Večje število fosforilacijskih straneh Helicobacter pylori CagA EPIYA C poveča tveganje za raka želodca, vendar ne dvanajstnika ulcer

večje število Helicobacter pylori
CagA EPIYA C fosforilacijskih mestih poveča tveganje za raka želodca, ki pa ne razjeda na dvanajstniku
Povzetek
Ozadje
Helicobacter pylori
okužba je ena izmed najpogostejših okužb po vsem svetu in je povezana z rakom želodca in peptične razjede. Bakterijski virulence dejavniki, kot CagA so pokazali, da povečajo tveganje obeh bolezni. Študije so pokazale, vzročno vlogo CagA EPIYA polimorfizmov v želodcu rakotvornosti, in izkazalo se je, da je geografsko raznolika. Proučevali smo povezavo med H. pylori
CagA EPIYA vzorcev in rakom želodca in dvanajstnika, na narodnostno dodanim zahodne populacije iz Brazilije. CagA EPIYA je bila določena s PCR in potrdil sekvenciranje. so bili vključeni skupno 436 bolnikov, pri čemer je 188 z rakom želodca, 112 z razjedo dvanajstnika in 136 z gastritisom.
Rezultati
Število EPIYA C segmentov je bila značilno povezana s povečanim tveganjem za želodčnega raka (OR = 3,08 95% CI = 1,74-5,45, p < 10 -3) tudi po prilagoditvi za starost in spol. Večje število EPIYA C segmentov je bila povezana tudi z želodčno atrofijo (p = 0,04) in intestinalno metaplazijo (p = 0,007). Poleg tega so bolniki, okuženi s OAS
A sevi, ki imajo več kot en segment EPIYA C je pokazala, nižja raven v serumu pepsinogen I v primerjavi s tistimi, ki so okužene s sevi, ki vsebujejo eno ali manj EPIYA C ponovitev. Sicer pa se je število EPIYA C segmentov ni povezujejo z razjedo dvanajstnika.
Sklepi
Naši rezultati kažejo, da je okužba z bakterijo H. pylori
sevi več kot eno CagA EPIYA C motiv očitno povezana z rakom želodca vendar ne z razjedo dvanajstnika.
večje število EPIYA C segmentov je bila povezana tudi z želodčnih predrakavih sprememb, kot je razvidno iz histološke želodčne atrofije in metaplastic sprememb in zmanjšane koncentracije v serumu pepsinogen I.
Ozadje
Helicobacter pylori
colonizes želodec več kot polovico svetovnega prebivalstva in je povezana z razvojem zapletov, kot so peptični ulkus, rak želodca in želodčno sluznico povezana limfnem tkivu limfoma [1-4]. Dejavniki, ki vodijo nekaj posameznikov za razvoj povezanih bolezni, medtem ko je večina okuženih ljudi še vedno asimptomatsko, niso znani, vendar so bili predmet intenzivnih raziskav. Med gostiteljske dejavnikov, so citokinov genski polimorfizmi dokazano, da poveča tveganje za nastanek raka želodca, posebej IL1B
-31, IL1RN
, in TNFa
-307 enojnih nukleotidnih polimorfizmov v evropskih populacij, in IL1RN
v brazilskega prebivalstva [5-9]. sev specifičnih povzročiteljev faktorji so bili močno raziskana. Med njimi je CagA protein sprejeta kot dejavnik tveganja tako za peptičnega in rakom želodca [5, 10-12]. V študiji naše skupine, je okužba s H. pylori imel CAG
A-pozitivni sevi razmerje obetov (OR) za 11,9 raka želodca, po prilagoditvi za gostitelja polimorfizmov in druge spremenljivke, medtem ko je bil najmočnejši dejavnik gostitelj IL1RN
2 alel, z ali 1.9 [5].
