A jellegzetes a gyomornedv proteomot gyomorrákban mutat több biomarker diagnosztikai profilját

A jellegzetes a gyomornedv proteomot gyomorrákban mutat több biomarker diagnosztikai profil katalógusa Abstract Background katalógusa katalógusa Összességében gyomorrák fennmaradása szegény főleg azért, mert nincsenek megbízható azonosítására szolgáló módszerek nagyon gyógyítható korai stádiumú. Multi-protein profilalkotás gyomornedvek, nyert anatómiai patológia, fedhet diagnosztikai proteomikai ujjlenyomatok. Katalógusa módszerek katalógusa Protein profilt hoztunk létre a gyomornedv mintákat 19 gyomorrák és 36 benignus gastritides átesett betegnél klinikailag -indicated gasztroszkópia felületi lézer deszorpciós /ionizációs repülési tömegspektrometria több ProteinChip tömbök. Proteomikai jellemzői hasonlítottuk össze jelentősége elemzése microarray algoritmus és kétirányú hierarchikus klaszterezés. A második vak minta szett (24 gyomorrák és 29 klinikailag benignus gastritides) használtunk érvényesítésre. Katalógusa Eredmények
Az jelentősége analysyis microarray, 60 proteomikai jellemzői voltak akár szabályozott, és 46 volt lefelé szabályozni a gyomorrák mintákban (p
< 0,01). Multimarker csoportosítás szerint kétféle jellegzetes proteomikai profilok független az életkortól és etnikai hovatartozástól. Tizennyolc 19 rákos minták egy csoportban (érzékenység 95%), míg a 27/36 nem-rákos minták fürtözött egy második csoportban. Kilenc, nem daganatos mintákban fürtözött daganatos minták 5 pre-malignus elváltozások (1 adenomatosus polip és 4 intestinalis metaplasia). Érvényesítés egy második mintát készletet mutatta a érzékenység és specificitás, hogy 88% és 93% volt. Pozitív prediktív értéke a kombinált adatok 0,80. Válogatott peptid szekvenálás azonosított pepszinogén C és pepszin A aktivációs peptid jelentősen lefelé szabályozni és alfa-Defensin, amely jelentős serkentő szabályozás. Katalógusa Következtetés katalógusa Ez az egyszerű és reprodukálható multimarker proteomikai vizsgálat kiegészítheti klinikai gasztroszkopikus értékelése A betegek fokozása diagnosztikai pontosság gyomorrák és a pre-malignus elváltozások. katalógusa Háttér katalógusa eltérően más közös rák, a prognózis a legtöbb gyomorrák betegek rossz, és javult kicsit az elmúlt néhány évtizedben. Ötéves túlélési aránya gyomorrák sokkal kisebb, mint az összes nagy rákok kivételével rák a máj, a hasnyálmirigy és a nyelőcső [1]. Tekintettel arra, hogy a korai szakaszban gyomorrák sokkal jobb prognózist jelent (5 éves túlélés 90% körüli), mint az előrehaladott gyomorrák (5 éves túlélés 3-10%) [2, 3], a globális halálozási arány gyomorrák kellene csökkenteni jelentősen intézkedéseket, amelyek eredményeként a downstaging tumorok idején az első diagnózis.
Bár gasztroszkópia az arany standard gyomorrák diagnózis, a pontosság nem olyan magas, mint akkor a jóindulatú gyomorfekély betegségek, például gyomorfekély, különösen a földrajzi régiókban az alacsony és közepes gyomorrák előfordulása. A százalékos kimaradt rák diagnózisa, jelentett 4,6%, 14% és akár 33% [4-6], nem jelentéktelen. Még Japánban, a fals negatív arány jelentették, hogy 19% [7]. Ezek az adatok összhangban vannak a pozitív prediktív értéke mindössze 0,4-0,7 endoszkópos diagnosztika gyomorrák a különböző központok [8-10]. Bár az arány a nem fogadott diagnózisok kisebbnek tűnik, abszolút betegek száma tagadta javára diagnosztizálják gyógyítható stádiumban nem elhanyagolható. Még egy szerény kis hamis pozitív diagnosztikus arány 5%, több mint 47.000 gyomorrák nem tett volna egy alacsony előfordulási ország önmagában (USA) egy év alatt, 2000-ben [11]. Az endoszkópos vizsgálat gyakran magában foglalja a nyálkahártya biopsziát, de nincsenek klinikai előírásokra sem az optimális számát biopszia vagy az anatómiai régiók mintát kell venni. Egy gyakran idézett ajánlás az, hogy legalább hét biopszia, hogy pontosan diagnosztizálni gyomorrák [12]. Ebben a vizsgálatban azonban teljes mértékben 17% -a az összes lézió később kimutatták, hogy rosszindulatú tekintették jóindulatú on endoszkópia. Így endoszkópos nyálkahártya vizsgálata szenved inter-observer variáció, a nem optimális összefüggést kórszövettani, nehezen felderítésében submucosalis rákok és akadálytalan megjelenítés minden anatómiai kistérségek például miután az előző gyomor műtét [13, 14].
