Retrospektiva pregledu, ciljno globoko zaporedja razkriva mutacij razlike med gastroezofagealnem prehodu in želodčnih karcinomov

Retrospektiva pregledu, ciljno globoko zaporedja razkriva mutacij razlike med gastroezofagealnem prehodu in želodca karcinomov
Abstract
Ozadje
adenokarcinomov sta na gastroezofagealnem prehodu in želodec molekularno zapleteni, vendar se razlikujejo glede na epidemiologijo, etiologijo in preživetje. Obstaja nekaj podatkov neposredno primerjali frekvence posameznih nukleotidov mutacij genov povezanih z rakom med obema mestih. Zaporedja ciljnih genov plošče so lahko koristni pri odkrivanju več genomske aberacije z enim samim testom.
Metode
DNA od 92 gastroezofagealnem prehodu in 75 adenokarcinomom želodca resekcijo vzorcih je bila povzeta iz-formalinom fiksni parafin vgrajeni tkiva. Ciljno globoko zaporedja 46, povezanih z rakom genov je bila izvedena z emulzijo PCR sledijo temeljijo na polprevodnikov sekvenciranje. Gastroezofagealna junction in želodčni karcinomi so bili v nasprotju z zvezi z mutacijskih profili, imunohistokemijo in situ
hibridizacija, kakor tudi ustrezne clinicopathologic podatkov.
Rezultati
gastroezofagealnem prehodu karcinomi so bili povezani z mlajšo starostno, pogostejše črevesno-type histologijo, pogostejše p53 prekomerno in preživetje na multivariabilnega analize slabše brez bolezni. Med vseh primerih je bilo 145 mutacije odkriti v 31 genov. TP53
mutacije so najpogostejša nepravilnost odkrita, in so bili bolj pogosti pri gastroezofagealnem prehodu karcinomov (42% v primerjavi s 27%, p = 0,036). Mutacije v NT procesi komponente APC
in CTNNB1
so bili bolj pogosti pri želodčnih karcinomov (16% proti 3%, p = 0,006), so bili in želodčni karcinomi bolj verjetno, da ima voznik ≥ 3 mutacije ugotovljenih (11% vs 2%, p = 0,044). Dvajset odstotkov primerih so lahko kazniva mutacije ugotovljene. Opazili so R132H in R132C missense mutacije in v IDH1
gena, in so prvi poročali mutacije svoje vrste karcinoma želodca.
sklepe
plošča zaporedje rutinsko patologijo materiala lahko dobimo mutacijski informacije o različnih voznika genov, vključno z nekaterimi, za katero ciljno terapije so na voljo. Različne stopnje mutacij in clinicopathologic razlike podpira razlikovanje med adenokarcinoma, ki se pojavljajo na gastroezofagealnem prehodu, in tistimi, ki se pojavljajo v želodcu pravilno.
Ključne besede
želodcu raka gastroezofagealni rakom spoj želodca raka genomika Rak želodca zaporedja Ozadje
želodčne rak vzrok za več kot 10.000 smrti na leto v ZDA [1], in je drugi najpogostejši vzrok smrtnosti zaradi raka na svetu [2]. Čeprav so karcinomi na gastroezofagealnem prehodu (gej) združena z želodčnih karcinomov pri registrov raka in v kliničnih preskušanjih za ciljne terapije [3], poškodbe na teh dveh mestih imajo različne klinične značilnosti. Adenokarcinomov želodca so pravilno s Helicobacter pylori
okužbe [4] povzročajo predvsem in se zmanjšuje incidenco svetu [1]. V nasprotju s tem pa so gej rak najbolj povezana z gastroezofagealno refluksno bolezen [2-5] in [6] debelosti in incidenca gej karcinomov je ostala stabilna v zadnjih 20 letih [7]. Poleg tega je ugotovil, prognoza gej karcinomov, da je slabši od želodca karcinomov, in da je negotovost glede tega, ali naj se gej karcinomov uprizorjena kot želodca ali požiralnika tumorjev [8]. Ob spoznanju, da razlikovanje med karcinomov gej, požiralniku in želodcu lahko izboljšajo zbiranje pomembnih epidemioloških podatkov in povzročilo večjo natančnost vodenja [9].