OAS
pripada OAS
PAI (patogenost otok), ki kodira tip izločanje IV sistem (T4SS), povezanih z povečanim izločanjem IL -8, zelo močna vnetnih kemokin, ki sodeluje v gastritis s H. pylori
infekcije inducirane. T4SS je odgovoren za vstop CagA proteina v želodčni epitelijskih celic, kjer se CagA fosforiliran na ostanku tirozin v fosforilacijskih motivi v carboxi-terminalni variabilne regije proteina prav. Ti motivi so definirane kot EPIYA (Glu-Pro-Ile-Tyr-Ala) A, B, C in D glede na različne spremljajoče aminokislin. CagA protein skoraj vedno ima segmente EPIYA A in B, ki so sledijo nič, en, dva ali tri C segmenta, v krožijo v zahodnih državah, ali segment D, v vzhodnoazijskih državah. EPIYA C in D sta glavna mesta za fosforilacijo CagA. Fosforilirata CagA tvori fizično kompleks z SHP-2 fosfataze in sproži nenormalne mobilnih signalov, ki vodijo k deregulaciji rasti celic, celice v stiku celic in celične migracije, raztezek epitelnih celic in povečanje prometa epitelijskega, ki povečujejo tveganje za nastanek poškodovanih celic na pridobijo predrakave genetske spremembe. Knjigovodska tip D EPIYA ali večkratno C ponavlja je povezana s povečano aktivnostjo fosfataze SHP-2, ki ga CagA [13, 14], kar povečuje možnost, da je okužba s CagA sevov, ki ima višje število EPIYA C segmente predisposes predrakavih sprememb in raka želodca inducirane.
v bistvu je bila to hipotezo testirali v vzhodnih državah, vendar so rezultati študije ne ujemajo. Azuma et al
. [15] je pokazala povečan delež sevov EPIYA D med bolniki z atrofični gastritis in raka želodca, pa drugi avtorji niso mogli razmnoževati te rezultate [16, 17]. Podobno je v zahodnih populacijah, pomembno povezavo med rakom želodca in povečanega števila EPIYA C motivi bilo mogoče dokazati v dveh študijah [18, 19], morda niti majhnega števila vključenih bolnikov v drugih študijah [20-22], ali regionalnih /etike razlike so že dokazali za druge H. pylori
virulentnih označevalcev [23, 24]. Poleg tega so bile razlike kaže tudi v študijah, ki ocenjujejo število EPIYA C motivov in dvanajstnika [19, 25], ki zasluži v globokih preiskavah, saj so razjeda na dvanajstniku in želodčnega raka med seboj izključujejo H. pylori
-associated bolezni.
Zato smo ocenili, ali je povečano število CagA EPIYA C fosfatnem motive, povezane z rakom želodca in /ali dvanajstnika, vključno velike serije bolnikov, da bi se izognili pristranskosti in da se omogoči prilagoditev za starost in spol v zahodni populaciji iz Brazilije. Ker so razjeda na dvanajstniku in karcinom želodca seboj izključujeta bolezni in CAG
A je dejavnik tveganja za obe pogoje, prav tako oceniti, ali je število EPIYA C segmentov sevov izoliranih iz bolnikov z razjedo dvanajstnika razlikoval od sevov izolirali iz bolnikov z rakom želodca. Ker želodca atrofične in metaplastic spremembe - predrakavih sprememb - privede do oslabitve proizvodnje pepsinogen I (ZGO), ki ga je vodja in sluznic vratu celic v korpusu in fundic žlez, smo ocenili, ali je večje število EPIYA C motive, povezane s serumom Ravni pepsinogen.