gyomorfolyadékban keverékéből áll szekretált oldható és rétegesen celluláris fehérjék a teljes gyomor nyálkahártya - ideértve a régiókat, hogy nem lehet megfelelően értékelni száloptikás gasztroszkópia. Ezért indokolt, hogy a proteomikai profilját gyomornedv, általában tekinteni, mint a hulladék melléktermékként alatt gasztroszkopikus vizsgálat hasznos kiegészítője lehet a hagyományos klinikai értékelés biztosításával "molekuláris biopszia", ​​hogy hatékonyan minta az egész gyomor nyálkahártya, különösen a fehérje kimutatási technikák, például tömegspektrometria is nagyon érzékeny. Ha végzett során klinikailag javallt gasztroszkópia, megszerzése a gyomornedv nem növeli az invazív eljárás. Ellentétben a plazma proteom, a gyomorfolyadékban proteomot valószínűleg kevésbé összetett, de dúsított betegség-specifikus biomarkerek, keltett közvetlenül a betegség helyén. Ugyanez biomarkerek, akkor is, ha jelen van a plazmában, hígíthatjuk túl a kimutatási határa, és összekeverjük a többi sokkal nagyobb szisztémás fehérjék, amelyek tükrözik egyidejű kórélettani körülmények között (pl komorbid betegségek), nem pedig az anatómiai hely-specifikus betegség. Katalógusa megvizsgáltuk egy újszerű megközelítés kidolgozása biomarkerek gyomorrák profilozásával oldható szekretált peptid jelen endoszkóposan szívó gyomornedvben és fehérjék kivont rétegesen hámsejtek is vissza endoszkópia során a felületi lézer deszorpciós ionizációs time-of-flight (SELDI TOF) tömegspektrometria. Eredményeink arra utalnak, hogy több fehérje biomarkerek egy szerv-specifikus forrás, azaz a gyomornedv, létrehoz egy egyedi gyomorrák aláírást érdemi továbbfejlesztését, mint egy eszköz javítása diagnosztikai pontosságát gasztroszkópia és potenciális kimutatására korai szakaszában gyomorrák és a pre-malignus elváltozások (intestinalis metaplasia és dysplasia). katalógusa módszerek
Klinikai minták
gyomornedvek kaptuk során gasztroszkópia egynapos éheztetett betegek látható a Singapore General Hospital. A vizsgálati protokollt jóváhagyta az etikai bizottság a Szingapúr Általános Kórház. és megfelelnek a szigorú rendelkezések a Helsinki Nyilatkozat 1995 javallatok gasztroszkópia kizárólag csak klinikai és függetlenek voltak a tanulmány. Kezdeti analízist végeztünk egy képzési készlet 19 minták szövettanilag bizonyított gyomor adenocarcinoma (13 intesztinális típus, 4 diffúz típusú, 1 vegyes típusú, 1 határozatlan) [15] és a 36. minták klinikailag jóindulatú gyomorfekély körülmények között. Az átlagéletkor 19 gyomorrákos betegek (13 férfi, 6 nő, 17 kínai, 2 indiai) 68 év volt. Megoszlás American Joint Committee on Cancer (AJCC) klinikai stádiumban volt szakasz 0 (1 beteg), az I. szakaszban (4 beteg), színpad II (2 beteg), színpadi III (2 beteg) szakaszban levő (10 beteg). Az átlagéletkor 36 benignus gyomor- feltételeknek (19 férfi, 17 női, 33, kínai, maláj 2, 1 indián) volt 57 éven át. Klinikai diagnózis után endoszkópia nem daganatos betegek normális (9), antrális gastritis (9), gastritis (6), fekély (4), hiatus hernia (3), hyperplasticus polipok (2), Barrett-nyelőcső (1), fundus heg (1) és adenomatózus polip (1).
