Déi ënnerschiddlech gastric Flesseggassystem proteome zu gastric Kriibs verréid enger Multi-uweist diagnostic profile

den ënnerscheed gastric Flesseggassystem proteome zu gastric Kriibs verréid enger Multi-uweist diagnostic Profil VerfÜgung méiglech VerfÜgung Background VerfÜgung Allgemeng Survival gastric Kriibs bleift aarmséileg haaptsächlech well et keng verléisslech Methode si fir héich curable fréi Etapp Krankheet z'identifizéieren. Multi-FAQ profiling vun gastric Flëssegkeeten, aus der anatomic Site vun wirklech kritt, hätt definitiven diagnostic proteomic Fangerofdréck. VerfÜgung Method VerfÜgung Protein Profiler vun gastric Flesseggassystem Echantillon vun 19 gastric Kriibs entsteet waren an der 36. benign gastritides Patienten Regionalarchivar amgaang, klinesch -indicated gastroscopy benotzt Uewerfläch-verstäerkte Laser Eispist /Eegeliichten Zäit-vun-Vol Mass spectrometry op multiple ProteinChip flamenden Ofgrond. Proteomic Fonctiounen sech duerch Bedeitung Analyse vun microarray sind an zwee-Manéier Hierarchie Käre Verglach. analysyis vun microarray, Eng zweet blinded Prouf Formatioun (24 gastric Cancers an 29 klinesch benign gastritides) fir Confirmatioun benotzt gouf. VerfÜgung Resultater Vun Bedeitung VerfÜgung 60 proteomic Fonctiounen huet an-reglementéiert an 46 goufen verwandelt-reglementéiert gastric Kriibs Echantillon (p VerfÜgung &Si besteet; 0.01). Multimarker Käre zougedréckt zwou ënnerschiddlech proteomic Profiler onofhängeg vun Alter an Herkunft. Uechtzéng vun 19 Kriibs Echantillon Strooss zesummen (Empfindlechkeet 95%) während 27/36 vun Net-Kriibs Echantillon vun enger zweeter Grupp Strooss. Néng Net-Kriibs Echantillonen, déi mat Kriibs Echantillon Strooss abegraff 5 Pre-malignant lesions (1 adenomatous polyp a 4 intestinal metaplasia). Publizéieren enger zweeter Prouf Formatioun benotzt huet d'Sensibilitéit an Spezifizitéit 88% an 93% ze gin, bzw.. Positiv predictive Wäert vun den Donnéeën ass 0,80. Ausgewielt peptide sequencing pepsinogen C identifizéiert an pepsin A Aktivéierung peptide wéi vill verwandelt-reglementéiert an alpha-defensin wéi vill weider-reegelen. VerfÜgung Conclusioun VerfÜgung Dëst einfacht an reproducible multimarker proteomic assay konnt Medeziner gastroscopic Evaluatioun vun bréngt Patienten Zousaz ze verbesseren diagnostic Genauegkeet fir gastric Kriibs an Pré-malignant lesions. VerfÜgung Background VerfÜgung Géigesaz zu anere gemeinsam Cancers, ass de Iwwregens hätt fir déi gastric Kriibs Patienten aarm an huet wéineg iwwer d'Vergaangenheet puer Joerzéngte verbessert. Fënnef-Joer Iwwerliewe Tariffer fir gastric Kriibs sinn däitlech méi niddreg wéi all gréisser Cancers ausser Cancers vun der Liewer, Bauchspaicheldrüs an esophagus [1]. Tatsaach, datt gastric Kriibs fréi Etapp huet eng vill besser hätt (5-Joer Iwwerliewe ongeféier 90%) wéi fortgeschratt gastric Kriibs (5-Joer Iwwerliewe 3-10%) [2, 3], global veruerteelt aus gastric Kriibs herrlech aktiv ze begleede vun Mesuren, déi an downstaging vun erhéijen an der Zäit vun der éischter Diagnos Resultat. VerfÜgung Obwuel gastroscopy der Gold Standard fir gastric Kriibs Diagnos ass, ass seng Richtegkeet net sou héich ass wéi et fir benign gastric Krankheeten wéi peptic ulcers, besonnesch an geographesch Regiounen ass vun héich ze Tëscherapport gastric Kriibs prevalence. De Prozentsaz vun duerchgebrach Kriibs Diagnos, gemellt wéi 4,6%, 14% an esouguer 33% [4-6], net gesäit ass. Och am Japan, war de falschen negativ bewäerten Untersuchungshaft 19% gin [7]. Dës Donnéeë sinn konsequent mat de positive predictive Wäert vun nëmmen 0,4 - 0,7 fir Bild Diagnos vun gastric Kriibs zu verschiddenen Zentren [8-10]. Obwuel de Prozentsaz vun duerchgebrach Diagnosen kleng schengt, déi absolut Zuel vu Patienten dementéiert de Virdeel vun Diagnos op engem curable Etapp net negligible ass. Och op engem modestly niddereg falsch positive diagnostic Taux vu 5%, méi wéi 47.000 gastric Cancers an eng niddreg prevalence Land eleng (USA) an engem