Nedavni 16S ribosomalni gena RNA (rRNA) molekularna profiliranje sluznicu želuca otkriva iznenađujuću kompleksnost mikrobiota. Helicobacter pylori pregled, infekcija i nesteroidni protuupalni lijek (NSAID) korištenje dvije glavne doprinose gastritis i peptički ulkus. Međutim, malo se zna o povezanosti između ostalih članova želuca mikrobiota i želučanih bolesti. U ovom istraživanju, kloniranje i sekvencioniranje 16S rRNA se koristi na profil želuca mikrobne od normalnih i gastritisa pacijenata. su identificirani Sto trideset i tri phylotypes od osam bakterijske skupina životinja. Želudac mikrobne nađeno je da je tijesno prianja na sluznicu. Jedanaest Streptococcus pregled phylotypes su uspješno uzgaja iz biopsija. Jedan do dva roda predstavljali većinu klonova unutar bilo koje od identificiranog skupina životinja. Mi i dalje razvijati dva realnom vremenu kvantitativni PCR testova izmjeriti relativni obilje u firmicutes red i Streptococcus pregled rod. Značajno veća brojnost od firmicutes red i Streptococcus pregled rod u firmicutes Koljeno zabilježena je u bolesnika s antralnog gastritis, u usporedbi s kontrolnom skupinom. Ovo istraživanje je pokazalo da je razina rod svojta može u velikoj mjeri predstavlja puno veće svojte, kao što je red. Klinički značaj i mehanizam u pozadini promijenjen sastav mikrobne u gastritisa zahtijevaju dodatno funkcionalne studije pregled Izvor:. Li XX, Wong GL-H, Da KF, Wong VW-S, Lai LH, Chow DK-L, et al. (2009) Bakterijska mikrobiota profiliranje u gastritis bez Helicobacter pylori pregled, infekcija ili nesteroidnih protu-upalnih droga. PLoS ONE 4 (11): e7985. doi: 10,1371 /journal.pone.0007985 pregled Urednik: Niyaz Ahmed, Sveučilište u Hyderabad, Indija pregled Primljeno: 4. lipnja 2009. godine; Prihvaćeno: 27. listopada 2009; Objavljeno: 24. studenog 2009 pregled Copyright: © 2009 Li i sur. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan financiranja. Ovo djelo je podržan od strane kineskog sveučilišta u Hong Kongu. U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled Uvod pregled istim stolom mikrobiota je sastavni dio ljudskog bića [1]. Velika većina mikroba nastanjuju naš gastrointestinalni trakt, s više od 800 vrsta iz devet bakterijskih i jedan archaeal skupina životinja. Ova raznolika mikrobiota doprinosi crijevo sazrijevanje [2], [3], [4], domaćin prehrana i otpornost uzročnika [5]. Mikrobi i izravno komunicirati s ljudskim domaćinom regulira crijevnu proliferaciju epitela, skladištenje masti i upalnih odgovora [3], [6], [7]. Dok su neki mikrobi mogu vlastoručno uzrokovati ozbiljne bolesti, mnoge kronične uvjeti su vjerojatno zbog perturbacije ukupnom mikrobiota. Na primjer, alergija i astme su povezani s djetinjstva antibiotika koje se tiču crijevne mikrobne [8]. Druga stanja povezana s crijevnim mikrobiota su kasno-napad [9] autizam, upalne bolesti crijeva [10], i raka [11]. Pregled Tradicionalno, metode kultiviranja bazi se koriste za dobivanje mikrobnih izolata za daljnju karakterizaciju. Takve studije pod uvjetom da je temelj našeg razumijevanja mikrobiologije. Međutim, uzgoj često je radno intenzivna i može uspjeti za mnoge mikrobe. Mikroskopska promatranja također koristi za procjenu obilje mikroba, te u ograničenoj mjeri, dodjeljuje mikroba svojti [12]. Nedavno je 16S ribosomalni gena RNA (rRNA) profili slijed se koristiti za razjašnjavanje mikrobne raznolikosti, često na razini phylotype. Korištenje 