Številne študije so ugotovili razlike v molekularnih značilnosti gej karcinomov v primerjavi s tistimi, ki nastanejo drugje v želodcu. TP53
mutacije so pogostejše v gej kot v distalnem želodcu, medtem ko je izguba heterozigotnosti na TP53
locus tudi pogostejša pri gej tumorjih [10,11]. Pomembne razlike v stopnjah promotor metilacija APC
in CDKN2A
so tudi opisane [12]. Poleg tega so dokazali tudi razlike v APC
stopenj mutacij in izražanja proteinov, kot tudi razlike v globalne genske ekspresije profilov med obema lokacijah [13-16].
Testiranje ojačanji ErbB2
( znan tudi kot HER2
) gena v želodcu in gastroezofagealnem prehodu rakov je sedaj rutinska praksa v mnogih institucij [17]. Podobno testiranje za voznika mutacije, predvsem posameznih nukleotidnih substitucij, v onkogenov in zaviralnih genov trenutno obvesti zdravljenje v adenokarcinome drugih mestih, kot so pljuč in debelega črevesa [18-20]. Kot so nadaljnje molekularne tarče odkrili na spletnih mestih bolezni, bo potreben učinkovit testi za ugotavljanje občutljivosti raka "za ciljno usmerjeno zdravljenje.
Naslednje generacije zaporedje se lahko v bližnji prihodnosti zasliševali več genov v enem samem vzorcu, in ti podatki bi lahko uporabili za obveščanje zdravnikom vozniških mutacij in vodenje usmerjeno zdravljenje. Ciljno usmerjena plošča zaporedja je oblika nove generacije sekvenciranja, kjer so posamezne variante nukleotidov, odkritih v omejenem številu vnaprej določeno genomske lokusov, ki so po namenu, so pogosto prognostično in terapevtsko kritična. Panel sekvenciranje omogoča multipleksiranje vzorcev, in globoko pokritost (> 500X) omogoča analizo neoptimalne predloge gradiva iz arhiva tkiva in vzorcev z nizko tumorja celularnosti. Ožji nabor genov omogoča tudi hitrejše obdelave vzorca in genske analize. Tako lahko izpodbojne rezultate je mogoče dobiti v nekaj dneh in ne tednih, v primerjavi s celotnega genoma in exome pristopov. Vendar pa so podatki omejeno z inherentno pristranski izbor genov, in nezmožnost za odkrivanje sprememb številko kopije, izguba heterozigotnosti in strukturne preureditve kot genov zlitjem. Tako je učinkovita uporaba NGS zahteva skrbno presojo tehnologij, omejitve preizkusu zahteve predloge ter raziskav in kliničnih vprašanj v obravnavi.
Cilji te študije so bile, da sonda uporabnost plošče sekvenciranje on-formalinom določen paraffin- vgrajeni (FFPE) tkivo, in primerjati klinično obrazloženi gej in želodčne karcinomov s plošče zaporedja vročih točk za 46 rakavih genov. Prav tako smo poskušali primerjati frekvence mutacij, opredeljenih s ploščo zaporedja vročih točk proti celotnega exome sekvenciranja, ki uporabljajo javno dostopne podatke The Cancer Genome Atlas.