Rezultati
značilnosti bolnikov so prikazane v tabeli 1. prisotnost H. pylori
-specifične ure
A in 16S rRNA
je uspešno potrdili s PCR v vseh preiskanih sevov in OAS
PCRs A so bili pozitivni, ki jo uporablja vsaj eden od metode, v vseh strains.Table 1 bolniku značilnosti in distribucijo CagA EPIYA genotipov po H. pylori
-associated bolezni

gastritis 136 (%)
rak želodca 188 (%)
dvanajstnika, razjeda 112 (%)

Povprečna starost (SD)
52,5 (16,9)
62,3 (13,9)
43,5 (15,1)
Moški sex
48 (35,3)
114 (60,6)
53 (47,3)
EPIYA-AB
3 (2.2)
3 (1.6)
4 (3.6)
EPIYA-ABC
108 (79,4)
107 (56,9)
93 (83,0)
EPIYA-ABCC
21 (15,4)
65 (34,6)
15 (13,4)
EPIYA-ABCCC
4 (3.0)
13 (6,9)
0 (0.0)
SD, standardna deviacija
Določitev CagA EPIYA vzorec
PCR pomnoženih izdelkov iz vseh CAG
A-pozitivni sevi so pokazale različne vzorce v variabilne regije 3 'OAS
A. elektroforeza gel, ki predstavlja različne vrste CagA EPIYA je prikazano na sliki 1. Rezultati PCR so bili potrjeni sekvenciranje v sedemdesetih petih naključno izbranih produktov PCR od bolnikov vsake skupine. Slika 1 Elektroforeza reprezentativnih vzorcev z vsako vrsto CagA EPIYA opazili pri bolnikih s H. pylori -associated bolezni. Stolpec 1: 100 bp standarda; Stolpec 2: EPIYA-AB; Stolpca 3, 8, 11 in 12: EPIYA-ABC; Stolpec 4: EPIYA-ABC + -ABCCC; Stolpci 5 in 13: EPIYA-ABCC; Stolpec 6: EPIYA ABCCC; Stolpec 7: EPIYA-ABCC + -ABCCC; Stolpec 9: EPIYA-ABC + -ABCC + -ABCCC; Stolpec 10:. EPIYA-ABC + -ABCC
Ne EPIYA D je bilo v H. pylori
sevov preučevali. Porazdelitev genotipov EPIYA je prikazan v tabeli 1.
zveza med številom EPIYA C segmentov in rakom želodca in dvanajstnika
Kolonizacija s H. pylori
CagA pozitivnih sevov, ki imajo dva ali tri EPIYA C motivi so pogostejši (p < 10 -3) v raka želodca (78/188, 41,5%) kot v gastritis (25/136, 18,4%) bolnikov. Združenje tudi po prilagoditvi za starost in spol s pomočjo logistične regresije (tabela 2) je bilo zelo pomembno. Test Hosmer-Lemeshow pokazale dobro pripravljenost modela (hi-kvadrat = 3.98, 8 prostostne stopnje, p = 0,86, z 10 korakov). Sicer pa se je število EPIYA C segmentov ni povezovala z razjedo dvanajstnika (tabela 2) .table 2 Zveza med številom CagA EPIYA C motivov in H. pylori
-associated bolezni

Univariatna analiza

analizo Multivariatna

p
ALI

95% CI
p
rak želodca
- Povečanje starosti
< 03/10
1.04
1,03-1,06
< 03/10
- Ženski spol
< 03/10
0.29
0,18-0,48
< 03/10
- Visoko tveganje EPIYA (ABCC ali ABCCC)
< 03/10
3.08
1,74-5,45
< 03/10
dvanajstnika, razjeda
- Povečanje starosti
< 03/10
1.03
1,02-1,05
< 03/10
- Ženski spol
0,04
1,26
0,73 - 2,18
0.41
- Visoko tveganje EPIYA (ABCC ali ABCCC)
0.29
-
- -
Test Hosmer-Lemeshow pokazale dobro pripravljenost modela raka želodca (8 stopinj svobode, p = 0.86, z 10 korakov) in dvanajstnika (8 stopinj svobode, p = 0,25, z 10 korakov).
ker bi ga lahko razmišljal, da se je število EPIYA C motivi povečuje s starostjo, smo zgradili tudi model s številom EPIYA C je odvisno spremenljivko in starost, spol in H. pylori
-associated bolezni kot neodvisni covariables. Povečanih odsekov EPIYA C niso povezali s starostjo (p = 0,13), spol (p = 0,66) in razjeda na dvanajstniku (p = 0,29), vendar je ostala povezana z rakom želodca (p < 10 -3 ALI = 2,81; 95% CI = 1,64 -. 4,82)
Zveze med mešane seva kolonizacijo in bolezni
so opazili Mešana okužba sev v 57 (13,08%) bolnikov je bilo bistveno bolj pogosta pri bolnikih z rakom želodca (38/188, 20,2%) kot pri tistih z gastritis (14/136, 10,3%), z ali za želodčnega raka 2,21 (95% CI = 1,10 do 4,50). Sicer pa je bila mešana okužba redkeje kot pri bolnikih z razjedo dvanajstnika (5/112, 4,5%), s trendom na negativne zveze (p = 0,09).
