numero più elevato di siti di fosforilazione Helicobacter pylori CagA Epiya C aumenta il rischio di cancro gastrico, ma non ulcera duodenale

Maggior numero di Helicobacter pylori CagA
Epiya C siti di fosforilazione aumenta il rischio di cancro gastrico, ma non ulcera duodenale
Abstract
sfondo
Helicobacter pylori
infezione è una delle più comuni infezioni in tutto il mondo e è associata con cancro gastrico e ulcera peptica. fattori di virulenza batterici CagA, come hanno dimostrato di aumentare il rischio di entrambe le malattie. Gli studi hanno suggerito un ruolo causale per polimorfismi CagA Epiya nella carcinogenesi gastrica, ed è stato dimostrato di essere geograficamente diversificata. Abbiamo studiato le associazioni tra H. pylori CagA
Epiya modelli e cancro gastrico e duodenale, in una popolazione etnicamente occidentale miscelato dal Brasile. CagA Epiya è stata determinata mediante PCR e confermato dal sequenziamento. Un totale di 436 pazienti sono stati inclusi, essendo 188 con cancro gastrico, 112 con ulcera duodenale e 136 con la gastrite.
Risultati
Il numero di segmenti Epiya C era significativamente associato con l'aumento del rischio di carcinoma gastrico (OR = 3.08 , 95% CI = 1,74-5,45, p < 10 -3), anche dopo aggiustamento per età e sesso. Maggior numero di segmenti Epiya C è stato anche associato ad atrofia gastrica (p = 0,04) e metaplasia intestinale (p = 0,007). Inoltre, i pazienti infettati da cag impara una ceppi che possiedono più di un segmento Epiya C hanno mostrato livelli sierici sono diminuiti di Pepsinogeno I rispetto a quelli infettati da ceppi contenenti uno o meno ripetere Epiya C. In caso contrario, il numero di segmenti Epiya C non associarsi con ulcera duodenale.
Conclusioni
I nostri risultati dimostrano che l'infezione da H. pylori
ceppi che ospitano più di un motivo CagA Epiya C è stato chiaramente associato con il cancro gastrico, ma non con ulcera duodenale.
maggior numero di segmenti Epiya C è stato anche associato a lesioni precancerose gastriche come dimostrato dai cambiamenti atrofici e metaplastiche gastriche istologiche e diminuzione dei livelli sierici di pepsinogeno I.
Sfondo
Helicobacter pylori
colonizza lo stomaco di più della metà della popolazione mondiale ed è associata con lo sviluppo di complicanze quali ulcera peptica, cancro gastrico e linfoma malt gastrica [1-4]. I fattori che portano alcuni individui di sviluppare malattie associate, mentre la maggior parte delle persone infettate rimangono asintomatici, sono sconosciute, ma sono stati oggetto di intensa ricerca. Tra i fattori dell'ospite, polimorfismi del gene citochine hanno mostrato di aumentare il rischio di cancro gastrico, in particolare IL1B
-31,
IL1RN, e TNFA
-307 polimorfismi a singolo nucleotide nelle popolazioni europee, e IL1RN
in una popolazione brasiliana [5-9]. fattori specifici del ceppo patogeno sono stati fortemente indagati. Tra questi, la proteina CagA è accettata come un fattore di rischio sia per ulcera peptica e cancro gastrico [5, 10-12]. In uno studio del nostro gruppo, l'infezione da H. pylori CAG
ceppi A-positivi avevano un odds ratio (OR) di 11,9 per il cancro gastrico, dopo aggiustamento per i polimorfismi di accoglienza e di altre variabili, mentre il fattore di accoglienza più forte era IL1RN
2 allele, con un OR di 1,9 [5].
