quantitativ vun DHPLC op der WAVE® DNA ofgesprengt Analys System [31]. Elution Profiler vum Mir-9-3 VerfÜgung, Mir-200b VerfÜgung, a Mir-203 VerfÜgung methylation war mat enger violett heescht analyséiert; Wéinst Mir VerfÜgung Gentherapie methylation war mat der Post Kolonn HSX-3500 Emgeréits (Transgenomic Galaxy, bidd, USA) an engem héich-Empfindlechkeet fluorescence (FL) heescht (excitation bei 450 nm, Emissioun op 520 nm) fonnt [32 ]. Methylated an unmethylated Mir VerfÜgung Gentherapie Hinnen alleguer Produite goufen vun engem DNASep® analytesch Kolonne (Transgenomic) am entspriechende partiell denaturing Temperatur (: Table S3 an Dorënner S2-10 Weider Fichier 1) getrennt. Den Héichpunkt Beräicher zu de methylated an unmethylated Hinnen alleguer Produiten entspriechend waren benotzt den Undeel vun methylated Mir VerfÜgung CpG Insel [den Undeel vun methylated Exemplare = methylation-Héichpunkt Géigend /total Héichpunkt Géigend] wéi virdru beschriwwen [33] ze berechnen. M.SssI- VerfÜgung methylated Frankräich DNA vum Blutt Echantillon gouf als positive Kontroll benotzt. Figur 1 DHPLC chromatograms an bisulfite sequencing vun 7 Mir CpG Inselen am Vertrieder Zell Linnen an gastric Otemschwieregkeeten Echantillon. Souwuel mënschlech Randerscheinung Blutt DNA (Blutt) a seng M.Sss VerfÜgung ech-methylated Produkter (M.BLOOD) huet als Kontrollen benotzt. All CpG Siten an der amplicon vun all Mir VerfÜgung CpG Insel sinn och iwwer d'Resultater vun bisulfite sequencing opgezielt. All hannertenee stellt eng Copie; all rosa Bar stellt eng methylated CpG Site. Déi entspriechend chromatogram vun all Nepgen Prouf (riets Kolonn) ass (lénks Kolonn) gewisen. Bisulfite Klon-sequencing
Fresh Hinnen alleguer Produite vu Mir CpG Inselen VerfÜgung mat der universeller primer baut CpG-gratis Implikatioune sech mat gekloonten der pGEM-T Easy Kit (Promega, Madison, USA) a mat engem Obwuel Biosystems 3730xl DNA Organer um SinoGeneMox Company (Peking, China) Nepgen. VerfÜgung Reduktioun vun RNS an Detektioun vum alen miRNA Niveau mat grouss RT-Hinnen alleguer assays
Total 50 NG RNS war vun frësch Otemschwieregkeeten Echantillon oder Zell Linnen mat der TRIzol reagent (Life Technologies, Karlsbad, USA) laut den Hiersteller d'Protokoll ofgebaut. Entspriechend cDNA Echantillon Wierderbuch sech d'TaqMan® MicroRNA Réckproduktioun Transkriptioun Kit (Life Technologies) mat Mir benotzen VerfÜgung -specific Desaccord-Glück ëmgedréit, et gesäit Transkriptiouns (RT) primers (speziell fir Mir-375 VerfÜgung # RT000564, Mir-34b