a besorolás kifejlesztett algoritmus a tanító úgy teszteltük, hogy vak elemzés érvényesítési szett tartalma egy 24 szövettanilag igazolt gyomor adenocarcinoma (10 intesztinális típusú, 7 diffúz típusú, 1 vegyes típusú, 5 határozatlan, 1 neuroendokrin) és 29 klinikailag benignus gyomorfekély mintákat. A betegek átlagos életkora 24 gyomorrákos betegek (18 férfi, 6 nő; 21 kínai, 3 maláj) volt 70 éves. Megoszlás AJCC klinikai stádiumban volt I. stádiumú (5 beteg), színpad II (4 beteg), színpadi III (2 beteg) szakaszban levő (12 beteg). Egy beteg a validációs halmaz tovább csökkent vizsgálat, és nem lehetett színpadra. Az átlagéletkor 29 nem rákos betegnél (11 férfi, 18 nő, 26 kínai, 2 indiai, 1 maláj) volt 47 éven át. Klinikai diagnózis után gasztroszkópia nem daganatos betegek gastritis (14), fundus mirigy polipok (2), akut gyomorfekély (2), duodenitis (2), hiatus hernia (1) és normál (8). Katalógusa Egyik a gyomorrákos betegek kaptak semmilyen formában rák kezelésére idején gyomortükrözés.
Figyelembe képzési és érvényesítési esetben együtt, 19% (8/43) és 29% (19/65) betegek gyomorrák és jóindulatú gyomorfekély feltételeket, illetve volt pozitív H. pylori katalógusa, a különbség, hogy nem volt jelentős a Fisher-féle teszt (2-oldalas p katalógusa value = 0,4508). katalógusa mintavétel és feldolgozás katalógusa Gyomor- folyadékot szívó steril edénybe megkezdésekor endoszkópia, rendelni anonim kódot, és azonnal jégre tesszük. Vér- vagy epe-festett mintákat elutasították. Csak klinikailag gyanús nyálkahártya elváltozásokat biopsziás belátása szerint az endoszkópos. Gyomornedvekben centrifugáltuk 180 g-6 percen át 4 ° C-on, amelyből a felülúszót újra centrifugáltuk 16 100 g-vel 30 percig 4 ° C-on. Pellet mindkét centrifugálás egyesítjük. A nagy sebességű felülúszót elkülönítve tárolják a pelleteket -80 ° C-on.
Protein profilozás
Felengedés után 10 ul egyes gyomornedv mintát felvisszük különböző kémiai felületei ProteinChip tömbök (Ciphergen Biosystems Inc., California , USA): (a) réz (II) Rögzített fém affinitás Capture (IMAC3) jelenlétében 100 ul 1 mol /l urea, 1 g /l 3 - [(3-kolamido-propil) -dimetil-ammónio] -1-propán-szulfonát ( CHAPS), 0,3 mol /l kálium-kloridot, proteáz inhibitor koktél (Roche Diagnostics, Mannheim, Németország), 50 mol /liter TrisHCl, pH = 7,5; (B) gyenge kationcserélő (WCX2 és CM10) jelenlétében 100 ul 50 mmol /l nátrium-acetát, 1 g /l-oktil-glükopiranozid, proteáz inhibitor koktél, pH = 5; (C) Erős anioncserélő (SAX2) jelenlétében 100 ul 50 mmol /l TrisHCl, 1 g /l CHAPS, proteáz inhibitor koktél, pH = 8; és (d) hidrofób kölcsönhatáson (H50) jelenlétében 100 ul 5 ml /l trifluor-ecetsav. Mosás után 100 ul azonos, adott puffereket, szinapinsav-ecetsavat adunk hozzá, hogy megkönnyítsék deszorpciós és ionizációs. A chipek analizáltuk SELDI-TOF-MS (PBSII, Ciphergen Biosystems Inc.). Rák és a kontrollokat keveredtek és párhuzamosan futnak ugyanazon a chip és a több chipek minimalizálása chip-to-chip variáció.