16S rRNA slijed, mikrobi iz usta [13], [14], jednjaka [15], želuca [16], tankog crijeva [17], debelog crijeva [18], [19] i vagine [20] su proučavali. Ove studije istražili mikrobna raznolikost unutar ljudskog tijela i otkrio ogromnu populaciju neobrađenim i karkaterizirani mikroba, koji su bili neuhvatljivi za metode kultiviranja bazi. Kroz ove visoko protočnim 16S rRNA sekvenciranje i drugih metagenomic sekvenciranja naporima, pronađeni su mikrobiota perturbacije da je povezan s parodontnih bolesti [21] i pretilost [22], [23], [24]. Pregled U želucu , želučane kiselosti ubija mnoge proguta mikroba. To je općenito smatra da želudac nije useljiva od bilo mikroba do otkrića Helicobacter pylori pregled i njegova povezanost s gastritis i peptički ulkus [25]. Osim nekoliko drugih Helicobacter pregled vrsta [26], [27], [28], to se nije očekivalo da želudac će sadržavati mnoge druge žive mikroorganizme. Smanjena kiselost zbog progresivnog atrofični gastritis može povećati mikroba raznolikost [29]. Studija Monstein i sur. U ovoj studiji smo išli dalje istražiti potencijalne povezanost između želuca mikrobiota izmjenama i ne- H. pylori pregled i ne-NSAID (NHNN) gastritis. pretpostavili smo da kada je H. pylori pregled nije prisutan, druge bakterijske grupe /vrste mogu doprinijeti ili biti povezana s razvojem gastritis. Na razini mikrobiota, mi također željeli obratiti ključni problem u polju: po kojoj svojta dubini (s) Ima li mikrobiota pojavljuju relativno stabilna, tako da perturbacije na ovim razinama mogu biti relevantni za zdravlje ljudi? Koristili smo Kloniranje gena i sekvencioniranje 16S rRNA na profil želuca mikrobne od normalnog i NHNN gastritis pacijenata, i real-time kvantitativne PCR (qPCR) Testovi svojte specifične izmjeriti relativni obilje u firmicutes red i Streptococcus Rezultati Takson stablo analiza pregled analizirali smo i tijela i antruma biopsije od 5 normalnih pojedinaca i 5 NHNN sekundarnom gastritisa pojedinaca (sve ženke, starosti usklađeno) , Svi bolesnici bili su H. pylori Da bi istražili ukupnu zastupljenost različitih razina svojte u želucu biotopima, konstruirali smo svojtu stabla (Slika 1 i dopunskog Slika S1). Zanimljivo, svaki red je dominirao samo jednu ili dvije niže razine svojte (razred, red, obitelji ili roda). Kao što je zapravo, svaki red je dominirao samo 1-2 rodova. Na primjer, najviše u izobilju Koljeno firmicutes predstavljao je 383 klonova, od onih 333 klonovi su iz klase bacili. Nakon toga, 273 klonovi su bili iz reda Lactobacillales. Dvije stotine i pedeset i četiri klonovi iz obitelji streptococcaceae. I sve 254 klonovi iz roda Streptococcus Netlogu. Pet najčešćih rodova uključujući i Streptococcus pregled (254 klonova), Prevotella pregled (243), Neisseria pregled (175), Haemophilus pregled (122) Porphyromonas pregled (68), koja se sastoji 70,5% svih mikroorganizama klonova. pregled Vrste bogatstvo i raznolikost pregled Kada se koristi cijeli niz podataka (1223 klonovi), dobre je pokrivenost bila 96%, što znači da bi se moglo očekivati četiri dodatna phylotypes za svakih 100 dodatni klonovi se biti poredan. Ova razina pokrivenosti pokazuju da većina bakterijskih sekvenci bili su prisutni u sekvencioniranih klonova. Raznolikost procjena po procjenama verziji 8.0 pokazuje da je oko 200 phylotypes mogu biti prisutne u uzorcima ljudske biopsije želuca (Dopunski Slika S2). Mi i dalje procjenjuje bogatstvo vrsta u četiri