CAG
a appartiene a una cag
PAI (patogenicità isola) che codifica un sistema di tipo di secrezione IV (T4SS) associata ad un aumento della secrezione di IL -8, un forte chemochine proinfiammatorie che partecipa alla gastrite indotta da H. pylori
infezione. La T4SS è anche responsabile per l'ingresso della proteina CagA nelle cellule epiteliali gastriche dove CagA è fosforilata sul residuo tirosina nei motivi fosforilazione della regione variabile carboxi-terminale della proteina. Questi motivi sono definiti come Epiya (Glu-Pro-Ile-Tyr-Ala) A, B, C e D secondo diversi aminoacidi accompagnamento. proteina CagA possiede quasi sempre segmenti Epiya A e B che sono seguiti da nessuno, uno, due o tre segmenti C, in ceppi circolanti nei paesi occidentali, o di un segmento D, nei paesi dell'Asia orientale. Il Epiya C e D sono i principali siti di fosforilazione di CagA. Fosforilata CagA forma un complesso fisico con SHP-2 fosfatasi e attiva segnali cellulari anomali che portano alla deregolamentazione della crescita cellulare, cellula a contatto delle cellule e la migrazione delle cellule, allungamento delle cellule epiteliali e aumento del fatturato delle cellule epiteliali, che aumentano il rischio di cellule danneggiate a acquisire cambiamenti genetici precancerose. Portare il tipo D Epiya o multipla C ripete è associata ad un aumento SHP-2 attività di fosfatasi indotta da CagA [13, 14], che solleva la possibilità che l'infezione da CagA ceppi che possiedono numero maggiore segmenti Epiya C predispone a lesioni precancerose e cancro gastrico.
in realtà, questa ipotesi è stata testata nei paesi dell'Est, ma i risultati dello studio sono discordanti. Azuma et al
. [15] aumento della percentuale di ceppi trovato Epiya D tra i pazienti con gastrite atrofica e cancro gastrico, ma altri autori sono stati in grado di riprodurre questi risultati [16, 17]. Allo stesso modo, nelle popolazioni occidentali, significativa associazione tra cancro gastrico e aumento del numero di Epiya C motivi potrebbe essere dimostrata in due studi [18, 19], forse sia per il piccolo numero di pazienti inclusi negli altri studi [20-22], o by regionali /etnie differenze come già dimostrato per altre H. pylori
marcatori di virulenza [23, 24]. Inoltre, le discrepanze sono stati anche dimostrato in studi che valutano il numero di Epiya C motivi e duodenale [19, 25], che merita nelle indagini profonde perché ulcera duodenale e cancro gastrico si escludono a vicenda H. pylori
malattie -associated.
per questo abbiamo valutato se aumento del numero di CagA Epiya C fosforilazione motivi è associata a cancro gastrico e /o duodenale tra cui una grande serie di pazienti per evitare distorsioni e per consentire la regolazione per età e sesso in una popolazione occidentale dal Brasile. Dal momento che l'ulcera duodenale e carcinoma gastrico sono malattie si escludono a vicenda, e CAG
A è un fattore di rischio per entrambe le condizioni, abbiamo valutato anche se il numero di Epiya C segmenti dei ceppi isolati da pazienti con ulcera duodenale differiva da quella dei ceppi isolati da pazienti affetti da cancro gastrico. Perché gastrici atrofiche e metaplastiche variazioni - lesioni precancerose - portano alla compromissione della produzione di pepsinogeno I (IGP) dal capo e le cellule del collo mucose della corpus e ghiandole fundica, abbiamo valutato se il maggior numero di Epiya C motivi è stato associato con il siero livelli Pepsinogeno.