A gyomorfolyadékban üledéket 25 ul 6 mol /l guanidin-tiocianát, 5 g /l-oktil- glükopiranozid, 0,1 mol /l Hepes, pH = 7, és 100-200 ul 9 mol /l urea, 2 g /l CHAPS, 50 mmol /l TrisHCl, pH = 7,5 örvénykeverővel 45 percen át 4 ° C-on. Centrifugálás után 20 000 g-vel 5 percig, 10 ul az extraktumot alkalmazott ProteinChip tömböket a fent leírt módon.
Retentát térkép keletkezett, amelyben az egyedi fehérjéket jelenik különálló csúcsok alapján a tömegük a-töltéshez arányt . Az adatok a proteomikai spektrumok elemeztük Ciphergen Express Data Manager Software Pattern pálya és kétirányú hierarchikus klaszterezést algoritmus. Igazodik csúcsok jel-zaj arány meghaladja a 3 normalizáltuk összes ionáramot. Proteomikai funkciók tovább elemeztük a jelentőségét elemzése microarray (SAM) szoftver a Stanford Egyetemen. A csomag célja az volt, hogy problémák kezelésére sajátos microarray adatok elemzése (jel-zaj arány szórás eltér gén-gén, nagyszámú adatpont egy kis számú minta), de azt tapasztaltuk, hogy az eljárás alkalmazható a proteomikai adatok elemzése is. Az algoritmus a szoftver által leírt Tusher munkatársai katalógusa. [16]. Röviden ez meghatározta a metrikus úgynevezett relatív különbség mérésére a különbség a két vagy több csoport adatok helyett a p katalógusa érték. Ez alkalmazott egy változata a bootstrap módszer, és többször osztott egy adott adatállomány (spektrumokat tartalmazó proteomikus jellemzői ebben a vizsgálatban) véletlenszerűen két csoportra kiszámításához relatív különbség az egyes permutációk. Permutációinak számát állították, hogy 1000 ebben a vizsgálatban, és a szoftver számított 1000 relatív különbség értékeket az egyes proteomikus funkciót. A relatív különbség az adott csoportosulás érdeklődés (megfigyelt relatív különbség) összehasonlították az átlagos relatív különbség az összes permutáció (várható relatív különbség) minden funkció és a funkció ítélték meg, felfelé vagy lefelé szabályozni annak megfelelően, hogy a megfigyelt relatív különbség kisebb vagy nagyobb, mint a várható relatív különbség a bizonyos küszöb. A szoftver becsült egy téves elfogadási arány (ugyancsak meghatározott referencia [16]) az egyes küszöbérték nyújtott közvetett eszközt beállítani a cutoff. A markerek által azonosított ez a módszer volt statisztikailag szignifikáns. A téves elfogadási arány volt beállítva, hogy kevesebb, mint 0,05 ebben a vizsgálatban.
Érvényesítéséhez markerek által azonosított SAM, a második tétel 53 vak mintát adunk az adathalmaz hierarchikus klaszterezés segítségével Ciphergen Express Data Manager szoftvert. Míg az ismert minták által használt SAM válassza ki a markerek várhatóan jól teljesítenek a klaszterezést, a vak mintákat tartalmaz, így összehasonlíthatja a markerek általánosítható ismeretlen minták. Az eredmények a csoportosítás egyszerűen összehasonlítják a valódi személyazonosságát a minták és a nem haladó besorolási módszer vagy bármely más szoftvert jóváhagyásához használt. Katalógusa biomarker azonosítása katalógusa a gyomornedv fehérjét frakcionáltuk anioncserés kromatográfia (Q HyperD , Ciphergen Biosystems Inc.) alkalmazásával lépésenkénti pH változásokat az elúciós. Fehérjék a 50 mmol /l TrisHCl, 1 g /l-oktil-glükopiranozid, pH = 8 eluensek tovább tisztítjuk kationcserélő array (LWCX30) alkalmazásával 50 mmol /l nátrium-acetát, 1 g /l-oktil-glükopiranozid, pH = 5 mint kötődés és mosópufferrel. Hozzáadása után az alfa-ciano-4-hidroxi-fahéjsav energiaelnyelő molekulák (Ciphergen Biosystems Inc.), a visszatartott proteineket analizáltuk PBSII és a Q-TOF (Waters /Micromass) ellátott ProteinChip interfész (PCI 1000 Ciphergen Biosystems Inc.) . A fehérjéket jellemezte MS /MS fragmentáció és azonosítását végeztük adatbázisban végzett keresés Mascot (Matrix Science Ltd., London, Egyesült Királyság). Katalógusa biomarker validálás