različite biopsijom uzorka (NMA (Normal antruma), nmb (Normalno tijelo), AGA (sekundarnom Gastritis antruma), AGB (sekundarnom Gastritis Body), Pomoćna tablica S2). Bogatstva vrsta ne razlikuje između antralnim gastritisa biopsija i normalne biopsije (p > 0,1, t-test) pregled Bakterijska usporedbu mikrobiota između dvije različite anatomske lokacije (antruma i tijela) u zdravih ispitanika pregled <. p> u zdravih osoba, nema značajne razlike između dviju anatomskim lokacijama (antruma i tijelo) za bilo koju od svojte skupinama, osim za obiteljski Prevotellaceae i roda Prevotella firmicutes red i Streptococcus pregled rod su obogaćeni u želucu bolesnika antralne gastritis na temelju 1223 16S rRNA sekvenci, firmicutes red je najobilniji red sa 383 klonova. Proteobacteria red je bio blizak drugom mjestu sa 345 klonova. Zanimljivo je da firmicutes red bio bogatiji antralnim gastritisa biopsije nego u normalnim biopsije (41% vs 22%, Tablica 1), dok je Proteobacteria red bio obilniji u normalnim biopsije (37% vs 20%). Od 16S rRNA sekvenciranje je troškovi previsoki za veće veličine uzorka, razvili smo u realnom vremenu kvantitativni PCR (qPCR) pristup svojte specifične kvantificirati obilje firmicutes i Streptococcus Sedamnaest dodatna para antruma i biopsija tijelo uzoraka od zdravih osoba i 18 dodatnih pari antruma i biopsija tijelo uzoraka od pacijenata antralnim gastritisa su analizirani firmicutes-specifične qPCR. Totalno, 90 biopsije (46 uzoraka od pacijenata 23 antralnim gastritis i 44 uzoraka iz 22 zdravih ispitanika) analizirani su (tablica 2). Srednja dob bolesnika antralnim gastritisa je 67,6 ± 11,4 (medijan: 69, raspon: 46-86), dok je prosječna dob od kontrola bila je 58,3 ± 14,7 (medijan: 52, raspon: 40-87). Prosječna dob normalne skupine bio je mlađi nego što je antralnog gastritis grupi. No, statistička analiza pokazala je da ne postoji korelacija između dobi i firmicutes ili Streptococcus pregled obilje (p > 0,1) (Dopunski Slika S4). Ovi uzorci su podijeljeni u 4 skupine, sekundarnom gastritisa antruma (AGA), sekundarnom gastritisa tijela (AGB), normalno antruma (NMA), i normalno tijelo (nmb). Obilje firmicutes bila je značajno viša u AGA nego u NMA ili nmb (Jednosmjerna ANOVA (analiza varijance) test, p = 0,004 p = 0,046), te u AGB nego u NMA (jedan smjer ANOVA, p = 0,039 ) (Slika 3A). Nema značajne razlike između AGA i AGB (jedan ANOVA, p = 0,855), ili NMA i nmb (p = 0,832). Pregled Za istim uzorcima želučane sluznice, rod Streptococcus Streptococcus pregled, uzgoj i biopsija pranje pregled sama otkrivanje genskih sekvenci 16S rRNA ne znači da žive bakterije su prisutne ili bakterije doista stanovnik umjesto prolaznika u želucu. Mi na taj način provodi dvije dodatne eksperimente. pregled Kao prvo, pokušali smo uzgoj bakterija iz biopsija. Uvjet kultura pogodna za Streptococcus pregled se koristi jer čini se da je više zastupljene u bolesnika antralnim gastritisa. Šesnaest parovi (antruma i tijela) iz biopsije su korišteni za kulturu na krvnom agaru ploče. Kolonije su sekvencionirani za 16S rRNA gena za identifikaciju. Jedanaest phylotypes Streptococcus pregled izolirane (Pomoćna tablica S3). Tih 11 phylotypes čine 93,3% (ili 237 od ukupno 254 klonova) od svih klonova identificiranih u širokog raspona 16S rRNA sekvenciranje, što znači da većina Streptococcus pregled phylotypes živi u želučane biopsije. Nadalje, 14 uzoraka biopsije od i sekundarnom