Retrospektyva peržiūra naudojant tikslinę giliai seka atskleidžia mutacijų skirtumus gastroezofaginio sankryžos ir skrandžio karcinoma

Retrospektyva peržiūra naudojant tikslinę giliai seka atskleidžia mutacijų skirtumus gastroezofaginio sankryžos ir skrandžio karcinoma
tezės
Background pervežimas adenokarcinomos tiek gastroezofaginio sankryžos ir skrandžio yra molekules sudėtinga, tačiau skiriasi atsižvelgiant į epidemiologinę, etiologija ir išlikimui. Yra nedaug duomenų, tiesiogiai lyginant vieno nukleotido mutacijų vėžiu susijusių genų tarp dviejų vietų dažnius. Sekos tikslinių genų plokštės gali būti naudinga atskleisti kelis genomo aberacijas naudojant vieną testą.
Metodai
DNR nuo 92 gastroezofaginio sankryžos ir 75 skrandžio adenokarcinoma rezekcijos egzempliorių buvo išgauti iš formalino fiksuoto parafiną įdėta audinio. Tikslinės giliai sekos 46 vėžio susijusių genų buvo atliktas per emulsijos PGR po puslaidininkių pagrindu sekos. Gastroezofaginio mazgas ir skrandžio karcinoma buvo priešinama atžvilgiu mutacijų profilių, imunohistocheminiu ir in situ hibridizacijos
, taip pat atitinkantis clinicopathologic duomenis.
Rezultatai
gastroezofaginio jungiamosios karcinomos buvo susiję su jaunesnio amžiaus, dažniau žarnyno tipo histologija, dažniau p53 raiška, o dar blogiau išgyvenimo be ligos nuo kintamųjų analizei. Tarp visais atvejais, 145 mutacijos buvo aptikta 31 genų. TP53
mutacijos buvo labiausiai paplitęs sutrikimas, aptiktas, ir buvo labiau paplitusi gastroezofaginio sankryžos karcinoma (42% vs 27%, p = 0,036). Mutacijų WNT kelio metu komponentai APC
ir CTNNB1
buvo labiau paplitęs tarp skrandžio karcinoma (16% vs 3%, p = 0,006), ir skrandžio karcinoma buvo labiau linkę turėti aptikti ≥ 3 vairuotojo mutacijas (11% ir 2%, p = 0,044). Dvidešimt procentų atvejų turėjo potencialiai apčiuopiamų mutacijas nustatytas. buvo pastebėtas R132H ir R132C missense mutacijas IDH1
geno, ir pirmieji pranešė mutacijos jų pobūdžio skrandžio karcinoma.
išvadas
skydas seka įprastas patologijos medžiagos gali duoti mutacijų informaciją apie keletą vairuotojų genų, įskaitant kai už kuriuos skirta terapija yra prieinami. Skirtingo dydžio mutacijų ir clinicopathologic skirtumų remti skirtumą tarp adenokarcinomos, kurie kyla į gastroezofaginio sankryžos ir tie, kurie kyla iš skrandžio tinkamai.
Raktiniai žodžiai
skrandžio vėžio gastroezofaginio sankryžos vėžio skrandžio vėžio genomikos Skrandžio vėžys sekvenavimo Background
skrandžio sulčių vėžys sudaro daugiau nei 10.000 mirčių kasmet JAV [1], yra antroji dažniausia mirtingumo nuo vėžio visame pasaulyje [2]. Nors karcinomos iš gastroezofaginio sankryžos (seks) buvo sugrupuoti su skrandžio karcinomos vėžio registrų ir klinikinių tyrimų metu tikslinių gydymo [3], pažeidimai, šių dviejų vietų turi skirtingus klinikinius funkcijų. Adenokarcinomos skrandžio tinkamas yra visų pirma sukelia Helicobacter pylori
infekcijos [4] ir mažėja dažnis visame pasaulyje [1]. Priešingai, seks vėžys yra labiausiai susijęs su gastroezofaginio refliukso liga [2-5] ir [6] nutukimo, ir seks karcinomų dažnis išliko stabilus per pastaruosius 20 metų [7]. Be to, iš seks karcinomų prognoze buvo pastebėta, kad būtų blogiau nei skrandžio karcinoma, ir ten yra netikrumas dėl to, ar seks karcinomos turėtų būti pastatytas kaip skrandžio arba stemplės navikų [8]. Pripažindamos tarp karcinoma seks, stemplės ir skrandžio skirtumą gali sustiprinti prasmingų epidemiologinių duomenų rinkimas ir padidėti valdymo tikslumo [9].