Metode
Case izbor in priklic clinicopathologic podatkov
institucionalne etike odobritev je bila pridobljena iz University of British Columbia /British Columbia agencija za raziskave raka etiko plošči (# H07-2807) in raziskava je bila izvedena v skladu s Helsinško deklaracijo. Primerov raka želodca so bili pridobljeni iz oddelkov arhivskega gradiva iz British Columbia agencije za boj proti raku (BCCA), deželni napotitev centra. Merila za vključitev so bila napotitev na agencijo med letoma 2004 in 2010, na voljo FFPE tkivo kirurški odstranitvi primarnega tumorja, popolne clinicopathologic podatkov, vključno s kliničnimi rezultati o spremljanju in odsotnost metastaz na predstavitvi. Vzorci biopsije primarnih in metastatskih lezij bili izključeni zaradi pomanjkanja popolnih patoloških podatkov. Gej lokacija je bila opredeljena kot lezij, ki je imel epicenter v 5 cm proksimalnem koncu želodca rugal gub [21]. Ni bilo dogovora o razlikovanju med tumorji v zvezi z lokacijo njihove epicenter znotraj 5 cm je gej (tj tip Siewert ni bilo zabeleženih) [22]. Karcinomov, ki se nahajajo izključno v požiralniku so bili izključeni, kot na zadnjih kriterijih Svetovne zdravstvene organizacije [21]. Vse želodčnih tumorjev nahaja distalno od gej bili umiti skupaj tej študiji. Clinicopathologic podatki so bili naknadno zbrani s pregledom kart pacientov član klinične skupine, kot tudi s pregledom poročil patologije.
Tkiva mikromrež gradnja, imunohistokemija in situ
hibridizacije
gradnjo tkiva mikromrež je izvedena z dvema 0,6 mm jedra iz dveh ločenih oddelkov tumorja. Imunohistokemijsko za p53 (1: 100; klon DO-7, Ventana Medical Systems, Tucson, AZ), Baf250a (1:75; Sigma-Aldrich, St. Louis, MO) in popravilo neusklajenost (MMR), beljakovine, vključno hMLH1 (01:25; klon ES05, ​​Leica, Wetzlar, Nemčija), MSH2 (1: 5, klon 25D12, Leica) hMSH6 (1: 300; klon PU29, Leica) in hPMS2 (1: 150; klon MOR4G, Leica ) je bila izvedena na platformi XT (Ventana). Izražanje p53 je dosegel kot odsotna (< 1% jedrskih obarvanja), normalno (1-60% jedrska obarvanje koli intenzivnosti) ali prekomerno (> 60% jedrskih obarvanje koli intenzivnosti). Baf250a in MMR proteine ​​smo ocenili kot nedotaknjena (≥1% barvanjem) ali negativna (< 1% obarvanje) na osnovi proteinske ekspresije, posebej v tumorskih celicah (npr imunski in stromalni ekspresijo zanemari). ErbB2
srebra na kraju samem
hibridizacije (SISH) je bila izvedena s pomočjo avtomatskega IHC /ISH obarvanje platformo XT (Ventana). ErbB2
: CEP17 razmerje < 2.0 je bil razvrščen kot non-ojačati in vrednost ≥2.0 kot poveča. Naštevanje SISH signalov je temeljila na ustaljenih protokolov [17].
Obdelavo DNK vzorec, zaporedja in varianta kliče
V vsakem primeru smo uporabili Hematoxylin in eozinom drsi vodilo macrodissection ali pomikanje po tumorskega tkiva FFPE drsi po opisuje tumorjev z anatomsko patolog. Tumor DNK iz vsakega primera ekstrahiramo s Qiagen FFPE ekstrakcije DNA kit (Qiagen, Venlo, Nizozemska); brez reproduktivnih DNA smo ekstrahirali. Ekstrahirane DNK je količinsko z QUBIT HS dsDNA testa (Life Technologies Gaithersburg, MD, ZDA); v vseh primerih je bilo najmanj 10 ng DNA, izpisanih iz FFPE, v skladu z že poročali zahtevo po testu [21]. Minimalno razmerje A260 /280 1,8 je bilo potrebno za vsak vzorec DNK. DNA gradnja pomnožkov knjižnica je bila izvedena s pomočjo DNK oligonukleotidov, od v1 Ion Ampliseq ™ Rak Hotspot Panel (Life Technologies). Komplet je sestavljen iz 207 primarnih parov, ki pokrivajo 739 območij znotraj 46 povezanih z rakom genov (Dodatni datotek 1: Tabela S1). Indeksirane pomnožkov knjižnice smo zbrali za emulzijo verižno reakcijo s polimerazo in zaporedja na platformi Ion Torrent PGM (Life Technologies). Najmanj vsaj 500X pokrivanje osnove paru je potrebna za vsak posamezen primer. Varianta kliče je bila izvedena s pomočjo V2.2 Torrent varianta klicatelja (Life Technologies) z referenčno hg19 genom. variante samo darilo na frekvencah ≥5% so bile upoštevane. Ker je bil reproduktivnih DNA na voljo za primerjavo, so variante izključene kot možne somatskih mutacij, če so bili opredeljeni kot posameznih nukleotidnih polimorfizmov s srednjo alelov frekvencah >.... NLM 0 v podatkovni bazi dbSNP (www NCBI NIH gov /SNP); njihov status ne-reproduktivnih variant smo dodatno potrdili z uporabo PubMed iskanje (www. NCBI. NLM. NIH. gov /PubMed).