eenzege Joer, 2000 [11] Goalkeeper hätt. Bild vum Bilan ëmfaasst dacks mucosal biopsies mä et gi keng Medeziner Standarden fir entweder déi optimal Zuel vun biopsies oder der anatomic Regiounen déi flächeméisseg soll. Eng allgemeng zitéiert Recommandatioun mannst siwen biopsies ze huelen richteg gastric Kriibs [12] zu depressiv. An dëser Etude awer voll 17% vun all lesions dono malignant gewise gin sech op endoscopy benign considéréiert. Sou, leiden Bild mucosal Ënnersichung vum inter-Observatoire Variant, suboptimal Korrelatioun mat histopathology, Schwieregkeet submucosal Cancers an unimpeded visualization vun all anatomic sub-Regiounen fonnt e.g. . No virdrun gastric Agrëff [13, 14] VerfÜgung Gastric Valoriséierung vun enger Mëschung vun secreted soluble an exfoliated bewosst Proteinen vum ganze gastric mucosa besteet - dorënner Regiounen datt net adequat vun fibreoptic gastroscopy zurzäit kann. Mir opgebauten dofir, datt d'proteomic Profil vun gastric Valoriséierung, meeschtens als Offall eleng duerch-Produit während gastroscopic Ënnersichung, usefully konventionell Medeziner Evaluatioun Zousaz kéint e "molekulare Fro, datt effektiv Echantillon de ganze gastric mucosa, virun allem well FAQ erkennen Techniken andeems esou wéi Mass spectrometry kann héich sensiblen ginn. Wann am Laf vun klinesch uginn gastroscopy gesuergt, heescht gastric Flesseggassystem Maîtrise net de invasiveness vun der Prozedur Erhéijung. Anescht wéi de Plasma proteome, ass de gastric Flesseggassystem proteome wahrscheinlech manner komplex gin mee am Krankheet-spezifesch biomarkers beräichert, gëtt direkt op der Krankheet Site generéiert. D'selwecht biomarkers, och present wann zu Plasma, kann iwwer d'Grenzen vun Detectioun an admixed mat anere méi räich systemesch Proteinen verdënntem gin dass concurrent pathophysiologic Conditiounen (zB Co-makaber Krankheeten) spigelen, anstatt anatomic Site-spezifesch Krankheet. VerfÜgung mir hunn déi profiling soluble secreted peptides präsent an endoscopically aspirated gastric Valoriséierung a Proteinen ofgebaut aus exfoliated epithelial Zellen e Roman Approche ze entwéckelen biomarkers fir gastric Kriibs propagéieren, och während endoscopy vun Uewerfläch-verstäerkte Laser Eispist-Eegeliichten Zäit-vun-Flich (SELDI erholl Ënnerportal) Mass spectrometry. Eis Resultater hindeit, datt verschidde FAQ biomarkers vun engem Organ-spezifesch Quell gastric Flesseggassystem dh, fir verbesseren der diagnostic Richtegkeet vun gastroscopy engem ënnerscheed gastric Kriibs Ënnerschrëft datt Notzen Weiderentwécklung als Outil erstallt an huet Potential fir fréi Etapp gastric Kriibs an Pré-malignant fonnt lesions (intestinal metaplasia an dysplasia). VerfÜgung Method VerfÜgung Séminairen Echantillon VerfÜgung Gastric Flëssegkeeten während gastroscopy um Singapore General Hospital gesinn vun Iwwernuechtung fasted Patiente kritt huet. D'Etude Protokoll war vun der Ethik Comité vun der Singapur General Hospital guttgeheescht. an conformed un d'Dispositiounen vun der Deklaratioun vun Helsinki 1995 Zeechen fir gastroscopy zougestanen Medeziner huet a sech onofhängeg vun der Etude. Éischter Analyse gouf op engem Training Set vun 19 Echantillon vun histologically bewisen gastric adenocarcinomas gesuergt (13 intestinal Typ, 4 diffusen Typ, 1 gemëscht Typ, 1 indeterminate) [15] an 36 Echantillon vun Patienten mat klinesch benign gastric Konditiounen. Déi heeschen Alter vun 19 gastric Kriibs Patienten (13 männlech, weiblech 6; 17 Chinese, 2 indesch) huet 68 Joer. Verdeelung vun American Gemeinsam Comité op Cancer (AJCC) Medeziner Stadium war Etapp 0 (1 Patient), Etapp ech (4 Patienten), Etapp II (2 Patiente), Etapp III (2 Patiente) a Etapp IV (10 Patienten). Déi heeschen Alter vun 36 Patiente mat benign gastric Konditiounen (19 männlech, weiblech 17; 33 Chinese, 2 Malaiesch, 1 indesch) huet 57 Joer. Séminairen Diagnosen der endoscopy vun Net-Kriibs Patienten normal goufen (9), antral gastritis (9), gastritis (6), oppent (4), hiatal