# RT000427, Mir-137 VerfÜgung # RT000593, a Mir-9 VerfÜgung # RT000583). Den RT Konditiounen benotzt goufen 16 ° C fir 30 min ➔ 42 ° C fir 30 min ➔ 85 ° C fir 5 min. D'miRNA Niveauen sech dann analyséiert engem TaqMan Gene Expression Master Mix Kit benotzt (Life Technologies) mam entspriechende Studiebäihëllefe an primers (Life Technologies, Mir-375 VerfÜgung # TM000564, Mir-34b VerfÜgung # TM000427, Mir-137
# TM000593, a Mir-9 VerfÜgung # TM000583). U6 VerfÜgung (Life Technologies, # RT001093 an # TM001093) war wéi d'intern Referenz gebraucht. D'Hinnen alleguer Vëlo ware 95 ° C fir 10min ➔ gefollegt vun 40 Zykle vun 95 ° C fir 20 sec ➔ 60 ° C fir 1 min. Ausdrock Niveau vun Mir-200b VerfÜgung an Mir-210 VerfÜgung sech mat engem normalen polyA RT-Hinnen alleguer assay alles. Message vun der RT adapter primer, déi universal ëmgedréit, et gesäit primer an der primer VerfÜgung U6 an der regulärer polyA RT-Hinnen alleguer assay sinn zu Weider Fichier dës 1: Table S5. RT ware 55 ° C fir 5 min ➔ gefollegt vun 25 ° C fir 10 min ➔ 42 ° C fir 1 HR ➔ an 70 ° C an 5 min. D'Hinnen alleguer Vëlo ware 95 ° C for10min ➔ gefollegt vun 40 Zykle vun 95 ° C fir 20 sec ➔ an 61 ° C fir 1 min. VerfÜgung statistique Analyse VerfÜgung SPSS 16,0 Trend VerfÜgung Azeton an Pearson d'Chi- Metercarré Test sech benotzt der Mir VerfÜgung methylation Frequenz Ënnerscheed tëscht normal biopsies, gastritis lesions, GC an SM Echantillon ze analyséieren. Kruskal-Wallis H VerfÜgung Azeton an One-Way ANOVA benotzt goufen d'Mir VerfÜgung methylation Undeel Differenzen tëscht normal biopsies ze analyséieren, gastritis lesions, GC, an SM Echantillon. Fisher d'exakt Test, Pearson d'Chi-Feld Test, a Trend VerfÜgung Azeton benotzt huet de Veräin ze analyséieren tëscht Mir VerfÜgung methylation positiven Taux an der clinicopathological Fonctiounen. De Mann-Whitney U VerfÜgung Azeton an Student d't VerfÜgung Azeton benotzt goufen d'Associatioun tëschent den Undeel vun methylated Mir VerfÜgung alleles an der clinicopathological Fonctiounen ze analyséieren. Kaplan-Meier an Cox-proportional Risikoe Methoden sech fir univariate an multivariate Analyse benotzt fir globale Iwwerliewe vun GC Patienten mat Differenzen an methylation Status vergläichen vun Mir VerfÜgung CpG Inselen. All Statistik Tester goufen zwee-eesäitegen, an P VerfÜgung &Si besteet; 0,05 war statistesch relevant considéréiert. VerfÜgung Resultater VerfÜgung Characterization vun methylation oder demethylation vun 6 Mir VerfÜgung Inselen CpG zu der Entwécklung vun GCs Zesummenhang VerfÜgung Mir bisulfite-behandelt Skeletter vun 9 Vertrieder Mir VerfÜgung CpG Inselen Implikatioune mat CpG-gratis primers an entwéckelt 9 DHPLC assays der methylation Status vun der CpG Inselen am Hinnen alleguer Produite vu 4 intragenic Mir VerfÜgung Genen (Mir-9-1 VerfÜgung, Mir-34b VerfÜgung, Mir-193b ze analyséieren VerfÜgung, Mir-210 VerfÜgung) an 5 extragenic Mir VerfÜgung Genen (Mir-9-3 VerfÜgung, Mir-137 VerfÜgung, Mir-200b VerfÜgung, Mir-203 VerfÜgung an Mir-375 VerfÜgung), bzw. (Dorënner 1, Zousätzleche Fichier 1: Table S3, an Weider Fichier 1: Dorënner S1-S10). Dës DHPLC assays verroden, datt de methylation positiven Taux vu 5 Mir VerfÜgung CpG Inselen (Mir-9-1 VerfÜgung, Mir-9-3 VerfÜgung, Mir-34b VerfÜgung, Mir-137 VerfÜgung, an Mir-210 VerfÜgung) huet däitlech soll mat der Gravitéit vun agebousst Ännerungen am Mo. fräi. Dës Conclusiounen staark hindeit datt methylation vun dësen Mir VerfÜgung Inselen CpG zu der Entwécklung vun GCs Zesummenhang ass (Trend VerfÜgung Azeton, Mir-9-1 VerfÜgung, P &Si besteet; VerfÜgung 0,001; Mir-9- 3 VerfÜgung, P &Si besteet; VerfÜgung 0,001; Mir-34b VerfÜgung, P = VerfÜgung 0,008; Mir-137 VerfÜgung, P &Si besteet; VerfÜgung 0,001; Mir-210 VerfÜgung, P VerfÜgung = 0,001; Table 1). Mir-9-1 VerfÜgung methylation war an 18 vun 28 GCs (Sensibilitéit, 64%) fonnt, mä nëmmen an 2 vun 48 normal oder gastritis biopsies zougedréckt methylation (Spezifizitéit, 96%). Obwuel methylation vum Mir-200b VerfÜgung an bal all gastric Stoffer Echantillon nogewise gouf, war den Undeel vun methylated Mir-200b VerfÜgung am normalen oder gastritis Stoffer (46% ~ 100%) vill méi héich wéi dat souwuel am SM an GC Echantillon (41% ~ 47%) (Mann-Whitney U- VerfÜgung Test, gastritis biopsies versus SMS, P = VerfÜgung 0,001; Table 1). Dëst deit drophin, datt Mir-200b VerfÜgung demethylation war e GC, Patient-spezifesche Fall. Bisulfite sequencing vun dësen Mir VerfÜgung CpG Inselen d'Donnéeë confirméiert aus DHPLC Analyse kritt (D'Grondidee 1) .Table 1 Methylation Status vun Mir CpG Inselen am gastric mucosa Echantillon mat verschiddene agebousst Ännerungen am GC an Net-kriibserreegend Kontroll Patienten VerfÜgung Mir VerfÜgung CpG Inselen
Group vun gastric Echantillon
Mir VerfÜgung -Methylation
positiv Taux
Undeel (%) vun methylated Mir
an d'Mir VerfÜgung methylation-positiv Echantillon VerfÜgung positiv Tarif (%)
χ VerfÜgung 2 VerfÜgung -value
Trend
Azeton (P VerfÜgung -value)
Paracetamol VerfÜgung [25% ~ 75%]
Mëttler VerfÜgung ± Fils
t /F /χ VerfÜgung 2 VerfÜgung -value
P VerfÜgung -value
Mir-9-1
Normal VerfÜgung 1/13 (7.7)
27,598 VerfÜgung &Si besteet; 0,001 engem VerfÜgung NA VerfÜgung NA VerfÜgung Gastritis VerfÜgung 1/35 (2,9) VerfÜgung NA VerfÜgung SM VerfÜgung 9/28 (32.1)
17 [13-30] VerfÜgung 20 ± 4 VerfÜgung t VerfÜgung = -3,039 VerfÜgung 0,005 g VerfÜgung GC VerfÜgung 18/28 (64,3) VerfÜgung 29 [19-40] VerfÜgung 32 ± 4 VerfÜgung Mir-9-3
Normal VerfÜgung 6/13 (46.2) VerfÜgung 23,389 VerfÜgung &Si besteet; 0,001 engem VerfÜgung 38 [31-59] VerfÜgung 43 ± 6 VerfÜgung F VerfÜgung = 1,639 VerfÜgung 0,189 h VerfÜgung Gastritis VerfÜgung 15/37 (40.5) VerfÜgung 43 [36-48] VerfÜgung 42 ± 2