gastritisa i zdravih osoba isperu u fosfatnom puferu (PBS) s tri sve otežanim uvjetima. Ako otežanim uvjetima pranja ne uklanjaju bakterije iz biopsije, to je sugestivan da ove bakterije usko vežu na sluznicu želuca. Više od 90% od ukupnog broja bakterija ostao vezan za biopsija nakon tri uzastopna ispiranja sa sve otežanim uvjetima (Dopunski Slika S5). Posljednji korak pranja je učinjeno na visokoj snazi na desktop vrtlog stroj. Isto tako, većina Streptococcus pregled bakterije ostao vezan za biopsija nakon koraka 3 za pranje rublja (Dopunski Slika S5B). Pregled Rasprava pregled U ovom istraživanju smo profilirali bakterijska mikrobiota u uparenih želučanih biopsija (antruma i tijela) od normalne i antralnim gastritisa pacijenata. Svi pacijenti su H. pylori S obzirom da su stroge mjere za pranje nisu mogli odvojiti mikrobne iz biopsija, mi pretpostavljamo da su većina identificiranih bakterija povezana čvrsto sluznicu želuca. Osim toga, bili smo u mogućnosti obrađivati većinu Streptococcus pregled phylotypes identificirati putem širokog raspona 16S rRNA sekvenciranje, što ukazuje da su ove bakterije mogu zaista biti pravi stanovnici u sluznicu želuca. Pregled Kako bi se dodatno cijeniti ukupna složenost želuca mikrobiota, konstruirali smo svojtu stablo na temelju identificiranih klonova pogledati u svakoj razini svojte uključujući Koljeno, klasa, red, obitelji i roda. Zanimljivo, otkrili smo da za svaki red, jedan ili dva rodovi bili su uglavnom prisutni. Pet najčešćih rodova uključujući i Streptococcus pregled (red firmicutes), Prevotella pregled i Porphyro pregled (Bacteroidetes), kao i Neisseria pregled i Haemophilus pregled (Proteobacteria), čine 70,5% svih mikroorganizama klonova. pregled Zanimljivo je da je 16S rRNA profiliranje pokazala značajan previše predstavljanja firmicutes Koljeno (prvenstveno zbog pretjeranog zastupanje Streptococcus pregled rod u red) i podzastupljenost u Proteobacteria Koljeno u biopsiji kod pacijenta antralnim gastritisa. Razvili smo svojtu specifične qPCR pristup analizirati obilje u firmicutes i Streptococcus pregled svojti za 90 biopsija (46 uzoraka od 23 bolesnika antralnim gastritis i 44 uzoraka od 22 zdravih ispitanika) i potvrdila nadzastupljenost ove dvije svojte u antralnog gastritis želuca za 42% i 71%, respektivno. Većina Streptococcus pregled phylotypes identificirani sekvenciranja su alfa-hemolitički bakterije koje su potencijalni uzročnici (npr Streptococcus pneumoniae pregled, Streptococcus mitis pregled i Streptococcus salivarius Bilo je porast Streptococcus pregled, obilje je uzročni za antralnog gastritisa ili uslijed lokalne promjene u okolišu zbog sekundarnom gastritisa je ostao da se odgovori. Jedan potencijalni pristup se koristi klica mišjem modelu [33]. Još jedan zanimljiv pitanje je da li se određeni mikrobiota preparati štite, ili alternativno, senzibilizirati sluznicu želuca od patogena kao što su H. pylori Materijali i metode Želučani uzorci biopsije Ova studija je odobren od strane kineskog sveučilišta u Hong Kongu klinička istraživanja Etičko povjerenstvo. Svi pacijenti dali pisani pristanak za dobivanje proučavanje uzoraka. Dva želučane sluznice biopsija (antruma i tijela želuca) prikupljeni su od svakog pacijenta tijekom uobičajenog endoskopije na Prince of Wales bolnice, Hong Kong. Da bi se izbjegla kontaminacija, novi sterilizirana endoskopije pinceta je korišten prilikom uzimanja drugu biopsiju