Primerjava z Cancer Genome Atlas (TCGA) podatki
kurirana somatskih mutacij zahteva 281 TCGA želodec adenokarcinom vzorcev z znanimi anatomskih mestih so bili pridobljeni iz portala Data TCGA (http:... //tcga-data NCI NIH gov /tcga /) 19. februarja 2014. -beljakovinski kodiranje mutacije, ki se nahajajo v regijah, ki jih je plošča v1 Ion Ampliseq ™ Rak Hotspot v vsaki od 46 genov pomnoženih so bili pridobljeni v primerih in razdeljeni glede na lokacijo (60 Cardia /proksimalne in gastroezofagealni spoj primerjavi
221 Fundus /telesa, antruma /distalno in želodec NOS). Podatki Kopiranje številka, podatki RNA izraz, in podatki beljakovin izraz niso bili obravnavani kot naše test zazna le posamezne variante nukleotidov (SNVs) in majhne basepair vstavljanja /izbrisi (INDELs). Pogostnost mutacij, ne glede na vrsto mutacije, smo primerjali primerjavi srborit večkratno sekvenciranje plošči, ki jih opravlja.
Analiza podatkov
Mann-Whitney so bili uporabljeni U-testi in študentskih t-testi za primerjavo linearne spremenljivk, kjer je to primerno. Fisher natančne in chi-kvadrat testi, kjer je to primerno, so bile uporabljene za primerjavo kategorični vrednosti. Preživetje analize so bile izvedene z uporabo log-rang (Kaplan-Meier) in Cox sorazmernih tveganj testov. V 46 plošča geni so preslikani v Kjotskem Enciklopediji genov in genomov (kegg) [22,23] in Ingenuity® integriranem programu Pathway Analysis (Qiagen) da se opredeli onkogeni poti in mreže obogatene za mutacije, in za test za statistično pomembne razlike med gastroezofagealnem prehodu in adenokarcinomom želodca osebkov. P
vrednosti so bile popravljene za večkratno testiranje po popravek Benjamini-Hochberg (BH) [24]. Vsi statistični testi so bili dva repa in P
vrednost < 0,05 je zdelo statistično značilne. Statistične analize so bile izvedene s pomočjo SPSS Statistics opreme (V22, IBM, Armonk, NJ, ZDA) in R statistični jezik v.2.15.1 (R Core Team (2012), R:.. Jezik, in okolje za statistično računalništvo R fundacija za . Statistični Computing, Dunaj, Avstrija ISBN 3-900051-07-0, URL http:... //www R-projekta org /)
Rezultati
Znotraj oddelkov arhivov na BCCA, 229 resekcijske primerki želodcu in gej karcinomov so bili pridobljeni od leta 2004 do leta 2010 in so bili na voljo za gradnjo mikromrež tkiva. DNA je bila na voljo za ekstrakcijo za 176 primerov. Ne clinicopathologic podatki so bili na voljo za korelacije v 6 primerih. Trije primeri imela metastatski bolezni dokumentirano v enem mesecu po predstavitvi, in ti so bili izključeni iz analize. Preostalih 167 primerov, 92 izvira iz gastroezofagealne križišču in 75 izvira iz preostanka želodca (slika 1). Slika 1 Diagram podrobno izbor primera in izključenosti za študije kohorte.