SM VerfÜgung 26/28 (92.9) VerfÜgung 38 [26-44] 36 ± 2
GC VerfÜgung 26/28 (92.9) VerfÜgung 37 [26-43]
36 ± 2 VerfÜgung Mir-137
Normal VerfÜgung 5/13 (38.5) VerfÜgung 18,626 VerfÜgung &Si besteet; 0,001 engem VerfÜgung 10 [4-41] VerfÜgung χ VerfÜgung 2 VerfÜgung = 8,065 VerfÜgung 0,045 d VerfÜgung Gastritis VerfÜgung 24/38 (63.2) VerfÜgung 19 [7-36] VerfÜgung SM VerfÜgung 25/26 (96.4)
15 [7-40] VerfÜgung 21 ± 3G VerfÜgung GC VerfÜgung 24/26 (92.3) VerfÜgung 36 [20-51] 37 ± 4 VerfÜgung Mir-34b VerfÜgung
zu Normal VerfÜgung 6/13 (46.2) VerfÜgung 6,947 VerfÜgung 0,008 engem VerfÜgung 13 [7-19] VerfÜgung χ VerfÜgung 2 VerfÜgung = 0,658 VerfÜgung 0,883 d VerfÜgung Gastritis VerfÜgung 13/36 (36.1) VerfÜgung 11 [3-20] VerfÜgung SM VerfÜgung 22/28 (78.6) VerfÜgung 11 [4-18] VerfÜgung GC
19/28 (67,9) VerfÜgung 10 [5-32] VerfÜgung Mir-200b
normal VerfÜgung 13/13 (100) bis 0,486 VerfÜgung 0,922 f VerfÜgung 54 [52-83] VerfÜgung χ VerfÜgung 2 VerfÜgung = 17,883 VerfÜgung &si besteet; 0,001 d VerfÜgung Gastritis VerfÜgung 35/36 (97,2) VerfÜgung 52 [46-100] E
SM VerfÜgung 27/28 (96.4) VerfÜgung 44 [40-47] VerfÜgung GC VerfÜgung 27/28 (96.4) VerfÜgung 48 [40-53] VerfÜgung Mir-210
normal VerfÜgung 2/13 (15.4) VerfÜgung 11,908 VerfÜgung 0,001 engem VerfÜgung NA VerfÜgung NA VerfÜgung Gastritis VerfÜgung 13/38 (34.2) VerfÜgung 7 [ ,,,0],5-10] VerfÜgung SM VerfÜgung 22/27 (81.5) VerfÜgung 11 [5-22] VerfÜgung GC VerfÜgung 16/27 (59,3) VerfÜgung 9 [4-16]
Mir-193b
Normal VerfÜgung 0/13 VerfÜgung 7,045 VerfÜgung 0,008 b VerfÜgung NA VerfÜgung NA VerfÜgung Gastritis VerfÜgung 2/37 (5.4) VerfÜgung NA VerfÜgung SM VerfÜgung 7/28 (25,0) VerfÜgung 5 [4-14] VerfÜgung GC VerfÜgung 4/28 (14,3) VerfÜgung 5 [2-12] VerfÜgung miR- 203
normal VerfÜgung 5/13 (38.5) VerfÜgung 5,617 VerfÜgung 0,018 b VerfÜgung 32 [29-75] VerfÜgung χ VerfÜgung 2 VerfÜgung = 2,957
0,398 d VerfÜgung Gastritis VerfÜgung 20/38 (52,6) VerfÜgung 31 [26-36] VerfÜgung SM VerfÜgung 21/28 (75,0) VerfÜgung 34 [30-36] VerfÜgung GC VerfÜgung 11/28 (39.3) c VerfÜgung 32 [29-35] VerfÜgung Mir-375
normal VerfÜgung 0/13 VerfÜgung 12,266 VerfÜgung &Si besteet; 0,001 b VerfÜgung NA VerfÜgung NA VerfÜgung Gastritis VerfÜgung 13/38 (34.2) VerfÜgung 3 [3-4] E VerfÜgung SM VerfÜgung 16/28 (57.1) VerfÜgung 7 [4 -14] VerfÜgung GC VerfÜgung 8/28 (28.6) c VerfÜgung 17 [8-21] VerfÜgung engem, Trend VerfÜgung Test, ënnert Normal, Gastritis, SM an GC Echantillon; b, Trend VerfÜgung Azeton, ënnert Normal, Gastritis, an SM Echantillon; c, Pearson d'Chi-Feld Test, GC versus SM: Mir-203 VerfÜgung, χ VerfÜgung 2 VerfÜgung = 7,292, P = VerfÜgung 0,007; Mir-375 VerfÜgung, χ VerfÜgung 2 VerfÜgung = 4,667, P = VerfÜgung 0,031; d, Kruskal-Wallis H