Risultati
le caratteristiche dei pazienti sono riportati nella tabella 1. la presenza di H. pylori
SPECIFICI ure
a e 16S rRNA
è stata confermata con successo mediante PCR in tutti i ceppi studiati e la cag
a PCR sono stati positivi, da almeno uno dei metodi utilizzati, in tutte le strains.Table 1 caratteristiche del paziente e la distribuzione dei genotipi CagA Epiya secondo H. pylori
malattie -associated

gastrite 136 (%)
cancro gastrico 188 (%)
ulcera duodenale 112 (%)

età media (SD)
52,5 (16,9)
62,3 (13,9)
43.5 (15.1)
maschio sesso
48 (35,3)
114 (60,6)
53 (47,3)
Epiya-AB Pagina 3 (2.2) Pagina 3 (1.6) Pagina 4 (3.6)
Epiya-ABC
108 (79,4)
107 (56,9)
93 (83,0)
Epiya-ABCC
21 (15.4)
65 (34,6)
15 (13.4)
Epiya-ABCCC
4 (3.0)
13 (6.9)
0 (0.0)
SD, la deviazione standard
Determinazione del modello CagA Epiya
prodotti PCR amplificati da tutti i CAG
ceppi a-positivi hanno mostrato modelli distinti in regione variabile 3 'del cag
A. Un gel elettroforesi rappresentano i diversi tipi CagA Epiya è mostrato in Figura 1. i risultati di PCR sono state confermate mediante sequenziamento in settanta cinque prodotti di PCR selezionati casualmente da pazienti di ciascun gruppo. Figura 1 elettroforesi di campioni rappresentativi con ciascuno dei tipi CagA Epiya osservate in pazienti con H. pylori -associated malattie. Colonna 1: 100 di serie bp; Colonna 2: Epiya-AB; Le colonne 3, 8, 11, e 12: Epiya-ABC; Colonna 4: Epiya-ABC + -ABCCC; Le colonne 5 e 13: Epiya-ABCC; Colonna 6: Epiya ABCCC; Colonna 7: Epiya-ABCC + -ABCCC; Colonna 9: Epiya-ABC + -ABCC + -ABCCC; Colonna 10:. Epiya-ABC + -ABCC
No Epiya D è stato trovato nel H. pylori
ceppi studiati. La distribuzione dei genotipi Epiya è riportata nella tabella 1.
associazione tra il numero di segmenti Epiya C e cancro gastrico e duodenale
colonizzazione da H. pylori ceppi CagA-positivi
possiedono due o tre Epiya C motivi è stata più frequentemente osservata (p < 10 -3) nel carcinoma gastrico (78/188, 41,5%) rispetto al gastrite (25/136, 18,4%) pazienti. L'associazione è rimasta fortemente significativa anche dopo aggiustamento per età e sesso, mediante regressione logistica (Tabella 2). Il test di Hosmer-Lemeshow ha mostrato una buona forma fisica del modello (Chi-quadro = 3.98, 8 gradi di libertà, p = 0,86, con 10 gradini). In caso contrario, il numero di segmenti Epiya C non associare con ulcera duodenale (Tabella 2) .table 2 associazione tra numero di CagA Epiya C motivi e H. pylori
malattie -associated

L'analisi univariata
L'analisi multivariata

p
O

95% CI
p
cancro gastrico
- Aumentare l'età
< 10-3
1.04
1,03-1,06
< 10-3
- Femmina sesso
< 10-3
0.29
0,18-0,48
< 10-3
- ad alto rischio Epiya (ABCC o ABCCC)
< 10-3
3.08
1,74-5,45
< 10-3
ulcera duodenale
- Aumentare l'età
< 10-3
1.03
1,02-1,05
< 10-3
- Il sesso femminile
0,04
1.26
0,73-2,18
0.41
- ad alto rischio Epiya (ABCC o ABCCC)
0,29
-
- -
il test di Hosmer-Lemeshow ha mostrato una buona forma fisica del modello di cancro gastrico (8 gradi di libertà, p = 0,86, con 10 gradini) e duodenale (8 gradi di libertà, p = 0.25, con 10 gradini).
perché potrebbe essere ipotizzato che il numero di Epiya C motifs aumenta con l'aumentare dell'età, abbiamo anche costruito un modello con il numero di Epiya C rappresenta la variabile dipendente e l'età, il sesso e H. pylori
malattie -associated come co-variabili indipendenti. L'aumento dei segmenti Epiya C non si associano con l'età (p = 0,13), il sesso (p = 0,66) e duodenale (p = 0,29), ma è rimasto associato a cancro gastrico (p < 10 -3, OR = 2.81; 95% cI = 1,64 -. 4,82)
di associazione tra la colonizzazione ceppo misto e malattie
infezione ceppo mista è stata osservata in 57 (13.08% dei pazienti) ed era significativamente più frequente nei pazienti con cancro gastrico (38/188, 20,2%) rispetto a quelli con gastrite (14/136, 10,3%), con un OR per carcinoma gastrico di 2.21 (95% CI = 1,10-4,50). In caso contrario, infezione mista era meno frequentemente osservata nei pazienti con ulcera duodenale (5/112, 4.5%) con un trend di un'associazione negativa (p = 0,09).