Keletas tyrimų pastebėjo skirtumus molekulinius charakteristikas seks karcinoma, lyginant su tais, kurie kyla kitur į skrandį. TP53
mutacijos dažnesnės į seks nei distalinės skrandžio, o nuostolis heterozigotiškumo vykdomos TP53
lokuso taip pat yra labiau paplitusi seks navikų [10,11]. Reikšmingų skirtumų rengėjas metilinimas normos APC
ir CDKN2A
taip pat buvo aprašyti [12]. Be to, taip pat buvo įrodyta, skirtumai APC
mutacijų dažnis ir baltymų raiškos, taip pat skirtingų pasaulio genų ekspresijos profilius tarp dviejų vietų [13-16].
Testavimas papildymą iš erbb2
( taip pat žinomas kaip HER2 pervežimas) geno skrandžio ir skrandžio sankryžos vėžio dabar įprasta praktika daugelyje įstaigų [17]. Be to, bandymų Vairuotojo mutacijų, ypač vieno nukleotido pakaitų, visų onkogenų ir naviko slopintuvas genų metu informuoja gydymo adenokarcinomos kitų svetainių, tokių kaip plaučių ir storosios žarnos [18-20]. Kaip toliau molekulinius taikinius yra atrado visoje ligos vietų, veiksmingos tyrimai bus reikalaujama, kad nustatyti vėžio imlumą tikslinio gydymui.
Naujos kartos seka gali būti naudojama, kad artimiausioje ateityje apklausti kelis genų vieną mėginį, ir šie duomenys gali būti naudojamas siekiant informuoti gydytojams vairuotojų mutacijų ir vadovauti tikslinę gydymą. Tikslinės skydelis sekos yra naujos kartos sekvenavimo kur vieno nukleotido variantai aptinkami ribotą skaičių anksčiau nustatytą genomo lokusų, kurie pagal ketinimą dažnai prognozuotą ir terapiškai kritinė forma. Skydas sekos leidžia sandarinami mėginių ir giliai aprėptis (> 500X) palengvina neoptimaliai šablonų medžiagos analizė iš archyvinės audinių ir mėginių su mažu naviko ląstelių skaičius. Siauresne genų rinkinio taip pat leidžia greičiau pavyzdį perdirbimo ir bioinformatikos analizė. Tokiu būdu, baustini rezultatai gali būti gauti per kelias dienas, o ne savaites, palyginti su visą genomą ir exome metodų. Tačiau duomenys yra apribota iš prigimties tendencingai atrinktais genų, ir nesugebėjimas nustatyti kopijų skaičiaus pokyčius, nuostolis heterozigotiškumo ir struktūrinių pertvarkymų, kaip antai genų susiliejimą. Taigi, veiksmingai naudojant NGS reikalauja kruopščiai įvertinti technologijas, testą apribojimus, šablonų reikalavimus, ir mokslinių tyrimų bei klinikinių klausimus svarstomas.
Šio tyrimo tikslai buvo zondas Panel sekos Utility formalino fiksuoto paraffin- integruotas (FFPE) audinius, o palyginti kliniškai komentuojami seks ir skrandžio karcinomos per skydelio sekos iš 46 vėžio genų požiūriu. Mes taip pat siekė palyginti mutacijų nustatytų su skydelio eiliškumo hotspots prieš viso exome sekos, naudojant viešai prieinamą informaciją iš vėžio genomo Atlas dažnius.