VerfÜgung Azeton; E, Mann-Whitney U VerfÜgung Azeton: Gastritis versus SM, Mir-200b VerfÜgung, U VerfÜgung = 230,000, P = VerfÜgung 0,001; Gastritis versus GC, Mir-375 VerfÜgung, U VerfÜgung = 46,000, P = VerfÜgung 0,011; SM versus GC, Mir-137 VerfÜgung, U VerfÜgung = 170,000, P VerfÜgung = 0,009; f, Pearson d'Chi-Feld Test, ënnert Normal, Gastritis, SM an GC Echantillon; g. Vläit net VerfÜgung Azeton: SM versus GC, Mir-137 VerfÜgung, t VerfÜgung = -2,652, P = VerfÜgung 0,014; h. One-Manéier ANOVA; KENG, nët sinn. VerfÜgung Ausnam fir Mir-9-1 VerfÜgung an Mir-137 VerfÜgung, déi positiv methylation Tariffer oder Undeeler vun methylated Mir-9-3 VerfÜgung, Mir-34b VerfÜgung, Mir-210 VerfÜgung, a Mir-200b VerfÜgung zu GCs waren ähnlech wéi déi zu SMS (Table 1). Ze validéieren wann methylation vun e puer vun dëse Genen Mir VerfÜgung ass en Terrain-Effekt souwuel kriibserreegend an Net-kriibserreegend Stoffer an de Mo. wéinst der selwechter aussetzt Ëmwelt- Faktoren geschitt gläichzäiteg an, nogewise mir de methylation Donnéeën an aneren Ziel vun GC an SM Echantillon vun 84 Patiente an fonnt dass den positiven Taux an Undeel vun methylated Mir-9-1 VerfÜgung zu GCs huet nach vill méi héich wéi déi vun den SMS (60.7% versus 32,1%; Pearson d'Chi-Feld Test, P =
0,001; umellen Geleeënheet Test, P VerfÜgung &Si besteet; 0,001; Weider Fichier 1: Table S4, Ziel-2). D'Moyenne Undeel vun der methylated Mir-137 VerfÜgung war och däitlech méi héich zu GCs wéi SMS (Mëttler VerfÜgung ± Fils VerfÜgung, 26 ± 2 versus 38 ± 2, vläit heeschen Chinchilla VerfÜgung Test, P &Si besteet; VerfÜgung 0.001). Als groussen Ënnerscheed zu de positiven Taux oder den Undeel vun methylated Mir-9-3 erwaart, Mir-34b VerfÜgung, Mir-210 VerfÜgung, a Mir-200b VerfÜgung war net tëscht GC an SM Echantillon observéiert. Dës Resultater confirméiert datt Mir-9-1 VerfÜgung an Mir-137 VerfÜgung methylation war e entholl-spezifesche Fall an dat Mir-9-3 VerfÜgung, Mir-34b VerfÜgung, a Mir-210
methylation, souwéi Mir-200b VerfÜgung demethylation, e Gebitt-Effekt war, datt während gastric carcinogenesis Priedegt. VerfÜgung Weideren fräi positiven Taux vun methylated Mir-203 VerfÜgung an Mir-375 VerfÜgung lues aus normal un SM Echantillon zu gastritis, mä ofgeholl bedeitend an GCs Verglach mat SMS (Pearson Chi-Feld Test, Mir-203 VerfÜgung, P = VerfÜgung 0,007; Mir-375 VerfÜgung, P = VerfÜgung 0,031; Table 1). An d'Ziel-2 Echantillonen, mir analyséieren och Mir-375 VerfÜgung methylation an fonnt méi Mir-375 VerfÜgung methylation zu SMS wéi an GCs erëm (Pearson Chi-Feld Test, P = VerfÜgung 0,034; Weider Fichier 1 : Table S4). Dës Donnéeë musse Mir-375 VerfÜgung (an Mir-203 VerfÜgung) methylation ass net GC-spezifesch a vläicht eng Zort vu Provider Adaptatioun vun der Net-malignant Stoffer zu der Entwécklung vun GCs ginn. VerfÜgung Mir