hernia (3), hyperplastic polyps (2), Barrett d'esophagus (1), fundic Weih (1) a adenomatous polyp (1). d'Klassifikatioun sind vun der Formatioun Formatioun entwéckelt gouf duerch blinded Analyse vun Confirmatioun Formatioun getest VerfÜgung histologically bestätegt gastric adenocarcinomas vun anere 24 besteet (10 intestinal Typ, 7 diffusen Typ, 1 gemëscht Typ, 5 indeterminate, 1 neuroendocrine) an 29 klinesch benign gastric Echantillon. Déi heeschen Alter vun dësen 24 gastric Kriibs Patienten (18 Männercher, 6 Weibchen; 21 Chinese, 3 Malaiesch) huet 70 Joer. Verdeelung vun AJCC Medeziner Stadium war Etapp ech (5 Patienten), Etapp II (4 Patienten), Etapp III (2 Patiente) a Etapp IV (12 Patienten). Ee Patient an der Confirmatioun Formatioun Fro weider Enquête an net Dobäi ginn hätt. Déi heeschen Alter vun 29 Net-Kriibs Patienten (11 männlech, weiblech 18; 26 Chinese, 2 indesch, 1 Malaiesch) huet 47 Joer. Séminairen Diagnosen der gastroscopy vun Net-Kriibs Patienten goufen gastritis (14), fundic drüs polyps (2), Fouss gastric oppent (2), duodenitis (2), hiatal hernia (1) an normal (8). VerfÜgung Keen vun der gastric Kriibs Patienten hu bei der Zäit vun gastroscopy all Form vu Kriibs Behandlung kritt. VerfÜgung Training an Confirmatioun Fäll Alles zesummen, 19% (8/43) an 29% (19/65) vu Patienten mat gastric Kriibs an benign gastric Konditiounen, goufen respektiv, positiv fir H. pylori VerfÜgung, en Ënnerscheed datt duerch Fisher d'exakt Test (2-eesäitegen p VerfÜgung Wäert = 0.4508). VerfÜgung Sample Kollektioun an Veraarbechtung VerfÜgung Gastric Flesseggassystem net wichteg war, war aspirated an vun endoscopy eng steril Container um commencement, eng anonymiséiert Code an direkt Faarwe op Äis zougewisen. Blood- oder Bile-Kierchefënster Echantillon waren verworf. Nëmmen klinesch verdächteg mucosal lesions sech um Diskretioun vun der endoscopist biopsied. Gastric Flëssegkeeten sech bei 4 ° C um 180 g fir 6 Minutten centrifuged, aus deem de supernatant nees um 16 100 g fir 30 Minutte bei 4 ° C centrifuged war. Pellets aus béide centrifugations sech unzeschléissen. Déi héich-Vitesse supernatants sech getrennt vum Pellets bei -80 ° C. VerfÜgung Protein profiling VerfÜgung No thawing gespäichert, 10 μl vun all gastric Flesseggassystem Prouf fir verschidde chemesch Fläch vun ProteinChip flamenden Ofgrond applizéiert gouf (Ciphergen Biosystems INC, California USA,): (e) Koffer (II) Sommet Metal Affinitéit knipsen (IMAC3) an der Präsenz vun 100 μl vun 1 mol /L urea, 1 g /L 3 - [(3-cholamidopropyl) dimethylammonio] -1-propanesulfonate ( Haréi), 0.3 mol /L KCl, protease inhibitor Cocktail (Roche kinnt, Mannheim, Däitschland), 50 mol /L TrisHCl, pH 7.5; (B) Weak, dass Exchange (WCX2 an CM10) an der Präsenz vun 100 μl vun 50 mmol /L Natrium acetate, 1 g /L kennt glucopyranoside, protease inhibitor Cocktail, pH 5; (C) Strong Anion Exchange (SAX2) an der Präsenz vun 100 μl vun 50 mmol /L TrisHCl, 1 g /L Haréi, protease inhibitor Cocktail, pH 8; an (d) Hydrophobic Zesummespill (H50) an der Präsenz vun 100 μl vun 5 ml /L trifluoroacetic Seier. Nom Wäschen mat 100 μl vun der selwechter respektiven Baudeeler, war sinapinic Seier dobäi Eispist an Eegeliichten ze vereinfachen. D'Course huet sech duerch SELDI-Ënnerportal-MS (PBSII, Ciphergen Biosystems INC) analyséieren. Cancers an Kontrollen waren intermingled a soll op der selwechter Chip an op méi Course fueren Chip-ze-Chip Variant ze minimiséieren. VerfÜgung D'gastric Flesseggassystem Pellets zu 25 μl vun 6 mol /L guanidine thiocyanate resuspended goufen, 5 g /L kennt glucopyranoside, 0,1 mol /L Hepes pH 7, an 100-200 μl vun 9 mol /L urea, 2 g /L Haréi, 50 mmol /L TrisHCl, pH 7.5 vun der 4 ° C fir 45 Minutten vortexing. No centrifugation um 20 000 g fir 5 Minutten, 10 μl vun den Extrait war ëmschriwwen uewen ze ProteinChip flamenden Ofgrond applizéiert. A retentate Kaart VerfÜgung an déi generéiert gouf eenzelne Proteinen als separat Moundalpen nëmmen op der Basis vun hirer Mass ugewisen