Vyšší počet miest fosforylácie Helicobacter pylori ČAGA EPIYA C zvyšuje riziko rakoviny žalúdka, ale nie dvanástnikové ulcer

vyšší počet Helicobacter pylori
fosforylačných miest ČAGA EPIYA C zvyšuje riziko rakoviny žalúdka, ale nie dvanástnikové vredy
Abstrakt
pozadie
Helicobacter pylori
infekcie je jednou z najčastejších infekcií na celom svete a je spojená s rakovinou žalúdka a peptický vred. Bolo preukázané, že bakteriálne faktory virulencie, ako ČAGA sa zvyšuje riziko oboch chorôb. Štúdie naznačujú príčinnú úlohu ČAGA EPIYA polymorfizmov v žalúdku karcinogenézy, a bolo preukázané, že je geograficky rozmanitá. Študovali sme spojitosť medzi H. pylori
ČAGA EPIYA vzorov a rakovinou žalúdka a dvanástnika vred, v etnicky zmiešaný západnej populácie z Brazílie. ČAGA EPIYA bola stanovená pomocou PCR a potvrdená sekvenovaním. bolo zaradených celkom 436 pacientov, pričom 188 s rakovinou žalúdka, 112 s dvanástnikovým vredom a 136 s gastritídu.
Výsledky
počtu segmentov EPIYA C bola významne spojené so zvýšeným rizikom karcinómu žalúdka (OR = 3,08 , 95% CI = 1,74 až 5,45, p < 10 -3) aj po úprave na vek a pohlavie. Vyšší počet segmentov EPIYA C bol tiež spájaný s žalúdočnej atrofie (p = 0,04) a intestinálnu metaplázia (p = 0,007). Okrem toho, pacienti infikovaní CAG
kmene majúce viac ako jeden segment EPIYA C vykazovali zníženej hladiny v sére pepsinogénu Aj v porovnaní s tými infikovaný kmene, ktoré obsahujú jednu či menej EPIYA C opakovaní. V opačnom prípade je počet segmentov EPIYA C sa nespája s dvanástnikovým vredom.
Závery
Naše výsledky ukazujú, že infekcia H. pylori
kmeňov nesúcich viac ako jednu ČAGA EPIYA C motív jasne spojené s rakovinou žalúdka, ale nie s dvanástnikovým vredom.
Väčší počet segmentov EPIYA C bola tiež spojená s žalúdočnými prekanceróznych lézií ako ukazuje histologické žalúdočné atrofické a metaplastická zmeny a zníženie sérové ​​hladiny pepsinogén I.
pozadí
Helicobacter pylori
kolonizuje žalúdok viac ako polovicu svetovej populácie a je spojená s rozvojom komplikácií, ako sú vredovej choroby, rakoviny žalúdka, žalúdočnú sliznicu a-lymfóm asociovaný s lymfoidné tkanív lymfómu [1-4]. Medzi faktory, ktoré vedú niekoľko jedincov k rozvoju chorôb spojených s infekciou, zatiaľ čo väčšina infikovaných ľudí zostáva bez príznakov, sú neznáme, ale boli predmetom intenzívneho výskumu. Medzi hostiteľskými faktory, bolo preukázané, génovej polymorfizmy cytokínov zvyšuje riziko vzniku rakoviny žalúdka, konkrétne IL1B
-31, IL1RN stroje a TNFa
-307 jednonukleotidových polymorfizmy v európskej populácie, a IL1RN
v brazílskej populácie [5-9]. Patogén faktory kmeňa špecifické boli silne skúmané. Medzi nimi, ČAGA bielkovina je prijímaný ako rizikový faktor pre oba vredovej choroby a rakoviny žalúdka [5, 10-12]. V štúdii našej skupiny, infekcie H. pylori CAG
A-pozitívnych kmeňov mal pomer šancí (OR) vo výške 11,9 na rakovinu žalúdka, po úprave pre hostiteľské polymorfizmy a ďalších premenných, zatiaľ čo najsilnejší hostiteľský faktor bol IL1RN
2 alela, s OR 1,9 [5].