iz istog pacijenta. Biopsije snap-smrznuto, na suhom ledu i uskladišten kod -80 ° C. Pacijenti koji uzimaju antibiotike ili NSAID (definirano kao svako korištenje NSAID najmanje jedan tjedan u posljednja 3 mjeseca prije endoskopija) ili pozitivno na H. pylori pregled brzim testom ureaze (trag) ili histološka ispitivanja su isključeni. Pacijent demografija prikazan je u tablici 2. pregled Izgradnja 16S rRNA klon knjižnica i sekvenciranja Netlogu Ukupna genomska DNA je izolirana iz biopsija pomoću DNK mini kit (Qiagen, Valencia, CA, USA ) sa staklom pobijediti metoda udarnih kao što je prethodno opisano [16]. Dva negativne kontrole sa samo sterilne vode i ekstrahira koristeći isti protokol. Ekstrahirani koncentracija DNA je mjerena NanoDrop 1000 Spectrophotometer (Thermo Scientific, Minneapolis, MN, USA). Dva univerzalni bakterijske 16S rRNA početnice, B8F20 [35] (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3 ') i B806R20 [36] (5'GGACTACCAGGGTATCTAAT-3') su korišteni za amplifikaciju regije odgovara položaju 8 do 806 od Escherichia coli pregled 16S rRNA gena. ul PCR smjese 25 uključuje 1 x PCR pufer, uključujući 1,5 mM MgClz 2 (Qiagen), 20 mM tetrametilamonijev klorid, 0,1 mM svakog dNTP, 0,4 uM svakog primera, 1 jedinicu Hotstar Taq DNA polimeraze (Qiagen), i 2 ul ekstrahirana DNA. Trideset ciklusa PCR je provedena da pojača 799 bp fragment. PCR produkti provjereni su elektroforezom na agaroznom gelu. Za svaki proizvod, jedan bend može se promatrati pod UV svjetlom, a ne bend je viđen za negativne kontrole. U 16S rRNA proizvodi su pročišćeni s Sephadex G-50 stupca (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA), povezanu s T vektora te transformira u E. coli Filogenetski analiza i mikrobna raznolikost procjena pregled himerni testiranja primjenom Bellerophon server (HTTP-a.: //foo.maths.uq.edu.au/~huber/bellerophon.pl) [37] je korišten za testiranje potencijalnih himernih sekvence. Jedan klon je utvrđeno da je kimerno i nakon toga isključeni. Zatim, 1223 nonchimeric sekvence su analizirane pomoću proteza II (ribosomske Baza II) klasifikator (http://rdp.cme.msu.edu/classifier/classifier.jsp) na temelju naivni Bayesov klasifikator rRNA [38]. Osnovni lokalna alat za pretraživanje za poravnavanje (BLAST) koje Green Genes (http://greengenes.lbl.gov/cgi-bin/nph-blast_interface.cgi) je izvedena pronaći najsličnije sekvence u bazi podataka. Koristili smo 97% identičnosti sekvence kao prekidom za definiranje phylotypes [39]. Sekvence s identitetom < 97% na postojeće sekvence u bazi podataka su smatrani nov. Svojta Stablo je izgrađen korištenjem klasifikacija rezultat klasifikatora djelomičnih proteza, II. Chao1 procjenitelj od procjena 8 programa (http://viceroy.eeb.uconn.edu/estimates~~HEAD=pobj) korišten je za procjenu mikrobiološke raznolikosti. Good metoda je korištena za izračun sekvenciranje pokrivenost [40]. Pregled Real-time kvantitativne PCR (qPCR) pregled Q-PCR početnice i probe su dizajnirani na temelju sekvenci dobivenih iz kloniranih knjižnica. Prvo smo poravnati sve kloniranih sekvencija s ClustalW (http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html) uz zadane parametre. Su qPCR klice su B8F20 i B801R21 (5'ACCAGGGTATCTAATCCTGTT-3 '). U MGB sonda sekvence: generički sonda (VIC) 5'CAGCAGCCGCGGTAA-3 ', firmicutes sonda (FAM) 5'AAGATTCCCTACTGCTGCCT-3' i Streptococcus pregled sondom (FAM) 5'TACACATGGAATTCCAC-3 ' , Za mjerenje obilje određenog svojte, dvije sonde (jedna specifična za svojte interesa, a drugi općenito za sve bakterije) korišteni su u istoj PCR produkta amplifikacije. (Slika 2). 