sech Verhältnis ze bezuelen . Date vun de proteomic Spektren sech duerch Ciphergen Express Data Manager Software mat Python- Gleis an zwee-Manéier Hierarchie Käre sind analyséiert. Bestëmmen Moundalpen mat Signal un Kaméidi nennen virun 3 waren déi total ioun aktuell normalized. mat der Bedeitung Analyse vun microarrays (SAM) Software vun Stanford University Proteomic Fonctiounen sech weider analyséiert. De Pak gouf entworf Problemer spezifesch ze microarray Donnéeën Analyse (Signal un Kaméidi Verhältnis Varianz anescht aus Gentherapie zu Gentherapie, grouss Zuel vun Eckdate vun enger klenger Zuel vu Echantillon) zu Adress mä mir hu se och zou ze proteomic Donnéeën Analyse ze ginn. Den Algorithmus vun der Software war vun Tusher et al VerfÜgung beschriwwen. [16]. An dowéinst definéiert et engem Tonne der famill Ënnerscheed fir Moossen d'Differenz tëscht zwou oder méi Gruppen vun Donnéeën am Plaz vun der p VerfÜgung Wäert genannt. Et ugestallten eng Variant vun der Method bootstrapping an ënnerdeelt ërem eng bestemmten Datesaz zoufälleg an zwou Gruppen (Spektren der proteomic Charakteristike vun dëser Etude wouvun) d'famill Ënnerscheed fir jiddereng vun den dohinner gehéiert ze berechnen. D'Zuel vun dohinner gehéiert ageriicht 1000 an dëser Etude ginn an d'Software berechnen 1000 relativ Ënnerscheed Wäerter fir all proteomic Fonktioun. Der relativer Differenz vun der besonnesch Glidderung interesséieren (relativ Ënnerscheed observéiert) war an der Moyenne eng relativ Ënnerscheed vun all dohinner gehéiert Verglach (erwaart relativ Ënnerscheed) vun all Fonktioun an der Fonktioun war Bastelen oder erof-reglementéiert gin scho no ob seng observéiert relativ Ënnerscheed war grouss oder kleng wéi erwaart relativ Differenz vun e puer loung. D'Software geschate eng falsch Entdeckung Tarif (och Lokalzäit definéiert [16]) fir all loung Wäert, datt eng indirekt Moyene vun der cutoff ze setzen. D'lues duerch dës Method identifizéiert sech statistesch relevant. Déi falsch Entdeckung Taux Formatioun war manner ze ginn wéi 0,05 an dëser Etude. VerfÜgung der lues duerch SAM, eng zweete Kéier vun 53 blinded Echantillon waren fir Hierarchie Käre fir d'Datesaz dobäi Kloeren ze validéieren mat der Ciphergen Express Data Manager Software. Iwwerdeems d'bekannt Echantillon vun SAM benotzt déi lues déieren sech an der Käre gutt erwaarden Leeschtunge, goufen d'blinded Echantillon wéi gutt ze Test abegraff d'lues zu onbekannt Echantillon generalize. D'Resultater vun de Käre sech einfach Verglach géint d'Identitéit vun den Echantillon a kee fortgeschratt Klassifikatioun Method oder all aner Software an der Confirmatioun benotzt gouf. VerfÜgung uweist Identifikatioun VerfÜgung Gastric Flesseggassystem Proteinen sech fractionated vun anion realiséiert chromatography (Q HyperD , Ciphergen Biosystems Galaxy), stepwise Ännerungen am pH fir elution benotzt. Proteinen an der 50 mmol /L TrisHCl, 1 g /L kennt glucopyranoside, pH 8 eluants waren sidd weider op e dass een Austausch vill (LWCX30) mat 50 mmol /L Natrium acetate, 1 g /L kennt glucopyranoside, pH 5 als bindend an wäschen gefiermt. No Zousätzlech vun alpha-cyano-4-hydroxycinnamic Seier Energie absorbéiere Molekülle (Ciphergen Biosystems Galaxy), déi erëmgewielt Proteinen vun PBSII an Q-Ënnerportal (Waters /Micromass) equipéiert mat enger ProteinChip Letzebuerger (Quelltext 1000, Ciphergen Biosystems INC) analyséiert goufen . Proteinen sech vun MS /MS véiermol an Identifikatioun Zeeche vun Datebank Sich gemaach huet mat Maskottchen (MATRIX Science Ltd., London, UK). VerfÜgung uweist Confirmatioun VerfÜgung Dat war am drëtte Set vun gastric Flesseggassystem Echantillon vun benign geholl gesuergt gastric an gastric Kriibs Patienten. All frësch war gesammelt Prouf Filteren staark Stëps ze protégéieren an d'FAQ Inhalt ze konzentréieren wéi follegt. phenylmethanesulfonyl fluoride zu enger definitiver Konzentratioun vun 0,2 mm, war d'Prouf bei 500 g fir 15 Minutten centrifuged a 4 ° C an der Schan. Protease