Clinicopathologic razlike med gej in želodca karcinomov
clinicopathologic značilnosti teh primerih so povzeti v tabeli 1 in anonimni klinični podatki so na voljo v dodatni datoteki (Dodatni datotek 2: Tabela S2). Gej karcinomi so bili povezani s mlajši na resekcijo, pogostejše črevesne tipa in manj pogosto difuzno histologijo pogostejše p53 prekomerno in manj pogosto izgubo p53 izražanja, pogostejše bolezni faza III, manj pogosto I fazi bolezni, in pogostejših ponovitev. Preživetje brez bolezni je bilo precej slabše pri bolnikih z gej karcinomi (slika 2A), čeprav sta generacije niso bile statistično razlikujejo glede na celotno preživetje (slika 2B). Druge clinicopathologic lastnosti so bile podobne pri tumorjih na dveh lokacijah, vključno s T-fazi, vpletenosti resekcija marže, erbB2
ojačanje in MMR izgube beljakovin (tabela 1). Delež razpršenih karcinomov pri razvrščanju Lauren) je bil pri obeh straneh. Analiza podskupina samo karcinomov intestinalnega tipa pokazala trajne razlike med gej in želodčnega karcinoma v preživetju brez bolezni in p53 izražanja. Razlike v starosti, p53 izražanja in izid vztrajal če upoštevamo le intestinalnega tipa karcinomov, kot tudi ko so tumorji stratificirani v tri podtipe (bližnji niso difuzna, difuzni in distalni non-razpršenih), kot jih Shah et al predlagali. [16] (Dodatni datoteka 3: Tabela S3) .table 1 Povzetek clinocopathologic spremenljivk v clinicopathologic spremenljivk kohorto je v Cardia in non-Cardia adenokarcinome
Clinicopathologic spremenljivko
gastroezofagealnem prehodu (n = 92)

Non-Kardije (n = 75)
splošno (n = 167)
p
Age (pomeni, let)
61,5 + /- 9.6 [33-80]
66,3 +/- 11,9 [33-84]
63,7 +/- 10,9 [33-84]
0.001
Sex
0,297
Moški
70 (76)
51 (68)
121 (73)
ženski
22 (24)
24 (32)
46 (27)
histološki podtip (Lauren)
0,008
Črevesne
65 (71)
36 (48)
101 (60)
razpršenih
15 (16)
26 (35)
41 (25)
Mešani
12 (13)
13 (17)
25 (15)
fazi (AJCC)
0,031
IA-B
10 (11)
19 (25)
29 (17)
MIS-B
60 (65)
45 (60)
105 (63)
III-AC
22 (24)
11 (15)
33 (20)
Grade
0,415
No razlikujejo (G1)
4 (5)
10 (6)
zmerno razlikuje (G2)
39 (42)
25 (33)
64 (38)
Slabo razlikujejo (G3)
47 (51)
46 (61)
93 (56)
resekcijo robu
0,306
vpletala
74 (80)
65 (87)
139 (83)
vključena
18 (20)
10 (13)
28 (17)
erbB2 ojačanja
0,654
Odsoten
78 (85)
66 (88)
144 (86)
Predstavite
14 (15)
9 (12)
23 (14)
BAF250a (ARID1A) izraz
0,111
neokrnjeni
73 (79)
51 (68)
124 (74)
odsoten
19 (21)
24 (32)
43 (26)
p53 izraz
2.8x10 -4
0 - odsotna
32 (35)
47 (63)
79 (47)
1 - normalno (1-60%)
17 (19)
14 (19)
31 (19)
2 - večja (> 60%)
43 (47)
14 (19)
57 (34)
neusklajenost popravila proteini
0,244
Intact
77 (84)
57 (76)
135 (80)
Nenormalno
15 (16)
18 (24)
33 (20)
Število ponovitev
57 (62)
32 (43)
89 (53)
0,019
mediana preživetja brez napredovanja bolezni (meseci)
12
18
15
Število smrtnih
69 (75)
48 (64)
117 (70)
0.130
mediana celokupnega preživetja (meseci )
18.0
23,0
20,0
Slika 2: Primerjava preživetja brez bolezni in celokupno preživetje med bolniki z gastroezofagealno in želodca karcinomov. A) brez bolezni je bilo bistveno slabše gastroezofagealne karcinomov (polne črte) v primerjavi z želodčnih carcinoms (črtkane črte), Log-rank test; p = 0,002, čeprav B) celotno preživetje ni bilo razlik med obema lokacijah bolezni (log-rang test,. p = 0,225)
Na multivariabilnega analizo, je gej lokacijo neodvisno povezano z preživetje slabše brez bolezni (Cox proporcionalnega tveganja = 2,08 [95% interval zaupanja: 1,25-3,44], p = 0,005), skupaj s statusom marže in mikrosatelitne nestabilnosti (Dodatni datotek 4: Tabela S4). Starost, so tumor razred in vključevanje marža neodvisno napovedni celokupnega preživetja (Dodatna datoteka 5: Tabela S5).