Associazione tra il numero di segmenti Epiya C e livelli sierici di IGP
Il pepsinogeno I livelli sierici erano significativamente più alti (p = 0.01) in ulcera duodenale (media 161.67 ± 102.36 g /L) rispetto a gastrite (100.37 ± 70.85 mg /L).
I pazienti infettati da CagA ceppi che possiedono due o tre segmenti Epiya C hanno mostrato diminuzione dei livelli di IGP, rispetto a quelli con infezione da ceppi che possiedono CagA ≤ 1 segmento Epiya C (ulcera duodenale: 179,67 ± 83.30 vs 67.01 ± 34.30, rispettivamente, p = 0,02 e gastrite: 109.26 ± 85.61 vs 57.55 ± 34.61, rispettivamente, p = 0,01).
associazione tra il numero di Epiya C ripetizioni e alterazioni istologiche gastrici e la classificazione del tumore
Aumento del numero di segmenti Epiya C è stato associato con la presenza di lesioni precancerose, sia l'atrofia ( p = 0,04) o metaplasia intestinale (p = 0,007), ma non con gli altri parametri istologici. Inoltre, l'infezione da ceppi che trasportano un aumento dei motivi Epiya C non associare tipo di tumore intestinale o diffuso (p = 0,34)
. Discussione
In questo studio, valutando un'ampia serie di pazienti, abbiamo dimostrato che quelli infetti da H. pylori
ceppi CagA-positivi che possiedono più di un motivo Epiya C sono a tre volte volte aumentato rischio di sviluppare il cancro gastrico. I punti di forza del nostro studio comprendono adeguata dimensione del campione, l'identificazione dei ceppi mediante PCR con conferma mediante sequenziamento e aggiustamento per fattori confondenti mediante analisi di regressione logistica.
CagA è considerata un importante fattore di virulenza batterica associata sia con adenocarcinoma gastrico e duodenale malattia [2, 5, 11, 12, 26]. Il numero e il modello di motivi di fosforilazione sembrano per stratificare ulteriormente il rischio associato a singoli ceppi [18, 27].
E 'stato dimostrato che i modelli di H. pylori CagA
Epiya hanno una notevole variabilità geografica e seguire da vicino i modelli di migrazioni umane storiche. Epiya D è una caratteristica modello asiatico Epiya che praticamente non si verifica nel occidentale H. pylori
ceppi [28]. I brasiliani formano una popolazione occidentale unico perché, nonostante le molteplici origini e la conseguente grande diversità di aspetto fenotipico, vi è stato un notevole grado di allevamento interetnica e quindi la maggior parte degli individui non può essere attribuita a nessuno dei gruppi fondatori sulla base di background genetico, anzi portano circa il 33% dei geni da ciascuna delle principali gare che storicamente componevano il paese (caucasici, africani e amerindi) [29]. Con queste premesse, ci si aspetterebbe di trovare qualche CagA Epiya D nel nostro H. pylori
ceppi, come è stato rilevato tra gli amerindi (in linea con la teoria che inizialmente le persone provenienti da Asia popolate delle Americhe che migrano dal Asia orientale ), ma non abbiamo rilevato alcun Epiya D nella nostra popolazione.
Purtroppo, ci sono pochi studi relativi all'associazione tra il numero Epiya C e H. pylori malattie
associati nelle popolazioni occidentali, con risultati discordanti tra di loro. Basso et al
. [19] hanno dimostrato che più alto numero di segmenti Epiya C è stato associato con carcinoma gastrico in una popolazione caucasica da Italia, analogamente ai risultati di Yamaoka et al
. [18] la valutazione dei pazienti americani dal Texas. In caso contrario, nessuna associazione è stata osservata quando i pazienti colombiani sono stati valutati nello studio del Yamaoka [18] in accordo con i risultati ottenuti da Acosta et al
. [22], mentre Sicinschi et al
. [21] osservate associazioni tra l'aumento segmenti Epiya C e lesioni precancerose. Inoltre, i risultati non conclusivi pubblicati da Argent et al
. [20] la valutazione di 44 ceppi di pazienti africani gli autori hanno mostrato la tendenza di associazione tra CagA con due o più segmenti Epiya C e cancro gastrico.