Metodai
Byla atranka ir paieška clinicopathologic duomenų
tarnybinės etikos patvirtinimas buvo gautas iš Britų Kolumbija /Britų Kolumbija Vėžys agentūros mokslinių tyrimų etikos valdybos (# H07-2807) universitete, tyrimas buvo atliktas laikantis Helsinkio deklaracijos. Atvejai, kai skrandžio karcinoma buvo gauti iš padalinių archyvuose iš Britų Kolumbijos vėžio agentūros (BCCA), provincijos perdavimo centre. Įtraukimo kriterijai buvo kreipimosi į agentūrą tarp 2004 ir 2010, galima FFPE audinių iš chirurginio rezekcijos pirminio naviko, pilnas clinicopathologic duomenis, įskaitant klinikinių rezultatų dėl tolesnių, o metastazavusio vėžio nesant pristatymas. Biopsijos mėginius pirminių ir metastazavusiu pažeidimų buvo atmesti dėl to, kad visiškai patologinių duomenų nėra. Seks vietą buvo apibrėžtas kaip pažeidimų su epicentras per 5 cm nuo proksimalinio galo iš skrandžio rugal raukšlės [21]. Nėra jokio skirtumo buvo tarp navikų ryšium su jų epicentras vietą per 5 cm nuo seks (t Siewert tipo nebuvo užfiksuotas) [22]. Karcinomos, esančių tik per stemplę buvo atmesti, kaip už paskutinius PSO kriterijus [21]. Visi skrandžio navikų, esančių distalinės į seks buvo binned kartu šiame tyrime. Clinicopathologic duomenys buvo renkami atgaline data, peržiūrint pacientų jūrlapiuose klinikinę komandos narys, taip pat peržiūrint Patologijos ataskaitas.
Audinių Mikrogardelė statyba, imunohistocheminis ir in situ hibridizacijos
pervežimas Audinių mikrogardeliq statybos buvo atliekami naudojant du 0,6 mm gabaliukai iš dviejų atskirų skyrių ir navikų. Imunohistocheminis dažymas p53 (1: 100; klonas Pasidaryk 7, Ventana Medical Systems, Tucson, AZ), Baf250a (1:75; Sigma-Aldrich, St Louis, MO) ir neatitikimas remontas (MMR) baltymai, įskaitant hMLH1 (01:25; klonas ES05, ​​Leica, Wetzlar, Vokietija), MSH2 (1: 5; klonas 25D12, Leica "), hMSH6 (1: 300; klonas PU29 Leica) ir hPMS2 (1: 150; klonas MOR4G Leica ) buvo atliktas XT platforma (Ventana). Išraiška p53 pelnytas, kaip nebūna (< 1% branduolinė dėmių atsiradimas), normalus (1-60% branduolinė dažymo bet kokio intensyvumo) arba padidėjusi (> 60% branduolinės dažymo bet kokio intensyvumo). Baf250a ir MMR baltymai gavo kaip nepažeisti (≥1% žyme) ar neigiamas (< 1% dažymas), remiantis baltymų raiškos specialiai naviko ląstelėse (t imuninės ir stromos išraiška buvo ignoruojami). Erbb2
sidabro in situ hibridizacijos
(SISH) buvo atliktas naudojant XT automatinį IHC /ish dažymo platformos (Ventana). Erbb2
: CEP17 santykis < 2,0 buvo klasifikuojami kaip ne sustiprina, o tai yra, vertės ≥2.0 kaip papildomi. Žarninių SISH signalų buvo grindžiamas nustatytais protokolus [17].
DNR mėginys apdirbimas, sekos, ir variantas skambina
Kiekvienu atveju hematoksilinu ir eozinas skaidres buvo naudojamas vadovauti macrodissection ar nemirksi naviko audinio iš FFPE skaidres po kuriame iš navikų anatominę patologas. Naviko DNR nuo kiekvienu atveju buvo išgauti naudojant Qiagen FFPE DNR išskyrimo rinkinys (Qiagen, Venlo, Nyderlandai); ne gonocitų linijos DNR buvo išgauti. Gautos DNR buvo įvertintas naudojant kubitas SS dsDNA tyrimą (Life Technologies "Gaithersburg, MD, JAV); visi atvejai buvo 10 ng DNR išskirta iš FFPE minimumą, laikantis anksčiau pranešė reikalavimo dėl tyrimo [21]. buvo reikalingas minimalus A260 /280 santykis 1.8 kiekvieno DNR mėginį. DNR amplifikacijos biblioteka statyba buvo atliekama naudojant DNR pradmenis iš Jonų Ampliseq ™ Vėžys Hotspot skydas v1 (Life Technologies). Rinkinį sudaro 207 pradmenų porų, kurios apima 739 hotspots per 46 vėžio susijusių genų (Papildoma failų 1: Lentelė S1). Indeksuoti amplikono bibliotekos buvo sujungtos emulsija polimerazės grandininės reakcijos ir sekos dėl jonų torrent PGM platforma (Life Technologies). buvo reikalaujama ir ne mažiau kaip 500X bazinių porų aprėpties mažiausia kiekvieno atveju. Variantas pašaukimas buvo atlikta naudojant torrent variantas Caller V2.2 (Life technologies "), naudodami hg19 atskaitos genomą. Tik variantai dabartį dažniais ≥5% buvo laikomi. Kadangi gonocitų linijos DNR buvo nepasiekiamas Palyginimui, variantai buvo atmestos kaip galimos somatinės mutacijos, jeigu jie buvo identifikuoti, kaip vieno nukleotido polimorfizmas, kurių vidutinis alelių dažniai >.... 0 per dbSNP duomenų bazės (www ncbi NLM NIH valst /SNP); jų, kaip ne gemalo variantų statusas dar kartą patvirtino, naudojant PubMed paiešką (www. ncbi. NLM. NIH. gov /PubMed) Palyginimas su Vėžys genomo Atlas (TCGA).