Mutacije identificirane z rakom plošče
Med vseh primerih je bilo 145 mutacije odkrili v 31 genov, s zaznali 75 mutacij med 57 tumorjev iz gej in 70 mutacij odkritih med 43 želodčnih tumorjev (slika 3). Ni mutacij so odkrili pri 35 (38%) in 32 (43%), tumorjev iz gej in želodcu oz. TP53
je najpogosteje mutiranih genov, z različicami, opredeljenih v 59 od 167 primerov (35%). Naslednji najpogosteje mutirani geni so PI3KCA
(6%), CTNNB1
(5%), Kras
(5%) in SMAD4
(4%). Druge variante vključeni hotspot mutacije IDH1
(2 primera), JAK3
(3 primeri), in FLT3
(2 primera). En mutacija je bila ugotovljena v 70 primerih (42%), so bile ugotovljene 2 mutacije v 20 primerih (12%), in ≥3 mutacije so bile ugotovljene v 10 primerih (6%). Slika 3 somatskih mutacij, opredeljenih v gastroezofagealnem prehodu in želodca karcinomov. TP53
mutacije so bile ugotovljene pri večjem deležu gastroezofagealnem prehodu tumorjev, medtem ko so nepravilnosti v APC
/CTNNB1
pogosteje pojavili pri želodčnih tumorjev. Črna bloki predstavljajo krčenjem mutacije, medtem ko sivi bloki predstavljajo missense mutacije. Primeri in geni, v katerih mutacije niso bile ugotovljene, niso vključeni.
Nobenih mutacij so bile ugotovljene v srborit regijah ALK
, CSF1R
, EGFR
, FGFR2
, HNF1A
, HRAS
, JAK2
, MPL
, NPM1
, nacionalni regulativni organi
, SRC
, STK11
ali VHL
. Vse variantne klici so na voljo v dodatnih podatkov (dodatno datoteko, 6: Tabela S6).
Razlike v mutacij med gej in želodca
so TP53
mutacije ugotovljene v 39 od 92 (42%) je gej tumorjev in 20 75 (27%) želodčnih tumorjev (p = 0,036). Ko je razdeljen na 3 podtipe, ki jih Shah et al predlagali. [16], TP53
mutacije v bližnjih nondiffuse raka (44%) kot v razpršenih raka (37%) in distalnih nondiffuse raka (p = 0,024 20%) pogosteje prišlo. Ta razvrstitev je pokazala tudi bolj pogoste mutacije gena KRAS
v distalnih nondiffuse raka (12%) v primerjavi z proksimalne nondiffuse (3%) in razpršenih (0%) karcinomov (p = 0,12). Ni velike razlike v mutacij frekvenc so bili prisotni med drugim posameznih genov v plošči. Dve komponenti NT poti, APC
in CTNNB1
, so v skupni pogosteje mutirala v želodčnih karcinomov kot gej tumorjev (16% v primerjavi s 3%, p = 0,006). Želodčni karcinomi pogosteje imeli mutacije v 3 ali več genov (11% v primerjavi z 2%, p = 0,044; slika 4). niso opazili nobenih razlik v vključenosti onkogenih poti med obema mestih, ki temelji na mutacijskih profilov. Slika 4 Deleži gej in želodčnih karcinomov s številom ugotovljenih skupnih in konkretnih mutacij. Trdne temne površine v stolpcih predstavljajo primere z 1 mutacijo, temne diagonalne podložene območja predstavljajo primere z 2 mutacij, in opazila območja predstavljajo primere s 3 ali več mutacij.