bunda
patrí do CAG
PAI (patogenita ostrov), ktorá kóduje sekrečný systém typu IV (T4SS) spojené so zvýšenou sekréciou IL -8, veľmi silný prozápalový chemokiny, ktorý sa podieľa na gastritídy vyvolanej H. pylori
infekcie. T4SS je tiež zodpovedný za vstupom ČAGA proteínu do žalúdočných epiteliálnych buniek, kde ČAGA je fosforylovaný na zvyškom tyrozínu počas fosforylácie motívy vo variabilnej oblasti Carbox-terminálny časti proteínu. Tieto motívy sú definované ako EPIYA (Glu-Pro-Ile-Tyr-Ala), A, B, C a D v závislosti na rôznych sprievodnými aminokyselín. ČAGA proteín takmer vždy má EPIYA A a B segmenty, ktoré sú nasledované žiadna, jedna, dve alebo tri segmenty C, v kmeňoch cirkulujúcich v západných krajinách alebo segmentu D, vo východoázijských krajín. EPIYA C a D sú hlavné miesta pre fosforyláciu ČAGA. Fosforylovaný ČAGA tvorí fyzický komplex s SHP-2, fosfatázy a spúšťa abnormálne bunkové signály, ktoré vedú k deregulácii bunkového rastu, bunky do kontaktu buniek a migráciu buniek, predĺženie epiteliálnych buniek a zvýšenie obratu epiteliálnych buniek, ktoré zvyšujú riziko poškodených buniek na získavať precancerous genetické zmeny. Nesúci typ D EPIYA alebo viacnásobné C opakuje je spojená so zvýšenou SHP-2 aktivity fosfatázy indukované ČAGA [13, 14], čím sa zvyšuje možnosť, že infekcia ČAGA kmene majúce vyšší počet EPIYA C segmenty predurčuje k prekanceróznych lézií a rakoviny žalúdka.
v skutočnosti je táto hypotéza bola testovaná v krajinách východnej Európy, ale výsledky štúdie sú rozporné. Azuma et al
. [15] zistili zvýšený podiel kmeňov EPIYA D u pacientov s atrofickú gastritídou a rakovinou žalúdka, ale iní autori neboli schopní reprodukovať tieto výsledky [16, 17]. Rovnako tak, v západnej populácie, významná súvislosť medzi rakovinou žalúdka a zvýšený počet EPIYA C motívov by mohla byť preukázaná v dvoch štúdiách [18, 19], možno buď malý počet zahrnutých pacientov v ďalších štúdiách [20-22], alebo regionálnymi /etník rozdiely ako už bolo preukázané, pre iných H. pylori
virulencie markerov [23, 24]. Okrem toho rozdiely boli tiež preukázaná v štúdiách hodnotiacich počet EPIYA C motívov a dvanástnikové vredy [19, 25], ktorý si zaslúži v hlbokých vyšetrovanie, pretože vred a rakovina žalúdka sú vzájomne sa vylučujúce H. pylori
-associated ochorenia.
z tohto dôvodu sme hodnotili, či zvýšený počet ČAGA EPIYA C fosforylácie motívov je spájaný s rakovinou žalúdka a /alebo dvanástnikových vredov, vrátane veľkých sérií pacientov sa predišlo skresleniu a umožniť úpravu veku a pohlavia v západnej populácie z Brazílie. Vzhľadom k tomu, dvanástnikové vredy a karcinóm žalúdka sú vzájomne exkluzívne ochorenia, a CAG
A je rizikovým faktorom pre obe podmienky, sa tiež hodnotí, či počet EPIYA C segmentov kmeňov izolovaných od pacientov s dvanástnikovým vredom, ktoré sa líšia od kmeňov izolované od pacientov s rakovinou žalúdka. Vzhľadom k tomu, žalúdočné atrofické a metaplastická zmeny - prekanceróznych lézií - vedie k narušeniu produkcie pepsinogénu I (CHZO) podľa náčelníka a slizníc krku buniek v korpuse a fundu žliaz, sme hodnotili, či vyšší počet EPIYA C motívov bol spájaný s sére úrovniach pepsinogén.