duomenys
kuravo somatinių mutacijų ragina 281 tCGA skrandžio adenokarcinoma mėginių su žinomais anatominių vietų buvo paimti iš tCGA duomenų portalą (http:... //tcga-DATA NVI NIH valst /tcga /) vasario 19, 2014. baltymų kodavimo mutacijos esančių regionų stiprintuvu pagal jonų Ampliseq ™ Vėžys hotspot skydas v1 kiekvienoje iš 46 genų buvo gautas atvejais ir suskirstyti pagal buvimo vietą (60 Cardia /proksimalinio ir gastroezofaginio sankryžos prieš
221 dugno /kūno, antralinėje dalyje /distalinio ir skrandžio NOS). Kopijuoti numeris duomenis, RNR raiškos duomenis ir baltymų ekspresijos duomenys nebuvo laikomas mūsų pačių tyrimas aptinka tik vieno nukleotido variantus (SNVs) ir mažų susiporuoja intarpais /delecijos (INDELs). Mutacijų dažniai, nepriklausomai nuo mutacijos tipą, buvo palyginti palyginti su hotspot kelių skydelio sekos, kad mes atlikto.
Duomenų analizė
Mann-Whitney U-testai ir studentų t-testai buvo naudojamas palyginti linijinius kintamuosius, prireikus. Fisher tikslios ir chi kvadrato testai, tam tikrais atvejais, buvo naudojamos palyginti kategorinius vertybes. Išgyvenimo analizė buvo atliekama naudojant log-rank (Kaplan-Meier) ir Cox proporcinės rizikos tyrimus. 46 skydelis genai buvo susietas su [22,23] Kioto enciklopedija genų ir genomų (KEGG) ir Ingenuity® integruotos Kelias analizės programa (Qiagen) nustatyti onkogeninių kelius ir tinklus praturtinta mutacijų, ir patikrinti, statistiškai reikšmingų skirtumų tarp gastroezofaginio sankryžos ir skrandžio adenokarcinoma egzempliorių. P
vertės buvo Koreguota daugeliui bandymų naudojant Benjamini-Hochberg (BH) korekcija [24]. Visi statistiniai bandymai buvo du-tailed ir P
vertė < 0,05 buvo laikomas statistiškai reikšmingas. Statistinė duomenų analizė atlikta naudojant SPSS Statistika programinė įranga (V22, IBM, "Armonk, NJ, JAV) ir R statistikos kalbą v.2.15.1 (R pagrindinė komanda (2012) R.. Kalba ir aplinka statistikos skaičiavimo R fondas . Statistiniai Kompiuterija, Viena, Austrija ISBN 3-900051-07-0, url http:... //www R-project org /)
rezultatai
Per departamentų archyvuose tuo BCCA, 229 rezekcijos pavyzdžiai skrandžio ir seks karcinoma buvo gauti nuo 2004 iki 2010 ir buvo galima statyti audinių microarray. DNR buvo galima išgauti už 176 atvejų. Nėra clinicopathologic duomenys buvo prieinami koreliacijos 6 atvejais. Trys atvejai buvo metastazinė liga dokumentais per mėnesį nuo pateikimo, ir jie buvo pašalinti iš analizės. Iš likusių 167 atvejų 92 kilęs iš gastroezofaginio sankryžos ir 75 yra kilęs iš skrandžio (1 paveikslas) laikui. 1 pav Srauto diagrama išsamiai atveju atranka ir atskirtimi dėl studijų kohortos.