Potencialno izpodbojne mutacije
Ciljno terapije so na voljo ali v razvoju za mutacije, ki se pojavljajo v teh genih: akt
[25], BRAF
[26], erbB2
[27], erbB4
[28], FGFR1
[29], FGFR3
[30], fLT3
[31,32], IDH1
[33], JAK3
[31], KDR
[34,35], Kras
[36], MET
[34], PDGFRA
[37], PIK3CA
[25], PTEN
[25], PTPN11
[38], RET
[39], SMO
[40]. Mutacije v teh genih so bile ugotovljene v 32 primerih (19%), od tega 6 primerih (4%), z 2 mutacij in 3 primerih (2%), z ≥ 3 mutacij. Porazdelitev kazniva mutacij ni pomembno razlikovala med gej in želodčnega karcinoma. (P = 0,327; slika 4)
prognostični pomen mutacij
so erbB4
mutacije, povezane s slabše preživetje brez bolezni (p = 0,018 ), medtem ko se je trend v smeri preživetja slabši brez bolezni, povezane z mutacijami ABL1
(p = 0,063) in JAK3
(p = 0,059). Nobena od teh mutacij je bilo prognostično pomembne po obračunavanju starost, spol, Lauren podvrste, fazi, razred in status marže. Mutacije BRAF
(p < 0,001), FGFR3
(p < 0,001), FLT3
(p < 0,001) so bili povezani z slabšem preživetje na univariantne analize na podlagi enega samega primera z mutacijami v vseh teh treh genov.). BRAF
mutacija ostala prognostično pomembne po obračunavanju starost, spol, Lauren podvrste, fazi, razred in status marže (p = 0,002).
Primerjava z TCGA podatkov
Pri ocenjevanju hotspot regije, ki jih zaporedja plošči zajema je skupno število mutiranih genov, na primer, je bila podobna med TCGA in študij skupinama (p = 0,659), tudi če primerjamo bodisi gej (p = 0,399) ali želodca (p = 0,845), tumorji samo (slika 5a). Trend k bolj pogoste primere z mutacijami v ≥ 3 genov v želodcu primerjavi z gej je bilo opaziti tudi v podatkih o TCGA (12% v primerjavi s 3%, p = 0,054). Skupna pogostnost TP53
mutacij ni razlikoval med kohorte študija in TCGA kohorte (p = 0.230). v TCGA CCD (Številke 5B-D) niso opazili nobenih razlik v TP53
, KRAS
in APC
/CTNNB1
stopenj mutacij med gej in želodca karcinomov. V mutirani geni v nabor podatkov TCGA so vključeni v dodatni datoteki 7: Tabela S7. Glede mutacije z morebitno prognostičnega pomena, opredeljenih v našem kohorti, je bil trend v smeri slabšem preživetju, povezane z BRAF
mutacij (p = 0,079), medtem ko ni bilo napovedni združenje našli v TCGA kohorti v povezavi z mutacijami v erbB4
ABL1
, JAK3
, FLT3
ali FGFR3
. Slika 5 Primerjava pogostnosti mutacij v vročih točk, opredeljenih v študiji kohorte uporabo plošče zaporedja, v primerjavi z mutacij, opredeljenih z uporabo celotnega exome zaporedja v podatkih TCGA. A) Mutacije vsej mutacijskih vročih točk v 46 genov na plošči, B) mutacij v TP53
, C) mutacij v KRAS
in D) mutacij v NT signalne komponente APC
in CTNNB1
.
Razprava
Ta študija, katere namen je sonda uporabnost plošče sekvenciranje pri ugotavljanju posamezne nukleotidnih sprememb v rutinsko, ki se obdelujejo v želodcu resekcijo vzorcev, ki bi jih lahko uporabili za vodenje usmerjenih terapij. Mi sekundarno skušala kontrast gej in želodčne karcinomov skozi ciljno globoko zaporedja panela 46 povezane z rakom genov, ki je pokazala nekatere razlike na genomsko ravni, ki se lahko odražajo različne clinicopathologic profilov. Končno smo tudi poskušali primerjati frekvence mutacij, pridobljenih z uporabo te plošče z rezultati celotnega exome sekvenciranje v The Cancer Genome Atlas.