Výsledky
charakteristiky pacientov sú uvedené v tabuľke 1. prítomnosť H. pylori ure
-specifické stroje a a 16S rRNA
bola úspešne potvrdená PCR všetky študovanej kmene a CAG
PCR bolo pozitívnych tým, že aspoň jeden z použitú metódu, vo všetkých strains.Table 1 charakteristík pacienta a distribúciu ČAGA EPIYA genotypov podľa H. pylori
-associated chorôb

gastritídou 136 (%)
karcinóm žalúdka 188 (%)
Dvanástnikový vred 112 (%)

Priemerný vek (SD)
52,5 (16,9)
62,3 (13,9)
43,5 (15,1)
mužského pohlavia
48 (35,3)
114 (60,6)
53 (47,3)
EPIYA-AB Sims 3 (2,2) Sims 3 (1,6)
4 (3,6)
EPIYA-ABC
108 (79,4)
107 (56.9)
93 (83,0)
EPIYA-ABCC
21 (15,4)
65 (34,6)
15 (13,4)
EPIYA-ABCCC
4 (3,0)
13 (6,9)
0 (0,0)
SD, štandardná odchýlka
Stanovenie vzoru ČAGA EPIYA
PCR amplifikovaných produktov zo všetkých CAG
-pozitívnych kmeňov ukázala odlišné vzory v variabilná oblasť 3 'CAG
A. elektroforézy na géle predstavujúce rôzne typy ČAGA EPIYA je znázornené na obrázku 1. výsledky PCR, boli potvrdené sekvenovaním v sedemdesiatich piatich náhodne vybraných produktov PCR od pacientov z každej skupiny. Obrázok 1 Elektroforéza reprezentatívnych vzoriek každého z typov ČAGA EPIYA u pacientov s H. pylori -associated ochorenia. Stĺpec 1: štandard 100 bp; Stĺpec 2: EPIYA-AB; Stĺpce 3, 8, 11, a 12: EPIYA-ABC; Stĺpec 4: EPIYA-ABC + -ABCCC; Stĺpce 5 a 13: EPIYA-ABCC; Stĺpec 6: EPIYA ABCCC; Stĺpec 7: EPIYA-ABCC + -ABCCC; Stĺpec 9: EPIYA-ABC + -ABCC + -ABCCC; Stĺpec 10 :. EPIYA-ABC + -ABCC
Nie EPIYA D bol nájdený v H. pylori
kmeňov študoval. Distribúcia genotypov EPIYA je uvedený v tabuľke 1.
asociácie medzi počtom segmentov EPIYA C a rakovinou žalúdka a dvanástnikových vredov
kolonizácie H. pylori
ČAGA-pozitívnych kmeňov ktoré majú dva alebo tri EPIYA C motívy bol častejšie pozorovaný (p < 10 -3) v rakoviny žalúdka (78/188, 41,5%) ako v žalúdku (25/136, 18,4%) pacientov. Združenie zostal pevne významné, aj po úprave na vek a pohlavie pomocou logistickej regresie (tabuľka 2). Test Hosmer-Lemeshow vykazoval dobrú kondíciu modelu (Chi-kvadrát = 3,98, 8 stupňov voľnosti, p = 0,86, s 10 krokov). V opačnom prípade sa počet segmentov EPIYA C nesdružili s dvanástnikovým vredom (tabuľka 2) .Table 2 Asociácie medzi počtom ČAGA EPIYA C motívov a H. pylori
-associated choroby

Jednorozmerná analýza
viacrozmerné analýzy

p
OR

95% CI
p
karcinóm žalúdka
- zvyšujúcim sa vekom Hotel < 10-3
1,04
03 /1-06 /1 Hotel < 10-3
- Female sex Hotel < 10-3
0,29
0,18-0,48 Hotel < 10-3
- Vysoko rizikové EPIYA (ABCC alebo ABCCC) Hotel < 10-3
3,08
1,74-5,45 Hotel < 10-3
Dvanástnikový vred
- so zvyšujúcim sa vekom Hotel < 10-3
1,03
02.1.-05.1. Hotel < 10-3
- Female sex
0,04
1.26
0,73 - 2,18
0,41
- Vysoko rizikové EPIYA (ABCC alebo ABCCC)
0,29
-
- -
test Hosmerovým-Lemeshow vykazoval dobrú kondíciu modelu rakoviny žalúdka (8 stupňami voľnosti, p = 0,86, s 10 krokov) a dvanástnikové vredy (8 stupňami voľnosti, p = 0,25, s 10 krokmi).