25 ul PCR smjesa uključena 1 × pufera A, 3,5 mM MgCh 2, 200 uM dNTP s dUTP umjesto dTTP, 400 nM svakog primera, 100 nM svake sonde, 0,01 U /ul Uracil-N-glikosilaza, 0,05 U /ul TaqGold (Applied Biosystems). Za firmicutes-specifičnog testa, biciklističke uvjet je bio: 1) 50 ° C tijekom 2 min; 2) na 95 ° C 10 min; 3) 40 ciklusa od 95 ° C za 20 s, 58 ° C tijekom 15 s, 70 ° C tijekom 80 sekundi. Za Streptococcus pregled specifičnih test, biciklistička uvjet je bio: 1) 50 ° C tijekom 2 min; 2) na 95 ° C 10 min; 3) 40 ciklusa od 95 ° C za 20 s, 57 ° C tijekom 1 min, 70 ° C 1 min. Streptococcus pregled 16S rRNA fragment (DQ346438) kloniran u pGEM-T jednostavan vektor se koristi kao standard za qPCR (kako za firmicutes i Streptococcus pregled testova) u ABI 7500 stvarna Vremenski sustav PCR (Applied Biosystems). Zbog neznatne razlike između generičkih i svojta specifične probe, delta delta prag ciklusa (ddCt) se koristi za označavanje obilje specifičnog svojte u cijeloj bakterija stanovništva (st Tsu. St specifične probe svojte iz nepoznati uzorci, st Buu: Ct bakterijskog univerzalne sondom iz nepoznatih uzoraka, st TSS: CT svojte specifična ispitivanje iz plazmida standarda, st BSS: Ct bakterijskog univerzalne sonde iz plazmida standard) pregled Teoretski, obilje svojta 2 -ddCt. pregled Streptococcus pregled Uzgoj pregled Mi smo dobili 32 dodatnih biopsije od 16 bolesnika za bakterijske kulture. Biopsije su smješteni u fosfatnom puferu (PBS, pH = 7,2) i izrezati na manje komade skalpela. Uzorci su zatim proširila na krvnom agaru ploče (CM331, oksoid, Basingstoke, Velika Britanija) s 5% konjskog krvi. Ploče su smješteni u CO s 5% 2 inkubator na 37 ° C tijekom 24 sata. Kolonije s hemolize na krvnom agaru su odabrali za 16S rRNA slijed. Pregled Biopsija pranje pregled Za testa za pranje biopsija, prikupljeni su 14 dodatne uzorke iz obje antralnim gastritisa pacijenata i normalnih ljudi. Svaki uzorak se stavi u ml epruvetu od 2,0 i 3 puta isprane (200 ul PBS za svaku pranje) u sve otežanim uvjetima. Prvo pranje je učinio blagim rukovanja. Supernatant prenesen van. Novi PBS je dodan u biopsijama za daljnjeg ispiranja. Za drugi i treći pranje, epruveta se lagano zavrti od cijevi miješalice Trio TM-2F (All-laboratorij znanstvenih, AU) na stupanj 3 i 6. razreda energetskoj razini odnosno, otprilike odgovara nježnim i snažan vrtloženja. Zatim duplex realnom vremenu PCR je provedena za testiranje ukupnih bakterija i Streptococcus pregled količine u PBS supernatantima iz koraka tri ispiranja i opranih biopsije. Pregled Statistika analiza pregled Pearsonov hi-kvadrat test je korišten za usporedbu klona broj različitih svojti između različitih skupine uzoraka (NMA: normalno antruma, nmb: u zdravom tijelu, AGA: sekundarnom gastritisa antruma, AGB: sekundarnom gastritisa tijelo) iz sekvenciranja rezultat 16S rRNA, kada je klon broj za svaku uzorku iznosi najmanje 10. ANOVA test je korišten za usporedbu bakterijske obilje podataka iz qPCR testovima. Sve analize su izvedene pomoću SPSS for Windows, verzija 11.5 (SPSS Inc., Chicago, IL, USA). P < 0.05 se smatra statistički signifikantnim. Za usporedbu bogatstvo vrsta između normalnih i antralnim gastritisa pacijenata, stvarni phylotype broj za svakog pacijenta se prvo broje. T-test je zatim korištena za usporedbu dvije skupine pacijenata. Pregled popratne podatke