Zveza med številom EPIYA C segmentov in ravni ZGO serumu
pepsinogen sem serumski ravni občutno višje (p = 0,01) in dvanajstnika (pomeni 161,67 ± 102,36 mg /L) kot v gastritis (100,37 ± 70,85 g /L).
bolniki okuženi s CagA seve, ki imajo dva ali tri EPIYA C segmenta pokazale znižane ravni ZGO, v primerjavi s tistimi, s okužbe z CagA sevov z ≤ 1 EPIYA C segmenta (razjede dvanajstnika: 179,67 ± 83,30 proti 67,01 ± 34,30, p = 0,02 in gastritis: 109,26 ± 85,61 vs. 57,55 ± 34,61, p = 0,01).
zveza med številom EPIYA C ponovitev in želodca histološke spremembe in razvrstitev tumorjev
povečano število EPIYA C segmentov je bila povezana s prisotnostjo predrakavih sprememb, bodisi atrofije ( p = 0,04) ali intestinalno metaplazijo (p = 0,007), ne pa tudi z drugimi histoloških parametrov. Tudi okužba s sevi, ki prevažajo večje motive EPIYA C ni povezovala s črevesno ali razpršeni tip tumorja (p = 0,34).
Razprava
V tej študiji, z vrednotenjem veliko serijo bolnika, smo pokazali, da je okuženih s CagA pozitivnih H. pylori
sevi, ki imajo več kot eno EPIYA C motiv so na trikrat-krat večje tveganje za razvoj raka na želodcu. Prednosti naše raziskave vključuje ustrezno velikost vzorca, identifikacija sevov s pomočjo PCR z potrditvi s kronološkim zaporedjem ukrepov in prilagoditev za zavajajočih dejavnikov, ki jih logistično regresijsko analizo.
CagA se šteje za pomemben bakterijske virulence dejavnik, povezan tako z adenokarcinomom želodca in duodenalni ulkus bolezni [2, 5, 11, 12, 26]. Število in vzorec fosforilacijskih motivov se zdi, da še naprej razsloji tveganje, povezano s posameznimi sevi [18, 27].
Dokazano je, da ima H. ​​pylori
CagA EPIYA vzorci veliko geografsko raznolikost in pozorno spremljati vzorce zgodovinskih človekovih migracije. EPIYA D je značilno Asian EPIYA vzorec, ki praktično ne pride v zahodnem H. pylori
sevov [28]. Brazilci tvorijo edinstveno zahodne populacije, saj kljub več izvorov in posledično velike raznolikosti fenotipske videza, da je bila visoka stopnja medetničnega vzrejo in s tem večina posameznikov ni mogoče pripisati koli od ustanovnih skupin na podlagi genetsko ozadje, pač pa opravljajo približno 33% genov iz vseh večjih dirkah, ki v preteklosti sestavljajo državo (belci, Afričani in Amerindians) [29]. Glede na takšno stanje, bi bilo pričakovati, da bi našli nekaj CagA EPIYA D v naših H. pylori
sevi, kot je bila odkrita med Amerindians (v skladu s teorijo, da je na začetku ljudje iz Azije poseljena v Ameriki pri selitvah iz vzhodne Azije ), vendar pa ni zaznati nobene EPIYA D v naši populaciji.
žalost, obstaja nekaj študij glede na povezave med številom EPIYA C in H. pylori
povezane bolezni v zahodnih populacije z neharmoničnega rezultatov med njimi. Basso et al
. [19] je pokazala, da je večje število EPIYA C segmentov, povezanih z rakom želodca v kavkaškega prebivalstva iz Italije, podobno kot rezultati Yamaoka et al
. [18] ocenjevanje ameriških bolnikov iz Teksasa. Sicer pa ni bilo opaziti združenje ko so kolumbijske bolnike ocenjevali v študiji Yamaoka je [18] v skladu z rezultati, pridobljenimi z Acosta et al
. [22], medtem ko Sicinschi et al
. [21] opaziti zveze med povečanim segmenti EPIYA C in predrakavih sprememb. Prav tako niso prepričljivi rezultati, ki jih Argent et al
objavljeni. [20] ocenjevanje 44 sevov iz afriških bolnikov avtorji so pokazali tendenco povezovanja med CagA z dvema ali več EPIYA C segmentov in raka želodca.