Queste differenze possono essere spiegato da diversi disegni di studio, la dimensione del campione, le popolazioni e la diversità geografica di H . pylori
marker di patogenicità, rispetto al modello CagA Epiya, mettendo in evidenza la necessità di studiare diverse regioni geografiche.
I risultati di questo studio hanno dimostrato che più alto numero di segmenti Epiya C è associata a cancro gastrico e con pre lesioni -malignant, atrofia e metaplasia intestinale della mucosa corpus nel gruppo di pazienti affetti da gastrite. In accordo con questi risultati, abbiamo anche dimostrato che la concentrazione sierica di IGP è stato per due volte è diminuita nei pazienti con infezione da cag
A-positivi ceppi con due o tre motivi Epiya C. Perché IGP è secreta dalle cellule principali e le cellule del collo mucose nel Corpus e fundica ghiandole, i livelli sierici IGP riflettono lo stato funzionale e morfologica della mucosa gastrica ossintiche; in tal modo, gastrici modifiche atrofiche /metaplastiche portano ad una diminuzione dei livelli sierici IGP [30, 31]. Anche se la mucosa corpus di pazienti affetti da H. pylori
associati ulcera duodenale è o lievemente o meno infiammata, i livelli sierici IGP, erano diminuiti in pazienti con ulcera duodenale infettati da ceppi che contengono più alto numero di segmenti Epiya C.
I risultati del presente studio rafforzare il ruolo potenziale di CagA polimorfismo nello sviluppo del cancro gastrico in accordo con i risultati degli studi precedenti [18, 19]. Tuttavia, non possiamo escludere la possibilità che la costituzione genetica del paese ospitante, più che il ceppo batterio, può predisporre alla gastrite atrofica e la H. pylori
ceppi che trasportano un numero crescente di Epiya C ripete avrebbe un vantaggio rispetto agli altri ceppi a colonizzare nuovo ambiente gastrico oppure un'interazione più complessa di entrambi i meccanismi.
rispetto al ulcera duodenale, anche i risultati degli studi sono discordanti [19, 25]. I nostri risultati sono in accordo con quelli riportati da Basso et al
. [19] che pure non ha trovato associazione tra la malattia e il numero di segmenti Epiya C in una popolazione italiana. In particolare, nessuno dei pazienti con ulcera duodenale della nostra coorte è stata colonizzata da CagA possedendo tre segmenti Epiya C. Come suggerito da Yamaoka et al
. [18], è possibile che i ceppi con più alto numero di segmenti Epiya C possono essere meno resistenti all'acido [18].
Abbiamo anche valutato se la colonizzazione da diversi ceppi (infezione mista) potrebbe essere associato con esiti della malattia. Abbiamo trovato che i pazienti affetti da cancro gastrico sono stati significativamente più spesso colonizzati da ceppi misti, mentre i pazienti con ulcera duodenale hanno avuto una tendenza verso la colonizzazione ceppo meno mista. Una possibilità è che i pazienti con cancro gastrico avrebbero aree di mucosa gastrica mostrano trasformazione cancro, alternate a zone di atrofia, metaplasia intestinale, displasia e mucosa normale, ciascuna delle quali rappresenta microambienti che sarebbero selettivamente vantaggioso infezioni miste [32, 33 ].
Conclusioni
in conclusione, abbiamo scoperto che l'infezione da H. pylori
ceppi CagA-positivi che ospitano più Epiya C ripete è associata a lesioni precancerose gastriche e cancro gastrico, ma non con ulcera duodenale in un etnicamente diversificata, mescolati, popolazione occidentale.
Anche se l'infezione da H. pylori CAG
ceppi a-positivi è un fattore di rischio per le malattie si escludono a vicenda, cancro gastrico e duodenale, ceppi CagA possesso maggior numero di segmenti Epiya C sono stati associata al cancro gastrico, ma non con ulcera duodenale.
maggior numero di segmenti Epiya C è stato anche associato a lesioni precancerose gastriche come dimostrato dai cambiamenti atrofici e metaplastiche gastriche istologiche e diminuzione dei livelli sierici di pepsinogeno I.