végeztünk egy harmadik gyomornedv vett minták jóindulatú a gyomor- és gyomor rákos betegeknél. Minden frissen gyűjtött minta feldolgozása eltávolítására szilárd törmeléket és koncentrálni a fehérjetartalmat az alábbiak szerint. Hozzáadása után fenil-metánszulfonil-fluorid, hogy a végső koncentráció 0,2 mM, a mintát centrifugáljuk 15 percen át 500 g, és 4 ° C-on. Proteáz-inhibitorok (Complete Mini ™, Roche Applied Science, Indianapolis, IN, USA) adunk a felülúszóhoz, majd centrifugális membránszűréssel 2 900 g, és 15 ° C-on (Amicon Ultra-4 centrifugális szűrő eszköz, 5 000 névleges molekulatömeg határ; Millipore, Billerica, MA, USA), amíg a mintát csökkentett, 10 - 20% -a az eredeti térfogatot. Teljes proteinkoncentráció határoztuk meg a 2-D Quant Kit (Amersham Biosciences, Pisctaway, NJ, USA). Pepszinogén C és az alfa-defenzin 1-3 koncentráció meghatározása enzimkapcsolt immunvizsgálat (ELISA) használatával készletek a Alpco Diagnostics (Salem, NH, USA), és HyCult biotechnology B.V. (Uden, Hollandia), ill. Mindegyik feldolgozott mintát vizsgáltuk két párhuzamos pepszinogén C és defenzin szintek segítségével a szállítók protokollokat. Minták a pepszinogén C vizsgálati eljárásban előzetesen hígított 120-szeres. Koncentrációban pepszinogén C és alfa-Defensin 1-3 származnak hivatkozva saját standard görbék kifejezett ng (pepszinogén C) vagy pg (defenzin) per mikrogramm össz a gyomornedv fehérjét. Katalógusa Helicobacter pylori
H. pylori jelenlétének
gyomor szövetekben azonosított vizualizációs spirál mikroorganizmusok szövettani metszetek és /vagy immunhisztokémiával. Négy mikron szöveti metszeteket de-viaszolt xilolban és a csökkenő minőségű etanolban. Antigén-visszanyerés volt melegítéssel citrát pufferben, pH 6,0. Az elsődleges antitest H. pylori ellen katalógusa (1:50 hígítás; DAKO A /S, Glostrup, Dánia) követte a szekunder antitesttel polimer Link (Envision Chem Mate, DAKO), és láthatóvá használva diaminobenzidin mint kromogén.
Eredmények
Több felfelé vagy lefelé szabályozni fehérje biomarkerek gyomorrák-ben fedezték fel a gyomornedv. Egy reprezentatív proteomikai térképét gyomor folyadék az 1. ábrán látható Ez egy gél képe tömegspektrum mutatja gyomorfolyadékban fehérjék szelektíven kötődik az immobilizált réz (II) fém-ion, a molekulatömeg-tartománya 1500 Da 6000 Da. Jelentős fehérje markerek találtuk, hogy le-szabályozott rák gyomornedv (p
< 0,01) nyilak jelzik. Ábra 1-expresszió különbség térképet gyomornedvben a réz (II) immobilizált fém-affinitás befogás ProteinChip array (IMAC3). Nyilak jelzik fehérje biomarkerek jelentősen eltérő expressziós szint a két csoport között a minták.
Egy reprezentatív proteomikai térképet gyomornedvben pelletet kivonatot a 2. ábrán látható A fehérjéket szelektíven kötődik a kationcserélő array felületre. Jelentős fehérje markerek találták, hogy felfelé vagy lefelé szabályozni gyomorrák folyadék pelletet (p
< 0,01) nyilak jelzik. 2. ábra Expression különbség térkép gyomornedv pellet kivonat kationcserélő ProteinChip array (WCX2). Nyilak jelzik fehérje biomarkerek jelentősen eltérő expressziós szint a két csoport között a minták.