Koristeći vremenski temperaturni gradijent gel elektroforeze (TTGE) i za male 16S rRNA sekvenciranje predložio ostale mikroorganizme kao što su Enterococcus
, Pseudomonas Netlogu Streptococcus pregled, Staphylococcus pregled i Stomatococcus pregled također su bili prisutni u želucu [30]. Noviji velika 16S rRNA sekvenciranje trud prepoznaje 128 phylotypes od 8 skupina životinja u 23 sjevernoameričkih bolesnika [16]. Zanimljivo je da je prisutnost H. pylori
u želucu nije utjecala na ukupnu sastav mikrobiota na razini red. pregled
roda. pregled
negativne strane oba brzim testom ureaze i 16S rRNA slijed. Nijedan od pacijenata nije uzeo NSAID unutar 6 mjeseci prije podvrgnuti endoskopiju. Najmanje 60 klonova iz svake biopsije (tijelo ili antruma, na taj način najmanje 120 klona iz svakog pojedinca) su sekvencionirani upotrebom širokog raspona 16S rRNA PCR proizvoda. Ukupno 1223 ne- H. dobiveni su pylori pregled mikrobna sekvence. Ovi mikrobi pripadaju 8 skupina životinja (133 phylotypes), od kojih su prisutni u većini 5 skupina životinja (firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteia, Fusobacteria i Proteobacteria) (1211 iz 1223, odnosno 99,0%). identificirano devet phylotypes sa sličnosti sekvence manje od 97% do sekvenci prisutnih u javnim bazama podataka. Šest od tih 9 phylotypes zastupala pojedinačnih klonova (Dopunski Tablica S1). Pregled
gdje je p vrijednosti (Pearsonov hi -square test) bila između 0,01 i 0,05 (Slika 1). pregled
(Slika 2). Svojte specifičnih qPCR podaci za firmicutes korelirane sa sekvenciranja podacima 16S rRNA su gore spomenuta za 20 uzoraka biopsije (2 biopsije svakog bolesnika 5 normalna i 5 antralne gastritisa) (Dopunski Slika S3). Pregled
također je analiziran Streptococcus pregled specifičnih qPCR. Streptococcus pregled je brojnost 72% i 76% veći u odnosu na AGA NMA ili nmb, odnosno, i 66% i 70% veći u odnosu na AGB NMA ili nmb, odnosno (slika 3B). P vrijednosti za ANOVA testova prikazani su na Slici 3B. Slično testu firmicutes, nema značajne razlike između AGA i AGB (jedan ANOVA, p = 0,999), ili NMA i nmb (p = 0,999). Pregled
negativan i bez upotrebe NSAID. Kroz širokog raspona 16S rRNA gena sekvenciranje, identificirali smo 1.223 ne- H pylori
bakterije klonova, slično prethodnom istraživanju (BIK studij, 1056 non H pylori pregled bakterije klonovi) [16 ]. Iako su dvije studije analizirali dva geografski (Hong Kong vs Kaliforniji) i etnički (kineski vs bijelac, Latinoamerikanaca i African American) divergentnih populacije, ukupni mikrobiota složenost su iznenađujuće slični (Tablica 3). Obje studije identificirati oko 130 (133 i 127 za to, a Bik studija, respektivno) phylotypes od sedam do osam skupina životinja. Većina klonova (77,4% ove studije i 79,8% BIK studija) su podijeljene. Njih dvojica najrasprostranjeniji rodova ( Streptococcus pregled i Prevotella pregled) također su bili identični. Ove dvije rodova predstavljao 40,6% i 41,5% svih klonova u ovom istraživanju i proučavanju BIK. Obje studije pokazuju da je oko 200 različitih phylotypes mogu biti prisutni u sluznicu želuca. Takva dramatična sličnost između dva studija ukazuje na selektivni pritisak za mikrobiota pod otežanim želuca. Osim toga, pronašli smo malu razliku u bakterijskom mikrobiota između dva anatomska mjesta (antruma i tijela) u zdravih osoba, unatoč kliničkog značaja za uzimanje uzoraka za biopsiju na različitim anatomskim mjestima [31]. Pregled