inhibitors (Komplett Mini ™, Roche Obwuel Science, Indianapolis, BEI, USA) sech un d'vun Zenrifugalkraaft Membran filtration bei 2 900 g an 15 ° C (Amicon Ultra-4 Zenrifugalkraaft filter Apparat, 5 000 Nominalphrasen molekulare Gewiicht Limitéiert duerno supernatant dobäi; - 20% vun hiren ursprénglechen Volumen Millipore, Billerica, MA, USA), bis d'Prouf bis 10 reduzéiert huet. Total FAQ Konzentratioun war vun der 2-D Quant Kit (Amersham Biosciences, Pisctaway, NJ, USA) sech. Pepsinogen C an alpha-defensin 1-3 Konzentratioune sech duerch Aktivitéit-Hausnummeren sech immunoassay (Elisa) benotzt Uniforme vun Alpco kinnt (Salem, NH, USA) an Hycult Biotechnologie b.v. (Uden, Holland), bzw.. All Filteren Prouf war am zweete fir pepsinogen C an defensin Niveauen mat de Fournisseuren 'Ëmwelt- assayed. Echantillon fir pepsinogen C assay waren 120-fantastesch Pre-verdënntem. Konzentratioune vun pepsinogen C an alpha-defensin 1-3 sech duerch Referenz un hir jeeweileg Standard Kéiren a ausgedréckt als NG (pepsinogen C) oder PG (defensin) pro microgram vun insgesamt gastric Flesseggassystem FAQ ofgeleet. VerfÜgung Helicobacter pylori VerfÜgung D' Präsenz vum H. pylori VerfÜgung am Mo. Stoffer war vun visualization vu Spiralgalaxien microorganisms zu Histologie Rubriken an /oder duerch immunohistochemistry identifizéiert. Véier-Micron Otemschwieregkeeten Rubriken huet de-lackéiert an xylene an no falender hierer vun Ethanol. Antigen retrieval war vun Heizung an citrate Prellbock, pH 6.0. Der Primärschoul antibody géint H. pylori VerfÜgung (1:50 dilution; DAKO A /S, Glostrup, Dänemark) war duerch de Secondaire antibody Polymer Link (Stellt CHEM Mate, DAKO) duerno an visualized diaminobenzidine als chromogen benotzt VerfÜgung. Resultater VerfÜgung Abberzuel Bastelen oder erof-reegelen FAQ biomarkers zu gastric Kriibs sech zu gastric Flesseggassystem entdeckt. E Vertrieder proteomic Kaart vun gastric Flesseggassystem ass zu Well dës 1. Et ass eng ideal Vue vun enger Mass Spektrum gastric Flesseggassystem Proteinen selektiv gebonnen un Sommet Koffer (II) Metal ioun vun der molekulare Gewiicht Gamme vun 1500 Da bis 6000 Da weist. Grouss FAQ lues verwandelt-reegelen gastric Valoriséierung vun Kriibs gin fonnt (p VerfÜgung &Si besteet; 0.01) sinn duerch Feiler uginn. Figur 1 Expression Ënnerscheed Kaart vun gastric Valoriséierung op Koffer (II) Sommet Metal Affinitéit knipsen ProteinChip vill (IMAC3). Feiler weg FAQ biomarkers vill verschidden zu Ausdrock Niveau tëscht den zwou Gruppen vun Echantillon. VerfÜgung E Vertrieder proteomic Kaart vun gastric Flesseggassystem PELLET ofzebauen ass an Dorënner 2. Proteinen sech selektiv gebonnen un e dass een Austausch vill Surface gewisen. Grouss FAQ lues fonnt an gastric Kriibs Flesseggassystem PELLET (p VerfÜgung &Si besteet; 0.01) Bastelen oder erof-regulariséiert ginn duerch Feiler uginn. Figur 2 Expression Ënnerscheed Kaart vun gastric Flesseggassystem PELLET Extrait op, dass realiséiert ProteinChip vill (WCX2). Feiler weg FAQ biomarkers vill verschidden zu Ausdrock Niveau tëscht den zwou Gruppen vun Echantillon VerfÜgung Duerchschnëttlech CV. (Souguer gemaach vun Variant; entwéckele fir 10-15 grouss gastric Flesseggassystem Moundalpen pro Spektrum, n = 8) fir Sommet Koffer (II) ProteinChip vill (IMAC3) war 12.8%, fir dass een Austausch vill (WCX2) war 15%, fir anion realiséiert vill (SAX2) war 17,3%, a fir hydrophobic Interaktioun Chip (H50) war 13,6%. Dës CV Wäerter sinn am Linn mat reproducibility Beurteelung vun der SELDI Literatur [17, 18]. Vun SAM Analyse vun all proteomic Funktiounen (Gesamtzuel vun Fonctiounen 41 800, duerchschnëttlech Zuel pro retentate Kaart 314) zu gastric Valoriséierung a PELLET Extrait VerfÜgung , 46 proteomic Fonctiounen mein erof-reglementéiert gin an gastric Kriibs an 60 proteomic Fonctiounen huet vill weider-reglementéiert gastric Kriibs fonnt. (Donnéeën aus verschiddene Konditiounen, zB, Valoriséierung a PELLET souwéi verschidde Fläch, sech einfach