methylation an H. pylori VerfÜgung Wonn VerfÜgung fir erauszefannen, ob H. pylori VerfÜgung Wonn eng Roll spillt an mir VerfÜgung methylation, notze mer fir H. pylori VerfÜgung -specific 23 S rDNA
zu gastric Frankräich DNA Echantillon vun Hinnen alleguer a fonnt, datt d'-positive Taux soll mat der Gravitéit vun agebousst Ännerungen fräi [15,4% (2 of 13) vun normal gastric biopsies, 52,6% (20 of 38) VerfÜgung H. pylori vun gastritis lesions, a 69,0% (29 of 42) SM biopsies; Trend VerfÜgung Azeton, P = VerfÜgung 0,001] an Verréngerung vun GC Echantillon (18 vun 42 = 42.9%; GCs versus SMS, Pearson Chi-Feld Test, P VerfÜgung = 0,016; Weider Fichier 1: Dorënner S11 ). H. pylori VerfÜgung -positive gastritis /normal an SM Echantillon zougedréckt bedeitend méi héich methylation vum Mir-210 VerfÜgung methylation wéi H. pylori VerfÜgung -negative Echantillon (P VerfÜgung = 0,036 an 0,022 bzw.; Dorënner 2A an B). Figur 2 Se Mir methylation zu verschiddenen gastric mucosa Echantillon mat an ouni Existenz vun H. pylori. (A) Normal oder gastritis biopsies aus Kontroll outpatients ouni malignant Krankheet; (B an C) Surgical Spillraum an entholl Echantillon vun Patienten mat gastric carcinoma, bzw.; H. pylori-spezifesch 23 S rDNA VerfÜgung war vun Hinnen alleguer festgestallt. Inversed Relatioun tëscht Mir VerfÜgung methylation vun CpG Inselen an hire jeeweilegen Ausdrock Niveauen
der Relatioun tëscht der uewen aberrant Mir VerfÜgung ze ermëttelen methylation an der Reunioun vun de jeeweilegen mir VerfÜgung Gentherapie, laachen mer den alen miRNA Niveau vun mir-9-1 VerfÜgung, mir-9-3 VerfÜgung, mir-34b VerfÜgung, mir-137
Mir-210 VerfÜgung, Mir-200b VerfÜgung, (an Mir-375 VerfÜgung), Status hir methylation zu der Entwécklung vun GC (an GC Provider Erkrankung) ëmschriwwen virun Zesummenhang ass, zu enger Rei vu Mënsch Zell Linnen mat verschiddene methylation Status vun Mir VerfÜgung CpG Inselen. D'methylation Status vun all Mir VerfÜgung CpG Insel op dës Zell Verse DHPLC alles war wéi an Weider Fichier illustréiert 1: Dorënner S2-S10. Resultater vun grouss RT-Hinnen alleguer assays gewisen, datt an der getest Zell Linnen Mir VerfÜgung den alen miRNA Niveau vun all 6 GC-Zesummenhang Genen an ee Provider Adaptatioun Mir VerfÜgung Mir alleles methylated wouvun VerfÜgung Gentherapie sech wesentlech méi wéi déi an der Zell Linnen mat unmethylated Mir VerfÜgung alleles (Dorënner 3A-G) fonnt. Figur 3 D'Relatioun tëschent Ausdrock Niveau an methylation Status vun Mir Genen am mënschleche Zell Linnen an gastric Otemschwieregkeeten Echantillon. (A-G) D'Korrelatioun Analyse tëscht methylation Undeel vun miRNA CpG Inselen an