Clinicopathologic skirtumai tarp seks ir skrandžio karcinoma Viesbutis The clinicopathologic bruožai šių atvejų yra apibendrinti 1 lentelėje ir anonimiški klinikiniai duomenys pateikiami papildomo failo (Papildoma failo 2: Lentelė S2). Seks karcinomos buvo susijęs su jaunosios amžius rezekcija, dažniau žarnyno tipo ir rečiau difuzinio histologiją, dažniau p53 raiškos ir rečiau praradimo p53 išraiška, dažniau III stadijos liga, rečiau I etapas liga, ir dažniau pasikartojimo. išgyvenimą iki ligos progresavimo buvo reikšmingai blogesni tarp pacientų, sergančių seks karcinoma (2a paveikslėlis), tačiau du gretos nebuvo statistiškai skiriasi, kalbant apie bendrojo išgyvenamumo (2b pav.) Kitos clinicopathologic funkcijos buvo panašus navikų dviejų vietų, įskaitant T-etape, rezekcija maržos dalyvavimo, erbb2
stiprinimas ir MMR baltymų praradimo (1 lentelė). Pasklidosios karcinoma į Lauren klasifikaciją) santykis buvo panašus abiejose svetainėse. Pogrupis analizė tik žarnyno tipo karcinoma parodė egzistuojančių skirtumų seks ir skrandžio karcinomos išgyvenimą iki ligos progresavimo ir p53 išraiška. Skirtumai amžiaus, p53 išraiškos ir rezultatus išliko svarstant tik žarnyno tipo karcinomos, taip pat, kai navikai buvo suskirstyti į tris potipius (proksimalinio ne difuzinis, difuzinis, ir distalinės ne pasklidųjų), kaip siūloma Shah et al. [16] (Papildoma failą 3: Lentelė S3) .table 1 santrauka clinocopathologic kintamųjų kohortos anketa clinicopathologic kintamųjų per CARDIA ir ne CARDIA adenokarcinomos
Clinicopathologic kintamasis

gastroezofaginio sankryžos (n = 92)

Ne Cardia (n = 75)
Reitingas (n = 167)
psl
Amžius (vidurkis, metai)
61.5 + /- 9,6 [33-80]
66,3 +/- 11,9 [33-84]
63,7 +/- 10,9 [33-84]
0,001
Lytis
0.297 pervežimas Vyras
70 (76)
51 (68)
121 (73)
Moteris
22 (24)
24 (32)
46 (27)
histologinio potipiui (Laura)
0,008
Žarnų
65 (71)
36 (48)
101 (60)
Difuzinė
15 (16)
26 (35)
41 (25)
Mišrūnė
12 (13)
13 (17) 25 (15)
etapas (AJCC) pervežimas 0.031 pervežimas IA-B
10 (11)
19 (25)
29 (17)
TIS-B
60 (65)
45 (60)
105 (63)
III-AC
22 (24)
11 (15)
33 (20)
laipsnio
0,415
Na diferencijuoti (G1)
(5)
4 10 (6)
Vidutiniškai diferencijuoti (G2)
39 (42)
25 (33)
64 (38)
Blogai diferencijuota (G3)
47 (51)
46 (61)
93 (56)
rezekcija marža
0,306
nesusiję
74 (80)
65 (87)
139 (83)
dalyvauja
18 (20)
10 (13)
28 (17)
erbb2 amplifikacija
0,654
Nėra
78 (85)
66 (88)
144 (86)
Pateikite
14 (15)
9 (12)
23 (14)
BAF250a (ARID1A) išraišką
0.111
nepažeisto
73 (79)
51 (68)
124 (74)
NEBŪTI
(26)
p53 išraiška
19
(21) 24 (32)
43 2.8x10 -4
0 - nėra
32 (35)
47 (63)
79 (47)
1 - normalus (1-60%)
17 (19)
14 (19)
31 (19)
2 - padidėjo (> 60%)
43 (47)
14 (19)
57
(34) neatitikimas remontas baltymai
0,244
Nesugedęs
77 (84)
57 (76)
135 (80)
Nenormalus
15 (16)
18 (24)
33 (20)
skaičius pasikartojimo
57 (62)
32 (43)
89 (53)
0,019
ligos progresavimo mediana išgyvenimo (mėnesiais)
12
18 15
mirčių skaičius
69 (75)
48 (64)
117 (70)
0.130
bendro išgyvenamumo mediana (mėnesiais )
18,0
23,0
20,0
2 pav palyginimas išgyvenimo iki ligos progresavimo ir bendro išgyvenamumo tarp pacientų, sergančių skrandžio ir skrandžio karcinoma. A), liga išgyvenamumas buvo žymiai blogesnė gastroezofaginio karcinoma (ištisinės linijos), palyginti su skrandžio carcinoms (punktyrinės linijos), log-rank testą; p = 0,002, nors B), bendras išgyvenimas nesiskyr tarp dviejų ligų vietų (log-rank testą.; p = 0,225)
Dėl kintamųjų analizė, seks vieta buvo nepriklausomai susijęs su blogiau išgyvenimo be ligos (Cox proporcinės Hazard = 2,08 [95% pasikliautinasis intervalas: 1,25-3,44], p = 0,005), kartu su maržos statusą ir mikrosatelitiniai nestabilumo (Papildoma failų 4: lentelė S4 "). Amžius, naviko tipo ir marža dalyvavimas buvo nepriklausomai prognostinė iš bendro išgyvenamumo (Papildoma failą 5: Lentelė S5).