Vzhľadom na to, že to môže byť špekulovalo, že počet EPIYA C motívy sa zvyšuje so zvyšujúcim sa vekom, tiež konštruované model s počtom EPIYA C je závislou premennou a vek, pohlavie a H. pylori
-associated ochorení ako nezávislé kovariátov. Zvýšené segmenty EPIYA C nesdružili s vekom (p = 0,13), pohlavia (p = 0,66) a dvanástnikové vredy (p = 0,29), ale zostal spojený s rakovinou žalúdka (p < 10 -3, OR = 2,81; 95% CI = 1,64 - 4,82.)
asociácia medzi Zložené kolonizácie a chorôb
Zložená infekcie bola pozorovaná u 57 (13,08%) pacientov a to bolo štatisticky významne častejšie u pacientov s karcinómom žalúdka (38/188, 20,2%) ako u tých, ktorí gastritídu (14/136, 10,3%) s, alebo pre žalúdočné karcinóm 2,21 (95% CI = 1,10 až 4,50). V opačnom prípade, zmiešané infekcie bola menej často pozorovaný u pacientov s dvanástnikovým vredom (5/112, 4,5%) s tendenciou k negatívnej asociácie (p = 0,09).
Pridruženie medzi počtom segmentov EPIYA C a sérového CHZO
The pepsinogén Aj sérové ​​hladiny boli významne vyššie (p = 0,01) v dvanástnikovým vredom (priemer ± 161,67 102,36 ug /L), než v žalúdku (100,37 ± 70,85 mg /L).
pacienti infikovaní podľa ČAGA kmene majúce dve alebo tri EPIYA C segmenty ukázali zníženej hladiny CHZO v porovnaní s tými, s infekciou ČAGA kmeňov vyznačujúcich ≤ 1 EPIYA C segmente (vredu dvanástnika: 179,67 ± 83,30 vs. 67,01 ± 34,30, respektíve p = 0,02 a gastritídu: 109,26 ± 85,61 vs. 57,55 ± 34,61, respektíve p = 0,01).
pridružení medzi počtom repetíciami EPIYA C a histologické zmeny žalúdočnej a klasifikácie nádorov
zvýšenie počtu segmentov EPIYA C bola spojená s prítomnosťou prekanceróznych lézií, a to buď atrofia ( p = 0,04) alebo črevné metaplázia (p = 0,007), ale nie s ostatnými histologických parametrov. Tiež infekcia kmene nesúce zvýšených EPIYA C motívy sa nespája s čriev alebo difúznym typu nádoru (p = 0,34).
Diskusia
V tejto štúdii vyhodnotením veľké série pacienta, Preukázali sme, že infikovaných podľa ČAGA-pozitívnych kmeňov H. pylori
ktoré majú viac ako jednu EPIYA C motívom sú trikrát-násobne zvýšené riziko vzniku rakoviny žalúdka. Medzi silné našej štúdie zahŕňajú zodpovedajúcu veľkosť vzorky, identifikáciu kmeňov pomocou PCR s potvrdením sekvencovanie a úpravou pre mätúcich faktorov pomocou logistickej regresnej analýzy.