Te razlike je mogoče pojasniti z različnimi študijskimi modeli, velikosti vzorca, prebivalstva in geografske raznolikosti H . pylori
markerji patogenosti, v zvezi z CagA EPIYA vzorec, ki poudarjajo potrebo po študiju različne geografske regije.
Rezultati te študije so pokazali, da je večje število EPIYA C segmentov, povezanih z rakom želodca in s predhodno -malignant lezije, atrofije in črevesno metaplazija z corpus sluznice v skupini bolnikov z gastritisa. V dogovoru s temi ugotovitvami, smo pokazali tudi, da je serumsko koncentracijo ZGO je dvakrat znižala pri bolnikih, okuženih z OAS
A-pozitivni sevi z dvema ali tremi EPIYA C motivi. Ker ZGO izločajo glavnih celic in sluznic vratu celic v corpus in fundic žleze, serumske koncentracije ZGO odražajo funkcionalno in morfološka status oxyntic želodčne sluznice; Tako, želodčne atrofične /metaplastic spremembe povzroči zmanjšanje ZGO serumu [30, 31]. Čeprav korpus sluznico bolnikov s H. pylori PODJETJA
povezana razjeda na dvanajstniku, je bodisi blago ali vneta, ravni v serumu ZGO v dvanajstniku bolnikih, razjede, okuženih s sevi, ki vsebujejo večje število EPIYA C segmentov so zmanjšale tudi.
Rezultati v tej študiji okrepiti potencialno vlogo CagA polimorfizma pri razvoju raka želodca v dogovoru z rezultati predhodnih študij [18, 19]. Vendar pa ne moremo izključiti možnosti, da je genetska konstitucija gostitelja, več kot seva bakterije, lahko predispozicija za atrofični gastritis in H. pylori
sevov, ki imajo večje število EPIYA C ponovitev bo imela prednost pred drugimi sevi v kolonizacijo novega želodcu okolje ali alternativno bolj kompleksno prepletanje obeh mehanizmov.
v zvezi z razjedo dvanajstnika, tudi rezultati študije so neskladna [19, 25]. Naši rezultati so v soglasju s tistimi, ki jih Basso et al
poročali. [19], ki prav tako niso našli povezave med boleznijo in številom EPIYA C segmentov v italijanski populaciji. Predvsem je bil noben bolnik z razjedo dvanajstnika naše kohorte kolonizirali CagA ima tri EPIYA C segmente. Kot je Yamaoka et al
predlagal. [18], je možno, da lahko sevi z večjim številom EPIYA C segmentov manj odporen na kisline [18].
Tudi ocenili, ali je mogoče kolonizacijo z različnimi sevi (mešano okužbo) povezan z rezultati bolezni. Ugotovili smo, da so bolniki z rakom želodca pomembno pogosteje kolonizirali mešanih sort, medtem ko je pri bolnikih z razjedo dvanajstnika je imel trend v smeri manj mešanih seva kolonizacije. Ena od možnosti je, da bi morali bolniki z rakom želodca področja želodčne sluznice, ki prikazuje transformacijo raka, izmenično z območja atrofijo, intestinalno metaplazijo, displazije, in normalno sluznico, vsak od njih predstavlja mikrookolje, ki bi jih selektivno koristno za mešane okužbe, [32, 33 ].
sklepe
na koncu smo ugotovili, da ponavlja okužbo s H. pylori
CagA pozitivnimi sevi multiplo EPIYA C je povezana z želodčnih predrakavih sprememb in raka na želodcu, ne, ampak z razjedo dvanajstnika v etnično raznolika, pomešamo, Western prebivalstva.
Čeprav okužbe s H. pylori CAG
A-pozitivnih sevov je dejavnik tveganja za medsebojno izključujočih bolezni, rak želodca in dvanajstnika, sevom CagA imajo višjo številko od EPIYA C segmentov so povezana z rakom želodca, vendar ne z razjedo dvanajstnika.
večje število EPIYA C segmentov je bila povezana tudi z želodčnih predrakavih sprememb, kot je razvidno iz histološke želodčne atrofije in metaplastic sprememb in zmanjšane koncentracije v serumu pepsinogen I.