). Određene Streptococcus pregled vrste su otporne na uvjetima niske pH vrijednosti i mogu preživjeti u želucu [32]. Naši podaci uzgoj i pranje eksperiment je također sugerirao da su to doista živi, stanovnik biotu u želucu. Pregled
. Konačno, novi sekvenciranja tehnologije visoke propusnosti su vjerojatno da će pružiti više sveobuhvatne podatke o mikrobiota iz različitih anatomskih lokacija duž ljudskom probavnom traktu i pri različitim vremenskim točkama [34]. Pregled
JM109 stanica pomoću opreme za pGEM-T vektor jednostavan sustav (Promega, Madison, WI, USA). Odabrali smo 5 bolesnika (10 uzorci biopsije) s antralnog gastritis i 5 normalnih kontrola (10 uzoraka biopsija) za izgradnju 20 16S genske knjižnice rRNA. Za svaku želuca biopsija biblioteke najmanje 60 kolonija je odabrano za sekvenciranje. PCR produkti su sekvencirani primjenom BigDye terminator V3.1 ciklus sekvenciranje kita (tnom City, CA, USA). Reakcije sekvencioniranja koriste B8F20 kao sekvenciranja primer su provedena na ABI 3730xl sekvencer (Applied Biosystems) pregled
Slika S1. pregled Detaljan svojta stablo pregled doi: 10,1371 /journal.pone.0007985.s001 pregled (2,00 MB TIF) pregled Slika S2. pregled bogatstva vrsta procjena pregled doi: 10,1371 /journal.pone.0007985.s002 pregled (0.97 MB TIF) pregled slika S3. pregled Korelacija qPCR i 16S rRNA kloniranja i sekvenciranja pregled DOI: 10,1371 /journal.pone.0007985.s003 pregled (0.98 MB TIF)
Slika S4. pregled Nedostatak korelacije između dobi pacijenta i firmicutes ili Streptococcus izobilju pregled DOI: 10,1371 /journal.pone.0007985.s004 pregled (2.01 MB TIF)
Slika S5. pregled Harsh pranje ne uklanja bakterije iz biopsija pregled DOI: 10,1371 /journal.pone.0007985.s005 pregled (1.90 MB TIF) pregled Tablica S1. pregled roman phyltoypes
DOI: 10.1371 /journal.pone.0007985.s006 pregled (0.03 MB XLS)
Tablica S2. pregled bogatstva vrsta procjena u različitim uzorcima želučane sluznice pregled DOI: 10,1371 /journal.pone.0007985.s007 pregled (0.02 MB xls)
Tablica S3. pregled doi: 10,1371 /journal.pone.0007985.s008 pregled (0.02 MB XLS) pregled
Peptid otrova pauka mogao bi pomoći u zaustavljanju boli kod sindroma iritabilnog crijeva
Mogu li se antivirusni spojevi dobiveni mikroalgama boriti protiv SARS-CoV-2 i drugih virusa?
Ograničena upala crijeva u COVID-19
Alkohol oštećuje mikrobiom u ustima
Istraživači manipuliraju bakterijskim vrstama u crijevima pomoću prehrane
Infliximab može ometati učinkovitost nekih cjepiva protiv COVID-19
Nova metoda računalnog modeliranja predviđa kako se crijevni mikrobi mijenjaju s vremenom
Nova metoda računalnog modeliranja koristi snimke kojih se vrsta mikroba nalazi u crijevima osobe kako bi predvidjela kako će se mikrobna zajednica promijeniti s vremenom. Alat, razvio Liat Shenhav, L
Mediteranska prehrana promiče zdravo starenje sa zdravijim crijevnim mikrobiomom
Nova studija objavljena na internetu u časopisu Crijevo u veljači 2020. izvješćuje o zadivljujućim učincima prelaska na mediteransku prehranu na samo godinu dana koji promiču zdravlje. Do rezultata
Zemlje sa starijom populacijom imaju veće infekcije i smrtnost od SARS-CoV-2,
kaže studija Više od godinu dana u pandemiji koronavirusa 2019. (COVID-19), uzrokovana teškim akutnim respiratornim sindromom koronavirusa 2 (SARS-CoV-2), razlika u ozbiljnosti kliničkog sindroma prem