aggregéiert zesumme wéi verschidde Funktiounen fir SAM. Lues duerch SAM zu souwuel PELLET an supernatant ufale gemellt waren manuell identifizéiert a representéiert just eemol an der Lëscht no se sech biologically bedeitendst) gehale. Signifikativ verwandelt-reegelen lues abegraff 1884, 2428, 2594, 2840, 4050, 11720, 13700 Da; vill weider-reegelen lues abegraff 1761, 1831, 3372, 3443, 3605, 5160, 6780 Da. (Déi meescht vun de wesentleche lues sech op WCX2 entdeckt an iMac-Koffer (II), déi SAX2 duerno). Baséiert op der 106 vill verschidden proteomic Funktiounen (Zousätzleche Fichier 1), zwee-Manéier Hierarchie Käre Analyse (two-Dimensiounen komplett linkage) war gesuergt. Déi meescht vun de gastric Kriibs Fäll waren zesummen op der Strooss eng ënnerschiddlech Grupp ze Form (Dorënner 3 an Weider Fichier 2). Haapt Komponent Analyse vun der selwechter Donnéeën verroden och datt Kriibs an benign Echantillon hätt och an zwou Gruppe getrennt gin, mat 2 falsch Negativer (representativ zweete Analyse vun de selwechte Fall) an 9 falsch positiv, bzw. (Dorënner 4). One gastric Kriibs Flesseggassystem Prouf (aus engem Fall vu Etapp ech schlecht ënnerscheet gastric adenocarcinoma) Strooss ënnert Net-Kriibs Echantillon; all déi aner 4 fréi Etapp (Etappen 0 an ech) Patienten korrekt mat Echantillon vun 14 Patiente mat Etapp II Strooss - IV gastric Kriibs, eng allgemeng diagnostic Empfindlechkeet vun 95% (18/19 gastric Kriibs Patienten) op den Training Formatioun Féierung. Figur 3 Expression Ënnerscheed Kaart vun gastric Valoriséierung a PELLET Extrait Proteinen vum Training Formatioun Echantillon op véier ProteinChip flamenden Ofgrond, gewisen an zwee-Manéier Hierarchie Käre. Grouss proteomic Fonctiounen vertikal ugewisen. D'Intensitéit vun der Grostufen Kuuscht Ofschloss vun relativer FAQ Niveau, méi oder manner wéi de Steiren Wäert. Patient Fäll sinn horizontal virgestallt; meeschte gastric Kriibs Patienten sinn zesummen rigoréis Strooss. Dës Figur weist den ieweschte quartile vun der voll Bild (weg Weider Fichier 2 fir d'Bild ze gesinn). 4 Principal Komponent Analyse Komplott vun proteomic Funktiounen vun Ausbildung Formatioun Echantillon VerfÜgung Dorënner. Eng eenzeg Fliger (vun der schwaarz Linn mat) trennt d'Echantillonen an zwou Gruppe mat 1 falsch negativ (am zweete Flecken gewisen) an 9 falsch positiv. VerfÜgung néng vun 36 Net-Kriibs Echantillon vun der Formatioun Set mat de Kriibs Echantillon Strooss (Spezifizitéit 75%). Vun deenen, déi 1 enger dysplastic adenomatous polyp - eng precancerous lesion [19]. Vun der aner 8 Patienten, déi 6 klinesch biopsies ausernee datt intestinal metaplasia zu 4 Patiente verroden (67%). Eight Net-Kriibs Patienten hir gastric Flesseggassystem FAQ Profiler am normal Grupp Strooss hat och klinesch mucosal biopsies ausernee datt nëmmen 2 Patiente an intestinal metaplasia zougedréckt (25%). Eng Widderhuelung vun 1000 hannereneen gastric fir all Indikatiounen standing biopsies huet eng allgemeng prevalence vun intestinal metaplasia an de Singapore General Hospital während der Etude Period vun 30%. Dëst Kontraster mat der prevalence vun op d'mannst 67% vun intestinal metaplasia ënnert klinesch benign Fäll hir proteomic Profiler méi enk mat gastric Kriibs Fäll Strooss wéi mat anere normals, konsequent mat intestinal metaplasia en Tëscherapport Staat an der Transitioun vun normal gastric epithelium zu gastric adenocarcinoma ginn . Korrekt Identifikatioun vun intestinal metaplasia vun endoscopy ass bekannt exakt ze ginn [20]. Sou, e gastric Kriibs-Typ proteomic Fangerofdrock ass méiglecherweis eng sensibel Luucht fir d'Präsenz vun dëser Pre-malignant lesion Patienten klinesch wéi se benign gastric Entwécklungsstéierungen diagnostizéiert. Gastric Kriibs Patienten am Training VerfÜgung Formatioun huet vill eeler (mengen Alter 67,7 Joer) wéi Patienten mat benign gastric Konditiounen (Alter 56.6) (p VerfÜgung = 0.0062) heeschen. Fir d'Méiglechkeet Adress datt FAQ Profiller ware Alter oder Herkunft dinn, mir Daten