ČAGA je považovaná za dôležitý faktor virulencie bakteriálnej spojená ako s adenokarcinómu žalúdka a dvanástnikové vredy [2, 5, 11, 12, 26]. Počet a vzor fosforylácie motívov Zdá sa, že ďalšie stratifikácii rizika spojeného s jednotlivými kmeňmi [18, 27].
Bolo preukázané, že H. pylori
ČAGA EPIYA modely majú významnú geografickú variabilitu a pozorne sledovať vzory historické ľudská sťahovanie. EPIYA D je charakteristický ázijské EPIYA vzor, ​​ktorý prakticky nevyskytuje v západnej H. pylori
kmeňov [28]. Brazílčania tvoria jedinečnú západnú populáciu, pretože napriek mnohým pôvodov a následné širokej rozmanitosti fenotypového vzhľadu, došlo k výraznému miera medzietnického chovu a tak väčšina ľudí nemôže byť pripisovaný na niektorú zo zakladajúcich skupín na základe genetické pozadie, skôr nesú asi 33% génov z každého z hlavných závodov, historicky zložený zo zeme (belochov, Afričanov a Amerindians) [29]. Na tomto pozadí, to by sa dalo očakávať nájsť nejaký ČAGA EPIYA D medzi kmeňmi v našej H. pylori
, pretože bol zistený medzi Amerindians (v súlade s teóriou, že spočiatku ľudia z Ázie osídlené Americas Migrácia z východnej Ázie ), ale nebol zistený žiadny EPIYA D v našej populácii.
Bohužiaľ, existuje len málo štúdií vo vzťahu k asociácii medzi počtom EPIYA C a H. pylori
súvisiacich chorôb u západných populácií s nesúhlasných výsledkov medzi nimi. Basso et al
. [19] ukázal, že vyšší počet segmentov EPIYA C bola spojená s karcinómom žalúdka v Belošské populácii z Talianska, podobne ako výsledky Yamaoka et al
. [18] vyhodnocovanie amerických pacientov z Texasu. V opačnom prípade, žiadna súvislosť bola pozorovaná, keď boli kolumbijskej pacienti vyšetrení v štúdii Yamaoka v [18] v súlade s výsledkami získanými Acosta et al
. [22], vzhľadom na to, Sicinschi et al
. [21] pozorovaná asociácia medzi zvýšenými úsekmi EPIYA C a prekancerózne lézie. Tiež, non-preukázateľné výsledky publikoval Argent et al
. [20] vyhodnocovanie 44 kmeňov z afrických pacientov autori ukázali tendenciu asociácie medzi ČAGA s dvoma alebo viacerými segmentmi EPIYA C a rakoviny žalúdka.
Tieto rozdiely možno vysvetliť rôznymi študijnými vzorov, veľkosti vzorky, populácií a geografickej diverzity H pylori.
markery patogénnosti, pokiaľ ide o vzor ČAGA EPIYA, zdôrazňujúce potrebu študovať rôznych geografických oblastiach.
výsledky tejto štúdie ukázali, že vyšší počet segmentov EPIYA C je spájaný s rakovinou žalúdka a pre -malignant lézie, atrofia a intestinálnej metaplázia corpus sliznice u skupiny pacientov s gastritídou. V súlade s týmito zisteniami sme tiež preukázala, že sérové ​​koncentrácie CHZO bolo u pacientov infikovaných CAG dvakrát zníženú
-pozitívnych kmeňov s dvoma alebo troma motívmi EPIYA C. Vzhľadom k tomu, CHZO je vylučovaný hlavnými bunkami a slizníc krku buniek v corpus a fundu žliaz, sérové ​​hladiny PGI odrážať funkčné a morfologické stav oxyntických žalúdočnej sliznice; tak, žalúdočné atrofické /metaplastická zmeny vedú k zníženiu CHZO sérové ​​[30, 31]. Aj keď je korpus sliznicu pacientov s H. pylori
spojená dvanástnikové vredy je buď mierne, alebo nie zápal, sérové ​​hladiny CHZO boli tiež znížené u pacientov s dvanástnikovým vredom nakazených kmene, ktoré obsahujú väčší počet segmentov EPIYA C.