Adenokarcinomov prebavil so molekularno heterogeno in zapleteno [41-44]. V raka želodca, ki so globoko zaporedja posameznih nukleotidov polimorfizem in RNA izražanja nizi pred kratkim razkrila nepravilnosti na več poti, vključno z NT, Jež, mobilni kolesarjenje, popravilo poškodb DNA in prehod epitelijskih-to-mezenhimskih [45]. Trenutna uporaba različnih testov single genskih je nevzdržno glede na to kompleksnost, še posebej v prisotnosti naraščajočega števila usmerjenih terapij, omejenih virov in razpoložljivost omejeno tkiva. Tako je zaželeno, da se hkrati raziskali več genov. Panel zaporedja ima občutljivost blizu 100% v primerjavi z običajnimi testi, kot Sanger zaporedja in metode, ki temeljijo na PCR, kot tudi sposobnost, da odkrijejo SNVs in INDELs na alelov frekvencah tako nizko, kot 5% in 20%, in sicer v obeh FFPE [21,46-48] in citologija osebki [49-52]. Ciljno usmerjene plošča zaporedja lahko zaznajo aberacije v zvezi z rakom genov v začetku želodca raka in predhodnikov poškodb [53], in globoko pokritost je lahko še posebej koristno pri raku želodca z zagotavljanjem ustreznih rezultatov kljub skopo biopsijo materiala in primesi tumorskih celic z desmoplasia in vnetne celice.
voznik domnevno mutacije so bile ugotovljene v večini gej in želodčnih karcinoma v preiskavi v tej študiji. Daleč najpogosteje zaznane mutiran gen je TP53
, in te mutacije so tudi odkrili v lezij v zgodnji fazi in predhodnikov z uporabo istega testa [53]. Več voznik mutacije so bile ugotovljene v več primerih, krepi idejo, da potrebujejo več geni, ki se zaslišuje naenkrat v genomically kompleksnih tumorjev, kot so želodčne adenokarcinome. Primer z mutacijo v BRAF
(kot tudi FLT3 in FGFR3) je bila povezana s slabim celokupno preživetje na obeh univariantne in multivariabilnega analize. Ta ugotovitev odraža tudi trend v podatkih TCGA do slabe celokupno preživetje v BRAF
-mutated tumorjev, kar kaže, da bi plošča zaporedja so v nekaterih primerih napovedno vlogo.
Smo bili tudi sposobni zaznati potencialno izvedljive mutacij v približno 20% primerov, ki se ukvarjajo bodisi genov ali poti, kjer so na voljo ali v razvoju ciljno terapije. Medtem ko bi se ta številka v idealnem primeru višje, naš test zajema le nekatere hotspot regije teh genov in ne predstavljajo število kopijo sprememb, ki lahko prinašajo tudi koristne informacije. Nadaljnje izpopolnjevanje takih plošč vključiti širši nabor genov in genskih segmentov se bo verjetno povečala delež primerov, v katerih so opredeljene mutacije. Na primer, čeprav TP53
mutacije pojavljajo v celotni genom, plošča prvenstveno nanaša eksonov 5-8, in nekateri od segmentov genov, ki niso bile zaporedjih pogosteje povezana z izgubo p53 na imunohistokemijo [54]. To dejstvo bi lahko potencialno razložiti tako razlike v stopnjah TP53
mutacij in vzorcev imunohistokemičnim izražanja opazili v gej in želodcu. Vsi avtorji prebrali in potrdil končni rokopis.

• Vloga PET /CT pri odkrivanju želodca ponovitve raka
• Citoreduktivni kirurgija plus hipertermični intraperitonealno kemoterapijo izboljša preživetje raka želodca s peritonealno karcinomatozo: dokazov iz eksperimentalne study