Metodi
i pazienti
Sono stati inclusi 436 pazienti con infezione da cag
a-positivi ceppi di H. pylori
(188 con cancro gastrico, 112 con ulcera duodenale e 136 con gastrite), tra coloro che sono stati sottoposti ad endoscopia per chiarire l'origine dei sintomi correlati al tratto gastrointestinale superiore o che hanno subito un intervento chirurgico per rimuovere gastrica carcinoma gastrico presso l'Ospedale Universitario /UFMG, Luxemburgo, e Mario Penna Ospedali, a Belo Horizonte, in Brasile. La maggior parte degli individui inclusi (> 80%) erano di basso livello socio-economico con le abitudini culturali simili, e tutti erano nativo dello stato di Minas Gerais, con lo stesso background etnico, circa il 33% dei portoghesi, il 33% di indio e il 33% degli africani Ancestry, omogeneamente presente in ogni materia [29].
Lo studio è stato approvato dai comitati etici istituzionali e il consenso informato è stato ottenuto da tutti i pazienti. Il trasporto, la cultura, e l'identificazione microbiologica degli isolati batterici sono stati eseguiti come descritto in precedenza [34, 35]
. Istologia
Nel gruppo dei pazienti con ulcera duodenale e gastrite, campioni biopsia endoscopica della antrale e mucosa gastrica ossintiche sono stati ottenuti per lo studio istologico e microbiologico. biopsie antrali e oxintiche sono stati fissati in formalina al 10% ed inclusi in paraffina e 4 micron di spessore sezioni istologiche sono state colorate con carbolfuchsin per H. pylori
indagine [35] e hematoxycilin eosina per la valutazione istologica secondo il sistema Sydney aggiornato [36]. Nel gruppo di pazienti affetti da cancro gastrico, i frammenti sono stati ottenuti dallo stomaco rimosso dalla gastrectomia dopo l'apertura lungo la grande curvatura entro un'ora resezione. Il tumore è stato classificato secondo Lauren [37]
. Estrazione del DNA batterico
Batterio DNA ottenuto da 60 millimetri Petri crescita piatto è stato estratto utilizzando il QIAmp (QIAGEN, Hilden, Germania) Kit secondo le raccomandazioni del produttore con piccole modifiche . L'acqua distillata è stato usato come controllo di reazione. La concentrazione del DNA è stata determinata mediante spettrofotometria utilizzando NanoDrop 2000 (Thermo Scientific, Wilmington, NC) e conservato a -20 ° C fino al momento dell'uso
. Amplificazione di H. pylori
SPECIFICI ure
A e 16S rRNA
geni
La presenza di specifiche ure
a e 16S rRNA
geni è stata valutata in base alle Clayton et al.
[38] e Fox et al
. [39], rispettivamente. Lo standard Tx30a H. pylori
ceppo è stato utilizzato come controllo positivo, e un ceppo di Escherichia coli
e acqua distillata sono stati entrambi utilizzati come controlli negativi.
Il termociclatore GeneAmp PCR 9700 (Applied Biosystems, Foster City , CA) è stato utilizzato per tutte le reazioni. I prodotti amplificati sono stati elettroforesi in gel di agarosio al 2%, colorati con bromuro di etidio, e analizzati in un transilluminatore luce ultravioletta.
Amplificazione del cag
Un gene
Il CAG
Un gene è stato amplificato mediante di due coppie di primer precedentemente descritti [40, 41]. Un H. pylori
ceppo della nostra collezione (1010-1095), noto per essere CAG
A-positivo, è stato utilizzato come controllo positivo, e Tx30a H. pylori
ceppo manca cag
A e acqua distillata sono stati entrambi utilizzati come controlli negativi. H. pylori
ceppi sono stati considerati CAG
A-positivo quando almeno una delle due reazioni è stata positiva.