metode
Bolniki
smo vključeni 436 bolnikov, okuženih z OAS
A-pozitivnih sevov H. pylori
(188 z rakom želodca, 112 z razjedo dvanajstnika in 136 z gastritis), med tistimi, ki so bili predloženi endoskopija, da pojasni izvor simptomov, povezanih z zgornjega dela prebavil, ali ki so bili v želodčni kirurška odstranitev raka želodca na Univerzitetni kliniki /UFMG, Luxemburgo, Mario Penna bolnišnice, v Belo Horizonte, Brazilija. Večina vključenih posameznikov (> 80%) so bili nizko socialno-ekonomski ravni s podobnimi kulturnimi navadami, in vsi so bili doma iz Minas Gerais države z enakim etničnim ozadjem, približno 33% portugalščini, 33% Amerindian in 33% afriških prednikov, enakomerno prisotna v vsaki zadevi [29].
študija je bila odobrena s strani institucionalnih odborov za etiko in privolitev je bila pridobljena iz vseh bolnikih. promet, kultura in identiteta mikrobiološko od bakterijskih izolatov smo izvedli kot je opisano prej [34, 35].
Histologija
V skupini gastritis in bolnikov razjeda na dvanajstniku, endoskopske biopsije vzorce za antralnih in oxyntic želodčne sluznice Dobimo za histološko in mikrobiološko študije. Antralnih in oxyntic vzorci biopsije so bile določene v 10% formalinu in vgrajeni v parafinskega voska in 4-um-debele histološke sekcije smo obarvali z carbolfuchsin za H. pylori
preiskave [35] in hematoxycilin in eozinom za histološko presoja po posodobljen sistem Sydney [36]. V skupini bolnikov z rakom želodca, so fragmente dobimo iz želodca z želodca odstranili po odpiranjem vzdolž večje ukrivljenosti v eni uri resekcijo. Tumor je bil razvrščen v skladu z Lauren [37].
Pridobivanje bakterijske DNK
bakterije DNK, pridobljenih od rasti krožnik 60 mm Petri je bila vzeta z QIAmp (Qiagen, Hilden, Nemčija) komplet v skladu z navodili proizvajalca z manjšimi spremembami . Destilirana voda je bila uporabljena kot reakcijski kontrolo. Koncentracijo DNA smo določili s spektrofotometrijo uporabo NanoDrop 2000 (Thermo Scientific, Wilmington, NC) in shranili pri -20 ° C do uporabe.
Amplification H. pylori
-specifična ure
A in 16S rRNA
geni
konkretnimi ure
A in 16S rRNA
genov je bila ocenjena v skladu z Clayton et al.
[38] in Fox et al
. [39] oz. Standard Tx30a H. pylori
sev smo uporabili kot pozitivno kontrolo, in Escherichia coli
seva in destilirana voda sta bila uporabljena kot negativni kontroli.
Termostat GeneAmp PCR sistem 9700 (Applied Biosystems, Foster Mesto , CA) smo uporabili za vse reakcije. Pomnoženih izdelki so elektroforezo v 2% agaroznem gelu, obarvanega z etidijevim bromidom in analizirati ultravijolično svetlobo transilluminator s.
Pomnoževanje OAS
gena
OAS
je gen dopolnjena z dveh prej opisanih primarnih parov [40, 41]. H. pylori
seva iz naše kolekcije (1010-95), je znano, da se CAG
A-pozitiven, smo uporabili kot pozitivno kontrolo, in Tx30a H. pylori
sev brez OAS
in destilirana voda sta bila uporabljena kot negativne kontrole. H. pylori
sevi so menili, da CAG
A-pozitiven, če je vsaj eden od obeh reakcij pozitivna.
Pomnoževanje variabilne regije 3 'CAG
A
For PCR pomnoževanje variabilnih regiji 3 'na CAG
A gen (ki vsebuje zaporedja EPIYA) so bili 20 do 100 ng DNK dodana 1% Taq DNA polimeraze puferske raztopine (KCl 50 mM in Tris-HCI 10 mM), 1,5 mM MgCl 2, 100 uM vsakega deoksinukleotid, 1,0 U platina Taq DNA-polimerazo (Invitrogen, São Paulo, Brazilija), in 10 pmol vsakega netilko za skupno prostornino raztopine 20 ul. Primerji bilo uporabljeno predhodno opisal Yamaoka sod
. [27]. Reakcijski pogoji so bili: 95 ° C za 5 minut, čemur sledi 35 ciklov 95 ° C za 1 minuto, 50 ° C za 1 minuto in 72 ° C za 1 minuto, ki se končajo z 72 ° C 7 minut. Pomnoženih izdelki so elektroforezo v 1,5% agaroznem gelu, ki je obarvano z etidijevim bromidom in analiziranih v ultravijolično svetlobo transilluminator. Reakcijo dobimo produkte 500 do 850 bp po številu EPIYA C. Ta metodologija omogoča tudi odkrivanje mešane okužbe.