vun der Ziel vun Chinese Patienten iwwer 55 Joer al-du analyséiert. Dëse schéinen 1/17 Cancers misclassified (d'selwecht entholl datt misclassified war wou all 19 Cancers analyséiert goufen; Empfindlechkeet 94%) an 4/17 Kontrollen misclassified (de selwechten 4 Kontrollen dass ënnert den 9. misclassified benign Fäll goufen; Spezifizitéit 76,5%) . VerfÜgung getest Mir nächst der eigentlecher Leeschtung vun proteomic Profiler an Ënnerscheedung Kriibs aus benign Echantillon vun enger zweeter Serie vun 53 blinded gastric Valoriséierung a PELLET Extrait Echantillon (24 gastric Cancers an 29 benign gastric Entwécklungsstéierungen) (Zousätzleche Fichier 3). Twenty-eent vun 24 gastric Cancers richteg identifizéiert huet (Empfindlechkeet 88%) an 2 vun 29 benign Echantillon waren benodeelegen kléngen (Spezifizitéit 93%) (Dorënner 5). Figur 5 Expression Ënnerscheed Kaart vun gastric Valoriséierung a PELLET Extrait Proteinen vun Confirmatioun Formatioun Echantillon op véier ProteinChip flamenden Ofgrond, gewisen an zwee-Manéier Hierarchie Käre. Grouss proteomic Fonctiounen horizontal ugewisen. D'Intensitéit vun de rouden oder gréngen Faarwen Kuuscht Ofschloss vun relativer FAQ Niveau, méi oder manner wéi de Steiren Wäert. Patient Fäll sinn vertikal virgestallt; meeschte gastric Kriibs Patienten zesummen rigoréis op der Strooss sinn. VerfÜgung proteomic lues Ausgewielten (baséiert op Bedeitung vun SAM alles stoung) waren semi-stilvoller op ProteinChip flamenden Ofgrond an direkt op Flécken vun Kollisioun-entschlof dissociation sequencing (Dorënner 6) identifizéiert. E puer vun de groussen Ugrëff-reegelen lues zu Kriibs Patienten am Sauerdall dës 1 an 2, 1881,9 Da, 2041,0 Da, 2188,1 Da an 2387,3 Da, sech identifizéiert pepsinogen C gin an enger Aktivéierung peptide Fragmenter (Table 1) pepsin. Déi weider-reegelen Triplett lues zu Kriibs Patienten am Sauerdall dës 2, 7 an Weider Fichier 4 waren identifizéiert alpha defensin-1,2,3 gin. Intensitéit luucht Diagrammer weisen héich Differenze vun der heeschen intensities vun defensin an pepsin ofgesprengt tëscht benign Kontroll an gastric Kriibs Flesseggassystem Echantillon (p VerfÜgung = 0,003 an 0,00002, bzw.) (Dorënner 8). Benotzt Elisa spezifesch fir pepsinogen C, bestätegt mir vill manner Konzentratioune vun gastric Kriibs Flëssegkeeten (11.9 ± 0,1 Dummeldéng /μg total FAQ; mengen ± Sem n = 6.) am Verglach zu benign Echantillon (21.5 ± 1,4 Dummeldéng /μg total FAQ n =. 23) an eng drëtt Beispill Formatioun (p VerfÜgung = 0,0126; Student d'unpaired zwee-tailed t VerfÜgung Test). Elisa standing op der selwechter Prouf Formatioun fir defensin Niveauen zougedréckt héich Konzentratioune vun gastric Kriibs Echantillon (63.4 ± 9,2 PG /μg total FAQ; mengen ± Sem n = 6) wéi zu benign Echantillon (46.2 PG /μg total FAQ; mengen ± Sem n = 23) ((p VerfÜgung = 0,0654; Student d't VerfÜgung Test) .Table 1 Peptide Message vun MS //MS identifizéiert VerfÜgung Peptide m /Z
liichtkraaftarm
Protein Match
Mowse † stoung
Mowse mat däitlech homology stoung
2386,29 VerfÜgung FLKKHNLNPARKYFPQWKA
Pepsin A 35 VerfÜgung Aktivéierung peptide VerfÜgung > 28 VerfÜgung 2187,12 VerfÜgung FLKKHNLNPARKYFPQW VerfÜgung Pepsin A 18 VerfÜgung Aktivéierung peptide VerfÜgung > 26 VerfÜgung 2040,03 VerfÜgung LKKHNLNPARKYFPQW
Pepsin A 28 VerfÜgung Aktivéierung peptide VerfÜgung > 26 VerfÜgung 1775,95 VerfÜgung FLKKHNLNPARKYF VerfÜgung Pepsin A 47 VerfÜgung Aktivéierung peptide VerfÜgung > 26 VerfÜgung 1628,84 VerfÜgung LKKHNLNPARKYF