Amplificazione della regione variabile 3 'del CAG
A
Per l'amplificazione PCR della regione variabile del 3 'del cag
Un gene (che contiene le sequenze Epiya), da 20 a 100 ng di DNA sono stati aggiunti a 1% soluzione tampone polimerasi Taq DNA (KCl 50 mM e Tris-HCl 10 mM), 1,5 mm MgCl 2, 100 micron di ogni deossinucleotide, 1.0 U Platinum Taq DNA polimerasi (Invitrogen, San Paolo, Brasile), e 10 pmol di ciascun primer, per un volume soluzione totale di 20 microlitri. I primer utilizzati sono stati precedentemente descritti da Yamaoka et al
. [27]. Le condizioni di reazione sono: 95 ° C per 5 minuti, seguito da 35 cicli di 95 ° C per 1 minuto, 50 ° C per 1 minuto, e 72 ° C per 1 minuto, per finire con 72 ° C per 7 minuti. I prodotti amplificati sono stati elettroforesi in gel di agarosio 1,5% che è stato colorato con bromuro di etidio, e analizzato in un transilluminatore luce ultravioletta. La reazione prodotto prodotti da 500 a 850 bp in base al numero di Epiya C. Questa metodologia consente anche il rilevamento di infezione mista.
Sequencing di regione variabile 3 'del cag
A
Un sottoinsieme significativo di campioni (circa 75 pazienti di ciascun gruppo) è stato selezionato in modo casuale per il sequenziamento, al fine di confermare i risultati della PCR. I prodotti di PCR sono stati purificati con la procedura guidata SV Gel e PCR Clean-Up System (Promega, Madison, MI) secondo le raccomandazioni del fabbricante. prodotti purificati sono stati sequenziati usando un BigDye ® Terminator v3.1 Kit Cycle Sequencing in un ABI 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, Foster City, CA). Le sequenze ottenute sono state allineate con lo svolgimento del programma dell'Assemblea CAP3 (disponibile da: http:... //Pbil univ-lyon1 fr /cap3 php). Dopo l'allineamento, sequenze nucleotidiche sono state trasformate in sequenze di amminoacidi che utilizzano il programma BLASTX (disponibile da: http:..... //Esplosione NCBI nlm NIH gov /Blast CGI) e rispetto alle sequenze depositato nella GenBank. (http:.... //www NCBI nlm NIH gov /GenBank /)
Determinazione dei livelli sierici di IGP
le concentrazioni sieriche di IGP sono stati determinati nei pazienti con gastrite e ulcera duodenale da uno specifico ELISA (Biohit, Helsinki, Finlandia) secondo le raccomandazioni del produttore.
analisi statistica
un campione di almeno 112 soggetti in ogni gruppo, al fine di mostrare una differenza del 15% tra i gruppi con una potenza del 80%, alfa del 5%, e l'intervallo di confidenza del 95% è stato calcolato con il programma Epi Info versione 3.5.1 (Centri per il controllo delle Malattie e la Prevenzione, Atlanta, GA).
associazione tra il numero di motivi Epiya C e cancro gastrico è stato inizialmente valutati in analisi univariata, e variabili con un valore p inferiore a 0,2 sono state incluse nel modello finale di regressione logistica, il controllo per le influenze di età e sesso. Abbiamo anche valutato l'effetto del sesso ed età del numero di segmenti Epiya C in un modello con il numero di Epiya C rappresenta la variabile dipendente e l'età, il sesso e H. pylori
malattie -associated covariabili come indipendenti. Il modello di fitness logistica è stata valutata con il test di Hosmer-Lemeshow. Poiché i livelli di IGP non sono stati distribuiti normalmente il log dei dati trasformato ed è diventato normale. Associazioni sono stati, quindi, valutata con il test t di Student (media ± deviazione standard). Associazione tra il numero di segmenti Epiya C e il grado di infiammazione gastrica, atrofia e metaplasia intestinale è stato fatto dal due code test Mann-Whitney. Il livello di significatività è stato fissato a un valore di p ≤ 0,05.
Dichiarazioni
Ringraziamenti
Questo lavoro è stato sostenuto da sovvenzioni del CNPq, FAPEMIG e INCT, Brasile.
DMM, Queiroz è finanziato nell'ambito del Sesto Programma quadro dell'Unione europea, Progetto CONTENUTO (INCO-CT-2006-032.136).
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• La mancanza di un accordo tra tonometrica e gastrico succo parziale dell'anidride carbonica tension
• L'abbassamento del connettivo fattore di crescita del tessuto inibisce la crescita e l'invasione delle cellule di cancro gastrico e attenua peritoneale dissemination