Výsledky tejto štúdie posilniť potenciálnu úlohu ČAGA polymorfizmus v rozvoji rakoviny žalúdka v zhode s výsledkami predchádzajúcich štúdií [18, 19]. Avšak nemôžeme vylúčiť možnosť, že genetická konštitúcia hostiteľa, viac než kmeň baktérie, môže byť náchylný k atrofickú gastritídu a H. pylori
kmeňov nesúcich rastúci počet EPIYA C opakovaní bude mať výhodu oproti iným kmeňom kolonizáciu novej žalúdočné prostredie, alebo alternatívne viac komplexné súhry oboch mechanizmov.
Pokiaľ ide o vredu dvanástnika, aj výsledky štúdií sú rozporné [19, 25]. Naše výsledky sú v súlade s uvádzanými Basso et al
. [19], ktorý sa ani nájsť súvislosť medzi ochorenia a počtu segmentov EPIYA C v talianskej populácie. Pozoruhodne, žiadny pacient s dvanástnikovým vredom našou kohorty bol kolonizovaný ČAGA vlastniť tri EPIYA C segmenty. Ako navrhol Yamaoka et al
. [18], je možné, že kmene s väčším počtom segmentov EPIYA C môže byť menej odolné na kyselinu [18].
Tiež posúdiť, či je kolonizácia z rôznych kmeňov (zmiešané infekcie) by mohla byť spojená s výsledkami liečenia. Zistili sme, že pacienti s rakovinou žalúdka boli významne častejšie kolonizované zmiešaných kmeňov, zatiaľ čo pacienti s dvanástnikovým vredom mal trend menej Zložená kolonizáciu. Jednou z možností je, že u pacientov s rakovinou žalúdka by sa oblasti žalúdočnej sliznice ukazujúci transformáciu rakoviny, striedajúce sa s oblasťami atrofia, črevné metaplázia, dysplázia, a normálne sliznice, každý z nich predstavuje mikroprostredie, ktoré by selektívne výhodné zmiešaných infekcií [32, 33 ].
závery
záverom možno povedať, sme zistili, že infekciu H. pylori
ČAGA-pozitívnych kmeňov nesúcich mnohopočetné EPIYA C opakuje je spojená s žalúdočnými prekanceróznych lézií a rakoviny žalúdka, ale nie s dvanástnikovým vredom v etnicky rozmanité, zmieša, západnej populácie.
Hoci infekcie H. pylori CAG stroje a-pozitívnych kmeňov je rizikovým faktorom pre vzájomne sa vylučujúcich ochorení, karcinómu žalúdka a dvanástnikových vredov, kmene ČAGA ktoré majú väčší počet segmentov EPIYA C boli spojená s karcinómom žalúdka, ale nie s dvanástnikovým vredom.
Väčší počet segmentov EPIYA C bola tiež spojená s žalúdočnými prekanceróznych lézií ako ukazuje histologické žalúdočné atrofické a metaplastická zmeny a zníženie sérové ​​hladiny pepsinogén I.
metódy
Pacienti
sme zahrnuli 436 pacientov infikovaných CAG
-pozitívnych kmeňov H. pylori
(188 s rakovinou žalúdka, 112 s vredu dvanástnika a 136 s gastritídou), medzi tými, ktorí boli predložené endoskopia, aby objasniť pôvod príznakov spojených s hornej časti gastrointestinálneho traktu alebo ktorí podstúpili žalúdočné chirurgické odstránenie karcinómu žalúdka u fakultnej nemocnice /UFMG, Luxemburgo, a Mario Penna nemocniciach, v Belo Horizonte, Brazília. Väčšina zahrnutých jednotlivcov (> 80%) bolo nízkeho socioekonomického úrovni s podobnými kultúrnymi návyky, a všetci boli rodák z Minas Gerais štátu s rovnakým etnickým pôvodom, približne 33% z portugalčiny, 33% z indiánskej a 33% z afrických pôvod, homogénne prítomné v každom predmete [29].