Določanje zaporedja variabilne regije 3 'CAG

Pomembna podskupini vzorci (okoli 75 bolnikov iz vsake skupine), je bila naključno izbrana za sekvenciranje, da bi potrdili rezultate PCR. produktov PCR smo očistili z Wizard SV Gel in PCR Clean-up sistemom (Promega, Madison, MI), v skladu s priporočili proizvajalca. Očiščene izdelki so sekvenco uporabo BigDye ® Terminator V3.1 Cycle sekvenciranje v ABI 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, Foster City, CA). Sekvence pridobljeni so bili usklajeni s pomočjo programa za CAP3 Sequence skupščine (na voljo: http:... //Pbil univ-lyon1 fr /CAP3 php). Po poravnavi, ki so nukleotidna zaporedja preoblikoval v aminokislinski zaporedji, ki uporabljajo program Blastx (na voljo: http:..... //Trobljenje NCBI NLM nih gov /Blast cgi) in v primerjavi z zaporedji odložijo v GenBank. (http:.... //www NCBI NLM nih gov /Genbank /)
Določanje ravni ZGO serum
koncentracije v serumu ZGO, so bile določene pri bolnikih z gastritis in razjeda na dvanajstniku s posebnim ELISA (BIOHIT, Helsinki, Finska) v skladu s priporočili proizvajalca.
Statistična analiza
a velikosti vzorca najmanj 112 predmetov v vsaki skupini, da bi pokazali 15% razlike med skupinami z močjo 80%, alfa 5%, in interval zaupanja 95%, je bila izračunana s programom različico Epi Info 3.5.1 (centrov za nadzor in preprečevanje bolezni, Atlanta, GA).
pridružitvi med številom EPIYA C motivi in ​​rak želodca je bila sprva ocenjevali v univariatno analizo, in spremenljivke s p-vrednost manjša od 0,2 so bili vključeni v končni model logistične regresije, nadzor za vplive starosti in spola. Prav tako smo ocenili vpliv spola in starosti števila EPIYA C segmentov v modelu s številom EPIYA C je odvisna spremenljivka in starost, spol in H. pylori
-associated bolezni kot neodvisne covariables. Logistični model, fitness je bila ocenjena s preskusom Hosmer-Lemeshow. Ker ravni ZGO niso normalno porazdeljene log podatkov preoblikoval in postal normalen. Združenja je bilo, torej z Studentov t test ovrednotili (srednja vrednost ± standardni odklon). Zveza med številom EPIYA C segmentov in stopnjo želodčnega vnetja, atrofijo in intestinalno metaplazijo je storila dvorepe Mann-Whitney test. Stopnja pomembnosti je bil določen na ap vrednosti ≤ 0,05.
Deklaracij
Zahvala
Ta dela je bilo podprto z nepovratnimi sredstvi iz CNPq, FAPEMIG in INCT, Brazilija.
DMM je Queiroz se financirajo v okviru šestega okvirni program Evropske unije, VSEBINA Project (INCO-CT-2006-032136).
avtorjev prvotni predložiti datoteke za slike
Spodaj so povezave do avtorjev prvotna predloženih spisov za slike. "Izvirno datoteko na sliki 1 12866_2010_1347_MOESM2_ESM.pdf avtorjev 12866_2010_1347_MOESM1_ESM.pdf avtorjev prvotne datoteke za izvirno datoteko Slika 2 12866_2010_1347_MOESM3_ESM.pdf avtorjev po sliki 3

• Ni sporazuma med tonometric in želodčnega soka delno ogljikovega napetosti dioksida
• Downregulation vezivnega rastnega faktorja tkivo zavira rast in invazijo želodčnih rakavih celic in zmanjša peritonealno razširjanje