Mutacijos tapatinama su vėžiu skydelio
tarp visų atvejų, 145 mutacijos buvo aptikta 31 genų, su aptiko 75 mutacijų tarp 57 navikų iš seks ir 70 mutacijų nustatyta tarp 43 skrandžio navikų (3 paveikslas). Be mutacijos buvo aptikta 35 (38%) ir 32 (43%) apie navikų iš seks ir skrandžio, atitinkamai. TP53
buvo dažniausiai mutavo genai, su variantais nustatytų 59 167 atvejų (35%). Ateinančius dažniausiai mutavo genai buvo PI3KCA
(6%), CTNNB1
(5%), kras
(5%) ir SMAD4
(4%). Kiti variantai įtrauktos viešosios interneto prieigos taškų mutacijų IDH1
(2 atvejai), JAK3
(3 atvejai), ir FLT3
(2 atvejai). Tik vieną mutaciją, buvo nustatytas 70 atvejais (42%), 2 mutacijos buvo nustatyta 20 atvejų (12%), ir ≥ 3 mutacijos buvo nustatyta 10 atvejų (6%). 3 paveiksle somatinių mutacijų nustatyta gastroezofaginio sankryžos ir skrandžio karcinoma. TP53
mutacijos buvo nustatyta didesnei gastroezofaginio sankryžos navikų, o anomalijos APC
/CTNNB1
pasireiškė dažniau skrandžio navikų. Juoda blokai atstovauti nutraukiant mutacijas, o pilki blokai atstovauti missense mutacijas. Korpusai ir genai, kurioje mutacijos nebuvo nustatytos neįskaičiuoti.
Nėra mutacijos buvo identifikuojamos per hotspot regionuose ALK
, CSF1R
, EGFR
, FGFR2
, HNF1A
, HRAS
, JAK2
, MPL
, NPM1
, NRI
, SKC
, STK11
arba VHL
. Visi variantas skambučiai į papildomų duomenų (papildomų failų 6: Lentelė S6).
Skirtumai mutacijų tarp seks ir skrandžio
TP53
mutacijos buvo nustatyta 39 iš 92 (42%) seks navikų , ir 20 75 (27%) skrandžio navikų (p = 0,036). Kai skirstomos į 3 potipius siūlomų Shah et al. [16], TP53
mutacijos įvyko dažniau proksimaliniuose nondiffuse vėžio (44%) nei pasklidusių vėžio (37%) ir distalinių nondiffuse vėžio (20%; p = 0,024). Ši klasifikacija taip pat parodė, dažniau mutacijas KRAS
per distalinio nondiffuse vėžio (12%), palyginti su proksimalinės nondiffuse (3%) ir difuzinės (0%) karcinoma (p = 0,12). Jokių reikšmingų skirtumų mutacijų dažniai dalyvavo tarp kitų atskirų genų skydelyje. Du komponentai WNT keliu, APC
ir CTNNB1
, buvo bendra mutavo dažniau skrandžio karcinoma nei seks navikų (16%, palyginti su 3%, p = 0,006). Skrandžio karcinomos dažniau turėjo mutacijas 3 ar daugiau genų (11%, palyginti su 2%, p = 0,044; 4 pav.) Nėra su onkogeniniam kelius dalyvavimo skirtumai buvo pastebėti tarp dviejų vietų, remiantis mutacijų profilius. 4 paveiksle proporcijos seks ir skrandžio karcinoma su numeriais nuo viso nustatyta ir apčiuopiamų mutacijų. Kietosios tamsios sritys kolonų atstovauti atvejai 1 mutacija, tamsiai įstrižainė iškloti vietovės sudaro atvejai, su 2 mutacijų ir dėmėtojo vietovės sudaro atvejai, su 3 ar daugiau mutacijų.