hirem alen miRNA Ausdrock Niveauen an der Zil- CpG Insel methylated an unmethylated Mënsch Zell Linnen; (H-P) Expression vun miRNAs zu 20 vläit, frësch gastric carcinoma Echantillon; (U) Target CpG Insel unmethylated Zell Linnen; (M) Target CpG Insel methylated Zell Linnen; (U /M) Target CpG Insel deelweis methylated Zell Linnen. VerfÜgung Mir analyséiert weider der miRNA Niveau vun 20 Puer frësch GC an SM Echantillonen an hunn e bedeitend méi héich Ausdrock Niveau vun miRNA-200b, VerfÜgung miRNA-375, an miRNA-210 zu SMS ewéi zu GCs (vläit t VerfÜgung Azeton: jangeli VerfÜgung ≤0.030; Weider Fichier 1: Dorënner S12). D'miRNA-137 Besatzungszäit SMS waren och méi héich wéi déi vun GCs, mee war net statistesch relevant (P = VerfÜgung 0.059). Den Ausdrock Niveau vun miRNA-9 an miRNA-34b huet ähnlech tëscht SMS an GCs. Wichteg, en ëmgedréit, et gesäit Relatioun tëscht Mir VerfÜgung methylation an den entspriechende Ausdrock Niveau war fir Mir-9-1 VerfÜgung observéiert, Mir-9-3 VerfÜgung, Mir-137 VerfÜgung, a Mir-200b
an dëse gastric Otemschwieregkeeten Echantillon (Spearman d'Gemeng Korrelatioun Analyse, Mir-9-1 VerfÜgung, r VerfÜgung den VerfÜgung = -0,533, P = VerfÜgung 0,001; Mir-9-3
, r VerfÜgung den VerfÜgung = -0,464, P = VerfÜgung 0,004; Mir-137 VerfÜgung, r VerfÜgung den VerfÜgung = -0,378, P =
0,019; Mir-200b VerfÜgung, r VerfÜgung den VerfÜgung = -0,409, P = VerfÜgung 0,010; Dorënner 3H-K). Eng schwaach ëmgedréit, et gesäit methylation-Ausdrock Relatioun war och fir Mir-375 VerfÜgung an dës Otemschwieregkeeten Echantillon (; Well 3O r VerfÜgung den VerfÜgung = 0,287, P = VerfÜgung 0.085) fonnt. Esou eng Bezéiung war net fir Mir-34b VerfÜgung an Mir-210 VerfÜgung (Dorënner 3L, N) observéiert. VerfÜgung Mir VerfÜgung methylation zu clinicopathological Charakteristiken vun GC Patienten soll VerfÜgung Fir Etude d'Méiglechkeet vun Hëllef mir VerfÜgung methylation als hätt Estimatioun vun GCs, mir der prevalence vun methylation vun 7 mir VerfÜgung Genen alles an analyséiert d'Relatioun tëscht der clinicopathological Charakteristike vun GC an den entspriechende methylation Niveau vun deene mir VerfÜgung CpG Inselen studéiert features

miR-9-1
methylation

miR-9-3
methylation

miR-137
methylation

miR-34b
methylation

miR-200b
methylation

miR-375
methylation

miR-210
methylation

Positive pylori VerfÜgung Wonn. Figur S2. Figur S3. Figur S4. Figur S5. Figur S6. Table S1.

• Präsenz vun S100A9-positiv demagogesch Zellen zu Kriibs Stoffer deemolegt Weltbild mat engem fréie Etapp Kriibs an eng besser hätt an Patienten mat gastric Kriibs
• Huet Transmissioun vun Helicobacter pylori vu Mënschen eng Krankheet Epidemie an enger Kolonie vun Sträif-konfrontéiert Dunnarts (Sminthopsis macroura) Grond?