Átlagos CV (variációs együttható; kumulatív 10-15 nagyobb gyomorfolyadékban csúcsok per spektrum, n = 8) az immobilizált réz (II) ProteinChip tömb (IMAC3) 12,8%, kationcserélő array (WCX2) 15% volt, az ioncserélő array (SAX2) 17,3%, a hidrofób kölcsönhatás chip (H50) 13,6% volt. Ezek CV értékek összhangban vannak a reprodukálhatóság értékelést a SELDI irodalomban [17, 18].
Az SAM elemzést az összes proteomikai jellemzői (összesen számos funkció 41 800, átlagos száma visszatartott térkép 314) gyomornedvben és pellet kivonat , 46 proteomikai jellemzői voltak szignifikánsan down-szabályozott gyomorrák és 60 proteomikai jellemzői szignifikánsan felülszabályozott a gyomorrák. (Az adatok a különböző körülmények között, például folyékony és pellet, valamint a különböző felületeken, egyszerűen aggregált együtt különböző funkciók SAM. Markers által jelentett SAM mind pellet és felülúszó frakciókat kézzel meghatározott és képviselt csak egyszer szerepel a listában, miután ők voltak minősül biológiailag szignifikáns). Jelentősen lefelé szabályozni filctollal 1884, 2428, 2594, 2840, 4050, 11720, 13700 Da; jelentősen felfelé szabályozott filctollal 1761, 1831, 3372, 3443, 3605, 5160, 6780 Da. (A legtöbb jelentős markerek fedeztek fel WCX2 és IMAC-réz (II), majd a SAX2). Ennek alapján a 106 jelentősen eltérő proteomikus jellemzői (Plusz fájl 1), két-utas hierarchikus klaszterezést analízis (kétdimenziós teljes kötés) végeztünk. A legtöbb gyomorrák esetek csoportosulnak együtt alkotnak egy jellegzetes csoport (3. ábra és a további fájl 2). Főkomponens analízis ugyanazt az adatot is kiderült, hogy rákos és jóindulatú mintát lehet jól szét két csoportra 2 hamis negatívok (képviselő ismétlésben elemzett azonos eset) és a 9. hamis pozitív volt (4. ábra). Egy gyomorrák folyadék mintát (egy esetben az I. szakaszban gyengén differenciált gyomor adenokarcinóma) fürtözött között nem rákos mintákat; az összes többi 4 korai szakaszában (szakaszaiban 0 és I) beteg helyesen csoportosított mintákat 14 stádiumú II - IV gyomorrák, így összességében diagnosztikai érzékenysége 95% (18/19 gyomorrákos betegek) a tanító. 3. ábra expressziója különbség térképet gyomornedvben és a pellet kivonat fehérjék képzés készlet minták négy ProteinChip tömbök, megjelenik a kétirányú hierarchikus klaszterezést. Jelentős proteomikai funkciók jelennek meg függőlegesen. Az intenzitás a szürkeárnyalatos fokát jelzi a relatív fehérje szinten, magasabb vagy alacsonyabb, mint a középső értéket. Beteg eseteket vízszintesen; legtöbb gyomorrákos betegek szorosan egy csoportban. Ez a szám azt mutatja, a felső negyedbe teljes kép (lásd további fájlt 2. a teljes kép).