Potencialiai ieškinį mutacijos
Tikslinės terapija yra ar plėtrą mutacijos atsiranda šių genų: AKT
[25], BRAF
[26], erbb2
[27], erbB4
[28], FGFR1
[29], FGFR3
[30], FLT3
[31,32], IDH1
[33], JAK3
[31], KDR
[34,35], kras
[36], RER
[34], PDGFRA
[37], PIK3CA
[25], PTEN
[25], PTPN11
[38] RET
[39], BRO
[40]. Mutacijos šių genų buvo nustatyta 32 atvejų (19%), įskaitant 6 atvejais (4%) su 2 mutacijų ir 3 atvejais (2%) su ≥3 mutacijų. Iš ieškiniui mutacijų pasiskirstymas buvo reikšmingai nesiskyrė seks ir skrandžio karcinoma. (P = 0,327; 4 pav)
prognostinis reikšmė mutacijų
erbB4
mutacijos buvo susijęs su blogiau išgyvenimo be ligos (p = 0,018 ), o ten buvo tendencija blogiau ligos reiškinių išgyventas, susijusių su mutacijomis ABL1
(p = 0,063) ir JAK3
(p = 0,059). Nė vienas iš šių mutacijų buvo prognozuotą reikšmingas po apskaitos amžiaus, lyties, Lauren potipio, etape, kokybę ir maržos statusą. Mutacijos BRAF
(p < 0,001), FGFR3
(p < 0,001), FLT3
(p < 0,001) buvo susijęs su blogesne bendro išgyvenamumo apie vieną požymį analizę kaip vieną bylos baigtimi su mutacijų visų šių genų trijų.). BRAF
mutacija liko prognozuotą reikšmingas po apskaitos amžiaus, lyties, Lauren potipio, etape, kokybę ir maržos būklės (p = 0,002) Palyginimas su TCGA duomenų
Vertinant hotspot regionams, kuriems taikomas sekos skydelyje.
, bendras skaičius mutavusių genų per atveju buvo panašus tarp TCGA ir studijų Grupės (p = 0,659), įskaitant lyginant nei su seks (p = 0,399) ar skrandžio (p = 0,845) auglius tik (5a pav.) Tendencija dažniau atvejais su mutacijų ≥3 genų į skrandį, palyginti su seks taip pat buvo pastebėta, kad TCGA duomenų (12%, lyginant su 3%, p = 0,054). Bendras dažnis TP53 mutacijų
nesiskyrė tarp studijų kohortos ir TCGA kohortos (p = 0.230). Nėra TP53
, KRAS
ir APC
/CTNNB1
mutacijų dažnis tarp seks ir skrandžio karcinoma skirtumai buvo pastebėtas TCGA rinkinį (Skaičiai 5B-D). Mutavusių genų į TCGA duomenų rinkinį įtraukiami į papildomų failų 7: Lentelė S7. Kalbant apie mutacijas su kuo prognostinės reikšmės nustatytos mūsų kohortos, ten buvo tendencija blogiau bendro išgyvenamumo susijęs su BRAF
mutacijų (p = 0,079), o ne prognostinė asociacija buvo rastas TCGA kohortos kartu su mutacijų erbB4
ABL1
, JAK3
, FLT3
arba FGFR3
. 5 pav palyginimas mutacijų per hotspots nustatytus studijų kohortos naudojant skydelio sekos dažnis, palyginti su mutacijomis identifikuojami, naudojant visą exome seką į TCGA duomenis. A) mutacijos visoje mutacijų hotspots, 46 genų grupės, B) mutacijų TP53
C) mutacijų KRAS
ir D) mutacijas WNT signalizacijos komponentai APC
ir CTNNB1
.
Diskusijos
šio tyrimo metu buvo siekiama zondas panel sekos naudingumas, nustatant vieno nukleotido pokyčiai paprastai tvarkomų skrandžio rezekcijos egzempliorių, kurie galėtų būti naudojami nukreipti tikslinių gydymo. Mes antriniu siekė supriešinti seks ir skrandžio karcinomos, tikslingai giliai eiliškumo iš 46 vėžio susijusių genų skydelyje, kuris atskleidė kai kurių genomo lygmenyje, kuris gali atspindėti skirtingus clinicopathologic profilių skirtumus. Galiausiai, mes taip pat siekė palyginti mutacijų dažnius, pagamintiems taikant šį skydelį su rezultatais, gautais visai exome sekos vėžio atvejų genomo Atlas.