Pepsin A 40 VerfÜgung Aktivéierung peptide VerfÜgung > 28 VerfÜgung 1880,92 VerfÜgung LRTHKYDPAWKYRF VerfÜgung Pepsinogen C Aktivéierung peptide VerfÜgung 31 VerfÜgung > 22 VerfÜgung † Mowse stoung = -10Log ( P), wou P = Wahrscheinlechkeet, datt de Match e zoufälleg Event ass (P VerfÜgung &Si besteet; 0,05) m /Z VerfÜgung, Mass /VerfÜgung Dorënner 6 High-Resolutioun Mass Spektrum vun fractionated gastric Flesseggassystem Proteinen op LWCX30 ProteinChip weder op engem mat engem PCI1000 Interface equipéiert QTOF kritt Vitesse. Statue Moundalpen sech zu véiermol Analyse vun Kollisioun-entschlof dissociation MS /MS ënnerworf. VerfÜgung 7 High-Resolutioun Mass Spektrum vun gastric Flesseggassystem Proteinen op H50 ProteinChip weder op engem mat engem PCI1000 Interface equipéiert QTOF kritt Dorënner. Dës Figur weist de weider-reegelen Triplett lues zu gastric Kriibs. kuckt weg Weider Fichier 4 fir d'Bild. VerfÜgung Dorënner 8 luucht Diagrammen Intensitéit Wäerter vun defensin an pepsin ofgesprengt an gastric Flesseggassystem Echantillon vun benign Kontroll an gastric Kriibs Patienten aus der Formatioun setzen. VerfÜgung Diskussioun VerfÜgung Eis Daten hindeit, datt d'Spektralklass Profil vun unfractionated gastric Flesseggassystem eng nëtzlech Zousaz fir Kriibs Diagnos an erkennen fréi Etapp Krankheet ginn hätt, wéi mat de Medeziner gastroscopy kombinéiert. Jéngster Versich bei FAQ biomarkers fir gastric Kriibs Erkenntnesser hunn propagéieren serum [21-29] an Otemschwieregkeeten [24, 30-37], an hu méi Mass spectrometry benotzt. Eeler Rapporte vun serological assays vun eenzelne bekannt entholl lues e.g. CEA, CA 19-9, CA 72-4, CA242 an Tag-72, hu generell héich Empfindlechkeet (&Si besteet; 50%) [38-41]. Ausserdeem, ass et substantiell Kräiz-komm, vun deenen entholl lues an Net-gastric Cancers e.g. opgewuess CEA an MG7-mo Niveaue gi vun colorectal Kriibs, cholangiocarcinoma, pancreatic carcinoma gemeinsam, an och an gesond Kontrollen [40, 23]. Net verwonnerlech, sou serum entholl lues hu keng etabléiert Roll an gastric Kriibs Diagnos a Kontroll, obwuel si déngen kann als prognostic Indicateuren a fréi lues vun onbekannt Krankheet folgenden gastrectomy [39, 41, 42]. VerfÜgung Mir kucke proteomic Profiler ze iwwerpréifen vun gastric Flesseggassystem fir Krankheet biomarkers well et war wahrscheinlech dass gastric FAQ secretion zu malignant an Pré-malignant Staaten, zesummen mat der méiglech Präsenz vun exfoliated Kriibs Zellen Kopfhörer, ënnerscheed proteomic Profiler erstallt konnt. Wéi an der Recherche fir serum biomarkers, hu verschidden Gruppen der diagnostic Déngscht vun bekannt entholl lues zu gastric Jus propagéieren. Weder CEA nach CA 19-9 komm an gastric Flesseggassystem huet diagnostic Genauegkeet bewisen [43-46]. Alpha-1 antitrypsin zu gastric Jus huet viru kuerzem als gastric Kriibs uweist gemellt ginn [47, 48]. VerfÜgung Eis Approche eng sensibel Method fir gastric Kriibs Diagnos vum fréiere Studien zu dräi Manéieren ënnerscheet ze entwéckelen. Éischt, kucke mir e biologesche Prouf datt Uergel-spezifesch war (i.e. endoscopically aspirated gastric Flesseggassystem) anstatt systemesch (i.e. serum), dofir wier dass d'molekulare Fonctiounen méi wahrscheinlech Krankheet-spezifesch wier. Zweet, aktivéiert Mass spectrometry eis eng unbiased Entdeckung-baséiert Approche ze huelen. Drëtt, eisen Daten entsteet Profiler vu multiple proteomic lues dass ëmmer méi eleng si wéi héich Empfindlechkeet a Spezifizitéit mussen wéi eenzel entholl lues [49, 50]. Fir gastric Kriibs, kombinéiert och 2 oder 3 entholl lues erreecht besser diagnostic Genauegkeet Verglach zu engem eenzege Bewaacher gehalen [38, 40]. VerfÜgung Protein Fangerofdréck vun gastric Valoriséierung vun gastric Kriibs Patienten zougedréckt a Ganzen 106 proteomic Fonctiounen, datt vill weider waren - oder erof-reegelen (Zousätzleche Fichieren 1 an 3). Zwee dichteg lues sech fir Identifikatioun vun MS /MS ausgewielt. Pepsinogen A an pepsinogen C Aktivéierung peptides sech verwandelt-reglementéiert gastric Flëssegkeeten aus Mamm mat histologically bestätegt adenocarcinomas geläscht. Eng Etude vun cryostat Rubriken vun gastric Kriibs huet confirméiert och däitlech erof-Regulatioun vun pepsinogen C, identifizéiert vun MS /MS, an entholl Otemschwieregkeeten [51].

• Genetesch lineages vun Strenz-Typ gastric vun unsupervised Käre vu Frankräich DNA microarray Donnéeën analyséiert carcinomas
• Mir-146a rs2910164 G /C polymorphism an gastric Kriibs waat: eng meta-analysis