4. ábra főkomponens-analízis telek proteomikai jellemzői tanító minták. Egy repülőgép (amelyet a fekete vonal) osztja a mintákat két csoportban 1 álnegatív (látható ismétlődő foltok) és a 9. hamis pozitív. Katalógusa kilenc 36 nem rákos minta a tanító csoportosulnak a rákos mintákat (specificitás 75%). Ezek közül 1 volt egy diszpláziás adenomatózus polip - egy rákmegelőző elváltozás [19]. Az egyéb 8 beteg, 6 volt klinikailag irányított biopsziák hogy kiderült intesztinális metaplázia 4 betegnél (67%). Nyolc nem rákos betegek, akiknek a gyomornedv fehérje profilok csoportosulnak a normál csoport is volt klinikailag irányította nyálkahártya biopsziát azt mutatta, intestinalis metaplasia 2 betegben (25%). A felülvizsgálatot a 1000 egymást követő gyomor biopsziákkal minden indikációra mutatott összesített előfordulása intestinalis metaplasia a szingapúri General Hospital a vizsgálati időszak alatt 30%. Ez ellentétben van azzal a jelenséggel, legalább 67% -a intestinalis metaplasia között klinikailag benignus esetekben akinek proteomikai profilok csoportosulnak szorosabban gyomorrákos esetek, mint más normál, összhangban az intestinalis metaplasia, hogy egy köztes állapot, az átmenet a normál gyomornyálkahártya gyomor adenokarcinóma . Pontos azonosítását intestinalis metaplasia endoszkópia ismert, hogy pontatlan [20]. Így egy gyomorrák-típusú proteomikus ujjlenyomat esetleg egy érzékeny mutatója a jelenléte ezt a pre-malignus elváltozások közül a betegek klinikailag diagnosztizálták, hogy jóindulatú gyomorfekély rendellenességek.
Gyomorrákos betegek a képzési meghatározott szignifikánsan idősebbek voltak (átlagéletkor 67,7 év), mint benignus gyomor- feltételek (átlagéletkor 56,6) (p = 0,0062 katalógusa). A címet a lehetőségét, hogy a fehérje profilok életkoron vagy etnikai, mi újra adatait elemezték a részhalmaza kínai betegek 55 év feletti életkor. Ez azt eredményezte, 17/01 daganatok pontos eredményt (az azonos daganat, amelyet pontos eredményt, ha mind a 19 rákok elemezték; érzékenység 94%) és a 17/04 ellenőrzések pontos eredményt (ugyanazt a 4-vezérlők között voltak a 9 pontos eredményt jóindulatú esetekben specificitása 76,5%) .
Mi mellett teszteltük a tényleges teljesítmény a proteomikai profilok megkülönböztető rák jóindulatú mintákat egy második sorozat 53 elvakított a gyomornedv és a pellet-kivonat (24 gyomorrák és 29. jóindulatú gyomorfekély kezelésére) (További fájlok 3). Huszonegy 24 gyomorrák megfelelőek voltak (érzékenység 88%) és 2 29 benignus mintákat tévesen minősítette (specificitás 93%) (5. ábra). 5. ábra expressziója különbség térképet gyomornedvben és a pellet kivonat fehérjék érvényesítés készlet minták négy ProteinChip tömbök, megjelenik a kétirányú hierarchikus klaszterezést. Jelentős proteomikai funkciók jelennek meg vízszintesen. Az intenzitás a piros vagy zöld szín jelzi a mértékét relatív fehérje szinten, magasabb vagy alacsonyabb, mint a középső értéket. Beteg eseteket függőlegesen legtöbb gyomorrákos betegek szorosan csoportosulnak együtt.
Selected proteomikus markerek (alapuló szignifikancia pontszám által meghatározott SAM) voltak félig tisztítjuk ProteinChip tömbök és az azonosított közvetlenül foltok által ütközés indukálta disszociációs szekvenálás (6. ábra). Több, a jelentősen alulszabályozott markerek rákos betegekben ábrán látható az 1. és 2., 1881,9 Da, 2041,0 Da, 2188,1 Da és 2387,3 Da, azonosítottuk, hogy pepszinogén C és a pepszin A aktivációs peptid fragmenseket (1. táblázat). A fel-szabályozott triplett markerek a daganatos betegek ábrán látható a 2., 7. és további fájl 4 azonosítottak, hogy az alfa defenzin-1,2,3. Intenzitás pontdiagramokat mutatnak nagyon szignifikáns különbségeket az átlagos intenzitást defenzin és pepszin fragmens között jóindulatú szabályozás és gyomorrák folyadék minták (p
= 0,003 és 0,00002, sorrendben) (8. ábra). ELISA specifikus pepszinogén C, azt megerősítette, szignifikánsan alacsonyabb koncentrációk gyomorrák folyadékokban (11,9 ± 0,1 ng /

• Genetikai vonalból differenciálatlan típusú gyomor carcinoma elemeztük felügyelet nélkül klaszterezése genomi DNS microarray data
• MiR-146a rs2910164 G /C polimorfizmus és gyomorrák érzékenység: a meta-analysis