štúdia bola schválená inštitucionálnej etických komisií a informovaný súhlas bol získaný od všetkých pacientov. Doprava, kultúra, a identifikácia mikrobiologické bakteriálnych izolátov boli vykonané ako bolo opísané skôr [34, 35].
Histológia
V skupine gastritídy a pacientov s dvanástnikovým vredom, endoskopické biopsia vzorky antrálnej a oxyntických žalúdočnej sliznice boli získané na histologické a mikrobiologické štúdie. Antrálnej a oxyntic bioptické vzorky boli fixované v 10% formalínu a vložené do parafínu, a 4-um hrubé histologické rezy boli zafarbené carbolfuchsin pre H. pylori
vyšetrovaní [35] a hematoxycilin a eosínu pre histologické hodnotenie podľa aktualizované systém Sydney [36]. V skupine pacientov s karcinómom žalúdka, fragmenty boli získané z žalúdka odstráni gastrektómii po otvorení pozdĺž veľkého zakrivenia do jednej hodiny po resekcii. Nádor bol klasifikovaný v súlade s Lauren [37].
Extrakcia bakteriálnej DNA
baktérie DNA získanú z 60 mm Petriho miske rastu bola extrahovaná QIAmp (Qiagen, Hilden, Nemecko) kit podľa odporúčania výrobcu s menšími modifikáciami , Destilovaná voda bola použitá ako reakčná konania. Koncentrácia DNA bola stanovená spektrofotometricky za použitia Nanodrop 2000 (Thermo Scientific, Wilmington, NC) a skladované pri -20 ° C až do použitia.
Amplifikácia H. pylori ure-špecifických
a 16S rRNA
gény
prítomnosti špecifických Ure stroje a 16S rRNA
génov bola hodnotená podľa Clayton et al.
[38] a Fox et al
. [39] resp. Štandardné TX30 H. pylori
kmeň bol použitý ako pozitívna kontrola, a Escherichia coli kmeňa stroje a destilovaná voda sa obaja použité ako negatívne kontroly.
Termocykléra GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems, Foster City , CA) bol použitý pre všetky reakcie. Amplifikované produkty boli podrobené elektroforéze na agarózovom géli 2%, zafarbený Ethidium bromidom a analyzujú v ultrafialovom svetle presvetľovacom.
Amplifikácia CAG
gén
CAG
gén bol amplifikovaný pomocou z dvoch predtým popísaných párov primérov [40, 41]. H. pylori
odroda z našej (1010-95), je známe, že sa CAG
A-pozitívne, bola použitá ako pozitívna kontrola a TX30 H. pylori
kmeň postráda CAG
a destilovaná voda sa obe použijú ako negatívne kontroly. H. pylori
kmene boli považované za CAG
A-pozitívna, keď aspoň jeden z dvoch účinkov bola pozitívna.
Amplifikácia variabilný oblasti 3 'CAG
Pre PCR amplifikáciu variabilnej oblasti 3 'CAG
gén (ktorý obsahuje sekvencie EPIYA), pridané 20 až 100 ng DNA na 1% Taq DNA polymerázy tlmivého roztoku (KCl 50 mM Tris-HCl a 10 mM), 1,5 mM MgCl 2, 100 uM každého deoxynukleotid, 1,0 u Platinum Taq DNA polymerázy (Invitrogen, Sao Paulo, Brazília), a 10 pmol každého priméru, v celkovom objeme roztoku 20 ul. Použité priméry boli predtým popísané Yamaoka et al
. [27]. Reakčná podmienky boli nasledovné: 95 ° C po dobu 5 minút, nasleduje 35 cyklov 95 ° C po dobu 1 minúty, 50 ° C po dobu 1 minúty a 72 ° C po dobu 1 minúty, končiace 72 ° C počas 7 minút. Amplifikované produkty boli podrobené elektroforéze na 1,5% agarózovom géle, ktorý bol zafarbený etidiumbromidom a analyzované v ultrafialovom svetle presvetľovacom. Reakčným produktom produkty 500 až 850 bp v závislosti na počte EPIYA C. Táto metóda tiež umožňuje detekciu zmiešané infekcie.