Adenokarcinomos virškinimo trakto yra molekules nevienalytė ir sudėtingas [41-44]. Skrandžio karcinoma, giliai seka vieno nukleotido polimorfizmo ir RNR raiškos matricos neseniai atskleidė anomalijos keliais būdais, įskaitant WNT, ežys, ląstelių dviračiu, DNR žalos atlyginimo ir epitelio-to-mezenchiminių perėjimo [45]. Dabartinė kelis vieno genų testų yra nepagrįsta atsižvelgiant į šią sudėtingumą, ypač daugėja tikslinių gydymo, suvaržytas išteklių ir riboto audinių prieinamumo buvimą. Tokiu būdu, pageidautina, kad būtų ištirti kelis genus tuo pačiu metu. Panelė sekos turi jautrumą arti 100%, lyginant su įprastiniais tyrimų, pavyzdžiui, Sanger sekos ir PGR-metodais, o taip pat gebėjimą aptikti SNVs ir INDELs bent alelių dažnio tokia maža kaip 5% ir 20%, atitinkamai, tiek FFPE [21,46-48] ir citologiniai pavyzdžiai [49-52]. Tikslinės skydelis sekos gali aptikti nukrypimus vėžiu susijusių genų pradžioje skrandžio vėžio ir prekursoriais pažeidimų [53] ir jos giliai aprėptis galėtų būti ypač naudinga skrandžio vėžiu suteikiant tinkamus rezultatus, nepaisant šykščios biopsijos medžiagos ir vėžinių ląstelių susiliejimas su desmoplasia ir uždegiminių ląstelių.
spėjamas pilotas mutacijos buvo nustatyta iš seks ir skrandžio karcinoma dauguma tiriamos šiame tyrime. Iki šiol dažniausiai aptinkamas mutavo genas buvo TP53
, ir šie mutacijos taip pat buvo aptikta ankstyvame etape ir prekursorių pažeidimų naudojant tą patį tyrimą [53]. Keli vairuotojas mutacijos buvo nustatyti keliose bylose, sustiprinti mintį, kad keli genai turi būti apklausiamas ne kartą genomically sudėtingų navikų, tokių kaip skrandžio adenokarcinomos. Byla su į BRAF
mutacijos (taip pat FLT3 ir FGFR3) buvo susijęs su prasta bendra išlikimo tiek pagal vieną požymį ir kintamųjų analizei. Ši išvada atspindi tendenciją, pastebima TCGA duomenų link prastos bendro išgyvenamumo BRAF
-mutated navikų, tai rodo, kad kai kuriais atvejais skydelis sekos gali turėti prognostinę vaidmenį.
Mes taip pat galėjome aptikti potencialiai apčiuopiamų mutacijas maždaug 20% atvejų, kuriame dalyvavo nei su genus arba kelius, kur nukreiptos terapijos yra prieinami ar plėtrai. Nors šis skaičius idealiu atveju būtų didesnė, mūsų tyrimas apėmė tik tam tikrų viešosios interneto prieigos taškų regionus šių genų ir neapskaitė kopija skaičių pakeitimų, kurie taip pat gali suteikti naudingos informacijos. Toliau tobulinti tokių panelių įtraukti platesnį genų ir genų segmentų, greičiausiai, bus padidinti tais atvejais, kai yra nustatytas mutacijos dalį. Pavyzdžiui, nors TP53
mutacijos vyksta per visą geno, pultas visų pirma apima egzonų 5-8, ir kai kurie iš genų segmentų, kurie nebuvo sekvenuotuose yra daugiau dažnai susijęs su praradimo p53 dėl imunohistocheminiu [54]. Šis faktas gali potencialiai paaiškinti tiek, padaryti TP53 mutacijų
ir modelių imunohistocheminio išraiškos normos pastebėtas seks ir skrandžio skirtumus. Visi autoriai skaityti ir patvirtino galutinį rankraštį.

• PET /CT vaidmuo aptikti skrandžio vėžio pasikartojimo
• Citoredukcinį chirurgija plius hipertermiškos pilvaplėvės ertmę chemoterapija pagerina išgyvenamumą skrandžio vėžio peritoninės karcinomatoze: įrodymų iš eksperimentinio study