Sekvenovanie variabilný oblasti 3 'CAG
významné podskupiny vzorky (približne 75 pacientov v každej skupine) bolo náhodne vybraných pre sekvenovanie, za účelom potvrdenia výsledkov PCR. PCR produkty boli čistené s Wizard SV Gel a PCR Clean-up System (Promega, Madison, MI) podľa odporúčania výrobcu. Čistené produkty boli sekvenované za použitia BigDye ® Terminátor v3.1 Cycle Sequencing Kit v ABI 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, Foster City, CA). Sekvencie získané boli porovnané s použitím CAP3 Sequence zostavenie programu (k dostaniu od: http: ... //Pbil univ-lyon1 fr /CAP3 PHP). Po vyrovnaní nukleotidových sekvencií boli transformované do aminokyselinových sekvencií pomocou programu BLASTX (k dispozícii od: http: ..... //Blast NCBI NLM NIH gov /Blast CGI) a v porovnaní so sekvenciami uložené do GenBank. (http: .... //www NCBI NLM NIH gov /Genbank /)
Stanovenie hladiny sérového CHZO
sérové ​​koncentrácie CHZO boli stanovené u pacientov s zápal žalúdka a vred špecifickým ELISA (Biohit, Helsinki, Fínsko) podľa odporúčaní výrobcu.
Štatistická analýza
vzorke s veľkosťou najmenej 112 osôb v každej skupine, s cieľom ukázať rozdiel 15% medzi skupinami s výkonom 80%, alfa vo výške 5% s intervalom spoľahlivosti 95% bola vypočítaná s Epi Info verzia programu 3.5.1 (centier pre kontrolu a prevenciu chorôb, Atlanta, GA).
pridružení medzi počtom EPIYA C motívy a rakovina žalúdka boli pôvodne v jednorozmerné analýze, a premenné s p-hodnoty menšie ako 0,2 boli zahrnuté do konečného modelu logistickej regresie, kontrole vplyvmi veku a pohlavia. Tiež sme vyhodnotili vplyv pohlavia a veku v počte segmentov EPIYA C v modeli s počtom EPIYA C je závislá premenná a na veku, pohlavia a H. pylori
-associated ochorení ako samostatné kovariátov. Logistický model, fitnes bola hodnotená pomocou testu Hosmerovým-Lemeshow. Vzhľadom k tomu, hladiny CHZO sa nedistribuovali normálne log dáta transformovaná a stala normálne. Asociácia boli teda hodnotené študentovým t-testom (stredná hodnota ± štandardná odchýlka). Asociácia medzi počtom segmentov EPIYA C a stupňom žalúdočné zápalu, atrofia a intestinálnej metaplázia bolo vykonané pomocou dvojstranného test Mann-Whitney. Hladina významnosti bola nastavená na hodnotu ap ≤ 0,05.
Deklarácia
Poďakovanie
Táto práca bola podporená grantom z CNPq, FAPEMIG a inkskí, Brazília.
DMM Queiroz je financovaný v rámci šiesteho rámcový program Európskej únie, projekt OBSAH (INCO-CT-2006-032136).
Autori ďalej len "pôvodné predložený súbory obrazov
Nižšie sú uvedené odkazy na autorov pôvodnej predložených súborov pre obrázky. "Pôvodný súbor pre Obrázok 1 12866_2010_1347_MOESM2_ESM.pdf autorského 12866_2010_1347_MOESM1_ESM.pdf autorov pôvodného súboru na pôvodnom súboru Obrázok 2 12866_2010_1347_MOESM3_ESM.pdf autorského na obrázku 3

• Nedostatok zhody medzi tonometric a žalúdočnej šťavy čiastočné oxidu uhličitého tension
• Zníženie expresie spojivového tkaniva rastového faktora inhibuje rast a inváziu buniek karcinómu žalúdka a zmierňuje peritoneálnej šírenie